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revision 1.47, Fri Dec 17 22:39:46 2004 UTC revision 1.48, Sun Jan 23 19:48:56 2005 UTC
# Line 405  Line 405 
405  }  }
406    
407  &HTML::show_page($cgi,$html);  &HTML::show_page($cgi,$html);
408    exit;
409    
410    
411    #=============================================================================
412    #  Just subroutines below here
413    #=============================================================================
414    
415  sub show_initial {  sub show_initial {
416      my($fig,$cgi,$html) = @_;      my($fig,$cgi,$html) = @_;
417      my($set,$when,$comment);      my($set,$when,$comment);
# Line 932  Line 937 
937      push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));      push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
938  }  }
939    
940    
941    #-----------------------------------------------------------------------------
942    #  Selection list of complete genomes not in spreadsheet:
943    #-----------------------------------------------------------------------------
944    
945  sub format_extend_with {  sub format_extend_with {
946      my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;      my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;
     my($org,$gs, $gc);  
947    
948  #    if (@$genomes > 0)  #    if (@$genomes > 0)
949  #    {  #    {
950          my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;          my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;
951          my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" }  
952            my @orgs = map { [ $_ , &ext_genus_species( $fig, $_ ), scalar $fig->all_contigs( $_ ) ] }
953                          grep { ! $genomes{$_} }                          grep { ! $genomes{$_} }
954                          $fig->genomes("complete",undef);                          $fig->genomes("complete",undef);
955          push(@$html,  
956                      $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),          my $pick_order = $cgi->param('pick_order') || 'Alphabetic';
957            if ( $pick_order eq "Phylogenetic" )
958            {
959                @orgs = sort { $a->[3] cmp $b->[3] }
960                        map  { push @$_, $fig->taxonomy_of( $_->[0] ); $_ }
961                        @orgs;
962            }
963            elsif ( $pick_order eq "Genome ID" )
964            {
965                @orgs = sort { $a->[3]->[0] <=> $b->[3]->[0] || $a->[3]->[1] <=> $b->[3]->[1] }
966                        map  { push @$_, [ split /\./ ]; $_ }
967                        @orgs;
968            }
969            else
970            {
971                $pick_order = 'Alphabetic';
972                @orgs = sort { $a->[1] cmp $b->[1] } @orgs;
973            }
974    
975            @orgs = map { "$_->[1] ($_->[0]) [$_->[2] contigs]" } @orgs;
976    
977            my @order_opt = $cgi->radio_group( -name     => 'pick_order',
978                                               -values   => [ 'Alphabetic', 'Phylogenetic', 'Genome ID' ],
979                                               -default  => $pick_order,
980                                               -override => 1
981                                             );
982    
983            push( @$html, $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'), "\n",
984                          "<TABLE>\n",
985                          "  <TR>\n",
986                          "    <TD>",
987                      $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',                      $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
988                                           -values => [@orgs],                                           -values => [@orgs],
989                                           -size => 10,                                           -size => 10,
990                                           -multiple => 1                                           -multiple => 1
991                                           ),                                           ),
992                          "    </TD>\n",
993                          "    <TD>", join( "<BR>\n", "Order of selection list:", @order_opt ),
994                          "    </TD>\n",
995                          "  </TR>\n",
996                          "</TABLE>",
997                      $cgi->hr                      $cgi->hr
998               );               );
999  #    }  #    }
# Line 1943  Line 1988 
1988          }          }
1989      }      }
1990  }  }
1991    
1992    
1993  sub seqs_with_role_precisely {  sub seqs_with_role_precisely {
1994      my($fig,$i,$genome,$roles) = @_;      my($fig,$i,$genome,$roles) = @_;
1995    

Legend:
Removed from v.1.47  
changed lines
  Added in v.1.48

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