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Annotation of /FigWebServices/ssa2.cgi

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Revision 1.40 - (view) (download)

1 : gdpusch 1.34 # -*- perl -*-
2 : overbeek 1.26
3 : overbeek 1.1 use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 :     use HTML;
7 :     use strict;
8 :     use tree_utilities;
9 :    
10 :     use CGI;
11 :     my $cgi = new CGI;
12 :    
13 :     if (0)
14 :     {
15 :     my $VAR1;
16 :     eval(join("",`cat /tmp/ssa_parms`));
17 :     $cgi = $VAR1;
18 : overbeek 1.36 # print STDERR &Dumper($cgi);
19 : overbeek 1.1 }
20 :    
21 :     if (0)
22 :     {
23 :     print $cgi->header;
24 :     my @params = $cgi->param;
25 :     print "<pre>\n";
26 :     foreach $_ (@params)
27 :     {
28 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
29 :     }
30 :    
31 :     if (0)
32 :     {
33 :     if (open(TMP,">/tmp/ssa_parms"))
34 :     {
35 :     print TMP &Dumper($cgi);
36 :     close(TMP);
37 :     }
38 :     }
39 :     exit;
40 :     }
41 :    
42 :     my $request = $cgi->param("request");
43 :     if ($request && ($request eq "show_tree"))
44 :     {
45 :     print $cgi->header;
46 :     &show_tree;
47 :     exit;
48 :     }
49 :    
50 : redwards 1.40 # RAE: Added a title to the page
51 :     my $html = ["<title>The SEED: Subsytems Analysis</title>\n"];
52 : overbeek 1.1
53 :     my $user = $cgi->param('user');
54 :     if ((! $user) || ($user !~ /^master:\S+/))
55 :     {
56 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, you need to specify a master user to modify subsystem annotations"));
57 :     }
58 : olson 1.10 elsif ($cgi->param("export_align_input"))
59 :     {
60 :     print $cgi->header;
61 :     print "exporting alignment input\n";
62 :     exit;
63 :     }
64 : olson 1.17 elsif ($cgi->param("extend_with_billogix"))
65 :     {
66 :     #
67 :     # Start a bg task to extend the subsystem.
68 :     #
69 :    
70 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
71 :     my $user = $cgi->param('user');
72 :    
73 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
74 :    
75 :     TEST:
76 :     {
77 :     if ($sub)
78 :     {
79 :     #
80 :     # See if there's already an extend job running.
81 :     #
82 :    
83 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
84 :     if ($curpid)
85 :     {
86 :     warn "Found current pid $curpid\n";
87 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
88 :     warn "job is $j\n";
89 : olson 1.18 warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
90 : olson 1.17 if ($j && $j->running())
91 :     {
92 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
93 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
94 :     last;
95 :     }
96 :     }
97 :    
98 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {
99 :     $sub->extend_with_billogix($user);
100 :     });
101 :    
102 :     push(@$html,
103 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
104 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
105 :    
106 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
107 :     }
108 :     else
109 :     {
110 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
111 :     }
112 :     }
113 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
114 :    
115 :     exit;
116 :    
117 :     }
118 : overbeek 1.1 else
119 :     {
120 :     $request = defined($request) ? $request : "";
121 :    
122 :     if ($request eq "reset")
123 :     {
124 :     &reset_ssa($fig,$cgi,$html);
125 :     }
126 :     elsif ($request eq "reset_to")
127 :     {
128 :     &reset_ssa_to($fig,$cgi,$html);
129 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
130 :     }
131 :     elsif ($request eq "make_exchangable")
132 :     {
133 :     &make_exchangable($fig,$cgi,$html);
134 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
135 :     }
136 :     elsif ($request eq "make_unexchangable")
137 :     {
138 :     &make_unexchangable($fig,$cgi,$html);
139 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
140 :     }
141 :     elsif ($request eq "show_ssa")
142 :     {
143 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
144 :     }
145 :     elsif ($request eq "show_ssa_noload")
146 :     {
147 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
148 :     }
149 : olson 1.8 #
150 :     # Note that this is a little different; I added another submit button
151 :     # to the delete_or_export_ssa form, so have to distinguish between them
152 :     # here based on $cgi->param('delete_export') - the original button,
153 :     # or $cgi->param('publish') - the new one.
154 :     #
155 :     elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
156 :     defined($cgi->param('delete_export')))
157 : overbeek 1.1 {
158 :     my($ssa,$exported);
159 :     $exported = 0;
160 :     foreach $ssa ($cgi->param('export'))
161 :     {
162 :     if (! $exported)
163 :     {
164 :     print $cgi->header;
165 :     print "<pre>\n";
166 :     }
167 :     &export($fig,$cgi,$ssa);
168 :     $exported = 1;
169 :     }
170 :    
171 :     foreach $ssa ($cgi->param('export_assignments'))
172 :     {
173 :     &export_assignments($fig,$cgi,$ssa);
174 :     }
175 :    
176 :     foreach $ssa ($cgi->param('delete'))
177 :     {
178 : olson 1.28 my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
179 :     $sub->delete_indices();
180 :    
181 : olson 1.33 my $cmd = "rm -rf '$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa'";
182 : olson 1.14 my $rc = system $cmd;
183 : overbeek 1.1 }
184 :    
185 :     if (! $exported)
186 :     {
187 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
188 :     }
189 :     else
190 :     {
191 :     print "</pre>\n";
192 :     exit;
193 :     }
194 :     }
195 : olson 1.8 elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
196 :     defined($cgi->param('publish')))
197 :     {
198 :     my($ssa,$exported);
199 :     my($ch) = $fig->get_clearinghouse();
200 :    
201 :     print $cgi->header;
202 :    
203 :     if (!defined($ch))
204 :     {
205 :     print "cannot publish: clearinghouse not available\n";
206 :     exit;
207 :     }
208 :    
209 :     foreach $ssa ($cgi->param('publish_to_clearinghouse'))
210 :     {
211 :     print "<h2>Publishing $ssa to clearinghouse...</h2>\n";
212 :     $| = 1;
213 :     print "<pre>\n";
214 :     my $res = $fig->publish_subsystem_to_clearinghouse($ssa);
215 :     print "</pre>\n";
216 :     if ($res)
217 :     {
218 :     print "Published <i>$ssa </i> to clearinghouse<br>\n";
219 :     }
220 :     else
221 :     {
222 :     print "<b>Failed</b> to publish <i>$ssa</i> to clearinghouse<br>\n";
223 :     }
224 :     }
225 :     exit;
226 :     }
227 : overbeek 1.26 elsif (($request eq "new_ssa") && ($cgi->param('copy_from1')) && (! $cgi->param('cols_to_take1')))
228 :     {
229 :     my $user = $cgi->param('user');
230 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
231 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
232 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
233 :     my(@roles1,@roles2);
234 :    
235 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
236 :     -method => 'post'),
237 :     $cgi->hidden(-name => 'copy_from1', -value => $copy_from1, -override => 1),
238 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
239 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
240 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1)
241 :     );
242 :    
243 :     @roles1 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from1);
244 :     if (@roles1 > 0)
245 :     {
246 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from1"),
247 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take1',
248 :     -values => ['all',@roles1],
249 :     -size => 10,
250 :     -multiple => 1
251 :     ),
252 :     $cgi->hr
253 :     );
254 :     }
255 :    
256 :     if ($copy_from2)
257 :     {
258 :     @roles2 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from2);
259 :     if (@roles2 > 0)
260 :     {
261 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'copy_from2', -value => $copy_from2, -override => 1));
262 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from2"),
263 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take2',
264 :     -values => ['all',@roles2],
265 :     -size => 10,
266 :     -multiple => 1
267 :     ),
268 :     $cgi->hr
269 :     );
270 :     }
271 :     }
272 :     push(@$html,$cgi->submit('build new subsystem'),
273 :     $cgi->end_form
274 :     );
275 :     }
276 : overbeek 1.1 elsif ($request eq "new_ssa")
277 :     {
278 :     &new_ssa($fig,$cgi,$html);
279 :     }
280 :     else
281 :     {
282 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
283 :     }
284 :     }
285 :    
286 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
287 :    
288 : overbeek 1.26
289 : overbeek 1.1 sub show_initial {
290 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
291 :     my($set,$when,$comment);
292 :    
293 :     my $user = $cgi->param('user');
294 :     my @ssa = &existing_subsystem_annotations;
295 :    
296 :     if (@ssa > 0)
297 :     {
298 : overbeek 1.3 &format_ssa_table($cgi,$html,$user,\@ssa);
299 : overbeek 1.1 }
300 :    
301 :     my $target = "window$$";
302 : overbeek 1.24 push(@$html, $cgi->h1('To Start or Copy a Subsystem'),
303 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
304 : overbeek 1.1 -target => $target,
305 :     -method => 'post'),
306 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
307 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1),
308 : overbeek 1.24 "Name of New Subsystem: ",
309 : overbeek 1.1 $cgi->textfield(-name => "ssa_name", -size => 50),
310 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => 1, -override => 1),
311 : overbeek 1.1 $cgi->br,
312 : overbeek 1.26
313 : overbeek 1.24 "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
314 : overbeek 1.26 $cgi->textfield(-name => "copy_from1", -size => 50),
315 : overbeek 1.24 $cgi->br,
316 : overbeek 1.26
317 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
318 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from2", -size => 50),
319 :     $cgi->br,
320 :    
321 : overbeek 1.24 $cgi->submit('start new subsystem'),
322 : overbeek 1.27 $cgi->end_form,
323 :     "<br>You can start a subsystem from scratch, in which case you should leave these two \"copy from\"
324 :     fields blank. If you wish to just copy a subsystem (in order to become the owner so that you can modify it),
325 :     just fill in one of the \"copy from\" fields with the name of the subsystem you wish to copy. If you wish to
326 :     extract a a subset of the columns to build a smaller spreadsheet (which could later be merged with another one),
327 :     fill in the name of the subsystem. You will be prompted for the columns that you wish to extract (choose <i>all</i> to
328 :     just copy all of the columns). Finally, if you wish to build a new spreadsheet by including columns from two existing
329 :     spreadsheets (including a complete merger), fill in the names of both the existing \"copy from\" subsystems"
330 : overbeek 1.1 );
331 :     }
332 :    
333 :     sub new_ssa {
334 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
335 :    
336 :     my $user = $cgi->param('user');
337 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
338 :    
339 :     if (! $user)
340 :     {
341 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user before starting a new subsystem annotation'));
342 :     return;
343 :     }
344 :    
345 :     if (! $name)
346 :     {
347 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem name'));
348 :     return;
349 :     }
350 :    
351 :     my $ssa = $name;
352 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
353 : overbeek 1.1 &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Subsystems");
354 :    
355 :     if (-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa")
356 :     {
357 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a new subsystem name; $ssa already is being used"));
358 :     return;
359 :     }
360 :     mkdir("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa",0777)
361 :     || die "could not make $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa";
362 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
363 :    
364 :     open(LOG,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log")
365 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log";
366 :     my $time = time;
367 :     print LOG "$time\t$user\tstarted\n";
368 :     close(LOG);
369 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
370 :    
371 : overbeek 1.26 my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
372 :     $copy_from1 =~ s/[ \/]/_/g;
373 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
374 :     $copy_from2 =~ s/[ \/]/_/g;
375 :     my @cols_to_take1 = $cgi->param('cols_to_take1');
376 :     my @cols_to_take2 = $cgi->param('cols_to_take2');
377 :     my @subsys = ([],[],{}); # ([[Abbrev1,Role1],[Abbrev2,Role2],...],[Genome1,Genome2,...],PegHash)
378 :     # PegHash keys are of the form "$genome\t$role"
379 :     if ($copy_from1 && (@cols_to_take1 > 0))
380 :     {
381 :     &add_to_subsys($fig,$copy_from1,\@cols_to_take1,\@subsys);
382 :     }
383 :    
384 :     if ($copy_from2 && (@cols_to_take2 > 0))
385 : overbeek 1.24 {
386 : overbeek 1.26 &add_to_subsys($fig,$copy_from2,\@cols_to_take2,\@subsys);
387 :     }
388 :     if ((@{$subsys[0]} > 0) && (@{$subsys[1]} > 0))
389 :     {
390 :     # the following is a little ugly. In order to merge PEGs from two tables,
391 :     # subsys[2]->{$key} was made a hash keyed on peg IDs with values of 1. The
392 :     # write_subsystem_spreadsheet routine expects a list of peg IDs instead. The
393 :     # conversion is straightforward, but a bit opaque.
394 :     foreach $_ (keys(%{$subsys[2]}))
395 : overbeek 1.24 {
396 : overbeek 1.26 $subsys[2]->{$_} = [keys(%{$subsys[2]->{$_}})];
397 :     }
398 :     $fig->write_subsystem_spreadsheet($ssa,$subsys[0],$subsys[1],$subsys[2]);
399 :    
400 :     if ($copy_from1 && (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from1/notes"))
401 :     {
402 :     &FIG::run("cat \"$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from1/notes\" >> \"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes\"");
403 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
404 :     }
405 :    
406 :     if ($copy_from2 && (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from2/notes"))
407 :     {
408 :     &FIG::run("cat \"$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from2/notes\" >> \"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes\"");
409 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
410 : overbeek 1.24 }
411 :     }
412 : overbeek 1.26 $cgi->param(-name => "can_alter",
413 :     -value => 1);
414 : overbeek 1.1 &show_ssa($fig,$cgi,$html);
415 :     }
416 :    
417 : overbeek 1.26 sub add_to_subsys {
418 :     my($fig,$from,$cols,$subsys) = @_;
419 :     my($genomes,@genomes,$role,$genome,$peg);
420 :     my($roles,%to_add,@to_add);
421 :    
422 :     (undef,undef,undef,$roles) = $fig->subsystem_info($from);
423 :     my $all = grep { $_ eq "all" } @$cols;
424 :    
425 :     if (! $all)
426 :     {
427 :     %to_add = map { $_ => 1 } @$cols;
428 :     @to_add = grep { $to_add{$_->[1]} } @$roles; # list of [Abbrev,Role] now
429 :     }
430 :     else
431 :     {
432 :     @to_add = @$roles;
433 :     }
434 :     &add_cols($subsys,\@to_add);
435 :     $genomes = $fig->subsystem_genomes($from);
436 :     @genomes = map { $_->[0] } @$genomes;
437 :     &add_genomes($subsys,\@genomes);
438 :    
439 :     foreach $role (map { $_->[1] } @to_add)
440 :     {
441 :     foreach $genome (@genomes)
442 :     {
443 :     foreach $peg ($fig->pegs_in_subsystem_cell($from,$genome,$role))
444 :     {
445 :     $subsys->[2]->{"$genome\t$role"}->{$peg} = 1;
446 :     }
447 :     }
448 :     }
449 :     }
450 :    
451 :     sub add_cols {
452 :     my($subsys,$roles) = @_;
453 :     my($genome,$i,$role);
454 :    
455 :     foreach $role (@$roles)
456 :     {
457 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[0]}) && ($role->[1] ne $subsys->[0]->[$i]->[1]); $i++) {}
458 :     if ($i == @{$subsys->[0]})
459 :     {
460 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[0]}) && ($subsys->[0]->[$i]->[0] ne $role->[0]); $i++) {}
461 :     if ($i < @{$subsys->[0]})
462 :     {
463 :     $role->[0] .= "*"; # needed to disambiguate abbreviations
464 :     }
465 :     push(@{$subsys->[0]},$role);
466 :     }
467 :     }
468 :     }
469 :    
470 :     sub add_genomes {
471 :     my($subsys,$genomes) = @_;
472 :     my($genome,$i);
473 :    
474 :     foreach $genome (@$genomes)
475 :     {
476 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[1]}) && ($genome ne $subsys->[1]->[$i]); $i++) {}
477 :     if ($i == @{$subsys->[1]})
478 :     {
479 :     push(@{$subsys->[1]},$genome);
480 :     }
481 :     }
482 :     }
483 :    
484 : overbeek 1.1 sub show_ssa {
485 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
486 :    
487 :     my $user = $cgi->param('user');
488 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
489 :    
490 :     if (! $user)
491 :     {
492 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
493 :     return;
494 :     }
495 :    
496 :     if (! $ssa)
497 :     {
498 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
499 :     return;
500 :     }
501 :    
502 :     my $name = $ssa;
503 :     $name =~ s/_/ /g;
504 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
505 : overbeek 1.1
506 :     if (open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
507 :     {
508 :     $/ = "//\n";
509 :     my($i,$role,%pos,$subset,$adj_subset,$genome,$row,$abbrev);
510 :     if (defined($_ = <SSA>) && $_)
511 :     {
512 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
513 :     $i = 1;
514 :     foreach $role (split(/\n/,$_))
515 :     {
516 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
517 :     {
518 :     $role = $2;
519 :     $abbrev = $1;
520 :     }
521 :     else
522 :     {
523 :     $abbrev = "";
524 :     }
525 :     $cgi->param(-name => "posR$i", -value => $i);
526 :     $cgi->param(-name => "role$i", -value => $role);
527 :     $cgi->param(-name => "abbrev$i", -value => $abbrev);
528 :     $pos{$role} = $i;
529 :     $i++;
530 :     }
531 : overbeek 1.3
532 : overbeek 1.1 if (defined($_ = <SSA>) && $_)
533 :     {
534 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
535 :     my($subsetsC,$subsetsR) = split(/\n\n/,$_);
536 :     $i = 1;
537 :     my @subsetsC = split(/\n/,$subsetsC);
538 :     my $active_subsetC = (@subsetsC > 0) ? pop @subsetsC : "All";
539 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC);
540 :     foreach $subset (@subsetsC)
541 :     {
542 :     my($nameCS,@subset_members) = split(/\s+/,$subset);
543 :     $cgi->param(-name => "nameCS$i", -value => $nameCS);
544 :     $adj_subset = join(" ",map { $pos{$_} ? $pos{$_} : $_ } @subset_members);
545 :     $cgi->param(-name => "subsetC$i", -value => $adj_subset);
546 :     $i++;
547 :     }
548 :    
549 :     my $active_subsetR = ($subsetsR && ($subsetsR =~ /^(\S[^\n]+\S)/)) ? $1 : "All";
550 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetR', -value => $active_subsetR);
551 :     $/ = "\n";
552 :     $i = 1;
553 : overbeek 1.9 my(%seen);
554 : overbeek 1.1 while (defined($_ = <SSA>))
555 :     {
556 :     chop;
557 :     my($entry,$checked);
558 :     my @row = split(/\t/,$_);
559 : overbeek 1.35 next if (($seen{$row[0]}) || ($row[0] =~ /^99999/));
560 : overbeek 1.9 $seen{$row[0]} = 1;
561 :    
562 : overbeek 1.1 if (@row > 0)
563 :     {
564 :     $genome = shift @row;
565 :     $cgi->param(-name => "genome$i", -value => $genome);
566 :     $checked = shift @row;
567 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => $checked);
568 :     }
569 :     else
570 :     {
571 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => 0);
572 :     }
573 :    
574 :     my $j = 1;
575 :     foreach $entry (@row)
576 :     {
577 :     $cgi->param(-name => "row$i.$j", -value => $entry);
578 :     $j++;
579 :     }
580 :     $i++;
581 :     }
582 :     }
583 :     close(SSA);
584 :     }
585 : overbeek 1.3
586 : overbeek 1.1 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
587 :     {
588 : olson 1.22 my $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
589 : overbeek 1.31 if (! $notes)
590 :     {
591 :     confess "BAD notes";
592 :     }
593 : overbeek 1.1 $cgi->param(-name => 'notes', -value => $notes);
594 :     }
595 :     }
596 :     else
597 :     {
598 :     &format_empty_ssa("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
599 :     }
600 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
601 :     }
602 :    
603 :     sub format_empty_ssa {
604 :     my($file) = @_;
605 :    
606 :     open(SSA,">$file") || die "aborted";
607 :     print SSA "//\nAll\n\n";
608 :     &print_default_genome_set(\*SSA);
609 :     print SSA "//\n";
610 :     close(SSA);
611 :     }
612 :    
613 :     sub print_default_genome_set {
614 :     my($fh) = @_;
615 :    
616 :     print $fh &default_genome_set, "\n";
617 :     }
618 :    
619 :     sub default_genome_set {
620 :     return "All";
621 :     }
622 :    
623 :     sub show_ssa_noload {
624 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
625 :     my($col);
626 :    
627 :     my $user = $cgi->param('user');
628 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
629 : overbeek 1.5 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
630 : overbeek 1.1 if (! $user)
631 :     {
632 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
633 :     return;
634 :     }
635 :    
636 :     if (! $ssa)
637 :     {
638 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
639 :     return;
640 :     }
641 :    
642 :     my $name = $ssa;
643 :     $name =~ s/_/ /g;
644 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
645 : overbeek 1.1
646 :     push(@$html, $cgi->h1("Subsystem: $name"),
647 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
648 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
649 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
650 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'show_ssa_noload', -override => 1),
651 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
652 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
653 :     $cgi->br,
654 :     );
655 :    
656 :     my($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows) = &write_spreadsheet_from_input_parameters($fig,$cgi,$html,$ssa,$user);
657 : overbeek 1.36
658 : overbeek 1.1 &format_roles($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows);
659 :     &format_subsets($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
660 :     &format_rows($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
661 :    
662 : overbeek 1.5 if ($can_alter)
663 : overbeek 1.3 {
664 :     &format_extend_with($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles);
665 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
666 :     push(@$html,$cgi->br);
667 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
668 :     }
669 :     else
670 :     {
671 :     push(@$html,$cgi->br);
672 :     push(@$html,$cgi->submit('show spreadsheet'),$cgi->br);
673 : olson 1.11
674 : overbeek 1.3 }
675 : olson 1.17
676 : olson 1.11 push(@$html, $cgi->a({href => "ss_export.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa"},
677 :     "Export subsystem data"),
678 :     $cgi->br);
679 :    
680 : overbeek 1.38 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'ignore_alt', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'ignore alternatives'),$cgi->br);
681 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_clusters', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show clusters'),$cgi->br);
682 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing'),$cgi->br);
683 : overbeek 1.24 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches'),
684 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
685 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
686 :     $cgi->br
687 :     );
688 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'refill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'refill spreadsheet from scratch'),$cgi->br);
689 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_dups', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show duplicates'),$cgi->br);
690 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_problems', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs in roles that do not match precisely'),$cgi->br);
691 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_excluded', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs that have roles, but not in spreadsheet'),$cgi->br);
692 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'add_solid', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'Add Genomes with Solid Hits'),$cgi->br);
693 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled_fast', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs fast [depends on existing pins/clusters]'),$cgi->br);
694 : overbeek 1.3 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs[figure 2 minutes per PEG in spreadsheet]'),$cgi->br);
695 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->br,"Align column: ",
696 :     $cgi->textfield(-name => "col_to_align", -size => 7),
697 : olson 1.10 $cgi->checkbox(-name => "show_align_input", -checked => 0,
698 :     -label => "show input to alignment tool"),
699 : overbeek 1.1 $cgi->br,"Include homologs that pass the following threshhold: ",
700 :     $cgi->textfield(-name => "include_homo", -size => 10)," (leave blank to see just column)",
701 :     " Max homologous seqs: ",$cgi->textfield(-name => "max_homo", -value => 100, -size => 6),
702 : olson 1.17 );
703 :    
704 :     if ($can_alter)
705 :     {
706 :     push(@$html,
707 :     $cgi->p,
708 :     $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension",
709 :     -name => "extend_with_billogix"),
710 :     $cgi->br);
711 :     }
712 :     push(@$html, $cgi->hr);
713 : overbeek 1.1
714 :     if ($cgi->param('show_missing'))
715 :     {
716 :     &format_missing($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
717 :     }
718 :    
719 : olson 1.15 if ($cgi->param('show_missing_including_matches'))
720 :     {
721 : olson 1.16 #
722 :     # Need to end the form that was started above; hope that doesn't cause problems.
723 :     #
724 :     push(@$html, $cgi->end_form);
725 :    
726 : olson 1.15 &format_missing_including_matches($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
727 :     }
728 :    
729 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('show_dups'))
730 :     {
731 :     &format_dups($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
732 :     }
733 :    
734 :     if ($cgi->param('show_excluded'))
735 :     {
736 :     &format_excluded($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
737 :     }
738 :    
739 :     if ($cgi->param('show_coupled'))
740 :     {
741 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"careful",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
742 :     }
743 :     elsif ($cgi->param('show_coupled_fast'))
744 :     {
745 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"fast",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
746 :     }
747 :    
748 :     if ($col = $cgi->param('col_to_align'))
749 :     {
750 :     &align_column($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR);
751 :     }
752 :    
753 : overbeek 1.26 my $notes = $cgi->param('notes');;
754 :     if ((-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes") && (! $notes))
755 : overbeek 1.1 {
756 : olson 1.22 $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
757 : overbeek 1.31 if (! $notes)
758 :     {
759 :     confess "BAD notes";
760 :     }
761 : overbeek 1.1 }
762 :     push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
763 :     }
764 :    
765 :     sub format_extend_with {
766 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;
767 :     my($org,$gs);
768 :    
769 :     # if (@$genomes > 0)
770 :     # {
771 :     my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;
772 :     my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); "$gs ($org)" }
773 :     grep { ! $genomes{$_} }
774 :     $fig->genomes("complete",undef);
775 :     push(@$html,
776 :     $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),
777 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
778 :     -values => [@orgs],
779 :     -size => 10,
780 :     -multiple => 1
781 :     ),
782 :     $cgi->hr
783 :     );
784 :     # }
785 :     # else
786 :     # {
787 :     # my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","not checked","checked"];
788 :     # my @checked = $cgi->radio_group(-name => 'vcode1',-values => [0,1], -nolabels => 1, -override => 1);
789 :     # my $row = [$cgi->textfield(-name => "genome1", -size => 15),"",@checked];
790 :     # my $i = 1;
791 :     # my $role;
792 :     # while ($i < @$roles)
793 :     # {
794 :     # push(@$row,$cgi->textfield(-name => "row1.$i", -size => 15));
795 :     # $i++;
796 :     # }
797 :     # my $tab = [$row];
798 :     # push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
799 :     # $cgi->hr
800 :     # );
801 :     # }
802 :     }
803 :    
804 :     sub format_rows {
805 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
806 :    
807 :     my($i);
808 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
809 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
810 : overbeek 1.36
811 : overbeek 1.1 if (@$rows > 0)
812 :     {
813 :     my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
814 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
815 :     {
816 :     if ($roles->[$i])
817 :     {
818 :     if ($subsetC->{$i})
819 :     {
820 :     if ($roles->[$i] =~ /^(.*\S.*)\t(.*)$/)
821 :     {
822 :     push(@$col_hdrs,$1);
823 :     }
824 :     else
825 :     {
826 :     push(@$col_hdrs,$i);
827 :     }
828 :     }
829 :     }
830 :     }
831 : overbeek 1.36 my $tab = &format_existing_rows($fig,$cgi,$html,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs);
832 :     ($col_hdrs,$tab) = &format_alternatives($cgi,$subsetC,$subsetsC,$col_hdrs,$tab);
833 : overbeek 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
834 :     $cgi->hr
835 :     );
836 :    
837 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'sort',
838 :     -value => ['unsorted','alphabetic','by_variant','by_phylo','by_tax_id'],
839 :     -default => 'unsorted'
840 :     ));
841 :     }
842 :     }
843 :    
844 : overbeek 1.36 sub format_alternatives {
845 :     my($cgi,$subsetC,$subsetsC,$col_hdrs,$tab) = @_;
846 :     my($tab1,$i,%in,$col,$set,%seen,$genome,$row,$cell);
847 :    
848 :     my @start = sort { $a <=> $b } keys(%$subsetC);
849 : overbeek 1.38 my $expand = $cgi->param('ignore_alt');
850 : overbeek 1.36 my @alt_sets = grep { (! $expand) && ($_ =~ /^\*/) } keys(%$subsetsC);
851 :     foreach $set (@alt_sets) # map { [ sort { $a <=> $b } keys(%{$subsetsC->{$_}}) ] }
852 :     {
853 :     foreach $col (keys(%{$subsetsC->{$set}}))
854 :     {
855 :     $in{$col} = $set;
856 :     }
857 :     }
858 :     my $col_hdrsC = [];
859 :     push(@$col_hdrsC,@{$col_hdrs}[0..2]);
860 :     for ($i=0; ($i < @start); $i++)
861 :     {
862 :     if ($in{$start[$i]})
863 :     {
864 :     if (! $seen{$in{$start[$i]}})
865 :     {
866 :     push(@$col_hdrsC,$in{$start[$i]});
867 :     $seen{$in{$start[$i]}} = 1;
868 :     }
869 :     }
870 :     else
871 :     {
872 :     push(@$col_hdrsC,$col_hdrs->[$i+3]);
873 :     }
874 :     }
875 :    
876 :     $tab1 = [];
877 :     my $x;
878 :     foreach $x (@$tab)
879 :     {
880 :     if ((@$tab1 > 0) && ((@$tab1 % 10) == 0))
881 :     {
882 :     push(@$tab1,[map { "<b>$_</b>" } @$col_hdrsC]) ;
883 :     }
884 :     $genome = $x->[0]->[0];
885 :     $row = [$x->[1],$x->[2],$x->[3]];
886 :     undef %seen;
887 :     my @pegs = ();
888 :     my @colors = ();
889 :     for ($i=0,$cell=0; ($i < @start); $i++)
890 :     {
891 :     if ($in{$start[$i]})
892 :     {
893 :     if (! defined($seen{$in{$start[$i]}}))
894 :     {
895 :     push(@{$pegs[$cell]},&fid_links($cgi,$x->[$i+4],$genome,"-$start[$i]"));
896 : overbeek 1.39 push(@colors,$x->[$i+4]->[1]);
897 : overbeek 1.36 $seen{$in{$start[$i]}} = $cell;
898 :     $cell++;
899 :     }
900 :     else
901 :     {
902 :     push(@{$pegs[$seen{$in{$start[$i]}}]},&fid_links($cgi,$x->[$i+4],$genome,"-$start[$i]"));
903 : overbeek 1.39 if (($colors[$seen{$in{$start[$i]}}] eq '#FFFFFF') && ($x->[$i+4]->[1] ne '#FFFFFF'))
904 :     {
905 :     $colors[$seen{$in{$start[$i]}}] = $x->[$i+4]->[1];
906 :     }
907 : overbeek 1.36 }
908 :     }
909 :     else
910 :     {
911 :     push(@{$pegs[$cell]},&fid_links($cgi,$x->[$i+4],$genome,""));
912 : overbeek 1.39 push(@colors,$x->[$i+4]->[1]);
913 : overbeek 1.36 $cell++;
914 :     }
915 :     }
916 :     my $color = &pick_color(@colors);
917 : overbeek 1.39 my $j;
918 :     for ($j=0; ($j < @pegs); $j++)
919 :     {
920 :     push(@$row,"\@bgcolor=\"$colors[$j]\"\:" . join("<br>",@{$pegs[$j]}));
921 :     }
922 :     # push(@$row,map { "\@bgcolor=\"$color\"\:" . join("<br>",$_ ? @$_ : ()) } @pegs);
923 : overbeek 1.36 push(@$tab1,$row);
924 :     }
925 :     return ($col_hdrsC,$tab1);
926 :     }
927 :    
928 :     sub pick_color {
929 :     my(@colors) = @_;
930 :     my($color,$i,@tmp,%count);
931 :    
932 :     my %counts;
933 :     foreach $color (@colors)
934 :     {
935 :     $count{$color}++;
936 :     }
937 :     @tmp = sort { $count{$b} <=> $count{$a} } keys(%count);
938 :     for ($i=0; ($i < @tmp) && ($tmp[$i] eq '#FFFFFF'); $i++) {}
939 :     return ($i == @tmp) ? '#FFFFFF' : $tmp[$i];
940 :     }
941 :    
942 : overbeek 1.1 sub format_existing_rows {
943 : overbeek 1.36 my($fig,$cgi,$html,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs) = @_;
944 : overbeek 1.1 my($i,$j,$genome,$row,$entries);
945 :     my(@tab1);
946 :    
947 :     if (@$genomes != @$rows)
948 :     {
949 :     print STDERR &Dumper($genomes,$rows); die "mismatch between genomes and rows";
950 :     }
951 :    
952 :     my $iR = 1;
953 :     for ($i=0; ($i < @$genomes); $i++)
954 :     {
955 :     $genome = $genomes->[$i];
956 :     next if (! $genome);
957 :     my $vcode_value = $rows->[$i]->[0];
958 :    
959 :     my @tmp = ();
960 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
961 :     {
962 :     $rows->[$i]->[$j] = &verify_entry($fig,$genome,$rows->[$i]->[$j]);
963 :     if ($subsetR->{$genome} && $subsetC->{$j})
964 :     {
965 : overbeek 1.6 if ($cgi->param('refill'))
966 :     {
967 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
968 :     }
969 : overbeek 1.1 elsif ($cgi->param('precise_fill') && (! $rows->[$i]->[$j]))
970 :     {
971 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
972 :     }
973 :     }
974 :     $tmp[$j-1] = $rows->[$i]->[$j];
975 :     }
976 :    
977 :     @tmp = &group_by_clusters($fig,$genome,\@tmp);
978 :    
979 :     if ($subsetR->{$genome})
980 :     {
981 :     my $variant = join("", map { ($_->[0] =~ /\S/) ? 1 : 0 } @tmp);
982 : overbeek 1.3
983 :     my($genomeV,$vcodeV);
984 :     if ($cgi->param('can_alter'))
985 :     {
986 :     $genomeV = $cgi->textfield(-name => "genome$iR", -size => 15, -value => $genome, -override => 1);
987 :     $vcodeV = $cgi->textfield(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -size => 5);
988 :     }
989 :     else
990 :     {
991 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
992 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value));
993 :     $genomeV = $genome;
994 :     $vcodeV = $vcode_value;
995 :     }
996 :    
997 : olson 1.21 #
998 :     # Wrap genomeV in a <a name> tag so we can zing here too.
999 :     #
1000 :    
1001 :     $genomeV = "<a name=\"$genome\">$genomeV</a>";
1002 :    
1003 : overbeek 1.1 $row = [[$genome,$variant], # key for sorting
1004 : overbeek 1.3 $genomeV,
1005 : overbeek 1.1 &ext_genus_species($fig,$genome),
1006 : overbeek 1.3 $vcodeV
1007 : overbeek 1.1 ];
1008 :     $j = 1;
1009 :     while ($j < @$roles)
1010 :     {
1011 :     if ($roles->[$j])
1012 :     {
1013 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
1014 :     if ($subsetC->{$j})
1015 :     {
1016 : overbeek 1.36 # push(@$row,&fid_links($cgi,$tmp[$j-1],$genome));
1017 :     push(@$row,$tmp[$j-1]);
1018 : overbeek 1.1 }
1019 :     }
1020 :     $j++;
1021 :     }
1022 :     push(@tab1,$row);
1023 :     }
1024 :     else
1025 :     {
1026 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
1027 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -override => 1)
1028 :     );
1029 :    
1030 :     $j = 1;
1031 :     while ($j < @$roles)
1032 :     {
1033 :     if ($roles->[$j])
1034 :     {
1035 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
1036 :     }
1037 :     $j++;
1038 :     }
1039 :     }
1040 :     $iR++;
1041 :     }
1042 :    
1043 :     my($sort);
1044 :     if ($sort = $cgi->param('sort'))
1045 :     {
1046 :     if ($sort eq "by_variant")
1047 :     {
1048 :     @tab1 = sort { ($a->[0]->[1] cmp $b->[0]->[1]) or ($fig->genus_species($a->[0]->[0]) cmp $fig->genus_species($b->[0]->[0])) } @tab1;
1049 :     }
1050 :     elsif ($sort eq "by_phylo")
1051 :     {
1052 :     @tab1 = map { $_->[0] }
1053 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
1054 :     map { [$_, $fig->taxonomy_of($_->[0]->[0])] }
1055 :     @tab1;
1056 :     }
1057 :     elsif ($sort eq "by_tax_id")
1058 :     {
1059 :     @tab1 = map { $_->[0] }
1060 :     sort { $a->[1] <=> $b->[1] }
1061 :     map { [$_, $_->[0]->[0]] }
1062 :     @tab1;
1063 :     }
1064 :     elsif ($sort eq "alphabetic")
1065 :     {
1066 :     @tab1 = map { $_->[0] }
1067 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
1068 :     map { [$_, $fig->genus_species($_->[0]->[0])] }
1069 :     @tab1;
1070 :     }
1071 :     }
1072 : overbeek 1.36 return [@tab1];
1073 : overbeek 1.1 }
1074 :    
1075 :     sub format_subsets {
1076 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1077 :    
1078 :     &format_subsetsC($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC);
1079 :     &format_subsetsR($fig,$cgi,$html,$subsetsR,$active_subsetR);
1080 :     }
1081 :    
1082 :     sub format_subsetsC {
1083 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC) = @_;
1084 :     my($i);
1085 :    
1086 :     my $col_hdrs = ["Subset","Includes These Roles"];
1087 :     my $tab = [];
1088 :    
1089 :     my $n = 1;
1090 : overbeek 1.3 &format_existing_subsetsC($cgi,$html,$tab,$subsetsC,\$n);
1091 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1092 : overbeek 1.1 {
1093 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1094 :     {
1095 :     &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$n,"");
1096 :     $n++;
1097 :     }
1098 : overbeek 1.1 }
1099 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsets of Roles"),
1100 :     $cgi->hr
1101 :     );
1102 :    
1103 :     if (keys(%$subsetsC) > 1)
1104 :     {
1105 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetC',
1106 :     -values => [sort keys(%$subsetsC)],
1107 :     -default => $active_subsetC
1108 :     ),
1109 :     $cgi->br
1110 :     );
1111 :     }
1112 :     else
1113 :     {
1114 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC, -override => 1));
1115 :     }
1116 :     }
1117 :    
1118 :     sub format_subsetsR {
1119 :     my($fig,$cgi,$html,$subsets,$active_subsetR) = @_;
1120 :     my($i);
1121 :    
1122 :     my $link = &tree_link;
1123 :     push(@$html,$cgi->br,$link,$cgi->br);
1124 :    
1125 :     my @tmp = grep { $_ ne "All" } sort keys(%$subsets);
1126 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetR',
1127 :     -values => ["All",@tmp],
1128 :     -default => $active_subsetR,
1129 :     -size => 5
1130 :     ),
1131 :     $cgi->br
1132 :     );
1133 :     }
1134 :    
1135 :     sub format_existing_subsetsC {
1136 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$subsetsC,$nP) = @_;
1137 : overbeek 1.1 my($nameCS);
1138 :    
1139 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
1140 :     {
1141 : overbeek 1.3 &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$$nP,$nameCS,$subsetsC->{$nameCS});
1142 : overbeek 1.1 $$nP++;
1143 :     }
1144 :     }
1145 :    
1146 :     sub format_subsetC {
1147 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$n,$nameCS,$subsetC) = @_;
1148 : overbeek 1.1
1149 :     if ($nameCS ne "All")
1150 :     {
1151 :     my $subset = join(",",sort { $a <=> $b } keys(%$subsetC));
1152 : overbeek 1.3 my($posT,$subsetT);
1153 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1154 :     {
1155 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "nameCS$n", -size => 30, -value => $nameCS, -override => 1);
1156 :     $subsetT = $cgi->textfield(-name => "subsetC$n", -size => 80, -value => $subset, -override => 1);
1157 :     }
1158 :     else
1159 :     {
1160 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "nameCS$n", -value => $nameCS, -override => 1),
1161 :     $cgi->hidden(-name => "subsetC$n", -value => $subset, -override => 1));
1162 :     $posT = $nameCS;
1163 :     $subsetT = $subset;
1164 :     }
1165 : overbeek 1.1 push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
1166 :     }
1167 :     }
1168 :    
1169 :     sub format_roles {
1170 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1171 :     my($i);
1172 :    
1173 :     my $col_hdrs = ["Column","Abbrev","Functional Role"];
1174 :     my $tab = [];
1175 :    
1176 :     my $n = 1;
1177 : overbeek 1.3 &format_existing_roles($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,\$n,$genomes,$rows);
1178 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1179 : overbeek 1.1 {
1180 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1181 :     {
1182 :     &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$n,"",$roles,$genomes,$rows);
1183 :     $n++;
1184 :     }
1185 : overbeek 1.1 }
1186 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Functional Roles"),
1187 :     $cgi->hr
1188 :     );
1189 :     }
1190 :    
1191 :     sub format_existing_roles {
1192 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,$nP,$genomes,$rows) = @_;
1193 : overbeek 1.1 my($role,$i);
1194 :    
1195 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1196 :     {
1197 :     $role = $roles->[$i];
1198 : overbeek 1.3 &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$$nP,$role,$roles,$genomes,$rows);
1199 : overbeek 1.1 $$nP++;
1200 :     }
1201 :     }
1202 :    
1203 :     sub format_role {
1204 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$n,$role,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1205 : overbeek 1.1 my($abbrev,$text);
1206 :    
1207 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1208 :     {
1209 :     $abbrev = $1;
1210 :     $text = $2;
1211 :     }
1212 :     else
1213 :     {
1214 :     $abbrev = "";
1215 :     $text = $role;
1216 :     }
1217 :    
1218 : overbeek 1.3 my($posT,$abbrevT,$roleT);
1219 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1220 :     {
1221 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "posR$n", -size => 3, -value => $n, -override => 1);
1222 :     $abbrevT = $cgi->textfield(-name => "abbrev$n", -size => 7, -value => $abbrev, -override => 1);
1223 :     $roleT = $cgi->textfield(-name => "role$n", -size => 80, -value => $text, -override => 1);
1224 :     }
1225 :     else
1226 :     {
1227 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "posR$n", -value => $n, -override => 1),
1228 :     $cgi->hidden(-name => "abbrev$n", -value => $abbrev, -override => 1),
1229 :     $cgi->hidden(-name => "role$n", -value => $text, -override => 1));
1230 :     $posT = $n;
1231 :     $abbrevT = $abbrev;
1232 :     $roleT = $text;
1233 :     }
1234 : olson 1.21 #
1235 :     # Wrap the first element in the table with a <A NAME="role_rolename"> tag
1236 :     # so we can zing to it from elsewhere. We remove any non-alphanumeric
1237 :     # chars in the role name.
1238 :     #
1239 :    
1240 :     my $posT_html;
1241 :     {
1242 :     my $rn = $text;
1243 : overbeek 1.26 $rn =~ s/[ \/]/_/g;
1244 : olson 1.21 $rn =~ s/\W//g;
1245 :    
1246 :     $posT_html = "<a name=\"$rn\">$posT</a>";
1247 :     }
1248 :    
1249 :    
1250 :     push(@$tab,[$posT_html,$abbrevT,$roleT]);
1251 : overbeek 1.24
1252 : overbeek 1.36 if ($cgi->param('check_problems'))
1253 : overbeek 1.1 {
1254 : overbeek 1.36 my @roles = grep { $_->[0] ne $text } &gene_functions_in_col($fig,$n,$roles,$genomes,$rows);
1255 :     my($x,$peg);
1256 :     foreach $x (@roles)
1257 : overbeek 1.1 {
1258 : overbeek 1.36 push(@$tab,["","",$x->[0]]);
1259 : overbeek 1.24 push(@$tab,["","",join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_) } @{$x->[1]})]);
1260 : overbeek 1.1 }
1261 :     }
1262 :     }
1263 :    
1264 : overbeek 1.36
1265 : overbeek 1.1 sub write_spreadsheet_from_input_parameters {
1266 :     my($fig,$cgi,$html,$ssa,$user) = @_;
1267 :     my($i,$j,$pos,$role,$subset,@roles,$genome,$row,$nameCS,$nameRS,%role_map,%role_map2);
1268 :     my($param,@param,@tmp,$active_subsetC,$pair);
1269 :    
1270 :     my $roles = [];
1271 :     my $genomes = [];
1272 :     my $rows = [];
1273 :     my $subsetsC = {};
1274 :     my $active_subsetC = "All";
1275 :     my $subsetsR = {};
1276 :     my $active_subsetR = "All";
1277 :    
1278 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1279 :     {
1280 :     &log_update($ssa,$user);
1281 : overbeek 1.1
1282 : overbeek 1.3 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1283 : overbeek 1.1 {
1284 : overbeek 1.3 rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet~");
1285 : overbeek 1.31 }
1286 :    
1287 :     if ($cgi->param('notes'))
1288 :     {
1289 : overbeek 1.3 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
1290 :     {
1291 :     rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes~");
1292 :     }
1293 :     else
1294 :     {
1295 :     open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1296 :     close(NOTES);
1297 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1298 :     }
1299 : overbeek 1.1 }
1300 : overbeek 1.31 elsif (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
1301 :     {
1302 :     my $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1303 :     $cgi->param(-name => "notes", -value => $notes);
1304 :     }
1305 : overbeek 1.3
1306 :     open(SSA,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1307 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
1308 : overbeek 1.1 }
1309 :     @param = grep { $_ =~ /^posR/ } $cgi->param;
1310 :     foreach $param (@param)
1311 :     {
1312 :     if ($param =~ /^posR(\d+)/)
1313 :     {
1314 :     $i = $1;
1315 :     if (($pos = $cgi->param("posR$i")) && ($role = $cgi->param("role$i")))
1316 :     {
1317 :     $role =~ s/^\s+//;
1318 :     $role =~ s/\s+$//;
1319 :     if ($role =~ /\S/)
1320 :     {
1321 :     if ($_ = $cgi->param("abbrev$i"))
1322 :     {
1323 :     $tmp[$pos] = "$_\t$role";
1324 :     }
1325 :     else
1326 :     {
1327 :     $tmp[$pos] = "\t$role";
1328 :     }
1329 :     $role_map2{$pos} = $i;
1330 :     }
1331 :     }
1332 :     }
1333 :     }
1334 :    
1335 :     $j = 1;
1336 :     foreach $pos (sort { $a <=> $b } keys(%role_map2))
1337 :     {
1338 :     $roles->[$j] = $tmp[$pos];
1339 :     $role_map{$role_map2{$pos}} = $j;
1340 :     $j++;
1341 :     }
1342 :    
1343 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1344 : overbeek 1.1 {
1345 : overbeek 1.3 foreach $role (@$roles)
1346 : overbeek 1.1 {
1347 : overbeek 1.3 if ($role)
1348 :     {
1349 :     print SSA "$role\n";
1350 :     }
1351 : overbeek 1.1 }
1352 : overbeek 1.3 print SSA "//\n";
1353 : overbeek 1.1 }
1354 :    
1355 :     @param = grep { $_ =~ /^nameCS/ } $cgi->param;
1356 :     foreach $param (@param)
1357 :     {
1358 :     if ($param =~ /^nameCS(\d+)/)
1359 :     {
1360 :     $i = $1;
1361 :     if (($nameCS = $cgi->param("nameCS$i")) && ($subset = $cgi->param("subsetC$i")))
1362 :     {
1363 : overbeek 1.29 $nameCS =~ s/ /_/g;
1364 :     $subset =~ s/^\s+//;
1365 : overbeek 1.30 $subset =~ s/\s+$//;
1366 : overbeek 1.29
1367 : overbeek 1.1 foreach $_ (split(/[\t ,;]+/,$subset))
1368 :     {
1369 :     if ($_ =~ /^\d+$/)
1370 :     {
1371 :     $subsetsC->{$nameCS}->{$role_map{$_}} = 1;
1372 :     }
1373 :     }
1374 :     }
1375 :     }
1376 :     }
1377 :    
1378 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
1379 :     {
1380 :     $subset = $subsetsC->{$nameCS};
1381 :     if ($subset)
1382 :     {
1383 :     @roles = sort { $a <=> $b } keys(%$subset);
1384 :     }
1385 :    
1386 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1387 : overbeek 1.1 {
1388 : overbeek 1.29 if (@roles > 0)
1389 : overbeek 1.3 {
1390 :     print SSA join("\t",($nameCS,@roles)),"\n";
1391 :     }
1392 :     else
1393 :     {
1394 :     push(@$html,$cgi->h2("invalid subset: $subset"));
1395 :     }
1396 : overbeek 1.1 }
1397 :     }
1398 :    
1399 :     if (! ($active_subsetC = $cgi->param('active_subsetC')))
1400 :     {
1401 :     $active_subsetC = "All";
1402 :     }
1403 :    
1404 :     if (! $subsetsC->{"All"})
1405 :     {
1406 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1407 :     {
1408 :     $subsetsC->{"All"}->{$i} = 1;
1409 :     }
1410 :     }
1411 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1412 :     {
1413 :     print SSA "$active_subsetC\n";
1414 :     print SSA "\n";
1415 :     }
1416 : overbeek 1.1
1417 :    
1418 :     my($taxonomic_groups,$id,$members,$genome);
1419 :     $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
1420 :     foreach $pair (@$taxonomic_groups)
1421 :     {
1422 :     ($id,$members) = @$pair;
1423 :     foreach $genome (@$members)
1424 :     {
1425 :     $subsetsR->{$id}->{$genome} = 1;
1426 :     }
1427 :     }
1428 :    
1429 :     $active_subsetR = $cgi->param('active_subsetR');
1430 :     if (! ($active_subsetR && $subsetsR->{$active_subsetR}))
1431 :     {
1432 :     $active_subsetR = &default_genome_set;
1433 :     }
1434 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1435 :     {
1436 :     print SSA "$active_subsetR\n";
1437 :     print SSA "//\n";
1438 :     }
1439 : overbeek 1.1
1440 :     $i = 1;
1441 :     while (defined($genome = $cgi->param("genome$i")))
1442 :     {
1443 :     if ($genome =~ /^\d+\.\d+$/)
1444 :     {
1445 :     $genomes->[$i-1] = $genome;
1446 :     }
1447 :     $i++;
1448 :     }
1449 :    
1450 :     $i = 1;
1451 :     my($vcode_value,$j,$row,$entry,$non_null);
1452 :     while (defined($vcode_value = $cgi->param("vcode$i")))
1453 :     {
1454 :     if ($genomes->[$i-1])
1455 :     {
1456 :     $row = [$vcode_value];
1457 :     for ($j=1; ($j < (@$roles + 5)); $j++)
1458 :     {
1459 :     if ($role_map{$j})
1460 :     {
1461 :     if ($entry = $cgi->param("row$i.$j"))
1462 :     {
1463 :     $row->[$role_map{$j}] = $entry;
1464 :     }
1465 :     else
1466 :     {
1467 :     $row->[$role_map{$j}] = "";
1468 :     }
1469 :     }
1470 :     }
1471 :     $rows->[$i-1] = $row;
1472 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1473 :     {
1474 :     print SSA join("\t",($genomes->[$i-1],@$row)),"\n";
1475 :     }
1476 : overbeek 1.1 }
1477 :     $i++;
1478 :     }
1479 :    
1480 :     my @orgs = $cgi->param('korgs');
1481 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
1482 :    
1483 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1484 : overbeek 1.1 {
1485 : overbeek 1.3 my @orgs1 = ();
1486 :     if ($cgi->param('add_solid'))
1487 :     {
1488 :     my %genomes1 = map { $_ => 1 } (@$genomes,@orgs);;
1489 :     @orgs1 = sort grep { ! $genomes1{$_} } $fig->genomes("complete",undef);
1490 :     }
1491 :     &extend_ssa($fig,$genomes,$roles,$rows,\@orgs,\@orgs1,\*SSA);
1492 :    
1493 :    
1494 :     close(SSA);
1495 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
1496 :     if (($_ = $cgi->param('notes')) && open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes"))
1497 :     {
1498 :     print NOTES $_;
1499 :     close(NOTES);
1500 :     }
1501 :     &backup("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
1502 : overbeek 1.1
1503 :     }
1504 : overbeek 1.3 # print &Dumper($roles,$subsets,$genomes,$rows); die "aborted";
1505 : olson 1.13
1506 :     #
1507 :     # Update the subsystem index.
1508 :     #
1509 :     # (Put this in an eval in case we get a failure here).
1510 :     #
1511 :    
1512 :     eval {
1513 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa, 1);
1514 :     $sub->db_sync();
1515 :     };
1516 :    
1517 : overbeek 1.1 return ($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows);
1518 :     }
1519 :    
1520 :     sub format_ssa_table {
1521 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$user,$ssaP) = @_;
1522 : overbeek 1.1 my($ssa,$curator);
1523 :     my($url1,$link1);
1524 :    
1525 : overbeek 1.3 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1526 : overbeek 1.2 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
1527 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
1528 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1529 : overbeek 1.3 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
1530 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'delete_or_export_ssa', -override => 1)
1531 :     );
1532 : overbeek 1.4 push(@$html,"<font size=\"+2\">Please do not ever edit someone else\'s spreadsheet (by using their
1533 :     user ID), and <b>never open multiple windows to
1534 : overbeek 1.3 process the same spreadsheet</b></font>. It is, of course, standard practice to open a subsystem
1535 : overbeek 1.4 spreadsheet and then to have multiple other SEED windows to access data and modify annotations. Further,
1536 :     you can access someone else's subsystem spreadsheet using your ID (which will make it impossible
1537 :     for you to edit the spreadsheet).
1538 :     Just do not open the same subsystem spreadsheet for editing in multiple windows simultaneously.",
1539 : overbeek 1.3 $cgi->br,
1540 :     $cgi->br
1541 :     );
1542 : overbeek 1.1
1543 : olson 1.8 my $col_hdrs = [
1544 :     "Name","Curator","Exchangable","Version",
1545 :     "Reset to Previous Timestamp","Delete",
1546 :     "Export Full Subsystem","Export Just Assignments", "Publish to Clearinghouse",
1547 :     ];
1548 : overbeek 1.1 my $title = "Existing Subsystem Annotations";
1549 :     my $tab = [];
1550 :     foreach $_ (@$ssaP)
1551 :     {
1552 : olson 1.19 my($publish_checkbox);
1553 : overbeek 1.1 ($ssa,$curator) = @$_;
1554 : olson 1.19
1555 : overbeek 1.1 my($url,$link);
1556 : overbeek 1.3 if ((-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup") && ($curator eq $cgi->param('user')))
1557 : overbeek 1.1 {
1558 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset";
1559 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>reset</a>";
1560 :     }
1561 :     else
1562 :     {
1563 : overbeek 1.3 $link = "";
1564 : overbeek 1.1 }
1565 :    
1566 : overbeek 1.3 if (($fig->is_exchangable_subsystem($ssa)) && ($curator eq $cgi->param('user')))
1567 : overbeek 1.1 {
1568 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_unexchangable";
1569 : overbeek 1.1 $link1 = "Exchangable<br><a href=$url1>Make not exchangable</a>";
1570 :     }
1571 : overbeek 1.3 elsif ($curator eq $cgi->param('user'))
1572 : overbeek 1.1 {
1573 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_exchangable";
1574 : overbeek 1.1 $link1 = "Not exchangable<br><a href=$url1>Make exchangable</a>";
1575 :     }
1576 : overbeek 1.3 else
1577 :     {
1578 :     $link1 = "";
1579 :     }
1580 : olson 1.8
1581 :     #
1582 :     # Only allow publish for subsystems we are curating?
1583 :     #
1584 : olson 1.12 if ($curator eq $cgi->param('user'))
1585 : olson 1.8 {
1586 :     $publish_checkbox = $cgi->checkbox(-name => "publish_to_clearinghouse",
1587 :     -value => $ssa,
1588 :     -label => "Publish"),
1589 :    
1590 :     }
1591 : overbeek 1.1
1592 : olson 1.8 push(@$tab,[
1593 : overbeek 1.1 &ssa_link($ssa,$user),
1594 :     $curator,
1595 :     $link1,
1596 : olson 1.8 $fig->subsystem_version($ssa),
1597 :     $link,
1598 :     ($curator eq $cgi->param('user')) ? $cgi->checkbox(-name => "delete", -value => $ssa) : "",
1599 :     $cgi->checkbox(-name => "export", -value => $ssa, -label => "Export full"),
1600 :     $cgi->checkbox(-name => "export_assignments", -value => $ssa, -label => "Export assignments"),
1601 :     $publish_checkbox,
1602 : overbeek 1.1 ]);
1603 :     }
1604 : olson 1.8 push(@$html,
1605 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title),
1606 :     $cgi->submit(-name => 'delete_export',
1607 :     -label => 'Process marked deletions and exports'),
1608 :     $cgi->submit(-name => 'publish',
1609 :     -label => "Publish marked subsystems"),
1610 :     $cgi->end_form
1611 : overbeek 1.1 );
1612 :     }
1613 :    
1614 :     sub ssa_link {
1615 :     my($ssa,$user) = @_;
1616 :     my $name = $ssa; $name =~ s/_/ /g;
1617 :     my $target = "window$$";
1618 : overbeek 1.3 my $can_alter = &curator($ssa) eq $user;
1619 :    
1620 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=show_ssa&can_alter=$can_alter";
1621 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>$name</a>";
1622 :     }
1623 :    
1624 :     sub tree_link {
1625 :     my $target = "window$$";
1626 : overbeek 1.2 my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?request=show_tree";
1627 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>Show Phylogenetic Tree</a>";
1628 :     }
1629 :    
1630 :    
1631 :     sub existing_subsystem_annotations {
1632 :     my($ssa,$name);
1633 :     my @ssa = ();
1634 :     if (opendir(SSA,"$FIG_Config::data/Subsystems"))
1635 :     {
1636 : overbeek 1.26 @ssa = map { $ssa = $_; $name = $ssa; $ssa =~ s/[ \/]/_/g; [$name,&curator($ssa)] } grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SSA);
1637 : overbeek 1.1 closedir(SSA);
1638 :     }
1639 : overbeek 1.25 return sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @ssa;
1640 : overbeek 1.1 }
1641 :    
1642 :     sub curator {
1643 :     my($ssa) = @_;
1644 :     my($who) = "";
1645 :    
1646 :     if (open(DATA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1647 :     {
1648 :     $_ = <DATA>;
1649 :     if ($_ =~ /^\d+\t(\S+)\s+started/)
1650 :     {
1651 :     $who = $1;
1652 :     }
1653 :     close(DATA);
1654 :     }
1655 :     return $who;
1656 :     }
1657 :    
1658 :     sub log_update {
1659 :     my($ssa,$user) = @_;
1660 :    
1661 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
1662 : overbeek 1.1
1663 :     if (open(LOG,">>$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1664 :     {
1665 :     my $time = time;
1666 :     print LOG "$time\t$user\tupdated\n";
1667 :     close(LOG);
1668 :     }
1669 :     else
1670 :     {
1671 :     print STDERR "failed to open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log\n";
1672 :     }
1673 :     }
1674 :    
1675 :     sub extend_ssa {
1676 :     my($fig,$genomes,$roles,$rows,$new_genomes,$poss_new_genomes,$fh) = @_;
1677 :     my($genome,$i,$row,$role);
1678 :    
1679 :     foreach $genome (@$new_genomes)
1680 :     {
1681 :     push(@$genomes,$genome);
1682 :     $row = [0];
1683 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1684 :     {
1685 :     push(@$row,join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles)));
1686 :     }
1687 :     push(@$rows,$row);
1688 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1689 :     }
1690 :    
1691 :     foreach $genome (@$poss_new_genomes)
1692 :     {
1693 :     $row = [0];
1694 :     my $bad = 0;
1695 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1696 :     {
1697 :     my $entry = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles));
1698 :     if (! $entry)
1699 :     {
1700 :     $bad = 1;
1701 :     last;
1702 :     }
1703 :     push(@$row,$entry);
1704 :     }
1705 :     if (! $bad)
1706 :     {
1707 :     push(@$genomes,$genome);
1708 :     push(@$rows,$row);
1709 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1710 :     }
1711 :     }
1712 :     }
1713 :     sub seqs_with_role_precisely {
1714 :     my($fig,$i,$genome,$roles) = @_;
1715 :    
1716 :     # The $i parm is a bit weird. The actual role we want is in $roles->[$i]. Any existing versions are in
1717 :     # $rows->[*]->[$i] entries. You look for acceptable roles matching $roles->[$i] (after tab)
1718 :    
1719 :     my @pegs = ();
1720 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1721 :     {
1722 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($1,"master",$genome);
1723 :     }
1724 :     return @pegs;
1725 :     }
1726 :    
1727 :     sub gene_functions_in_col {
1728 :     my($fig,$i,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1729 :     my(%roles,$j,$row,$genomeJ,$entry,@pegs,$peg,$func);
1730 :    
1731 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1732 :     {
1733 :     $roles{$1} = [];
1734 :     }
1735 :    
1736 :     for ($j=0; ($j < @$rows); $j++)
1737 :     {
1738 :     $row = $rows->[$j];
1739 :     $genomeJ = $genomes->[$j];
1740 :     if ($row->[$i] =~ /(\S.*\S)/)
1741 :     {
1742 :     $entry = $1;
1743 :     @pegs = map { "fig|$genomeJ.peg.$_" } split(/,/,$entry);
1744 :     foreach $peg (@pegs)
1745 :     {
1746 :     if ($func = $fig->function_of($peg))
1747 :     {
1748 :     push(@{$roles{$func}},$peg);
1749 :     }
1750 :     }
1751 :     }
1752 :     }
1753 :     return map { [$_,$roles{$_}] } sort keys(%roles);
1754 :     }
1755 :    
1756 :    
1757 :     sub verify_entry {
1758 :     my($fig,$genome,$entry) = @_;
1759 :     my($peg);
1760 :    
1761 :     my @verified = ();
1762 :     foreach $peg (split(/[, \t]+/,$entry))
1763 :     {
1764 :     if ($fig->is_real_feature("fig|$genome.peg.$peg"))
1765 :     {
1766 :     push(@verified,$peg);
1767 :     }
1768 :     }
1769 :     return join(",",@verified);
1770 :     }
1771 :    
1772 :     sub export {
1773 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1774 :     my($line);
1775 :    
1776 :     my ($exportable,$notes) = $fig->exportable_subsystem($ssa);
1777 :     foreach $line (@$exportable,@$notes)
1778 :     {
1779 :     print $line;
1780 :     }
1781 :     }
1782 :    
1783 :     sub export_assignments {
1784 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1785 :     my(@roles,$i,$entry,$id,$user);
1786 :    
1787 :     if (($user = $cgi->param('user')) && open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
1788 :     {
1789 :     $user =~ s/^master://;
1790 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1791 :     my $who = &curator($ssa);
1792 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:generated_from_subsystem_$ssa";
1793 :    
1794 :     if (open(OUT,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1795 :     {
1796 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//))
1797 :     {
1798 :     chop;
1799 :     push(@roles,$_);
1800 :     }
1801 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//)) {}
1802 :     while (defined($_ = <SSA>))
1803 :     {
1804 :     chop;
1805 :     my @flds = split(/\t/,$_);
1806 :     my $genome = $flds[0];
1807 :     for ($i=2; ($i < @flds); $i++)
1808 :     {
1809 :     my @entries = split(/,/,$flds[$i]);
1810 :     foreach $id (@entries)
1811 :     {
1812 :     my $peg = "fig|$genome.peg.$id";
1813 :     my $func = $fig->function_of($peg);
1814 :     print OUT "$peg\t$func\n";
1815 :     }
1816 :     }
1817 :     }
1818 :     close(OUT);
1819 :     }
1820 :     close(SSA);
1821 :     }
1822 :     }
1823 :    
1824 :     sub format_missing {
1825 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1826 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
1827 :    
1828 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1829 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1830 :    
1831 : overbeek 1.37 my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } keys(%$subsetsC);
1832 :     my($set,$col,%in);
1833 :     foreach $set (@alt_sets)
1834 :     {
1835 :     foreach $col (keys(%{$subsetsC->{$set}}))
1836 :     {
1837 :     $in{$col} = $set;
1838 :     }
1839 :     }
1840 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1841 :    
1842 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1843 :     {
1844 :     $org = $genomes->[$i];
1845 :     next if (! $subsetR->{$org});
1846 : overbeek 1.38 my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsetsC,$subsetC,$rows,$i,$roles,\%in);
1847 : overbeek 1.1
1848 :     $missing = [];
1849 : overbeek 1.37 foreach $j (@missing)
1850 : overbeek 1.1 {
1851 : overbeek 1.37 $user = $cgi->param('user');
1852 :     $role = $roles->[$j];
1853 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1854 :     {
1855 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1856 :     }
1857 :     else
1858 : overbeek 1.1 {
1859 : overbeek 1.37 $abr = "";
1860 : overbeek 1.1 }
1861 : overbeek 1.37 my $roleE = $cgi->escape($role);
1862 :    
1863 :     $link = "<a href=" . &FIG::cgi_url . "/pom.cgi?user=$user&request=find_in_org&role=$roleE&org=$org>$abr $role</a>";
1864 :     push(@$missing,$link);
1865 : overbeek 1.1 }
1866 : overbeek 1.37
1867 : overbeek 1.1 if (@$missing > 0)
1868 :     {
1869 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1870 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1871 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($missing)));
1872 : overbeek 1.37 }
1873 :     }
1874 :     }
1875 :    
1876 :     sub columns_missing_entries {
1877 : overbeek 1.38 my($cgi,$subsetsC,$subsetC,$rows,$i,$roles,$in) = @_;
1878 : overbeek 1.37 my(%missing_cols,$j,$k);
1879 :     my(@really_missing) = ();
1880 : olson 1.15
1881 : overbeek 1.37 for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1882 :     {
1883 :     if (! $rows->[$i]->[$j])
1884 :     {
1885 :     $missing_cols{$j} = 1;
1886 : olson 1.15 }
1887 : overbeek 1.37 }
1888 : olson 1.15
1889 : overbeek 1.37 for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1890 :     {
1891 :     if ($missing_cols{$j} && $subsetC->{$j})
1892 :     {
1893 :     my($set);
1894 : overbeek 1.38 if (($set = $in->{$j}) && (! $cgi->param('ignore_alt')))
1895 : overbeek 1.37 {
1896 :     my @set = keys(%{$subsetsC->{$set}});
1897 :     for ($k=0; ($k < @set) && $missing_cols{$set[$k]}; $k++) {}
1898 :     if ($k == @set)
1899 :     {
1900 :     push(@really_missing,$j);
1901 :     }
1902 :     }
1903 :     else
1904 :     {
1905 :     push(@really_missing,$j);
1906 :     }
1907 :     }
1908 : olson 1.15 }
1909 : overbeek 1.37 return @really_missing;
1910 : olson 1.15 }
1911 :    
1912 :     sub format_missing_including_matches
1913 :     {
1914 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,
1915 :     $subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1916 :    
1917 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
1918 :    
1919 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1920 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1921 :    
1922 : overbeek 1.38 my @alt_sets = grep { ($_ =~ /^\*/) } keys(%$subsetsC);
1923 :     my($set,$col,%in);
1924 :     foreach $set (@alt_sets)
1925 :     {
1926 :     foreach $col (keys(%{$subsetsC->{$set}}))
1927 :     {
1928 :     $in{$col} = $set;
1929 :     }
1930 :     }
1931 :    
1932 : olson 1.15 push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1933 :    
1934 : olson 1.16 push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
1935 :    
1936 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1937 :     $user = $cgi->param('user');
1938 :     push(@$html,
1939 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1940 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
1941 :    
1942 : olson 1.15 for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1943 :     {
1944 :     $org = $genomes->[$i];
1945 : overbeek 1.24 next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
1946 : olson 1.15 next if (! $subsetR->{$org});
1947 : overbeek 1.24
1948 : overbeek 1.38 my @missing = &columns_missing_entries($cgi,$subsetsC,$subsetC,$rows,$i,$roles,\%in);
1949 :    
1950 : olson 1.15 $missing = [];
1951 :    
1952 : overbeek 1.38 foreach $j (@missing)
1953 : olson 1.15 {
1954 : overbeek 1.38 $role = $roles->[$j];
1955 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1956 :     {
1957 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1958 :     }
1959 :     else
1960 : olson 1.15 {
1961 : overbeek 1.38 $abr = "";
1962 :     }
1963 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1964 : olson 1.15
1965 :     #
1966 : olson 1.16 # All the way up to here is code to retrieve the role name.
1967 : olson 1.15 #
1968 :    
1969 :     #
1970 :     # Invoke find_role_in_org to get the roles we might have.
1971 :     #
1972 :    
1973 : overbeek 1.38 my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
1974 : olson 1.15
1975 : overbeek 1.38 push(@$missing,@hits);
1976 : olson 1.15 }
1977 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1978 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1979 :    
1980 :     if (@$missing > 0)
1981 :     {
1982 : olson 1.16 my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
1983 : olson 1.15 my $tbl = [];
1984 :    
1985 :     for my $hit (@$missing)
1986 :     {
1987 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
1988 : olson 1.16
1989 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
1990 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
1991 :    
1992 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
1993 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
1994 :     -label => "");
1995 :    
1996 :     push(@$tbl, [$checkbox,
1997 :     $psc,
1998 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
1999 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
2000 : olson 1.15 }
2001 :    
2002 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
2003 :     }
2004 :     else
2005 :     {
2006 :     push(@$html, $cgi->p("No matches."));
2007 : overbeek 1.1 }
2008 : olson 1.15
2009 : overbeek 1.1 }
2010 : olson 1.16 push(@$html,
2011 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
2012 :     -name => "batch_assign"),
2013 :     $cgi->end_form);
2014 : overbeek 1.1 }
2015 :    
2016 :     sub format_dups {
2017 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2018 :     my($i,$j,$duplicates,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg);
2019 :    
2020 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2021 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2022 :    
2023 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Duplicates:'));
2024 :    
2025 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2026 :     {
2027 :     $org = $genomes->[$i];
2028 :     next if (! $subsetR->{$org});
2029 :    
2030 :     $duplicates = [];
2031 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2032 :     {
2033 :     if (($rows->[$i]->[$j] =~ /,/) && $subsetC->{$j})
2034 :     {
2035 :     $user = $cgi->param('user');
2036 :     $role = $roles->[$j];
2037 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
2038 :     {
2039 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
2040 :     }
2041 :     else
2042 :     {
2043 :     $abr = "";
2044 :     }
2045 :     push(@$duplicates,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = "fig|$org.peg.$_"; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j])])));
2046 :     }
2047 :     }
2048 :     if (@$duplicates > 0)
2049 :     {
2050 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2051 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2052 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($duplicates)));
2053 :     }
2054 :     }
2055 :     }
2056 :    
2057 :     sub format_excluded {
2058 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2059 :     my($i,$j,$show,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg,@excluded,@in,%in);
2060 :    
2061 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2062 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2063 :    
2064 :     push(@$html,$cgi->h1('To PEGs with Role, but not in Spreadsheet:'));
2065 :    
2066 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2067 :     {
2068 :     $org = $genomes->[$i];
2069 :     next if (! $subsetR->{$org});
2070 :    
2071 :     $show = [];
2072 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2073 :     {
2074 :     next if (! $subsetC->{$j});
2075 :    
2076 :     if ($rows->[$i]->[$j])
2077 :     {
2078 :     @in = map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]);
2079 :     }
2080 :     else
2081 :     {
2082 :     @in = ();
2083 :     }
2084 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
2085 :     $user = $cgi->param('user');
2086 :     $role = $roles->[$j];
2087 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
2088 :     {
2089 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
2090 :     }
2091 :     else
2092 :     {
2093 :     $abr = "";
2094 :     }
2095 :     @excluded = grep { ! $in{$_} } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$org,$roles);
2096 :     if (@excluded > 0)
2097 :     {
2098 :     push(@$show,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } @excluded])));
2099 :     }
2100 :     }
2101 :     if (@$show > 0)
2102 :     {
2103 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
2104 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
2105 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($show)));
2106 :     }
2107 :     }
2108 :     }
2109 :    
2110 :     sub format_coupled {
2111 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$type,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2112 :     my($i,$j,@show,$user,$org,$link,$gs,$func,$peg,$peg1,$peg2,%in,%seen,%seen2);
2113 :     my(@cluster,$sc,$x,$id2,@in,$sim,@coupled);
2114 :    
2115 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
2116 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2117 :    
2118 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2119 :     {
2120 :     $org = $genomes->[$i];
2121 :     next if (! $subsetR->{$org});
2122 :    
2123 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
2124 :     {
2125 :     if ($rows->[$i]->[$j] && $subsetC->{$j})
2126 :     {
2127 :     push(@in,map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]));
2128 :     }
2129 :     }
2130 :     }
2131 :    
2132 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
2133 :     $user = $cgi->param('user');
2134 :     @show = ();
2135 :     foreach $peg1 (@in)
2136 :     {
2137 :     if ($type eq "careful")
2138 :     {
2139 :     @coupled = $fig->coupling_and_evidence($peg1,5000,1.0e-10,0.2,1);
2140 :     }
2141 :     else
2142 :     {
2143 :     @coupled = $fig->fast_coupling($peg1,5000,1);
2144 :     }
2145 :    
2146 :     foreach $x (@coupled)
2147 :     {
2148 :     ($sc,$peg2) = @$x;
2149 :     if ((! $in{$peg2}) && ((! $seen{$peg2}) || ($seen{$peg2} < $sc)))
2150 :     {
2151 :     $seen{$peg2} = $sc;
2152 :     # print STDERR "$sc\t$peg1 -> $peg2\n";
2153 :     }
2154 :     }
2155 :     }
2156 :    
2157 :     foreach $peg1 (sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} } keys(%seen))
2158 :     {
2159 :     if (! $seen2{$peg1})
2160 :     {
2161 :     @cluster = ($peg1);
2162 :     $seen2{$peg1} = 1;
2163 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2164 :     {
2165 :     foreach $sim ($fig->sims($cluster[$i],1000,1.0e-10,"fig"))
2166 :     {
2167 :     $id2 = $sim->id2;
2168 :     if ($seen{$id2} && (! $seen2{$id2}))
2169 :     {
2170 :     push(@cluster,$id2);
2171 :     $seen2{$id2} = 1;
2172 :     }
2173 :     }
2174 :     }
2175 :     push(@show, [scalar @cluster,
2176 :     $cgi->br .
2177 :     $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_;
2178 :     $sc = $seen{$peg};
2179 :     $func = $fig->function_of($peg,$user);
2180 :     $gs = $fig->genus_species($fig->genome_of($peg));
2181 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
2182 :     "$sc: $link: $func \[$gs\]" }
2183 :     sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} }
2184 :     @cluster]))
2185 :     ]);
2186 :     }
2187 :     }
2188 :    
2189 :     if (@show > 0)
2190 :     {
2191 :     @show = map { $_->[1] } sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @show;
2192 :     push(@$html,$cgi->h1('Coupled, but not in Spreadsheet:'));
2193 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li(\@show)));
2194 :     }
2195 :     }
2196 :    
2197 :     sub ext_genus_species {
2198 :     my($fig,$genome) = @_;
2199 :    
2200 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
2201 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
2202 :     return "$gs [$c]";
2203 :     }
2204 :    
2205 :     sub show_tree {
2206 :    
2207 :     my($id,$gs);
2208 :     my($tree,$ids) = $fig->build_tree_of_complete;
2209 :     my $relabel = {};
2210 :     foreach $id (@$ids)
2211 :     {
2212 :     if ($gs = $fig->genus_species($id))
2213 :     {
2214 :     $relabel->{$id} = "$gs ($id)";
2215 :     }
2216 :     }
2217 :     $_ = &display_tree($tree,$relabel);
2218 :     print $cgi->pre($_),"\n";
2219 :     }
2220 :    
2221 : olson 1.10 sub export_align_input
2222 :     {
2223 :    
2224 :     }
2225 :    
2226 : overbeek 1.1 sub align_column {
2227 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2228 :     my($colN,@checked,$cutoff);
2229 :    
2230 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2231 :    
2232 : olson 1.10 my $checked;
2233 :    
2234 : overbeek 1.1 if (($colN = &which_column($col,$roles)) &&
2235 :     ((@checked = &seqs_to_align($colN,$genomes,$rows,$subsetR)) > 1))
2236 :     {
2237 :     if ($cutoff = $cgi->param('include_homo'))
2238 :     {
2239 :     my $max = $cgi->param('max_homo');
2240 :     $max = $max ? $max : 100;
2241 :     push(@checked,&get_homologs($fig,\@checked,$cutoff,$max));
2242 :     }
2243 : olson 1.10 $checked = join("\' \'",@checked);
2244 :     }
2245 :     else
2246 :     {
2247 :     push(@$html,"<h1>You need to check at least two sequences</h1>\n");
2248 :     return;
2249 :     }
2250 :    
2251 :    
2252 :     #
2253 :     # See if we want to produce the alignment, or just produce the
2254 :     # input to the alignment.
2255 :     #
2256 :    
2257 :     if ($cgi->param("show_align_input"))
2258 :     {
2259 :     push(@$html, "<pre>\n");
2260 :     my $relabel;
2261 :     foreach my $id (@checked)
2262 :     {
2263 :     my $seq;
2264 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
2265 :     {
2266 :     push(@$html, ">$id\n$seq\n");
2267 :     my $func = $fig->function_of($id);
2268 :     $relabel->{$id} = "$id: $func";
2269 :     }
2270 :     else
2271 :     {
2272 :     push(@$html, "could not find translation for $id\n");
2273 :     }
2274 :     }
2275 :     push(@$html, "\n</pre>\n");
2276 :     }
2277 :     else
2278 :     {
2279 : overbeek 1.1 push(@$html,"<pre>\n");
2280 :     my %org = map { ( $_, $fig->org_of($_) ) } @checked;
2281 :     # Modified by GJO to compress tree and add organism names to tree:
2282 : gdpusch 1.34 # push(@$html,`$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`);
2283 : overbeek 1.1
2284 :     # Simpler version
2285 :     # push @$html, map { chomp;
2286 :     # /^ *\|[ |]*$/ # line that adds only tree height
2287 :     # ? () # remove it
2288 :     # : /- ([a-z]+\|\S+):/ && defined( $org{$1} ) # tree id?
2289 :     # ? "$_ [$org{$1}]\n" # add the name
2290 :     # : "$_\n" # otherwise leave unmodified
2291 : gdpusch 1.34 # } `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`;
2292 : overbeek 1.1
2293 :     # More complex version the preserves double spaced tree tips
2294 :     my $tip = 0;
2295 :     my @out = ();
2296 : overbeek 1.9
2297 : gdpusch 1.34 foreach ( `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'` )
2298 : overbeek 1.1 {
2299 :     chomp;
2300 :     if ( /^ *\|[ |]*$/ ) {} # line that adds only tree height
2301 :     elsif ( /- ([a-z]+\|\S+):/ ) # line with tree tip
2302 :     {
2303 :     if ( defined( $org{$1} ) ) { $_ .= " [$org{$1}]" } # add org
2304 :     if ( $tip ) { push @out, " |\n" } # 2 tips in a row? add line
2305 :     push @out, "$_\n"; # output current line
2306 :     $tip = 1;
2307 :     }
2308 :     else # not a tip
2309 :     {
2310 :     push @out, "$_\n";
2311 :     $tip = 0;
2312 :     }
2313 :     }
2314 :     push(@$html,&set_links($cgi,\@out));
2315 :     push(@$html,"</pre>\n");
2316 :     }
2317 :     }
2318 :    
2319 :     sub which_column {
2320 :     my($col,$roles) = @_;
2321 :     my($i);
2322 :    
2323 :     if (($col =~ /^(\d+)/) && ($1 <= @$roles))
2324 :     {
2325 :     return $1;
2326 :     }
2327 :     else
2328 :     {
2329 :     for ($i=1; ($i < @$roles) && ($roles->[$i] !~ /^$col\t/); $i++) {}
2330 :     return ($i < @$roles) ? $i : undef;
2331 :     }
2332 :     }
2333 :    
2334 :     sub seqs_to_align {
2335 :     my($colN,$genomes,$rows,$subsetR) = @_;
2336 :     my($i);
2337 :    
2338 :     my @seqs = ();
2339 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2340 :     {
2341 :     my $genome = $genomes->[$i];
2342 :     if ($subsetR->{$genome})
2343 :     {
2344 :     push(@seqs,map { "fig|$genome.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$colN]));
2345 :     }
2346 :     }
2347 :     return @seqs;
2348 :     }
2349 :    
2350 :     sub get_homologs {
2351 :     my($fig,$checked,$cutoff,$max) = @_;
2352 :     my($peg,$sim,$id2);
2353 :    
2354 :     my @homologs = ();
2355 :     my %got = map { $_ => 1 } @$checked;
2356 :    
2357 :     foreach $peg (@$checked)
2358 :     {
2359 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,$max,$cutoff,"fig"))
2360 :     {
2361 :     $id2 = $sim->id2;
2362 :     if (! $got{$id2})
2363 :     {
2364 :     push(@homologs,[$sim->psc,$id2]);
2365 :     $got{$id2} = 1;
2366 :     }
2367 :     }
2368 :     }
2369 :     @homologs = map { $_->[1] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @homologs;
2370 :     if (@homologs > $max) { $#homologs = $max-1 }
2371 :    
2372 :     return @homologs;
2373 :     }
2374 :    
2375 :     sub set_links {
2376 :     my($cgi,$out) = @_;
2377 :    
2378 :     my @with_links = ();
2379 :     foreach $_ (@$out)
2380 :     {
2381 :     if ($_ =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)$/)
2382 :     {
2383 :     my($before,$peg,$after) = ($1,$2,$3);
2384 :     push(@with_links, $before . &HTML::fid_link($cgi,$peg) . $after . "\n");
2385 :     }
2386 :     else
2387 :     {
2388 :     push(@with_links,$_);
2389 :     }
2390 :     }
2391 :     return @with_links;
2392 :     }
2393 :    
2394 :     sub backup {
2395 :     my($ssaD) = @_;
2396 :    
2397 :     my $sz1 = &size("$ssaD/spreadsheet") + &size("$ssaD/notes");
2398 :     my $sz2 = &size("$ssaD/spreadsheet~") + &size("$ssaD/notes~");
2399 :     if (abs($sz1-$sz2) > 10)
2400 :     {
2401 :     &make_backup($ssaD);
2402 :     }
2403 :     }
2404 :    
2405 :     sub make_backup {
2406 :     my($ssaD) = @_;
2407 :    
2408 :     &FIG::verify_dir("$ssaD/Backup");
2409 :     my $ts = time;
2410 :     rename("$ssaD/spreadsheet~","$ssaD/Backup/spreadsheet.$ts");
2411 :     rename("$ssaD/notes~","$ssaD/Backup/notes.$ts");
2412 :     &incr_version($ssaD);
2413 :     }
2414 :    
2415 :     sub incr_version {
2416 :     my($dir) = @_;
2417 :     my($ver);
2418 :    
2419 :     if (open(VER,"<$dir/VERSION"))
2420 :     {
2421 :     if (defined($ver = <VER>) && ($ver =~ /^(\S+)/))
2422 :     {
2423 :     $ver = $1;
2424 :     }
2425 :     else
2426 :     {
2427 :     $ver = 0;
2428 :     }
2429 :     close(VER);
2430 :     }
2431 :     else
2432 :     {
2433 :     $ver = 0;
2434 :     }
2435 :     open(VER,">$dir/VERSION") || die "could not open $dir/VERSION";
2436 :     chmod(0777,"$dir/VERSION");
2437 :     $ver++;
2438 :     print VER "$ver\n";
2439 :     }
2440 :    
2441 :    
2442 :     sub size {
2443 :     my($file) = @_;
2444 :    
2445 :     return (-s $file) ? -s $file : 0;
2446 :     }
2447 :    
2448 :     sub reset_ssa {
2449 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2450 :     my($ssa,@spreadsheets,$col_hdrs,$tab,$t,$readable,$url,$link,@tmp);
2451 :    
2452 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) && opendir(BACKUP,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup"))
2453 :     {
2454 :     @spreadsheets = sort { $b <=> $a }
2455 :     map { $_ =~ /^spreadsheet.(\d+)/; $1 }
2456 :     grep { $_ =~ /^spreadsheet/ }
2457 :     readdir(BACKUP);
2458 :     closedir(BACKUP);
2459 :     $col_hdrs = ["When","Number Genomes"];
2460 :     $tab = [];
2461 :     foreach $t (@spreadsheets)
2462 :     {
2463 :     $readable = &FIG::epoch_to_readable($t);
2464 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset_to&ts=$t";
2465 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>$readable</a>";
2466 :     open(TMP,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t")
2467 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t";
2468 :     $/ = "//\n";
2469 :     $_ = <TMP>;
2470 :     $_ = <TMP>;
2471 :     $_ = <TMP>;
2472 :     chomp;
2473 :     $/ = "\n";
2474 :    
2475 :     @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+/ } split(/\n/,$_);
2476 :     push(@$tab,[$link,scalar @tmp]);
2477 :     }
2478 :     }
2479 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Possible Points to Reset From"));
2480 :     }
2481 :    
2482 :     sub reset_ssa_to {
2483 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2484 :     my($ts,$ssa);
2485 :    
2486 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2487 :     ($ts = $cgi->param('ts')) &&
2488 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts"))
2489 :     {
2490 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
2491 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
2492 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts")
2493 :     {
2494 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes";
2495 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
2496 :     }
2497 :     push(@$html,$cgi->h1("Reset"));
2498 :     }
2499 :     }
2500 :    
2501 :     sub make_exchangable {
2502 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2503 :     my($ssa);
2504 :    
2505 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2506 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet") &&
2507 :     open(TMP,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2508 :     {
2509 :     print TMP "1\n";
2510 :     close(TMP);
2511 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2512 :     }
2513 :     }
2514 :    
2515 :     sub make_unexchangable {
2516 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2517 :     my($ssa);
2518 :    
2519 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2520 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2521 :     {
2522 :     unlink("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2523 :     }
2524 :     }
2525 :    
2526 :     sub fid_links {
2527 : overbeek 1.36 my($cgi,$entry,$genome,$suff) = @_;
2528 : overbeek 1.1 my($pegN);
2529 :    
2530 :     my @links = ();
2531 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry->[0]))
2532 :     {
2533 : overbeek 1.36 push(@links,&HTML::fid_link($cgi,"fig|$genome.peg.$pegN","local") . $suff);
2534 : overbeek 1.1 }
2535 : overbeek 1.36 return @links;
2536 : overbeek 1.1 }
2537 :    
2538 :     sub group_by_clusters {
2539 :     my($fig,$genome,$tmp) = @_;
2540 :     my(@pegs,$entry,$pegN,%pegs,$peg,$peg1,%conn,%seen,@entries);
2541 :     my($i,$x,@cluster,@clusters,%in,$best,$cluster,$which,$colors);
2542 :    
2543 :     if (! $cgi->param('show_clusters'))
2544 :     {
2545 :     return map { [$_,"#FFFFFF"] } @$tmp;
2546 :     }
2547 :    
2548 :     @pegs = ();
2549 :     foreach $entry (@$tmp)
2550 :     {
2551 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2552 :     {
2553 :     push(@pegs,"fig|$genome.peg.$pegN");
2554 :     }
2555 :     }
2556 :     %pegs = map { $_ => 1 } @pegs;
2557 : overbeek 1.2 @pegs = keys(%pegs);
2558 : overbeek 1.1
2559 :     foreach $peg (@pegs)
2560 :     {
2561 :     foreach $peg1 (grep { $pegs{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))
2562 :     {
2563 :     push(@{$conn{$peg}},$peg1);
2564 :     }
2565 :     }
2566 :    
2567 :     @clusters = ();
2568 :     while ($peg = shift @pegs)
2569 :     {
2570 :     if (! $seen{$peg})
2571 :     {
2572 :     @cluster = ($peg);
2573 :     $seen{$peg} = 1;
2574 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2575 :     {
2576 :     $x = $conn{$cluster[$i]};
2577 :     foreach $peg1 (@$x)
2578 :     {
2579 :     if (! $seen{$peg1})
2580 :     {
2581 :     push(@cluster,$peg1);
2582 :     $seen{$peg1} = 1;
2583 :     }
2584 :     }
2585 :     }
2586 :     push(@clusters,[@cluster]);
2587 :     }
2588 :     }
2589 :    
2590 :     @clusters = sort { @$b <=> @$a } @clusters;
2591 :     for ($i=0; ($i < @clusters); $i++)
2592 :     {
2593 :     $cluster = $clusters[$i];
2594 :     foreach $peg (@$cluster)
2595 :     {
2596 :     $peg =~ /(\d+)$/;
2597 :     $in{$1} = $i;
2598 :     }
2599 :     }
2600 :    
2601 :     $colors =
2602 :     [
2603 :     '#C0C0C0',
2604 :     '#FF40C0',
2605 :     '#FF8040',
2606 :     '#FF0080',
2607 :     '#FFC040',
2608 :     '#40C0FF',
2609 :     '#40FFC0',
2610 :     '#C08080',
2611 :     '#C0FF00',
2612 :     '#00FF80',
2613 :     '#00C040'
2614 :     ];
2615 :    
2616 :     @entries = ();
2617 :     foreach $entry (@$tmp)
2618 :     {
2619 :     $best = undef;
2620 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2621 :     {
2622 :     $which = $in{$pegN};
2623 :     if ((! defined($best)) || ($best > $which))
2624 :     {
2625 :     $best = $which;
2626 :     }
2627 :     }
2628 :    
2629 :     if (defined($best) && (@{$clusters[$best]} > 1) && ($best < @$colors))
2630 :     {
2631 :     push(@entries,[$entry,$colors->[$best]]);
2632 :     }
2633 :     else
2634 :     {
2635 :     push(@entries,[$entry,'#FFFFFF']);
2636 :     }
2637 :     }
2638 :     return @entries;
2639 :     }

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