[Bio] / FigWebServices / subsys.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/subsys.cgi

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Revision 1.39 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :    
3 :     use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 : overbeek 1.9
6 : overbeek 1.1 use Subsystem;
7 :    
8 :     use HTML;
9 :     use strict;
10 :     use tree_utilities;
11 :    
12 :     use CGI;
13 : overbeek 1.9
14 : overbeek 1.1 my $cgi = new CGI;
15 :     if (0)
16 :     {
17 :     my $VAR1;
18 :     eval(join("",`cat /tmp/ssa_parms`));
19 :     $cgi = $VAR1;
20 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
21 :     }
22 :    
23 :     if (0)
24 :     {
25 :     print $cgi->header;
26 :     my @params = $cgi->param;
27 :     print "<pre>\n";
28 :     foreach $_ (@params)
29 :     {
30 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
31 :     }
32 :    
33 :     if (0)
34 :     {
35 :     if (open(TMP,">/tmp/ssa_parms"))
36 :     {
37 :     print TMP &Dumper($cgi);
38 :     close(TMP);
39 :     }
40 :     }
41 :     exit;
42 :     }
43 :    
44 :     # request to display the phylogenetic tree
45 :     #
46 :     my $request = $cgi->param("request");
47 :     if ($request && ($request eq "show_tree"))
48 :     {
49 :     print $cgi->header;
50 :     &show_tree;
51 :     exit;
52 :     }
53 :    
54 :     my $html = [];
55 :    
56 :     my $user = $cgi->param('user');
57 :     $fig->set_user($user);
58 :    
59 : overbeek 1.14 if ($cgi->param('resynch_peg_connections') && (my $ssa = $cgi->param('ssa_name')))
60 : overbeek 1.9 {
61 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
62 :     $subsystem->db_sync(0);
63 :     undef $subsystem;
64 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
65 :     }
66 : overbeek 1.14 elsif ($user && ($cgi->param("extend_with_billogix")))
67 : overbeek 1.1 {
68 :     #
69 :     # Start a bg task to extend the subsystem.
70 :     #
71 :    
72 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
73 :    
74 :     my $user = $cgi->param('user');
75 :    
76 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
77 :    
78 : overbeek 1.14 if ($sub && ($user eq $sub->get_curator))
79 : overbeek 1.1 {
80 :     #
81 :     # See if there's already an extend job running.
82 :     #
83 :    
84 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
85 :     if ($curpid)
86 :     {
87 :     warn "Found current pid $curpid\n";
88 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
89 :     warn "job is $j\n";
90 :     warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
91 :     if ($j && $j->running())
92 :     {
93 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
94 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
95 :     last;
96 :     }
97 :     }
98 :    
99 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {$sub->extend_with_billogix($user);});
100 :    
101 :     push(@$html,
102 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
103 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
104 :    
105 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
106 :     }
107 :     else
108 :     {
109 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
110 :     }
111 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
112 :     exit;
113 :     }
114 :     else
115 :     {
116 :     $request = defined($request) ? $request : "";
117 : overbeek 1.8
118 : overbeek 1.14 if (($request eq "reset") && $user)
119 : overbeek 1.1 {
120 :     &reset_ssa($fig,$cgi,$html); # allow user to go back to a previous version of the ss
121 :     }
122 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "reset_to") && $user)
123 : overbeek 1.1 {
124 :     &reset_ssa_to($fig,$cgi,$html); # this actually resets to the previous version
125 : overbeek 1.9 &one_cycle($fig,$cgi,$html);
126 : overbeek 1.1 }
127 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "make_exchangable") && $user)
128 : overbeek 1.1 {
129 :     &make_exchangable($fig,$cgi,$html);
130 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
131 :     }
132 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "make_unexchangable") && $user)
133 : overbeek 1.1 {
134 :     &make_unexchangable($fig,$cgi,$html);
135 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
136 :     }
137 :     elsif ($request eq "show_ssa")
138 :     {
139 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
140 :     }
141 :     #
142 :     # Note that this is a little different; I added another submit button
143 :     # to the delete_or_export_ssa form, so have to distinguish between them
144 :     # here based on $cgi->param('delete_export') - the original button,
145 :     # or $cgi->param('publish') - the new one.
146 :     #
147 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "delete_or_export_ssa") && $user &&
148 :     defined($cgi->param('delete_export')))
149 : overbeek 1.1 {
150 :     my($ssa,$exported);
151 :     $exported = 0;
152 :     foreach $ssa ($cgi->param('export'))
153 :     {
154 :     if (! $exported)
155 :     {
156 :     print $cgi->header;
157 :     print "<pre>\n";
158 :     }
159 :     &export($fig,$cgi,$ssa);
160 :     $exported = 1;
161 :     }
162 :    
163 :     foreach $ssa ($cgi->param('export_assignments'))
164 :     {
165 :     &export_assignments($fig,$cgi,$ssa);
166 :     }
167 :    
168 :     foreach $ssa ($cgi->param('delete'))
169 :     {
170 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
171 :     $sub->delete_indices();
172 :    
173 :     my $cmd = "rm -rf '$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa'";
174 :     my $rc = system $cmd;
175 :     }
176 :    
177 :     if (! $exported)
178 :     {
179 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
180 :     }
181 :     else
182 :     {
183 :     print "</pre>\n";
184 :     exit;
185 :     }
186 :     }
187 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "delete_or_export_ssa") && $user &&
188 : overbeek 1.1 defined($cgi->param('publish')))
189 :     {
190 :     my($ssa,$exported);
191 :     my($ch) = $fig->get_clearinghouse();
192 :    
193 :     print $cgi->header;
194 :    
195 :     if (!defined($ch))
196 :     {
197 :     print "cannot publish: clearinghouse not available\n";
198 :     exit;
199 :     }
200 :    
201 :     foreach $ssa ($cgi->param('publish_to_clearinghouse'))
202 :     {
203 :     print "<h2>Publishing $ssa to clearinghouse...</h2>\n";
204 :     $| = 1;
205 :     print "<pre>\n";
206 :     my $res = $fig->publish_subsystem_to_clearinghouse($ssa);
207 :     print "</pre>\n";
208 :     if ($res)
209 :     {
210 :     print "Published <i>$ssa </i> to clearinghouse<br>\n";
211 :     }
212 :     else
213 :     {
214 :     print "<b>Failed</b> to publish <i>$ssa</i> to clearinghouse<br>\n";
215 :     }
216 :     }
217 :     exit;
218 :     }
219 : overbeek 1.14 elsif ($user && ($request eq "new_ssa") && ($cgi->param('copy_from1')) && (! $cgi->param('cols_to_take1')))
220 : overbeek 1.1 {
221 :     my $user = $cgi->param('user');
222 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
223 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
224 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
225 :     my(@roles1,@roles2);
226 :    
227 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
228 :     -method => 'post'),
229 :     $cgi->hidden(-name => 'copy_from1', -value => $copy_from1, -override => 1),
230 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
231 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
232 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1)
233 :     );
234 :    
235 :     @roles1 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from1);
236 :     if (@roles1 > 0)
237 :     {
238 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from1"),
239 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take1',
240 :     -values => ['all',@roles1],
241 :     -size => 10,
242 :     -multiple => 1
243 :     ),
244 :     $cgi->hr
245 :     );
246 :     }
247 :    
248 :     if ($copy_from2)
249 :     {
250 :     @roles2 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from2);
251 :     if (@roles2 > 0)
252 :     {
253 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'copy_from2', -value => $copy_from2, -override => 1));
254 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from2"),
255 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take2',
256 :     -values => ['all',@roles2],
257 :     -size => 10,
258 :     -multiple => 1
259 :     ),
260 :     $cgi->hr
261 :     );
262 :     }
263 :     }
264 :     push(@$html,$cgi->submit('build new subsystem'),
265 :     $cgi->end_form
266 :     );
267 :     }
268 :     elsif ($request eq "new_ssa")
269 :     {
270 :     &new_ssa($fig,$cgi,$html);
271 :     }
272 :     else
273 :     {
274 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
275 :     }
276 :     }
277 :    
278 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
279 :    
280 :    
281 :     sub show_initial {
282 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
283 :     my($set,$when,$comment);
284 :    
285 :     my $user = $cgi->param('user');
286 :     my @ssa = &existing_subsystem_annotations;
287 :    
288 :     if (@ssa > 0)
289 :     {
290 :     &format_ssa_table($cgi,$html,$user,\@ssa);
291 :     }
292 :    
293 :     my $target = "window$$";
294 :     push(@$html, $cgi->h1('To Start or Copy a Subsystem'),
295 :     $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
296 :     -target => $target,
297 :     -method => 'post'),
298 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
299 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1),
300 :     "Name of New Subsystem: ",
301 :     $cgi->textfield(-name => "ssa_name", -size => 50),
302 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => 1, -override => 1),
303 :     $cgi->br,
304 :    
305 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
306 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from1", -size => 50),
307 :     $cgi->br,
308 :    
309 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
310 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from2", -size => 50),
311 :     $cgi->br,
312 :    
313 :     $cgi->submit('start new subsystem'),
314 :     $cgi->end_form,
315 :     "<br>You can start a subsystem from scratch, in which case you should leave these two \"copy from\"
316 :     fields blank. If you wish to just copy a subsystem (in order to become the owner so that you can modify it),
317 :     just fill in one of the \"copy from\" fields with the name of the subsystem you wish to copy. If you wish to
318 :     extract a a subset of the columns to build a smaller spreadsheet (which could later be merged with another one),
319 :     fill in the name of the subsystem. You will be prompted for the columns that you wish to extract (choose <i>all</i> to
320 :     just copy all of the columns). Finally, if you wish to build a new spreadsheet by including columns from two existing
321 :     spreadsheets (including a complete merger), fill in the names of both the existing \"copy from\" subsystems"
322 :     );
323 :     }
324 :    
325 :     sub new_ssa {
326 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
327 :    
328 :     my $user = $cgi->param('user');
329 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
330 :    
331 :     if (! $user)
332 :     {
333 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user before starting a new subsystem annotation'));
334 :     return;
335 :     }
336 :    
337 :     if (! $name)
338 :     {
339 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem name'));
340 :     return;
341 :     }
342 :    
343 :     my $ssa = $name;
344 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
345 :    
346 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Subsystems");
347 :    
348 :     if (-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa")
349 :     {
350 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a new subsystem name; $ssa already is being used"));
351 :     return;
352 :     }
353 :    
354 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,1); # create new subsystem
355 :    
356 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
357 :     $copy_from1 =~ s/[ \/]/_/g;
358 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
359 :     $copy_from2 =~ s/[ \/]/_/g;
360 :     my @cols_to_take1 = $cgi->param('cols_to_take1');
361 :     my @cols_to_take2 = $cgi->param('cols_to_take2');
362 :    
363 :    
364 :     if ($copy_from1 && (@cols_to_take1 > 0))
365 :     {
366 : overbeek 1.9 $subsystem->add_to_subsystem($copy_from1,\@cols_to_take1,"take notes"); # add columns and notes
367 : overbeek 1.1 }
368 :    
369 :     if ($copy_from2 && (@cols_to_take2 > 0))
370 :     {
371 : overbeek 1.9 $subsystem->add_to_subsystem($copy_from2,\@cols_to_take2,"take notes"); # add columns and notes
372 : overbeek 1.1 }
373 :    
374 :     $subsystem->write_subsystem();
375 :    
376 :     $cgi->param(-name => "can_alter",
377 :     -value => 1);
378 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
379 :     }
380 :    
381 :     # The basic update logic (cycle) includes the following steps:
382 :     #
383 :     # 1. Load the existing spreadsheet
384 :     # 2. reconcile row and subset changes
385 : overbeek 1.9 # 3. process spreadsheet changes (fill/refill/add genomes/update variants)
386 : overbeek 1.1 # 4. write the updated spreadsheet back to disk
387 :     # 5. render the spreadsheet
388 :     #
389 :     sub one_cycle {
390 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
391 :    
392 :     my $user = $cgi->param('user');
393 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
394 :    
395 :     if (! $ssa)
396 :     {
397 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
398 :     return;
399 :     }
400 :    
401 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
402 :     if (&handle_role_and_subset_changes($fig,$subsystem,$cgi,$html))
403 :     {
404 :     &process_spreadsheet_changes($fig,$subsystem,$cgi,$html);
405 : overbeek 1.10
406 : overbeek 1.14 if ($cgi->param('can_alter') && ($user = $cgi->param('user')) && ($user eq $subsystem->get_curator))
407 :     {
408 :     $subsystem->write_subsystem();
409 :     }
410 : overbeek 1.20 &produce_html_to_display_subsystem($fig,$subsystem,$cgi,$html,$ssa);
411 : overbeek 1.1 }
412 :     }
413 :    
414 :     sub handle_role_and_subset_changes {
415 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html) = @_;
416 : overbeek 1.14 my $user;
417 : overbeek 1.1
418 : overbeek 1.14 if ((! $cgi->param('can_alter')) || (! ($user = $cgi->param('user'))) || ($user ne $subsystem->get_curator))
419 : overbeek 1.1 {
420 :     return 1; # no changes, so...
421 :     }
422 :     else
423 :     {
424 :     my($role,$p,$abr,$r,$n);
425 :     my @tuplesR = ();
426 :     my @roles = grep { $_ =~ /^role/ } $cgi->param();
427 :     if (@roles == 0) { return 1 } # initial call, everything is as it was
428 :    
429 :     foreach $role (@roles)
430 :     {
431 :     if (($role =~ /^role(\d+)/) && defined($n = $1))
432 :     {
433 :     if ($r = $cgi->param("role$n"))
434 :     {
435 : overbeek 1.9 $r =~ s/^\s+//;
436 :     $r =~ s/\s+$//;
437 :    
438 : overbeek 1.1 if (($p = $cgi->param("posR$n")) && ($abr = $cgi->param("abbrev$n")))
439 :     {
440 :     push(@tuplesR,[$p,$r,$abr]);
441 :     }
442 :     else
443 :     {
444 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to give a position and abbreviation for $r"));
445 :     return 0;
446 :     }
447 :     }
448 :     }
449 :     }
450 :     $subsystem->set_roles([map { [$_->[1],$_->[2]] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @tuplesR]);
451 :    
452 : overbeek 1.9
453 :     my($subset_name,$s,$test,$entries,$entry);
454 :     my @subset_names = grep { $_ =~ /^nameCS/ } $cgi->param();
455 :    
456 :     if (@subset_names == 0) { return 1 }
457 :    
458 :     my %defined_subsetsC;
459 :     foreach $s (@subset_names)
460 : overbeek 1.1 {
461 : overbeek 1.9 if (($s =~ /^nameCS(\d+)/) && defined($n = $1) && ($subset_name = $cgi->param($s)))
462 : overbeek 1.1 {
463 : overbeek 1.9
464 : overbeek 1.1 my($text);
465 : overbeek 1.9 $entries = [];
466 :     if ($text = $cgi->param("subsetC$n"))
467 : overbeek 1.1 {
468 :     foreach $entry (split(/[\s,]+/,$text))
469 :     {
470 :     if ($role = &to_role($entry,\@tuplesR))
471 :     {
472 : overbeek 1.9 push(@$entries,$role);
473 : overbeek 1.1 }
474 :     else
475 :     {
476 :     push(@$html,$cgi->h1("Invalid role designation in subset $s: $entry"));
477 :     return 0;
478 :     }
479 :     }
480 :     }
481 : overbeek 1.9 $defined_subsetsC{$subset_name} = $entries;
482 :     }
483 :     }
484 :    
485 :     foreach $s ($subsystem->get_subset_namesC)
486 :     {
487 :     next if ($s eq "All");
488 :     if ($entries = $defined_subsetsC{$s})
489 :     {
490 :     $subsystem->set_subsetC($s,$entries);
491 :     delete $defined_subsetsC{$s};
492 :     }
493 :     else
494 :     {
495 :     $subsystem->delete_subsetC($s);
496 : overbeek 1.1 }
497 :     }
498 : overbeek 1.9
499 :     foreach $s (keys(%defined_subsetsC))
500 :     {
501 :     $subsystem->set_subsetC($s,$defined_subsetsC{$s});
502 :     }
503 : overbeek 1.27
504 :     my $active_subsetC;
505 :     if ($active_subsetC = $cgi->param('active_subsetC'))
506 :     {
507 :     $subsystem->set_active_subsetC($active_subsetC);
508 :     }
509 : overbeek 1.1 }
510 :     return 1;
511 :     }
512 :    
513 :     sub to_role {
514 :     my($x,$role_tuples) = @_;
515 :     my $i;
516 :    
517 : overbeek 1.9 if (($x =~ /^(\d+)$/) && ($1 <= @$role_tuples)) { return $role_tuples->[$x-1]->[1] }
518 :    
519 : overbeek 1.1 for ($i=0; ($i < @$role_tuples) &&
520 :     ($role_tuples->[0] != $x) &&
521 :     ($role_tuples->[1] != $x) &&
522 :     ($role_tuples->[2] != $x); $i++) {}
523 :     if ($i < @$role_tuples)
524 :     {
525 :     return $role_tuples->[$i]->[1];
526 :     }
527 :     return undef;
528 :     }
529 :    
530 :     sub process_spreadsheet_changes {
531 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html) = @_;
532 :    
533 : overbeek 1.14 my $user;
534 :     if ((! $cgi->param('can_alter')) || (! ($user = $cgi->param('user'))) || ($user ne $subsystem->get_curator))
535 : overbeek 1.1 {
536 :     return 1; # no changes, so...
537 :     }
538 :     else
539 :     {
540 : overbeek 1.12 my $notes = $cgi->param('notes');
541 :     if ($notes)
542 :     {
543 :     $subsystem->set_notes($notes);
544 :     }
545 :    
546 : overbeek 1.7 my(@param,$param,$genome,$val);
547 :     @param = grep { $_ =~ /^genome\d+\.\d+$/ } $cgi->param;
548 : overbeek 1.13
549 :     my %removed;
550 : overbeek 1.7 foreach $param (@param)
551 :     {
552 :     if ($cgi->param($param) =~ /^\s*$/)
553 :     {
554 :     $param =~ /^genome(\d+\.\d+)/;
555 :     $genome = $1;
556 :     $subsystem->remove_genome($genome);
557 : overbeek 1.13 $removed{$genome} = 1;
558 : overbeek 1.7 }
559 :     }
560 :    
561 :     @param = grep { $_ =~ /^vcode\d+\.\d+$/ } $cgi->param;
562 :     foreach $param (@param)
563 :     {
564 :     if ($cgi->param($param) =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
565 :     {
566 :     $val = $1;
567 :     $param =~ /^vcode(\d+\.\d+)/;
568 :     $genome = $1;
569 : overbeek 1.13 if (! $removed{$genome})
570 :     {
571 :     $subsystem->set_variant_code($subsystem->get_genome_index($genome),$val);
572 :     }
573 : overbeek 1.7 }
574 :     }
575 :    
576 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('refill'))
577 :     {
578 :     &refill_spreadsheet($fig,$subsystem);
579 :     }
580 :     elsif ($cgi->param('precise_fill'))
581 :     {
582 :     &fill_empty_cells($fig,$subsystem);
583 :     }
584 :    
585 :     my @orgs = $cgi->param('new_genome');
586 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
587 :    
588 :     my $org;
589 :     foreach $org (@orgs)
590 :     {
591 :     &add_genome($fig,$subsystem,$cgi,$html,$org);
592 :     }
593 : overbeek 1.27
594 :     my $active_subsetR;
595 :     if ($active_subsetR = $cgi->param('active_subsetR'))
596 :     {
597 :     $subsystem->set_active_subsetR($active_subsetR);
598 :     }
599 : overbeek 1.1 }
600 :     }
601 :    
602 :     sub refill_spreadsheet {
603 :     my($fig,$subsystem) = @_;
604 : overbeek 1.5 my($genome,$role,@pegs1,@pegs2,$i);
605 : overbeek 1.1
606 :     foreach $genome ($subsystem->get_genomes())
607 :     {
608 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
609 :     {
610 : overbeek 1.5 @pegs1 = sort $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
611 :     @pegs2 = sort $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
612 : overbeek 1.9
613 : overbeek 1.5 if (@pegs1 != @pegs2)
614 :     {
615 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs2);
616 :     }
617 :     else
618 :     {
619 :     for ($i=0; ($i < @pegs1) && ($pegs1[$i] eq $pegs2[$i]); $i++) {}
620 :     if ($i < @pegs1)
621 :     {
622 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs2);
623 :     }
624 :     }
625 : overbeek 1.1 }
626 :     }
627 :     }
628 :    
629 :     sub fill_empty_cells {
630 :     my($fig,$subsystem) = @_;
631 :     my($genome,$role,@pegs);
632 :    
633 :     foreach $genome ($subsystem->get_genomes())
634 :     {
635 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
636 :     {
637 :     @pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
638 :     if (@pegs == 0)
639 :     {
640 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
641 :     if (@pegs > 0)
642 :     {
643 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs);
644 :     }
645 :     }
646 :     }
647 :     }
648 :     }
649 :    
650 :     sub add_genome {
651 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html,$genome) = @_;
652 :     my($role,@pegs);
653 :    
654 :     $subsystem->add_genome($genome);
655 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
656 :     {
657 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
658 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs);
659 :     }
660 :     }
661 :    
662 :     sub produce_html_to_display_subsystem {
663 : overbeek 1.20 my($fig,$subsystem,$cgi,$html,$ssa) = @_;
664 : overbeek 1.1
665 :     my $user = $cgi->param('user');
666 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
667 : overbeek 1.14 my $can_alter = ($cgi->param('can_alter') && $user && ($user eq $subsystem->get_curator));
668 : redwards 1.32 my $tagvalcolor;# RAE: this is a reference to a hash that stores the colors of cells by tag. This has to be consistent over the whole table.
669 : overbeek 1.1
670 :     my $name = $ssa;
671 :     $name =~ s/_/ /g;
672 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
673 : overbeek 1.28 my $curator = &curator($ssa);
674 : overbeek 1.1 push(@$html, $cgi->h1("Subsystem: $name"),
675 : overbeek 1.28 $cgi->h1("Author: $curator"),
676 : overbeek 1.1 $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
677 :     -method => 'post'),
678 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
679 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'show_ssa', -override => 1),
680 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
681 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
682 :     $cgi->br,
683 :     );
684 :    
685 : redwards 1.25 # RAE: First, a sanity check.
686 :     # We may have to move this a little earlier, and show probably throw some nicer
687 :     # errors to the end user (.e.g try setting can_alter and choosing an illegitimate ss
688 :     # Do we know about this subsystem:
689 : overbeek 1.26 my $ssaQ = quotemeta $ssa;
690 :     unless (grep {/$ssaQ/} map {$_->[0]} &existing_subsystem_annotations)
691 : redwards 1.25 {
692 :     # No, we don't know about this subsystem
693 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user";
694 :     push @$html, "Sorry. $name is not a valid subsystem. <p>\n",
695 :     "Please return to the <a href=\"$url\">Subsystems Page</a> and choose an exisiting subsystem. <p>\n",
696 :     "Sorry.";
697 :     return undef;
698 :     }
699 :    
700 :    
701 : overbeek 1.14 &format_roles($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter);
702 :     &format_subsets($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter);
703 : olson 1.18
704 :     #
705 :     # Put link into constructs tool.
706 :     #
707 :    
708 :     if ($can_alter)
709 :     {
710 :     push(@$html, $cgi->p,
711 :     $cgi->a({href => "construct.cgi?ssa=$ssa&user=$user",
712 :     target => "_blank"},
713 :     "Define higher level constructs."),
714 :     $cgi->p);
715 :     }
716 :    
717 :    
718 :    
719 : redwards 1.32 &format_rows($fig,$cgi,$html,$subsystem, $tagvalcolor);
720 : overbeek 1.1
721 :     if ($can_alter)
722 :     {
723 :     &format_extend_with($fig,$cgi,$html,$subsystem);
724 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
725 :     push(@$html,$cgi->br);
726 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
727 :     }
728 :     else
729 :     {
730 :     push(@$html,$cgi->br);
731 :     push(@$html,$cgi->submit('show spreadsheet'),$cgi->br);
732 :    
733 :     }
734 :    
735 :     push(@$html, $cgi->a({href => "ss_export.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa"},
736 :     "Export subsystem data"),
737 :     $cgi->br);
738 : redwards 1.23
739 : redwards 1.24 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'ignore_alt', -value => 1, -override => 1, -label => 'ignore alternatives', -checked => ($cgi->param('ignore_alt'))),$cgi->br);
740 : overbeek 1.17 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'ext_ids', -value => 1, -checked => 0, -label => 'use external ids'),$cgi->br);
741 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_clusters', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show clusters'),$cgi->br);
742 : redwards 1.32 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'pirsf_color', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PIR superfamilies'),$cgi->br);
743 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing'),$cgi->br);
744 : overbeek 1.3
745 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches'),
746 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
747 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
748 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single role: ",
749 :     $cgi->textfield(-name => "just_role", -size => 15),"]",
750 : overbeek 1.3 $cgi->br,$cgi->br
751 :     );
752 :    
753 : mkubal 1.36
754 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches_in_ss', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches in ss'),
755 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
756 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
757 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single role: ",
758 :     $cgi->textfield(-name => "just_role", -size => 15),"]",
759 :     $cgi->br,$cgi->br
760 :     );
761 :    
762 :    
763 : overbeek 1.3 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_assignments', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'check assignments'),
764 :     '&nbsp;&nbsp;[',
765 :     $cgi->checkbox(-name => 'strict_check', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'strict'),
766 :     ']',
767 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
768 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome_assignments", -size => 15),"]",
769 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single role: ",
770 :     $cgi->textfield(-name => "just_role_assignments", -size => 15),"]",
771 :     $cgi->br.$cgi->br
772 : overbeek 1.1 );
773 : overbeek 1.3
774 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
775 :     {
776 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'refill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'refill spreadsheet from scratch'),$cgi->br);
777 :     }
778 :    
779 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_dups', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show duplicates'),$cgi->br);
780 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_problems', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs in roles that do not match precisely'),$cgi->br);
781 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
782 :     {
783 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'add_solid', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'Add Genomes with Solid Hits'),$cgi->br);
784 :     }
785 :    
786 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled_fast', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs fast [depends on existing pins/clusters]'),$cgi->br);
787 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs[figure 2 minutes per PEG in spreadsheet]'),$cgi->br);
788 : overbeek 1.37 push(@$html,$cgi->br,"Align column (specify the number of the column): ",
789 : overbeek 1.1 $cgi->textfield(-name => "col_to_align", -size => 7),
790 :     $cgi->checkbox(-name => "show_align_input", -checked => 0,
791 :     -label => "show input to alignment tool"),
792 :     $cgi->br,"Include homologs that pass the following threshhold: ",
793 :     $cgi->textfield(-name => "include_homo", -size => 10)," (leave blank to see just column)",
794 :     " Max homologous seqs: ",$cgi->textfield(-name => "max_homo", -value => 100, -size => 6),
795 :     );
796 : redwards 1.22
797 :     # RAE: A new function to reannotate a single column
798 :     # I don't understand how you get CGI.pm to reset (and never have).
799 :     # $cgi->delete("col_to_annotate"); # this does nothing to my script and there is always the last number in this box
800 :     #push(@$html, $cgi->br,"Change annotation for column: ", $cgi->textfield(-name => "col_to_annotate", -size => 7));
801 :     push(@$html, $cgi->br,"Change annotation for column: ", '<input type="text" name="col_to_annotate" value="" size="7">');
802 : overbeek 1.1
803 :     if ($can_alter)
804 :     {
805 :     push(@$html,
806 : overbeek 1.20 $cgi->p. $cgi->hr."If you wish to check the subsystem, ",
807 :     $cgi->a({href => "check_subsys.cgi?user=$user&subsystem=$ssa&request=check_ssa"},
808 :     "click here"),
809 :     $cgi->br,
810 : overbeek 1.1 $cgi->p,
811 : overbeek 1.9 $cgi->hr,
812 :     "You should resynch PEG connections only if you detect PEGs that should be connected to the
813 :     spreadsheet, but do not seem to be. This can only reflect an error in the code. If you find
814 :     yourself having to use it, send mail to Ross.",
815 :     $cgi->br,
816 :     $cgi->submit(-value => "Resynch PEG Connections",
817 :     -name => "resynch_peg_connections"),
818 :     $cgi->br,
819 : overbeek 1.1 $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension",
820 :     -name => "extend_with_billogix"),
821 :     $cgi->br);
822 :     }
823 : overbeek 1.10
824 : overbeek 1.12 my $notes = $subsystem->get_notes();
825 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
826 :     {
827 :     push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
828 :     }
829 :     elsif ($notes)
830 :     {
831 : redwards 1.31 push(@$html,$cgi->h2('notes'),"<pre width=80>$notes</pre>");
832 : overbeek 1.14 }
833 : overbeek 1.10
834 : overbeek 1.1 push(@$html, $cgi->end_form);
835 :    
836 : overbeek 1.19 my $target = "align$$";
837 :     my @roles = $subsystem->get_roles;
838 :     my $rolesA = [];
839 :     my $i;
840 :     my $dir = $subsystem->get_dir;
841 :     for ($i=1; ($i <= @roles); $i++)
842 :     {
843 :     if (-s "$dir/Alignments/$i/tree")
844 :     {
845 :     push(@$rolesA,"$i: $roles[$i-1]");
846 :     }
847 :     }
848 :     if (@$rolesA > 0)
849 :     {
850 :     push(@$html, $cgi->hr,
851 :     $cgi->h1('To Assign Using a Tree'),
852 :     $cgi->start_form(-action => "assign_using_tree.cgi",
853 :     -target => $target,
854 :     -method => 'post'),
855 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
856 :     $cgi->hidden(-name => 'ali_dir', -value => "$dir/Alignments", -override => 1),
857 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'ali_num',
858 :     -values => $rolesA,
859 :     -size => 10,
860 :     -multiple => 0
861 :     ),
862 :     $cgi->br,
863 :     $cgi->submit(-value => "use_tree",
864 :     -name => "use_tree"),
865 :     $cgi->end_form
866 :     );
867 :     }
868 :    
869 : overbeek 1.1 push(@$html, $cgi->hr);
870 :    
871 :     if ($cgi->param('show_missing'))
872 :     {
873 :     &format_missing($fig,$cgi,$html,$subsystem);
874 :     }
875 :    
876 :     if ($cgi->param('show_missing_including_matches'))
877 :     {
878 :     &format_missing_including_matches($fig,$cgi,$html,$subsystem);
879 :     }
880 : mkubal 1.36 if ($cgi->param('show_missing_including_matches_in_ss'))
881 :     {
882 :     &format_missing_including_matches_in_ss($fig,$cgi,$html,$subsystem);
883 :     }
884 :    
885 : overbeek 1.1
886 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('check_assignments'))
887 :     {
888 :     &format_check_assignments($fig,$cgi,$html,$subsystem);
889 :     }
890 :    
891 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('show_dups'))
892 :     {
893 :     &format_dups($fig,$cgi,$html,$subsystem);
894 :     }
895 :    
896 :     if ($cgi->param('show_coupled'))
897 :     {
898 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$subsystem,"careful");
899 :     }
900 :     elsif ($cgi->param('show_coupled_fast'))
901 :     {
902 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$subsystem,"fast");
903 :     }
904 :    
905 :     my $col;
906 :     if ($col = $cgi->param('col_to_align'))
907 :     {
908 :     &align_column($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem);
909 :     }
910 : redwards 1.22 elsif ($col = $cgi->param('col_to_annotate'))
911 :     {
912 :     &annotate_column($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem);
913 :     }
914 : overbeek 1.1
915 :     }
916 :    
917 : golsen 1.29
918 :     #-----------------------------------------------------------------------------
919 :     # Selection list of complete genomes not in spreadsheet:
920 :     #-----------------------------------------------------------------------------
921 :    
922 : overbeek 1.1 sub format_extend_with {
923 : golsen 1.29 my( $fig, $cgi, $html, $subsystem ) = @_;
924 : overbeek 1.1
925 :     my %genomes = map { $_ => 1 } $subsystem->get_genomes();
926 :    
927 : golsen 1.29 my @orgs = map { [ $_ , &ext_genus_species( $fig, $_ ) ] }
928 :     grep { ! $genomes{ $_ } }
929 :     $fig->genomes( "complete", undef );
930 :    
931 :     my $pick_order = $cgi->param('pick_order') || 'Alphabetic';
932 :     if ( $pick_order eq "Phylogenetic" )
933 :     {
934 :     @orgs = sort { $a->[2] cmp $b->[2] }
935 :     map { push @$_, $fig->taxonomy_of( $_->[0] ); $_ }
936 :     @orgs;
937 :     }
938 :     elsif ( $pick_order eq "Genome ID" )
939 :     {
940 :     @orgs = sort { $a->[2]->[0] <=> $b->[2]->[0] || $a->[2]->[1] <=> $b->[2]->[1] }
941 :     map { push @$_, [ split /\./ ]; $_ }
942 :     @orgs;
943 :     }
944 :     else
945 :     {
946 :     $pick_order = 'Alphabetic';
947 :     @orgs = sort { $a->[1] cmp $b->[1] } @orgs;
948 :     }
949 : overbeek 1.1
950 : golsen 1.29 @orgs = map { "$_->[1] ($_->[0])" } @orgs;
951 :    
952 :     my @order_opt = $cgi->radio_group( -name => 'pick_order',
953 :     -values => [ 'Alphabetic', 'Phylogenetic', 'Genome ID' ],
954 :     -default => $pick_order,
955 :     -override => 1
956 :     );
957 :    
958 :     push( @$html, $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'), "\n",
959 :     "<TABLE>\n",
960 :     " <TR>\n",
961 :     " <TD>",
962 : golsen 1.30 $cgi->scrolling_list( -name => 'new_genome',
963 : golsen 1.29 -values => [ @orgs ],
964 :     -size => 10,
965 :     -multiple => 1
966 :     ),
967 :     " </TD>\n",
968 :     " <TD>", join( "<BR>\n", "Order of selection list:", @order_opt ),
969 :     " </TD>\n",
970 :     " </TR>\n",
971 :     "</TABLE>\n",
972 :     $cgi->hr
973 :     );
974 : overbeek 1.1 }
975 :    
976 : golsen 1.29
977 : overbeek 1.1 sub format_roles {
978 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;
979 : overbeek 1.1 my($i);
980 :    
981 :     my $col_hdrs = ["Column","Abbrev","Functional Role"];
982 :     my $tab = [];
983 :    
984 :     my $n = 1;
985 : overbeek 1.14 &format_existing_roles($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,\$n,$can_alter);
986 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('can_alter'))
987 :     {
988 :     for ($i=0; ($i < 5); $i++)
989 :     {
990 : overbeek 1.15 &format_role($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,"",$can_alter);
991 : overbeek 1.1 $n++;
992 :     }
993 :     }
994 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Functional Roles"),
995 :     $cgi->hr
996 :     );
997 :     }
998 :    
999 :     sub format_existing_roles {
1000 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$nP,$can_alter) = @_;
1001 : overbeek 1.1 my($role);
1002 :    
1003 :     foreach $role ($subsystem->get_roles)
1004 :     {
1005 : overbeek 1.14 &format_role($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$$nP,$role,$can_alter);
1006 : overbeek 1.1 $$nP++;
1007 :     }
1008 :     }
1009 :    
1010 :     sub format_role {
1011 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,$role,$can_alter) = @_;
1012 : overbeek 1.1 my($abbrev);
1013 :    
1014 :     $abbrev = $role ? $subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role)) : "";
1015 :    
1016 :     my($posT,$abbrevT,$roleT);
1017 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
1018 : overbeek 1.1 {
1019 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "posR$n", -size => 3, -value => $n, -override => 1);
1020 :     $abbrevT = $cgi->textfield(-name => "abbrev$n", -size => 7, -value => $abbrev, -override => 1);
1021 :     $roleT = $cgi->textfield(-name => "role$n", -size => 80, -value => $role, -override => 1);
1022 :     }
1023 :     else
1024 :     {
1025 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "posR$n", -value => $n, -override => 1),
1026 :     $cgi->hidden(-name => "abbrev$n", -value => $abbrev, -override => 1),
1027 :     $cgi->hidden(-name => "role$n", -value => $role, -override => 1));
1028 :     $posT = $n;
1029 :     $abbrevT = $abbrev;
1030 :     $roleT = $role;
1031 :     }
1032 :     #
1033 :     # Wrap the first element in the table with a <A NAME="role_rolename"> tag
1034 :     # so we can zing to it from elsewhere. We remove any non-alphanumeric
1035 :     # chars in the role name.
1036 :     #
1037 :    
1038 :     my $posT_html;
1039 :     {
1040 :     my $rn = $role;
1041 :     $rn =~ s/[ \/]/_/g;
1042 :     $rn =~ s/\W//g;
1043 :    
1044 :     $posT_html = "<a name=\"$rn\">$posT</a>";
1045 :     }
1046 :    
1047 :    
1048 :     push(@$tab,[$posT_html,$abbrevT,$roleT]);
1049 :    
1050 :     if ($cgi->param('check_problems'))
1051 :     {
1052 :     my @roles = grep { $_->[0] ne $role } &gene_functions_in_col($fig,$role,$subsystem);
1053 :     my($x,$peg);
1054 :     foreach $x (@roles)
1055 :     {
1056 :     push(@$tab,["","",$x->[0]]);
1057 :     push(@$tab,["","",join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_) } @{$x->[1]})]);
1058 :     }
1059 :     }
1060 :     }
1061 :    
1062 :     sub gene_functions_in_col {
1063 :     my($fig,$role,$subsystem) = @_;
1064 :     my(%roles,$peg,$func);
1065 : redwards 1.21
1066 :    
1067 :     # RAE this is dying if $subsystem->get_col($subsystem->get_role_index($role) + 1) is not defined
1068 :     # it is also not returning the right answer, so we need to fix it.
1069 :     # I am not sure why this is incremented by one here (see the note) because it is not right
1070 :     # and if you don't increment it by one it is right.
1071 :    
1072 :     # incr by 1 to get col indexed from 1 (not 0)
1073 :     #my @pegs = map { @$_ } @{$subsystem->get_col($subsystem->get_role_index($role) + 1)};
1074 :    
1075 :     return undef unless ($role); # this takes care of one error
1076 :     my $col_role=$subsystem->get_col($subsystem->get_role_index($role));
1077 :     return undef unless (defined $col_role);
1078 :     my @pegs = map { @$_ } @$col_role;
1079 : overbeek 1.1
1080 :     foreach $peg (@pegs)
1081 :     {
1082 :     if ($func = $fig->function_of($peg))
1083 :     {
1084 :     push(@{$roles{$func}},$peg);
1085 :     }
1086 :     }
1087 :     return map { [$_,$roles{$_}] } sort keys(%roles);
1088 :     }
1089 :    
1090 :     sub format_subsets {
1091 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;
1092 : overbeek 1.1
1093 : overbeek 1.14 &format_subsetsC($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter);
1094 : overbeek 1.1 &format_subsetsR($fig,$cgi,$html,$subsystem);
1095 :     }
1096 :    
1097 :     sub format_subsetsC {
1098 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;
1099 : overbeek 1.1
1100 :     my $col_hdrs = ["Subset","Includes These Roles"];
1101 :     my $tab = [];
1102 :    
1103 :     my $n = 1;
1104 : overbeek 1.14 &format_existing_subsetsC($cgi,$html,$subsystem,$tab,\$n,$can_alter);
1105 : overbeek 1.9
1106 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
1107 : overbeek 1.1 {
1108 :     my $i;
1109 :     for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1110 :     {
1111 :     &format_subsetC($cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,"");
1112 :     $n++;
1113 :     }
1114 :     }
1115 : overbeek 1.9
1116 : overbeek 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsets of Roles"),
1117 :     $cgi->hr
1118 :     );
1119 :    
1120 :     my @subset_names = $subsystem->get_subset_namesC;
1121 :     if (@subset_names > 1)
1122 :     {
1123 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1124 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetC',
1125 : overbeek 1.8 -values => [@subset_names],
1126 : overbeek 1.1 -default => $active_subsetC
1127 :     ),
1128 :     $cgi->br
1129 :     );
1130 :     }
1131 :     else
1132 :     {
1133 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'active_subsetC', -value => 'All', -override => 1));
1134 :     }
1135 :     }
1136 :    
1137 :     sub format_subsetsR {
1138 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1139 :     my($i);
1140 :    
1141 :     my $link = &tree_link;
1142 :     push(@$html,$cgi->br,$link,$cgi->br);
1143 :    
1144 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1145 :    
1146 :     my @tmp = grep { $_ ne "All" } sort $subsystem->get_subset_namesR;
1147 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetR',
1148 :     -values => ["All",@tmp],
1149 :     -default => $active_subsetR,
1150 :     -size => 5
1151 :     ),
1152 :     $cgi->br
1153 :     );
1154 :     }
1155 :    
1156 :     sub format_existing_subsetsC {
1157 : overbeek 1.14 my($cgi,$html,$subsystem,$tab,$nP,$can_alter) = @_;
1158 : overbeek 1.1 my($nameCS);
1159 :    
1160 :     foreach $nameCS (sort $subsystem->get_subset_namesC)
1161 :     {
1162 : overbeek 1.9 if ($nameCS !~ /all/i)
1163 :     {
1164 :     &format_subsetC($cgi,$html,$subsystem,$tab,$$nP,$nameCS);
1165 :     $$nP++;
1166 :     }
1167 : overbeek 1.1 }
1168 :     }
1169 :    
1170 :     sub format_subsetC {
1171 :     my($cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,$nameCS) = @_;
1172 :    
1173 :     if ($nameCS ne "All")
1174 :     {
1175 : overbeek 1.4 my $subset = $nameCS ? join(",",map { $subsystem->get_role_index($_) + 1 } $subsystem->get_subsetC_roles($nameCS)) : "";
1176 : overbeek 1.9
1177 :     $nameCS = $subset ? $nameCS : "";
1178 :    
1179 : overbeek 1.1 my($posT,$subsetT);
1180 : overbeek 1.9
1181 : overbeek 1.14 $posT = $cgi->textfield(-name => "nameCS$n", -size => 30, -value => $nameCS, -override => 1);
1182 :     $subsetT = $cgi->textfield(-name => "subsetC$n", -size => 80, -value => $subset, -override => 1);
1183 :     push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
1184 : overbeek 1.1 }
1185 :     }
1186 :    
1187 :     sub tree_link {
1188 :     my $target = "window$$";
1189 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?request=show_tree";
1190 :     return "<a href=$url target=$target>Show Phylogenetic Tree</a>";
1191 :     }
1192 :    
1193 :     sub format_rows {
1194 : redwards 1.32 my($fig,$cgi,$html,$subsystem, $tagvalcolor) = @_;
1195 : overbeek 1.1 my($i,%alternatives);
1196 :    
1197 :     my $ignore_alt = $cgi->param('ignore_alt');
1198 :    
1199 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1200 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1201 :    
1202 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1203 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1204 :    
1205 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1206 :     my %activeR = map { $_ => 1 } @subsetR;
1207 :    
1208 :     if (! $ignore_alt)
1209 :     {
1210 :     my $subset;
1211 :     foreach $subset (grep { $_ =~ /^\*/ } $subsystem->get_subset_namesC)
1212 :     {
1213 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($subset);
1214 : overbeek 1.1 if (@mem > 1)
1215 :     {
1216 :     my $mem = [@mem];
1217 :     foreach $_ (@mem)
1218 :     {
1219 :     $alternatives{$_} = [$subset,$mem];
1220 :     }
1221 :     }
1222 :     }
1223 :     }
1224 :    
1225 :     my @in = $subsystem->get_genomes;
1226 : redwards 1.32
1227 : overbeek 1.1 if (@in > 0)
1228 :     {
1229 :     my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
1230 :    
1231 :     my @row_guide = ();
1232 :    
1233 :     my($role,%in_col);
1234 :     foreach $role (grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_roles)
1235 :     {
1236 :     if (! $in_col{$role})
1237 :     {
1238 :     if ($_ = $alternatives{$role})
1239 :     {
1240 :     my($abbrev,$mem) = @$_;
1241 :     push(@$col_hdrs,$abbrev);
1242 :     push(@row_guide,[map { [$_,"-" . ($subsystem->get_role_index($_) + 1)] } @$mem]);
1243 :     foreach $_ (@$mem) { $in_col{$_} = 1 };
1244 :     }
1245 :     else
1246 :     {
1247 :     push(@$col_hdrs,$subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role)));
1248 :     push(@row_guide,[[$role,""]]);
1249 :     }
1250 :     }
1251 :     }
1252 :    
1253 :     my $tab = [];
1254 :     my($genome,@pegs,@cells,$set,$peg_set,$pair,$role,$suffix,$row,$peg,$color_of,$cell,%count,$color,@colors);
1255 :     foreach $genome (grep { $activeR{$_} } @in)
1256 :     {
1257 : overbeek 1.7 my($genomeV,$vcodeV,$vcode_value);
1258 :     $vcode_value = $subsystem->get_variant_code($subsystem->get_genome_index($genome));
1259 : overbeek 1.8 $row = [$genome, &ext_genus_species($fig,$genome),$vcode_value];
1260 : overbeek 1.1
1261 :     @pegs = ();
1262 :     @cells = ();
1263 :     foreach $set (@row_guide)
1264 :     {
1265 :     $peg_set = [];
1266 :     foreach $pair (@$set)
1267 :     {
1268 :     ($role,$suffix) = @$pair;
1269 : overbeek 1.2 foreach $peg ($subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role))
1270 : overbeek 1.1 {
1271 :     push(@$peg_set,[$peg,$suffix]);
1272 :     }
1273 :     }
1274 :     push(@pegs,map { $_->[0] } @$peg_set);
1275 :     push(@cells,$peg_set);
1276 :     }
1277 :     $color_of = &group_by_clusters($fig,\@pegs);
1278 : redwards 1.32 # RAE added a new call to get tag/value pairs
1279 :     # Note that $color_of is not overwritten.
1280 :     my $superscript;
1281 :     if ($cgi->param("pirsf_color"))
1282 :     {
1283 :     ($color_of, $superscript, $tagvalcolor) = color_by_tag($fig, \@pegs, $color_of, $tagvalcolor, "PIRSF");
1284 :     }
1285 : overbeek 1.1 foreach $cell (@cells)
1286 :     {
1287 :     undef %count;
1288 :     foreach $_ (@$cell)
1289 :     {
1290 :     if (($color = $color_of->{$_->[0]}) ne '#FFFFFF')
1291 :     {
1292 :     $count{$color}++;
1293 :     }
1294 :     }
1295 :     @colors = sort { $count{$b} <=> $count{$a} } keys(%count);
1296 :     $color = (@colors > 0) ? $colors[0] : '#FFFFFF';
1297 : redwards 1.32 my $cell_data="\@bgcolor=\"$color\":";
1298 :     $cell_data .= join(", ",map { ($cgi->param('ext_ids') ? &external_id($fig,$cgi,$_->[0]) : &HTML::fid_link($cgi,$_->[0],"local")) . $_->[1] } @$cell);
1299 :     if ($superscript)
1300 :     {
1301 : redwards 1.33 # flatten this
1302 :     my %sscript;
1303 :     foreach my $cv (@$cell) {
1304 :     next unless ($superscript->{$cv->[0]});
1305 :     $sscript{$superscript->{$cv->[0]}}=1;
1306 :     }
1307 : redwards 1.34 if (scalar keys %sscript) {$cell_data .= " &nbsp; <sup> [" . (join ", ", keys %sscript) . "] </sup> "}
1308 : redwards 1.32 }
1309 : redwards 1.33 if (!$cell_data || $cell_data eq '<td bgcolor="#FFFFFF"></td>') {$cell_data = '<td bgcolor="#FFFFFF"> &nbsp; </td>'}
1310 : redwards 1.32 push(@$row, $cell_data);
1311 :     #push(@$row,"\@bgcolor=\"$color\":" . join(", ",map { ($cgi->param('ext_ids') ? &external_id($fig,$cgi,$_->[0]) : &HTML::fid_link($cgi,$_->[0],"local")) . $_->[1] } @$cell));
1312 : overbeek 1.1 }
1313 :     push(@$tab,$row);
1314 :     }
1315 :    
1316 :    
1317 :     my($sort);
1318 :     if ($sort = $cgi->param('sort'))
1319 :     {
1320 :     if ($sort eq "by_variant")
1321 :     {
1322 : overbeek 1.8 my @tmp = ();
1323 :     my $row;
1324 :     foreach $row (@$tab)
1325 :     {
1326 :     my @var = ();
1327 :     my $i;
1328 :     for ($i=3; ($i < @$row); $i++)
1329 :     {
1330 : overbeek 1.39 push(@var, ($row->[$i] =~ /\|/) ? 1 : 0);
1331 : overbeek 1.8 }
1332 :     push(@tmp,[join("",@var),$row]);
1333 :     }
1334 :     $tab = [map { $_->[1] } sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @tmp];
1335 : overbeek 1.1 }
1336 :     elsif ($sort eq "by_phylo")
1337 :     {
1338 :     $tab = [map { $_->[0] }
1339 :     sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[0]->[1] cmp $b->[0]->[1]) }
1340 :     map { [$_, $fig->taxonomy_of($_->[0])] }
1341 :     @$tab];
1342 :     }
1343 :     elsif ($sort eq "by_tax_id")
1344 :     {
1345 :     $tab = [sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @$tab];
1346 :     }
1347 :     elsif ($sort eq "alphabetic")
1348 :     {
1349 :     $tab = [sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[0] <=> $b->[0]) } @$tab];
1350 :     }
1351 :     }
1352 :    
1353 : overbeek 1.8 foreach $row (@$tab)
1354 :     {
1355 :     my($genomeV,$vcodeV,$vcode_value);
1356 :     $genome = $row->[0];
1357 :     $vcode_value = $row->[2];
1358 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1359 :     {
1360 :     $genomeV = $cgi->textfield(-name => "genome$genome", -size => 15, -value => $genome, -override => 1);
1361 : overbeek 1.19 $vcodeV = $cgi->textfield(-name => "vcode$genome", -value => $vcode_value, -size => 10);
1362 : overbeek 1.8 }
1363 :     else
1364 :     {
1365 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$genome", -value => $genome, -override => 1),
1366 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$genome", -value => $vcode_value));
1367 :     $genomeV = $genome;
1368 :     $vcodeV = $vcode_value;
1369 :     }
1370 :     $row->[0] = $genomeV;
1371 :     $row->[2] = $vcodeV;
1372 :     }
1373 :    
1374 : overbeek 1.6 my $tab1 = [];
1375 :     foreach $row (@$tab)
1376 :     {
1377 :     if ((@$tab1 > 0) && ((@$tab1 % 10) == 0))
1378 :     {
1379 :     push(@$tab1,[map { "<b>$_</b>" } @$col_hdrs]) ;
1380 :     }
1381 :     push(@$tab1,$row);
1382 :     }
1383 :    
1384 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab1,"Basic Spreadsheet"),
1385 : overbeek 1.1 $cgi->hr
1386 :     );
1387 :    
1388 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'sort',
1389 :     -value => ['unsorted','alphabetic','by_variant','by_phylo','by_tax_id'],
1390 :     -default => 'unsorted'
1391 :     ));
1392 :     }
1393 :     }
1394 :    
1395 :     sub group_by_clusters {
1396 :     my($fig,$pegs) = @_;
1397 :     my($peg,@clusters,@cluster,@colors,$color,%seen,%conn,$x,$peg1,@pegs,$i);
1398 :    
1399 :     my $color_of = {};
1400 :     foreach $peg (@$pegs) { $color_of->{$peg} = '#FFFFFF' }
1401 :    
1402 :     if ($cgi->param('show_clusters'))
1403 :     {
1404 :     @pegs = keys(%$color_of);
1405 :    
1406 :     foreach $peg (@pegs)
1407 :     {
1408 :     foreach $peg1 (grep { $color_of->{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))
1409 :     {
1410 :     push(@{$conn{$peg}},$peg1);
1411 :     }
1412 :     }
1413 :    
1414 :     @clusters = ();
1415 :     while ($peg = shift @pegs)
1416 :     {
1417 :     if (! $seen{$peg})
1418 :     {
1419 :     @cluster = ($peg);
1420 :     $seen{$peg} = 1;
1421 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
1422 :     {
1423 :     $x = $conn{$cluster[$i]};
1424 :     foreach $peg1 (@$x)
1425 :     {
1426 :     if (! $seen{$peg1})
1427 :     {
1428 :     push(@cluster,$peg1);
1429 :     $seen{$peg1} = 1;
1430 :     }
1431 :     }
1432 :     }
1433 :     push(@clusters,[@cluster]);
1434 :     }
1435 :     }
1436 :    
1437 :     @colors =
1438 :     (
1439 :     '#C0C0C0',
1440 :     '#FF40C0',
1441 :     '#FF8040',
1442 :     '#FF0080',
1443 :     '#FFC040',
1444 :     '#40C0FF',
1445 :     '#40FFC0',
1446 :     '#C08080',
1447 :     '#C0FF00',
1448 :     '#00FF80',
1449 :     '#00C040'
1450 :     );
1451 :    
1452 :     @clusters = grep { @$_ > 1 } sort { @$a <=> @$b } @clusters;
1453 :    
1454 :     if (@clusters > @colors) { splice(@clusters,0,(@clusters - @colors)) } # make sure we have enough colors
1455 :    
1456 :     my($cluster);
1457 :     foreach $cluster (@clusters)
1458 :     {
1459 :     $color = shift @colors;
1460 :     foreach $peg (@$cluster)
1461 :     {
1462 :     $color_of->{$peg} = $color;
1463 :     }
1464 :     }
1465 :     }
1466 :     return $color_of;
1467 :     }
1468 :    
1469 : redwards 1.32
1470 :     =head1 color_by_tag
1471 :    
1472 :     Change the color of cells by the pir superfamily. This is taken from the key/value pair
1473 :     Note that we will not change the color if $cgi->param('show_clusters') is set.
1474 :    
1475 :     This is gneric and takes the following arguments:
1476 :     fig,
1477 :     pointer to list of pegs,
1478 :     pointer to hash of colors by peg,
1479 :     pointer to a hash that retains numbers across rows. The number is based on the value.
1480 :     tag to use in encoding
1481 :    
1482 :     eg. ($color_of, $superscript, $tagvalcolor) = color_by_tag($fig, $pegs, $color_of, $tagvalcolor, "PIRSF");
1483 :    
1484 :     =cut
1485 :    
1486 :     sub color_by_tag {
1487 : redwards 1.35 # RAE added this so we can color individual cells across a column
1488 : redwards 1.32 my ($fig, $pegs, $color_of, $tagvalcolor, $want)=@_;
1489 :     # figure out the colors and the superscripts for the pirsf
1490 :     # superscript will be a number
1491 :     # color will be related to the number somehow
1492 :     # url will be the url for each number
1493 :     my $number; my $url;
1494 : redwards 1.33 my $count=0;
1495 : redwards 1.32 #count has to be the highest number if we increment it
1496 : redwards 1.33 foreach my $t (keys %$tagvalcolor) {($tagvalcolor->{$t} > $count) ? $count=$tagvalcolor->{$t} : 1}
1497 :     $count++; # this should now be the next number to assign
1498 : redwards 1.32 foreach my $peg (@$pegs) {
1499 :     next unless (my @attr=$fig->feature_attributes($peg));
1500 :     foreach my $attr (@attr) {
1501 :     my ($tag, $val, $link)=@$attr;
1502 :     next unless ($tag eq $want);
1503 :     if ($tagvalcolor->{$val}) {
1504 :     $number->{$peg}=$tagvalcolor->{$val};
1505 :     $url->{$peg}="<a href='$link'>" . $number->{$peg} . "</a>";
1506 :     }
1507 :     else {
1508 :     $number->{$peg}=$tagvalcolor->{$val}=$count++;
1509 :     $url->{$peg}="<a href='$link'>" . $number->{$peg} . "</a>";
1510 :     }
1511 :     #### This is a botch at the moment. I want PIRSF to go to my page that I am working on, not PIR
1512 :     #### so I am just correcting those. This is not good, and I should change the urls in the tag/value pairs or something
1513 :     if ($want eq "PIRSF") {
1514 :     $val =~ /(^PIRSF\d+)/;
1515 :     #my $url = $cgi->a({href => "subsys.cgi?SPROUT=$sprout&user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
1516 :     $url->{$peg} = $cgi->a({href => "pir.cgi?&user=$user&pirsf=$1"}, $number->{$peg});
1517 :     }
1518 :     }
1519 :     }
1520 :    
1521 :    
1522 :     # if we want to assign some colors, lets do so now
1523 :     my @colors =
1524 :     (
1525 :     '#C0C0C0',
1526 :     '#FF40C0',
1527 :     '#FF8040',
1528 :     '#FF0080',
1529 :     '#FFC040',
1530 :     '#40C0FF',
1531 :     '#40FFC0',
1532 :     '#C08080',
1533 :     '#C0FF00',
1534 :     '#00FF80',
1535 :     '#00C040'
1536 :     );
1537 :     unless ($cgi->param('show_clusters')) {
1538 :     foreach my $peg (@$pegs) { $color_of->{$peg} = '#FFFFFF' }
1539 :     foreach my $peg (keys %$number) {
1540 :     # the color is going to be the location in @colors
1541 :     unless ($number->{$peg} > @colors) {$color_of->{$peg}=$colors[$number->{$peg}-1]}
1542 :     }
1543 :     }
1544 :     return ($color_of, $url, $tagvalcolor);
1545 :     }
1546 :    
1547 :    
1548 : overbeek 1.1 sub format_ssa_table {
1549 :     my($cgi,$html,$user,$ssaP) = @_;
1550 :     my($ssa,$curator);
1551 :     my($url1,$link1);
1552 :    
1553 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1554 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
1555 :     -method => 'post'),
1556 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1557 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
1558 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'delete_or_export_ssa', -override => 1)
1559 :     );
1560 :     push(@$html,"<font size=\"+2\">Please do not ever edit someone else\'s spreadsheet (by using their
1561 :     user ID), and <b>never open multiple windows to
1562 :     process the same spreadsheet</b></font>. It is, of course, standard practice to open a subsystem
1563 :     spreadsheet and then to have multiple other SEED windows to access data and modify annotations. Further,
1564 :     you can access someone else's subsystem spreadsheet using your ID (which will make it impossible
1565 :     for you to edit the spreadsheet).
1566 :     Just do not open the same subsystem spreadsheet for editing in multiple windows simultaneously.",
1567 :     $cgi->br,
1568 :     $cgi->br
1569 :     );
1570 :    
1571 :     my $col_hdrs = [
1572 :     "Name","Curator","Exchangable","Version",
1573 :     "Reset to Previous Timestamp","Delete",
1574 :     "Export Full Subsystem","Export Just Assignments", "Publish to Clearinghouse",
1575 :     ];
1576 :     my $title = "Existing Subsystem Annotations";
1577 :     my $tab = [];
1578 :     foreach $_ (@$ssaP)
1579 :     {
1580 :     my($publish_checkbox);
1581 :     ($ssa,$curator) = @$_;
1582 :    
1583 :     my($url,$link);
1584 :     if ((-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup") && ($curator eq $cgi->param('user')))
1585 :     {
1586 :     $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset";
1587 :     $link = "<a href=$url>reset</a>";
1588 :     }
1589 :     else
1590 :     {
1591 :     $link = "";
1592 :     }
1593 :    
1594 :     if (($fig->is_exchangable_subsystem($ssa)) && ($curator eq $cgi->param('user')))
1595 :     {
1596 :     $url1 = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_unexchangable";
1597 :     $link1 = "Exchangable<br><a href=$url1>Make not exchangable</a>";
1598 :     }
1599 :     elsif ($curator eq $cgi->param('user'))
1600 :     {
1601 :     $url1 = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_exchangable";
1602 :     $link1 = "Not exchangable<br><a href=$url1>Make exchangable</a>";
1603 :     }
1604 :     else
1605 :     {
1606 :     $link1 = "";
1607 :     }
1608 :    
1609 :     #
1610 :     # Only allow publish for subsystems we are curating?
1611 :     #
1612 :     if ($curator eq $cgi->param('user'))
1613 :     {
1614 :     $publish_checkbox = $cgi->checkbox(-name => "publish_to_clearinghouse",
1615 :     -value => $ssa,
1616 :     -label => "Publish"),
1617 :    
1618 :     }
1619 :    
1620 :     push(@$tab,[
1621 :     &ssa_link($ssa,$user),
1622 :     $curator,
1623 :     $link1,
1624 :     $fig->subsystem_version($ssa),
1625 :     $link,
1626 :     ($curator eq $cgi->param('user')) ? $cgi->checkbox(-name => "delete", -value => $ssa) : "",
1627 :     $cgi->checkbox(-name => "export", -value => $ssa, -label => "Export full"),
1628 :     $cgi->checkbox(-name => "export_assignments", -value => $ssa, -label => "Export assignments"),
1629 :     $publish_checkbox,
1630 :     ]);
1631 :     }
1632 :     push(@$html,
1633 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title),
1634 :     $cgi->submit(-name => 'delete_export',
1635 :     -label => 'Process marked deletions and exports'),
1636 :     $cgi->submit(-name => 'publish',
1637 :     -label => "Publish marked subsystems"),
1638 :     $cgi->end_form
1639 :     );
1640 :     }
1641 :    
1642 : redwards 1.25 # RAE: I think this should be placed as a method in
1643 :     # Subsystems.pm and called subsystems I know about or something.
1644 :     # Cowardly didn't do though :-)
1645 : overbeek 1.1 sub existing_subsystem_annotations {
1646 :     my($ssa,$name);
1647 :     my @ssa = ();
1648 :     if (opendir(SSA,"$FIG_Config::data/Subsystems"))
1649 :     {
1650 :     @ssa = map { $ssa = $_; $name = $ssa; $ssa =~ s/[ \/]/_/g; [$name,&curator($ssa)] } grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SSA);
1651 :     closedir(SSA);
1652 :     }
1653 :     return sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @ssa;
1654 :     }
1655 :    
1656 :     sub ssa_link {
1657 :     my($ssa,$user) = @_;
1658 :     my $name = $ssa; $name =~ s/_/ /g;
1659 :     my $target = "window$$";
1660 : overbeek 1.9 if ($name =~ /([a-zA-Z]{3})/)
1661 :     {
1662 :     $target .= ".$1";
1663 :     }
1664 :    
1665 : overbeek 1.1 my $can_alter = &curator($ssa) eq $user;
1666 :    
1667 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=show_ssa&can_alter=$can_alter";
1668 :     return "<a href=$url target=$target>$name</a>";
1669 :     }
1670 :    
1671 :     sub curator {
1672 :     my($ssa) = @_;
1673 :     my($who) = "";
1674 :    
1675 :     if (open(DATA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1676 :     {
1677 :     $_ = <DATA>;
1678 :     if ($_ =~ /^\d+\t(\S+)\s+started/)
1679 :     {
1680 :     $who = $1;
1681 :     }
1682 :     close(DATA);
1683 :     }
1684 :     return $who;
1685 :     }
1686 :    
1687 :     sub log_update {
1688 :     my($ssa,$user) = @_;
1689 :    
1690 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
1691 :    
1692 :     if (open(LOG,">>$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1693 :     {
1694 :     my $time = time;
1695 :     print LOG "$time\t$user\tupdated\n";
1696 :     close(LOG);
1697 :     }
1698 :     else
1699 :     {
1700 :     print STDERR "failed to open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log\n";
1701 :     }
1702 :     }
1703 :    
1704 :     sub export {
1705 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1706 :     my($line);
1707 :    
1708 :     my ($exportable,$notes) = $fig->exportable_subsystem($ssa);
1709 :     foreach $line (@$exportable,@$notes)
1710 :     {
1711 :     print $line;
1712 :     }
1713 :     }
1714 :    
1715 :     sub export_assignments {
1716 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1717 :     my(@roles,$i,$entry,$id,$user);
1718 :    
1719 :     if (($user = $cgi->param('user')) && open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
1720 :     {
1721 :     $user =~ s/^master://;
1722 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1723 :     my $who = &curator($ssa);
1724 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:generated_from_subsystem_$ssa";
1725 :    
1726 :     if (open(OUT,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1727 :     {
1728 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//))
1729 :     {
1730 :     chop;
1731 :     push(@roles,$_);
1732 :     }
1733 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//)) {}
1734 :     while (defined($_ = <SSA>))
1735 :     {
1736 :     chop;
1737 :     my @flds = split(/\t/,$_);
1738 :     my $genome = $flds[0];
1739 :     for ($i=2; ($i < @flds); $i++)
1740 :     {
1741 :     my @entries = split(/,/,$flds[$i]);
1742 :     foreach $id (@entries)
1743 :     {
1744 :     my $peg = "fig|$genome.peg.$id";
1745 :     my $func = $fig->function_of($peg);
1746 :     print OUT "$peg\t$func\n";
1747 :     }
1748 :     }
1749 :     }
1750 :     close(OUT);
1751 :     }
1752 :     close(SSA);
1753 :     }
1754 :     }
1755 :    
1756 :     sub format_missing {
1757 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1758 :     my($org,$abr,$role,$missing);
1759 :    
1760 :     $user = $cgi->param('user');
1761 :    
1762 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1763 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1764 :    
1765 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1766 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1767 :    
1768 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1769 :    
1770 :     my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } $subsystem->get_subset_namesC;
1771 :     my($set,$col,%in);
1772 :     foreach $set (@alt_sets)
1773 :     {
1774 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1775 : overbeek 1.1 foreach $col (@mem)
1776 :     {
1777 :     $in{$col} = $set;
1778 :     }
1779 :     }
1780 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1781 :    
1782 :     foreach $org (@subsetR)
1783 :     {
1784 :     my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsystem,$org,\@subsetC,\%in);
1785 :    
1786 :     $missing = [];
1787 :     foreach $role (@missing)
1788 :     {
1789 :     $abr = $subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role));
1790 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1791 :    
1792 :     my $link = "<a href=" . &FIG::cgi_url . "/pom.cgi?user=$user&request=find_in_org&role=$roleE&org=$org>$abr $role</a>";
1793 :     push(@$missing,$link);
1794 :     }
1795 :    
1796 :     if (@$missing > 0)
1797 :     {
1798 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1799 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1800 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($missing)));
1801 :     }
1802 :     }
1803 :     }
1804 :    
1805 :     sub columns_missing_entries {
1806 :     my($cgi,$subsystem,$org,$roles,$in) = @_;
1807 :    
1808 :     next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
1809 :     my $just_col = $cgi->param('just_col');
1810 :     my(@really_missing) = ();
1811 :    
1812 :     my($role,%missing_cols);
1813 :     foreach $role (@$roles)
1814 :     {
1815 :     next if ($just_col && ($role ne $just_col));
1816 :     if ($subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role) == 0)
1817 :     {
1818 :     $missing_cols{$role} = 1;
1819 :     }
1820 :     }
1821 :    
1822 :     foreach $role (@$roles)
1823 :     {
1824 :     if ($missing_cols{$role})
1825 :     {
1826 :     my($set);
1827 :     if (($set = $in->{$role}) && (! $cgi->param('ignore_alt')))
1828 :     {
1829 : overbeek 1.4 my @set = $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1830 : overbeek 1.1
1831 :     my($k);
1832 :     for ($k=0; ($k < @set) && $missing_cols{$set[$k]}; $k++) {}
1833 :     if ($k == @set)
1834 :     {
1835 :     push(@really_missing,$role);
1836 :     }
1837 :     }
1838 :     else
1839 :     {
1840 :     push(@really_missing,$role);
1841 :     }
1842 :     }
1843 :     }
1844 :     return @really_missing;
1845 :     }
1846 :    
1847 :     sub format_missing_including_matches
1848 :     {
1849 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1850 :     my($org,$abr,$role,$missing);
1851 :    
1852 :     my $user = $cgi->param('user');
1853 :    
1854 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1855 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1856 :    
1857 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1858 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1859 :    
1860 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1861 :    
1862 :     my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } $subsystem->get_subset_namesC;
1863 :     my($set,$col,%in);
1864 :     foreach $set (@alt_sets)
1865 :     {
1866 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1867 : overbeek 1.1 foreach $col (@mem)
1868 :     {
1869 :     $in{$col} = $set;
1870 :     }
1871 :     }
1872 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1873 :    
1874 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
1875 :    
1876 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1877 :     push(@$html,
1878 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1879 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
1880 : overbeek 1.11
1881 : overbeek 1.14 my $just_role = &which_role($subsystem,$cgi->param('just_role'));
1882 :    
1883 : overbeek 1.1 foreach $org (@subsetR)
1884 :     {
1885 :     my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsystem,$org,\@subsetC,\%in);
1886 :     $missing = [];
1887 :     foreach $role (@missing)
1888 :     {
1889 : overbeek 1.14 # next if (($_ = $cgi->param('just_role')) && ($_ != ($subsystem->get_role_index($role) + 1)));
1890 :     next if ($just_role && ($just_role ne $role));
1891 : overbeek 1.1
1892 :     my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
1893 :     push(@$missing,@hits);
1894 :     }
1895 :    
1896 :     if (@$missing > 0)
1897 :     {
1898 : overbeek 1.11 my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1899 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1900 :    
1901 : overbeek 1.1 my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
1902 :     my $tbl = [];
1903 :    
1904 :     for my $hit (@$missing)
1905 :     {
1906 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
1907 :    
1908 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
1909 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
1910 :    
1911 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
1912 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
1913 :     -label => "");
1914 :    
1915 :     push(@$tbl, [$checkbox,
1916 :     $psc,
1917 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
1918 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
1919 :     }
1920 :    
1921 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
1922 :     }
1923 :     }
1924 :     push(@$html,
1925 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
1926 :     -name => "batch_assign"),
1927 :     $cgi->end_form);
1928 :     }
1929 :    
1930 : mkubal 1.36
1931 :    
1932 :     sub columns_missing_entries {
1933 :     my($cgi,$subsystem,$org,$roles,$in) = @_;
1934 :    
1935 :     next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
1936 :     my $just_col = $cgi->param('just_col');
1937 :     my(@really_missing) = ();
1938 :    
1939 :     my($role,%missing_cols);
1940 :     foreach $role (@$roles)
1941 :     {
1942 :     next if ($just_col && ($role ne $just_col));
1943 :     if ($subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role) == 0)
1944 :     {
1945 :     $missing_cols{$role} = 1;
1946 :     }
1947 :     }
1948 :    
1949 :     foreach $role (@$roles)
1950 :     {
1951 :     if ($missing_cols{$role})
1952 :     {
1953 :     my($set);
1954 :     if (($set = $in->{$role}) && (! $cgi->param('ignore_alt')))
1955 :     {
1956 :     my @set = $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1957 :    
1958 :     my($k);
1959 :     for ($k=0; ($k < @set) && $missing_cols{$set[$k]}; $k++) {}
1960 :     if ($k == @set)
1961 :     {
1962 :     push(@really_missing,$role);
1963 :     }
1964 :     }
1965 :     else
1966 :     {
1967 :     push(@really_missing,$role);
1968 :     }
1969 :     }
1970 :     }
1971 :     return @really_missing;
1972 :     }
1973 :    
1974 :     sub format_missing_including_matches_in_ss
1975 :     {
1976 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1977 :     my($org,$abr,$role,$missing);
1978 :    
1979 :     my $user = $cgi->param('user');
1980 :    
1981 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1982 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1983 :    
1984 :     my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1985 :     my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1986 :    
1987 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1988 :    
1989 :     my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } $subsystem->get_subset_namesC;
1990 :     my($set,$col,%in);
1991 :     foreach $set (@alt_sets)
1992 :     {
1993 :     my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1994 :     foreach $col (@mem)
1995 :     {
1996 :     $in{$col} = $set;
1997 :     }
1998 :     }
1999 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
2000 :    
2001 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
2002 :    
2003 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
2004 :     push(@$html,
2005 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
2006 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
2007 :    
2008 :     my $just_role = &which_role($subsystem,$cgi->param('just_role'));
2009 :    
2010 :     foreach $org (@subsetR)
2011 :     {
2012 :     my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsystem,$org,\@subsetC,\%in);
2013 :     $missing = [];
2014 :     foreach $role (@missing)
2015 :     {
2016 :     # next if (($_ = $cgi->param('just_role')) && ($_ != ($subsystem->get_role_index($role) + 1)));
2017 :     next if ($just_role && ($just_role ne $role));
2018 :    
2019 :     my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
2020 :     push(@$missing,@hits);
2021 :     }
2022 :    
2023 :     if (@$missing > 0)
2024 :     {
2025 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2026 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2027 :    
2028 :     my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
2029 :     my $tbl = [];
2030 :    
2031 :     for my $hit (@$missing)
2032 :     {
2033 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
2034 :    
2035 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
2036 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
2037 :    
2038 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
2039 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
2040 :     -label => "");
2041 :    
2042 :     my (@list_of_returned_ss,$ss_name,$ss_role,$good,$skip);
2043 :     @list_of_returned_ss = $fig->subsystems_for_peg($match_peg);
2044 :     $good = 0;
2045 :     for my $ret_ss (@list_of_returned_ss)
2046 :     {
2047 :     ($ss_name,$ss_role)= @$ret_ss;
2048 :     if ($ss_name =~/Unique/){ $skip = 1}
2049 :     else{ $good = 1}
2050 :     }
2051 :    
2052 :    
2053 :     if ($good)
2054 :     {
2055 :     push(@$tbl, [$checkbox,
2056 :     $psc,
2057 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
2058 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
2059 :     }
2060 :     }
2061 :    
2062 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
2063 :     }
2064 :     }
2065 :     push(@$html,
2066 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
2067 :     -name => "batch_assign"),
2068 :     $cgi->end_form);
2069 :     }
2070 :    
2071 :    
2072 : overbeek 1.3 sub format_check_assignments {
2073 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
2074 :     my($org,$role);
2075 :    
2076 :     my $user = $cgi->param('user');
2077 :    
2078 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
2079 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
2080 :    
2081 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
2082 : overbeek 1.3 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
2083 :    
2084 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
2085 :    
2086 :     push(@$html,$cgi->h1('Potentially Bad Assignments:'));
2087 :    
2088 :     foreach $org (@subsetR)
2089 :     {
2090 :     next if (($_ = $cgi->param('just_genome_assignments')) && ($_ != $org));
2091 :     my @bad = ();
2092 :    
2093 :     foreach $role (@subsetC)
2094 :     {
2095 :     next if (($_ = $cgi->param('just_role_assignments')) && ($_ != ($subsystem->get_role_index($role) + 1)));
2096 :     push(@bad,&checked_assignments($cgi,$subsystem,$org,$role));
2097 :     }
2098 :    
2099 :     if (@bad > 0)
2100 :     {
2101 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2102 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"),
2103 :     $cgi->ul($cgi->li(\@bad)));
2104 :    
2105 :     }
2106 :     }
2107 :     push(@$html,$cgi->hr);
2108 :     }
2109 :    
2110 :     sub checked_assignments {
2111 :     my($cgi,$subsystem,$genome,$role) = @_;
2112 :     my($peg,$line1,$line2,@out,$curr,$auto);
2113 :    
2114 :     my(@bad) = ();
2115 :     my @pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
2116 :     if (@pegs > 0)
2117 :     {
2118 :     my $tmp = "/tmp/tmp.pegs.$$";
2119 :     open(TMP,">$tmp") || die "could not open $tmp";
2120 :     foreach $peg (@pegs)
2121 :     {
2122 :     print TMP "$peg\n";
2123 :     }
2124 :     close(TMP);
2125 :     my $strict = $cgi->param('strict_check') ? "strict" : "";
2126 :     @out = `$FIG_Config::bin/check_peg_assignments $strict < $tmp 2> /dev/null`;
2127 :     unlink($tmp);
2128 :    
2129 :     while (($_ = shift @out) && ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/))
2130 :     {
2131 :     $peg = $1;
2132 :     if (($line1 = shift @out) && ($line1 =~ /^current:\s+(\S.*\S)/) && ($curr = $1) &&
2133 :     ($line2 = shift @out) && ($line2 =~ /^auto:\s+(\S.*\S)/) && ($auto = $1))
2134 :     {
2135 :     if (! $fig->same_func($curr,$auto))
2136 :     {
2137 :     my $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
2138 :     push(@bad,"$link<br>$line1<br>$line2<br><br>");
2139 :     }
2140 :     }
2141 :     }
2142 :     }
2143 :     return @bad;
2144 :     }
2145 :    
2146 : overbeek 1.1 sub format_dups {
2147 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
2148 :    
2149 :     my $user = $cgi->param('user');
2150 :    
2151 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
2152 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
2153 :    
2154 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
2155 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
2156 :    
2157 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
2158 :    
2159 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Duplicates:'));
2160 :    
2161 :     my($org,$duplicates,$role,$genus_species);
2162 :     foreach $org (@subsetR)
2163 :     {
2164 :     $duplicates = [];
2165 :     foreach $role (@subsetC)
2166 :     {
2167 :     my(@pegs,$peg,$func);
2168 :     if ((@pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role)) > 1)
2169 :     {
2170 :     push(@$duplicates,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } @pegs])));
2171 :     }
2172 :     }
2173 :    
2174 :     if (@$duplicates > 0)
2175 :     {
2176 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2177 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2178 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($duplicates)));
2179 :     }
2180 :     }
2181 :     }
2182 :    
2183 :     sub format_coupled {
2184 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$type) = @_;
2185 :     my($i,$j,@show,$user,$org,$link,$gs,$func,$peg,$peg1,$peg2,%in,%seen,%seen2);
2186 :     my(@cluster,$sc,$x,$id2,@in,$sim,@coupled);
2187 :     my($org,$role);
2188 :    
2189 :     $user = $cgi->param('user');
2190 :    
2191 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
2192 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
2193 :    
2194 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
2195 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
2196 :    
2197 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
2198 :    
2199 :     foreach $org (@subsetR)
2200 :     {
2201 :     foreach $role (@subsetC)
2202 :     {
2203 :     push(@in,$subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role));
2204 :     }
2205 :     }
2206 :    
2207 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
2208 :     @show = ();
2209 :     foreach $peg1 (@in)
2210 :     {
2211 :     if ($type eq "careful")
2212 :     {
2213 :     @coupled = $fig->coupling_and_evidence($peg1,5000,1.0e-10,0.2,1);
2214 :     }
2215 :     else
2216 :     {
2217 :     @coupled = $fig->fast_coupling($peg1,5000,1);
2218 :     }
2219 :    
2220 :     foreach $x (@coupled)
2221 :     {
2222 :     ($sc,$peg2) = @$x;
2223 :     if ((! $in{$peg2}) && ((! $seen{$peg2}) || ($seen{$peg2} < $sc)))
2224 :     {
2225 :     $seen{$peg2} = $sc;
2226 :     # print STDERR "$sc\t$peg1 -> $peg2\n";
2227 :     }
2228 :     }
2229 :     }
2230 :    
2231 :     foreach $peg1 (sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} } keys(%seen))
2232 :     {
2233 :     if (! $seen2{$peg1})
2234 :     {
2235 :     @cluster = ($peg1);
2236 :     $seen2{$peg1} = 1;
2237 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2238 :     {
2239 :     foreach $sim ($fig->sims($cluster[$i],1000,1.0e-10,"fig"))
2240 :     {
2241 :     $id2 = $sim->id2;
2242 :     if ($seen{$id2} && (! $seen2{$id2}))
2243 :     {
2244 :     push(@cluster,$id2);
2245 :     $seen2{$id2} = 1;
2246 :     }
2247 :     }
2248 :     }
2249 :     push(@show, [scalar @cluster,
2250 :     $cgi->br .
2251 :     $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_;
2252 :     $sc = $seen{$peg};
2253 :     $func = $fig->function_of($peg,$user);
2254 :     $gs = $fig->genus_species($fig->genome_of($peg));
2255 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
2256 :     "$sc: $link: $func \[$gs\]" }
2257 :     sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} }
2258 :     @cluster]))
2259 :     ]);
2260 :     }
2261 :     }
2262 :    
2263 :     if (@show > 0)
2264 :     {
2265 :     @show = map { $_->[1] } sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @show;
2266 :     push(@$html,$cgi->h1('Coupled, but not in Spreadsheet:'));
2267 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li(\@show)));
2268 :     }
2269 :     }
2270 :    
2271 :     sub ext_genus_species {
2272 :     my($fig,$genome) = @_;
2273 :    
2274 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
2275 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
2276 :     return "$gs [$c]";
2277 :     }
2278 :    
2279 :     sub show_tree {
2280 :    
2281 :     my($id,$gs);
2282 :     my($tree,$ids) = $fig->build_tree_of_complete;
2283 :     my $relabel = {};
2284 :     foreach $id (@$ids)
2285 :     {
2286 :     if ($gs = $fig->genus_species($id))
2287 :     {
2288 :     $relabel->{$id} = "$gs ($id)";
2289 :     }
2290 :     }
2291 :     $_ = &display_tree($tree,$relabel);
2292 :     print $cgi->pre($_),"\n";
2293 :     }
2294 :    
2295 :     sub export_align_input
2296 :     {
2297 :    
2298 :     }
2299 :    
2300 : redwards 1.22 sub annotate_column {
2301 :     # RAE: I added this function to allow you to reannotate a single column all at once
2302 :     # this is because I wanted to update some of my annotations after looking at UniProt
2303 :     # and couldn't see an easy way to do it.
2304 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem) = @_;
2305 :     my $checked;
2306 :     my $roles = [$subsystem->get_roles];
2307 :     my $colN = &which_column($col,$roles);
2308 :     my @checked = &seqs_to_align($colN,$subsystem);
2309 :     return undef unless (@checked);
2310 :    
2311 :     # the following is read from fid_checked.cgi
2312 :     push( @$html, "<table border=1>\n",
2313 :     "<tr><td>Protein</td><td>Organism</td><td>Current Function</td><td>By Whom</td></tr>"
2314 :     );
2315 :    
2316 :     foreach my $peg ( @checked ) {
2317 :     my @funcs = $fig->function_of( $peg );
2318 :     if ( ! @funcs ) { @funcs = ( ["", ""] ) }
2319 :     my $nfunc = @funcs;
2320 :     my $org = $fig->org_of( $peg );
2321 :     push( @$html, "<tr>",
2322 :     "<td rowspan=$nfunc>$peg</td>",
2323 :     "<td rowspan=$nfunc>$org</td>"
2324 :     );
2325 :     my ($who, $what);
2326 :     push( @$html, join( "</tr>\n<tr>", map { ($who,$what) = @$_; "<td>$what</td><td>$who</td>" } @funcs ) );
2327 :     push( @$html, "</tr>\n" );
2328 :     }
2329 :     push( @$html, "</table>\n" );
2330 :    
2331 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "fid_checked.cgi", -target=>"_blank"),
2332 :     $cgi->br, $cgi->br,
2333 :     "<table>\n",
2334 :     "<tr><td>New Function:</td>",
2335 :     "<td>", $cgi->textfield(-name => "function", -size => 60), "</td></tr>",
2336 :     "<tr><td colspan=2>", $cgi->hr, "</td></tr>",
2337 :     "<tr><td>New Annotation:</td>",
2338 :     "<td rowspan=2>", $cgi->textarea(-name => "annotation", -rows => 30, -cols => 60), "</td></tr>",
2339 :     "<tr><td valign=top width=20%><br>", $cgi->submit('add annotation'),
2340 :     "<p><b>Please note:</b> At the moment you need to make sure that the annotation in the table at the ",
2341 :     "top of this page reflects the new annotation. This may not be updated automatically.</p>",
2342 :     "</td></tr>",
2343 :     "</table>",
2344 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
2345 :     $cgi->hidden(-name => 'checked', -value => [@checked]),
2346 :     $cgi->end_form
2347 :     );
2348 :     }
2349 :    
2350 :    
2351 : overbeek 1.1 sub align_column {
2352 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem) = @_;
2353 :     my($colN,@checked,$cutoff);
2354 :    
2355 :     my $checked;
2356 :     my $roles = [$subsystem->get_roles];
2357 : redwards 1.22
2358 : overbeek 1.1 if (($colN = &which_column($col,$roles)) &&
2359 :     ((@checked = &seqs_to_align($colN,$subsystem)) > 1))
2360 :     {
2361 :     if ($cutoff = $cgi->param('include_homo'))
2362 :     {
2363 :     my $max = $cgi->param('max_homo');
2364 :     $max = $max ? $max : 100;
2365 :     push(@checked,&get_homologs($fig,\@checked,$cutoff,$max));
2366 :     }
2367 :     $checked = join("\' \'",@checked);
2368 :     }
2369 :     else
2370 :     {
2371 :     push(@$html,"<h1>You need to check at least two sequences</h1>\n");
2372 :     return;
2373 :     }
2374 :    
2375 :    
2376 :     #
2377 :     # See if we want to produce the alignment, or just produce the
2378 :     # input to the alignment.
2379 :     #
2380 :    
2381 :     if ($cgi->param("show_align_input"))
2382 :     {
2383 :     push(@$html, "<pre>\n");
2384 :     my $relabel;
2385 :     foreach my $id (@checked)
2386 :     {
2387 :     my $seq;
2388 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
2389 :     {
2390 :     push(@$html, ">$id\n$seq\n");
2391 :     my $func = $fig->function_of($id);
2392 :     $relabel->{$id} = "$id: $func";
2393 :     }
2394 :     else
2395 :     {
2396 :     push(@$html, "could not find translation for $id\n");
2397 :     }
2398 :     }
2399 :     push(@$html, "\n</pre>\n");
2400 :     }
2401 :     else
2402 :     {
2403 :     push(@$html,"<pre>\n");
2404 :     my %org = map { ( $_, $fig->org_of($_) ) } @checked;
2405 :     # Modified by GJO to compress tree and add organism names to tree:
2406 :     # push(@$html,`$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`);
2407 :    
2408 :     # Simpler version
2409 :     # push @$html, map { chomp;
2410 :     # /^ *\|[ |]*$/ # line that adds only tree height
2411 :     # ? () # remove it
2412 :     # : /- ([a-z]+\|\S+):/ && defined( $org{$1} ) # tree id?
2413 :     # ? "$_ [$org{$1}]\n" # add the name
2414 :     # : "$_\n" # otherwise leave unmodified
2415 :     # } `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`;
2416 :    
2417 :     # More complex version the preserves double spaced tree tips
2418 :     my $tip = 0;
2419 :     my @out = ();
2420 :    
2421 : overbeek 1.38 foreach ( `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree -UniProt \'$checked\'` )
2422 : overbeek 1.1 {
2423 :     chomp;
2424 :     if ( /^ *\|[ |]*$/ ) {} # line that adds only tree height
2425 :     elsif ( /- ([a-z]+\|\S+):/ ) # line with tree tip
2426 :     {
2427 :     if ( defined( $org{$1} ) ) { $_ .= " [$org{$1}]" } # add org
2428 :     if ( $tip ) { push @out, " |\n" } # 2 tips in a row? add line
2429 :     push @out, "$_\n"; # output current line
2430 :     $tip = 1;
2431 :     }
2432 :     else # not a tip
2433 :     {
2434 :     push @out, "$_\n";
2435 :     $tip = 0;
2436 :     }
2437 :     }
2438 :     push(@$html,&set_links($cgi,\@out));
2439 :     push(@$html,"</pre>\n");
2440 :     }
2441 :     }
2442 :    
2443 :     sub which_column {
2444 :     my($col,$roles) = @_;
2445 :     my($i);
2446 :    
2447 :     if (($col =~ /^(\d+)/) && ($1 <= @$roles))
2448 :     {
2449 :     return $roles->[$1-1];
2450 :     }
2451 :     return undef;
2452 :     }
2453 :    
2454 :     sub seqs_to_align {
2455 :     my($role,$subsystem) = @_;
2456 :     my($genome);
2457 :    
2458 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
2459 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
2460 :    
2461 :     my @seqs = ();
2462 :     foreach $genome (@subsetR)
2463 :     {
2464 :     push(@seqs,$subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role));
2465 :     }
2466 :     return @seqs;
2467 :     }
2468 :    
2469 :     sub get_homologs {
2470 :     my($fig,$checked,$cutoff,$max) = @_;
2471 :     my($peg,$sim,$id2);
2472 :    
2473 :     my @homologs = ();
2474 :     my %got = map { $_ => 1 } @$checked;
2475 :    
2476 :     foreach $peg (@$checked)
2477 :     {
2478 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,$max,$cutoff,"fig"))
2479 :     {
2480 :     $id2 = $sim->id2;
2481 : overbeek 1.16 if ((! $got{$id2}) && ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) && ($fig->is_complete($1)))
2482 : overbeek 1.1 {
2483 :     push(@homologs,[$sim->psc,$id2]);
2484 :     $got{$id2} = 1;
2485 :     }
2486 :     }
2487 :     }
2488 :     @homologs = map { $_->[1] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @homologs;
2489 :     if (@homologs > $max) { $#homologs = $max-1 }
2490 :    
2491 :     return @homologs;
2492 :     }
2493 :    
2494 :     sub set_links {
2495 :     my($cgi,$out) = @_;
2496 :    
2497 :     my @with_links = ();
2498 :     foreach $_ (@$out)
2499 :     {
2500 :     if ($_ =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)$/)
2501 :     {
2502 :     my($before,$peg,$after) = ($1,$2,$3);
2503 :     push(@with_links, $before . &HTML::fid_link($cgi,$peg) . $after . "\n");
2504 :     }
2505 :     else
2506 :     {
2507 :     push(@with_links,$_);
2508 :     }
2509 :     }
2510 :     return @with_links;
2511 :     }
2512 :    
2513 :     sub reset_ssa {
2514 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2515 :     my($ssa,@spreadsheets,$col_hdrs,$tab,$t,$readable,$url,$link,@tmp);
2516 :    
2517 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) && opendir(BACKUP,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup"))
2518 :     {
2519 :     @spreadsheets = sort { $b <=> $a }
2520 :     map { $_ =~ /^spreadsheet.(\d+)/; $1 }
2521 :     grep { $_ =~ /^spreadsheet/ }
2522 :     readdir(BACKUP);
2523 :     closedir(BACKUP);
2524 :     $col_hdrs = ["When","Number Genomes"];
2525 :     $tab = [];
2526 :     foreach $t (@spreadsheets)
2527 :     {
2528 :     $readable = &FIG::epoch_to_readable($t);
2529 :     $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset_to&ts=$t";
2530 :     $link = "<a href=$url>$readable</a>";
2531 :     open(TMP,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t")
2532 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t";
2533 :     $/ = "//\n";
2534 :     $_ = <TMP>;
2535 :     $_ = <TMP>;
2536 :     $_ = <TMP>;
2537 :     chomp;
2538 :     $/ = "\n";
2539 :    
2540 :     @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+/ } split(/\n/,$_);
2541 :     push(@$tab,[$link,scalar @tmp]);
2542 :     }
2543 :     }
2544 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Possible Points to Reset From"));
2545 :     }
2546 :    
2547 :     sub reset_ssa_to {
2548 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2549 :     my($ts,$ssa);
2550 :    
2551 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2552 :     ($ts = $cgi->param('ts')) &&
2553 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts"))
2554 :     {
2555 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
2556 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
2557 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts")
2558 :     {
2559 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes";
2560 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
2561 :     }
2562 : overbeek 1.9
2563 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
2564 :     $subsystem->db_sync(0);
2565 :     undef $subsystem;
2566 : overbeek 1.1 }
2567 :     }
2568 :    
2569 :     sub make_exchangable {
2570 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2571 :     my($ssa);
2572 :    
2573 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2574 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet") &&
2575 :     open(TMP,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2576 :     {
2577 :     print TMP "1\n";
2578 :     close(TMP);
2579 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2580 :     }
2581 :     }
2582 :    
2583 :     sub make_unexchangable {
2584 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2585 :     my($ssa);
2586 :    
2587 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2588 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2589 :     {
2590 :     unlink("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2591 :     }
2592 :     }
2593 : overbeek 1.14
2594 :     sub which_role {
2595 :     my($subsystem,$role_indicator) = @_;
2596 :     my($n,$role,$abbr);
2597 :    
2598 :     if (($role_indicator =~ /^\s*(\d+)\s*$/) && ($n = $1) && ($role = $subsystem->get_role($n-1)))
2599 :     {
2600 :     return $role;
2601 :     }
2602 :     elsif (($role_indicator =~ /^\s*(\S+)\s*$/) && ($abbr = $1) && ($role = $subsystem->get_role_from_abbr($abbr)))
2603 :     {
2604 :     return $role;
2605 :     }
2606 :     return "";
2607 :     }
2608 : overbeek 1.17
2609 :     sub external_id {
2610 :     my($fig,$cgi,$peg) = @_;
2611 :     my @tmp;
2612 :     my @aliases = ($fig->feature_aliases($peg),map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg));
2613 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^uni\|/ } @aliases) > 0)
2614 :     {
2615 :     @aliases = map { &HTML::uni_link($cgi,$_) } @tmp;
2616 :     }
2617 :     elsif ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp\|/ } @aliases) > 0)
2618 :     {
2619 :     @aliases = map { &HTML::sp_link($cgi,$_) } @tmp;
2620 :     }
2621 :     elsif ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi\|/ } @aliases) > 0)
2622 :     {
2623 :     @aliases = map { &HTML::gi_link($cgi,$_) } @tmp;
2624 :     }
2625 :     elsif ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg\|/ } @aliases) > 0)
2626 :     {
2627 :     @aliases = map { &HTML::kegg_link($cgi,$_) } @tmp;
2628 :     }
2629 :     else
2630 :     {
2631 :     return wantarray() ? (&HTML::fid_link($cgi,$peg)) : &HTML::fid_link($cgi,$peg);
2632 :     }
2633 :    
2634 :     if (wantarray())
2635 :     {
2636 :     return @aliases;
2637 :     }
2638 :     else
2639 :     {
2640 :     return $aliases[0];
2641 :     }
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