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Annotation of /FigWebServices/ssa2.cgi

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Revision 1.45 - (view) (download)

1 : gdpusch 1.34 # -*- perl -*-
2 : overbeek 1.26
3 : overbeek 1.1 use FIG;
4 : mkubal 1.43
5 : overbeek 1.1 my $fig = new FIG;
6 : mkubal 1.43
7 : overbeek 1.1 use HTML;
8 :     use strict;
9 :     use tree_utilities;
10 :    
11 :     use CGI;
12 :     my $cgi = new CGI;
13 :    
14 :     if (0)
15 :     {
16 :     my $VAR1;
17 :     eval(join("",`cat /tmp/ssa_parms`));
18 :     $cgi = $VAR1;
19 : overbeek 1.36 # print STDERR &Dumper($cgi);
20 : overbeek 1.1 }
21 :    
22 :     if (0)
23 :     {
24 :     print $cgi->header;
25 :     my @params = $cgi->param;
26 :     print "<pre>\n";
27 :     foreach $_ (@params)
28 :     {
29 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
30 :     }
31 :    
32 :     if (0)
33 :     {
34 :     if (open(TMP,">/tmp/ssa_parms"))
35 :     {
36 :     print TMP &Dumper($cgi);
37 :     close(TMP);
38 :     }
39 :     }
40 :     exit;
41 :     }
42 :    
43 :     my $request = $cgi->param("request");
44 :     if ($request && ($request eq "show_tree"))
45 :     {
46 :     print $cgi->header;
47 :     &show_tree;
48 :     exit;
49 :     }
50 :    
51 : redwards 1.40 # RAE: Added a title to the page
52 :     my $html = ["<title>The SEED: Subsytems Analysis</title>\n"];
53 : overbeek 1.1
54 :     my $user = $cgi->param('user');
55 :     if ((! $user) || ($user !~ /^master:\S+/))
56 :     {
57 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, you need to specify a master user to modify subsystem annotations"));
58 :     }
59 : olson 1.10 elsif ($cgi->param("export_align_input"))
60 :     {
61 :     print $cgi->header;
62 :     print "exporting alignment input\n";
63 :     exit;
64 :     }
65 : olson 1.17 elsif ($cgi->param("extend_with_billogix"))
66 :     {
67 :     #
68 : mkubal 1.44 # Start bg task to extend the subsystem.
69 : olson 1.17 #
70 :    
71 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
72 :     my $user = $cgi->param('user');
73 :    
74 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
75 : mkubal 1.44 my $mode = "regular";
76 : olson 1.17
77 :     TEST:
78 :     {
79 :     if ($sub)
80 :     {
81 :     #
82 :     # See if there's already an extend job running.
83 :     #
84 :    
85 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
86 :     if ($curpid)
87 :     {
88 :     warn "Found current pid $curpid\n";
89 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
90 :     warn "job is $j\n";
91 : olson 1.18 warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
92 : olson 1.17 if ($j && $j->running())
93 :     {
94 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
95 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
96 :     last;
97 :     }
98 :     }
99 :    
100 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {
101 : mkubal 1.44 $sub->extend_with_billogix($user,$mode);
102 : olson 1.17 });
103 :    
104 :     push(@$html,
105 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
106 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
107 :    
108 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
109 :     }
110 :     else
111 :     {
112 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
113 :     }
114 :     }
115 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
116 :    
117 :     exit;
118 :    
119 :     }
120 : mkubal 1.44
121 :    
122 :     elsif ($cgi->param("extend_NMPDR_with_billogix"))
123 :     {
124 :     #
125 :     # Start bg task to extend the subsystem.
126 :     #
127 :    
128 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
129 :     my $user = $cgi->param('user');
130 :    
131 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
132 :     my $mode = "NMPDR";
133 :    
134 :     TEST:
135 :     {
136 :     if ($sub)
137 :     {
138 :     #
139 :     # See if there's already an extend job running.
140 :     #
141 :    
142 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
143 :     if ($curpid)
144 :     {
145 :     warn "Found current pid $curpid\n";
146 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
147 :     warn "job is $j\n";
148 :     warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
149 :     if ($j && $j->running())
150 :     {
151 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
152 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
153 :     last;
154 :     }
155 :     }
156 :    
157 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {
158 :     $sub->extend_with_billogix($user,$mode);
159 :     });
160 :    
161 :     push(@$html,
162 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
163 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
164 :    
165 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
166 :     }
167 :     else
168 :     {
169 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
170 :     }
171 :     }
172 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
173 :    
174 :     exit;
175 :    
176 :     }
177 :    
178 :    
179 :     elsif ($cgi->param("extend_CYANOS_with_billogix"))
180 :     {
181 :     #
182 :     # Start bg task to extend the subsystem.
183 :     #
184 :    
185 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
186 :     my $user = $cgi->param('user');
187 :    
188 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
189 :     my $mode = "CYANOS";
190 :    
191 :     TEST:
192 :     {
193 :     if ($sub)
194 :     {
195 :     #
196 :     # See if there's already an extend job running.
197 :     #
198 :    
199 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
200 :     if ($curpid)
201 :     {
202 :     warn "Found current pid $curpid\n";
203 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
204 :     warn "job is $j\n";
205 :     warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
206 :     if ($j && $j->running())
207 :     {
208 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
209 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
210 :     last;
211 :     }
212 :     }
213 :    
214 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {
215 :     $sub->extend_with_billogix($user,$mode);
216 :     });
217 :    
218 :     push(@$html,
219 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
220 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
221 :    
222 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
223 :     }
224 :     else
225 :     {
226 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
227 :     }
228 :     }
229 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
230 :    
231 :     exit;
232 :    
233 :     }
234 :    
235 :    
236 :    
237 : overbeek 1.1 else
238 :     {
239 :     $request = defined($request) ? $request : "";
240 :    
241 :     if ($request eq "reset")
242 :     {
243 :     &reset_ssa($fig,$cgi,$html);
244 :     }
245 :     elsif ($request eq "reset_to")
246 :     {
247 :     &reset_ssa_to($fig,$cgi,$html);
248 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
249 :     }
250 :     elsif ($request eq "make_exchangable")
251 :     {
252 :     &make_exchangable($fig,$cgi,$html);
253 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
254 :     }
255 :     elsif ($request eq "make_unexchangable")
256 :     {
257 :     &make_unexchangable($fig,$cgi,$html);
258 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
259 :     }
260 :     elsif ($request eq "show_ssa")
261 :     {
262 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
263 :     }
264 :     elsif ($request eq "show_ssa_noload")
265 :     {
266 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
267 :     }
268 : olson 1.8 #
269 :     # Note that this is a little different; I added another submit button
270 :     # to the delete_or_export_ssa form, so have to distinguish between them
271 :     # here based on $cgi->param('delete_export') - the original button,
272 :     # or $cgi->param('publish') - the new one.
273 :     #
274 :     elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
275 :     defined($cgi->param('delete_export')))
276 : overbeek 1.1 {
277 :     my($ssa,$exported);
278 :     $exported = 0;
279 :     foreach $ssa ($cgi->param('export'))
280 :     {
281 :     if (! $exported)
282 :     {
283 :     print $cgi->header;
284 :     print "<pre>\n";
285 :     }
286 :     &export($fig,$cgi,$ssa);
287 :     $exported = 1;
288 :     }
289 :    
290 :     foreach $ssa ($cgi->param('export_assignments'))
291 :     {
292 :     &export_assignments($fig,$cgi,$ssa);
293 :     }
294 :    
295 :     foreach $ssa ($cgi->param('delete'))
296 :     {
297 : olson 1.28 my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
298 :     $sub->delete_indices();
299 :    
300 : olson 1.33 my $cmd = "rm -rf '$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa'";
301 : olson 1.14 my $rc = system $cmd;
302 : overbeek 1.1 }
303 :    
304 :     if (! $exported)
305 :     {
306 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
307 :     }
308 :     else
309 :     {
310 :     print "</pre>\n";
311 :     exit;
312 :     }
313 :     }
314 : olson 1.8 elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
315 :     defined($cgi->param('publish')))
316 :     {
317 :     my($ssa,$exported);
318 :     my($ch) = $fig->get_clearinghouse();
319 :    
320 :     print $cgi->header;
321 :    
322 :     if (!defined($ch))
323 :     {
324 :     print "cannot publish: clearinghouse not available\n";
325 :     exit;
326 :     }
327 :    
328 :     foreach $ssa ($cgi->param('publish_to_clearinghouse'))
329 :     {
330 :     print "<h2>Publishing $ssa to clearinghouse...</h2>\n";
331 :     $| = 1;
332 :     print "<pre>\n";
333 :     my $res = $fig->publish_subsystem_to_clearinghouse($ssa);
334 :     print "</pre>\n";
335 :     if ($res)
336 :     {
337 :     print "Published <i>$ssa </i> to clearinghouse<br>\n";
338 :     }
339 :     else
340 :     {
341 :     print "<b>Failed</b> to publish <i>$ssa</i> to clearinghouse<br>\n";
342 :     }
343 :     }
344 :     exit;
345 :     }
346 : overbeek 1.26 elsif (($request eq "new_ssa") && ($cgi->param('copy_from1')) && (! $cgi->param('cols_to_take1')))
347 :     {
348 :     my $user = $cgi->param('user');
349 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
350 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
351 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
352 :     my(@roles1,@roles2);
353 :    
354 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
355 :     -method => 'post'),
356 :     $cgi->hidden(-name => 'copy_from1', -value => $copy_from1, -override => 1),
357 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
358 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
359 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1)
360 :     );
361 :    
362 :     @roles1 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from1);
363 :     if (@roles1 > 0)
364 :     {
365 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from1"),
366 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take1',
367 :     -values => ['all',@roles1],
368 :     -size => 10,
369 :     -multiple => 1
370 :     ),
371 :     $cgi->hr
372 :     );
373 :     }
374 :    
375 :     if ($copy_from2)
376 :     {
377 :     @roles2 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from2);
378 :     if (@roles2 > 0)
379 :     {
380 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'copy_from2', -value => $copy_from2, -override => 1));
381 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from2"),
382 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take2',
383 :     -values => ['all',@roles2],
384 :     -size => 10,
385 :     -multiple => 1
386 :     ),
387 :     $cgi->hr
388 :     );
389 :     }
390 :     }
391 :     push(@$html,$cgi->submit('build new subsystem'),
392 :     $cgi->end_form
393 :     );
394 :     }
395 : overbeek 1.1 elsif ($request eq "new_ssa")
396 :     {
397 :     &new_ssa($fig,$cgi,$html);
398 :     }
399 :     else
400 :     {
401 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
402 :     }
403 :     }
404 :    
405 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
406 :    
407 : overbeek 1.26
408 : overbeek 1.1 sub show_initial {
409 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
410 :     my($set,$when,$comment);
411 :    
412 :     my $user = $cgi->param('user');
413 :     my @ssa = &existing_subsystem_annotations;
414 :    
415 :     if (@ssa > 0)
416 :     {
417 : overbeek 1.3 &format_ssa_table($cgi,$html,$user,\@ssa);
418 : overbeek 1.1 }
419 :    
420 :     my $target = "window$$";
421 : overbeek 1.24 push(@$html, $cgi->h1('To Start or Copy a Subsystem'),
422 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
423 : overbeek 1.1 -target => $target,
424 :     -method => 'post'),
425 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
426 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1),
427 : overbeek 1.24 "Name of New Subsystem: ",
428 : overbeek 1.1 $cgi->textfield(-name => "ssa_name", -size => 50),
429 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => 1, -override => 1),
430 : overbeek 1.1 $cgi->br,
431 : overbeek 1.26
432 : overbeek 1.24 "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
433 : overbeek 1.26 $cgi->textfield(-name => "copy_from1", -size => 50),
434 : overbeek 1.24 $cgi->br,
435 : overbeek 1.26
436 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
437 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from2", -size => 50),
438 :     $cgi->br,
439 :    
440 : overbeek 1.24 $cgi->submit('start new subsystem'),
441 : overbeek 1.27 $cgi->end_form,
442 :     "<br>You can start a subsystem from scratch, in which case you should leave these two \"copy from\"
443 :     fields blank. If you wish to just copy a subsystem (in order to become the owner so that you can modify it),
444 :     just fill in one of the \"copy from\" fields with the name of the subsystem you wish to copy. If you wish to
445 :     extract a a subset of the columns to build a smaller spreadsheet (which could later be merged with another one),
446 :     fill in the name of the subsystem. You will be prompted for the columns that you wish to extract (choose <i>all</i> to
447 :     just copy all of the columns). Finally, if you wish to build a new spreadsheet by including columns from two existing
448 :     spreadsheets (including a complete merger), fill in the names of both the existing \"copy from\" subsystems"
449 : overbeek 1.1 );
450 :     }
451 :    
452 :     sub new_ssa {
453 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
454 :    
455 :     my $user = $cgi->param('user');
456 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
457 :    
458 :     if (! $user)
459 :     {
460 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user before starting a new subsystem annotation'));
461 :     return;
462 :     }
463 :    
464 :     if (! $name)
465 :     {
466 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem name'));
467 :     return;
468 :     }
469 :    
470 :     my $ssa = $name;
471 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
472 : overbeek 1.1 &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Subsystems");
473 :    
474 :     if (-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa")
475 :     {
476 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a new subsystem name; $ssa already is being used"));
477 :     return;
478 :     }
479 :     mkdir("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa",0777)
480 :     || die "could not make $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa";
481 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
482 :    
483 :     open(LOG,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log")
484 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log";
485 :     my $time = time;
486 :     print LOG "$time\t$user\tstarted\n";
487 :     close(LOG);
488 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
489 :    
490 : overbeek 1.26 my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
491 :     $copy_from1 =~ s/[ \/]/_/g;
492 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
493 :     $copy_from2 =~ s/[ \/]/_/g;
494 :     my @cols_to_take1 = $cgi->param('cols_to_take1');
495 :     my @cols_to_take2 = $cgi->param('cols_to_take2');
496 :     my @subsys = ([],[],{}); # ([[Abbrev1,Role1],[Abbrev2,Role2],...],[Genome1,Genome2,...],PegHash)
497 :     # PegHash keys are of the form "$genome\t$role"
498 :     if ($copy_from1 && (@cols_to_take1 > 0))
499 :     {
500 :     &add_to_subsys($fig,$copy_from1,\@cols_to_take1,\@subsys);
501 :     }
502 :    
503 :     if ($copy_from2 && (@cols_to_take2 > 0))
504 : overbeek 1.24 {
505 : overbeek 1.26 &add_to_subsys($fig,$copy_from2,\@cols_to_take2,\@subsys);
506 :     }
507 :     if ((@{$subsys[0]} > 0) && (@{$subsys[1]} > 0))
508 :     {
509 :     # the following is a little ugly. In order to merge PEGs from two tables,
510 :     # subsys[2]->{$key} was made a hash keyed on peg IDs with values of 1. The
511 :     # write_subsystem_spreadsheet routine expects a list of peg IDs instead. The
512 :     # conversion is straightforward, but a bit opaque.
513 :     foreach $_ (keys(%{$subsys[2]}))
514 : overbeek 1.24 {
515 : overbeek 1.26 $subsys[2]->{$_} = [keys(%{$subsys[2]->{$_}})];
516 :     }
517 :     $fig->write_subsystem_spreadsheet($ssa,$subsys[0],$subsys[1],$subsys[2]);
518 :    
519 :     if ($copy_from1 && (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from1/notes"))
520 :     {
521 :     &FIG::run("cat \"$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from1/notes\" >> \"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes\"");
522 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
523 :     }
524 :    
525 :     if ($copy_from2 && (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from2/notes"))
526 :     {
527 :     &FIG::run("cat \"$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from2/notes\" >> \"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes\"");
528 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
529 : overbeek 1.24 }
530 :     }
531 : overbeek 1.26 $cgi->param(-name => "can_alter",
532 :     -value => 1);
533 : overbeek 1.1 &show_ssa($fig,$cgi,$html);
534 :     }
535 :    
536 : overbeek 1.26 sub add_to_subsys {
537 :     my($fig,$from,$cols,$subsys) = @_;
538 :     my($genomes,@genomes,$role,$genome,$peg);
539 :     my($roles,%to_add,@to_add);
540 :    
541 :     (undef,undef,undef,$roles) = $fig->subsystem_info($from);
542 :     my $all = grep { $_ eq "all" } @$cols;
543 :    
544 :     if (! $all)
545 :     {
546 :     %to_add = map { $_ => 1 } @$cols;
547 :     @to_add = grep { $to_add{$_->[1]} } @$roles; # list of [Abbrev,Role] now
548 :     }
549 :     else
550 :     {
551 :     @to_add = @$roles;
552 :     }
553 :     &add_cols($subsys,\@to_add);
554 :     $genomes = $fig->subsystem_genomes($from);
555 :     @genomes = map { $_->[0] } @$genomes;
556 :     &add_genomes($subsys,\@genomes);
557 :    
558 :     foreach $role (map { $_->[1] } @to_add)
559 :     {
560 :     foreach $genome (@genomes)
561 :     {
562 :     foreach $peg ($fig->pegs_in_subsystem_cell($from,$genome,$role))
563 :     {
564 :     $subsys->[2]->{"$genome\t$role"}->{$peg} = 1;
565 :     }
566 :     }
567 :     }
568 :     }
569 :    
570 :     sub add_cols {
571 :     my($subsys,$roles) = @_;
572 :     my($genome,$i,$role);
573 :    
574 :     foreach $role (@$roles)
575 :     {
576 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[0]}) && ($role->[1] ne $subsys->[0]->[$i]->[1]); $i++) {}
577 :     if ($i == @{$subsys->[0]})
578 :     {
579 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[0]}) && ($subsys->[0]->[$i]->[0] ne $role->[0]); $i++) {}
580 :     if ($i < @{$subsys->[0]})
581 :     {
582 :     $role->[0] .= "*"; # needed to disambiguate abbreviations
583 :     }
584 :     push(@{$subsys->[0]},$role);
585 :     }
586 :     }
587 :     }
588 :    
589 :     sub add_genomes {
590 :     my($subsys,$genomes) = @_;
591 :     my($genome,$i);
592 :    
593 :     foreach $genome (@$genomes)
594 :     {
595 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[1]}) && ($genome ne $subsys->[1]->[$i]); $i++) {}
596 :     if ($i == @{$subsys->[1]})
597 :     {
598 :     push(@{$subsys->[1]},$genome);
599 :     }
600 :     }
601 :     }
602 :    
603 : overbeek 1.1 sub show_ssa {
604 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
605 :    
606 :     my $user = $cgi->param('user');
607 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
608 :    
609 :     if (! $user)
610 :     {
611 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
612 :     return;
613 :     }
614 :    
615 :     if (! $ssa)
616 :     {
617 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
618 :     return;
619 :     }
620 :    
621 :     my $name = $ssa;
622 :     $name =~ s/_/ /g;
623 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
624 : overbeek 1.1
625 :     if (open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
626 :     {
627 :     $/ = "//\n";
628 :     my($i,$role,%pos,$subset,$adj_subset,$genome,$row,$abbrev);
629 :     if (defined($_ = <SSA>) && $_)
630 :     {
631 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
632 :     $i = 1;
633 :     foreach $role (split(/\n/,$_))
634 :     {
635 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
636 :     {
637 :     $role = $2;
638 :     $abbrev = $1;
639 :     }
640 :     else
641 :     {
642 :     $abbrev = "";
643 :     }
644 :     $cgi->param(-name => "posR$i", -value => $i);
645 :     $cgi->param(-name => "role$i", -value => $role);
646 :     $cgi->param(-name => "abbrev$i", -value => $abbrev);
647 :     $pos{$role} = $i;
648 :     $i++;
649 :     }
650 : overbeek 1.3
651 : overbeek 1.1 if (defined($_ = <SSA>) && $_)
652 :     {
653 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
654 :     my($subsetsC,$subsetsR) = split(/\n\n/,$_);
655 :     $i = 1;
656 :     my @subsetsC = split(/\n/,$subsetsC);
657 :     my $active_subsetC = (@subsetsC > 0) ? pop @subsetsC : "All";
658 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC);
659 :     foreach $subset (@subsetsC)
660 :     {
661 :     my($nameCS,@subset_members) = split(/\s+/,$subset);
662 :     $cgi->param(-name => "nameCS$i", -value => $nameCS);
663 :     $adj_subset = join(" ",map { $pos{$_} ? $pos{$_} : $_ } @subset_members);
664 :     $cgi->param(-name => "subsetC$i", -value => $adj_subset);
665 :     $i++;
666 :     }
667 :    
668 :     my $active_subsetR = ($subsetsR && ($subsetsR =~ /^(\S[^\n]+\S)/)) ? $1 : "All";
669 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetR', -value => $active_subsetR);
670 :     $/ = "\n";
671 :     $i = 1;
672 : overbeek 1.9 my(%seen);
673 : overbeek 1.1 while (defined($_ = <SSA>))
674 :     {
675 :     chop;
676 :     my($entry,$checked);
677 :     my @row = split(/\t/,$_);
678 : overbeek 1.35 next if (($seen{$row[0]}) || ($row[0] =~ /^99999/));
679 : overbeek 1.9 $seen{$row[0]} = 1;
680 :    
681 : overbeek 1.1 if (@row > 0)
682 :     {
683 :     $genome = shift @row;
684 :     $cgi->param(-name => "genome$i", -value => $genome);
685 :     $checked = shift @row;
686 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => $checked);
687 :     }
688 :     else
689 :     {
690 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => 0);
691 :     }
692 :    
693 :     my $j = 1;
694 :     foreach $entry (@row)
695 :     {
696 :     $cgi->param(-name => "row$i.$j", -value => $entry);
697 :     $j++;
698 :     }
699 :     $i++;
700 :     }
701 :     }
702 :     close(SSA);
703 :     }
704 : overbeek 1.3
705 : overbeek 1.1 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
706 :     {
707 : olson 1.22 my $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
708 : overbeek 1.31 if (! $notes)
709 :     {
710 :     confess "BAD notes";
711 :     }
712 : overbeek 1.1 $cgi->param(-name => 'notes', -value => $notes);
713 :     }
714 :     }
715 :     else
716 :     {
717 :     &format_empty_ssa("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
718 :     }
719 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
720 :     }
721 :    
722 :     sub format_empty_ssa {
723 :     my($file) = @_;
724 :    
725 :     open(SSA,">$file") || die "aborted";
726 :     print SSA "//\nAll\n\n";
727 :     &print_default_genome_set(\*SSA);
728 :     print SSA "//\n";
729 :     close(SSA);
730 :     }
731 :    
732 :     sub print_default_genome_set {
733 :     my($fh) = @_;
734 :    
735 :     print $fh &default_genome_set, "\n";
736 :     }
737 :    
738 :     sub default_genome_set {
739 :     return "All";
740 :     }
741 :    
742 :     sub show_ssa_noload {
743 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
744 :     my($col);
745 :    
746 :     my $user = $cgi->param('user');
747 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
748 : overbeek 1.5 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
749 : overbeek 1.1 if (! $user)
750 :     {
751 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
752 :     return;
753 :     }
754 :    
755 :     if (! $ssa)
756 :     {
757 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
758 :     return;
759 :     }
760 :    
761 :     my $name = $ssa;
762 : mkubal 1.43
763 :     my $sub_sys = $fig->get_subsystem($name);
764 :     my @genomes_in_sub_sys = $sub_sys->get_genomes();
765 :     my $n = @genomes_in_sub_sys;
766 :    
767 : overbeek 1.1 $name =~ s/_/ /g;
768 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
769 : overbeek 1.1
770 :     push(@$html, $cgi->h1("Subsystem: $name"),
771 : mkubal 1.43 $cgi->h1("# of Genomes present: $n"),
772 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
773 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
774 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
775 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'show_ssa_noload', -override => 1),
776 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
777 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
778 :     $cgi->br,
779 :     );
780 :    
781 :     my($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows) = &write_spreadsheet_from_input_parameters($fig,$cgi,$html,$ssa,$user);
782 : overbeek 1.36
783 : overbeek 1.1 &format_roles($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows);
784 :     &format_subsets($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
785 :     &format_rows($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
786 :    
787 : overbeek 1.5 if ($can_alter)
788 : overbeek 1.3 {
789 :     &format_extend_with($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles);
790 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
791 :     push(@$html,$cgi->br);
792 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
793 :     }
794 : mkubal 1.44
795 :     if ($can_alter)
796 :     {
797 : mkubal 1.45 #my $genome_list = ['1140.1','84588.1','1148.1','167540.1','74547.1','167539.1','59919.1','240292.1','3702.1','251221.1','165597.1','63737.1','103690.1','39947.1','197221.1','203124.1'];
798 :     &format_extend_with_CYANOS($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles);
799 : mkubal 1.44 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
800 :     push(@$html,$cgi->br);
801 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
802 :     }
803 :    
804 :     if ($can_alter)
805 :     {
806 :    
807 : mkubal 1.45 #my $genome_list = ['159288.1','159289.1','93061.1','196620.1','158878.1','158879.1','243277.1','223926.1','216895.1','196600.1','169963.1','265669.1','192222.1','160490.1','1314.1','198466.1','186103.1','193567.1','216600.1','171101.1','170187.1'];
808 :     &format_extend_with_NMPDR($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles);
809 : mkubal 1.44 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
810 :     push(@$html,$cgi->br);
811 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
812 :     }
813 :    
814 : overbeek 1.3 else
815 :     {
816 :     push(@$html,$cgi->br);
817 :     push(@$html,$cgi->submit('show spreadsheet'),$cgi->br);
818 : olson 1.11
819 : overbeek 1.3 }
820 : olson 1.17
821 : olson 1.11 push(@$html, $cgi->a({href => "ss_export.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa"},
822 :     "Export subsystem data"),
823 :     $cgi->br);
824 : redwards 1.41
825 :     my $expand = $cgi->param('ignore_alt');
826 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'ignore_alt', -value => 1, -checked => $expand, -override => 1,-label => 'ignore alternatives'),$cgi->br);
827 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_clusters', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show clusters'),$cgi->br);
828 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing'),$cgi->br);
829 : overbeek 1.24 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches'),
830 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
831 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
832 :     $cgi->br
833 :     );
834 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'refill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'refill spreadsheet from scratch'),$cgi->br);
835 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_dups', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show duplicates'),$cgi->br);
836 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_problems', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs in roles that do not match precisely'),$cgi->br);
837 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_excluded', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs that have roles, but not in spreadsheet'),$cgi->br);
838 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'add_solid', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'Add Genomes with Solid Hits'),$cgi->br);
839 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled_fast', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs fast [depends on existing pins/clusters]'),$cgi->br);
840 : overbeek 1.3 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs[figure 2 minutes per PEG in spreadsheet]'),$cgi->br);
841 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->br,"Align column: ",
842 :     $cgi->textfield(-name => "col_to_align", -size => 7),
843 : olson 1.10 $cgi->checkbox(-name => "show_align_input", -checked => 0,
844 :     -label => "show input to alignment tool"),
845 : overbeek 1.1 $cgi->br,"Include homologs that pass the following threshhold: ",
846 :     $cgi->textfield(-name => "include_homo", -size => 10)," (leave blank to see just column)",
847 :     " Max homologous seqs: ",$cgi->textfield(-name => "max_homo", -value => 100, -size => 6),
848 : olson 1.17 );
849 :    
850 :     if ($can_alter)
851 :     {
852 :     push(@$html,
853 :     $cgi->p,
854 :     $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension",
855 :     -name => "extend_with_billogix"),
856 :     $cgi->br);
857 :     }
858 :     push(@$html, $cgi->hr);
859 : mkubal 1.44
860 :     if ($can_alter)
861 :     {
862 :     push(@$html,
863 :     $cgi->p,
864 :     $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension for Phototrophs",
865 :     -name => "extend_CYANOS_with_billogix"),
866 :     $cgi->br);
867 :     }
868 :     push(@$html, $cgi->hr);
869 :    
870 :    
871 :     if ($can_alter)
872 :     {
873 :     push(@$html,
874 :     $cgi->p,
875 :     $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension for NMPDR",
876 :     -name => "extend_NMPDR_with_billogix"),
877 :     $cgi->br);
878 :     }
879 :     push(@$html, $cgi->hr);
880 :    
881 : overbeek 1.1
882 :     if ($cgi->param('show_missing'))
883 :     {
884 :     &format_missing($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
885 :     }
886 :    
887 : olson 1.15 if ($cgi->param('show_missing_including_matches'))
888 :     {
889 : olson 1.16 #
890 :     # Need to end the form that was started above; hope that doesn't cause problems.
891 :     #
892 :     push(@$html, $cgi->end_form);
893 :    
894 : olson 1.15 &format_missing_including_matches($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
895 :     }
896 :    
897 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('show_dups'))
898 :     {
899 :     &format_dups($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
900 :     }
901 :    
902 :     if ($cgi->param('show_excluded'))
903 :     {
904 :     &format_excluded($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
905 :     }
906 :    
907 :     if ($cgi->param('show_coupled'))
908 :     {
909 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"careful",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
910 :     }
911 :     elsif ($cgi->param('show_coupled_fast'))
912 :     {
913 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"fast",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
914 :     }
915 :    
916 :     if ($col = $cgi->param('col_to_align'))
917 :     {
918 :     &align_column($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR);
919 :     }
920 :    
921 : overbeek 1.26 my $notes = $cgi->param('notes');;
922 :     if ((-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes") && (! $notes))
923 : overbeek 1.1 {
924 : olson 1.22 $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
925 : overbeek 1.31 if (! $notes)
926 :     {
927 :     confess "BAD notes";
928 :     }
929 : overbeek 1.1 }
930 :     push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
931 :     }
932 :    
933 :     sub format_extend_with {
934 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;
935 : redwards 1.42 my($org,$gs, $gc);
936 : overbeek 1.1
937 :     # if (@$genomes > 0)
938 :     # {
939 :     my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;
940 : redwards 1.42 my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" }
941 : overbeek 1.1 grep { ! $genomes{$_} }
942 :     $fig->genomes("complete",undef);
943 :     push(@$html,
944 :     $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),
945 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
946 :     -values => [@orgs],
947 :     -size => 10,
948 :     -multiple => 1
949 :     ),
950 :     $cgi->hr
951 :     );
952 :     # }
953 :     # else
954 :     # {
955 :     # my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","not checked","checked"];
956 :     # my @checked = $cgi->radio_group(-name => 'vcode1',-values => [0,1], -nolabels => 1, -override => 1);
957 :     # my $row = [$cgi->textfield(-name => "genome1", -size => 15),"",@checked];
958 :     # my $i = 1;
959 :     # my $role;
960 :     # while ($i < @$roles)
961 :     # {
962 :     # push(@$row,$cgi->textfield(-name => "row1.$i", -size => 15));
963 :     # $i++;
964 :     # }
965 :     # my $tab = [$row];
966 :     # push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
967 :     # $cgi->hr
968 :     # );
969 :     # }
970 :     }
971 :    
972 : mkubal 1.44 sub format_extend_with_CYANOS {
973 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;
974 :     my($org,$gs, $gc);
975 : mkubal 1.45 my @genome_list = ('1140.1','84588.1','1148.1','167540.1','74547.1','167539.1','59919.1','240292.1','3702.1','251221.1','165597.1','63737.1','103690.1','39947.1','197221.1','203124.1');
976 : mkubal 1.44 #my %genomes = map { $_ => 1 } @genome_list;
977 :     my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;
978 : mkubal 1.45 my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" } grep { ! $genomes{$_} }
979 :     @genome_list;
980 : mkubal 1.44
981 :     push(@$html,
982 :     $cgi->h1('Pick Phototrophic Genomes to Extend with'),
983 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
984 :     -values => [@orgs],
985 :     -size => 10,
986 :     -multiple => 1
987 :     ),
988 :     $cgi->hr
989 :     );
990 :     }
991 :    
992 :     sub format_extend_with_NMPDR {
993 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;
994 :     my($org,$gs, $gc);
995 : mkubal 1.45 my @genome_list = ('159288.1','159289.1','93061.1','196620.1','158878.1','158879.1','243277.1','223926.1','216895.1','196600.1','169963.1','265669.1','192222.1','160490.1','1314.1','198466.1','186103.1','193567.1','216600.1','171101.1','170187.1');
996 : mkubal 1.44 #my %genomes = map { $_ => 1 } @genome_list;
997 :     my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;
998 :    
999 : mkubal 1.45 my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" } grep { ! $genomes{$_} } @genome_list;
1000 :     #my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); $gc=scalar $fig->all_contigs($org); "$gs ($org) [$gc contigs]" } @$genomes;
1001 : mkubal 1.44
1002 :     push(@$html,
1003 :     $cgi->h1('Pick NMPDR Genomes to Extend with'),
1004 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
1005 :     -values => [@orgs],
1006 :     -size => 10,
1007 :     -multiple => 1
1008 :     ),
1009 :     $cgi->hr
1010 :     );
1011 :    
1012 :    
1013 :     }
1014 :    
1015 : overbeek 1.1 sub format_rows {
1016 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1017 :    
1018 :     my($i);
1019 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1020 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1021 : overbeek 1.36
1022 : overbeek 1.1 if (@$rows > 0)
1023 :     {
1024 :     my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
1025 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1026 :     {
1027 :     if ($roles->[$i])
1028 :     {
1029 :     if ($subsetC->{$i})
1030 :     {
1031 :     if ($roles->[$i] =~ /^(.*\S.*)\t(.*)$/)
1032 :     {
1033 :     push(@$col_hdrs,$1);
1034 :     }
1035 :     else
1036 :     {
1037 :     push(@$col_hdrs,$i);
1038 :     }
1039 :     }
1040 :     }
1041 :     }
1042 : overbeek 1.36 my $tab = &format_existing_rows($fig,$cgi,$html,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs);
1043 :     ($col_hdrs,$tab) = &format_alternatives($cgi,$subsetC,$subsetsC,$col_hdrs,$tab);
1044 : overbeek 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
1045 :     $cgi->hr
1046 :     );
1047 :    
1048 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'sort',
1049 :     -value => ['unsorted','alphabetic','by_variant','by_phylo','by_tax_id'],
1050 :     -default => 'unsorted'
1051 :     ));
1052 :     }
1053 :     }
1054 :    
1055 : overbeek 1.36 sub format_alternatives {
1056 :     my($cgi,$subsetC,$subsetsC,$col_hdrs,$tab) = @_;
1057 :     my($tab1,$i,%in,$col,$set,%seen,$genome,$row,$cell);
1058 :    
1059 :     my @start = sort { $a <=> $b } keys(%$subsetC);
1060 : overbeek 1.38 my $expand = $cgi->param('ignore_alt');
1061 : overbeek 1.36 my @alt_sets = grep { (! $expand) && ($_ =~ /^\*/) } keys(%$subsetsC);
1062 :     foreach $set (@alt_sets) # map { [ sort { $a <=> $b } keys(%{$subsetsC->{$_}}) ] }
1063 :     {
1064 :     foreach $col (keys(%{$subsetsC->{$set}}))
1065 :     {
1066 :     $in{$col} = $set;
1067 :     }
1068 :     }
1069 :     my $col_hdrsC = [];
1070 :     push(@$col_hdrsC,@{$col_hdrs}[0..2]);
1071 :     for ($i=0; ($i < @start); $i++)
1072 :     {
1073 :     if ($in{$start[$i]})
1074 :     {
1075 :     if (! $seen{$in{$start[$i]}})
1076 :     {
1077 :     push(@$col_hdrsC,$in{$start[$i]});
1078 :     $seen{$in{$start[$i]}} = 1;
1079 :     }
1080 :     }
1081 :     else
1082 :     {
1083 :     push(@$col_hdrsC,$col_hdrs->[$i+3]);
1084 :     }
1085 :     }
1086 :    
1087 :     $tab1 = [];
1088 :     my $x;
1089 :     foreach $x (@$tab)
1090 :     {
1091 :     if ((@$tab1 > 0) && ((@$tab1 % 10) == 0))
1092 :     {
1093 :     push(@$tab1,[map { "<b>$_</b>" } @$col_hdrsC]) ;
1094 :     }
1095 :     $genome = $x->[0]->[0];
1096 :     $row = [$x->[1],$x->[2],$x->[3]];
1097 :     undef %seen;
1098 :     my @pegs = ();
1099 :     my @colors = ();
1100 :     for ($i=0,$cell=0; ($i < @start); $i++)
1101 :     {
1102 :     if ($in{$start[$i]})
1103 :     {
1104 :     if (! defined($seen{$in{$start[$i]}}))
1105 :     {
1106 :     push(@{$pegs[$cell]},&fid_links($cgi,$x->[$i+4],$genome,"-$start[$i]"));
1107 : overbeek 1.39 push(@colors,$x->[$i+4]->[1]);
1108 : overbeek 1.36 $seen{$in{$start[$i]}} = $cell;
1109 :     $cell++;
1110 :     }
1111 :     else
1112 :     {
1113 :     push(@{$pegs[$seen{$in{$start[$i]}}]},&fid_links($cgi,$x->[$i+4],$genome,"-$start[$i]"));
1114 : overbeek 1.39 if (($colors[$seen{$in{$start[$i]}}] eq '#FFFFFF') && ($x->[$i+4]->[1] ne '#FFFFFF'))
1115 :     {
1116 :     $colors[$seen{$in{$start[$i]}}] = $x->[$i+4]->[1];
1117 :     }
1118 : overbeek 1.36 }
1119 :     }
1120 :     else
1121 :     {
1122 :     push(@{$pegs[$cell]},&fid_links($cgi,$x->[$i+4],$genome,""));
1123 : overbeek 1.39 push(@colors,$x->[$i+4]->[1]);
1124 : overbeek 1.36 $cell++;
1125 :     }
1126 :     }
1127 :     my $color = &pick_color(@colors);
1128 : overbeek 1.39 my $j;
1129 :     for ($j=0; ($j < @pegs); $j++)
1130 :     {
1131 :     push(@$row,"\@bgcolor=\"$colors[$j]\"\:" . join("<br>",@{$pegs[$j]}));
1132 :     }
1133 :     # push(@$row,map { "\@bgcolor=\"$color\"\:" . join("<br>",$_ ? @$_ : ()) } @pegs);
1134 : overbeek 1.36 push(@$tab1,$row);
1135 :     }
1136 :     return ($col_hdrsC,$tab1);
1137 :     }
1138 :    
1139 :     sub pick_color {
1140 :     my(@colors) = @_;
1141 :     my($color,$i,@tmp,%count);
1142 :    
1143 :     my %counts;
1144 :     foreach $color (@colors)
1145 :     {
1146 :     $count{$color}++;
1147 :     }
1148 :     @tmp = sort { $count{$b} <=> $count{$a} } keys(%count);
1149 :     for ($i=0; ($i < @tmp) && ($tmp[$i] eq '#FFFFFF'); $i++) {}
1150 :     return ($i == @tmp) ? '#FFFFFF' : $tmp[$i];
1151 :     }
1152 :    
1153 : overbeek 1.1 sub format_existing_rows {
1154 : overbeek 1.36 my($fig,$cgi,$html,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs) = @_;
1155 : overbeek 1.1 my($i,$j,$genome,$row,$entries);
1156 :     my(@tab1);
1157 :    
1158 :     if (@$genomes != @$rows)
1159 :     {
1160 :     print STDERR &Dumper($genomes,$rows); die "mismatch between genomes and rows";
1161 :     }
1162 :    
1163 :     my $iR = 1;
1164 :     for ($i=0; ($i < @$genomes); $i++)
1165 :     {
1166 :     $genome = $genomes->[$i];
1167 :     next if (! $genome);
1168 :     my $vcode_value = $rows->[$i]->[0];
1169 :    
1170 :     my @tmp = ();
1171 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1172 :     {
1173 :     $rows->[$i]->[$j] = &verify_entry($fig,$genome,$rows->[$i]->[$j]);
1174 :     if ($subsetR->{$genome} && $subsetC->{$j})
1175 :     {
1176 : overbeek 1.6 if ($cgi->param('refill'))
1177 :     {
1178 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
1179 :     }
1180 : overbeek 1.1 elsif ($cgi->param('precise_fill') && (! $rows->[$i]->[$j]))
1181 :     {
1182 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
1183 :     }
1184 :     }
1185 :     $tmp[$j-1] = $rows->[$i]->[$j];
1186 :     }
1187 :    
1188 :     @tmp = &group_by_clusters($fig,$genome,\@tmp);
1189 :    
1190 :     if ($subsetR->{$genome})
1191 :     {
1192 :     my $variant = join("", map { ($_->[0] =~ /\S/) ? 1 : 0 } @tmp);
1193 : overbeek 1.3
1194 :     my($genomeV,$vcodeV);
1195 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1196 :     {
1197 :     $genomeV = $cgi->textfield(-name => "genome$iR", -size => 15, -value => $genome, -override => 1);
1198 :     $vcodeV = $cgi->textfield(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -size => 5);
1199 :     }
1200 :     else
1201 :     {
1202 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
1203 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value));
1204 :     $genomeV = $genome;
1205 :     $vcodeV = $vcode_value;
1206 :     }
1207 :    
1208 : olson 1.21 #
1209 :     # Wrap genomeV in a <a name> tag so we can zing here too.
1210 :     #
1211 :    
1212 :     $genomeV = "<a name=\"$genome\">$genomeV</a>";
1213 :    
1214 : overbeek 1.1 $row = [[$genome,$variant], # key for sorting
1215 : overbeek 1.3 $genomeV,
1216 : overbeek 1.1 &ext_genus_species($fig,$genome),
1217 : overbeek 1.3 $vcodeV
1218 : overbeek 1.1 ];
1219 :     $j = 1;
1220 :     while ($j < @$roles)
1221 :     {
1222 :     if ($roles->[$j])
1223 :     {
1224 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
1225 :     if ($subsetC->{$j})
1226 :     {
1227 : overbeek 1.36 # push(@$row,&fid_links($cgi,$tmp[$j-1],$genome));
1228 :     push(@$row,$tmp[$j-1]);
1229 : overbeek 1.1 }
1230 :     }
1231 :     $j++;
1232 :     }
1233 :     push(@tab1,$row);
1234 :     }
1235 :     else
1236 :     {
1237 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
1238 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -override => 1)
1239 :     );
1240 :    
1241 :     $j = 1;
1242 :     while ($j < @$roles)
1243 :     {
1244 :     if ($roles->[$j])
1245 :     {
1246 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
1247 :     }
1248 :     $j++;
1249 :     }
1250 :     }
1251 :     $iR++;
1252 :     }
1253 :    
1254 :     my($sort);
1255 :     if ($sort = $cgi->param('sort'))
1256 :     {
1257 :     if ($sort eq "by_variant")
1258 :     {
1259 :     @tab1 = sort { ($a->[0]->[1] cmp $b->[0]->[1]) or ($fig->genus_species($a->[0]->[0]) cmp $fig->genus_species($b->[0]->[0])) } @tab1;
1260 :     }
1261 :     elsif ($sort eq "by_phylo")
1262 :     {
1263 :     @tab1 = map { $_->[0] }
1264 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
1265 :     map { [$_, $fig->taxonomy_of($_->[0]->[0])] }
1266 :     @tab1;
1267 :     }
1268 :     elsif ($sort eq "by_tax_id")
1269 :     {
1270 :     @tab1 = map { $_->[0] }
1271 :     sort { $a->[1] <=> $b->[1] }
1272 :     map { [$_, $_->[0]->[0]] }
1273 :     @tab1;
1274 :     }
1275 :     elsif ($sort eq "alphabetic")
1276 :     {
1277 :     @tab1 = map { $_->[0] }
1278 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
1279 :     map { [$_, $fig->genus_species($_->[0]->[0])] }
1280 :     @tab1;
1281 :     }
1282 :     }
1283 : overbeek 1.36 return [@tab1];
1284 : overbeek 1.1 }
1285 :    
1286 :     sub format_subsets {
1287 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1288 :    
1289 :     &format_subsetsC($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC);
1290 :     &format_subsetsR($fig,$cgi,$html,$subsetsR,$active_subsetR);
1291 :     }
1292 :    
1293 :     sub format_subsetsC {
1294 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC) = @_;
1295 :     my($i);
1296 :    
1297 :     my $col_hdrs = ["Subset","Includes These Roles"];
1298 :     my $tab = [];
1299 :    
1300 :     my $n = 1;
1301 : overbeek 1.3 &format_existing_subsetsC($cgi,$html,$tab,$subsetsC,\$n);
1302 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1303 : overbeek 1.1 {
1304 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1305 :     {
1306 :     &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$n,"");
1307 :     $n++;
1308 :     }
1309 : overbeek 1.1 }
1310 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsets of Roles"),
1311 :     $cgi->hr
1312 :     );
1313 :    
1314 :     if (keys(%$subsetsC) > 1)
1315 :     {
1316 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetC',
1317 :     -values => [sort keys(%$subsetsC)],
1318 :     -default => $active_subsetC
1319 :     ),
1320 :     $cgi->br
1321 :     );
1322 :     }
1323 :     else
1324 :     {
1325 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC, -override => 1));
1326 :     }
1327 :     }
1328 :    
1329 :     sub format_subsetsR {
1330 :     my($fig,$cgi,$html,$subsets,$active_subsetR) = @_;
1331 :     my($i);
1332 :    
1333 :     my $link = &tree_link;
1334 :     push(@$html,$cgi->br,$link,$cgi->br);
1335 :    
1336 :     my @tmp = grep { $_ ne "All" } sort keys(%$subsets);
1337 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetR',
1338 :     -values => ["All",@tmp],
1339 :     -default => $active_subsetR,
1340 :     -size => 5
1341 :     ),
1342 :     $cgi->br
1343 :     );
1344 :     }
1345 :    
1346 :     sub format_existing_subsetsC {
1347 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$subsetsC,$nP) = @_;
1348 : overbeek 1.1 my($nameCS);
1349 :    
1350 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
1351 :     {
1352 : overbeek 1.3 &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$$nP,$nameCS,$subsetsC->{$nameCS});
1353 : overbeek 1.1 $$nP++;
1354 :     }
1355 :     }
1356 :    
1357 :     sub format_subsetC {
1358 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$n,$nameCS,$subsetC) = @_;
1359 : overbeek 1.1
1360 :     if ($nameCS ne "All")
1361 :     {
1362 :     my $subset = join(",",sort { $a <=> $b } keys(%$subsetC));
1363 : overbeek 1.3 my($posT,$subsetT);
1364 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1365 :     {
1366 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "nameCS$n", -size => 30, -value => $nameCS, -override => 1);
1367 :     $subsetT = $cgi->textfield(-name => "subsetC$n", -size => 80, -value => $subset, -override => 1);
1368 :     }
1369 :     else
1370 :     {
1371 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "nameCS$n", -value => $nameCS, -override => 1),
1372 :     $cgi->hidden(-name => "subsetC$n", -value => $subset, -override => 1));
1373 :     $posT = $nameCS;
1374 :     $subsetT = $subset;
1375 :     }
1376 : overbeek 1.1 push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
1377 :     }
1378 :     }
1379 :    
1380 :     sub format_roles {
1381 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1382 :     my($i);
1383 :    
1384 :     my $col_hdrs = ["Column","Abbrev","Functional Role"];
1385 :     my $tab = [];
1386 :    
1387 :     my $n = 1;
1388 : overbeek 1.3 &format_existing_roles($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,\$n,$genomes,$rows);
1389 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1390 : overbeek 1.1 {
1391 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1392 :     {
1393 :     &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$n,"",$roles,$genomes,$rows);
1394 :     $n++;
1395 :     }
1396 : overbeek 1.1 }
1397 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Functional Roles"),
1398 :     $cgi->hr
1399 :     );
1400 :     }
1401 :    
1402 :     sub format_existing_roles {
1403 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,$nP,$genomes,$rows) = @_;
1404 : overbeek 1.1 my($role,$i);
1405 :    
1406 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1407 :     {
1408 :     $role = $roles->[$i];
1409 : overbeek 1.3 &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$$nP,$role,$roles,$genomes,$rows);
1410 : overbeek 1.1 $$nP++;
1411 :     }
1412 :     }
1413 :    
1414 :     sub format_role {
1415 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$n,$role,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1416 : overbeek 1.1 my($abbrev,$text);
1417 :    
1418 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1419 :     {
1420 :     $abbrev = $1;
1421 :     $text = $2;
1422 :     }
1423 :     else
1424 :     {
1425 :     $abbrev = "";
1426 :     $text = $role;
1427 :     }
1428 :    
1429 : overbeek 1.3 my($posT,$abbrevT,$roleT);
1430 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1431 :     {
1432 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "posR$n", -size => 3, -value => $n, -override => 1);
1433 :     $abbrevT = $cgi->textfield(-name => "abbrev$n", -size => 7, -value => $abbrev, -override => 1);
1434 :     $roleT = $cgi->textfield(-name => "role$n", -size => 80, -value => $text, -override => 1);
1435 :     }
1436 :     else
1437 :     {
1438 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "posR$n", -value => $n, -override => 1),
1439 :     $cgi->hidden(-name => "abbrev$n", -value => $abbrev, -override => 1),
1440 :     $cgi->hidden(-name => "role$n", -value => $text, -override => 1));
1441 :     $posT = $n;
1442 :     $abbrevT = $abbrev;
1443 :     $roleT = $text;
1444 :     }
1445 : olson 1.21 #
1446 :     # Wrap the first element in the table with a <A NAME="role_rolename"> tag
1447 :     # so we can zing to it from elsewhere. We remove any non-alphanumeric
1448 :     # chars in the role name.
1449 :     #
1450 :    
1451 :     my $posT_html;
1452 :     {
1453 :     my $rn = $text;
1454 : overbeek 1.26 $rn =~ s/[ \/]/_/g;
1455 : olson 1.21 $rn =~ s/\W//g;
1456 :    
1457 :     $posT_html = "<a name=\"$rn\">$posT</a>";
1458 :     }
1459 :    
1460 :    
1461 :     push(@$tab,[$posT_html,$abbrevT,$roleT]);
1462 : overbeek 1.24
1463 : overbeek 1.36 if ($cgi->param('check_problems'))
1464 : overbeek 1.1 {
1465 : overbeek 1.36 my @roles = grep { $_->[0] ne $text } &gene_functions_in_col($fig,$n,$roles,$genomes,$rows);
1466 :     my($x,$peg);
1467 :     foreach $x (@roles)
1468 : overbeek 1.1 {
1469 : overbeek 1.36 push(@$tab,["","",$x->[0]]);
1470 : overbeek 1.24 push(@$tab,["","",join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_) } @{$x->[1]})]);
1471 : overbeek 1.1 }
1472 :     }
1473 :     }
1474 :    
1475 : overbeek 1.36
1476 : overbeek 1.1 sub write_spreadsheet_from_input_parameters {
1477 :     my($fig,$cgi,$html,$ssa,$user) = @_;
1478 :     my($i,$j,$pos,$role,$subset,@roles,$genome,$row,$nameCS,$nameRS,%role_map,%role_map2);
1479 :     my($param,@param,@tmp,$active_subsetC,$pair);
1480 :    
1481 :     my $roles = [];
1482 :     my $genomes = [];
1483 :     my $rows = [];
1484 :     my $subsetsC = {};
1485 :     my $active_subsetC = "All";
1486 :     my $subsetsR = {};
1487 :     my $active_subsetR = "All";
1488 :    
1489 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1490 :     {
1491 :     &log_update($ssa,$user);
1492 : overbeek 1.1
1493 : overbeek 1.3 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1494 : overbeek 1.1 {
1495 : overbeek 1.3 rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet~");
1496 : overbeek 1.31 }
1497 :    
1498 :     if ($cgi->param('notes'))
1499 :     {
1500 : overbeek 1.3 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
1501 :     {
1502 :     rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes~");
1503 :     }
1504 :     else
1505 :     {
1506 :     open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1507 :     close(NOTES);
1508 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1509 :     }
1510 : overbeek 1.1 }
1511 : overbeek 1.31 elsif (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
1512 :     {
1513 :     my $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1514 :     $cgi->param(-name => "notes", -value => $notes);
1515 :     }
1516 : overbeek 1.3
1517 :     open(SSA,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1518 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
1519 : overbeek 1.1 }
1520 :     @param = grep { $_ =~ /^posR/ } $cgi->param;
1521 :     foreach $param (@param)
1522 :     {
1523 :     if ($param =~ /^posR(\d+)/)
1524 :     {
1525 :     $i = $1;
1526 :     if (($pos = $cgi->param("posR$i")) && ($role = $cgi->param("role$i")))
1527 :     {
1528 :     $role =~ s/^\s+//;
1529 :     $role =~ s/\s+$//;
1530 :     if ($role =~ /\S/)
1531 :     {
1532 :     if ($_ = $cgi->param("abbrev$i"))
1533 :     {
1534 :     $tmp[$pos] = "$_\t$role";
1535 :     }
1536 :     else
1537 :     {
1538 :     $tmp[$pos] = "\t$role";
1539 :     }
1540 :     $role_map2{$pos} = $i;
1541 :     }
1542 :     }
1543 :     }
1544 :     }
1545 :    
1546 :     $j = 1;
1547 :     foreach $pos (sort { $a <=> $b } keys(%role_map2))
1548 :     {
1549 :     $roles->[$j] = $tmp[$pos];
1550 :     $role_map{$role_map2{$pos}} = $j;
1551 :     $j++;
1552 :     }
1553 :    
1554 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1555 : overbeek 1.1 {
1556 : overbeek 1.3 foreach $role (@$roles)
1557 : overbeek 1.1 {
1558 : overbeek 1.3 if ($role)
1559 :     {
1560 :     print SSA "$role\n";
1561 :     }
1562 : overbeek 1.1 }
1563 : overbeek 1.3 print SSA "//\n";
1564 : overbeek 1.1 }
1565 :    
1566 :     @param = grep { $_ =~ /^nameCS/ } $cgi->param;
1567 :     foreach $param (@param)
1568 :     {
1569 :     if ($param =~ /^nameCS(\d+)/)
1570 :     {
1571 :     $i = $1;
1572 :     if (($nameCS = $cgi->param("nameCS$i")) && ($subset = $cgi->param("subsetC$i")))
1573 :     {
1574 : overbeek 1.29 $nameCS =~ s/ /_/g;
1575 :     $subset =~ s/^\s+//;
1576 : overbeek 1.30 $subset =~ s/\s+$//;
1577 : overbeek 1.29
1578 : overbeek 1.1 foreach $_ (split(/[\t ,;]+/,$subset))
1579 :     {
1580 :     if ($_ =~ /^\d+$/)
1581 :     {
1582 :     $subsetsC->{$nameCS}->{$role_map{$_}} = 1;
1583 :     }
1584 :     }
1585 :     }
1586 :     }
1587 :     }
1588 :    
1589 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
1590 :     {
1591 :     $subset = $subsetsC->{$nameCS};
1592 :     if ($subset)
1593 :     {
1594 :     @roles = sort { $a <=> $b } keys(%$subset);
1595 :     }
1596 :    
1597 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1598 : overbeek 1.1 {
1599 : overbeek 1.29 if (@roles > 0)
1600 : overbeek 1.3 {
1601 :     print SSA join("\t",($nameCS,@roles)),"\n";
1602 :     }
1603 :     else
1604 :     {
1605 :     push(@$html,$cgi->h2("invalid subset: $subset"));
1606 :     }
1607 : overbeek 1.1 }
1608 :     }
1609 :    
1610 :     if (! ($active_subsetC = $cgi->param('active_subsetC')))
1611 :     {
1612 :     $active_subsetC = "All";
1613 :     }
1614 :    
1615 :     if (! $subsetsC->{"All"})
1616 :     {
1617 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1618 :     {
1619 :     $subsetsC->{"All"}->{$i} = 1;
1620 :     }
1621 :     }
1622 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1623 :     {
1624 :     print SSA "$active_subsetC\n";
1625 :     print SSA "\n";
1626 :     }
1627 : overbeek 1.1
1628 :    
1629 :     my($taxonomic_groups,$id,$members,$genome);
1630 :     $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
1631 :     foreach $pair (@$taxonomic_groups)
1632 :     {
1633 :     ($id,$members) = @$pair;
1634 :     foreach $genome (@$members)
1635 :     {
1636 :     $subsetsR->{$id}->{$genome} = 1;
1637 :     }
1638 :     }
1639 :    
1640 :     $active_subsetR = $cgi->param('active_subsetR');
1641 :     if (! ($active_subsetR && $subsetsR->{$active_subsetR}))
1642 :     {
1643 :     $active_subsetR = &default_genome_set;
1644 :     }
1645 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1646 :     {
1647 :     print SSA "$active_subsetR\n";
1648 :     print SSA "//\n";
1649 :     }
1650 : overbeek 1.1
1651 :     $i = 1;
1652 :     while (defined($genome = $cgi->param("genome$i")))
1653 :     {
1654 :     if ($genome =~ /^\d+\.\d+$/)
1655 :     {
1656 :     $genomes->[$i-1] = $genome;
1657 :     }
1658 :     $i++;
1659 :     }
1660 :    
1661 :     $i = 1;
1662 :     my($vcode_value,$j,$row,$entry,$non_null);
1663 :     while (defined($vcode_value = $cgi->param("vcode$i")))
1664 :     {
1665 :     if ($genomes->[$i-1])
1666 :     {
1667 :     $row = [$vcode_value];
1668 :     for ($j=1; ($j < (@$roles + 5)); $j++)
1669 :     {
1670 :     if ($role_map{$j})
1671 :     {
1672 :     if ($entry = $cgi->param("row$i.$j"))
1673 :     {
1674 :     $row->[$role_map{$j}] = $entry;
1675 :     }
1676 :     else
1677 :     {
1678 :     $row->[$role_map{$j}] = "";
1679 :     }
1680 :     }
1681 :     }
1682 :     $rows->[$i-1] = $row;
1683 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1684 :     {
1685 :     print SSA join("\t",($genomes->[$i-1],@$row)),"\n";
1686 :     }
1687 : overbeek 1.1 }
1688 :     $i++;
1689 :     }
1690 :    
1691 :     my @orgs = $cgi->param('korgs');
1692 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
1693 :    
1694 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1695 : overbeek 1.1 {
1696 : overbeek 1.3 my @orgs1 = ();
1697 :     if ($cgi->param('add_solid'))
1698 :     {
1699 :     my %genomes1 = map { $_ => 1 } (@$genomes,@orgs);;
1700 :     @orgs1 = sort grep { ! $genomes1{$_} } $fig->genomes("complete",undef);
1701 :     }
1702 :     &extend_ssa($fig,$genomes,$roles,$rows,\@orgs,\@orgs1,\*SSA);
1703 :    
1704 :    
1705 :     close(SSA);
1706 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
1707 :     if (($_ = $cgi->param('notes')) && open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes"))
1708 :     {
1709 :     print NOTES $_;
1710 :     close(NOTES);
1711 :     }
1712 :     &backup("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
1713 : overbeek 1.1
1714 :     }
1715 : overbeek 1.3 # print &Dumper($roles,$subsets,$genomes,$rows); die "aborted";
1716 : olson 1.13
1717 :     #
1718 :     # Update the subsystem index.
1719 :     #
1720 :     # (Put this in an eval in case we get a failure here).
1721 :     #
1722 :    
1723 :     eval {
1724 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa, 1);
1725 :     $sub->db_sync();
1726 :     };
1727 :    
1728 : overbeek 1.1 return ($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows);
1729 :     }
1730 :    
1731 :     sub format_ssa_table {
1732 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$user,$ssaP) = @_;
1733 : overbeek 1.1 my($ssa,$curator);
1734 :     my($url1,$link1);
1735 :    
1736 : overbeek 1.3 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1737 : overbeek 1.2 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
1738 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
1739 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1740 : overbeek 1.3 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
1741 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'delete_or_export_ssa', -override => 1)
1742 :     );
1743 : overbeek 1.4 push(@$html,"<font size=\"+2\">Please do not ever edit someone else\'s spreadsheet (by using their
1744 :     user ID), and <b>never open multiple windows to
1745 : overbeek 1.3 process the same spreadsheet</b></font>. It is, of course, standard practice to open a subsystem
1746 : overbeek 1.4 spreadsheet and then to have multiple other SEED windows to access data and modify annotations. Further,
1747 :     you can access someone else's subsystem spreadsheet using your ID (which will make it impossible
1748 :     for you to edit the spreadsheet).
1749 :     Just do not open the same subsystem spreadsheet for editing in multiple windows simultaneously.",
1750 : overbeek 1.3 $cgi->br,
1751 :     $cgi->br
1752 :     );
1753 : overbeek 1.1
1754 : olson 1.8 my $col_hdrs = [
1755 :     "Name","Curator","Exchangable","Version",
1756 :     "Reset to Previous Timestamp","Delete",
1757 :     "Export Full Subsystem","Export Just Assignments", "Publish to Clearinghouse",
1758 :     ];
1759 : overbeek 1.1 my $title = "Existing Subsystem Annotations";
1760 :     my $tab = [];
1761 :     foreach $_ (@$ssaP)
1762 :     {
1763 : olson 1.19 my($publish_checkbox);
1764 : overbeek 1.1 ($ssa,$curator) = @$_;
1765 : olson 1.19
1766 : overbeek 1.1 my($url,$link);
1767 : overbeek 1.3 if ((-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup") && ($curator eq $cgi->param('user')))
1768 : overbeek 1.1 {
1769 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset";
1770 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>reset</a>";
1771 :     }
1772 :     else
1773 :     {
1774 : overbeek 1.3 $link = "";
1775 : overbeek 1.1 }
1776 :    
1777 : overbeek 1.3 if (($fig->is_exchangable_subsystem($ssa)) && ($curator eq $cgi->param('user')))
1778 : overbeek 1.1 {
1779 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_unexchangable";
1780 : overbeek 1.1 $link1 = "Exchangable<br><a href=$url1>Make not exchangable</a>";
1781 :     }
1782 : overbeek 1.3 elsif ($curator eq $cgi->param('user'))
1783 : overbeek 1.1 {
1784 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_exchangable";
1785 : overbeek 1.1 $link1 = "Not exchangable<br><a href=$url1>Make exchangable</a>";
1786 :     }
1787 : overbeek 1.3 else
1788 :     {
1789 :     $link1 = "";
1790 :     }
1791 : olson 1.8
1792 :     #
1793 :     # Only allow publish for subsystems we are curating?
1794 :     #
1795 : olson 1.12 if ($curator eq $cgi->param('user'))
1796 : olson 1.8 {
1797 :     $publish_checkbox = $cgi->checkbox(-name => "publish_to_clearinghouse",
1798 :     -value => $ssa,
1799 :     -label => "Publish"),
1800 :    
1801 :     }
1802 : overbeek 1.1
1803 : olson 1.8 push(@$tab,[
1804 : overbeek 1.1 &ssa_link($ssa,$user),
1805 :     $curator,
1806 :     $link1,
1807 : olson 1.8 $fig->subsystem_version($ssa),
1808 :     $link,
1809 :     ($curator eq $cgi->param('user')) ? $cgi->checkbox(-name => "delete", -value => $ssa) : "",
1810 :     $cgi->checkbox(-name => "export", -value => $ssa, -label => "Export full"),
1811 :     $cgi->checkbox(-name => "export_assignments", -value => $ssa, -label => "Export assignments"),
1812 :     $publish_checkbox,
1813 : overbeek 1.1 ]);
1814 :     }
1815 : olson 1.8 push(@$html,
1816 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title),
1817 :     $cgi->submit(-name => 'delete_export',
1818 :     -label => 'Process marked deletions and exports'),
1819 :     $cgi->submit(-name => 'publish',
1820 :     -label => "Publish marked subsystems"),
1821 :     $cgi->end_form
1822 : overbeek 1.1 );
1823 :     }
1824 :    
1825 :     sub ssa_link {
1826 :     my($ssa,$user) = @_;
1827 :     my $name = $ssa; $name =~ s/_/ /g;
1828 :     my $target = "window$$";
1829 : overbeek 1.3 my $can_alter = &curator($ssa) eq $user;
1830 :    
1831 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=show_ssa&can_alter=$can_alter";
1832 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>$name</a>";
1833 :     }
1834 :    
1835 :     sub tree_link {
1836 :     my $target = "window$$";
1837 : overbeek 1.2 my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?request=show_tree";
1838 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>Show Phylogenetic Tree</a>";
1839 :     }
1840 :    
1841 :    
1842 :     sub existing_subsystem_annotations {
1843 :     my($ssa,$name);
1844 :     my @ssa = ();
1845 :     if (opendir(SSA,"$FIG_Config::data/Subsystems"))
1846 :     {
1847 : overbeek 1.26 @ssa = map { $ssa = $_; $name = $ssa; $ssa =~ s/[ \/]/_/g; [$name,&curator($ssa)] } grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SSA);
1848 : overbeek 1.1 closedir(SSA);
1849 :     }
1850 : overbeek 1.25 return sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @ssa;
1851 : overbeek 1.1 }
1852 :    
1853 :     sub curator {
1854 :     my($ssa) = @_;
1855 :     my($who) = "";
1856 :    
1857 :     if (open(DATA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1858 :     {
1859 :     $_ = <DATA>;
1860 :     if ($_ =~ /^\d+\t(\S+)\s+started/)
1861 :     {
1862 :     $who = $1;
1863 :     }
1864 :     close(DATA);
1865 :     }
1866 :     return $who;
1867 :     }
1868 :    
1869 :     sub log_update {
1870 :     my($ssa,$user) = @_;
1871 :    
1872 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
1873 : overbeek 1.1
1874 :     if (open(LOG,">>$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1875 :     {
1876 :     my $time = time;
1877 :     print LOG "$time\t$user\tupdated\n";
1878 :     close(LOG);
1879 :     }
1880 :     else
1881 :     {
1882 :     print STDERR "failed to open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log\n";
1883 :     }
1884 :     }
1885 :    
1886 :     sub extend_ssa {
1887 :     my($fig,$genomes,$roles,$rows,$new_genomes,$poss_new_genomes,$fh) = @_;
1888 :     my($genome,$i,$row,$role);
1889 :    
1890 :     foreach $genome (@$new_genomes)
1891 :     {
1892 :     push(@$genomes,$genome);
1893 :     $row = [0];
1894 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1895 :     {
1896 :     push(@$row,join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles)));
1897 :     }
1898 :     push(@$rows,$row);
1899 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1900 :     }
1901 :    
1902 :     foreach $genome (@$poss_new_genomes)
1903 :     {
1904 :     $row = [0];
1905 :     my $bad = 0;
1906 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1907 :     {
1908 :     my $entry = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles));
1909 :     if (! $entry)
1910 :     {
1911 :     $bad = 1;
1912 :     last;
1913 :     }
1914 :     push(@$row,$entry);
1915 :     }
1916 :     if (! $bad)
1917 :     {
1918 :     push(@$genomes,$genome);
1919 :     push(@$rows,$row);
1920 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1921 :     }
1922 :     }
1923 :     }
1924 :     sub seqs_with_role_precisely {
1925 :     my($fig,$i,$genome,$roles) = @_;
1926 :    
1927 :     # The $i parm is a bit weird. The actual role we want is in $roles->[$i]. Any existing versions are in
1928 :     # $rows->[*]->[$i] entries. You look for acceptable roles matching $roles->[$i] (after tab)
1929 :    
1930 :     my @pegs = ();
1931 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1932 :     {
1933 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($1,"master",$genome);
1934 :     }
1935 :     return @pegs;
1936 :     }
1937 :    
1938 :     sub gene_functions_in_col {
1939 :     my($fig,$i,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1940 :     my(%roles,$j,$row,$genomeJ,$entry,@pegs,$peg,$func);
1941 :    
1942 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1943 :     {
1944 :     $roles{$1} = [];
1945 :     }
1946 :    
1947 :     for ($j=0; ($j < @$rows); $j++)
1948 :     {
1949 :     $row = $rows->[$j];
1950 :     $genomeJ = $genomes->[$j];
1951 :     if ($row->[$i] =~ /(\S.*\S)/)
1952 :     {
1953 :     $entry = $1;
1954 :     @pegs = map { "fig|$genomeJ.peg.$_" } split(/,/,$entry);
1955 :     foreach $peg (@pegs)
1956 :     {
1957 :     if ($func = $fig->function_of($peg))
1958 :     {
1959 :     push(@{$roles{$func}},$peg);
1960 :     }
1961 :     }
1962 :     }
1963 :     }
1964 :     return map { [$_,$roles{$_}] } sort keys(%roles);
1965 :     }
1966 :    
1967 :    
1968 :     sub verify_entry {
1969 :     my($fig,$genome,$entry) = @_;
1970 :     my($peg);
1971 :    
1972 :     my @verified = ();
1973 :     foreach $peg (split(/[, \t]+/,$entry))
1974 :     {
1975 :     if ($fig->is_real_feature("fig|$genome.peg.$peg"))
1976 :     {
1977 :     push(@verified,$peg);
1978 :     }
1979 :     }
1980 :     return join(",",@verified);
1981 :     }
1982 :    
1983 :     sub export {
1984 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1985 :     my($line);
1986 :    
1987 :     my ($exportable,$notes) = $fig->exportable_subsystem($ssa);
1988 :     foreach $line (@$exportable,@$notes)
1989 :     {
1990 :     print $line;
1991 :     }
1992 :     }
1993 :    
1994 :     sub export_assignments {
1995 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1996 :     my(@roles,$i,$entry,$id,$user);
1997 :    
1998 :     if (($user = $cgi->param('user')) && open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
1999 :     {
2000 :     $user =~ s/^master://;
2001 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
2002 :     my $who = &curator($ssa);
2003 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:generated_from_subsystem_$ssa";
2004 :    
2005 :     if (open(OUT,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
2006 :     {
2007 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//))
2008 :     {
2009 :     chop;
2010 :     push(@roles,$_);
2011 :     }
2012 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//)) {}
2013 :     while (defined($_ = <SSA>))
2014 :     {
2015 :     chop;
2016 :     my @flds = split(/\t/,$_);
2017 :     my $genome = $flds[0];
2018 :     for ($i=2; ($i < @flds); $i++)
2019 :     {
2020 :     my @entries = split(/,/,$flds[$i]);
2021 :     foreach $id (@entries)
2022 :     {
2023 :     my $peg = "fig|$genome.peg.$id";
2024 :     my $func = $fig->function_of($peg);
2025 :     print OUT "$peg\t$func\n";
2026 :     }
2027 :     }
2028 :     }
2029 :     close(OUT);
2030 :     }
2031 :     close(SSA);
2032 :     }
2033 :     }
2034 :    
2035 :     sub format_missing {
2036 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2037 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
2038 :    
2039 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2040 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2041 :    
2042 : overbeek 1.37 my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } keys(%$subsetsC);
2043 :     my($set,$col,%in);
2044 :     foreach $set (@alt_sets)
2045 :     {
2046 :     foreach $col (keys(%{$subsetsC->{$set}}))
2047 :     {
2048 :     $in{$col} = $set;
2049 :     }
2050 :     }
2051 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
2052 :    
2053 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2054 :     {
2055 :     $org = $genomes->[$i];
2056 :     next if (! $subsetR->{$org});
2057 : overbeek 1.38 my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsetsC,$subsetC,$rows,$i,$roles,\%in);
2058 : overbeek 1.1
2059 :     $missing = [];
2060 : overbeek 1.37 foreach $j (@missing)
2061 : overbeek 1.1 {
2062 : overbeek 1.37 $user = $cgi->param('user');
2063 :     $role = $roles->[$j];
2064 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
2065 :     {
2066 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
2067 :     }
2068 :     else
2069 : overbeek 1.1 {
2070 : overbeek 1.37 $abr = "";
2071 : overbeek 1.1 }
2072 : overbeek 1.37 my $roleE = $cgi->escape($role);
2073 :    
2074 :     $link = "<a href=" . &FIG::cgi_url . "/pom.cgi?user=$user&request=find_in_org&role=$roleE&org=$org>$abr $role</a>";
2075 :     push(@$missing,$link);
2076 : overbeek 1.1 }
2077 : overbeek 1.37
2078 : overbeek 1.1 if (@$missing > 0)
2079 :     {
2080 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2081 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2082 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($missing)));
2083 : overbeek 1.37 }
2084 :     }
2085 :     }
2086 :    
2087 :     sub columns_missing_entries {
2088 : overbeek 1.38 my($cgi,$subsetsC,$subsetC,$rows,$i,$roles,$in) = @_;
2089 : overbeek 1.37 my(%missing_cols,$j,$k);
2090 :     my(@really_missing) = ();
2091 : olson 1.15
2092 : overbeek 1.37 for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2093 :     {
2094 :     if (! $rows->[$i]->[$j])
2095 :     {
2096 :     $missing_cols{$j} = 1;
2097 : olson 1.15 }
2098 : overbeek 1.37 }
2099 : olson 1.15
2100 : overbeek 1.37 for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2101 :     {
2102 :     if ($missing_cols{$j} && $subsetC->{$j})
2103 :     {
2104 :     my($set);
2105 : overbeek 1.38 if (($set = $in->{$j}) && (! $cgi->param('ignore_alt')))
2106 : overbeek 1.37 {
2107 :     my @set = keys(%{$subsetsC->{$set}});
2108 :     for ($k=0; ($k < @set) && $missing_cols{$set[$k]}; $k++) {}
2109 :     if ($k == @set)
2110 :     {
2111 :     push(@really_missing,$j);
2112 :     }
2113 :     }
2114 :     else
2115 :     {
2116 :     push(@really_missing,$j);
2117 :     }
2118 :     }
2119 : olson 1.15 }
2120 : overbeek 1.37 return @really_missing;
2121 : olson 1.15 }
2122 :    
2123 :     sub format_missing_including_matches
2124 :     {
2125 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,
2126 :     $subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2127 :    
2128 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
2129 :    
2130 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2131 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2132 :    
2133 : overbeek 1.38 my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } keys(%$subsetsC);
2134 :     my($set,$col,%in);
2135 :     foreach $set (@alt_sets)
2136 :     {
2137 :     foreach $col (keys(%{$subsetsC->{$set}}))
2138 :     {
2139 :     $in{$col} = $set;
2140 :     }
2141 :     }
2142 :    
2143 : olson 1.15 push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
2144 :    
2145 : olson 1.16 push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
2146 :    
2147 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
2148 :     $user = $cgi->param('user');
2149 :     push(@$html,
2150 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
2151 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
2152 :    
2153 : olson 1.15 for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2154 :     {
2155 :     $org = $genomes->[$i];
2156 : overbeek 1.24 next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
2157 : olson 1.15 next if (! $subsetR->{$org});
2158 : overbeek 1.24
2159 : overbeek 1.38 my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsetsC,$subsetC,$rows,$i,$roles,\%in);
2160 :    
2161 : olson 1.15 $missing = [];
2162 :    
2163 : overbeek 1.38 foreach $j (@missing)
2164 : olson 1.15 {
2165 : overbeek 1.38 $role = $roles->[$j];
2166 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
2167 :     {
2168 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
2169 :     }
2170 :     else
2171 : olson 1.15 {
2172 : overbeek 1.38 $abr = "";
2173 :     }
2174 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
2175 : olson 1.15
2176 :     #
2177 : olson 1.16 # All the way up to here is code to retrieve the role name.
2178 : olson 1.15 #
2179 :    
2180 :     #
2181 :     # Invoke find_role_in_org to get the roles we might have.
2182 :     #
2183 :    
2184 : overbeek 1.38 my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
2185 : olson 1.15
2186 : overbeek 1.38 push(@$missing,@hits);
2187 : olson 1.15 }
2188 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2189 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2190 :    
2191 :     if (@$missing > 0)
2192 :     {
2193 : olson 1.16 my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
2194 : olson 1.15 my $tbl = [];
2195 :    
2196 :     for my $hit (@$missing)
2197 :     {
2198 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
2199 : olson 1.16
2200 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
2201 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
2202 :    
2203 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
2204 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
2205 :     -label => "");
2206 :    
2207 :     push(@$tbl, [$checkbox,
2208 :     $psc,
2209 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
2210 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
2211 : olson 1.15 }
2212 :    
2213 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
2214 :     }
2215 :     else
2216 :     {
2217 :     push(@$html, $cgi->p("No matches."));
2218 : overbeek 1.1 }
2219 : olson 1.15
2220 : overbeek 1.1 }
2221 : olson 1.16 push(@$html,
2222 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
2223 :     -name => "batch_assign"),
2224 :     $cgi->end_form);
2225 : overbeek 1.1 }
2226 :    
2227 :     sub format_dups {
2228 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2229 :     my($i,$j,$duplicates,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg);
2230 :    
2231 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2232 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2233 :    
2234 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Duplicates:'));
2235 :    
2236 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2237 :     {
2238 :     $org = $genomes->[$i];
2239 :     next if (! $subsetR->{$org});
2240 :    
2241 :     $duplicates = [];
2242 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2243 :     {
2244 :     if (($rows->[$i]->[$j] =~ /,/) && $subsetC->{$j})
2245 :     {
2246 :     $user = $cgi->param('user');
2247 :     $role = $roles->[$j];
2248 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
2249 :     {
2250 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
2251 :     }
2252 :     else
2253 :     {
2254 :     $abr = "";
2255 :     }
2256 :     push(@$duplicates,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = "fig|$org.peg.$_"; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j])])));
2257 :     }
2258 :     }
2259 :     if (@$duplicates > 0)
2260 :     {
2261 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2262 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2263 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($duplicates)));
2264 :     }
2265 :     }
2266 :     }
2267 :    
2268 :     sub format_excluded {
2269 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2270 :     my($i,$j,$show,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg,@excluded,@in,%in);
2271 :    
2272 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2273 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2274 :    
2275 :     push(@$html,$cgi->h1('To PEGs with Role, but not in Spreadsheet:'));
2276 :    
2277 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2278 :     {
2279 :     $org = $genomes->[$i];
2280 :     next if (! $subsetR->{$org});
2281 :    
2282 :     $show = [];
2283 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2284 :     {
2285 :     next if (! $subsetC->{$j});
2286 :    
2287 :     if ($rows->[$i]->[$j])
2288 :     {
2289 :     @in = map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]);
2290 :     }
2291 :     else
2292 :     {
2293 :     @in = ();
2294 :     }
2295 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
2296 :     $user = $cgi->param('user');
2297 :     $role = $roles->[$j];
2298 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
2299 :     {
2300 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
2301 :     }
2302 :     else
2303 :     {
2304 :     $abr = "";
2305 :     }
2306 :     @excluded = grep { ! $in{$_} } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$org,$roles);
2307 :     if (@excluded > 0)
2308 :     {
2309 :     push(@$show,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } @excluded])));
2310 :     }
2311 :     }
2312 :     if (@$show > 0)
2313 :     {
2314 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2315 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2316 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($show)));
2317 :     }
2318 :     }
2319 :     }
2320 :    
2321 :     sub format_coupled {
2322 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$type,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2323 :     my($i,$j,@show,$user,$org,$link,$gs,$func,$peg,$peg1,$peg2,%in,%seen,%seen2);
2324 :     my(@cluster,$sc,$x,$id2,@in,$sim,@coupled);
2325 :    
2326 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2327 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2328 :    
2329 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2330 :     {
2331 :     $org = $genomes->[$i];
2332 :     next if (! $subsetR->{$org});
2333 :    
2334 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2335 :     {
2336 :     if ($rows->[$i]->[$j] && $subsetC->{$j})
2337 :     {
2338 :     push(@in,map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]));
2339 :     }
2340 :     }
2341 :     }
2342 :    
2343 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
2344 :     $user = $cgi->param('user');
2345 :     @show = ();
2346 :     foreach $peg1 (@in)
2347 :     {
2348 :     if ($type eq "careful")
2349 :     {
2350 :     @coupled = $fig->coupling_and_evidence($peg1,5000,1.0e-10,0.2,1);
2351 :     }
2352 :     else
2353 :     {
2354 :     @coupled = $fig->fast_coupling($peg1,5000,1);
2355 :     }
2356 :    
2357 :     foreach $x (@coupled)
2358 :     {
2359 :     ($sc,$peg2) = @$x;
2360 :     if ((! $in{$peg2}) && ((! $seen{$peg2}) || ($seen{$peg2} < $sc)))
2361 :     {
2362 :     $seen{$peg2} = $sc;
2363 :     # print STDERR "$sc\t$peg1 -> $peg2\n";
2364 :     }
2365 :     }
2366 :     }
2367 :    
2368 :     foreach $peg1 (sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} } keys(%seen))
2369 :     {
2370 :     if (! $seen2{$peg1})
2371 :     {
2372 :     @cluster = ($peg1);
2373 :     $seen2{$peg1} = 1;
2374 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2375 :     {
2376 :     foreach $sim ($fig->sims($cluster[$i],1000,1.0e-10,"fig"))
2377 :     {
2378 :     $id2 = $sim->id2;
2379 :     if ($seen{$id2} && (! $seen2{$id2}))
2380 :     {
2381 :     push(@cluster,$id2);
2382 :     $seen2{$id2} = 1;
2383 :     }
2384 :     }
2385 :     }
2386 :     push(@show, [scalar @cluster,
2387 :     $cgi->br .
2388 :     $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_;
2389 :     $sc = $seen{$peg};
2390 :     $func = $fig->function_of($peg,$user);
2391 :     $gs = $fig->genus_species($fig->genome_of($peg));
2392 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
2393 :     "$sc: $link: $func \[$gs\]" }
2394 :     sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} }
2395 :     @cluster]))
2396 :     ]);
2397 :     }
2398 :     }
2399 :    
2400 :     if (@show > 0)
2401 :     {
2402 :     @show = map { $_->[1] } sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @show;
2403 :     push(@$html,$cgi->h1('Coupled, but not in Spreadsheet:'));
2404 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li(\@show)));
2405 :     }
2406 :     }
2407 :    
2408 :     sub ext_genus_species {
2409 :     my($fig,$genome) = @_;
2410 :    
2411 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
2412 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
2413 :     return "$gs [$c]";
2414 :     }
2415 :    
2416 :     sub show_tree {
2417 :    
2418 :     my($id,$gs);
2419 :     my($tree,$ids) = $fig->build_tree_of_complete;
2420 :     my $relabel = {};
2421 :     foreach $id (@$ids)
2422 :     {
2423 :     if ($gs = $fig->genus_species($id))
2424 :     {
2425 :     $relabel->{$id} = "$gs ($id)";
2426 :     }
2427 :     }
2428 :     $_ = &display_tree($tree,$relabel);
2429 :     print $cgi->pre($_),"\n";
2430 :     }
2431 :    
2432 : olson 1.10 sub export_align_input
2433 :     {
2434 :    
2435 :     }
2436 :    
2437 : overbeek 1.1 sub align_column {
2438 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2439 :     my($colN,@checked,$cutoff);
2440 :    
2441 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2442 :    
2443 : olson 1.10 my $checked;
2444 :    
2445 : overbeek 1.1 if (($colN = &which_column($col,$roles)) &&
2446 :     ((@checked = &seqs_to_align($colN,$genomes,$rows,$subsetR)) > 1))
2447 :     {
2448 :     if ($cutoff = $cgi->param('include_homo'))
2449 :     {
2450 :     my $max = $cgi->param('max_homo');
2451 :     $max = $max ? $max : 100;
2452 :     push(@checked,&get_homologs($fig,\@checked,$cutoff,$max));
2453 :     }
2454 : olson 1.10 $checked = join("\' \'",@checked);
2455 :     }
2456 :     else
2457 :     {
2458 :     push(@$html,"<h1>You need to check at least two sequences</h1>\n");
2459 :     return;
2460 :     }
2461 :    
2462 :    
2463 :     #
2464 :     # See if we want to produce the alignment, or just produce the
2465 :     # input to the alignment.
2466 :     #
2467 :    
2468 :     if ($cgi->param("show_align_input"))
2469 :     {
2470 :     push(@$html, "<pre>\n");
2471 :     my $relabel;
2472 :     foreach my $id (@checked)
2473 :     {
2474 :     my $seq;
2475 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
2476 :     {
2477 :     push(@$html, ">$id\n$seq\n");
2478 :     my $func = $fig->function_of($id);
2479 :     $relabel->{$id} = "$id: $func";
2480 :     }
2481 :     else
2482 :     {
2483 :     push(@$html, "could not find translation for $id\n");
2484 :     }
2485 :     }
2486 :     push(@$html, "\n</pre>\n");
2487 :     }
2488 :     else
2489 :     {
2490 : overbeek 1.1 push(@$html,"<pre>\n");
2491 :     my %org = map { ( $_, $fig->org_of($_) ) } @checked;
2492 :     # Modified by GJO to compress tree and add organism names to tree:
2493 : gdpusch 1.34 # push(@$html,`$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`);
2494 : overbeek 1.1
2495 :     # Simpler version
2496 :     # push @$html, map { chomp;
2497 :     # /^ *\|[ |]*$/ # line that adds only tree height
2498 :     # ? () # remove it
2499 :     # : /- ([a-z]+\|\S+):/ && defined( $org{$1} ) # tree id?
2500 :     # ? "$_ [$org{$1}]\n" # add the name
2501 :     # : "$_\n" # otherwise leave unmodified
2502 : gdpusch 1.34 # } `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`;
2503 : overbeek 1.1
2504 :     # More complex version the preserves double spaced tree tips
2505 :     my $tip = 0;
2506 :     my @out = ();
2507 : overbeek 1.9
2508 : gdpusch 1.34 foreach ( `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'` )
2509 : overbeek 1.1 {
2510 :     chomp;
2511 :     if ( /^ *\|[ |]*$/ ) {} # line that adds only tree height
2512 :     elsif ( /- ([a-z]+\|\S+):/ ) # line with tree tip
2513 :     {
2514 :     if ( defined( $org{$1} ) ) { $_ .= " [$org{$1}]" } # add org
2515 :     if ( $tip ) { push @out, " |\n" } # 2 tips in a row? add line
2516 :     push @out, "$_\n"; # output current line
2517 :     $tip = 1;
2518 :     }
2519 :     else # not a tip
2520 :     {
2521 :     push @out, "$_\n";
2522 :     $tip = 0;
2523 :     }
2524 :     }
2525 :     push(@$html,&set_links($cgi,\@out));
2526 :     push(@$html,"</pre>\n");
2527 :     }
2528 :     }
2529 :    
2530 :     sub which_column {
2531 :     my($col,$roles) = @_;
2532 :     my($i);
2533 :    
2534 :     if (($col =~ /^(\d+)/) && ($1 <= @$roles))
2535 :     {
2536 :     return $1;
2537 :     }
2538 :     else
2539 :     {
2540 :     for ($i=1; ($i < @$roles) && ($roles->[$i] !~ /^$col\t/); $i++) {}
2541 :     return ($i < @$roles) ? $i : undef;
2542 :     }
2543 :     }
2544 :    
2545 :     sub seqs_to_align {
2546 :     my($colN,$genomes,$rows,$subsetR) = @_;
2547 :     my($i);
2548 :    
2549 :     my @seqs = ();
2550 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2551 :     {
2552 :     my $genome = $genomes->[$i];
2553 :     if ($subsetR->{$genome})
2554 :     {
2555 :     push(@seqs,map { "fig|$genome.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$colN]));
2556 :     }
2557 :     }
2558 :     return @seqs;
2559 :     }
2560 :    
2561 :     sub get_homologs {
2562 :     my($fig,$checked,$cutoff,$max) = @_;
2563 :     my($peg,$sim,$id2);
2564 :    
2565 :     my @homologs = ();
2566 :     my %got = map { $_ => 1 } @$checked;
2567 :    
2568 :     foreach $peg (@$checked)
2569 :     {
2570 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,$max,$cutoff,"fig"))
2571 :     {
2572 :     $id2 = $sim->id2;
2573 :     if (! $got{$id2})
2574 :     {
2575 :     push(@homologs,[$sim->psc,$id2]);
2576 :     $got{$id2} = 1;
2577 :     }
2578 :     }
2579 :     }
2580 :     @homologs = map { $_->[1] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @homologs;
2581 :     if (@homologs > $max) { $#homologs = $max-1 }
2582 :    
2583 :     return @homologs;
2584 :     }
2585 :    
2586 :     sub set_links {
2587 :     my($cgi,$out) = @_;
2588 :    
2589 :     my @with_links = ();
2590 :     foreach $_ (@$out)
2591 :     {
2592 :     if ($_ =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)$/)
2593 :     {
2594 :     my($before,$peg,$after) = ($1,$2,$3);
2595 :     push(@with_links, $before . &HTML::fid_link($cgi,$peg) . $after . "\n");
2596 :     }
2597 :     else
2598 :     {
2599 :     push(@with_links,$_);
2600 :     }
2601 :     }
2602 :     return @with_links;
2603 :     }
2604 :    
2605 :     sub backup {
2606 :     my($ssaD) = @_;
2607 :    
2608 :     my $sz1 = &size("$ssaD/spreadsheet") + &size("$ssaD/notes");
2609 :     my $sz2 = &size("$ssaD/spreadsheet~") + &size("$ssaD/notes~");
2610 :     if (abs($sz1-$sz2) > 10)
2611 :     {
2612 :     &make_backup($ssaD);
2613 :     }
2614 :     }
2615 :    
2616 :     sub make_backup {
2617 :     my($ssaD) = @_;
2618 :    
2619 :     &FIG::verify_dir("$ssaD/Backup");
2620 :     my $ts = time;
2621 :     rename("$ssaD/spreadsheet~","$ssaD/Backup/spreadsheet.$ts");
2622 :     rename("$ssaD/notes~","$ssaD/Backup/notes.$ts");
2623 :     &incr_version($ssaD);
2624 :     }
2625 :    
2626 :     sub incr_version {
2627 :     my($dir) = @_;
2628 :     my($ver);
2629 :    
2630 :     if (open(VER,"<$dir/VERSION"))
2631 :     {
2632 :     if (defined($ver = <VER>) && ($ver =~ /^(\S+)/))
2633 :     {
2634 :     $ver = $1;
2635 :     }
2636 :     else
2637 :     {
2638 :     $ver = 0;
2639 :     }
2640 :     close(VER);
2641 :     }
2642 :     else
2643 :     {
2644 :     $ver = 0;
2645 :     }
2646 :     open(VER,">$dir/VERSION") || die "could not open $dir/VERSION";
2647 :     chmod(0777,"$dir/VERSION");
2648 :     $ver++;
2649 :     print VER "$ver\n";
2650 :     }
2651 :    
2652 :    
2653 :     sub size {
2654 :     my($file) = @_;
2655 :    
2656 :     return (-s $file) ? -s $file : 0;
2657 :     }
2658 :    
2659 :     sub reset_ssa {
2660 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2661 :     my($ssa,@spreadsheets,$col_hdrs,$tab,$t,$readable,$url,$link,@tmp);
2662 :    
2663 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) && opendir(BACKUP,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup"))
2664 :     {
2665 :     @spreadsheets = sort { $b <=> $a }
2666 :     map { $_ =~ /^spreadsheet.(\d+)/; $1 }
2667 :     grep { $_ =~ /^spreadsheet/ }
2668 :     readdir(BACKUP);
2669 :     closedir(BACKUP);
2670 :     $col_hdrs = ["When","Number Genomes"];
2671 :     $tab = [];
2672 :     foreach $t (@spreadsheets)
2673 :     {
2674 :     $readable = &FIG::epoch_to_readable($t);
2675 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset_to&ts=$t";
2676 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>$readable</a>";
2677 :     open(TMP,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t")
2678 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t";
2679 :     $/ = "//\n";
2680 :     $_ = <TMP>;
2681 :     $_ = <TMP>;
2682 :     $_ = <TMP>;
2683 :     chomp;
2684 :     $/ = "\n";
2685 :    
2686 :     @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+/ } split(/\n/,$_);
2687 :     push(@$tab,[$link,scalar @tmp]);
2688 :     }
2689 :     }
2690 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Possible Points to Reset From"));
2691 :     }
2692 :    
2693 :     sub reset_ssa_to {
2694 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2695 :     my($ts,$ssa);
2696 :    
2697 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2698 :     ($ts = $cgi->param('ts')) &&
2699 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts"))
2700 :     {
2701 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
2702 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
2703 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts")
2704 :     {
2705 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes";
2706 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
2707 :     }
2708 :     push(@$html,$cgi->h1("Reset"));
2709 :     }
2710 :     }
2711 :    
2712 :     sub make_exchangable {
2713 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2714 :     my($ssa);
2715 :    
2716 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2717 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet") &&
2718 :     open(TMP,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2719 :     {
2720 :     print TMP "1\n";
2721 :     close(TMP);
2722 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2723 :     }
2724 :     }
2725 :    
2726 :     sub make_unexchangable {
2727 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2728 :     my($ssa);
2729 :    
2730 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2731 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2732 :     {
2733 :     unlink("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2734 :     }
2735 :     }
2736 :    
2737 :     sub fid_links {
2738 : overbeek 1.36 my($cgi,$entry,$genome,$suff) = @_;
2739 : overbeek 1.1 my($pegN);
2740 :    
2741 :     my @links = ();
2742 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry->[0]))
2743 :     {
2744 : overbeek 1.36 push(@links,&HTML::fid_link($cgi,"fig|$genome.peg.$pegN","local") . $suff);
2745 : overbeek 1.1 }
2746 : overbeek 1.36 return @links;
2747 : overbeek 1.1 }
2748 :    
2749 :     sub group_by_clusters {
2750 :     my($fig,$genome,$tmp) = @_;
2751 :     my(@pegs,$entry,$pegN,%pegs,$peg,$peg1,%conn,%seen,@entries);
2752 :     my($i,$x,@cluster,@clusters,%in,$best,$cluster,$which,$colors);
2753 :    
2754 :     if (! $cgi->param('show_clusters'))
2755 :     {
2756 :     return map { [$_,"#FFFFFF"] } @$tmp;
2757 :     }
2758 :    
2759 :     @pegs = ();
2760 :     foreach $entry (@$tmp)
2761 :     {
2762 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2763 :     {
2764 :     push(@pegs,"fig|$genome.peg.$pegN");
2765 :     }
2766 :     }
2767 :     %pegs = map { $_ => 1 } @pegs;
2768 : overbeek 1.2 @pegs = keys(%pegs);
2769 : overbeek 1.1
2770 :     foreach $peg (@pegs)
2771 :     {
2772 :     foreach $peg1 (grep { $pegs{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))
2773 :     {
2774 :     push(@{$conn{$peg}},$peg1);
2775 :     }
2776 :     }
2777 :    
2778 :     @clusters = ();
2779 :     while ($peg = shift @pegs)
2780 :     {
2781 :     if (! $seen{$peg})
2782 :     {
2783 :     @cluster = ($peg);
2784 :     $seen{$peg} = 1;
2785 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2786 :     {
2787 :     $x = $conn{$cluster[$i]};
2788 :     foreach $peg1 (@$x)
2789 :     {
2790 :     if (! $seen{$peg1})
2791 :     {
2792 :     push(@cluster,$peg1);
2793 :     $seen{$peg1} = 1;
2794 :     }
2795 :     }
2796 :     }
2797 :     push(@clusters,[@cluster]);
2798 :     }
2799 :     }
2800 :    
2801 :     @clusters = sort { @$b <=> @$a } @clusters;
2802 :     for ($i=0; ($i < @clusters); $i++)
2803 :     {
2804 :     $cluster = $clusters[$i];
2805 :     foreach $peg (@$cluster)
2806 :     {
2807 :     $peg =~ /(\d+)$/;
2808 :     $in{$1} = $i;
2809 :     }
2810 :     }
2811 :    
2812 :     $colors =
2813 :     [
2814 :     '#C0C0C0',
2815 :     '#FF40C0',
2816 :     '#FF8040',
2817 :     '#FF0080',
2818 :     '#FFC040',
2819 :     '#40C0FF',
2820 :     '#40FFC0',
2821 :     '#C08080',
2822 :     '#C0FF00',
2823 :     '#00FF80',
2824 :     '#00C040'
2825 :     ];
2826 :    
2827 :     @entries = ();
2828 :     foreach $entry (@$tmp)
2829 :     {
2830 :     $best = undef;
2831 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2832 :     {
2833 :     $which = $in{$pegN};
2834 :     if ((! defined($best)) || ($best > $which))
2835 :     {
2836 :     $best = $which;
2837 :     }
2838 :     }
2839 :    
2840 :     if (defined($best) && (@{$clusters[$best]} > 1) && ($best < @$colors))
2841 :     {
2842 :     push(@entries,[$entry,$colors->[$best]]);
2843 :     }
2844 :     else
2845 :     {
2846 :     push(@entries,[$entry,'#FFFFFF']);
2847 :     }
2848 :     }
2849 :     return @entries;
2850 :     }

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