[Bio] / FigWebServices / subsys.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/subsys.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.83, Fri Jul 1 02:09:16 2005 UTC revision 1.84, Thu Jul 7 16:31:12 2005 UTC
# Line 1338  Line 1338 
1338      {      {
1339          my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];          my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
1340    
1341            if ($cgi->param('color_by_ga')) {push @{$col_hdrs}, "Attribute"}
1342    
1343          my @row_guide = ();          my @row_guide = ();
1344    
1345          my($role,%in_col);          my($role,%in_col);
# Line 1419  Line 1421 
1421                 my $ga=$cgi->param('color_by_ga');                 my $ga=$cgi->param('color_by_ga');
1422                 my $valuetype=$fig->guess_value_format($ga);                 my $valuetype=$fig->guess_value_format($ga);
1423                 my @array=$fig->get_attributes($genome, $ga);                 my @array=$fig->get_attributes($genome, $ga);
1424                 next unless ($array[0]);                 unless ($array[0]) {$array[0]=[]}
1425                 # for the purposes of this page, we are going to color on the                 # for the purposes of this page, we are going to color on the
1426                 # value of the last attribute                 # value of the last attribute
1427                 my ($gotpeg, $gottag, $value, $url)=@{$array[0]};                 my ($gotpeg, $gottag, $value, $url)=@{$array[0]};
# Line 1442  Line 1444 
1444                      }                      }
1445                    }                    }
1446    
                   unless ($colval) {print STDERR "No color  value found for |$value|\n"}  
   
1447                    if (!$tagvalcolor->{$colval}) {                    if (!$tagvalcolor->{$colval}) {
1448                      # figure out the highest number used in the array                      # figure out the highest number used in the array
1449                      $tagvalcolor->{$colval}=0;                      $tagvalcolor->{$colval}=0;
# Line 1453  Line 1453 
1453                      $tagvalcolor->{$colval}++;                      $tagvalcolor->{$colval}++;
1454                    }                    }
1455    
1456                      # RAE Add a column for the description
1457                      splice @$row, 3, 0, $colval;
1458    
1459                    foreach my $cell (@cells) {                    foreach my $cell (@cells) {
1460                      foreach $_ (@$cell)                      foreach $_ (@$cell)
1461                        {                        {
# Line 1460  Line 1463 
1463                        }                        }
1464                    }                    }
1465                 }                 }
1466                   else
1467                   {
1468                    # RAE Add a column for the description
1469                    splice @$row, 3, 0, "   ";
1470                   }
1471              }              }
1472              if ($cgi->param("color_by_peg_tag"))              if ($cgi->param("color_by_peg_tag"))
1473              {              {
# Line 1562  Line 1570 
1570          }          }
1571    
1572          my $tab1 = [];          my $tab1 = [];
1573    
1574          foreach $row (@$tab)          foreach $row (@$tab)
1575          {          {
1576              next if ($row->[2] == -1 && $cgi->param('hide_minus1')); # RAE don't show -1 variants if checked              next if ($row->[2] == -1 && $cgi->param('hide_minus1')); # RAE don't show -1 variants if checked

Legend:
Removed from v.1.83  
changed lines
  Added in v.1.84

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3