[Bio] / FigWebServices / subsys.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/subsys.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.43, Mon Feb 14 00:57:27 2005 UTC revision 1.44, Mon Feb 14 21:49:25 2005 UTC
# Line 942  Line 942 
942    
943      my %genomes = map { $_ => 1 } $subsystem->get_genomes();      my %genomes = map { $_ => 1 } $subsystem->get_genomes();
944    
945        #
946        #  Use $fig->genomes( complete, restricted, domain ) to get org list:
947        #
948        my $req_comp = $cgi->param( 'complete' ) || 'Only "complete"';
949        my $complete = ( $req_comp =~ /^all$/i ) ? undef : "complete";
950      my @orgs = map { [ $_ , &ext_genus_species( $fig, $_ ) ] }      my @orgs = map { [ $_ , &ext_genus_species( $fig, $_ ) ] }
951                 grep { ! $genomes{ $_ } }                 grep { ! $genomes{ $_ } }
952                 $fig->genomes( "complete", undef );                 $fig->genomes( $complete, undef );
953    
954        #
955        #  Put it in the order requested by the user:
956        #
957      my $pick_order = $cgi->param('pick_order') || 'Alphabetic';      my $pick_order = $cgi->param('pick_order') || 'Alphabetic';
958      if ( $pick_order eq "Phylogenetic" )      if ( $pick_order eq "Phylogenetic" )
959      {      {
# Line 967  Line 975 
975    
976      @orgs = map { "$_->[1] ($_->[0])" } @orgs;      @orgs = map { "$_->[1] ($_->[0])" } @orgs;
977    
978        #
979        #  Radio buttons to let the user choose the order they want for the list:
980        #
981      my @order_opt = $cgi->radio_group( -name     => 'pick_order',      my @order_opt = $cgi->radio_group( -name     => 'pick_order',
982                                         -values   => [ 'Alphabetic', 'Phylogenetic', 'Genome ID' ],                                         -values   => [ 'Alphabetic', 'Phylogenetic', 'Genome ID' ],
983                                         -default  => $pick_order,                                         -default  => $pick_order,
984                                         -override => 1                                         -override => 1
985                                       );                                       );
986    
987        #
988        #  Radio buttons to let the user choose to include incomplete genomes:
989        #
990        my @complete = $cgi->radio_group( -name     => 'complete',
991                                          -default  => $req_comp,
992                                          -override => 1,
993                                          -values   => [ 'All', 'Only "complete"' ]
994                            );
995    
996        #
997        #  Display the pick list, and options:
998        #
999      push( @$html, $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'), "\n",      push( @$html, $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'), "\n",
1000                    "<TABLE>\n",                    "<TABLE>\n",
1001                    "  <TR>\n",                    "  <TR>\n",
# Line 983  Line 1006 
1006                                          -multiple => 1                                          -multiple => 1
1007                                        ),                                        ),
1008                    "    </TD>\n",                    "    </TD>\n",
1009                    "    <TD>", join( "<BR>\n", "Order of selection list:", @order_opt ),                    "    <TD>",
1010                      join( "<BR>\n", "<b>Order of selection list:</b>", @order_opt,
1011                                      "<b>Completeness?</b>", @complete
1012                          ), "\n",
1013                    "    </TD>\n",                    "    </TD>\n",
1014                    "  </TR>\n",                    "  </TR>\n",
1015                    "</TABLE>\n",                    "</TABLE>\n",

Legend:
Removed from v.1.43  
changed lines
  Added in v.1.44

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3