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Annotation of /FigWebServices/ssa2.cgi

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Revision 1.34 - (view) (download)

1 : gdpusch 1.34 # -*- perl -*-
2 : overbeek 1.26
3 : overbeek 1.1 use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 :     use HTML;
7 :     use strict;
8 :     use tree_utilities;
9 :    
10 :     use CGI;
11 :     my $cgi = new CGI;
12 :    
13 :     if (0)
14 :     {
15 :     my $VAR1;
16 :     eval(join("",`cat /tmp/ssa_parms`));
17 :     $cgi = $VAR1;
18 : overbeek 1.26 print STDERR &Dumper($cgi);
19 : overbeek 1.1 }
20 :    
21 :     if (0)
22 :     {
23 :     print $cgi->header;
24 :     my @params = $cgi->param;
25 :     print "<pre>\n";
26 :     foreach $_ (@params)
27 :     {
28 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
29 :     }
30 :    
31 :     if (0)
32 :     {
33 :     if (open(TMP,">/tmp/ssa_parms"))
34 :     {
35 :     print TMP &Dumper($cgi);
36 :     close(TMP);
37 :     }
38 :     }
39 :     exit;
40 :     }
41 :    
42 :     my $request = $cgi->param("request");
43 :     if ($request && ($request eq "show_tree"))
44 :     {
45 :     print $cgi->header;
46 :     &show_tree;
47 :     exit;
48 :     }
49 :    
50 :     my $html = [];
51 :    
52 :     my $user = $cgi->param('user');
53 :     if ((! $user) || ($user !~ /^master:\S+/))
54 :     {
55 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, you need to specify a master user to modify subsystem annotations"));
56 :     }
57 : olson 1.10 elsif ($cgi->param("export_align_input"))
58 :     {
59 :     print $cgi->header;
60 :     print "exporting alignment input\n";
61 :     exit;
62 :     }
63 : olson 1.17 elsif ($cgi->param("extend_with_billogix"))
64 :     {
65 :     #
66 :     # Start a bg task to extend the subsystem.
67 :     #
68 :    
69 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
70 :     my $user = $cgi->param('user');
71 :    
72 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
73 :    
74 :     TEST:
75 :     {
76 :     if ($sub)
77 :     {
78 :     #
79 :     # See if there's already an extend job running.
80 :     #
81 :    
82 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
83 :     if ($curpid)
84 :     {
85 :     warn "Found current pid $curpid\n";
86 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
87 :     warn "job is $j\n";
88 : olson 1.18 warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
89 : olson 1.17 if ($j && $j->running())
90 :     {
91 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
92 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
93 :     last;
94 :     }
95 :     }
96 :    
97 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {
98 :     $sub->extend_with_billogix($user);
99 :     });
100 :    
101 :     push(@$html,
102 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
103 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
104 :    
105 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
106 :     }
107 :     else
108 :     {
109 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
110 :     }
111 :     }
112 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
113 :    
114 :     exit;
115 :    
116 :     }
117 : overbeek 1.1 else
118 :     {
119 :     $request = defined($request) ? $request : "";
120 :    
121 :     if ($request eq "reset")
122 :     {
123 :     &reset_ssa($fig,$cgi,$html);
124 :     }
125 :     elsif ($request eq "reset_to")
126 :     {
127 :     &reset_ssa_to($fig,$cgi,$html);
128 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
129 :     }
130 :     elsif ($request eq "make_exchangable")
131 :     {
132 :     &make_exchangable($fig,$cgi,$html);
133 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
134 :     }
135 :     elsif ($request eq "make_unexchangable")
136 :     {
137 :     &make_unexchangable($fig,$cgi,$html);
138 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
139 :     }
140 :     elsif ($request eq "show_ssa")
141 :     {
142 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
143 :     }
144 :     elsif ($request eq "show_ssa_noload")
145 :     {
146 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
147 :     }
148 : olson 1.8 #
149 :     # Note that this is a little different; I added another submit button
150 :     # to the delete_or_export_ssa form, so have to distinguish between them
151 :     # here based on $cgi->param('delete_export') - the original button,
152 :     # or $cgi->param('publish') - the new one.
153 :     #
154 :     elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
155 :     defined($cgi->param('delete_export')))
156 : overbeek 1.1 {
157 :     my($ssa,$exported);
158 :     $exported = 0;
159 :     foreach $ssa ($cgi->param('export'))
160 :     {
161 :     if (! $exported)
162 :     {
163 :     print $cgi->header;
164 :     print "<pre>\n";
165 :     }
166 :     &export($fig,$cgi,$ssa);
167 :     $exported = 1;
168 :     }
169 :    
170 :     foreach $ssa ($cgi->param('export_assignments'))
171 :     {
172 :     &export_assignments($fig,$cgi,$ssa);
173 :     }
174 :    
175 :     foreach $ssa ($cgi->param('delete'))
176 :     {
177 : olson 1.28 my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
178 :     $sub->delete_indices();
179 :    
180 : olson 1.33 my $cmd = "rm -rf '$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa'";
181 : olson 1.14 my $rc = system $cmd;
182 : overbeek 1.1 }
183 :    
184 :     if (! $exported)
185 :     {
186 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
187 :     }
188 :     else
189 :     {
190 :     print "</pre>\n";
191 :     exit;
192 :     }
193 :     }
194 : olson 1.8 elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
195 :     defined($cgi->param('publish')))
196 :     {
197 :     my($ssa,$exported);
198 :     my($ch) = $fig->get_clearinghouse();
199 :    
200 :     print $cgi->header;
201 :    
202 :     if (!defined($ch))
203 :     {
204 :     print "cannot publish: clearinghouse not available\n";
205 :     exit;
206 :     }
207 :    
208 :     foreach $ssa ($cgi->param('publish_to_clearinghouse'))
209 :     {
210 :     print "<h2>Publishing $ssa to clearinghouse...</h2>\n";
211 :     $| = 1;
212 :     print "<pre>\n";
213 :     my $res = $fig->publish_subsystem_to_clearinghouse($ssa);
214 :     print "</pre>\n";
215 :     if ($res)
216 :     {
217 :     print "Published <i>$ssa </i> to clearinghouse<br>\n";
218 :     }
219 :     else
220 :     {
221 :     print "<b>Failed</b> to publish <i>$ssa</i> to clearinghouse<br>\n";
222 :     }
223 :     }
224 :     exit;
225 :     }
226 : overbeek 1.26 elsif (($request eq "new_ssa") && ($cgi->param('copy_from1')) && (! $cgi->param('cols_to_take1')))
227 :     {
228 :     my $user = $cgi->param('user');
229 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
230 :     my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
231 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
232 :     my(@roles1,@roles2);
233 :    
234 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
235 :     -method => 'post'),
236 :     $cgi->hidden(-name => 'copy_from1', -value => $copy_from1, -override => 1),
237 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
238 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
239 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1)
240 :     );
241 :    
242 :     @roles1 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from1);
243 :     if (@roles1 > 0)
244 :     {
245 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from1"),
246 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take1',
247 :     -values => ['all',@roles1],
248 :     -size => 10,
249 :     -multiple => 1
250 :     ),
251 :     $cgi->hr
252 :     );
253 :     }
254 :    
255 :     if ($copy_from2)
256 :     {
257 :     @roles2 = $fig->subsystem_to_roles($copy_from2);
258 :     if (@roles2 > 0)
259 :     {
260 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'copy_from2', -value => $copy_from2, -override => 1));
261 :     push(@$html,$cgi->h1("select columns to be taken from $copy_from2"),
262 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'cols_to_take2',
263 :     -values => ['all',@roles2],
264 :     -size => 10,
265 :     -multiple => 1
266 :     ),
267 :     $cgi->hr
268 :     );
269 :     }
270 :     }
271 :     push(@$html,$cgi->submit('build new subsystem'),
272 :     $cgi->end_form
273 :     );
274 :     }
275 : overbeek 1.1 elsif ($request eq "new_ssa")
276 :     {
277 :     &new_ssa($fig,$cgi,$html);
278 :     }
279 :     else
280 :     {
281 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
282 :     }
283 :     }
284 :    
285 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
286 :    
287 : overbeek 1.26
288 : overbeek 1.1 sub show_initial {
289 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
290 :     my($set,$when,$comment);
291 :    
292 :     my $user = $cgi->param('user');
293 :     my @ssa = &existing_subsystem_annotations;
294 :    
295 :     if (@ssa > 0)
296 :     {
297 : overbeek 1.3 &format_ssa_table($cgi,$html,$user,\@ssa);
298 : overbeek 1.1 }
299 :    
300 :     my $target = "window$$";
301 : overbeek 1.24 push(@$html, $cgi->h1('To Start or Copy a Subsystem'),
302 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
303 : overbeek 1.1 -target => $target,
304 :     -method => 'post'),
305 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
306 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1),
307 : overbeek 1.24 "Name of New Subsystem: ",
308 : overbeek 1.1 $cgi->textfield(-name => "ssa_name", -size => 50),
309 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => 1, -override => 1),
310 : overbeek 1.1 $cgi->br,
311 : overbeek 1.26
312 : overbeek 1.24 "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
313 : overbeek 1.26 $cgi->textfield(-name => "copy_from1", -size => 50),
314 : overbeek 1.24 $cgi->br,
315 : overbeek 1.26
316 :     "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
317 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from2", -size => 50),
318 :     $cgi->br,
319 :    
320 : overbeek 1.24 $cgi->submit('start new subsystem'),
321 : overbeek 1.27 $cgi->end_form,
322 :     "<br>You can start a subsystem from scratch, in which case you should leave these two \"copy from\"
323 :     fields blank. If you wish to just copy a subsystem (in order to become the owner so that you can modify it),
324 :     just fill in one of the \"copy from\" fields with the name of the subsystem you wish to copy. If you wish to
325 :     extract a a subset of the columns to build a smaller spreadsheet (which could later be merged with another one),
326 :     fill in the name of the subsystem. You will be prompted for the columns that you wish to extract (choose <i>all</i> to
327 :     just copy all of the columns). Finally, if you wish to build a new spreadsheet by including columns from two existing
328 :     spreadsheets (including a complete merger), fill in the names of both the existing \"copy from\" subsystems"
329 : overbeek 1.1 );
330 :     }
331 :    
332 :     sub new_ssa {
333 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
334 :    
335 :     my $user = $cgi->param('user');
336 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
337 :    
338 :     if (! $user)
339 :     {
340 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user before starting a new subsystem annotation'));
341 :     return;
342 :     }
343 :    
344 :     if (! $name)
345 :     {
346 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem name'));
347 :     return;
348 :     }
349 :    
350 :     my $ssa = $name;
351 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
352 : overbeek 1.1 &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Subsystems");
353 :    
354 :     if (-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa")
355 :     {
356 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a new subsystem name; $ssa already is being used"));
357 :     return;
358 :     }
359 :     mkdir("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa",0777)
360 :     || die "could not make $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa";
361 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
362 :    
363 :     open(LOG,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log")
364 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log";
365 :     my $time = time;
366 :     print LOG "$time\t$user\tstarted\n";
367 :     close(LOG);
368 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
369 :    
370 : overbeek 1.26 my $copy_from1 = $cgi->param('copy_from1');
371 :     $copy_from1 =~ s/[ \/]/_/g;
372 :     my $copy_from2 = $cgi->param('copy_from2');
373 :     $copy_from2 =~ s/[ \/]/_/g;
374 :     my @cols_to_take1 = $cgi->param('cols_to_take1');
375 :     my @cols_to_take2 = $cgi->param('cols_to_take2');
376 :     my @subsys = ([],[],{}); # ([[Abbrev1,Role1],[Abbrev2,Role2],...],[Genome1,Genome2,...],PegHash)
377 :     # PegHash keys are of the form "$genome\t$role"
378 :     if ($copy_from1 && (@cols_to_take1 > 0))
379 :     {
380 :     &add_to_subsys($fig,$copy_from1,\@cols_to_take1,\@subsys);
381 :     }
382 :    
383 :     if ($copy_from2 && (@cols_to_take2 > 0))
384 : overbeek 1.24 {
385 : overbeek 1.26 &add_to_subsys($fig,$copy_from2,\@cols_to_take2,\@subsys);
386 :     }
387 :     if ((@{$subsys[0]} > 0) && (@{$subsys[1]} > 0))
388 :     {
389 :     # the following is a little ugly. In order to merge PEGs from two tables,
390 :     # subsys[2]->{$key} was made a hash keyed on peg IDs with values of 1. The
391 :     # write_subsystem_spreadsheet routine expects a list of peg IDs instead. The
392 :     # conversion is straightforward, but a bit opaque.
393 :     foreach $_ (keys(%{$subsys[2]}))
394 : overbeek 1.24 {
395 : overbeek 1.26 $subsys[2]->{$_} = [keys(%{$subsys[2]->{$_}})];
396 :     }
397 :     $fig->write_subsystem_spreadsheet($ssa,$subsys[0],$subsys[1],$subsys[2]);
398 :    
399 :     if ($copy_from1 && (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from1/notes"))
400 :     {
401 :     &FIG::run("cat \"$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from1/notes\" >> \"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes\"");
402 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
403 :     }
404 :    
405 :     if ($copy_from2 && (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from2/notes"))
406 :     {
407 :     &FIG::run("cat \"$FIG_Config::data/Subsystems/$copy_from2/notes\" >> \"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes\"");
408 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
409 : overbeek 1.24 }
410 :     }
411 : overbeek 1.26 $cgi->param(-name => "can_alter",
412 :     -value => 1);
413 : overbeek 1.1 &show_ssa($fig,$cgi,$html);
414 :     }
415 :    
416 : overbeek 1.26 sub add_to_subsys {
417 :     my($fig,$from,$cols,$subsys) = @_;
418 :     my($genomes,@genomes,$role,$genome,$peg);
419 :     my($roles,%to_add,@to_add);
420 :    
421 :     (undef,undef,undef,$roles) = $fig->subsystem_info($from);
422 :     my $all = grep { $_ eq "all" } @$cols;
423 :    
424 :     if (! $all)
425 :     {
426 :     %to_add = map { $_ => 1 } @$cols;
427 :     @to_add = grep { $to_add{$_->[1]} } @$roles; # list of [Abbrev,Role] now
428 :     }
429 :     else
430 :     {
431 :     @to_add = @$roles;
432 :     }
433 :     &add_cols($subsys,\@to_add);
434 :     $genomes = $fig->subsystem_genomes($from);
435 :     @genomes = map { $_->[0] } @$genomes;
436 :     &add_genomes($subsys,\@genomes);
437 :    
438 :     foreach $role (map { $_->[1] } @to_add)
439 :     {
440 :     foreach $genome (@genomes)
441 :     {
442 :     foreach $peg ($fig->pegs_in_subsystem_cell($from,$genome,$role))
443 :     {
444 :     $subsys->[2]->{"$genome\t$role"}->{$peg} = 1;
445 :     }
446 :     }
447 :     }
448 :     }
449 :    
450 :     sub add_cols {
451 :     my($subsys,$roles) = @_;
452 :     my($genome,$i,$role);
453 :    
454 :     foreach $role (@$roles)
455 :     {
456 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[0]}) && ($role->[1] ne $subsys->[0]->[$i]->[1]); $i++) {}
457 :     if ($i == @{$subsys->[0]})
458 :     {
459 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[0]}) && ($subsys->[0]->[$i]->[0] ne $role->[0]); $i++) {}
460 :     if ($i < @{$subsys->[0]})
461 :     {
462 :     $role->[0] .= "*"; # needed to disambiguate abbreviations
463 :     }
464 :     push(@{$subsys->[0]},$role);
465 :     }
466 :     }
467 :     }
468 :    
469 :     sub add_genomes {
470 :     my($subsys,$genomes) = @_;
471 :     my($genome,$i);
472 :    
473 :     foreach $genome (@$genomes)
474 :     {
475 :     for ($i=0; ($i < @{$subsys->[1]}) && ($genome ne $subsys->[1]->[$i]); $i++) {}
476 :     if ($i == @{$subsys->[1]})
477 :     {
478 :     push(@{$subsys->[1]},$genome);
479 :     }
480 :     }
481 :     }
482 :    
483 : overbeek 1.1 sub show_ssa {
484 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
485 :    
486 :     my $user = $cgi->param('user');
487 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
488 :    
489 :     if (! $user)
490 :     {
491 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
492 :     return;
493 :     }
494 :    
495 :     if (! $ssa)
496 :     {
497 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
498 :     return;
499 :     }
500 :    
501 :     my $name = $ssa;
502 :     $name =~ s/_/ /g;
503 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
504 : overbeek 1.1
505 :     if (open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
506 :     {
507 :     $/ = "//\n";
508 :     my($i,$role,%pos,$subset,$adj_subset,$genome,$row,$abbrev);
509 :     if (defined($_ = <SSA>) && $_)
510 :     {
511 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
512 :     $i = 1;
513 :     foreach $role (split(/\n/,$_))
514 :     {
515 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
516 :     {
517 :     $role = $2;
518 :     $abbrev = $1;
519 :     }
520 :     else
521 :     {
522 :     $abbrev = "";
523 :     }
524 :     $cgi->param(-name => "posR$i", -value => $i);
525 :     $cgi->param(-name => "role$i", -value => $role);
526 :     $cgi->param(-name => "abbrev$i", -value => $abbrev);
527 :     $pos{$role} = $i;
528 :     $i++;
529 :     }
530 : overbeek 1.3
531 : overbeek 1.1 if (defined($_ = <SSA>) && $_)
532 :     {
533 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
534 :     my($subsetsC,$subsetsR) = split(/\n\n/,$_);
535 :     $i = 1;
536 :     my @subsetsC = split(/\n/,$subsetsC);
537 :     my $active_subsetC = (@subsetsC > 0) ? pop @subsetsC : "All";
538 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC);
539 :     foreach $subset (@subsetsC)
540 :     {
541 :     my($nameCS,@subset_members) = split(/\s+/,$subset);
542 :     $cgi->param(-name => "nameCS$i", -value => $nameCS);
543 :     $adj_subset = join(" ",map { $pos{$_} ? $pos{$_} : $_ } @subset_members);
544 :     $cgi->param(-name => "subsetC$i", -value => $adj_subset);
545 :     $i++;
546 :     }
547 :    
548 :     my $active_subsetR = ($subsetsR && ($subsetsR =~ /^(\S[^\n]+\S)/)) ? $1 : "All";
549 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetR', -value => $active_subsetR);
550 :     $/ = "\n";
551 :     $i = 1;
552 : overbeek 1.9 my(%seen);
553 : overbeek 1.1 while (defined($_ = <SSA>))
554 :     {
555 :     chop;
556 :     my($entry,$checked);
557 :     my @row = split(/\t/,$_);
558 : overbeek 1.9 next if ($seen{$row[0]});
559 :     $seen{$row[0]} = 1;
560 :    
561 : overbeek 1.1 if (@row > 0)
562 :     {
563 :     $genome = shift @row;
564 :     $cgi->param(-name => "genome$i", -value => $genome);
565 :     $checked = shift @row;
566 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => $checked);
567 :     }
568 :     else
569 :     {
570 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => 0);
571 :     }
572 :    
573 :     my $j = 1;
574 :     foreach $entry (@row)
575 :     {
576 :     $cgi->param(-name => "row$i.$j", -value => $entry);
577 :     $j++;
578 :     }
579 :     $i++;
580 :     }
581 :     }
582 :     close(SSA);
583 :     }
584 : overbeek 1.3
585 : overbeek 1.1 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
586 :     {
587 : olson 1.22 my $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
588 : overbeek 1.31 if (! $notes)
589 :     {
590 :     confess "BAD notes";
591 :     }
592 : overbeek 1.1 $cgi->param(-name => 'notes', -value => $notes);
593 :     }
594 :     }
595 :     else
596 :     {
597 :     &format_empty_ssa("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
598 :     }
599 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
600 :     }
601 :    
602 :     sub format_empty_ssa {
603 :     my($file) = @_;
604 :    
605 :     open(SSA,">$file") || die "aborted";
606 :     print SSA "//\nAll\n\n";
607 :     &print_default_genome_set(\*SSA);
608 :     print SSA "//\n";
609 :     close(SSA);
610 :     }
611 :    
612 :     sub print_default_genome_set {
613 :     my($fh) = @_;
614 :    
615 :     print $fh &default_genome_set, "\n";
616 :     }
617 :    
618 :     sub default_genome_set {
619 :     return "All";
620 :     }
621 :    
622 :     sub show_ssa_noload {
623 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
624 :     my($col);
625 :    
626 :     my $user = $cgi->param('user');
627 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
628 : overbeek 1.5 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
629 : overbeek 1.1 if (! $user)
630 :     {
631 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
632 :     return;
633 :     }
634 :    
635 :     if (! $ssa)
636 :     {
637 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
638 :     return;
639 :     }
640 :    
641 :     my $name = $ssa;
642 :     $name =~ s/_/ /g;
643 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
644 : overbeek 1.1
645 :     push(@$html, $cgi->h1("Subsystem: $name"),
646 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
647 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
648 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
649 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'show_ssa_noload', -override => 1),
650 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
651 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
652 :     $cgi->br,
653 :     );
654 :    
655 :     my($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows) = &write_spreadsheet_from_input_parameters($fig,$cgi,$html,$ssa,$user);
656 :     &format_roles($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows);
657 :     &format_subsets($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
658 :     &format_rows($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
659 :    
660 : overbeek 1.5 if ($can_alter)
661 : overbeek 1.3 {
662 :     &format_extend_with($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles);
663 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
664 :     push(@$html,$cgi->br);
665 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
666 :     }
667 :     else
668 :     {
669 :     push(@$html,$cgi->br);
670 :     push(@$html,$cgi->submit('show spreadsheet'),$cgi->br);
671 : olson 1.11
672 : overbeek 1.3 }
673 : olson 1.17
674 : olson 1.11 push(@$html, $cgi->a({href => "ss_export.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa"},
675 :     "Export subsystem data"),
676 :     $cgi->br);
677 :    
678 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_clusters', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show clusters'),$cgi->br);
679 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing'),$cgi->br);
680 : overbeek 1.24 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches'),
681 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
682 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
683 :     $cgi->br
684 :     );
685 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'refill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'refill spreadsheet from scratch'),$cgi->br);
686 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_dups', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show duplicates'),$cgi->br);
687 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_problems', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs in roles that do not match precisely'),$cgi->br);
688 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_excluded', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs that have roles, but not in spreadsheet'),$cgi->br);
689 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'add_solid', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'Add Genomes with Solid Hits'),$cgi->br);
690 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled_fast', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs fast [depends on existing pins/clusters]'),$cgi->br);
691 : overbeek 1.3 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs[figure 2 minutes per PEG in spreadsheet]'),$cgi->br);
692 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->br,"Align column: ",
693 :     $cgi->textfield(-name => "col_to_align", -size => 7),
694 : olson 1.10 $cgi->checkbox(-name => "show_align_input", -checked => 0,
695 :     -label => "show input to alignment tool"),
696 : overbeek 1.1 $cgi->br,"Include homologs that pass the following threshhold: ",
697 :     $cgi->textfield(-name => "include_homo", -size => 10)," (leave blank to see just column)",
698 :     " Max homologous seqs: ",$cgi->textfield(-name => "max_homo", -value => 100, -size => 6),
699 : olson 1.17 );
700 :    
701 :     if ($can_alter)
702 :     {
703 :     push(@$html,
704 :     $cgi->p,
705 :     $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension",
706 :     -name => "extend_with_billogix"),
707 :     $cgi->br);
708 :     }
709 :     push(@$html, $cgi->hr);
710 : overbeek 1.1
711 :     if ($cgi->param('show_missing'))
712 :     {
713 :     &format_missing($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
714 :     }
715 :    
716 : olson 1.15 if ($cgi->param('show_missing_including_matches'))
717 :     {
718 : olson 1.16 #
719 :     # Need to end the form that was started above; hope that doesn't cause problems.
720 :     #
721 :     push(@$html, $cgi->end_form);
722 :    
723 : olson 1.15 &format_missing_including_matches($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
724 :     }
725 :    
726 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('show_dups'))
727 :     {
728 :     &format_dups($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
729 :     }
730 :    
731 :     if ($cgi->param('show_excluded'))
732 :     {
733 :     &format_excluded($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
734 :     }
735 :    
736 :     if ($cgi->param('show_coupled'))
737 :     {
738 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"careful",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
739 :     }
740 :     elsif ($cgi->param('show_coupled_fast'))
741 :     {
742 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"fast",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
743 :     }
744 :    
745 :     if ($col = $cgi->param('col_to_align'))
746 :     {
747 :     &align_column($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR);
748 :     }
749 :    
750 : overbeek 1.26 my $notes = $cgi->param('notes');;
751 :     if ((-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes") && (! $notes))
752 : overbeek 1.1 {
753 : olson 1.22 $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
754 : overbeek 1.31 if (! $notes)
755 :     {
756 :     confess "BAD notes";
757 :     }
758 : overbeek 1.1 }
759 :     push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
760 :     }
761 :    
762 :     sub format_extend_with {
763 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;
764 :     my($org,$gs);
765 :    
766 :     # if (@$genomes > 0)
767 :     # {
768 :     my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;
769 :     my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); "$gs ($org)" }
770 :     grep { ! $genomes{$_} }
771 :     $fig->genomes("complete",undef);
772 :     push(@$html,
773 :     $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),
774 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
775 :     -values => [@orgs],
776 :     -size => 10,
777 :     -multiple => 1
778 :     ),
779 :     $cgi->hr
780 :     );
781 :     # }
782 :     # else
783 :     # {
784 :     # my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","not checked","checked"];
785 :     # my @checked = $cgi->radio_group(-name => 'vcode1',-values => [0,1], -nolabels => 1, -override => 1);
786 :     # my $row = [$cgi->textfield(-name => "genome1", -size => 15),"",@checked];
787 :     # my $i = 1;
788 :     # my $role;
789 :     # while ($i < @$roles)
790 :     # {
791 :     # push(@$row,$cgi->textfield(-name => "row1.$i", -size => 15));
792 :     # $i++;
793 :     # }
794 :     # my $tab = [$row];
795 :     # push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
796 :     # $cgi->hr
797 :     # );
798 :     # }
799 :     }
800 :    
801 :     sub format_rows {
802 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
803 :    
804 :     my($i);
805 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
806 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
807 :     # print &Dumper($subsetsC,$subsetC,$active_subsetC); die "aborted";
808 :     if (@$rows > 0)
809 :     {
810 :     my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
811 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
812 :     {
813 :     if ($roles->[$i])
814 :     {
815 :     if ($subsetC->{$i})
816 :     {
817 :     if ($roles->[$i] =~ /^(.*\S.*)\t(.*)$/)
818 :     {
819 :     push(@$col_hdrs,$1);
820 :     }
821 :     else
822 :     {
823 :     push(@$col_hdrs,$i);
824 :     }
825 :     }
826 :     }
827 :     }
828 :     my $tab = [];
829 :    
830 : overbeek 1.6 &format_existing_rows($fig,$cgi,$html,$tab,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs);
831 : overbeek 1.1
832 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
833 :     $cgi->hr
834 :     );
835 :    
836 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'sort',
837 :     -value => ['unsorted','alphabetic','by_variant','by_phylo','by_tax_id'],
838 :     -default => 'unsorted'
839 :     ));
840 :     }
841 :     }
842 :    
843 :     sub format_existing_rows {
844 : overbeek 1.6 my($fig,$cgi,$html,$tab,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs) = @_;
845 : overbeek 1.1 my($i,$j,$genome,$row,$entries);
846 :     my(@tab1);
847 :    
848 :     if (@$genomes != @$rows)
849 :     {
850 :     print STDERR &Dumper($genomes,$rows); die "mismatch between genomes and rows";
851 :     }
852 :    
853 :     my $iR = 1;
854 :     for ($i=0; ($i < @$genomes); $i++)
855 :     {
856 :     $genome = $genomes->[$i];
857 :     next if (! $genome);
858 :     my $vcode_value = $rows->[$i]->[0];
859 :    
860 :     my @tmp = ();
861 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
862 :     {
863 :     $rows->[$i]->[$j] = &verify_entry($fig,$genome,$rows->[$i]->[$j]);
864 :     if ($subsetR->{$genome} && $subsetC->{$j})
865 :     {
866 : overbeek 1.6 if ($cgi->param('refill'))
867 :     {
868 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
869 :     }
870 : overbeek 1.1 elsif ($cgi->param('precise_fill') && (! $rows->[$i]->[$j]))
871 :     {
872 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
873 :     }
874 :     }
875 :     $tmp[$j-1] = $rows->[$i]->[$j];
876 :     }
877 :    
878 :     @tmp = &group_by_clusters($fig,$genome,\@tmp);
879 :    
880 :     if ($subsetR->{$genome})
881 :     {
882 :     my $variant = join("", map { ($_->[0] =~ /\S/) ? 1 : 0 } @tmp);
883 : overbeek 1.3
884 :     my($genomeV,$vcodeV);
885 :     if ($cgi->param('can_alter'))
886 :     {
887 :     $genomeV = $cgi->textfield(-name => "genome$iR", -size => 15, -value => $genome, -override => 1);
888 :     $vcodeV = $cgi->textfield(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -size => 5);
889 :     }
890 :     else
891 :     {
892 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
893 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value));
894 :     $genomeV = $genome;
895 :     $vcodeV = $vcode_value;
896 :     }
897 :    
898 : olson 1.21 #
899 :     # Wrap genomeV in a <a name> tag so we can zing here too.
900 :     #
901 :    
902 :     $genomeV = "<a name=\"$genome\">$genomeV</a>";
903 :    
904 : overbeek 1.1 $row = [[$genome,$variant], # key for sorting
905 : overbeek 1.3 $genomeV,
906 : overbeek 1.1 &ext_genus_species($fig,$genome),
907 : overbeek 1.3 $vcodeV
908 : overbeek 1.1 ];
909 :     $j = 1;
910 :     while ($j < @$roles)
911 :     {
912 :     if ($roles->[$j])
913 :     {
914 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
915 :     if ($subsetC->{$j})
916 :     {
917 :     push(@$row,&fid_links($cgi,$tmp[$j-1],$genome));
918 :     }
919 :     }
920 :     $j++;
921 :     }
922 :     push(@tab1,$row);
923 :     }
924 :     else
925 :     {
926 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
927 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -override => 1)
928 :     );
929 :    
930 :     $j = 1;
931 :     while ($j < @$roles)
932 :     {
933 :     if ($roles->[$j])
934 :     {
935 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
936 :     }
937 :     $j++;
938 :     }
939 :     }
940 :     $iR++;
941 :     }
942 :    
943 :     my($sort);
944 :     if ($sort = $cgi->param('sort'))
945 :     {
946 :     if ($sort eq "by_variant")
947 :     {
948 :     @tab1 = sort { ($a->[0]->[1] cmp $b->[0]->[1]) or ($fig->genus_species($a->[0]->[0]) cmp $fig->genus_species($b->[0]->[0])) } @tab1;
949 :     }
950 :     elsif ($sort eq "by_phylo")
951 :     {
952 :     @tab1 = map { $_->[0] }
953 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
954 :     map { [$_, $fig->taxonomy_of($_->[0]->[0])] }
955 :     @tab1;
956 :     }
957 :     elsif ($sort eq "by_tax_id")
958 :     {
959 :     @tab1 = map { $_->[0] }
960 :     sort { $a->[1] <=> $b->[1] }
961 :     map { [$_, $_->[0]->[0]] }
962 :     @tab1;
963 :     }
964 :     elsif ($sort eq "alphabetic")
965 :     {
966 :     @tab1 = map { $_->[0] }
967 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
968 :     map { [$_, $fig->genus_species($_->[0]->[0])] }
969 :     @tab1;
970 :     }
971 :     }
972 :    
973 :     my $x;
974 :     foreach $x (@tab1)
975 :     {
976 : overbeek 1.6 if ((@$tab > 0) && ((@$tab % 10) == 0))
977 :     {
978 :     push(@$tab,[map { "<b>$_</b>" } @$col_hdrs]) ;
979 :     }
980 : overbeek 1.1 shift @$x; # eliminate sort key
981 :     push(@$tab,$x);
982 :     }
983 :     }
984 :    
985 :     sub format_subsets {
986 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
987 :    
988 :     &format_subsetsC($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC);
989 :     &format_subsetsR($fig,$cgi,$html,$subsetsR,$active_subsetR);
990 :     }
991 :    
992 :     sub format_subsetsC {
993 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC) = @_;
994 :     my($i);
995 :    
996 :     my $col_hdrs = ["Subset","Includes These Roles"];
997 :     my $tab = [];
998 :    
999 :     my $n = 1;
1000 : overbeek 1.3 &format_existing_subsetsC($cgi,$html,$tab,$subsetsC,\$n);
1001 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1002 : overbeek 1.1 {
1003 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1004 :     {
1005 :     &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$n,"");
1006 :     $n++;
1007 :     }
1008 : overbeek 1.1 }
1009 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsets of Roles"),
1010 :     $cgi->hr
1011 :     );
1012 :    
1013 :     if (keys(%$subsetsC) > 1)
1014 :     {
1015 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetC',
1016 :     -values => [sort keys(%$subsetsC)],
1017 :     -default => $active_subsetC
1018 :     ),
1019 :     $cgi->br
1020 :     );
1021 :     }
1022 :     else
1023 :     {
1024 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC, -override => 1));
1025 :     }
1026 :     }
1027 :    
1028 :     sub format_subsetsR {
1029 :     my($fig,$cgi,$html,$subsets,$active_subsetR) = @_;
1030 :     my($i);
1031 :    
1032 :     my $link = &tree_link;
1033 :     push(@$html,$cgi->br,$link,$cgi->br);
1034 :    
1035 :     my @tmp = grep { $_ ne "All" } sort keys(%$subsets);
1036 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetR',
1037 :     -values => ["All",@tmp],
1038 :     -default => $active_subsetR,
1039 :     -size => 5
1040 :     ),
1041 :     $cgi->br
1042 :     );
1043 :     }
1044 :    
1045 :     sub format_existing_subsetsC {
1046 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$subsetsC,$nP) = @_;
1047 : overbeek 1.1 my($nameCS);
1048 :    
1049 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
1050 :     {
1051 : overbeek 1.3 &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$$nP,$nameCS,$subsetsC->{$nameCS});
1052 : overbeek 1.1 $$nP++;
1053 :     }
1054 :     }
1055 :    
1056 :     sub format_subsetC {
1057 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$n,$nameCS,$subsetC) = @_;
1058 : overbeek 1.1
1059 :     if ($nameCS ne "All")
1060 :     {
1061 :     my $subset = join(",",sort { $a <=> $b } keys(%$subsetC));
1062 : overbeek 1.3 my($posT,$subsetT);
1063 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1064 :     {
1065 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "nameCS$n", -size => 30, -value => $nameCS, -override => 1);
1066 :     $subsetT = $cgi->textfield(-name => "subsetC$n", -size => 80, -value => $subset, -override => 1);
1067 :     }
1068 :     else
1069 :     {
1070 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "nameCS$n", -value => $nameCS, -override => 1),
1071 :     $cgi->hidden(-name => "subsetC$n", -value => $subset, -override => 1));
1072 :     $posT = $nameCS;
1073 :     $subsetT = $subset;
1074 :     }
1075 : overbeek 1.1 push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
1076 :     }
1077 :     }
1078 :    
1079 :     sub format_roles {
1080 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1081 :     my($i);
1082 :    
1083 :     my $col_hdrs = ["Column","Abbrev","Functional Role"];
1084 :     my $tab = [];
1085 :    
1086 :     my $n = 1;
1087 : overbeek 1.3 &format_existing_roles($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,\$n,$genomes,$rows);
1088 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1089 : overbeek 1.1 {
1090 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
1091 :     {
1092 :     &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$n,"",$roles,$genomes,$rows);
1093 :     $n++;
1094 :     }
1095 : overbeek 1.1 }
1096 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Functional Roles"),
1097 :     $cgi->hr
1098 :     );
1099 :     }
1100 :    
1101 :     sub format_existing_roles {
1102 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,$nP,$genomes,$rows) = @_;
1103 : overbeek 1.1 my($role,$i);
1104 :    
1105 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1106 :     {
1107 :     $role = $roles->[$i];
1108 : overbeek 1.3 &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$$nP,$role,$roles,$genomes,$rows);
1109 : overbeek 1.1 $$nP++;
1110 :     }
1111 :     }
1112 :    
1113 :     sub format_role {
1114 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$n,$role,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1115 : overbeek 1.1 my($abbrev,$text);
1116 :    
1117 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1118 :     {
1119 :     $abbrev = $1;
1120 :     $text = $2;
1121 :     }
1122 :     else
1123 :     {
1124 :     $abbrev = "";
1125 :     $text = $role;
1126 :     }
1127 :    
1128 : overbeek 1.3 my($posT,$abbrevT,$roleT);
1129 :     if ($cgi->param('can_alter'))
1130 :     {
1131 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "posR$n", -size => 3, -value => $n, -override => 1);
1132 :     $abbrevT = $cgi->textfield(-name => "abbrev$n", -size => 7, -value => $abbrev, -override => 1);
1133 :     $roleT = $cgi->textfield(-name => "role$n", -size => 80, -value => $text, -override => 1);
1134 :     }
1135 :     else
1136 :     {
1137 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "posR$n", -value => $n, -override => 1),
1138 :     $cgi->hidden(-name => "abbrev$n", -value => $abbrev, -override => 1),
1139 :     $cgi->hidden(-name => "role$n", -value => $text, -override => 1));
1140 :     $posT = $n;
1141 :     $abbrevT = $abbrev;
1142 :     $roleT = $text;
1143 :     }
1144 : olson 1.21 #
1145 :     # Wrap the first element in the table with a <A NAME="role_rolename"> tag
1146 :     # so we can zing to it from elsewhere. We remove any non-alphanumeric
1147 :     # chars in the role name.
1148 :     #
1149 :    
1150 :     my $posT_html;
1151 :     {
1152 :     my $rn = $text;
1153 : overbeek 1.26 $rn =~ s/[ \/]/_/g;
1154 : olson 1.21 $rn =~ s/\W//g;
1155 :    
1156 :     $posT_html = "<a name=\"$rn\">$posT</a>";
1157 :     }
1158 :    
1159 :    
1160 :     push(@$tab,[$posT_html,$abbrevT,$roleT]);
1161 : overbeek 1.24
1162 :     my @roles = grep { $_->[0] ne $text } &gene_functions_in_col($fig,$n,$roles,$genomes,$rows);
1163 :     my($x,$peg);
1164 :     foreach $x (@roles)
1165 : overbeek 1.1 {
1166 : overbeek 1.24 push(@$tab,["","",$x->[0]]);
1167 :     if ($cgi->param('check_problems'))
1168 : overbeek 1.1 {
1169 : overbeek 1.24 push(@$tab,["","",join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_) } @{$x->[1]})]);
1170 : overbeek 1.1 }
1171 :     }
1172 :     }
1173 :    
1174 :     sub write_spreadsheet_from_input_parameters {
1175 :     my($fig,$cgi,$html,$ssa,$user) = @_;
1176 :     my($i,$j,$pos,$role,$subset,@roles,$genome,$row,$nameCS,$nameRS,%role_map,%role_map2);
1177 :     my($param,@param,@tmp,$active_subsetC,$pair);
1178 :    
1179 :     my $roles = [];
1180 :     my $genomes = [];
1181 :     my $rows = [];
1182 :     my $subsetsC = {};
1183 :     my $active_subsetC = "All";
1184 :     my $subsetsR = {};
1185 :     my $active_subsetR = "All";
1186 :    
1187 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1188 :     {
1189 :     &log_update($ssa,$user);
1190 : overbeek 1.1
1191 : overbeek 1.3 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1192 : overbeek 1.1 {
1193 : overbeek 1.3 rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet~");
1194 : overbeek 1.31 }
1195 :    
1196 :     if ($cgi->param('notes'))
1197 :     {
1198 : overbeek 1.3 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
1199 :     {
1200 :     rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes~");
1201 :     }
1202 :     else
1203 :     {
1204 :     open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1205 :     close(NOTES);
1206 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1207 :     }
1208 : overbeek 1.1 }
1209 : overbeek 1.31 elsif (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
1210 :     {
1211 :     my $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1212 :     $cgi->param(-name => "notes", -value => $notes);
1213 :     }
1214 : overbeek 1.3
1215 :     open(SSA,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1216 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
1217 : overbeek 1.1 }
1218 :     @param = grep { $_ =~ /^posR/ } $cgi->param;
1219 :     foreach $param (@param)
1220 :     {
1221 :     if ($param =~ /^posR(\d+)/)
1222 :     {
1223 :     $i = $1;
1224 :     if (($pos = $cgi->param("posR$i")) && ($role = $cgi->param("role$i")))
1225 :     {
1226 :     $role =~ s/^\s+//;
1227 :     $role =~ s/\s+$//;
1228 :     if ($role =~ /\S/)
1229 :     {
1230 :     if ($_ = $cgi->param("abbrev$i"))
1231 :     {
1232 :     $tmp[$pos] = "$_\t$role";
1233 :     }
1234 :     else
1235 :     {
1236 :     $tmp[$pos] = "\t$role";
1237 :     }
1238 :     $role_map2{$pos} = $i;
1239 :     }
1240 :     }
1241 :     }
1242 :     }
1243 :    
1244 :     $j = 1;
1245 :     foreach $pos (sort { $a <=> $b } keys(%role_map2))
1246 :     {
1247 :     $roles->[$j] = $tmp[$pos];
1248 :     $role_map{$role_map2{$pos}} = $j;
1249 :     $j++;
1250 :     }
1251 :    
1252 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1253 : overbeek 1.1 {
1254 : overbeek 1.3 foreach $role (@$roles)
1255 : overbeek 1.1 {
1256 : overbeek 1.3 if ($role)
1257 :     {
1258 :     print SSA "$role\n";
1259 :     }
1260 : overbeek 1.1 }
1261 : overbeek 1.3 print SSA "//\n";
1262 : overbeek 1.1 }
1263 :    
1264 :     @param = grep { $_ =~ /^nameCS/ } $cgi->param;
1265 :     foreach $param (@param)
1266 :     {
1267 :     if ($param =~ /^nameCS(\d+)/)
1268 :     {
1269 :     $i = $1;
1270 :     if (($nameCS = $cgi->param("nameCS$i")) && ($subset = $cgi->param("subsetC$i")))
1271 :     {
1272 : overbeek 1.29 $nameCS =~ s/ /_/g;
1273 :     $subset =~ s/^\s+//;
1274 : overbeek 1.30 $subset =~ s/\s+$//;
1275 : overbeek 1.29
1276 : overbeek 1.1 foreach $_ (split(/[\t ,;]+/,$subset))
1277 :     {
1278 :     if ($_ =~ /^\d+$/)
1279 :     {
1280 :     $subsetsC->{$nameCS}->{$role_map{$_}} = 1;
1281 :     }
1282 :     }
1283 :     }
1284 :     }
1285 :     }
1286 :    
1287 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
1288 :     {
1289 :     $subset = $subsetsC->{$nameCS};
1290 :     if ($subset)
1291 :     {
1292 :     @roles = sort { $a <=> $b } keys(%$subset);
1293 :     }
1294 :    
1295 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1296 : overbeek 1.1 {
1297 : overbeek 1.29 if (@roles > 0)
1298 : overbeek 1.3 {
1299 :     print SSA join("\t",($nameCS,@roles)),"\n";
1300 :     }
1301 :     else
1302 :     {
1303 :     push(@$html,$cgi->h2("invalid subset: $subset"));
1304 :     }
1305 : overbeek 1.1 }
1306 :     }
1307 :    
1308 :     if (! ($active_subsetC = $cgi->param('active_subsetC')))
1309 :     {
1310 :     $active_subsetC = "All";
1311 :     }
1312 :    
1313 :     if (! $subsetsC->{"All"})
1314 :     {
1315 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1316 :     {
1317 :     $subsetsC->{"All"}->{$i} = 1;
1318 :     }
1319 :     }
1320 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1321 :     {
1322 :     print SSA "$active_subsetC\n";
1323 :     print SSA "\n";
1324 :     }
1325 : overbeek 1.1
1326 :    
1327 :     my($taxonomic_groups,$id,$members,$genome);
1328 :     $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
1329 :     foreach $pair (@$taxonomic_groups)
1330 :     {
1331 :     ($id,$members) = @$pair;
1332 :     foreach $genome (@$members)
1333 :     {
1334 :     $subsetsR->{$id}->{$genome} = 1;
1335 :     }
1336 :     }
1337 :    
1338 :     $active_subsetR = $cgi->param('active_subsetR');
1339 :     if (! ($active_subsetR && $subsetsR->{$active_subsetR}))
1340 :     {
1341 :     $active_subsetR = &default_genome_set;
1342 :     }
1343 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1344 :     {
1345 :     print SSA "$active_subsetR\n";
1346 :     print SSA "//\n";
1347 :     }
1348 : overbeek 1.1
1349 :     $i = 1;
1350 :     while (defined($genome = $cgi->param("genome$i")))
1351 :     {
1352 :     if ($genome =~ /^\d+\.\d+$/)
1353 :     {
1354 :     $genomes->[$i-1] = $genome;
1355 :     }
1356 :     $i++;
1357 :     }
1358 :    
1359 :     $i = 1;
1360 :     my($vcode_value,$j,$row,$entry,$non_null);
1361 :     while (defined($vcode_value = $cgi->param("vcode$i")))
1362 :     {
1363 :     if ($genomes->[$i-1])
1364 :     {
1365 :     $row = [$vcode_value];
1366 :     for ($j=1; ($j < (@$roles + 5)); $j++)
1367 :     {
1368 :     if ($role_map{$j})
1369 :     {
1370 :     if ($entry = $cgi->param("row$i.$j"))
1371 :     {
1372 :     $row->[$role_map{$j}] = $entry;
1373 :     }
1374 :     else
1375 :     {
1376 :     $row->[$role_map{$j}] = "";
1377 :     }
1378 :     }
1379 :     }
1380 :     $rows->[$i-1] = $row;
1381 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1382 :     {
1383 :     print SSA join("\t",($genomes->[$i-1],@$row)),"\n";
1384 :     }
1385 : overbeek 1.1 }
1386 :     $i++;
1387 :     }
1388 :    
1389 :     my @orgs = $cgi->param('korgs');
1390 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
1391 :    
1392 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1393 : overbeek 1.1 {
1394 : overbeek 1.3 my @orgs1 = ();
1395 :     if ($cgi->param('add_solid'))
1396 :     {
1397 :     my %genomes1 = map { $_ => 1 } (@$genomes,@orgs);;
1398 :     @orgs1 = sort grep { ! $genomes1{$_} } $fig->genomes("complete",undef);
1399 :     }
1400 :     &extend_ssa($fig,$genomes,$roles,$rows,\@orgs,\@orgs1,\*SSA);
1401 :    
1402 :    
1403 :     close(SSA);
1404 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
1405 :     if (($_ = $cgi->param('notes')) && open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes"))
1406 :     {
1407 :     print NOTES $_;
1408 :     close(NOTES);
1409 :     }
1410 :     &backup("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
1411 : overbeek 1.1
1412 :     }
1413 : overbeek 1.3 # print &Dumper($roles,$subsets,$genomes,$rows); die "aborted";
1414 : olson 1.13
1415 :     #
1416 :     # Update the subsystem index.
1417 :     #
1418 :     # (Put this in an eval in case we get a failure here).
1419 :     #
1420 :    
1421 :     eval {
1422 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa, 1);
1423 :     $sub->db_sync();
1424 :     };
1425 :    
1426 : overbeek 1.1 return ($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows);
1427 :     }
1428 :    
1429 :     sub format_ssa_table {
1430 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$user,$ssaP) = @_;
1431 : overbeek 1.1 my($ssa,$curator);
1432 :     my($url1,$link1);
1433 :    
1434 : overbeek 1.3 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1435 : overbeek 1.2 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
1436 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
1437 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1438 : overbeek 1.3 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
1439 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'delete_or_export_ssa', -override => 1)
1440 :     );
1441 : overbeek 1.4 push(@$html,"<font size=\"+2\">Please do not ever edit someone else\'s spreadsheet (by using their
1442 :     user ID), and <b>never open multiple windows to
1443 : overbeek 1.3 process the same spreadsheet</b></font>. It is, of course, standard practice to open a subsystem
1444 : overbeek 1.4 spreadsheet and then to have multiple other SEED windows to access data and modify annotations. Further,
1445 :     you can access someone else's subsystem spreadsheet using your ID (which will make it impossible
1446 :     for you to edit the spreadsheet).
1447 :     Just do not open the same subsystem spreadsheet for editing in multiple windows simultaneously.",
1448 : overbeek 1.3 $cgi->br,
1449 :     $cgi->br
1450 :     );
1451 : overbeek 1.1
1452 : olson 1.8 my $col_hdrs = [
1453 :     "Name","Curator","Exchangable","Version",
1454 :     "Reset to Previous Timestamp","Delete",
1455 :     "Export Full Subsystem","Export Just Assignments", "Publish to Clearinghouse",
1456 :     ];
1457 : overbeek 1.1 my $title = "Existing Subsystem Annotations";
1458 :     my $tab = [];
1459 :     foreach $_ (@$ssaP)
1460 :     {
1461 : olson 1.19 my($publish_checkbox);
1462 : overbeek 1.1 ($ssa,$curator) = @$_;
1463 : olson 1.19
1464 : overbeek 1.1 my($url,$link);
1465 : overbeek 1.3 if ((-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup") && ($curator eq $cgi->param('user')))
1466 : overbeek 1.1 {
1467 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset";
1468 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>reset</a>";
1469 :     }
1470 :     else
1471 :     {
1472 : overbeek 1.3 $link = "";
1473 : overbeek 1.1 }
1474 :    
1475 : overbeek 1.3 if (($fig->is_exchangable_subsystem($ssa)) && ($curator eq $cgi->param('user')))
1476 : overbeek 1.1 {
1477 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_unexchangable";
1478 : overbeek 1.1 $link1 = "Exchangable<br><a href=$url1>Make not exchangable</a>";
1479 :     }
1480 : overbeek 1.3 elsif ($curator eq $cgi->param('user'))
1481 : overbeek 1.1 {
1482 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_exchangable";
1483 : overbeek 1.1 $link1 = "Not exchangable<br><a href=$url1>Make exchangable</a>";
1484 :     }
1485 : overbeek 1.3 else
1486 :     {
1487 :     $link1 = "";
1488 :     }
1489 : olson 1.8
1490 :     #
1491 :     # Only allow publish for subsystems we are curating?
1492 :     #
1493 : olson 1.12 if ($curator eq $cgi->param('user'))
1494 : olson 1.8 {
1495 :     $publish_checkbox = $cgi->checkbox(-name => "publish_to_clearinghouse",
1496 :     -value => $ssa,
1497 :     -label => "Publish"),
1498 :    
1499 :     }
1500 : overbeek 1.1
1501 : olson 1.8 push(@$tab,[
1502 : overbeek 1.1 &ssa_link($ssa,$user),
1503 :     $curator,
1504 :     $link1,
1505 : olson 1.8 $fig->subsystem_version($ssa),
1506 :     $link,
1507 :     ($curator eq $cgi->param('user')) ? $cgi->checkbox(-name => "delete", -value => $ssa) : "",
1508 :     $cgi->checkbox(-name => "export", -value => $ssa, -label => "Export full"),
1509 :     $cgi->checkbox(-name => "export_assignments", -value => $ssa, -label => "Export assignments"),
1510 :     $publish_checkbox,
1511 : overbeek 1.1 ]);
1512 :     }
1513 : olson 1.8 push(@$html,
1514 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title),
1515 :     $cgi->submit(-name => 'delete_export',
1516 :     -label => 'Process marked deletions and exports'),
1517 :     $cgi->submit(-name => 'publish',
1518 :     -label => "Publish marked subsystems"),
1519 :     $cgi->end_form
1520 : overbeek 1.1 );
1521 :     }
1522 :    
1523 :     sub ssa_link {
1524 :     my($ssa,$user) = @_;
1525 :     my $name = $ssa; $name =~ s/_/ /g;
1526 :     my $target = "window$$";
1527 : overbeek 1.3 my $can_alter = &curator($ssa) eq $user;
1528 :    
1529 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=show_ssa&can_alter=$can_alter";
1530 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>$name</a>";
1531 :     }
1532 :    
1533 :     sub tree_link {
1534 :     my $target = "window$$";
1535 : overbeek 1.2 my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?request=show_tree";
1536 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>Show Phylogenetic Tree</a>";
1537 :     }
1538 :    
1539 :    
1540 :     sub existing_subsystem_annotations {
1541 :     my($ssa,$name);
1542 :     my @ssa = ();
1543 :     if (opendir(SSA,"$FIG_Config::data/Subsystems"))
1544 :     {
1545 : overbeek 1.26 @ssa = map { $ssa = $_; $name = $ssa; $ssa =~ s/[ \/]/_/g; [$name,&curator($ssa)] } grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SSA);
1546 : overbeek 1.1 closedir(SSA);
1547 :     }
1548 : overbeek 1.25 return sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @ssa;
1549 : overbeek 1.1 }
1550 :    
1551 :     sub curator {
1552 :     my($ssa) = @_;
1553 :     my($who) = "";
1554 :    
1555 :     if (open(DATA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1556 :     {
1557 :     $_ = <DATA>;
1558 :     if ($_ =~ /^\d+\t(\S+)\s+started/)
1559 :     {
1560 :     $who = $1;
1561 :     }
1562 :     close(DATA);
1563 :     }
1564 :     return $who;
1565 :     }
1566 :    
1567 :     sub log_update {
1568 :     my($ssa,$user) = @_;
1569 :    
1570 : overbeek 1.26 $ssa =~ s/[ \/]/_/g;
1571 : overbeek 1.1
1572 :     if (open(LOG,">>$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1573 :     {
1574 :     my $time = time;
1575 :     print LOG "$time\t$user\tupdated\n";
1576 :     close(LOG);
1577 :     }
1578 :     else
1579 :     {
1580 :     print STDERR "failed to open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log\n";
1581 :     }
1582 :     }
1583 :    
1584 :     sub extend_ssa {
1585 :     my($fig,$genomes,$roles,$rows,$new_genomes,$poss_new_genomes,$fh) = @_;
1586 :     my($genome,$i,$row,$role);
1587 :    
1588 :     foreach $genome (@$new_genomes)
1589 :     {
1590 :     push(@$genomes,$genome);
1591 :     $row = [0];
1592 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1593 :     {
1594 :     push(@$row,join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles)));
1595 :     }
1596 :     push(@$rows,$row);
1597 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1598 :     }
1599 :    
1600 :     foreach $genome (@$poss_new_genomes)
1601 :     {
1602 :     $row = [0];
1603 :     my $bad = 0;
1604 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1605 :     {
1606 :     my $entry = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles));
1607 :     if (! $entry)
1608 :     {
1609 :     $bad = 1;
1610 :     last;
1611 :     }
1612 :     push(@$row,$entry);
1613 :     }
1614 :     if (! $bad)
1615 :     {
1616 :     push(@$genomes,$genome);
1617 :     push(@$rows,$row);
1618 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1619 :     }
1620 :     }
1621 :     }
1622 :     sub seqs_with_role_precisely {
1623 :     my($fig,$i,$genome,$roles) = @_;
1624 :    
1625 :     # The $i parm is a bit weird. The actual role we want is in $roles->[$i]. Any existing versions are in
1626 :     # $rows->[*]->[$i] entries. You look for acceptable roles matching $roles->[$i] (after tab)
1627 :    
1628 :     my @pegs = ();
1629 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1630 :     {
1631 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($1,"master",$genome);
1632 :     }
1633 :     return @pegs;
1634 :     }
1635 :    
1636 :     sub gene_functions_in_col {
1637 :     my($fig,$i,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1638 :     my(%roles,$j,$row,$genomeJ,$entry,@pegs,$peg,$func);
1639 :    
1640 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1641 :     {
1642 :     $roles{$1} = [];
1643 :     }
1644 :    
1645 :     for ($j=0; ($j < @$rows); $j++)
1646 :     {
1647 :     $row = $rows->[$j];
1648 :     $genomeJ = $genomes->[$j];
1649 :     if ($row->[$i] =~ /(\S.*\S)/)
1650 :     {
1651 :     $entry = $1;
1652 :     @pegs = map { "fig|$genomeJ.peg.$_" } split(/,/,$entry);
1653 :     foreach $peg (@pegs)
1654 :     {
1655 :     if ($func = $fig->function_of($peg))
1656 :     {
1657 :     push(@{$roles{$func}},$peg);
1658 :     }
1659 :     }
1660 :     }
1661 :     }
1662 :     return map { [$_,$roles{$_}] } sort keys(%roles);
1663 :     }
1664 :    
1665 :    
1666 :     sub verify_entry {
1667 :     my($fig,$genome,$entry) = @_;
1668 :     my($peg);
1669 :    
1670 :     my @verified = ();
1671 :     foreach $peg (split(/[, \t]+/,$entry))
1672 :     {
1673 :     if ($fig->is_real_feature("fig|$genome.peg.$peg"))
1674 :     {
1675 :     push(@verified,$peg);
1676 :     }
1677 :     }
1678 :     return join(",",@verified);
1679 :     }
1680 :    
1681 :     sub export {
1682 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1683 :     my($line);
1684 :    
1685 :     my ($exportable,$notes) = $fig->exportable_subsystem($ssa);
1686 :     foreach $line (@$exportable,@$notes)
1687 :     {
1688 :     print $line;
1689 :     }
1690 :     }
1691 :    
1692 :     sub export_assignments {
1693 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1694 :     my(@roles,$i,$entry,$id,$user);
1695 :    
1696 :     if (($user = $cgi->param('user')) && open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
1697 :     {
1698 :     $user =~ s/^master://;
1699 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1700 :     my $who = &curator($ssa);
1701 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:generated_from_subsystem_$ssa";
1702 :    
1703 :     if (open(OUT,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1704 :     {
1705 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//))
1706 :     {
1707 :     chop;
1708 :     push(@roles,$_);
1709 :     }
1710 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//)) {}
1711 :     while (defined($_ = <SSA>))
1712 :     {
1713 :     chop;
1714 :     my @flds = split(/\t/,$_);
1715 :     my $genome = $flds[0];
1716 :     for ($i=2; ($i < @flds); $i++)
1717 :     {
1718 :     my @entries = split(/,/,$flds[$i]);
1719 :     foreach $id (@entries)
1720 :     {
1721 :     my $peg = "fig|$genome.peg.$id";
1722 :     my $func = $fig->function_of($peg);
1723 :     print OUT "$peg\t$func\n";
1724 :     }
1725 :     }
1726 :     }
1727 :     close(OUT);
1728 :     }
1729 :     close(SSA);
1730 :     }
1731 :     }
1732 :    
1733 :     sub format_missing {
1734 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1735 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
1736 :    
1737 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1738 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1739 :    
1740 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1741 :    
1742 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1743 :     {
1744 :     $org = $genomes->[$i];
1745 :     next if (! $subsetR->{$org});
1746 :    
1747 :     $missing = [];
1748 :    
1749 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1750 :     {
1751 :     if ((! $rows->[$i]->[$j]) && $subsetC->{$j})
1752 :     {
1753 :     $user = $cgi->param('user');
1754 :     $role = $roles->[$j];
1755 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1756 :     {
1757 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1758 :     }
1759 :     else
1760 :     {
1761 :     $abr = "";
1762 :     }
1763 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1764 : olson 1.15
1765 : overbeek 1.1 $link = "<a href=" . &FIG::cgi_url . "/pom.cgi?user=$user&request=find_in_org&role=$roleE&org=$org>$abr $role</a>";
1766 :     push(@$missing,$link);
1767 :     }
1768 :     }
1769 :     if (@$missing > 0)
1770 :     {
1771 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1772 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1773 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($missing)));
1774 : olson 1.15
1775 :     }
1776 :    
1777 :     }
1778 :     close(L);
1779 :     }
1780 :    
1781 :     sub format_missing_including_matches
1782 :     {
1783 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,
1784 :     $subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1785 :    
1786 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
1787 :    
1788 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1789 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1790 :    
1791 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1792 :    
1793 : olson 1.16 push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
1794 :    
1795 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1796 :     $user = $cgi->param('user');
1797 :     push(@$html,
1798 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1799 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
1800 :    
1801 : olson 1.15 for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1802 :     {
1803 :     $org = $genomes->[$i];
1804 : overbeek 1.24 next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
1805 : olson 1.15 next if (! $subsetR->{$org});
1806 : overbeek 1.24
1807 : olson 1.15 $missing = [];
1808 :    
1809 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1810 :     {
1811 :     if ((! $rows->[$i]->[$j]) && $subsetC->{$j})
1812 :     {
1813 :     $role = $roles->[$j];
1814 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1815 :     {
1816 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1817 :     }
1818 :     else
1819 :     {
1820 :     $abr = "";
1821 :     }
1822 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1823 :    
1824 :     #
1825 : olson 1.16 # All the way up to here is code to retrieve the role name.
1826 : olson 1.15 #
1827 :    
1828 :     #
1829 :     # Invoke find_role_in_org to get the roles we might have.
1830 :     #
1831 :    
1832 :     my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
1833 :    
1834 :     push(@$missing,@hits);
1835 :     }
1836 :     }
1837 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1838 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1839 :    
1840 :     if (@$missing > 0)
1841 :     {
1842 : olson 1.16 my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
1843 : olson 1.15 my $tbl = [];
1844 :    
1845 :     for my $hit (@$missing)
1846 :     {
1847 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
1848 : olson 1.16
1849 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
1850 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
1851 :    
1852 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
1853 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
1854 :     -label => "");
1855 :    
1856 :     push(@$tbl, [$checkbox,
1857 :     $psc,
1858 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
1859 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
1860 : olson 1.15 }
1861 :    
1862 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
1863 :     }
1864 :     else
1865 :     {
1866 :     push(@$html, $cgi->p("No matches."));
1867 : overbeek 1.1 }
1868 : olson 1.15
1869 : overbeek 1.1 }
1870 : olson 1.16 push(@$html,
1871 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
1872 :     -name => "batch_assign"),
1873 :     $cgi->end_form);
1874 : overbeek 1.1 }
1875 :    
1876 :     sub format_dups {
1877 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1878 :     my($i,$j,$duplicates,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg);
1879 :    
1880 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1881 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1882 :    
1883 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Duplicates:'));
1884 :    
1885 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1886 :     {
1887 :     $org = $genomes->[$i];
1888 :     next if (! $subsetR->{$org});
1889 :    
1890 :     $duplicates = [];
1891 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1892 :     {
1893 :     if (($rows->[$i]->[$j] =~ /,/) && $subsetC->{$j})
1894 :     {
1895 :     $user = $cgi->param('user');
1896 :     $role = $roles->[$j];
1897 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1898 :     {
1899 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1900 :     }
1901 :     else
1902 :     {
1903 :     $abr = "";
1904 :     }
1905 :     push(@$duplicates,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = "fig|$org.peg.$_"; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j])])));
1906 :     }
1907 :     }
1908 :     if (@$duplicates > 0)
1909 :     {
1910 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1911 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1912 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($duplicates)));
1913 :     }
1914 :     }
1915 :     }
1916 :    
1917 :     sub format_excluded {
1918 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1919 :     my($i,$j,$show,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg,@excluded,@in,%in);
1920 :    
1921 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1922 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1923 :    
1924 :     push(@$html,$cgi->h1('To PEGs with Role, but not in Spreadsheet:'));
1925 :    
1926 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1927 :     {
1928 :     $org = $genomes->[$i];
1929 :     next if (! $subsetR->{$org});
1930 :    
1931 :     $show = [];
1932 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1933 :     {
1934 :     next if (! $subsetC->{$j});
1935 :    
1936 :     if ($rows->[$i]->[$j])
1937 :     {
1938 :     @in = map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]);
1939 :     }
1940 :     else
1941 :     {
1942 :     @in = ();
1943 :     }
1944 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
1945 :     $user = $cgi->param('user');
1946 :     $role = $roles->[$j];
1947 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1948 :     {
1949 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1950 :     }
1951 :     else
1952 :     {
1953 :     $abr = "";
1954 :     }
1955 :     @excluded = grep { ! $in{$_} } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$org,$roles);
1956 :     if (@excluded > 0)
1957 :     {
1958 :     push(@$show,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } @excluded])));
1959 :     }
1960 :     }
1961 :     if (@$show > 0)
1962 :     {
1963 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1964 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1965 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($show)));
1966 :     }
1967 :     }
1968 :     }
1969 :    
1970 :     sub format_coupled {
1971 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$type,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1972 :     my($i,$j,@show,$user,$org,$link,$gs,$func,$peg,$peg1,$peg2,%in,%seen,%seen2);
1973 :     my(@cluster,$sc,$x,$id2,@in,$sim,@coupled);
1974 :    
1975 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1976 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1977 :    
1978 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1979 :     {
1980 :     $org = $genomes->[$i];
1981 :     next if (! $subsetR->{$org});
1982 :    
1983 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1984 :     {
1985 :     if ($rows->[$i]->[$j] && $subsetC->{$j})
1986 :     {
1987 :     push(@in,map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]));
1988 :     }
1989 :     }
1990 :     }
1991 :    
1992 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
1993 :     $user = $cgi->param('user');
1994 :     @show = ();
1995 :     foreach $peg1 (@in)
1996 :     {
1997 :     if ($type eq "careful")
1998 :     {
1999 :     @coupled = $fig->coupling_and_evidence($peg1,5000,1.0e-10,0.2,1);
2000 :     }
2001 :     else
2002 :     {
2003 :     @coupled = $fig->fast_coupling($peg1,5000,1);
2004 :     }
2005 :    
2006 :     foreach $x (@coupled)
2007 :     {
2008 :     ($sc,$peg2) = @$x;
2009 :     if ((! $in{$peg2}) && ((! $seen{$peg2}) || ($seen{$peg2} < $sc)))
2010 :     {
2011 :     $seen{$peg2} = $sc;
2012 :     # print STDERR "$sc\t$peg1 -> $peg2\n";
2013 :     }
2014 :     }
2015 :     }
2016 :    
2017 :     foreach $peg1 (sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} } keys(%seen))
2018 :     {
2019 :     if (! $seen2{$peg1})
2020 :     {
2021 :     @cluster = ($peg1);
2022 :     $seen2{$peg1} = 1;
2023 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2024 :     {
2025 :     foreach $sim ($fig->sims($cluster[$i],1000,1.0e-10,"fig"))
2026 :     {
2027 :     $id2 = $sim->id2;
2028 :     if ($seen{$id2} && (! $seen2{$id2}))
2029 :     {
2030 :     push(@cluster,$id2);
2031 :     $seen2{$id2} = 1;
2032 :     }
2033 :     }
2034 :     }
2035 :     push(@show, [scalar @cluster,
2036 :     $cgi->br .
2037 :     $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_;
2038 :     $sc = $seen{$peg};
2039 :     $func = $fig->function_of($peg,$user);
2040 :     $gs = $fig->genus_species($fig->genome_of($peg));
2041 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
2042 :     "$sc: $link: $func \[$gs\]" }
2043 :     sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} }
2044 :     @cluster]))
2045 :     ]);
2046 :     }
2047 :     }
2048 :    
2049 :     if (@show > 0)
2050 :     {
2051 :     @show = map { $_->[1] } sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @show;
2052 :     push(@$html,$cgi->h1('Coupled, but not in Spreadsheet:'));
2053 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li(\@show)));
2054 :     }
2055 :     }
2056 :    
2057 :     sub ext_genus_species {
2058 :     my($fig,$genome) = @_;
2059 :    
2060 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
2061 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
2062 :     return "$gs [$c]";
2063 :     }
2064 :    
2065 :     sub show_tree {
2066 :    
2067 :     my($id,$gs);
2068 :     my($tree,$ids) = $fig->build_tree_of_complete;
2069 :     my $relabel = {};
2070 :     foreach $id (@$ids)
2071 :     {
2072 :     if ($gs = $fig->genus_species($id))
2073 :     {
2074 :     $relabel->{$id} = "$gs ($id)";
2075 :     }
2076 :     }
2077 :     $_ = &display_tree($tree,$relabel);
2078 :     print $cgi->pre($_),"\n";
2079 :     }
2080 :    
2081 : olson 1.10 sub export_align_input
2082 :     {
2083 :    
2084 :     }
2085 :    
2086 : overbeek 1.1 sub align_column {
2087 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
2088 :     my($colN,@checked,$cutoff);
2089 :    
2090 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
2091 :    
2092 : olson 1.10 my $checked;
2093 :    
2094 : overbeek 1.1 if (($colN = &which_column($col,$roles)) &&
2095 :     ((@checked = &seqs_to_align($colN,$genomes,$rows,$subsetR)) > 1))
2096 :     {
2097 :     if ($cutoff = $cgi->param('include_homo'))
2098 :     {
2099 :     my $max = $cgi->param('max_homo');
2100 :     $max = $max ? $max : 100;
2101 :     push(@checked,&get_homologs($fig,\@checked,$cutoff,$max));
2102 :     }
2103 : olson 1.10 $checked = join("\' \'",@checked);
2104 :     }
2105 :     else
2106 :     {
2107 :     push(@$html,"<h1>You need to check at least two sequences</h1>\n");
2108 :     return;
2109 :     }
2110 :    
2111 :    
2112 :     #
2113 :     # See if we want to produce the alignment, or just produce the
2114 :     # input to the alignment.
2115 :     #
2116 :    
2117 :     if ($cgi->param("show_align_input"))
2118 :     {
2119 :     push(@$html, "<pre>\n");
2120 :     my $relabel;
2121 :     foreach my $id (@checked)
2122 :     {
2123 :     my $seq;
2124 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
2125 :     {
2126 :     push(@$html, ">$id\n$seq\n");
2127 :     my $func = $fig->function_of($id);
2128 :     $relabel->{$id} = "$id: $func";
2129 :     }
2130 :     else
2131 :     {
2132 :     push(@$html, "could not find translation for $id\n");
2133 :     }
2134 :     }
2135 :     push(@$html, "\n</pre>\n");
2136 :     }
2137 :     else
2138 :     {
2139 : overbeek 1.1 push(@$html,"<pre>\n");
2140 :     my %org = map { ( $_, $fig->org_of($_) ) } @checked;
2141 :     # Modified by GJO to compress tree and add organism names to tree:
2142 : gdpusch 1.34 # push(@$html,`$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`);
2143 : overbeek 1.1
2144 :     # Simpler version
2145 :     # push @$html, map { chomp;
2146 :     # /^ *\|[ |]*$/ # line that adds only tree height
2147 :     # ? () # remove it
2148 :     # : /- ([a-z]+\|\S+):/ && defined( $org{$1} ) # tree id?
2149 :     # ? "$_ [$org{$1}]\n" # add the name
2150 :     # : "$_\n" # otherwise leave unmodified
2151 : gdpusch 1.34 # } `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'`;
2152 : overbeek 1.1
2153 :     # More complex version the preserves double spaced tree tips
2154 :     my $tip = 0;
2155 :     my @out = ();
2156 : overbeek 1.9
2157 : gdpusch 1.34 foreach ( `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -org -func -tree \'$checked\'` )
2158 : overbeek 1.1 {
2159 :     chomp;
2160 :     if ( /^ *\|[ |]*$/ ) {} # line that adds only tree height
2161 :     elsif ( /- ([a-z]+\|\S+):/ ) # line with tree tip
2162 :     {
2163 :     if ( defined( $org{$1} ) ) { $_ .= " [$org{$1}]" } # add org
2164 :     if ( $tip ) { push @out, " |\n" } # 2 tips in a row? add line
2165 :     push @out, "$_\n"; # output current line
2166 :     $tip = 1;
2167 :     }
2168 :     else # not a tip
2169 :     {
2170 :     push @out, "$_\n";
2171 :     $tip = 0;
2172 :     }
2173 :     }
2174 :     push(@$html,&set_links($cgi,\@out));
2175 :     push(@$html,"</pre>\n");
2176 :     }
2177 :     }
2178 :    
2179 :     sub which_column {
2180 :     my($col,$roles) = @_;
2181 :     my($i);
2182 :    
2183 :     if (($col =~ /^(\d+)/) && ($1 <= @$roles))
2184 :     {
2185 :     return $1;
2186 :     }
2187 :     else
2188 :     {
2189 :     for ($i=1; ($i < @$roles) && ($roles->[$i] !~ /^$col\t/); $i++) {}
2190 :     return ($i < @$roles) ? $i : undef;
2191 :     }
2192 :     }
2193 :    
2194 :     sub seqs_to_align {
2195 :     my($colN,$genomes,$rows,$subsetR) = @_;
2196 :     my($i);
2197 :    
2198 :     my @seqs = ();
2199 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2200 :     {
2201 :     my $genome = $genomes->[$i];
2202 :     if ($subsetR->{$genome})
2203 :     {
2204 :     push(@seqs,map { "fig|$genome.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$colN]));
2205 :     }
2206 :     }
2207 :     return @seqs;
2208 :     }
2209 :    
2210 :     sub get_homologs {
2211 :     my($fig,$checked,$cutoff,$max) = @_;
2212 :     my($peg,$sim,$id2);
2213 :    
2214 :     my @homologs = ();
2215 :     my %got = map { $_ => 1 } @$checked;
2216 :    
2217 :     foreach $peg (@$checked)
2218 :     {
2219 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,$max,$cutoff,"fig"))
2220 :     {
2221 :     $id2 = $sim->id2;
2222 :     if (! $got{$id2})
2223 :     {
2224 :     push(@homologs,[$sim->psc,$id2]);
2225 :     $got{$id2} = 1;
2226 :     }
2227 :     }
2228 :     }
2229 :     @homologs = map { $_->[1] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @homologs;
2230 :     if (@homologs > $max) { $#homologs = $max-1 }
2231 :    
2232 :     return @homologs;
2233 :     }
2234 :    
2235 :     sub set_links {
2236 :     my($cgi,$out) = @_;
2237 :    
2238 :     my @with_links = ();
2239 :     foreach $_ (@$out)
2240 :     {
2241 :     if ($_ =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)$/)
2242 :     {
2243 :     my($before,$peg,$after) = ($1,$2,$3);
2244 :     push(@with_links, $before . &HTML::fid_link($cgi,$peg) . $after . "\n");
2245 :     }
2246 :     else
2247 :     {
2248 :     push(@with_links,$_);
2249 :     }
2250 :     }
2251 :     return @with_links;
2252 :     }
2253 :    
2254 :     sub backup {
2255 :     my($ssaD) = @_;
2256 :    
2257 :     my $sz1 = &size("$ssaD/spreadsheet") + &size("$ssaD/notes");
2258 :     my $sz2 = &size("$ssaD/spreadsheet~") + &size("$ssaD/notes~");
2259 :     if (abs($sz1-$sz2) > 10)
2260 :     {
2261 :     &make_backup($ssaD);
2262 :     }
2263 :     }
2264 :    
2265 :     sub make_backup {
2266 :     my($ssaD) = @_;
2267 :    
2268 :     &FIG::verify_dir("$ssaD/Backup");
2269 :     my $ts = time;
2270 :     rename("$ssaD/spreadsheet~","$ssaD/Backup/spreadsheet.$ts");
2271 :     rename("$ssaD/notes~","$ssaD/Backup/notes.$ts");
2272 :     &incr_version($ssaD);
2273 :     }
2274 :    
2275 :     sub incr_version {
2276 :     my($dir) = @_;
2277 :     my($ver);
2278 :    
2279 :     if (open(VER,"<$dir/VERSION"))
2280 :     {
2281 :     if (defined($ver = <VER>) && ($ver =~ /^(\S+)/))
2282 :     {
2283 :     $ver = $1;
2284 :     }
2285 :     else
2286 :     {
2287 :     $ver = 0;
2288 :     }
2289 :     close(VER);
2290 :     }
2291 :     else
2292 :     {
2293 :     $ver = 0;
2294 :     }
2295 :     open(VER,">$dir/VERSION") || die "could not open $dir/VERSION";
2296 :     chmod(0777,"$dir/VERSION");
2297 :     $ver++;
2298 :     print VER "$ver\n";
2299 :     }
2300 :    
2301 :    
2302 :     sub size {
2303 :     my($file) = @_;
2304 :    
2305 :     return (-s $file) ? -s $file : 0;
2306 :     }
2307 :    
2308 :     sub reset_ssa {
2309 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2310 :     my($ssa,@spreadsheets,$col_hdrs,$tab,$t,$readable,$url,$link,@tmp);
2311 :    
2312 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) && opendir(BACKUP,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup"))
2313 :     {
2314 :     @spreadsheets = sort { $b <=> $a }
2315 :     map { $_ =~ /^spreadsheet.(\d+)/; $1 }
2316 :     grep { $_ =~ /^spreadsheet/ }
2317 :     readdir(BACKUP);
2318 :     closedir(BACKUP);
2319 :     $col_hdrs = ["When","Number Genomes"];
2320 :     $tab = [];
2321 :     foreach $t (@spreadsheets)
2322 :     {
2323 :     $readable = &FIG::epoch_to_readable($t);
2324 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset_to&ts=$t";
2325 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>$readable</a>";
2326 :     open(TMP,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t")
2327 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t";
2328 :     $/ = "//\n";
2329 :     $_ = <TMP>;
2330 :     $_ = <TMP>;
2331 :     $_ = <TMP>;
2332 :     chomp;
2333 :     $/ = "\n";
2334 :    
2335 :     @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+/ } split(/\n/,$_);
2336 :     push(@$tab,[$link,scalar @tmp]);
2337 :     }
2338 :     }
2339 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Possible Points to Reset From"));
2340 :     }
2341 :    
2342 :     sub reset_ssa_to {
2343 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2344 :     my($ts,$ssa);
2345 :    
2346 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2347 :     ($ts = $cgi->param('ts')) &&
2348 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts"))
2349 :     {
2350 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
2351 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
2352 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts")
2353 :     {
2354 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes";
2355 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
2356 :     }
2357 :     push(@$html,$cgi->h1("Reset"));
2358 :     }
2359 :     }
2360 :    
2361 :     sub make_exchangable {
2362 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2363 :     my($ssa);
2364 :    
2365 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2366 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet") &&
2367 :     open(TMP,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2368 :     {
2369 :     print TMP "1\n";
2370 :     close(TMP);
2371 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2372 :     }
2373 :     }
2374 :    
2375 :     sub make_unexchangable {
2376 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2377 :     my($ssa);
2378 :    
2379 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2380 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2381 :     {
2382 :     unlink("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2383 :     }
2384 :     }
2385 :    
2386 :     sub fid_links {
2387 :     my($cgi,$entry,$genome) = @_;
2388 :     my($pegN);
2389 :    
2390 :     my @links = ();
2391 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry->[0]))
2392 :     {
2393 :     push(@links,&HTML::fid_link($cgi,"fig|$genome.peg.$pegN","local"));
2394 :     }
2395 :     my $color = "bgcolor=\"$entry->[1]\"\:";
2396 : overbeek 1.32 return "\@$color" . join("<br>",@links);
2397 : overbeek 1.1 }
2398 :    
2399 :     sub group_by_clusters {
2400 :     my($fig,$genome,$tmp) = @_;
2401 :     my(@pegs,$entry,$pegN,%pegs,$peg,$peg1,%conn,%seen,@entries);
2402 :     my($i,$x,@cluster,@clusters,%in,$best,$cluster,$which,$colors);
2403 :    
2404 :     if (! $cgi->param('show_clusters'))
2405 :     {
2406 :     return map { [$_,"#FFFFFF"] } @$tmp;
2407 :     }
2408 :    
2409 :     @pegs = ();
2410 :     foreach $entry (@$tmp)
2411 :     {
2412 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2413 :     {
2414 :     push(@pegs,"fig|$genome.peg.$pegN");
2415 :     }
2416 :     }
2417 :     %pegs = map { $_ => 1 } @pegs;
2418 : overbeek 1.2 @pegs = keys(%pegs);
2419 : overbeek 1.1
2420 :     foreach $peg (@pegs)
2421 :     {
2422 :     foreach $peg1 (grep { $pegs{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))
2423 :     {
2424 :     push(@{$conn{$peg}},$peg1);
2425 :     }
2426 :     }
2427 :    
2428 :     @clusters = ();
2429 :     while ($peg = shift @pegs)
2430 :     {
2431 :     if (! $seen{$peg})
2432 :     {
2433 :     @cluster = ($peg);
2434 :     $seen{$peg} = 1;
2435 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2436 :     {
2437 :     $x = $conn{$cluster[$i]};
2438 :     foreach $peg1 (@$x)
2439 :     {
2440 :     if (! $seen{$peg1})
2441 :     {
2442 :     push(@cluster,$peg1);
2443 :     $seen{$peg1} = 1;
2444 :     }
2445 :     }
2446 :     }
2447 :     push(@clusters,[@cluster]);
2448 :     }
2449 :     }
2450 :    
2451 :     @clusters = sort { @$b <=> @$a } @clusters;
2452 :     for ($i=0; ($i < @clusters); $i++)
2453 :     {
2454 :     $cluster = $clusters[$i];
2455 :     foreach $peg (@$cluster)
2456 :     {
2457 :     $peg =~ /(\d+)$/;
2458 :     $in{$1} = $i;
2459 :     }
2460 :     }
2461 :    
2462 :     $colors =
2463 :     [
2464 :     '#C0C0C0',
2465 :     '#FF40C0',
2466 :     '#FF8040',
2467 :     '#FF0080',
2468 :     '#FFC040',
2469 :     '#40C0FF',
2470 :     '#40FFC0',
2471 :     '#C08080',
2472 :     '#C0FF00',
2473 :     '#00FF80',
2474 :     '#00C040'
2475 :     ];
2476 :    
2477 :     @entries = ();
2478 :     foreach $entry (@$tmp)
2479 :     {
2480 :     $best = undef;
2481 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2482 :     {
2483 :     $which = $in{$pegN};
2484 :     if ((! defined($best)) || ($best > $which))
2485 :     {
2486 :     $best = $which;
2487 :     }
2488 :     }
2489 :    
2490 :     if (defined($best) && (@{$clusters[$best]} > 1) && ($best < @$colors))
2491 :     {
2492 :     push(@entries,[$entry,$colors->[$best]]);
2493 :     }
2494 :     else
2495 :     {
2496 :     push(@entries,[$entry,'#FFFFFF']);
2497 :     }
2498 :     }
2499 :     return @entries;
2500 :     }

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