[Bio] / FigWebServices / subsys.cgi Repository:
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Annotation of /FigWebServices/subsys.cgi

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Revision 1.9 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :    
3 :     use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 : overbeek 1.9
6 : overbeek 1.1 use Subsystem;
7 :    
8 :     use HTML;
9 :     use strict;
10 :     use tree_utilities;
11 :    
12 :     use CGI;
13 : overbeek 1.9
14 : overbeek 1.1 my $cgi = new CGI;
15 :    
16 :     if (0)
17 :     {
18 :     my $VAR1;
19 :     eval(join("",`cat /tmp/ssa_parms`));
20 :     $cgi = $VAR1;
21 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
22 :     }
23 :    
24 :     if (0)
25 :     {
26 :     print $cgi->header;
27 :     my @params = $cgi->param;
28 :     print "<pre>\n";
29 :     foreach $_ (@params)
30 :     {
31 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
32 :     }
33 :    
34 :     if (0)
35 :     {
36 :     if (open(TMP,">/tmp/ssa_parms"))
37 :     {
38 :     print TMP &Dumper($cgi);
39 :     close(TMP);
40 :     }
41 :     }
42 :     exit;
43 :     }
44 :    
45 :     # request to display the phylogenetic tree
46 :     #
47 :     my $request = $cgi->param("request");
48 :     if ($request && ($request eq "show_tree"))
49 :     {
50 :     print $cgi->header;
51 :     &show_tree;
52 :     exit;
53 :     }
54 :    
55 :     my $html = [];
56 :    
57 :     my $user = $cgi->param('user');
58 :     $fig->set_user($user);
59 :    
60 :     if ((! $user) || ($user !~ /^master:\S+/))
61 :     {
62 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, you need to specify a master user to modify subsystem annotations"));
63 :     }
64 : overbeek 1.9 elsif ($cgi->param('resynch_peg_connections') && (my $ssa = $cgi->param('ssa_name')))
65 :     {
66 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
67 :     $subsystem->db_sync(0);
68 :     undef $subsystem;
69 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
70 :     }
71 : overbeek 1.1 elsif ($cgi->param("extend_with_billogix"))
72 :     {
73 :     #
74 :     # Start a bg task to extend the subsystem.
75 :     #
76 :    
77 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
78 :    
79 :     my $user = $cgi->param('user');
80 :    
81 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
82 :    
83 :     if ($sub)
84 :     {
85 :     #
86 :     # See if there's already an extend job running.
87 :     #
88 :    
89 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
90 :     if ($curpid)
91 :     {
92 :     warn "Found current pid $curpid\n";
93 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
94 :     warn "job is $j\n";
95 :     warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
96 :     if ($j && $j->running())
97 :     {
98 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
99 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
100 :     last;
101 :     }
102 :     }
103 :    
104 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {$sub->extend_with_billogix($user);});
105 :    
106 :     push(@$html,
107 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
108 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
109 :    
110 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
111 :     }
112 :     else
113 :     {
114 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
115 :     }
116 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
117 :     exit;
118 :     }
119 :     else
120 :     {
121 :     $request = defined($request) ? $request : "";
122 : overbeek 1.8
123 : overbeek 1.1 if ($request eq "reset")
124 :     {
125 :     &reset_ssa($fig,$cgi,$html); # allow user to go back to a previous version of the ss
126 :     }
127 :     elsif ($request eq "reset_to")
128 :     {
129 :     &reset_ssa_to($fig,$cgi,$html); # this actually resets to the previous version
130 : overbeek 1.9 &one_cycle($fig,$cgi,$html);
131 : overbeek 1.1 }
132 :     elsif ($request eq "make_exchangable")
133 :     {
134 :     &make_exchangable($fig,$cgi,$html);
135 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
136 :     }
137 :     elsif ($request eq "make_unexchangable")
138 :     {
139 :     &make_unexchangable($fig,$cgi,$html);
140 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
141 :     }
142 :     elsif ($request eq "show_ssa")
143 :     {
144 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
145 :     }
146 :     #
147 :     # Note that this is a little different; I added another submit button
148 :     # to the delete_or_export_ssa form, so have to distinguish between them
149 :     # here based on $cgi->param('delete_export') - the original button,
150 :     # or $cgi->param('publish') - the new one.
151 :     #
152 :     elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
153 :     defined($cgi->param('delete_export')))
154 :     {
155 :     my($ssa,$exported);
156 :     $exported = 0;
157 :     foreach $ssa ($cgi->param('export'))
158 :     {
159 :     if (! $exported)
160 :     {
161 :     print $cgi->header;
162 :     print "<pre>\n";
163 :     }
164 :     &export($fig,$cgi,$ssa);
165 :     $exported = 1;
166 :     }
167 :    
168 :     foreach $ssa ($cgi->param('export_assignments'))
169 :     {
170 :     &export_assignments($fig,$cgi,$ssa);
171 :     }
172 :    
173 :     foreach $ssa ($cgi->param('delete'))
174 :     {
175 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
176 :     $sub->delete_indices();
177 :    
178 :     my $cmd = "rm -rf '$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa'";
179 :     my $rc = system $cmd;
180 :     }
181 :    
182 :     if (! $exported)
183 :     {
184 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
185 :     }
186 :     else
187 :     {
188 :     print "</pre>\n";
189 :     exit;
190 :     }
191 :     }
192 :     elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
193 :     defined($cgi->param('publish')))
194 :     {
195 :     my($ssa,$exported);
196 :     my($ch) = $fig->get_clearinghouse();
197 :    
198 :     print $cgi->header;
199 :    
200 :     if (!defined($ch))
201 :     {
202 :     print "cannot publish: clearinghouse not available\n";
203 :     exit;
204 :     }
205 :    
206 :     foreach $ssa ($cgi->param('publish_to_clearinghouse'))
207 :     {
208 :     print "<h2>Publishing $ssa to clearinghouse...</h2>\n";
209 :     $| = 1;
210 :     print "<pre>\n";
211 :     my $res = $fig->publish_subsystem_to_clearinghouse($ssa);
212 :     print "</pre>\n";
213 :     if ($res)
214 :     {
215 :     print "Published <i>$ssa </i> to clearinghouse<br>\n";
216 :     }
217 :     else
218 :     {
219 :     print "<b>Failed</b> to publish <i>$ssa</i> to clearinghouse<br>\n";
220 :     }
221 :     }
222 :     exit;
223 :     }
224 :     elsif (($request eq "new_ssa") && ($cgi->param('copy_from1')) && (! $cgi->param('cols_to_take1')))
225 :     {
226 :     my $user = $cgi->param('user');
227 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
228 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
229 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
230 :     my(@roles1,@roles2);
231 :    
232 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
233 :     -method => 'post'),
234 :     $cgi->hidden(-name => 'copy_from1', -value => $copy_from1, -override => 1),
235 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
236 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
237 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1)
238 :     );
239 :    
240 :     @roles1 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from1);
241 :     if (@roles1 > 0)
242 :     {
243 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from1"),
244 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take1',
245 :     -values => ['all',@roles1],
246 :     -size => 10,
247 :     -multiple => 1
248 :     ),
249 :     $cgi->hr
250 :     );
251 :     }
252 :    
253 :     if ($copy_from2)
254 :     {
255 :     @roles2 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from2);
256 :     if (@roles2 > 0)
257 :     {
258 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'copy_from2', -value => $copy_from2, -override => 1));
259 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from2"),
260 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take2',
261 :     -values => ['all',@roles2],
262 :     -size => 10,
263 :     -multiple => 1
264 :     ),
265 :     $cgi->hr
266 :     );
267 :     }
268 :     }
269 :     push(@$html,$cgi->submit('build new subsystem'),
270 :     $cgi->end_form
271 :     );
272 :     }
273 :     elsif ($request eq "new_ssa")
274 :     {
275 :     &new_ssa($fig,$cgi,$html);
276 :     }
277 :     else
278 :     {
279 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
280 :     }
281 :     }
282 :    
283 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
284 :    
285 :    
286 :     sub show_initial {
287 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
288 :     my($set,$when,$comment);
289 :    
290 :     my $user = $cgi->param('user');
291 :     my @ssa = &existing_subsystem_annotations;
292 :    
293 :     if (@ssa > 0)
294 :     {
295 :     &format_ssa_table($cgi,$html,$user,\@ssa);
296 :     }
297 :    
298 :     my $target = "window$$";
299 :     push(@$html, $cgi->h1('To Start or Copy a Subsystem'),
300 :     $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
301 :     -target => $target,
302 :     -method => 'post'),
303 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
304 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1),
305 :     "Name of New Subsystem: ",
306 :     $cgi->textfield(-name => "ssa_name", -size => 50),
307 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => 1, -override => 1),
308 :     $cgi->br,
309 :    
310 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
311 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from1", -size => 50),
312 :     $cgi->br,
313 :    
314 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
315 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from2", -size => 50),
316 :     $cgi->br,
317 :    
318 :     $cgi->submit('start new subsystem'),
319 :     $cgi->end_form,
320 :     "<br>You can start a subsystem from scratch, in which case you should leave these two \"copy from\"
321 :     fields blank. If you wish to just copy a subsystem (in order to become the owner so that you can modify it),
322 :     just fill in one of the \"copy from\" fields with the name of the subsystem you wish to copy. If you wish to
323 :     extract a a subset of the columns to build a smaller spreadsheet (which could later be merged with another one),
324 :     fill in the name of the subsystem. You will be prompted for the columns that you wish to extract (choose <i>all</i> to
325 :     just copy all of the columns). Finally, if you wish to build a new spreadsheet by including columns from two existing
326 :     spreadsheets (including a complete merger), fill in the names of both the existing \"copy from\" subsystems"
327 :     );
328 :     }
329 :    
330 :     sub new_ssa {
331 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
332 :    
333 :     my $user = $cgi->param('user');
334 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
335 :    
336 :     if (! $user)
337 :     {
338 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user before starting a new subsystem annotation'));
339 :     return;
340 :     }
341 :    
342 :     if (! $name)
343 :     {
344 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem name'));
345 :     return;
346 :     }
347 :    
348 :     my $ssa = $name;
349 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
350 :    
351 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Subsystems");
352 :    
353 :     if (-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa")
354 :     {
355 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a new subsystem name; $ssa already is being used"));
356 :     return;
357 :     }
358 :    
359 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,1); # create new subsystem
360 :    
361 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
362 :     $copy_from1 =~ s/[ \/]/_/g;
363 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
364 :     $copy_from2 =~ s/[ \/]/_/g;
365 :     my @cols_to_take1 = $cgi->param('cols_to_take1');
366 :     my @cols_to_take2 = $cgi->param('cols_to_take2');
367 :    
368 :    
369 :     if ($copy_from1 && (@cols_to_take1 > 0))
370 :     {
371 : overbeek 1.9 $subsystem->add_to_subsystem($copy_from1,\@cols_to_take1,"take notes"); # add columns and notes
372 : overbeek 1.1 }
373 :    
374 :     if ($copy_from2 && (@cols_to_take2 > 0))
375 :     {
376 : overbeek 1.9 $subsystem->add_to_subsystem($copy_from2,\@cols_to_take2,"take notes"); # add columns and notes
377 : overbeek 1.1 }
378 :    
379 :     $subsystem->write_subsystem();
380 :    
381 :     $cgi->param(-name => "can_alter",
382 :     -value => 1);
383 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
384 :     }
385 :    
386 :     # The basic update logic (cycle) includes the following steps:
387 :     #
388 :     # 1. Load the existing spreadsheet
389 :     # 2. reconcile row and subset changes
390 : overbeek 1.9 # 3. process spreadsheet changes (fill/refill/add genomes/update variants)
391 : overbeek 1.1 # 4. write the updated spreadsheet back to disk
392 :     # 5. render the spreadsheet
393 :     #
394 :     sub one_cycle {
395 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
396 :    
397 :     my $user = $cgi->param('user');
398 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
399 :    
400 :     if (! $user)
401 :     {
402 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
403 :     return;
404 :     }
405 :    
406 :     if (! $ssa)
407 :     {
408 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
409 :     return;
410 :     }
411 :    
412 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
413 :     if (&handle_role_and_subset_changes($fig,$subsystem,$cgi,$html))
414 :     {
415 :     &process_spreadsheet_changes($fig,$subsystem,$cgi,$html);
416 :     $subsystem->write_subsystem();
417 :     &produce_html_to_display_subsystem($fig,$subsystem,$cgi,$html);
418 :     }
419 :     }
420 :    
421 :     sub handle_role_and_subset_changes {
422 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html) = @_;
423 :    
424 :     if (! $cgi->param('can_alter'))
425 :     {
426 :     return 1; # no changes, so...
427 :     }
428 :     else
429 :     {
430 :     my($role,$p,$abr,$r,$n);
431 :     my @tuplesR = ();
432 :     my @roles = grep { $_ =~ /^role/ } $cgi->param();
433 :     if (@roles == 0) { return 1 } # initial call, everything is as it was
434 :    
435 :     foreach $role (@roles)
436 :     {
437 :     if (($role =~ /^role(\d+)/) && defined($n = $1))
438 :     {
439 :     if ($r = $cgi->param("role$n"))
440 :     {
441 : overbeek 1.9 $r =~ s/^\s+//;
442 :     $r =~ s/\s+$//;
443 :    
444 : overbeek 1.1 if (($p = $cgi->param("posR$n")) && ($abr = $cgi->param("abbrev$n")))
445 :     {
446 :     push(@tuplesR,[$p,$r,$abr]);
447 :     }
448 :     else
449 :     {
450 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to give a position and abbreviation for $r"));
451 :     return 0;
452 :     }
453 :     }
454 :     }
455 :     }
456 :     $subsystem->set_roles([map { [$_->[1],$_->[2]] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @tuplesR]);
457 :    
458 : overbeek 1.9
459 :     my($subset_name,$s,$test,$entries,$entry);
460 :     my @subset_names = grep { $_ =~ /^nameCS/ } $cgi->param();
461 :    
462 :     if (@subset_names == 0) { return 1 }
463 :    
464 :     my %defined_subsetsC;
465 :     foreach $s (@subset_names)
466 : overbeek 1.1 {
467 : overbeek 1.9 if (($s =~ /^nameCS(\d+)/) && defined($n = $1) && ($subset_name = $cgi->param($s)))
468 : overbeek 1.1 {
469 : overbeek 1.9
470 : overbeek 1.1 my($text);
471 : overbeek 1.9 $entries = [];
472 :     if ($text = $cgi->param("subsetC$n"))
473 : overbeek 1.1 {
474 :     foreach $entry (split(/[\s,]+/,$text))
475 :     {
476 :     if ($role = &to_role($entry,\@tuplesR))
477 :     {
478 : overbeek 1.9 push(@$entries,$role);
479 : overbeek 1.1 }
480 :     else
481 :     {
482 :     push(@$html,$cgi->h1("Invalid role designation in subset $s: $entry"));
483 :     return 0;
484 :     }
485 :     }
486 :     }
487 : overbeek 1.9 $defined_subsetsC{$subset_name} = $entries;
488 :     }
489 :     }
490 :    
491 :     foreach $s ($subsystem->get_subset_namesC)
492 :     {
493 :     next if ($s eq "All");
494 :     if ($entries = $defined_subsetsC{$s})
495 :     {
496 :     $subsystem->set_subsetC($s,$entries);
497 :     delete $defined_subsetsC{$s};
498 :     }
499 :     else
500 :     {
501 :     $subsystem->delete_subsetC($s);
502 : overbeek 1.1 }
503 :     }
504 : overbeek 1.9
505 :     foreach $s (keys(%defined_subsetsC))
506 :     {
507 :     $subsystem->set_subsetC($s,$defined_subsetsC{$s});
508 :     }
509 : overbeek 1.1 }
510 :     return 1;
511 :     }
512 :    
513 :     sub to_role {
514 :     my($x,$role_tuples) = @_;
515 :     my $i;
516 :    
517 : overbeek 1.9 if (($x =~ /^(\d+)$/) && ($1 <= @$role_tuples)) { return $role_tuples->[$x-1]->[1] }
518 :    
519 : overbeek 1.1 for ($i=0; ($i < @$role_tuples) &&
520 :     ($role_tuples->[0] != $x) &&
521 :     ($role_tuples->[1] != $x) &&
522 :     ($role_tuples->[2] != $x); $i++) {}
523 :     if ($i < @$role_tuples)
524 :     {
525 :     return $role_tuples->[$i]->[1];
526 :     }
527 :     return undef;
528 :     }
529 :    
530 :     sub process_spreadsheet_changes {
531 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html) = @_;
532 :    
533 :     if (! $cgi->param('can_alter'))
534 :     {
535 :     return 1; # no changes, so...
536 :     }
537 :     else
538 :     {
539 : overbeek 1.7 my(@param,$param,$genome,$val);
540 :     @param = grep { $_ =~ /^genome\d+\.\d+$/ } $cgi->param;
541 :     foreach $param (@param)
542 :     {
543 :     if ($cgi->param($param) =~ /^\s*$/)
544 :     {
545 :     $param =~ /^genome(\d+\.\d+)/;
546 :     $genome = $1;
547 :     $subsystem->remove_genome($genome);
548 :     }
549 :     }
550 :    
551 :     @param = grep { $_ =~ /^vcode\d+\.\d+$/ } $cgi->param;
552 :     foreach $param (@param)
553 :     {
554 :     if ($cgi->param($param) =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
555 :     {
556 :     $val = $1;
557 :     $param =~ /^vcode(\d+\.\d+)/;
558 :     $genome = $1;
559 :     $subsystem->set_variant_code($subsystem->get_genome_index($genome),$val);
560 :     }
561 :     }
562 :    
563 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('refill'))
564 :     {
565 :     &refill_spreadsheet($fig,$subsystem);
566 :     }
567 :     elsif ($cgi->param('precise_fill'))
568 :     {
569 :     &fill_empty_cells($fig,$subsystem);
570 :     }
571 :    
572 :     my @orgs = $cgi->param('new_genome');
573 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
574 :    
575 :     my $org;
576 :     foreach $org (@orgs)
577 :     {
578 :     &add_genome($fig,$subsystem,$cgi,$html,$org);
579 :     }
580 :     }
581 :     }
582 :    
583 :     sub refill_spreadsheet {
584 :     my($fig,$subsystem) = @_;
585 : overbeek 1.5 my($genome,$role,@pegs1,@pegs2,$i);
586 : overbeek 1.1
587 :     foreach $genome ($subsystem->get_genomes())
588 :     {
589 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
590 :     {
591 : overbeek 1.5 @pegs1 = sort $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
592 :     @pegs2 = sort $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
593 : overbeek 1.9
594 : overbeek 1.5 if (@pegs1 != @pegs2)
595 :     {
596 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs2);
597 :     }
598 :     else
599 :     {
600 :     for ($i=0; ($i < @pegs1) && ($pegs1[$i] eq $pegs2[$i]); $i++) {}
601 :     if ($i < @pegs1)
602 :     {
603 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs2);
604 :     }
605 :     }
606 : overbeek 1.1 }
607 :     }
608 :     }
609 :    
610 :     sub fill_empty_cells {
611 :     my($fig,$subsystem) = @_;
612 :     my($genome,$role,@pegs);
613 :    
614 :     foreach $genome ($subsystem->get_genomes())
615 :     {
616 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
617 :     {
618 :     @pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
619 :     if (@pegs == 0)
620 :     {
621 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
622 :     if (@pegs > 0)
623 :     {
624 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs);
625 :     }
626 :     }
627 :     }
628 :     }
629 :     }
630 :    
631 :     sub add_genome {
632 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html,$genome) = @_;
633 :     my($role,@pegs);
634 :    
635 :     $subsystem->add_genome($genome);
636 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
637 :     {
638 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
639 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs);
640 :     }
641 :     }
642 :    
643 :     sub produce_html_to_display_subsystem {
644 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html) = @_;
645 :    
646 :     my $user = $cgi->param('user');
647 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
648 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
649 :    
650 :     my $name = $ssa;
651 :     $name =~ s/_/ /g;
652 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
653 :    
654 :     push(@$html, $cgi->h1("Subsystem: $name"),
655 :     $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
656 :     -method => 'post'),
657 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
658 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'show_ssa', -override => 1),
659 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
660 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
661 :     $cgi->br,
662 :     );
663 :    
664 :     &format_roles($fig,$cgi,$html,$subsystem);
665 :     &format_subsets($fig,$cgi,$html,$subsystem);
666 :     &format_rows($fig,$cgi,$html,$subsystem);
667 :    
668 :     if ($can_alter)
669 :     {
670 :     &format_extend_with($fig,$cgi,$html,$subsystem);
671 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
672 :     push(@$html,$cgi->br);
673 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
674 :     }
675 :     else
676 :     {
677 :     push(@$html,$cgi->br);
678 :     push(@$html,$cgi->submit('show spreadsheet'),$cgi->br);
679 :    
680 :     }
681 :    
682 :     push(@$html, $cgi->a({href => "ss_export.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa"},
683 :     "Export subsystem data"),
684 :     $cgi->br);
685 :    
686 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'ignore_alt', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'ignore alternatives'),$cgi->br);
687 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_clusters', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show clusters'),$cgi->br);
688 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing'),$cgi->br);
689 : overbeek 1.3
690 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches'),
691 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
692 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
693 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single role: ",
694 :     $cgi->textfield(-name => "just_role", -size => 15),"]",
695 : overbeek 1.3 $cgi->br,$cgi->br
696 :     );
697 :    
698 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_assignments', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'check assignments'),
699 :     '&nbsp;&nbsp;[',
700 :     $cgi->checkbox(-name => 'strict_check', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'strict'),
701 :     ']',
702 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
703 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome_assignments", -size => 15),"]",
704 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single role: ",
705 :     $cgi->textfield(-name => "just_role_assignments", -size => 15),"]",
706 :     $cgi->br.$cgi->br
707 : overbeek 1.1 );
708 : overbeek 1.3
709 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'refill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'refill spreadsheet from scratch'),$cgi->br);
710 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_dups', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show duplicates'),$cgi->br);
711 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_problems', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs in roles that do not match precisely'),$cgi->br);
712 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'add_solid', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'Add Genomes with Solid Hits'),$cgi->br);
713 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled_fast', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs fast [depends on existing pins/clusters]'),$cgi->br);
714 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs[figure 2 minutes per PEG in spreadsheet]'),$cgi->br);
715 :     push(@$html,$cgi->br,"Align column: ",
716 :     $cgi->textfield(-name => "col_to_align", -size => 7),
717 :     $cgi->checkbox(-name => "show_align_input", -checked => 0,
718 :     -label => "show input to alignment tool"),
719 :     $cgi->br,"Include homologs that pass the following threshhold: ",
720 :     $cgi->textfield(-name => "include_homo", -size => 10)," (leave blank to see just column)",
721 :     " Max homologous seqs: ",$cgi->textfield(-name => "max_homo", -value => 100, -size => 6),
722 :     );
723 :    
724 :     if ($can_alter)
725 :     {
726 :     push(@$html,
727 :     $cgi->p,
728 : overbeek 1.9 $cgi->hr,
729 :     "You should resynch PEG connections only if you detect PEGs that should be connected to the
730 :     spreadsheet, but do not seem to be. This can only reflect an error in the code. If you find
731 :     yourself having to use it, send mail to Ross.",
732 :     $cgi->br,
733 :     $cgi->submit(-value => "Resynch PEG Connections",
734 :     -name => "resynch_peg_connections"),
735 :     $cgi->br,
736 : overbeek 1.1 $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension",
737 :     -name => "extend_with_billogix"),
738 :     $cgi->br);
739 :     }
740 :     push(@$html, $cgi->end_form);
741 :    
742 :     push(@$html, $cgi->hr);
743 :    
744 :     if ($cgi->param('show_missing'))
745 :     {
746 :     &format_missing($fig,$cgi,$html,$subsystem);
747 :     }
748 :    
749 :     if ($cgi->param('show_missing_including_matches'))
750 :     {
751 :     &format_missing_including_matches($fig,$cgi,$html,$subsystem);
752 :     }
753 :    
754 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('check_assignments'))
755 :     {
756 :     &format_check_assignments($fig,$cgi,$html,$subsystem);
757 :     }
758 :    
759 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('show_dups'))
760 :     {
761 :     &format_dups($fig,$cgi,$html,$subsystem);
762 :     }
763 :    
764 :     if ($cgi->param('show_coupled'))
765 :     {
766 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$subsystem,"careful");
767 :     }
768 :     elsif ($cgi->param('show_coupled_fast'))
769 :     {
770 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$subsystem,"fast");
771 :     }
772 :    
773 :     my $col;
774 :     if ($col = $cgi->param('col_to_align'))
775 :     {
776 :     &align_column($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem);
777 :     }
778 :    
779 :     my $notes = $cgi->param('notes');
780 :     if (! $notes)
781 :     {
782 :     $notes = $subsystem->get_notes();
783 :     }
784 :     else
785 :     {
786 :     $subsystem->set_notes($notes);
787 :     }
788 :     push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
789 :     }
790 :    
791 :     sub format_extend_with {
792 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
793 :     my($org,$gs);
794 :    
795 :     my %genomes = map { $_ => 1 } $subsystem->get_genomes();
796 :    
797 :     my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); "$gs ($org)" }
798 :     grep { ! $genomes{$_} }
799 :     $fig->genomes("complete",undef);
800 :    
801 :     push(@$html,
802 :     $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),
803 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'new_genome',
804 :     -values => [@orgs],
805 :     -size => 10,
806 :     -multiple => 1
807 :     ),
808 :     $cgi->hr
809 :     );
810 :     }
811 :    
812 :     sub format_roles {
813 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
814 :     my($i);
815 :    
816 :     my $col_hdrs = ["Column","Abbrev","Functional Role"];
817 :     my $tab = [];
818 :    
819 :     my $n = 1;
820 :     &format_existing_roles($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,\$n);
821 :     if ($cgi->param('can_alter'))
822 :     {
823 :     for ($i=0; ($i < 5); $i++)
824 :     {
825 :     &format_role($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,"");
826 :     $n++;
827 :     }
828 :     }
829 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Functional Roles"),
830 :     $cgi->hr
831 :     );
832 :     }
833 :    
834 :     sub format_existing_roles {
835 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$nP) = @_;
836 :     my($role);
837 :    
838 :     foreach $role ($subsystem->get_roles)
839 :     {
840 :     &format_role($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$$nP,$role);
841 :     $$nP++;
842 :     }
843 :     }
844 :    
845 :     sub format_role {
846 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,$role) = @_;
847 :     my($abbrev);
848 :    
849 :     $abbrev = $role ? $subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role)) : "";
850 :    
851 :     my($posT,$abbrevT,$roleT);
852 :     if ($cgi->param('can_alter'))
853 :     {
854 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "posR$n", -size => 3, -value => $n, -override => 1);
855 :     $abbrevT = $cgi->textfield(-name => "abbrev$n", -size => 7, -value => $abbrev, -override => 1);
856 :     $roleT = $cgi->textfield(-name => "role$n", -size => 80, -value => $role, -override => 1);
857 :     }
858 :     else
859 :     {
860 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "posR$n", -value => $n, -override => 1),
861 :     $cgi->hidden(-name => "abbrev$n", -value => $abbrev, -override => 1),
862 :     $cgi->hidden(-name => "role$n", -value => $role, -override => 1));
863 :     $posT = $n;
864 :     $abbrevT = $abbrev;
865 :     $roleT = $role;
866 :     }
867 :     #
868 :     # Wrap the first element in the table with a <A NAME="role_rolename"> tag
869 :     # so we can zing to it from elsewhere. We remove any non-alphanumeric
870 :     # chars in the role name.
871 :     #
872 :    
873 :     my $posT_html;
874 :     {
875 :     my $rn = $role;
876 :     $rn =~ s/[ \/]/_/g;
877 :     $rn =~ s/\W//g;
878 :    
879 :     $posT_html = "<a name=\"$rn\">$posT</a>";
880 :     }
881 :    
882 :    
883 :     push(@$tab,[$posT_html,$abbrevT,$roleT]);
884 :    
885 :     if ($cgi->param('check_problems'))
886 :     {
887 :     my @roles = grep { $_->[0] ne $role } &gene_functions_in_col($fig,$role,$subsystem);
888 :     my($x,$peg);
889 :     foreach $x (@roles)
890 :     {
891 :     push(@$tab,["","",$x->[0]]);
892 :     push(@$tab,["","",join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_) } @{$x->[1]})]);
893 :     }
894 :     }
895 :     }
896 :    
897 :     sub gene_functions_in_col {
898 :     my($fig,$role,$subsystem) = @_;
899 :     my(%roles,$peg,$func);
900 :    
901 :     # incr by 1 to get col indexed from 1 (not 0)
902 :     my @pegs = map { @$_ } @{$subsystem->get_col($subsystem->get_role_index($role) + 1)};
903 :     foreach $peg (@pegs)
904 :     {
905 :     if ($func = $fig->function_of($peg))
906 :     {
907 :     push(@{$roles{$func}},$peg);
908 :     }
909 :     }
910 :     return map { [$_,$roles{$_}] } sort keys(%roles);
911 :     }
912 :    
913 :     sub format_subsets {
914 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
915 :    
916 :     &format_subsetsC($fig,$cgi,$html,$subsystem);
917 :     &format_subsetsR($fig,$cgi,$html,$subsystem);
918 :     }
919 :    
920 :     sub format_subsetsC {
921 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
922 :    
923 :     my $col_hdrs = ["Subset","Includes These Roles"];
924 :     my $tab = [];
925 :    
926 :     my $n = 1;
927 :     &format_existing_subsetsC($cgi,$html,$subsystem,$tab,\$n);
928 : overbeek 1.9
929 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('can_alter'))
930 :     {
931 :     my $i;
932 :     for ($i=0; ($i < 5); $i++)
933 :     {
934 :     &format_subsetC($cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,"");
935 :     $n++;
936 :     }
937 :     }
938 : overbeek 1.9
939 : overbeek 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsets of Roles"),
940 :     $cgi->hr
941 :     );
942 :    
943 :     my @subset_names = $subsystem->get_subset_namesC;
944 :     if (@subset_names > 1)
945 :     {
946 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
947 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetC',
948 : overbeek 1.8 -values => [@subset_names],
949 : overbeek 1.1 -default => $active_subsetC
950 :     ),
951 :     $cgi->br
952 :     );
953 :     }
954 :     else
955 :     {
956 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'active_subsetC', -value => 'All', -override => 1));
957 :     }
958 :     }
959 :    
960 :     sub format_subsetsR {
961 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
962 :     my($i);
963 :    
964 :     my $link = &tree_link;
965 :     push(@$html,$cgi->br,$link,$cgi->br);
966 :    
967 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
968 :    
969 :     my @tmp = grep { $_ ne "All" } sort $subsystem->get_subset_namesR;
970 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetR',
971 :     -values => ["All",@tmp],
972 :     -default => $active_subsetR,
973 :     -size => 5
974 :     ),
975 :     $cgi->br
976 :     );
977 :     }
978 :    
979 :     sub format_existing_subsetsC {
980 :     my($cgi,$html,$subsystem,$tab,$nP) = @_;
981 :     my($nameCS);
982 :    
983 :     foreach $nameCS (sort $subsystem->get_subset_namesC)
984 :     {
985 : overbeek 1.9 if ($nameCS !~ /all/i)
986 :     {
987 :     &format_subsetC($cgi,$html,$subsystem,$tab,$$nP,$nameCS);
988 :     $$nP++;
989 :     }
990 : overbeek 1.1 }
991 :     }
992 :    
993 :     sub format_subsetC {
994 :     my($cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,$nameCS) = @_;
995 :    
996 :     if ($nameCS ne "All")
997 :     {
998 : overbeek 1.4 my $subset = $nameCS ? join(",",map { $subsystem->get_role_index($_) + 1 } $subsystem->get_subsetC_roles($nameCS)) : "";
999 : overbeek 1.9
1000 :     $nameCS = $subset ? $nameCS : "";
1001 :    
1002 : overbeek 1.1 my($posT,$subsetT);
1003 : overbeek 1.9
1004 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('can_alter'))
1005 :     {
1006 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "nameCS$n", -size => 30, -value => $nameCS, -override => 1);
1007 :     $subsetT = $cgi->textfield(-name => "subsetC$n", -size => 80, -value => $subset, -override => 1);
1008 : overbeek 1.9 push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
1009 : overbeek 1.1 }
1010 : overbeek 1.9 elsif ($subset)
1011 : overbeek 1.1 {
1012 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "nameCS$n", -value => $nameCS, -override => 1),
1013 :     $cgi->hidden(-name => "subsetC$n", -value => $subset, -override => 1));
1014 :     $posT = $nameCS;
1015 :     $subsetT = $subset;
1016 : overbeek 1.9 push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
1017 : overbeek 1.1 }
1018 :     }
1019 :     }
1020 :    
1021 :     sub tree_link {
1022 :     my $target = "window$$";
1023 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?request=show_tree";
1024 :     return "<a href=$url target=$target>Show Phylogenetic Tree</a>";
1025 :     }
1026 :    
1027 :     sub format_rows {
1028 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1029 :     my($i,%alternatives);
1030 :    
1031 :     my $ignore_alt = $cgi->param('ignore_alt');
1032 :    
1033 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1034 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1035 :    
1036 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1037 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1038 :    
1039 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1040 :     my %activeR = map { $_ => 1 } @subsetR;
1041 :    
1042 :     if (! $ignore_alt)
1043 :     {
1044 :     my $subset;
1045 :     foreach $subset (grep { $_ =~ /^\*/ } $subsystem->get_subset_namesC)
1046 :     {
1047 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($subset);
1048 : overbeek 1.1 if (@mem > 1)
1049 :     {
1050 :     my $mem = [@mem];
1051 :     foreach $_ (@mem)
1052 :     {
1053 :     $alternatives{$_} = [$subset,$mem];
1054 :     }
1055 :     }
1056 :     }
1057 :     }
1058 :    
1059 :     my @in = $subsystem->get_genomes;
1060 :    
1061 :     if (@in > 0)
1062 :     {
1063 :     my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
1064 :    
1065 :     my @row_guide = ();
1066 :    
1067 :     my($role,%in_col);
1068 :     foreach $role (grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_roles)
1069 :     {
1070 :     if (! $in_col{$role})
1071 :     {
1072 :     if ($_ = $alternatives{$role})
1073 :     {
1074 :     my($abbrev,$mem) = @$_;
1075 :     push(@$col_hdrs,$abbrev);
1076 :     push(@row_guide,[map { [$_,"-" . ($subsystem->get_role_index($_) + 1)] } @$mem]);
1077 :     foreach $_ (@$mem) { $in_col{$_} = 1 };
1078 :     }
1079 :     else
1080 :     {
1081 :     push(@$col_hdrs,$subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role)));
1082 :     push(@row_guide,[[$role,""]]);
1083 :     }
1084 :     }
1085 :     }
1086 :    
1087 :     my $tab = [];
1088 :     my($genome,@pegs,@cells,$set,$peg_set,$pair,$role,$suffix,$row,$peg,$color_of,$cell,%count,$color,@colors);
1089 :     foreach $genome (grep { $activeR{$_} } @in)
1090 :     {
1091 : overbeek 1.7 my($genomeV,$vcodeV,$vcode_value);
1092 :     $vcode_value = $subsystem->get_variant_code($subsystem->get_genome_index($genome));
1093 : overbeek 1.8 $row = [$genome, &ext_genus_species($fig,$genome),$vcode_value];
1094 : overbeek 1.1
1095 :     @pegs = ();
1096 :     @cells = ();
1097 :     foreach $set (@row_guide)
1098 :     {
1099 :     $peg_set = [];
1100 :     foreach $pair (@$set)
1101 :     {
1102 :     ($role,$suffix) = @$pair;
1103 : overbeek 1.2 foreach $peg ($subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role))
1104 : overbeek 1.1 {
1105 :     push(@$peg_set,[$peg,$suffix]);
1106 :     }
1107 :     }
1108 :     push(@pegs,map { $_->[0] } @$peg_set);
1109 :     push(@cells,$peg_set);
1110 :     }
1111 :     $color_of = &group_by_clusters($fig,\@pegs);
1112 :     foreach $cell (@cells)
1113 :     {
1114 :     undef %count;
1115 :     foreach $_ (@$cell)
1116 :     {
1117 :     if (($color = $color_of->{$_->[0]}) ne '#FFFFFF')
1118 :     {
1119 :     $count{$color}++;
1120 :     }
1121 :     }
1122 :     @colors = sort { $count{$b} <=> $count{$a} } keys(%count);
1123 :     $color = (@colors > 0) ? $colors[0] : '#FFFFFF';
1124 :     push(@$row,"\@bgcolor=\"$color\":" . join(", ",map { &HTML::fid_link($cgi,$_->[0],"local") . $_->[1] } @$cell));
1125 :     }
1126 :     push(@$tab,$row);
1127 :     }
1128 :    
1129 :    
1130 :     my($sort);
1131 :     if ($sort = $cgi->param('sort'))
1132 :     {
1133 :     if ($sort eq "by_variant")
1134 :     {
1135 : overbeek 1.8 my @tmp = ();
1136 :     my $row;
1137 :     foreach $row (@$tab)
1138 :     {
1139 :     my @var = ();
1140 :     my $i;
1141 :     for ($i=3; ($i < @$row); $i++)
1142 :     {
1143 :     push(@var, ($row->[$i] =~ /fig\|/) ? 1 : 0);
1144 :     }
1145 :     push(@tmp,[join("",@var),$row]);
1146 :     }
1147 :     $tab = [map { $_->[1] } sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @tmp];
1148 : overbeek 1.1 }
1149 :     elsif ($sort eq "by_phylo")
1150 :     {
1151 :     $tab = [map { $_->[0] }
1152 :     sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[0]->[1] cmp $b->[0]->[1]) }
1153 :     map { [$_, $fig->taxonomy_of($_->[0])] }
1154 :     @$tab];
1155 :     }
1156 :     elsif ($sort eq "by_tax_id")
1157 :     {
1158 :     $tab = [sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @$tab];
1159 :     }
1160 :     elsif ($sort eq "alphabetic")
1161 :     {
1162 :     $tab = [sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[0] <=> $b->[0]) } @$tab];
1163 :     }
1164 :     }
1165 :    
1166 : overbeek 1.8 foreach $row (@$tab)
1167 :     {
1168 :     my($genomeV,$vcodeV,$vcode_value);
1169 :     $genome = $row->[0];
1170 :     $vcode_value = $row->[2];
1171 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1172 :     {
1173 :     $genomeV = $cgi->textfield(-name => "genome$genome", -size => 15, -value => $genome, -override => 1);
1174 :     $vcodeV = $cgi->textfield(-name => "vcode$genome", -value => $vcode_value, -size => 5);
1175 :     }
1176 :     else
1177 :     {
1178 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$genome", -value => $genome, -override => 1),
1179 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$genome", -value => $vcode_value));
1180 :     $genomeV = $genome;
1181 :     $vcodeV = $vcode_value;
1182 :     }
1183 :     $row->[0] = $genomeV;
1184 :     $row->[2] = $vcodeV;
1185 :     }
1186 :    
1187 : overbeek 1.6 my $tab1 = [];
1188 :     foreach $row (@$tab)
1189 :     {
1190 :     if ((@$tab1 > 0) && ((@$tab1 % 10) == 0))
1191 :     {
1192 :     push(@$tab1,[map { "<b>$_</b>" } @$col_hdrs]) ;
1193 :     }
1194 :     push(@$tab1,$row);
1195 :     }
1196 :    
1197 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab1,"Basic Spreadsheet"),
1198 : overbeek 1.1 $cgi->hr
1199 :     );
1200 :    
1201 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'sort',
1202 :     -value => ['unsorted','alphabetic','by_variant','by_phylo','by_tax_id'],
1203 :     -default => 'unsorted'
1204 :     ));
1205 :     }
1206 :     }
1207 :    
1208 :     sub group_by_clusters {
1209 :     my($fig,$pegs) = @_;
1210 :     my($peg,@clusters,@cluster,@colors,$color,%seen,%conn,$x,$peg1,@pegs,$i);
1211 :    
1212 :     my $color_of = {};
1213 :     foreach $peg (@$pegs) { $color_of->{$peg} = '#FFFFFF' }
1214 :    
1215 :     if ($cgi->param('show_clusters'))
1216 :     {
1217 :     @pegs = keys(%$color_of);
1218 :    
1219 :     foreach $peg (@pegs)
1220 :     {
1221 :     foreach $peg1 (grep { $color_of->{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))
1222 :     {
1223 :     push(@{$conn{$peg}},$peg1);
1224 :     }
1225 :     }
1226 :    
1227 :     @clusters = ();
1228 :     while ($peg = shift @pegs)
1229 :     {
1230 :     if (! $seen{$peg})
1231 :     {
1232 :     @cluster = ($peg);
1233 :     $seen{$peg} = 1;
1234 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
1235 :     {
1236 :     $x = $conn{$cluster[$i]};
1237 :     foreach $peg1 (@$x)
1238 :     {
1239 :     if (! $seen{$peg1})
1240 :     {
1241 :     push(@cluster,$peg1);
1242 :     $seen{$peg1} = 1;
1243 :     }
1244 :     }
1245 :     }
1246 :     push(@clusters,[@cluster]);
1247 :     }
1248 :     }
1249 :    
1250 :     @colors =
1251 :     (
1252 :     '#C0C0C0',
1253 :     '#FF40C0',
1254 :     '#FF8040',
1255 :     '#FF0080',
1256 :     '#FFC040',
1257 :     '#40C0FF',
1258 :     '#40FFC0',
1259 :     '#C08080',
1260 :     '#C0FF00',
1261 :     '#00FF80',
1262 :     '#00C040'
1263 :     );
1264 :    
1265 :     @clusters = grep { @$_ > 1 } sort { @$a <=> @$b } @clusters;
1266 :    
1267 :     if (@clusters > @colors) { splice(@clusters,0,(@clusters - @colors)) } # make sure we have enough colors
1268 :    
1269 :     my($cluster);
1270 :     foreach $cluster (@clusters)
1271 :     {
1272 :     $color = shift @colors;
1273 :     foreach $peg (@$cluster)
1274 :     {
1275 :     $color_of->{$peg} = $color;
1276 :     }
1277 :     }
1278 :     }
1279 :     return $color_of;
1280 :     }
1281 :    
1282 :     sub format_ssa_table {
1283 :     my($cgi,$html,$user,$ssaP) = @_;
1284 :     my($ssa,$curator);
1285 :     my($url1,$link1);
1286 :    
1287 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1288 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
1289 :     -method => 'post'),
1290 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1291 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
1292 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'delete_or_export_ssa', -override => 1)
1293 :     );
1294 :     push(@$html,"<font size=\"+2\">Please do not ever edit someone else\'s spreadsheet (by using their
1295 :     user ID), and <b>never open multiple windows to
1296 :     process the same spreadsheet</b></font>. It is, of course, standard practice to open a subsystem
1297 :     spreadsheet and then to have multiple other SEED windows to access data and modify annotations. Further,
1298 :     you can access someone else's subsystem spreadsheet using your ID (which will make it impossible
1299 :     for you to edit the spreadsheet).
1300 :     Just do not open the same subsystem spreadsheet for editing in multiple windows simultaneously.",
1301 :     $cgi->br,
1302 :     $cgi->br
1303 :     );
1304 :    
1305 :     my $col_hdrs = [
1306 :     "Name","Curator","Exchangable","Version",
1307 :     "Reset to Previous Timestamp","Delete",
1308 :     "Export Full Subsystem","Export Just Assignments", "Publish to Clearinghouse",
1309 :     ];
1310 :     my $title = "Existing Subsystem Annotations";
1311 :     my $tab = [];
1312 :     foreach $_ (@$ssaP)
1313 :     {
1314 :     my($publish_checkbox);
1315 :     ($ssa,$curator) = @$_;
1316 :    
1317 :     my($url,$link);
1318 :     if ((-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup") && ($curator eq $cgi->param('user')))
1319 :     {
1320 :     $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset";
1321 :     $link = "<a href=$url>reset</a>";
1322 :     }
1323 :     else
1324 :     {
1325 :     $link = "";
1326 :     }
1327 :    
1328 :     if (($fig->is_exchangable_subsystem($ssa)) && ($curator eq $cgi->param('user')))
1329 :     {
1330 :     $url1 = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_unexchangable";
1331 :     $link1 = "Exchangable<br><a href=$url1>Make not exchangable</a>";
1332 :     }
1333 :     elsif ($curator eq $cgi->param('user'))
1334 :     {
1335 :     $url1 = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_exchangable";
1336 :     $link1 = "Not exchangable<br><a href=$url1>Make exchangable</a>";
1337 :     }
1338 :     else
1339 :     {
1340 :     $link1 = "";
1341 :     }
1342 :    
1343 :     #
1344 :     # Only allow publish for subsystems we are curating?
1345 :     #
1346 :     if ($curator eq $cgi->param('user'))
1347 :     {
1348 :     $publish_checkbox = $cgi->checkbox(-name => "publish_to_clearinghouse",
1349 :     -value => $ssa,
1350 :     -label => "Publish"),
1351 :    
1352 :     }
1353 :    
1354 :     push(@$tab,[
1355 :     &ssa_link($ssa,$user),
1356 :     $curator,
1357 :     $link1,
1358 :     $fig->subsystem_version($ssa),
1359 :     $link,
1360 :     ($curator eq $cgi->param('user')) ? $cgi->checkbox(-name => "delete", -value => $ssa) : "",
1361 :     $cgi->checkbox(-name => "export", -value => $ssa, -label => "Export full"),
1362 :     $cgi->checkbox(-name => "export_assignments", -value => $ssa, -label => "Export assignments"),
1363 :     $publish_checkbox,
1364 :     ]);
1365 :     }
1366 :     push(@$html,
1367 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title),
1368 :     $cgi->submit(-name => 'delete_export',
1369 :     -label => 'Process marked deletions and exports'),
1370 :     $cgi->submit(-name => 'publish',
1371 :     -label => "Publish marked subsystems"),
1372 :     $cgi->end_form
1373 :     );
1374 :     }
1375 :    
1376 :     sub existing_subsystem_annotations {
1377 :     my($ssa,$name);
1378 :     my @ssa = ();
1379 :     if (opendir(SSA,"$FIG_Config::data/Subsystems"))
1380 :     {
1381 :     @ssa = map { $ssa = $_; $name = $ssa; $ssa =~ s/[ \/]/_/g; [$name,&curator($ssa)] } grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SSA);
1382 :     closedir(SSA);
1383 :     }
1384 :     return sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @ssa;
1385 :     }
1386 :    
1387 :     sub ssa_link {
1388 :     my($ssa,$user) = @_;
1389 :     my $name = $ssa; $name =~ s/_/ /g;
1390 :     my $target = "window$$";
1391 : overbeek 1.9 if ($name =~ /([a-zA-Z]{3})/)
1392 :     {
1393 :     $target .= ".$1";
1394 :     }
1395 :    
1396 : overbeek 1.1 my $can_alter = &curator($ssa) eq $user;
1397 :    
1398 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=show_ssa&can_alter=$can_alter";
1399 :     return "<a href=$url target=$target>$name</a>";
1400 :     }
1401 :    
1402 :     sub curator {
1403 :     my($ssa) = @_;
1404 :     my($who) = "";
1405 :    
1406 :     if (open(DATA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1407 :     {
1408 :     $_ = <DATA>;
1409 :     if ($_ =~ /^\d+\t(\S+)\s+started/)
1410 :     {
1411 :     $who = $1;
1412 :     }
1413 :     close(DATA);
1414 :     }
1415 :     return $who;
1416 :     }
1417 :    
1418 :     sub log_update {
1419 :     my($ssa,$user) = @_;
1420 :    
1421 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
1422 :    
1423 :     if (open(LOG,">>$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1424 :     {
1425 :     my $time = time;
1426 :     print LOG "$time\t$user\tupdated\n";
1427 :     close(LOG);
1428 :     }
1429 :     else
1430 :     {
1431 :     print STDERR "failed to open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log\n";
1432 :     }
1433 :     }
1434 :    
1435 :     sub export {
1436 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1437 :     my($line);
1438 :    
1439 :     my ($exportable,$notes) = $fig->exportable_subsystem($ssa);
1440 :     foreach $line (@$exportable,@$notes)
1441 :     {
1442 :     print $line;
1443 :     }
1444 :     }
1445 :    
1446 :     sub export_assignments {
1447 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1448 :     my(@roles,$i,$entry,$id,$user);
1449 :    
1450 :     if (($user = $cgi->param('user')) && open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
1451 :     {
1452 :     $user =~ s/^master://;
1453 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1454 :     my $who = &curator($ssa);
1455 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:generated_from_subsystem_$ssa";
1456 :    
1457 :     if (open(OUT,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1458 :     {
1459 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//))
1460 :     {
1461 :     chop;
1462 :     push(@roles,$_);
1463 :     }
1464 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//)) {}
1465 :     while (defined($_ = <SSA>))
1466 :     {
1467 :     chop;
1468 :     my @flds = split(/\t/,$_);
1469 :     my $genome = $flds[0];
1470 :     for ($i=2; ($i < @flds); $i++)
1471 :     {
1472 :     my @entries = split(/,/,$flds[$i]);
1473 :     foreach $id (@entries)
1474 :     {
1475 :     my $peg = "fig|$genome.peg.$id";
1476 :     my $func = $fig->function_of($peg);
1477 :     print OUT "$peg\t$func\n";
1478 :     }
1479 :     }
1480 :     }
1481 :     close(OUT);
1482 :     }
1483 :     close(SSA);
1484 :     }
1485 :     }
1486 :    
1487 :     sub format_missing {
1488 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1489 :     my($org,$abr,$role,$missing);
1490 :    
1491 :     $user = $cgi->param('user');
1492 :    
1493 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1494 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1495 :    
1496 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1497 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1498 :    
1499 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1500 :    
1501 :     my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } $subsystem->get_subset_namesC;
1502 :     my($set,$col,%in);
1503 :     foreach $set (@alt_sets)
1504 :     {
1505 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1506 : overbeek 1.1 foreach $col (@mem)
1507 :     {
1508 :     $in{$col} = $set;
1509 :     }
1510 :     }
1511 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1512 :    
1513 :     foreach $org (@subsetR)
1514 :     {
1515 :     my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsystem,$org,\@subsetC,\%in);
1516 :    
1517 :     $missing = [];
1518 :     foreach $role (@missing)
1519 :     {
1520 :     $abr = $subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role));
1521 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1522 :    
1523 :     my $link = "<a href=" . &FIG::cgi_url . "/pom.cgi?user=$user&request=find_in_org&role=$roleE&org=$org>$abr $role</a>";
1524 :     push(@$missing,$link);
1525 :     }
1526 :    
1527 :     if (@$missing > 0)
1528 :     {
1529 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1530 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1531 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($missing)));
1532 :     }
1533 :     }
1534 :     }
1535 :    
1536 :     sub columns_missing_entries {
1537 :     my($cgi,$subsystem,$org,$roles,$in) = @_;
1538 :    
1539 :     next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
1540 :     my $just_col = $cgi->param('just_col');
1541 :     my(@really_missing) = ();
1542 :    
1543 :     my($role,%missing_cols);
1544 :     foreach $role (@$roles)
1545 :     {
1546 :     next if ($just_col && ($role ne $just_col));
1547 :     if ($subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role) == 0)
1548 :     {
1549 :     $missing_cols{$role} = 1;
1550 :     }
1551 :     }
1552 :    
1553 :     foreach $role (@$roles)
1554 :     {
1555 :     if ($missing_cols{$role})
1556 :     {
1557 :     my($set);
1558 :     if (($set = $in->{$role}) && (! $cgi->param('ignore_alt')))
1559 :     {
1560 : overbeek 1.4 my @set = $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1561 : overbeek 1.1
1562 :     my($k);
1563 :     for ($k=0; ($k < @set) && $missing_cols{$set[$k]}; $k++) {}
1564 :     if ($k == @set)
1565 :     {
1566 :     push(@really_missing,$role);
1567 :     }
1568 :     }
1569 :     else
1570 :     {
1571 :     push(@really_missing,$role);
1572 :     }
1573 :     }
1574 :     }
1575 :     return @really_missing;
1576 :     }
1577 :    
1578 :     sub format_missing_including_matches
1579 :     {
1580 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1581 :     my($org,$abr,$role,$missing);
1582 :    
1583 :     my $user = $cgi->param('user');
1584 :    
1585 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1586 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1587 :    
1588 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1589 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1590 :    
1591 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1592 :    
1593 :     my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } $subsystem->get_subset_namesC;
1594 :     my($set,$col,%in);
1595 :     foreach $set (@alt_sets)
1596 :     {
1597 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1598 : overbeek 1.1 foreach $col (@mem)
1599 :     {
1600 :     $in{$col} = $set;
1601 :     }
1602 :     }
1603 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1604 :    
1605 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
1606 :    
1607 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1608 :     push(@$html,
1609 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1610 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
1611 :    
1612 :     foreach $org (@subsetR)
1613 :     {
1614 :     my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsystem,$org,\@subsetC,\%in);
1615 :     $missing = [];
1616 :    
1617 :     foreach $role (@missing)
1618 :     {
1619 :     next if (($_ = $cgi->param('just_role')) && ($_ != ($subsystem->get_role_index($role) + 1)));
1620 :     $abr = $subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role));
1621 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1622 :    
1623 :     #
1624 :     # All the way up to here is code to retrieve the role name.
1625 :     #
1626 :    
1627 :     #
1628 :     # Invoke find_role_in_org to get the roles we might have.
1629 :     #
1630 :    
1631 :     my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
1632 :    
1633 :     push(@$missing,@hits);
1634 :     }
1635 :    
1636 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1637 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1638 :    
1639 :     if (@$missing > 0)
1640 :     {
1641 :     my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
1642 :     my $tbl = [];
1643 :    
1644 :     for my $hit (@$missing)
1645 :     {
1646 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
1647 :    
1648 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
1649 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
1650 :    
1651 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
1652 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
1653 :     -label => "");
1654 :    
1655 :     push(@$tbl, [$checkbox,
1656 :     $psc,
1657 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
1658 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
1659 :     }
1660 :    
1661 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
1662 :     }
1663 :     else
1664 :     {
1665 :     push(@$html, $cgi->p("No matches."));
1666 :     }
1667 :    
1668 :     }
1669 :     push(@$html,
1670 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
1671 :     -name => "batch_assign"),
1672 :     $cgi->end_form);
1673 :     }
1674 :    
1675 : overbeek 1.3 sub format_check_assignments {
1676 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1677 :     my($org,$role);
1678 :    
1679 :     my $user = $cgi->param('user');
1680 :    
1681 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1682 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1683 :    
1684 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1685 : overbeek 1.3 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1686 :    
1687 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1688 :    
1689 :     push(@$html,$cgi->h1('Potentially Bad Assignments:'));
1690 :    
1691 :     foreach $org (@subsetR)
1692 :     {
1693 :     next if (($_ = $cgi->param('just_genome_assignments')) && ($_ != $org));
1694 :     my @bad = ();
1695 :    
1696 :     foreach $role (@subsetC)
1697 :     {
1698 :     next if (($_ = $cgi->param('just_role_assignments')) && ($_ != ($subsystem->get_role_index($role) + 1)));
1699 :     push(@bad,&checked_assignments($cgi,$subsystem,$org,$role));
1700 :     }
1701 :    
1702 :     if (@bad > 0)
1703 :     {
1704 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1705 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"),
1706 :     $cgi->ul($cgi->li(\@bad)));
1707 :    
1708 :     }
1709 :     }
1710 :     push(@$html,$cgi->hr);
1711 :     }
1712 :    
1713 :     sub checked_assignments {
1714 :     my($cgi,$subsystem,$genome,$role) = @_;
1715 :     my($peg,$line1,$line2,@out,$curr,$auto);
1716 :    
1717 :     my(@bad) = ();
1718 :     my @pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
1719 :     if (@pegs > 0)
1720 :     {
1721 :     my $tmp = "/tmp/tmp.pegs.$$";
1722 :     open(TMP,">$tmp") || die "could not open $tmp";
1723 :     foreach $peg (@pegs)
1724 :     {
1725 :     print TMP "$peg\n";
1726 :     }
1727 :     close(TMP);
1728 :     my $strict = $cgi->param('strict_check') ? "strict" : "";
1729 :     @out = `$FIG_Config::bin/check_peg_assignments $strict < $tmp 2> /dev/null`;
1730 :     unlink($tmp);
1731 :    
1732 :     while (($_ = shift @out) && ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/))
1733 :     {
1734 :     $peg = $1;
1735 :     if (($line1 = shift @out) && ($line1 =~ /^current:\s+(\S.*\S)/) && ($curr = $1) &&
1736 :     ($line2 = shift @out) && ($line2 =~ /^auto:\s+(\S.*\S)/) && ($auto = $1))
1737 :     {
1738 :     if (! $fig->same_func($curr,$auto))
1739 :     {
1740 :     my $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
1741 :     push(@bad,"$link<br>$line1<br>$line2<br><br>");
1742 :     }
1743 :     }
1744 :     }
1745 :     }
1746 :     return @bad;
1747 :     }
1748 :    
1749 : overbeek 1.1 sub format_dups {
1750 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1751 :    
1752 :     my $user = $cgi->param('user');
1753 :    
1754 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1755 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1756 :    
1757 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1758 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1759 :    
1760 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1761 :    
1762 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Duplicates:'));
1763 :    
1764 :     my($org,$duplicates,$role,$genus_species);
1765 :     foreach $org (@subsetR)
1766 :     {
1767 :     $duplicates = [];
1768 :     foreach $role (@subsetC)
1769 :     {
1770 :     my(@pegs,$peg,$func);
1771 :     if ((@pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role)) > 1)
1772 :     {
1773 :     push(@$duplicates,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } @pegs])));
1774 :     }
1775 :     }
1776 :    
1777 :     if (@$duplicates > 0)
1778 :     {
1779 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1780 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1781 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($duplicates)));
1782 :     }
1783 :     }
1784 :     }
1785 :    
1786 :     sub format_coupled {
1787 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$type) = @_;
1788 :     my($i,$j,@show,$user,$org,$link,$gs,$func,$peg,$peg1,$peg2,%in,%seen,%seen2);
1789 :     my(@cluster,$sc,$x,$id2,@in,$sim,@coupled);
1790 :     my($org,$role);
1791 :    
1792 :     $user = $cgi->param('user');
1793 :    
1794 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1795 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1796 :    
1797 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1798 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1799 :    
1800 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1801 :    
1802 :     foreach $org (@subsetR)
1803 :     {
1804 :     foreach $role (@subsetC)
1805 :     {
1806 :     push(@in,$subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role));
1807 :     }
1808 :     }
1809 :    
1810 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
1811 :     @show = ();
1812 :     foreach $peg1 (@in)
1813 :     {
1814 :     if ($type eq "careful")
1815 :     {
1816 :     @coupled = $fig->coupling_and_evidence($peg1,5000,1.0e-10,0.2,1);
1817 :     }
1818 :     else
1819 :     {
1820 :     @coupled = $fig->fast_coupling($peg1,5000,1);
1821 :     }
1822 :    
1823 :     foreach $x (@coupled)
1824 :     {
1825 :     ($sc,$peg2) = @$x;
1826 :     if ((! $in{$peg2}) && ((! $seen{$peg2}) || ($seen{$peg2} < $sc)))
1827 :     {
1828 :     $seen{$peg2} = $sc;
1829 :     # print STDERR "$sc\t$peg1 -> $peg2\n";
1830 :     }
1831 :     }
1832 :     }
1833 :    
1834 :     foreach $peg1 (sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} } keys(%seen))
1835 :     {
1836 :     if (! $seen2{$peg1})
1837 :     {
1838 :     @cluster = ($peg1);
1839 :     $seen2{$peg1} = 1;
1840 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
1841 :     {
1842 :     foreach $sim ($fig->sims($cluster[$i],1000,1.0e-10,"fig"))
1843 :     {
1844 :     $id2 = $sim->id2;
1845 :     if ($seen{$id2} && (! $seen2{$id2}))
1846 :     {
1847 :     push(@cluster,$id2);
1848 :     $seen2{$id2} = 1;
1849 :     }
1850 :     }
1851 :     }
1852 :     push(@show, [scalar @cluster,
1853 :     $cgi->br .
1854 :     $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_;
1855 :     $sc = $seen{$peg};
1856 :     $func = $fig->function_of($peg,$user);
1857 :     $gs = $fig->genus_species($fig->genome_of($peg));
1858 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
1859 :     "$sc: $link: $func \[$gs\]" }
1860 :     sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} }
1861 :     @cluster]))
1862 :     ]);
1863 :     }
1864 :     }
1865 :    
1866 :     if (@show > 0)
1867 :     {
1868 :     @show = map { $_->[1] } sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @show;
1869 :     push(@$html,$cgi->h1('Coupled, but not in Spreadsheet:'));
1870 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li(\@show)));
1871 :     }
1872 :     }
1873 :    
1874 :     sub ext_genus_species {
1875 :     my($fig,$genome) = @_;
1876 :    
1877 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
1878 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
1879 :     return "$gs [$c]";
1880 :     }
1881 :    
1882 :     sub show_tree {
1883 :    
1884 :     my($id,$gs);
1885 :     my($tree,$ids) = $fig->build_tree_of_complete;
1886 :     my $relabel = {};
1887 :     foreach $id (@$ids)
1888 :     {
1889 :     if ($gs = $fig->genus_species($id))
1890 :     {
1891 :     $relabel->{$id} = "$gs ($id)";
1892 :     }
1893 :     }
1894 :     $_ = &display_tree($tree,$relabel);
1895 :     print $cgi->pre($_),"\n";
1896 :     }
1897 :    
1898 :     sub export_align_input
1899 :     {
1900 :    
1901 :     }
1902 :    
1903 :     sub align_column {
1904 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem) = @_;
1905 :     my($colN,@checked,$cutoff);
1906 :    
1907 :     my $checked;
1908 :     my $roles = [$subsystem->get_roles];
1909 :     if (($colN = &which_column($col,$roles)) &&
1910 :     ((@checked = &seqs_to_align($colN,$subsystem)) > 1))
1911 :     {
1912 :     if ($cutoff = $cgi->param('include_homo'))
1913 :     {
1914 :     my $max = $cgi->param('max_homo');
1915 :     $max = $max ? $max : 100;
1916 :     push(@checked,&get_homologs($fig,\@checked,$cutoff,$max));
1917 :     }
1918 :     $checked = join("\' \'",@checked);
1919 :     }
1920 :     else
1921 :     {
1922 :     push(@$html,"<h1>You need to check at least two sequences</h1>\n");
1923 :     return;
1924 :     }
1925 :    
1926 :    
1927 :     #
1928 :     # See if we want to produce the alignment, or just produce the
1929 :     # input to the alignment.
1930 :     #
1931 :    
1932 :     if ($cgi->param("show_align_input"))
1933 :     {
1934 :     push(@$html, "<pre>\n");
1935 :     my $relabel;
1936 :     foreach my $id (@checked)
1937 :     {
1938 :     my $seq;
1939 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
1940 :     {
1941 :     push(@$html, ">$id\n$seq\n");
1942 :     my $func = $fig->function_of($id);
1943 :     $relabel->{$id} = "$id: $func";
1944 :     }
1945 :     else
1946 :     {
1947 :     push(@$html, "could not find translation for $id\n");
1948 :     }
1949 :     }
1950 :     push(@$html, "\n</pre>\n");
1951 :     }
1952 :     else
1953 :     {
1954 :     push(@$html,"<pre>\n");
1955 :     my %org = map { ( $_, $fig->org_of($_) ) } @checked;
1956 :     # Modified by GJO to compress tree and add organism names to tree:
1957 :     # push(@$html,`$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`);
1958 :    
1959 :     # Simpler version
1960 :     # push @$html, map { chomp;
1961 :     # /^ *\|[ |]*$/ # line that adds only tree height
1962 :     # ? () # remove it
1963 :     # : /- ([a-z]+\|\S+):/ && defined( $org{$1} ) # tree id?
1964 :     # ? "$_ [$org{$1}]\n" # add the name
1965 :     # : "$_\n" # otherwise leave unmodified
1966 :     # } `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`;
1967 :    
1968 :     # More complex version the preserves double spaced tree tips
1969 :     my $tip = 0;
1970 :     my @out = ();
1971 :    
1972 :     foreach ( `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'` )
1973 :     {
1974 :     chomp;
1975 :     if ( /^ *\|[ |]*$/ ) {} # line that adds only tree height
1976 :     elsif ( /- ([a-z]+\|\S+):/ ) # line with tree tip
1977 :     {
1978 :     if ( defined( $org{$1} ) ) { $_ .= " [$org{$1}]" } # add org
1979 :     if ( $tip ) { push @out, " |\n" } # 2 tips in a row? add line
1980 :     push @out, "$_\n"; # output current line
1981 :     $tip = 1;
1982 :     }
1983 :     else # not a tip
1984 :     {
1985 :     push @out, "$_\n";
1986 :     $tip = 0;
1987 :     }
1988 :     }
1989 :     push(@$html,&set_links($cgi,\@out));
1990 :     push(@$html,"</pre>\n");
1991 :     }
1992 :     }
1993 :    
1994 :     sub which_column {
1995 :     my($col,$roles) = @_;
1996 :     my($i);
1997 :    
1998 :     if (($col =~ /^(\d+)/) && ($1 <= @$roles))
1999 :     {
2000 :     return $roles->[$1-1];
2001 :     }
2002 :     return undef;
2003 :     }
2004 :    
2005 :     sub seqs_to_align {
2006 :     my($role,$subsystem) = @_;
2007 :     my($genome);
2008 :    
2009 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
2010 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
2011 :    
2012 :     my @seqs = ();
2013 :     foreach $genome (@subsetR)
2014 :     {
2015 :     push(@seqs,$subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role));
2016 :     }
2017 :     return @seqs;
2018 :     }
2019 :    
2020 :     sub get_homologs {
2021 :     my($fig,$checked,$cutoff,$max) = @_;
2022 :     my($peg,$sim,$id2);
2023 :    
2024 :     my @homologs = ();
2025 :     my %got = map { $_ => 1 } @$checked;
2026 :    
2027 :     foreach $peg (@$checked)
2028 :     {
2029 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,$max,$cutoff,"fig"))
2030 :     {
2031 :     $id2 = $sim->id2;
2032 :     if (! $got{$id2})
2033 :     {
2034 :     push(@homologs,[$sim->psc,$id2]);
2035 :     $got{$id2} = 1;
2036 :     }
2037 :     }
2038 :     }
2039 :     @homologs = map { $_->[1] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @homologs;
2040 :     if (@homologs > $max) { $#homologs = $max-1 }
2041 :    
2042 :     return @homologs;
2043 :     }
2044 :    
2045 :     sub set_links {
2046 :     my($cgi,$out) = @_;
2047 :    
2048 :     my @with_links = ();
2049 :     foreach $_ (@$out)
2050 :     {
2051 :     if ($_ =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)$/)
2052 :     {
2053 :     my($before,$peg,$after) = ($1,$2,$3);
2054 :     push(@with_links, $before . &HTML::fid_link($cgi,$peg) . $after . "\n");
2055 :     }
2056 :     else
2057 :     {
2058 :     push(@with_links,$_);
2059 :     }
2060 :     }
2061 :     return @with_links;
2062 :     }
2063 :    
2064 :     sub reset_ssa {
2065 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2066 :     my($ssa,@spreadsheets,$col_hdrs,$tab,$t,$readable,$url,$link,@tmp);
2067 :    
2068 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) && opendir(BACKUP,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup"))
2069 :     {
2070 :     @spreadsheets = sort { $b <=> $a }
2071 :     map { $_ =~ /^spreadsheet.(\d+)/; $1 }
2072 :     grep { $_ =~ /^spreadsheet/ }
2073 :     readdir(BACKUP);
2074 :     closedir(BACKUP);
2075 :     $col_hdrs = ["When","Number Genomes"];
2076 :     $tab = [];
2077 :     foreach $t (@spreadsheets)
2078 :     {
2079 :     $readable = &FIG::epoch_to_readable($t);
2080 :     $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset_to&ts=$t";
2081 :     $link = "<a href=$url>$readable</a>";
2082 :     open(TMP,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t")
2083 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t";
2084 :     $/ = "//\n";
2085 :     $_ = <TMP>;
2086 :     $_ = <TMP>;
2087 :     $_ = <TMP>;
2088 :     chomp;
2089 :     $/ = "\n";
2090 :    
2091 :     @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+/ } split(/\n/,$_);
2092 :     push(@$tab,[$link,scalar @tmp]);
2093 :     }
2094 :     }
2095 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Possible Points to Reset From"));
2096 :     }
2097 :    
2098 :     sub reset_ssa_to {
2099 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2100 :     my($ts,$ssa);
2101 :    
2102 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2103 :     ($ts = $cgi->param('ts')) &&
2104 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts"))
2105 :     {
2106 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
2107 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
2108 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts")
2109 :     {
2110 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes";
2111 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
2112 :     }
2113 : overbeek 1.9
2114 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
2115 :     $subsystem->db_sync(0);
2116 :     undef $subsystem;
2117 : overbeek 1.1 }
2118 :     }
2119 :    
2120 :     sub make_exchangable {
2121 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2122 :     my($ssa);
2123 :    
2124 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2125 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet") &&
2126 :     open(TMP,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2127 :     {
2128 :     print TMP "1\n";
2129 :     close(TMP);
2130 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2131 :     }
2132 :     }
2133 :    
2134 :     sub make_unexchangable {
2135 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2136 :     my($ssa);
2137 :    
2138 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2139 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2140 :     {
2141 :     unlink("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2142 :     }
2143 :     }

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