[Bio] / FigWebServices / subsys.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/subsys.cgi

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Revision 1.21 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :    
3 :     use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 : overbeek 1.9
6 : overbeek 1.1 use Subsystem;
7 :    
8 :     use HTML;
9 :     use strict;
10 :     use tree_utilities;
11 :    
12 :     use CGI;
13 : overbeek 1.9
14 : overbeek 1.1 my $cgi = new CGI;
15 :     if (0)
16 :     {
17 :     my $VAR1;
18 :     eval(join("",`cat /tmp/ssa_parms`));
19 :     $cgi = $VAR1;
20 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
21 :     }
22 :    
23 :     if (0)
24 :     {
25 :     print $cgi->header;
26 :     my @params = $cgi->param;
27 :     print "<pre>\n";
28 :     foreach $_ (@params)
29 :     {
30 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
31 :     }
32 :    
33 :     if (0)
34 :     {
35 :     if (open(TMP,">/tmp/ssa_parms"))
36 :     {
37 :     print TMP &Dumper($cgi);
38 :     close(TMP);
39 :     }
40 :     }
41 :     exit;
42 :     }
43 :    
44 :     # request to display the phylogenetic tree
45 :     #
46 :     my $request = $cgi->param("request");
47 :     if ($request && ($request eq "show_tree"))
48 :     {
49 :     print $cgi->header;
50 :     &show_tree;
51 :     exit;
52 :     }
53 :    
54 :     my $html = [];
55 :    
56 :     my $user = $cgi->param('user');
57 :     $fig->set_user($user);
58 :    
59 : overbeek 1.14 if ($cgi->param('resynch_peg_connections') && (my $ssa = $cgi->param('ssa_name')))
60 : overbeek 1.9 {
61 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
62 :     $subsystem->db_sync(0);
63 :     undef $subsystem;
64 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
65 :     }
66 : overbeek 1.14 elsif ($user && ($cgi->param("extend_with_billogix")))
67 : overbeek 1.1 {
68 :     #
69 :     # Start a bg task to extend the subsystem.
70 :     #
71 :    
72 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
73 :    
74 :     my $user = $cgi->param('user');
75 :    
76 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
77 :    
78 : overbeek 1.14 if ($sub && ($user eq $sub->get_curator))
79 : overbeek 1.1 {
80 :     #
81 :     # See if there's already an extend job running.
82 :     #
83 :    
84 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
85 :     if ($curpid)
86 :     {
87 :     warn "Found current pid $curpid\n";
88 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
89 :     warn "job is $j\n";
90 :     warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
91 :     if ($j && $j->running())
92 :     {
93 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
94 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
95 :     last;
96 :     }
97 :     }
98 :    
99 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {$sub->extend_with_billogix($user);});
100 :    
101 :     push(@$html,
102 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
103 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
104 :    
105 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
106 :     }
107 :     else
108 :     {
109 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
110 :     }
111 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
112 :     exit;
113 :     }
114 :     else
115 :     {
116 :     $request = defined($request) ? $request : "";
117 : overbeek 1.8
118 : overbeek 1.14 if (($request eq "reset") && $user)
119 : overbeek 1.1 {
120 :     &reset_ssa($fig,$cgi,$html); # allow user to go back to a previous version of the ss
121 :     }
122 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "reset_to") && $user)
123 : overbeek 1.1 {
124 :     &reset_ssa_to($fig,$cgi,$html); # this actually resets to the previous version
125 : overbeek 1.9 &one_cycle($fig,$cgi,$html);
126 : overbeek 1.1 }
127 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "make_exchangable") && $user)
128 : overbeek 1.1 {
129 :     &make_exchangable($fig,$cgi,$html);
130 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
131 :     }
132 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "make_unexchangable") && $user)
133 : overbeek 1.1 {
134 :     &make_unexchangable($fig,$cgi,$html);
135 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
136 :     }
137 :     elsif ($request eq "show_ssa")
138 :     {
139 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
140 :     }
141 :     #
142 :     # Note that this is a little different; I added another submit button
143 :     # to the delete_or_export_ssa form, so have to distinguish between them
144 :     # here based on $cgi->param('delete_export') - the original button,
145 :     # or $cgi->param('publish') - the new one.
146 :     #
147 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "delete_or_export_ssa") && $user &&
148 :     defined($cgi->param('delete_export')))
149 : overbeek 1.1 {
150 :     my($ssa,$exported);
151 :     $exported = 0;
152 :     foreach $ssa ($cgi->param('export'))
153 :     {
154 :     if (! $exported)
155 :     {
156 :     print $cgi->header;
157 :     print "<pre>\n";
158 :     }
159 :     &export($fig,$cgi,$ssa);
160 :     $exported = 1;
161 :     }
162 :    
163 :     foreach $ssa ($cgi->param('export_assignments'))
164 :     {
165 :     &export_assignments($fig,$cgi,$ssa);
166 :     }
167 :    
168 :     foreach $ssa ($cgi->param('delete'))
169 :     {
170 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
171 :     $sub->delete_indices();
172 :    
173 :     my $cmd = "rm -rf '$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa'";
174 :     my $rc = system $cmd;
175 :     }
176 :    
177 :     if (! $exported)
178 :     {
179 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
180 :     }
181 :     else
182 :     {
183 :     print "</pre>\n";
184 :     exit;
185 :     }
186 :     }
187 : overbeek 1.14 elsif (($request eq "delete_or_export_ssa") && $user &&
188 : overbeek 1.1 defined($cgi->param('publish')))
189 :     {
190 :     my($ssa,$exported);
191 :     my($ch) = $fig->get_clearinghouse();
192 :    
193 :     print $cgi->header;
194 :    
195 :     if (!defined($ch))
196 :     {
197 :     print "cannot publish: clearinghouse not available\n";
198 :     exit;
199 :     }
200 :    
201 :     foreach $ssa ($cgi->param('publish_to_clearinghouse'))
202 :     {
203 :     print "<h2>Publishing $ssa to clearinghouse...</h2>\n";
204 :     $| = 1;
205 :     print "<pre>\n";
206 :     my $res = $fig->publish_subsystem_to_clearinghouse($ssa);
207 :     print "</pre>\n";
208 :     if ($res)
209 :     {
210 :     print "Published <i>$ssa </i> to clearinghouse<br>\n";
211 :     }
212 :     else
213 :     {
214 :     print "<b>Failed</b> to publish <i>$ssa</i> to clearinghouse<br>\n";
215 :     }
216 :     }
217 :     exit;
218 :     }
219 : overbeek 1.14 elsif ($user && ($request eq "new_ssa") && ($cgi->param('copy_from1')) && (! $cgi->param('cols_to_take1')))
220 : overbeek 1.1 {
221 :     my $user = $cgi->param('user');
222 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
223 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
224 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
225 :     my(@roles1,@roles2);
226 :    
227 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
228 :     -method => 'post'),
229 :     $cgi->hidden(-name => 'copy_from1', -value => $copy_from1, -override => 1),
230 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
231 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
232 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1)
233 :     );
234 :    
235 :     @roles1 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from1);
236 :     if (@roles1 > 0)
237 :     {
238 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from1"),
239 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take1',
240 :     -values => ['all',@roles1],
241 :     -size => 10,
242 :     -multiple => 1
243 :     ),
244 :     $cgi->hr
245 :     );
246 :     }
247 :    
248 :     if ($copy_from2)
249 :     {
250 :     @roles2 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from2);
251 :     if (@roles2 > 0)
252 :     {
253 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'copy_from2', -value => $copy_from2, -override => 1));
254 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from2"),
255 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take2',
256 :     -values => ['all',@roles2],
257 :     -size => 10,
258 :     -multiple => 1
259 :     ),
260 :     $cgi->hr
261 :     );
262 :     }
263 :     }
264 :     push(@$html,$cgi->submit('build new subsystem'),
265 :     $cgi->end_form
266 :     );
267 :     }
268 :     elsif ($request eq "new_ssa")
269 :     {
270 :     &new_ssa($fig,$cgi,$html);
271 :     }
272 :     else
273 :     {
274 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
275 :     }
276 :     }
277 :    
278 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
279 :    
280 :    
281 :     sub show_initial {
282 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
283 :     my($set,$when,$comment);
284 :    
285 :     my $user = $cgi->param('user');
286 :     my @ssa = &existing_subsystem_annotations;
287 :    
288 :     if (@ssa > 0)
289 :     {
290 :     &format_ssa_table($cgi,$html,$user,\@ssa);
291 :     }
292 :    
293 :     my $target = "window$$";
294 :     push(@$html, $cgi->h1('To Start or Copy a Subsystem'),
295 :     $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
296 :     -target => $target,
297 :     -method => 'post'),
298 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
299 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1),
300 :     "Name of New Subsystem: ",
301 :     $cgi->textfield(-name => "ssa_name", -size => 50),
302 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => 1, -override => 1),
303 :     $cgi->br,
304 :    
305 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
306 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from1", -size => 50),
307 :     $cgi->br,
308 :    
309 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
310 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from2", -size => 50),
311 :     $cgi->br,
312 :    
313 :     $cgi->submit('start new subsystem'),
314 :     $cgi->end_form,
315 :     "<br>You can start a subsystem from scratch, in which case you should leave these two \"copy from\"
316 :     fields blank. If you wish to just copy a subsystem (in order to become the owner so that you can modify it),
317 :     just fill in one of the \"copy from\" fields with the name of the subsystem you wish to copy. If you wish to
318 :     extract a a subset of the columns to build a smaller spreadsheet (which could later be merged with another one),
319 :     fill in the name of the subsystem. You will be prompted for the columns that you wish to extract (choose <i>all</i> to
320 :     just copy all of the columns). Finally, if you wish to build a new spreadsheet by including columns from two existing
321 :     spreadsheets (including a complete merger), fill in the names of both the existing \"copy from\" subsystems"
322 :     );
323 :     }
324 :    
325 :     sub new_ssa {
326 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
327 :    
328 :     my $user = $cgi->param('user');
329 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
330 :    
331 :     if (! $user)
332 :     {
333 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user before starting a new subsystem annotation'));
334 :     return;
335 :     }
336 :    
337 :     if (! $name)
338 :     {
339 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem name'));
340 :     return;
341 :     }
342 :    
343 :     my $ssa = $name;
344 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
345 :    
346 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Subsystems");
347 :    
348 :     if (-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa")
349 :     {
350 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a new subsystem name; $ssa already is being used"));
351 :     return;
352 :     }
353 :    
354 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,1); # create new subsystem
355 :    
356 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
357 :     $copy_from1 =~ s/[ \/]/_/g;
358 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
359 :     $copy_from2 =~ s/[ \/]/_/g;
360 :     my @cols_to_take1 = $cgi->param('cols_to_take1');
361 :     my @cols_to_take2 = $cgi->param('cols_to_take2');
362 :    
363 :    
364 :     if ($copy_from1 && (@cols_to_take1 > 0))
365 :     {
366 : overbeek 1.9 $subsystem->add_to_subsystem($copy_from1,\@cols_to_take1,"take notes"); # add columns and notes
367 : overbeek 1.1 }
368 :    
369 :     if ($copy_from2 && (@cols_to_take2 > 0))
370 :     {
371 : overbeek 1.9 $subsystem->add_to_subsystem($copy_from2,\@cols_to_take2,"take notes"); # add columns and notes
372 : overbeek 1.1 }
373 :    
374 :     $subsystem->write_subsystem();
375 :    
376 :     $cgi->param(-name => "can_alter",
377 :     -value => 1);
378 :     &one_cycle($fig,$cgi,$html);
379 :     }
380 :    
381 :     # The basic update logic (cycle) includes the following steps:
382 :     #
383 :     # 1. Load the existing spreadsheet
384 :     # 2. reconcile row and subset changes
385 : overbeek 1.9 # 3. process spreadsheet changes (fill/refill/add genomes/update variants)
386 : overbeek 1.1 # 4. write the updated spreadsheet back to disk
387 :     # 5. render the spreadsheet
388 :     #
389 :     sub one_cycle {
390 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
391 :    
392 :     my $user = $cgi->param('user');
393 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
394 :    
395 :     if (! $ssa)
396 :     {
397 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
398 :     return;
399 :     }
400 :    
401 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
402 :     if (&handle_role_and_subset_changes($fig,$subsystem,$cgi,$html))
403 :     {
404 :     &process_spreadsheet_changes($fig,$subsystem,$cgi,$html);
405 : overbeek 1.10
406 : overbeek 1.14 if ($cgi->param('can_alter') && ($user = $cgi->param('user')) && ($user eq $subsystem->get_curator))
407 :     {
408 :     $subsystem->write_subsystem();
409 :     }
410 : overbeek 1.20 &produce_html_to_display_subsystem($fig,$subsystem,$cgi,$html,$ssa);
411 : overbeek 1.1 }
412 :     }
413 :    
414 :     sub handle_role_and_subset_changes {
415 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html) = @_;
416 : overbeek 1.14 my $user;
417 : overbeek 1.1
418 : overbeek 1.14 if ((! $cgi->param('can_alter')) || (! ($user = $cgi->param('user'))) || ($user ne $subsystem->get_curator))
419 : overbeek 1.1 {
420 :     return 1; # no changes, so...
421 :     }
422 :     else
423 :     {
424 :     my($role,$p,$abr,$r,$n);
425 :     my @tuplesR = ();
426 :     my @roles = grep { $_ =~ /^role/ } $cgi->param();
427 :     if (@roles == 0) { return 1 } # initial call, everything is as it was
428 :    
429 :     foreach $role (@roles)
430 :     {
431 :     if (($role =~ /^role(\d+)/) && defined($n = $1))
432 :     {
433 :     if ($r = $cgi->param("role$n"))
434 :     {
435 : overbeek 1.9 $r =~ s/^\s+//;
436 :     $r =~ s/\s+$//;
437 :    
438 : overbeek 1.1 if (($p = $cgi->param("posR$n")) && ($abr = $cgi->param("abbrev$n")))
439 :     {
440 :     push(@tuplesR,[$p,$r,$abr]);
441 :     }
442 :     else
443 :     {
444 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to give a position and abbreviation for $r"));
445 :     return 0;
446 :     }
447 :     }
448 :     }
449 :     }
450 :     $subsystem->set_roles([map { [$_->[1],$_->[2]] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @tuplesR]);
451 :    
452 : overbeek 1.9
453 :     my($subset_name,$s,$test,$entries,$entry);
454 :     my @subset_names = grep { $_ =~ /^nameCS/ } $cgi->param();
455 :    
456 :     if (@subset_names == 0) { return 1 }
457 :    
458 :     my %defined_subsetsC;
459 :     foreach $s (@subset_names)
460 : overbeek 1.1 {
461 : overbeek 1.9 if (($s =~ /^nameCS(\d+)/) && defined($n = $1) && ($subset_name = $cgi->param($s)))
462 : overbeek 1.1 {
463 : overbeek 1.9
464 : overbeek 1.1 my($text);
465 : overbeek 1.9 $entries = [];
466 :     if ($text = $cgi->param("subsetC$n"))
467 : overbeek 1.1 {
468 :     foreach $entry (split(/[\s,]+/,$text))
469 :     {
470 :     if ($role = &to_role($entry,\@tuplesR))
471 :     {
472 : overbeek 1.9 push(@$entries,$role);
473 : overbeek 1.1 }
474 :     else
475 :     {
476 :     push(@$html,$cgi->h1("Invalid role designation in subset $s: $entry"));
477 :     return 0;
478 :     }
479 :     }
480 :     }
481 : overbeek 1.9 $defined_subsetsC{$subset_name} = $entries;
482 :     }
483 :     }
484 :    
485 :     foreach $s ($subsystem->get_subset_namesC)
486 :     {
487 :     next if ($s eq "All");
488 :     if ($entries = $defined_subsetsC{$s})
489 :     {
490 :     $subsystem->set_subsetC($s,$entries);
491 :     delete $defined_subsetsC{$s};
492 :     }
493 :     else
494 :     {
495 :     $subsystem->delete_subsetC($s);
496 : overbeek 1.1 }
497 :     }
498 : overbeek 1.9
499 :     foreach $s (keys(%defined_subsetsC))
500 :     {
501 :     $subsystem->set_subsetC($s,$defined_subsetsC{$s});
502 :     }
503 : overbeek 1.1 }
504 :     return 1;
505 :     }
506 :    
507 :     sub to_role {
508 :     my($x,$role_tuples) = @_;
509 :     my $i;
510 :    
511 : overbeek 1.9 if (($x =~ /^(\d+)$/) && ($1 <= @$role_tuples)) { return $role_tuples->[$x-1]->[1] }
512 :    
513 : overbeek 1.1 for ($i=0; ($i < @$role_tuples) &&
514 :     ($role_tuples->[0] != $x) &&
515 :     ($role_tuples->[1] != $x) &&
516 :     ($role_tuples->[2] != $x); $i++) {}
517 :     if ($i < @$role_tuples)
518 :     {
519 :     return $role_tuples->[$i]->[1];
520 :     }
521 :     return undef;
522 :     }
523 :    
524 :     sub process_spreadsheet_changes {
525 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html) = @_;
526 :    
527 : overbeek 1.14 my $user;
528 :     if ((! $cgi->param('can_alter')) || (! ($user = $cgi->param('user'))) || ($user ne $subsystem->get_curator))
529 : overbeek 1.1 {
530 :     return 1; # no changes, so...
531 :     }
532 :     else
533 :     {
534 : overbeek 1.12 my $notes = $cgi->param('notes');
535 :     if ($notes)
536 :     {
537 :     $subsystem->set_notes($notes);
538 :     }
539 :    
540 : overbeek 1.7 my(@param,$param,$genome,$val);
541 :     @param = grep { $_ =~ /^genome\d+\.\d+$/ } $cgi->param;
542 : overbeek 1.13
543 :     my %removed;
544 : overbeek 1.7 foreach $param (@param)
545 :     {
546 :     if ($cgi->param($param) =~ /^\s*$/)
547 :     {
548 :     $param =~ /^genome(\d+\.\d+)/;
549 :     $genome = $1;
550 :     $subsystem->remove_genome($genome);
551 : overbeek 1.13 $removed{$genome} = 1;
552 : overbeek 1.7 }
553 :     }
554 :    
555 :     @param = grep { $_ =~ /^vcode\d+\.\d+$/ } $cgi->param;
556 :     foreach $param (@param)
557 :     {
558 :     if ($cgi->param($param) =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
559 :     {
560 :     $val = $1;
561 :     $param =~ /^vcode(\d+\.\d+)/;
562 :     $genome = $1;
563 : overbeek 1.13 if (! $removed{$genome})
564 :     {
565 :     $subsystem->set_variant_code($subsystem->get_genome_index($genome),$val);
566 :     }
567 : overbeek 1.7 }
568 :     }
569 :    
570 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('refill'))
571 :     {
572 :     &refill_spreadsheet($fig,$subsystem);
573 :     }
574 :     elsif ($cgi->param('precise_fill'))
575 :     {
576 :     &fill_empty_cells($fig,$subsystem);
577 :     }
578 :    
579 :     my @orgs = $cgi->param('new_genome');
580 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
581 :    
582 :     my $org;
583 :     foreach $org (@orgs)
584 :     {
585 :     &add_genome($fig,$subsystem,$cgi,$html,$org);
586 :     }
587 :     }
588 :     }
589 :    
590 :     sub refill_spreadsheet {
591 :     my($fig,$subsystem) = @_;
592 : overbeek 1.5 my($genome,$role,@pegs1,@pegs2,$i);
593 : overbeek 1.1
594 :     foreach $genome ($subsystem->get_genomes())
595 :     {
596 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
597 :     {
598 : overbeek 1.5 @pegs1 = sort $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
599 :     @pegs2 = sort $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
600 : overbeek 1.9
601 : overbeek 1.5 if (@pegs1 != @pegs2)
602 :     {
603 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs2);
604 :     }
605 :     else
606 :     {
607 :     for ($i=0; ($i < @pegs1) && ($pegs1[$i] eq $pegs2[$i]); $i++) {}
608 :     if ($i < @pegs1)
609 :     {
610 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs2);
611 :     }
612 :     }
613 : overbeek 1.1 }
614 :     }
615 :     }
616 :    
617 :     sub fill_empty_cells {
618 :     my($fig,$subsystem) = @_;
619 :     my($genome,$role,@pegs);
620 :    
621 :     foreach $genome ($subsystem->get_genomes())
622 :     {
623 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
624 :     {
625 :     @pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
626 :     if (@pegs == 0)
627 :     {
628 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
629 :     if (@pegs > 0)
630 :     {
631 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs);
632 :     }
633 :     }
634 :     }
635 :     }
636 :     }
637 :    
638 :     sub add_genome {
639 :     my($fig,$subsystem,$cgi,$html,$genome) = @_;
640 :     my($role,@pegs);
641 :    
642 :     $subsystem->add_genome($genome);
643 :     foreach $role ($subsystem->get_roles())
644 :     {
645 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($role,"master",$genome);
646 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$role,\@pegs);
647 :     }
648 :     }
649 :    
650 :     sub produce_html_to_display_subsystem {
651 : overbeek 1.20 my($fig,$subsystem,$cgi,$html,$ssa) = @_;
652 : overbeek 1.1
653 :     my $user = $cgi->param('user');
654 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
655 : overbeek 1.14 my $can_alter = ($cgi->param('can_alter') && $user && ($user eq $subsystem->get_curator));
656 : overbeek 1.1
657 :     my $name = $ssa;
658 :     $name =~ s/_/ /g;
659 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
660 :    
661 :     push(@$html, $cgi->h1("Subsystem: $name"),
662 :     $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
663 :     -method => 'post'),
664 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
665 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'show_ssa', -override => 1),
666 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
667 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
668 :     $cgi->br,
669 :     );
670 :    
671 : overbeek 1.14 &format_roles($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter);
672 :     &format_subsets($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter);
673 : olson 1.18
674 :     #
675 :     # Put link into constructs tool.
676 :     #
677 :    
678 :     if ($can_alter)
679 :     {
680 :     push(@$html, $cgi->p,
681 :     $cgi->a({href => "construct.cgi?ssa=$ssa&user=$user",
682 :     target => "_blank"},
683 :     "Define higher level constructs."),
684 :     $cgi->p);
685 :     }
686 :    
687 :    
688 :    
689 : overbeek 1.1 &format_rows($fig,$cgi,$html,$subsystem);
690 :    
691 :     if ($can_alter)
692 :     {
693 :     &format_extend_with($fig,$cgi,$html,$subsystem);
694 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
695 :     push(@$html,$cgi->br);
696 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
697 :     }
698 :     else
699 :     {
700 :     push(@$html,$cgi->br);
701 :     push(@$html,$cgi->submit('show spreadsheet'),$cgi->br);
702 :    
703 :     }
704 :    
705 :     push(@$html, $cgi->a({href => "ss_export.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa"},
706 :     "Export subsystem data"),
707 :     $cgi->br);
708 :    
709 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'ignore_alt', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'ignore alternatives'),$cgi->br);
710 : overbeek 1.17 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'ext_ids', -value => 1, -checked => 0, -label => 'use external ids'),$cgi->br);
711 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_clusters', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show clusters'),$cgi->br);
712 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing'),$cgi->br);
713 : overbeek 1.3
714 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches'),
715 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
716 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
717 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single role: ",
718 :     $cgi->textfield(-name => "just_role", -size => 15),"]",
719 : overbeek 1.3 $cgi->br,$cgi->br
720 :     );
721 :    
722 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_assignments', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'check assignments'),
723 :     '&nbsp;&nbsp;[',
724 :     $cgi->checkbox(-name => 'strict_check', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'strict'),
725 :     ']',
726 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
727 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome_assignments", -size => 15),"]",
728 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single role: ",
729 :     $cgi->textfield(-name => "just_role_assignments", -size => 15),"]",
730 :     $cgi->br.$cgi->br
731 : overbeek 1.1 );
732 : overbeek 1.3
733 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
734 :     {
735 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'refill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'refill spreadsheet from scratch'),$cgi->br);
736 :     }
737 :    
738 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_dups', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show duplicates'),$cgi->br);
739 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_problems', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs in roles that do not match precisely'),$cgi->br);
740 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
741 :     {
742 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'add_solid', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'Add Genomes with Solid Hits'),$cgi->br);
743 :     }
744 :    
745 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled_fast', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs fast [depends on existing pins/clusters]'),$cgi->br);
746 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs[figure 2 minutes per PEG in spreadsheet]'),$cgi->br);
747 :     push(@$html,$cgi->br,"Align column: ",
748 :     $cgi->textfield(-name => "col_to_align", -size => 7),
749 :     $cgi->checkbox(-name => "show_align_input", -checked => 0,
750 :     -label => "show input to alignment tool"),
751 :     $cgi->br,"Include homologs that pass the following threshhold: ",
752 :     $cgi->textfield(-name => "include_homo", -size => 10)," (leave blank to see just column)",
753 :     " Max homologous seqs: ",$cgi->textfield(-name => "max_homo", -value => 100, -size => 6),
754 :     );
755 :    
756 :     if ($can_alter)
757 :     {
758 :     push(@$html,
759 : overbeek 1.20 $cgi->p. $cgi->hr."If you wish to check the subsystem, ",
760 :     $cgi->a({href => "check_subsys.cgi?user=$user&subsystem=$ssa&request=check_ssa"},
761 :     "click here"),
762 :     $cgi->br,
763 : overbeek 1.1 $cgi->p,
764 : overbeek 1.9 $cgi->hr,
765 :     "You should resynch PEG connections only if you detect PEGs that should be connected to the
766 :     spreadsheet, but do not seem to be. This can only reflect an error in the code. If you find
767 :     yourself having to use it, send mail to Ross.",
768 :     $cgi->br,
769 :     $cgi->submit(-value => "Resynch PEG Connections",
770 :     -name => "resynch_peg_connections"),
771 :     $cgi->br,
772 : overbeek 1.1 $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension",
773 :     -name => "extend_with_billogix"),
774 :     $cgi->br);
775 :     }
776 : overbeek 1.10
777 : overbeek 1.12 my $notes = $subsystem->get_notes();
778 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
779 :     {
780 :     push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
781 :     }
782 :     elsif ($notes)
783 :     {
784 :     push(@$html,$cgi->h2('notes'),"<pre>$notes</pre>");
785 :     }
786 : overbeek 1.10
787 : overbeek 1.1 push(@$html, $cgi->end_form);
788 :    
789 : overbeek 1.19 my $target = "align$$";
790 :     my @roles = $subsystem->get_roles;
791 :     my $rolesA = [];
792 :     my $i;
793 :     my $dir = $subsystem->get_dir;
794 :     for ($i=1; ($i <= @roles); $i++)
795 :     {
796 :     if (-s "$dir/Alignments/$i/tree")
797 :     {
798 :     push(@$rolesA,"$i: $roles[$i-1]");
799 :     }
800 :     }
801 :     if (@$rolesA > 0)
802 :     {
803 :     push(@$html, $cgi->hr,
804 :     $cgi->h1('To Assign Using a Tree'),
805 :     $cgi->start_form(-action => "assign_using_tree.cgi",
806 :     -target => $target,
807 :     -method => 'post'),
808 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
809 :     $cgi->hidden(-name => 'ali_dir', -value => "$dir/Alignments", -override => 1),
810 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'ali_num',
811 :     -values => $rolesA,
812 :     -size => 10,
813 :     -multiple => 0
814 :     ),
815 :     $cgi->br,
816 :     $cgi->submit(-value => "use_tree",
817 :     -name => "use_tree"),
818 :     $cgi->end_form
819 :     );
820 :     }
821 :    
822 : overbeek 1.1 push(@$html, $cgi->hr);
823 :    
824 :     if ($cgi->param('show_missing'))
825 :     {
826 :     &format_missing($fig,$cgi,$html,$subsystem);
827 :     }
828 :    
829 :     if ($cgi->param('show_missing_including_matches'))
830 :     {
831 :     &format_missing_including_matches($fig,$cgi,$html,$subsystem);
832 :     }
833 :    
834 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('check_assignments'))
835 :     {
836 :     &format_check_assignments($fig,$cgi,$html,$subsystem);
837 :     }
838 :    
839 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('show_dups'))
840 :     {
841 :     &format_dups($fig,$cgi,$html,$subsystem);
842 :     }
843 :    
844 :     if ($cgi->param('show_coupled'))
845 :     {
846 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$subsystem,"careful");
847 :     }
848 :     elsif ($cgi->param('show_coupled_fast'))
849 :     {
850 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$subsystem,"fast");
851 :     }
852 :    
853 :     my $col;
854 :     if ($col = $cgi->param('col_to_align'))
855 :     {
856 :     &align_column($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem);
857 :     }
858 :    
859 :     }
860 :    
861 :     sub format_extend_with {
862 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
863 :     my($org,$gs);
864 :    
865 :     my %genomes = map { $_ => 1 } $subsystem->get_genomes();
866 :    
867 :     my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); "$gs ($org)" }
868 :     grep { ! $genomes{$_} }
869 :     $fig->genomes("complete",undef);
870 :    
871 :     push(@$html,
872 :     $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),
873 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'new_genome',
874 :     -values => [@orgs],
875 :     -size => 10,
876 :     -multiple => 1
877 :     ),
878 :     $cgi->hr
879 :     );
880 :     }
881 :    
882 :     sub format_roles {
883 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;
884 : overbeek 1.1 my($i);
885 :    
886 :     my $col_hdrs = ["Column","Abbrev","Functional Role"];
887 :     my $tab = [];
888 :    
889 :     my $n = 1;
890 : overbeek 1.14 &format_existing_roles($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,\$n,$can_alter);
891 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('can_alter'))
892 :     {
893 :     for ($i=0; ($i < 5); $i++)
894 :     {
895 : overbeek 1.15 &format_role($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,"",$can_alter);
896 : overbeek 1.1 $n++;
897 :     }
898 :     }
899 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Functional Roles"),
900 :     $cgi->hr
901 :     );
902 :     }
903 :    
904 :     sub format_existing_roles {
905 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$nP,$can_alter) = @_;
906 : overbeek 1.1 my($role);
907 :    
908 :     foreach $role ($subsystem->get_roles)
909 :     {
910 : overbeek 1.14 &format_role($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$$nP,$role,$can_alter);
911 : overbeek 1.1 $$nP++;
912 :     }
913 :     }
914 :    
915 :     sub format_role {
916 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,$role,$can_alter) = @_;
917 : overbeek 1.1 my($abbrev);
918 :    
919 :     $abbrev = $role ? $subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role)) : "";
920 :    
921 :     my($posT,$abbrevT,$roleT);
922 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
923 : overbeek 1.1 {
924 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "posR$n", -size => 3, -value => $n, -override => 1);
925 :     $abbrevT = $cgi->textfield(-name => "abbrev$n", -size => 7, -value => $abbrev, -override => 1);
926 :     $roleT = $cgi->textfield(-name => "role$n", -size => 80, -value => $role, -override => 1);
927 :     }
928 :     else
929 :     {
930 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "posR$n", -value => $n, -override => 1),
931 :     $cgi->hidden(-name => "abbrev$n", -value => $abbrev, -override => 1),
932 :     $cgi->hidden(-name => "role$n", -value => $role, -override => 1));
933 :     $posT = $n;
934 :     $abbrevT = $abbrev;
935 :     $roleT = $role;
936 :     }
937 :     #
938 :     # Wrap the first element in the table with a <A NAME="role_rolename"> tag
939 :     # so we can zing to it from elsewhere. We remove any non-alphanumeric
940 :     # chars in the role name.
941 :     #
942 :    
943 :     my $posT_html;
944 :     {
945 :     my $rn = $role;
946 :     $rn =~ s/[ \/]/_/g;
947 :     $rn =~ s/\W//g;
948 :    
949 :     $posT_html = "<a name=\"$rn\">$posT</a>";
950 :     }
951 :    
952 :    
953 :     push(@$tab,[$posT_html,$abbrevT,$roleT]);
954 :    
955 :     if ($cgi->param('check_problems'))
956 :     {
957 :     my @roles = grep { $_->[0] ne $role } &gene_functions_in_col($fig,$role,$subsystem);
958 :     my($x,$peg);
959 :     foreach $x (@roles)
960 :     {
961 :     push(@$tab,["","",$x->[0]]);
962 :     push(@$tab,["","",join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_) } @{$x->[1]})]);
963 :     }
964 :     }
965 :     }
966 :    
967 :     sub gene_functions_in_col {
968 :     my($fig,$role,$subsystem) = @_;
969 :     my(%roles,$peg,$func);
970 : redwards 1.21
971 :    
972 :     # RAE this is dying if $subsystem->get_col($subsystem->get_role_index($role) + 1) is not defined
973 :     # it is also not returning the right answer, so we need to fix it.
974 :     # I am not sure why this is incremented by one here (see the note) because it is not right
975 :     # and if you don't increment it by one it is right.
976 :    
977 :     # incr by 1 to get col indexed from 1 (not 0)
978 :     #my @pegs = map { @$_ } @{$subsystem->get_col($subsystem->get_role_index($role) + 1)};
979 :    
980 :     return undef unless ($role); # this takes care of one error
981 :     my $col_role=$subsystem->get_col($subsystem->get_role_index($role));
982 :     return undef unless (defined $col_role);
983 :     my @pegs = map { @$_ } @$col_role;
984 : overbeek 1.1
985 :     foreach $peg (@pegs)
986 :     {
987 :     if ($func = $fig->function_of($peg))
988 :     {
989 :     push(@{$roles{$func}},$peg);
990 :     }
991 :     }
992 :     return map { [$_,$roles{$_}] } sort keys(%roles);
993 :     }
994 :    
995 :     sub format_subsets {
996 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;
997 : overbeek 1.1
998 : overbeek 1.14 &format_subsetsC($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter);
999 : overbeek 1.1 &format_subsetsR($fig,$cgi,$html,$subsystem);
1000 :     }
1001 :    
1002 :     sub format_subsetsC {
1003 : overbeek 1.14 my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;
1004 : overbeek 1.1
1005 :     my $col_hdrs = ["Subset","Includes These Roles"];
1006 :     my $tab = [];
1007 :    
1008 :     my $n = 1;
1009 : overbeek 1.14 &format_existing_subsetsC($cgi,$html,$subsystem,$tab,\$n,$can_alter);
1010 : overbeek 1.9
1011 : overbeek 1.14 if ($can_alter)
1012 : overbeek 1.1 {
1013 :     my $i;
1014 :     for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1015 :     {
1016 :     &format_subsetC($cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,"");
1017 :     $n++;
1018 :     }
1019 :     }
1020 : overbeek 1.9
1021 : overbeek 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsets of Roles"),
1022 :     $cgi->hr
1023 :     );
1024 :    
1025 :     my @subset_names = $subsystem->get_subset_namesC;
1026 :     if (@subset_names > 1)
1027 :     {
1028 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1029 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetC',
1030 : overbeek 1.8 -values => [@subset_names],
1031 : overbeek 1.1 -default => $active_subsetC
1032 :     ),
1033 :     $cgi->br
1034 :     );
1035 :     }
1036 :     else
1037 :     {
1038 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'active_subsetC', -value => 'All', -override => 1));
1039 :     }
1040 :     }
1041 :    
1042 :     sub format_subsetsR {
1043 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1044 :     my($i);
1045 :    
1046 :     my $link = &tree_link;
1047 :     push(@$html,$cgi->br,$link,$cgi->br);
1048 :    
1049 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1050 :    
1051 :     my @tmp = grep { $_ ne "All" } sort $subsystem->get_subset_namesR;
1052 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetR',
1053 :     -values => ["All",@tmp],
1054 :     -default => $active_subsetR,
1055 :     -size => 5
1056 :     ),
1057 :     $cgi->br
1058 :     );
1059 :     }
1060 :    
1061 :     sub format_existing_subsetsC {
1062 : overbeek 1.14 my($cgi,$html,$subsystem,$tab,$nP,$can_alter) = @_;
1063 : overbeek 1.1 my($nameCS);
1064 :    
1065 :     foreach $nameCS (sort $subsystem->get_subset_namesC)
1066 :     {
1067 : overbeek 1.9 if ($nameCS !~ /all/i)
1068 :     {
1069 :     &format_subsetC($cgi,$html,$subsystem,$tab,$$nP,$nameCS);
1070 :     $$nP++;
1071 :     }
1072 : overbeek 1.1 }
1073 :     }
1074 :    
1075 :     sub format_subsetC {
1076 :     my($cgi,$html,$subsystem,$tab,$n,$nameCS) = @_;
1077 :    
1078 :     if ($nameCS ne "All")
1079 :     {
1080 : overbeek 1.4 my $subset = $nameCS ? join(",",map { $subsystem->get_role_index($_) + 1 } $subsystem->get_subsetC_roles($nameCS)) : "";
1081 : overbeek 1.9
1082 :     $nameCS = $subset ? $nameCS : "";
1083 :    
1084 : overbeek 1.1 my($posT,$subsetT);
1085 : overbeek 1.9
1086 : overbeek 1.14 $posT = $cgi->textfield(-name => "nameCS$n", -size => 30, -value => $nameCS, -override => 1);
1087 :     $subsetT = $cgi->textfield(-name => "subsetC$n", -size => 80, -value => $subset, -override => 1);
1088 :     push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
1089 : overbeek 1.1 }
1090 :     }
1091 :    
1092 :     sub tree_link {
1093 :     my $target = "window$$";
1094 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?request=show_tree";
1095 :     return "<a href=$url target=$target>Show Phylogenetic Tree</a>";
1096 :     }
1097 :    
1098 :     sub format_rows {
1099 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1100 :     my($i,%alternatives);
1101 :    
1102 :     my $ignore_alt = $cgi->param('ignore_alt');
1103 :    
1104 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1105 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1106 :    
1107 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1108 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1109 :    
1110 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1111 :     my %activeR = map { $_ => 1 } @subsetR;
1112 :    
1113 :     if (! $ignore_alt)
1114 :     {
1115 :     my $subset;
1116 :     foreach $subset (grep { $_ =~ /^\*/ } $subsystem->get_subset_namesC)
1117 :     {
1118 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($subset);
1119 : overbeek 1.1 if (@mem > 1)
1120 :     {
1121 :     my $mem = [@mem];
1122 :     foreach $_ (@mem)
1123 :     {
1124 :     $alternatives{$_} = [$subset,$mem];
1125 :     }
1126 :     }
1127 :     }
1128 :     }
1129 :    
1130 :     my @in = $subsystem->get_genomes;
1131 :    
1132 :     if (@in > 0)
1133 :     {
1134 :     my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
1135 :    
1136 :     my @row_guide = ();
1137 :    
1138 :     my($role,%in_col);
1139 :     foreach $role (grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_roles)
1140 :     {
1141 :     if (! $in_col{$role})
1142 :     {
1143 :     if ($_ = $alternatives{$role})
1144 :     {
1145 :     my($abbrev,$mem) = @$_;
1146 :     push(@$col_hdrs,$abbrev);
1147 :     push(@row_guide,[map { [$_,"-" . ($subsystem->get_role_index($_) + 1)] } @$mem]);
1148 :     foreach $_ (@$mem) { $in_col{$_} = 1 };
1149 :     }
1150 :     else
1151 :     {
1152 :     push(@$col_hdrs,$subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role)));
1153 :     push(@row_guide,[[$role,""]]);
1154 :     }
1155 :     }
1156 :     }
1157 :    
1158 :     my $tab = [];
1159 :     my($genome,@pegs,@cells,$set,$peg_set,$pair,$role,$suffix,$row,$peg,$color_of,$cell,%count,$color,@colors);
1160 :     foreach $genome (grep { $activeR{$_} } @in)
1161 :     {
1162 : overbeek 1.7 my($genomeV,$vcodeV,$vcode_value);
1163 :     $vcode_value = $subsystem->get_variant_code($subsystem->get_genome_index($genome));
1164 : overbeek 1.8 $row = [$genome, &ext_genus_species($fig,$genome),$vcode_value];
1165 : overbeek 1.1
1166 :     @pegs = ();
1167 :     @cells = ();
1168 :     foreach $set (@row_guide)
1169 :     {
1170 :     $peg_set = [];
1171 :     foreach $pair (@$set)
1172 :     {
1173 :     ($role,$suffix) = @$pair;
1174 : overbeek 1.2 foreach $peg ($subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role))
1175 : overbeek 1.1 {
1176 :     push(@$peg_set,[$peg,$suffix]);
1177 :     }
1178 :     }
1179 :     push(@pegs,map { $_->[0] } @$peg_set);
1180 :     push(@cells,$peg_set);
1181 :     }
1182 :     $color_of = &group_by_clusters($fig,\@pegs);
1183 :     foreach $cell (@cells)
1184 :     {
1185 :     undef %count;
1186 :     foreach $_ (@$cell)
1187 :     {
1188 :     if (($color = $color_of->{$_->[0]}) ne '#FFFFFF')
1189 :     {
1190 :     $count{$color}++;
1191 :     }
1192 :     }
1193 :     @colors = sort { $count{$b} <=> $count{$a} } keys(%count);
1194 :     $color = (@colors > 0) ? $colors[0] : '#FFFFFF';
1195 : overbeek 1.17 push(@$row,"\@bgcolor=\"$color\":" . join(", ",map { ($cgi->param('ext_ids') ? &external_id($fig,$cgi,$_->[0]) : &HTML::fid_link($cgi,$_->[0],"local")) . $_->[1] } @$cell));
1196 : overbeek 1.1 }
1197 :     push(@$tab,$row);
1198 :     }
1199 :    
1200 :    
1201 :     my($sort);
1202 :     if ($sort = $cgi->param('sort'))
1203 :     {
1204 :     if ($sort eq "by_variant")
1205 :     {
1206 : overbeek 1.8 my @tmp = ();
1207 :     my $row;
1208 :     foreach $row (@$tab)
1209 :     {
1210 :     my @var = ();
1211 :     my $i;
1212 :     for ($i=3; ($i < @$row); $i++)
1213 :     {
1214 :     push(@var, ($row->[$i] =~ /fig\|/) ? 1 : 0);
1215 :     }
1216 :     push(@tmp,[join("",@var),$row]);
1217 :     }
1218 :     $tab = [map { $_->[1] } sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @tmp];
1219 : overbeek 1.1 }
1220 :     elsif ($sort eq "by_phylo")
1221 :     {
1222 :     $tab = [map { $_->[0] }
1223 :     sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[0]->[1] cmp $b->[0]->[1]) }
1224 :     map { [$_, $fig->taxonomy_of($_->[0])] }
1225 :     @$tab];
1226 :     }
1227 :     elsif ($sort eq "by_tax_id")
1228 :     {
1229 :     $tab = [sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @$tab];
1230 :     }
1231 :     elsif ($sort eq "alphabetic")
1232 :     {
1233 :     $tab = [sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[0] <=> $b->[0]) } @$tab];
1234 :     }
1235 :     }
1236 :    
1237 : overbeek 1.8 foreach $row (@$tab)
1238 :     {
1239 :     my($genomeV,$vcodeV,$vcode_value);
1240 :     $genome = $row->[0];
1241 :     $vcode_value = $row->[2];
1242 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1243 :     {
1244 :     $genomeV = $cgi->textfield(-name => "genome$genome", -size => 15, -value => $genome, -override => 1);
1245 : overbeek 1.19 $vcodeV = $cgi->textfield(-name => "vcode$genome", -value => $vcode_value, -size => 10);
1246 : overbeek 1.8 }
1247 :     else
1248 :     {
1249 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$genome", -value => $genome, -override => 1),
1250 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$genome", -value => $vcode_value));
1251 :     $genomeV = $genome;
1252 :     $vcodeV = $vcode_value;
1253 :     }
1254 :     $row->[0] = $genomeV;
1255 :     $row->[2] = $vcodeV;
1256 :     }
1257 :    
1258 : overbeek 1.6 my $tab1 = [];
1259 :     foreach $row (@$tab)
1260 :     {
1261 :     if ((@$tab1 > 0) && ((@$tab1 % 10) == 0))
1262 :     {
1263 :     push(@$tab1,[map { "<b>$_</b>" } @$col_hdrs]) ;
1264 :     }
1265 :     push(@$tab1,$row);
1266 :     }
1267 :    
1268 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab1,"Basic Spreadsheet"),
1269 : overbeek 1.1 $cgi->hr
1270 :     );
1271 :    
1272 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'sort',
1273 :     -value => ['unsorted','alphabetic','by_variant','by_phylo','by_tax_id'],
1274 :     -default => 'unsorted'
1275 :     ));
1276 :     }
1277 :     }
1278 :    
1279 :     sub group_by_clusters {
1280 :     my($fig,$pegs) = @_;
1281 :     my($peg,@clusters,@cluster,@colors,$color,%seen,%conn,$x,$peg1,@pegs,$i);
1282 :    
1283 :     my $color_of = {};
1284 :     foreach $peg (@$pegs) { $color_of->{$peg} = '#FFFFFF' }
1285 :    
1286 :     if ($cgi->param('show_clusters'))
1287 :     {
1288 :     @pegs = keys(%$color_of);
1289 :    
1290 :     foreach $peg (@pegs)
1291 :     {
1292 :     foreach $peg1 (grep { $color_of->{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))
1293 :     {
1294 :     push(@{$conn{$peg}},$peg1);
1295 :     }
1296 :     }
1297 :    
1298 :     @clusters = ();
1299 :     while ($peg = shift @pegs)
1300 :     {
1301 :     if (! $seen{$peg})
1302 :     {
1303 :     @cluster = ($peg);
1304 :     $seen{$peg} = 1;
1305 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
1306 :     {
1307 :     $x = $conn{$cluster[$i]};
1308 :     foreach $peg1 (@$x)
1309 :     {
1310 :     if (! $seen{$peg1})
1311 :     {
1312 :     push(@cluster,$peg1);
1313 :     $seen{$peg1} = 1;
1314 :     }
1315 :     }
1316 :     }
1317 :     push(@clusters,[@cluster]);
1318 :     }
1319 :     }
1320 :    
1321 :     @colors =
1322 :     (
1323 :     '#C0C0C0',
1324 :     '#FF40C0',
1325 :     '#FF8040',
1326 :     '#FF0080',
1327 :     '#FFC040',
1328 :     '#40C0FF',
1329 :     '#40FFC0',
1330 :     '#C08080',
1331 :     '#C0FF00',
1332 :     '#00FF80',
1333 :     '#00C040'
1334 :     );
1335 :    
1336 :     @clusters = grep { @$_ > 1 } sort { @$a <=> @$b } @clusters;
1337 :    
1338 :     if (@clusters > @colors) { splice(@clusters,0,(@clusters - @colors)) } # make sure we have enough colors
1339 :    
1340 :     my($cluster);
1341 :     foreach $cluster (@clusters)
1342 :     {
1343 :     $color = shift @colors;
1344 :     foreach $peg (@$cluster)
1345 :     {
1346 :     $color_of->{$peg} = $color;
1347 :     }
1348 :     }
1349 :     }
1350 :     return $color_of;
1351 :     }
1352 :    
1353 :     sub format_ssa_table {
1354 :     my($cgi,$html,$user,$ssaP) = @_;
1355 :     my($ssa,$curator);
1356 :     my($url1,$link1);
1357 :    
1358 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1359 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "subsys.cgi",
1360 :     -method => 'post'),
1361 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1362 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
1363 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'delete_or_export_ssa', -override => 1)
1364 :     );
1365 :     push(@$html,"<font size=\"+2\">Please do not ever edit someone else\'s spreadsheet (by using their
1366 :     user ID), and <b>never open multiple windows to
1367 :     process the same spreadsheet</b></font>. It is, of course, standard practice to open a subsystem
1368 :     spreadsheet and then to have multiple other SEED windows to access data and modify annotations. Further,
1369 :     you can access someone else's subsystem spreadsheet using your ID (which will make it impossible
1370 :     for you to edit the spreadsheet).
1371 :     Just do not open the same subsystem spreadsheet for editing in multiple windows simultaneously.",
1372 :     $cgi->br,
1373 :     $cgi->br
1374 :     );
1375 :    
1376 :     my $col_hdrs = [
1377 :     "Name","Curator","Exchangable","Version",
1378 :     "Reset to Previous Timestamp","Delete",
1379 :     "Export Full Subsystem","Export Just Assignments", "Publish to Clearinghouse",
1380 :     ];
1381 :     my $title = "Existing Subsystem Annotations";
1382 :     my $tab = [];
1383 :     foreach $_ (@$ssaP)
1384 :     {
1385 :     my($publish_checkbox);
1386 :     ($ssa,$curator) = @$_;
1387 :    
1388 :     my($url,$link);
1389 :     if ((-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup") && ($curator eq $cgi->param('user')))
1390 :     {
1391 :     $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset";
1392 :     $link = "<a href=$url>reset</a>";
1393 :     }
1394 :     else
1395 :     {
1396 :     $link = "";
1397 :     }
1398 :    
1399 :     if (($fig->is_exchangable_subsystem($ssa)) && ($curator eq $cgi->param('user')))
1400 :     {
1401 :     $url1 = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_unexchangable";
1402 :     $link1 = "Exchangable<br><a href=$url1>Make not exchangable</a>";
1403 :     }
1404 :     elsif ($curator eq $cgi->param('user'))
1405 :     {
1406 :     $url1 = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_exchangable";
1407 :     $link1 = "Not exchangable<br><a href=$url1>Make exchangable</a>";
1408 :     }
1409 :     else
1410 :     {
1411 :     $link1 = "";
1412 :     }
1413 :    
1414 :     #
1415 :     # Only allow publish for subsystems we are curating?
1416 :     #
1417 :     if ($curator eq $cgi->param('user'))
1418 :     {
1419 :     $publish_checkbox = $cgi->checkbox(-name => "publish_to_clearinghouse",
1420 :     -value => $ssa,
1421 :     -label => "Publish"),
1422 :    
1423 :     }
1424 :    
1425 :     push(@$tab,[
1426 :     &ssa_link($ssa,$user),
1427 :     $curator,
1428 :     $link1,
1429 :     $fig->subsystem_version($ssa),
1430 :     $link,
1431 :     ($curator eq $cgi->param('user')) ? $cgi->checkbox(-name => "delete", -value => $ssa) : "",
1432 :     $cgi->checkbox(-name => "export", -value => $ssa, -label => "Export full"),
1433 :     $cgi->checkbox(-name => "export_assignments", -value => $ssa, -label => "Export assignments"),
1434 :     $publish_checkbox,
1435 :     ]);
1436 :     }
1437 :     push(@$html,
1438 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title),
1439 :     $cgi->submit(-name => 'delete_export',
1440 :     -label => 'Process marked deletions and exports'),
1441 :     $cgi->submit(-name => 'publish',
1442 :     -label => "Publish marked subsystems"),
1443 :     $cgi->end_form
1444 :     );
1445 :     }
1446 :    
1447 :     sub existing_subsystem_annotations {
1448 :     my($ssa,$name);
1449 :     my @ssa = ();
1450 :     if (opendir(SSA,"$FIG_Config::data/Subsystems"))
1451 :     {
1452 :     @ssa = map { $ssa = $_; $name = $ssa; $ssa =~ s/[ \/]/_/g; [$name,&curator($ssa)] } grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SSA);
1453 :     closedir(SSA);
1454 :     }
1455 :     return sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @ssa;
1456 :     }
1457 :    
1458 :     sub ssa_link {
1459 :     my($ssa,$user) = @_;
1460 :     my $name = $ssa; $name =~ s/_/ /g;
1461 :     my $target = "window$$";
1462 : overbeek 1.9 if ($name =~ /([a-zA-Z]{3})/)
1463 :     {
1464 :     $target .= ".$1";
1465 :     }
1466 :    
1467 : overbeek 1.1 my $can_alter = &curator($ssa) eq $user;
1468 :    
1469 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=show_ssa&can_alter=$can_alter";
1470 :     return "<a href=$url target=$target>$name</a>";
1471 :     }
1472 :    
1473 :     sub curator {
1474 :     my($ssa) = @_;
1475 :     my($who) = "";
1476 :    
1477 :     if (open(DATA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1478 :     {
1479 :     $_ = <DATA>;
1480 :     if ($_ =~ /^\d+\t(\S+)\s+started/)
1481 :     {
1482 :     $who = $1;
1483 :     }
1484 :     close(DATA);
1485 :     }
1486 :     return $who;
1487 :     }
1488 :    
1489 :     sub log_update {
1490 :     my($ssa,$user) = @_;
1491 :    
1492 :     $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
1493 :    
1494 :     if (open(LOG,">>$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1495 :     {
1496 :     my $time = time;
1497 :     print LOG "$time\t$user\tupdated\n";
1498 :     close(LOG);
1499 :     }
1500 :     else
1501 :     {
1502 :     print STDERR "failed to open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log\n";
1503 :     }
1504 :     }
1505 :    
1506 :     sub export {
1507 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1508 :     my($line);
1509 :    
1510 :     my ($exportable,$notes) = $fig->exportable_subsystem($ssa);
1511 :     foreach $line (@$exportable,@$notes)
1512 :     {
1513 :     print $line;
1514 :     }
1515 :     }
1516 :    
1517 :     sub export_assignments {
1518 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1519 :     my(@roles,$i,$entry,$id,$user);
1520 :    
1521 :     if (($user = $cgi->param('user')) && open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
1522 :     {
1523 :     $user =~ s/^master://;
1524 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1525 :     my $who = &curator($ssa);
1526 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:generated_from_subsystem_$ssa";
1527 :    
1528 :     if (open(OUT,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1529 :     {
1530 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//))
1531 :     {
1532 :     chop;
1533 :     push(@roles,$_);
1534 :     }
1535 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//)) {}
1536 :     while (defined($_ = <SSA>))
1537 :     {
1538 :     chop;
1539 :     my @flds = split(/\t/,$_);
1540 :     my $genome = $flds[0];
1541 :     for ($i=2; ($i < @flds); $i++)
1542 :     {
1543 :     my @entries = split(/,/,$flds[$i]);
1544 :     foreach $id (@entries)
1545 :     {
1546 :     my $peg = "fig|$genome.peg.$id";
1547 :     my $func = $fig->function_of($peg);
1548 :     print OUT "$peg\t$func\n";
1549 :     }
1550 :     }
1551 :     }
1552 :     close(OUT);
1553 :     }
1554 :     close(SSA);
1555 :     }
1556 :     }
1557 :    
1558 :     sub format_missing {
1559 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1560 :     my($org,$abr,$role,$missing);
1561 :    
1562 :     $user = $cgi->param('user');
1563 :    
1564 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1565 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1566 :    
1567 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1568 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1569 :    
1570 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1571 :    
1572 :     my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } $subsystem->get_subset_namesC;
1573 :     my($set,$col,%in);
1574 :     foreach $set (@alt_sets)
1575 :     {
1576 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1577 : overbeek 1.1 foreach $col (@mem)
1578 :     {
1579 :     $in{$col} = $set;
1580 :     }
1581 :     }
1582 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1583 :    
1584 :     foreach $org (@subsetR)
1585 :     {
1586 :     my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsystem,$org,\@subsetC,\%in);
1587 :    
1588 :     $missing = [];
1589 :     foreach $role (@missing)
1590 :     {
1591 :     $abr = $subsystem->get_role_abbr($subsystem->get_role_index($role));
1592 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1593 :    
1594 :     my $link = "<a href=" . &FIG::cgi_url . "/pom.cgi?user=$user&request=find_in_org&role=$roleE&org=$org>$abr $role</a>";
1595 :     push(@$missing,$link);
1596 :     }
1597 :    
1598 :     if (@$missing > 0)
1599 :     {
1600 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1601 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1602 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($missing)));
1603 :     }
1604 :     }
1605 :     }
1606 :    
1607 :     sub columns_missing_entries {
1608 :     my($cgi,$subsystem,$org,$roles,$in) = @_;
1609 :    
1610 :     next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
1611 :     my $just_col = $cgi->param('just_col');
1612 :     my(@really_missing) = ();
1613 :    
1614 :     my($role,%missing_cols);
1615 :     foreach $role (@$roles)
1616 :     {
1617 :     next if ($just_col && ($role ne $just_col));
1618 :     if ($subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role) == 0)
1619 :     {
1620 :     $missing_cols{$role} = 1;
1621 :     }
1622 :     }
1623 :    
1624 :     foreach $role (@$roles)
1625 :     {
1626 :     if ($missing_cols{$role})
1627 :     {
1628 :     my($set);
1629 :     if (($set = $in->{$role}) && (! $cgi->param('ignore_alt')))
1630 :     {
1631 : overbeek 1.4 my @set = $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1632 : overbeek 1.1
1633 :     my($k);
1634 :     for ($k=0; ($k < @set) && $missing_cols{$set[$k]}; $k++) {}
1635 :     if ($k == @set)
1636 :     {
1637 :     push(@really_missing,$role);
1638 :     }
1639 :     }
1640 :     else
1641 :     {
1642 :     push(@really_missing,$role);
1643 :     }
1644 :     }
1645 :     }
1646 :     return @really_missing;
1647 :     }
1648 :    
1649 :     sub format_missing_including_matches
1650 :     {
1651 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1652 :     my($org,$abr,$role,$missing);
1653 :    
1654 :     my $user = $cgi->param('user');
1655 :    
1656 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1657 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1658 :    
1659 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1660 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1661 :    
1662 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1663 :    
1664 :     my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } $subsystem->get_subset_namesC;
1665 :     my($set,$col,%in);
1666 :     foreach $set (@alt_sets)
1667 :     {
1668 : overbeek 1.4 my @mem = grep { $activeC{$_} } $subsystem->get_subsetC_roles($set);
1669 : overbeek 1.1 foreach $col (@mem)
1670 :     {
1671 :     $in{$col} = $set;
1672 :     }
1673 :     }
1674 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1675 :    
1676 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
1677 :    
1678 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1679 :     push(@$html,
1680 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1681 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
1682 : overbeek 1.11
1683 : overbeek 1.14 my $just_role = &which_role($subsystem,$cgi->param('just_role'));
1684 :    
1685 : overbeek 1.1 foreach $org (@subsetR)
1686 :     {
1687 :     my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsystem,$org,\@subsetC,\%in);
1688 :     $missing = [];
1689 :     foreach $role (@missing)
1690 :     {
1691 : overbeek 1.14 # next if (($_ = $cgi->param('just_role')) && ($_ != ($subsystem->get_role_index($role) + 1)));
1692 :     next if ($just_role && ($just_role ne $role));
1693 : overbeek 1.1
1694 :     my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
1695 :     push(@$missing,@hits);
1696 :     }
1697 :    
1698 :     if (@$missing > 0)
1699 :     {
1700 : overbeek 1.11 my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1701 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1702 :    
1703 : overbeek 1.1 my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
1704 :     my $tbl = [];
1705 :    
1706 :     for my $hit (@$missing)
1707 :     {
1708 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
1709 :    
1710 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
1711 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
1712 :    
1713 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
1714 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
1715 :     -label => "");
1716 :    
1717 :     push(@$tbl, [$checkbox,
1718 :     $psc,
1719 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
1720 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
1721 :     }
1722 :    
1723 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
1724 :     }
1725 :     }
1726 :     push(@$html,
1727 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
1728 :     -name => "batch_assign"),
1729 :     $cgi->end_form);
1730 :     }
1731 :    
1732 : overbeek 1.3 sub format_check_assignments {
1733 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1734 :     my($org,$role);
1735 :    
1736 :     my $user = $cgi->param('user');
1737 :    
1738 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1739 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1740 :    
1741 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1742 : overbeek 1.3 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1743 :    
1744 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1745 :    
1746 :     push(@$html,$cgi->h1('Potentially Bad Assignments:'));
1747 :    
1748 :     foreach $org (@subsetR)
1749 :     {
1750 :     next if (($_ = $cgi->param('just_genome_assignments')) && ($_ != $org));
1751 :     my @bad = ();
1752 :    
1753 :     foreach $role (@subsetC)
1754 :     {
1755 :     next if (($_ = $cgi->param('just_role_assignments')) && ($_ != ($subsystem->get_role_index($role) + 1)));
1756 :     push(@bad,&checked_assignments($cgi,$subsystem,$org,$role));
1757 :     }
1758 :    
1759 :     if (@bad > 0)
1760 :     {
1761 :     my $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1762 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"),
1763 :     $cgi->ul($cgi->li(\@bad)));
1764 :    
1765 :     }
1766 :     }
1767 :     push(@$html,$cgi->hr);
1768 :     }
1769 :    
1770 :     sub checked_assignments {
1771 :     my($cgi,$subsystem,$genome,$role) = @_;
1772 :     my($peg,$line1,$line2,@out,$curr,$auto);
1773 :    
1774 :     my(@bad) = ();
1775 :     my @pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role);
1776 :     if (@pegs > 0)
1777 :     {
1778 :     my $tmp = "/tmp/tmp.pegs.$$";
1779 :     open(TMP,">$tmp") || die "could not open $tmp";
1780 :     foreach $peg (@pegs)
1781 :     {
1782 :     print TMP "$peg\n";
1783 :     }
1784 :     close(TMP);
1785 :     my $strict = $cgi->param('strict_check') ? "strict" : "";
1786 :     @out = `$FIG_Config::bin/check_peg_assignments $strict < $tmp 2> /dev/null`;
1787 :     unlink($tmp);
1788 :    
1789 :     while (($_ = shift @out) && ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/))
1790 :     {
1791 :     $peg = $1;
1792 :     if (($line1 = shift @out) && ($line1 =~ /^current:\s+(\S.*\S)/) && ($curr = $1) &&
1793 :     ($line2 = shift @out) && ($line2 =~ /^auto:\s+(\S.*\S)/) && ($auto = $1))
1794 :     {
1795 :     if (! $fig->same_func($curr,$auto))
1796 :     {
1797 :     my $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
1798 :     push(@bad,"$link<br>$line1<br>$line2<br><br>");
1799 :     }
1800 :     }
1801 :     }
1802 :     }
1803 :     return @bad;
1804 :     }
1805 :    
1806 : overbeek 1.1 sub format_dups {
1807 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
1808 :    
1809 :     my $user = $cgi->param('user');
1810 :    
1811 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1812 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1813 :    
1814 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1815 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1816 :    
1817 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1818 :    
1819 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Duplicates:'));
1820 :    
1821 :     my($org,$duplicates,$role,$genus_species);
1822 :     foreach $org (@subsetR)
1823 :     {
1824 :     $duplicates = [];
1825 :     foreach $role (@subsetC)
1826 :     {
1827 :     my(@pegs,$peg,$func);
1828 :     if ((@pegs = $subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role)) > 1)
1829 :     {
1830 :     push(@$duplicates,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } @pegs])));
1831 :     }
1832 :     }
1833 :    
1834 :     if (@$duplicates > 0)
1835 :     {
1836 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1837 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1838 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($duplicates)));
1839 :     }
1840 :     }
1841 :     }
1842 :    
1843 :     sub format_coupled {
1844 :     my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$type) = @_;
1845 :     my($i,$j,@show,$user,$org,$link,$gs,$func,$peg,$peg1,$peg2,%in,%seen,%seen2);
1846 :     my(@cluster,$sc,$x,$id2,@in,$sim,@coupled);
1847 :     my($org,$role);
1848 :    
1849 :     $user = $cgi->param('user');
1850 :    
1851 :     my $active_subsetC = ($cgi->param('active_subsetC') or $subsystem->get_active_subsetC );
1852 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
1853 :    
1854 : overbeek 1.4 my @subsetC = $subsystem->get_subsetC_roles($active_subsetC);
1855 : overbeek 1.1 my %activeC = map { $_ => 1 } @subsetC;
1856 :    
1857 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
1858 :    
1859 :     foreach $org (@subsetR)
1860 :     {
1861 :     foreach $role (@subsetC)
1862 :     {
1863 :     push(@in,$subsystem->get_pegs_from_cell($org,$role));
1864 :     }
1865 :     }
1866 :    
1867 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
1868 :     @show = ();
1869 :     foreach $peg1 (@in)
1870 :     {
1871 :     if ($type eq "careful")
1872 :     {
1873 :     @coupled = $fig->coupling_and_evidence($peg1,5000,1.0e-10,0.2,1);
1874 :     }
1875 :     else
1876 :     {
1877 :     @coupled = $fig->fast_coupling($peg1,5000,1);
1878 :     }
1879 :    
1880 :     foreach $x (@coupled)
1881 :     {
1882 :     ($sc,$peg2) = @$x;
1883 :     if ((! $in{$peg2}) && ((! $seen{$peg2}) || ($seen{$peg2} < $sc)))
1884 :     {
1885 :     $seen{$peg2} = $sc;
1886 :     # print STDERR "$sc\t$peg1 -> $peg2\n";
1887 :     }
1888 :     }
1889 :     }
1890 :    
1891 :     foreach $peg1 (sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} } keys(%seen))
1892 :     {
1893 :     if (! $seen2{$peg1})
1894 :     {
1895 :     @cluster = ($peg1);
1896 :     $seen2{$peg1} = 1;
1897 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
1898 :     {
1899 :     foreach $sim ($fig->sims($cluster[$i],1000,1.0e-10,"fig"))
1900 :     {
1901 :     $id2 = $sim->id2;
1902 :     if ($seen{$id2} && (! $seen2{$id2}))
1903 :     {
1904 :     push(@cluster,$id2);
1905 :     $seen2{$id2} = 1;
1906 :     }
1907 :     }
1908 :     }
1909 :     push(@show, [scalar @cluster,
1910 :     $cgi->br .
1911 :     $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_;
1912 :     $sc = $seen{$peg};
1913 :     $func = $fig->function_of($peg,$user);
1914 :     $gs = $fig->genus_species($fig->genome_of($peg));
1915 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
1916 :     "$sc: $link: $func \[$gs\]" }
1917 :     sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} }
1918 :     @cluster]))
1919 :     ]);
1920 :     }
1921 :     }
1922 :    
1923 :     if (@show > 0)
1924 :     {
1925 :     @show = map { $_->[1] } sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @show;
1926 :     push(@$html,$cgi->h1('Coupled, but not in Spreadsheet:'));
1927 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li(\@show)));
1928 :     }
1929 :     }
1930 :    
1931 :     sub ext_genus_species {
1932 :     my($fig,$genome) = @_;
1933 :    
1934 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
1935 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
1936 :     return "$gs [$c]";
1937 :     }
1938 :    
1939 :     sub show_tree {
1940 :    
1941 :     my($id,$gs);
1942 :     my($tree,$ids) = $fig->build_tree_of_complete;
1943 :     my $relabel = {};
1944 :     foreach $id (@$ids)
1945 :     {
1946 :     if ($gs = $fig->genus_species($id))
1947 :     {
1948 :     $relabel->{$id} = "$gs ($id)";
1949 :     }
1950 :     }
1951 :     $_ = &display_tree($tree,$relabel);
1952 :     print $cgi->pre($_),"\n";
1953 :     }
1954 :    
1955 :     sub export_align_input
1956 :     {
1957 :    
1958 :     }
1959 :    
1960 :     sub align_column {
1961 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$subsystem) = @_;
1962 :     my($colN,@checked,$cutoff);
1963 :    
1964 :     my $checked;
1965 :     my $roles = [$subsystem->get_roles];
1966 :     if (($colN = &which_column($col,$roles)) &&
1967 :     ((@checked = &seqs_to_align($colN,$subsystem)) > 1))
1968 :     {
1969 :     if ($cutoff = $cgi->param('include_homo'))
1970 :     {
1971 :     my $max = $cgi->param('max_homo');
1972 :     $max = $max ? $max : 100;
1973 :     push(@checked,&get_homologs($fig,\@checked,$cutoff,$max));
1974 :     }
1975 :     $checked = join("\' \'",@checked);
1976 :     }
1977 :     else
1978 :     {
1979 :     push(@$html,"<h1>You need to check at least two sequences</h1>\n");
1980 :     return;
1981 :     }
1982 :    
1983 :    
1984 :     #
1985 :     # See if we want to produce the alignment, or just produce the
1986 :     # input to the alignment.
1987 :     #
1988 :    
1989 :     if ($cgi->param("show_align_input"))
1990 :     {
1991 :     push(@$html, "<pre>\n");
1992 :     my $relabel;
1993 :     foreach my $id (@checked)
1994 :     {
1995 :     my $seq;
1996 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
1997 :     {
1998 :     push(@$html, ">$id\n$seq\n");
1999 :     my $func = $fig->function_of($id);
2000 :     $relabel->{$id} = "$id: $func";
2001 :     }
2002 :     else
2003 :     {
2004 :     push(@$html, "could not find translation for $id\n");
2005 :     }
2006 :     }
2007 :     push(@$html, "\n</pre>\n");
2008 :     }
2009 :     else
2010 :     {
2011 :     push(@$html,"<pre>\n");
2012 :     my %org = map { ( $_, $fig->org_of($_) ) } @checked;
2013 :     # Modified by GJO to compress tree and add organism names to tree:
2014 :     # push(@$html,`$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`);
2015 :    
2016 :     # Simpler version
2017 :     # push @$html, map { chomp;
2018 :     # /^ *\|[ |]*$/ # line that adds only tree height
2019 :     # ? () # remove it
2020 :     # : /- ([a-z]+\|\S+):/ && defined( $org{$1} ) # tree id?
2021 :     # ? "$_ [$org{$1}]\n" # add the name
2022 :     # : "$_\n" # otherwise leave unmodified
2023 :     # } `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`;
2024 :    
2025 :     # More complex version the preserves double spaced tree tips
2026 :     my $tip = 0;
2027 :     my @out = ();
2028 :    
2029 : overbeek 1.19 foreach ( `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'` )
2030 : overbeek 1.1 {
2031 :     chomp;
2032 :     if ( /^ *\|[ |]*$/ ) {} # line that adds only tree height
2033 :     elsif ( /- ([a-z]+\|\S+):/ ) # line with tree tip
2034 :     {
2035 :     if ( defined( $org{$1} ) ) { $_ .= " [$org{$1}]" } # add org
2036 :     if ( $tip ) { push @out, " |\n" } # 2 tips in a row? add line
2037 :     push @out, "$_\n"; # output current line
2038 :     $tip = 1;
2039 :     }
2040 :     else # not a tip
2041 :     {
2042 :     push @out, "$_\n";
2043 :     $tip = 0;
2044 :     }
2045 :     }
2046 :     push(@$html,&set_links($cgi,\@out));
2047 :     push(@$html,"</pre>\n");
2048 :     }
2049 :     }
2050 :    
2051 :     sub which_column {
2052 :     my($col,$roles) = @_;
2053 :     my($i);
2054 :    
2055 :     if (($col =~ /^(\d+)/) && ($1 <= @$roles))
2056 :     {
2057 :     return $roles->[$1-1];
2058 :     }
2059 :     return undef;
2060 :     }
2061 :    
2062 :     sub seqs_to_align {
2063 :     my($role,$subsystem) = @_;
2064 :     my($genome);
2065 :    
2066 :     my $active_subsetR = ($cgi->param('active_subsetR') or $subsystem->get_active_subsetR );
2067 :     my @subsetR = $subsystem->get_subsetR($active_subsetR);
2068 :    
2069 :     my @seqs = ();
2070 :     foreach $genome (@subsetR)
2071 :     {
2072 :     push(@seqs,$subsystem->get_pegs_from_cell($genome,$role));
2073 :     }
2074 :     return @seqs;
2075 :     }
2076 :    
2077 :     sub get_homologs {
2078 :     my($fig,$checked,$cutoff,$max) = @_;
2079 :     my($peg,$sim,$id2);
2080 :    
2081 :     my @homologs = ();
2082 :     my %got = map { $_ => 1 } @$checked;
2083 :    
2084 :     foreach $peg (@$checked)
2085 :     {
2086 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,$max,$cutoff,"fig"))
2087 :     {
2088 :     $id2 = $sim->id2;
2089 : overbeek 1.16 if ((! $got{$id2}) && ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) && ($fig->is_complete($1)))
2090 : overbeek 1.1 {
2091 :     push(@homologs,[$sim->psc,$id2]);
2092 :     $got{$id2} = 1;
2093 :     }
2094 :     }
2095 :     }
2096 :     @homologs = map { $_->[1] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @homologs;
2097 :     if (@homologs > $max) { $#homologs = $max-1 }
2098 :    
2099 :     return @homologs;
2100 :     }
2101 :    
2102 :     sub set_links {
2103 :     my($cgi,$out) = @_;
2104 :    
2105 :     my @with_links = ();
2106 :     foreach $_ (@$out)
2107 :     {
2108 :     if ($_ =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)$/)
2109 :     {
2110 :     my($before,$peg,$after) = ($1,$2,$3);
2111 :     push(@with_links, $before . &HTML::fid_link($cgi,$peg) . $after . "\n");
2112 :     }
2113 :     else
2114 :     {
2115 :     push(@with_links,$_);
2116 :     }
2117 :     }
2118 :     return @with_links;
2119 :     }
2120 :    
2121 :     sub reset_ssa {
2122 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2123 :     my($ssa,@spreadsheets,$col_hdrs,$tab,$t,$readable,$url,$link,@tmp);
2124 :    
2125 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) && opendir(BACKUP,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup"))
2126 :     {
2127 :     @spreadsheets = sort { $b <=> $a }
2128 :     map { $_ =~ /^spreadsheet.(\d+)/; $1 }
2129 :     grep { $_ =~ /^spreadsheet/ }
2130 :     readdir(BACKUP);
2131 :     closedir(BACKUP);
2132 :     $col_hdrs = ["When","Number Genomes"];
2133 :     $tab = [];
2134 :     foreach $t (@spreadsheets)
2135 :     {
2136 :     $readable = &FIG::epoch_to_readable($t);
2137 :     $url = &FIG::cgi_url . "/subsys.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset_to&ts=$t";
2138 :     $link = "<a href=$url>$readable</a>";
2139 :     open(TMP,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t")
2140 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t";
2141 :     $/ = "//\n";
2142 :     $_ = <TMP>;
2143 :     $_ = <TMP>;
2144 :     $_ = <TMP>;
2145 :     chomp;
2146 :     $/ = "\n";
2147 :    
2148 :     @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+/ } split(/\n/,$_);
2149 :     push(@$tab,[$link,scalar @tmp]);
2150 :     }
2151 :     }
2152 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Possible Points to Reset From"));
2153 :     }
2154 :    
2155 :     sub reset_ssa_to {
2156 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2157 :     my($ts,$ssa);
2158 :    
2159 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2160 :     ($ts = $cgi->param('ts')) &&
2161 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts"))
2162 :     {
2163 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
2164 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
2165 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts")
2166 :     {
2167 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes";
2168 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
2169 :     }
2170 : overbeek 1.9
2171 :     my $subsystem = new Subsystem($ssa,$fig,0);
2172 :     $subsystem->db_sync(0);
2173 :     undef $subsystem;
2174 : overbeek 1.1 }
2175 :     }
2176 :    
2177 :     sub make_exchangable {
2178 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2179 :     my($ssa);
2180 :    
2181 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2182 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet") &&
2183 :     open(TMP,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2184 :     {
2185 :     print TMP "1\n";
2186 :     close(TMP);
2187 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2188 :     }
2189 :     }
2190 :    
2191 :     sub make_unexchangable {
2192 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2193 :     my($ssa);
2194 :    
2195 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2196 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2197 :     {
2198 :     unlink("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2199 :     }
2200 :     }
2201 : overbeek 1.14
2202 :     sub which_role {
2203 :     my($subsystem,$role_indicator) = @_;
2204 :     my($n,$role,$abbr);
2205 :    
2206 :     if (($role_indicator =~ /^\s*(\d+)\s*$/) && ($n = $1) && ($role = $subsystem->get_role($n-1)))
2207 :     {
2208 :     return $role;
2209 :     }
2210 :     elsif (($role_indicator =~ /^\s*(\S+)\s*$/) && ($abbr = $1) && ($role = $subsystem->get_role_from_abbr($abbr)))
2211 :     {
2212 :     return $role;
2213 :     }
2214 :     return "";
2215 :     }
2216 : overbeek 1.17
2217 :     sub external_id {
2218 :     my($fig,$cgi,$peg) = @_;
2219 :     my @tmp;
2220 :     my @aliases = ($fig->feature_aliases($peg),map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg));
2221 :     if ((@tmp = grep { $_ =~ /^uni\|/ } @aliases) > 0)
2222 :     {
2223 :     @aliases = map { &HTML::uni_link($cgi,$_) } @tmp;
2224 :     }
2225 :     elsif ((@tmp = grep { $_ =~ /^sp\|/ } @aliases) > 0)
2226 :     {
2227 :     @aliases = map { &HTML::sp_link($cgi,$_) } @tmp;
2228 :     }
2229 :     elsif ((@tmp = grep { $_ =~ /^gi\|/ } @aliases) > 0)
2230 :     {
2231 :     @aliases = map { &HTML::gi_link($cgi,$_) } @tmp;
2232 :     }
2233 :     elsif ((@tmp = grep { $_ =~ /^kegg\|/ } @aliases) > 0)
2234 :     {
2235 :     @aliases = map { &HTML::kegg_link($cgi,$_) } @tmp;
2236 :     }
2237 :     else
2238 :     {
2239 :     return wantarray() ? (&HTML::fid_link($cgi,$peg)) : &HTML::fid_link($cgi,$peg);
2240 :     }
2241 :    
2242 :     if (wantarray())
2243 :     {
2244 :     return @aliases;
2245 :     }
2246 :     else
2247 :     {
2248 :     return $aliases[0];
2249 :     }
2250 :     }

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