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Annotation of /FigWebServices/ssa2.cgi

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Revision 1.25 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     use HTML;
5 :     use strict;
6 :     use tree_utilities;
7 :    
8 :     use CGI;
9 :     my $cgi = new CGI;
10 :    
11 :     if (0)
12 :     {
13 :     my $VAR1;
14 :     eval(join("",`cat /tmp/ssa_parms`));
15 :     $cgi = $VAR1;
16 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
17 :     }
18 :    
19 :     if (0)
20 :     {
21 :     print $cgi->header;
22 :     my @params = $cgi->param;
23 :     print "<pre>\n";
24 :     foreach $_ (@params)
25 :     {
26 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
27 :     }
28 :    
29 :     if (0)
30 :     {
31 :     if (open(TMP,">/tmp/ssa_parms"))
32 :     {
33 :     print TMP &Dumper($cgi);
34 :     close(TMP);
35 :     }
36 :     }
37 :     exit;
38 :     }
39 :    
40 :     my $request = $cgi->param("request");
41 :     if ($request && ($request eq "show_tree"))
42 :     {
43 :     print $cgi->header;
44 :     &show_tree;
45 :     exit;
46 :     }
47 :    
48 :     my $html = [];
49 :    
50 :     my $user = $cgi->param('user');
51 :     if ((! $user) || ($user !~ /^master:\S+/))
52 :     {
53 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, you need to specify a master user to modify subsystem annotations"));
54 :     }
55 : olson 1.10 elsif ($cgi->param("export_align_input"))
56 :     {
57 :     print $cgi->header;
58 :     print "exporting alignment input\n";
59 :     exit;
60 :     }
61 : olson 1.17 elsif ($cgi->param("extend_with_billogix"))
62 :     {
63 :     #
64 :     # Start a bg task to extend the subsystem.
65 :     #
66 :    
67 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
68 :     my $user = $cgi->param('user');
69 :    
70 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa);
71 :    
72 :     TEST:
73 :     {
74 :     if ($sub)
75 :     {
76 :     #
77 :     # See if there's already an extend job running.
78 :     #
79 :    
80 :     my $curpid = $sub->get_current_extend_pid();
81 :     if ($curpid)
82 :     {
83 :     warn "Found current pid $curpid\n";
84 :     my $j = $fig->get_job($curpid);
85 :     warn "job is $j\n";
86 : olson 1.18 warn "running is ", $j->running(), "\n" if $j;
87 : olson 1.17 if ($j && $j->running())
88 :     {
89 :     push(@$html, "Subsystem extension is already running as job number $curpid. <br>",
90 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
91 :     last;
92 :     }
93 :     }
94 :    
95 :     my $pid = $fig->run_in_background(sub {
96 :     $sub->extend_with_billogix($user);
97 :     });
98 :    
99 :     push(@$html,
100 :     "Subsystem extension started as background job number $pid <br>\n",
101 :     "Click <a href=\"seed_ctl.cgi\">here</a> to see currently running jobs and their status");
102 :    
103 :     $sub->set_current_extend_pid($pid);
104 :     }
105 :     else
106 :     {
107 :     push(@$html, "Subsystem '$ssa' could not be loaded");
108 :     }
109 :     }
110 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
111 :    
112 :     exit;
113 :    
114 :     }
115 : overbeek 1.1 else
116 :     {
117 :     $request = defined($request) ? $request : "";
118 :    
119 :     if ($request eq "reset")
120 :     {
121 :     &reset_ssa($fig,$cgi,$html);
122 :     }
123 :     elsif ($request eq "reset_to")
124 :     {
125 :     &reset_ssa_to($fig,$cgi,$html);
126 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
127 :     }
128 :     elsif ($request eq "make_exchangable")
129 :     {
130 :     &make_exchangable($fig,$cgi,$html);
131 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
132 :     }
133 :     elsif ($request eq "make_unexchangable")
134 :     {
135 :     &make_unexchangable($fig,$cgi,$html);
136 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
137 :     }
138 :     elsif ($request eq "show_ssa")
139 :     {
140 :     &show_ssa($fig,$cgi,$html);
141 :     }
142 :     elsif ($request eq "show_ssa_noload")
143 :     {
144 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
145 :     }
146 : olson 1.8 #
147 :     # Note that this is a little different; I added another submit button
148 :     # to the delete_or_export_ssa form, so have to distinguish between them
149 :     # here based on $cgi->param('delete_export') - the original button,
150 :     # or $cgi->param('publish') - the new one.
151 :     #
152 :     elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
153 :     defined($cgi->param('delete_export')))
154 : overbeek 1.1 {
155 :     my($ssa,$exported);
156 :     $exported = 0;
157 :     foreach $ssa ($cgi->param('export'))
158 :     {
159 :     if (! $exported)
160 :     {
161 :     print $cgi->header;
162 :     print "<pre>\n";
163 :     }
164 :     &export($fig,$cgi,$ssa);
165 :     $exported = 1;
166 :     }
167 :    
168 :     foreach $ssa ($cgi->param('export_assignments'))
169 :     {
170 :     &export_assignments($fig,$cgi,$ssa);
171 :     }
172 :    
173 :     foreach $ssa ($cgi->param('delete'))
174 :     {
175 : olson 1.14 my $cmd = "rm -rf $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa";
176 :     my $rc = system $cmd;
177 : overbeek 1.1 }
178 :    
179 :     if (! $exported)
180 :     {
181 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
182 :     }
183 :     else
184 :     {
185 :     print "</pre>\n";
186 :     exit;
187 :     }
188 :     }
189 : olson 1.8 elsif ($request eq "delete_or_export_ssa" and
190 :     defined($cgi->param('publish')))
191 :     {
192 :     my($ssa,$exported);
193 :     my($ch) = $fig->get_clearinghouse();
194 :    
195 :     print $cgi->header;
196 :    
197 :     if (!defined($ch))
198 :     {
199 :     print "cannot publish: clearinghouse not available\n";
200 :     exit;
201 :     }
202 :    
203 :     foreach $ssa ($cgi->param('publish_to_clearinghouse'))
204 :     {
205 :     print "<h2>Publishing $ssa to clearinghouse...</h2>\n";
206 :     $| = 1;
207 :     print "<pre>\n";
208 :     my $res = $fig->publish_subsystem_to_clearinghouse($ssa);
209 :     print "</pre>\n";
210 :     if ($res)
211 :     {
212 :     print "Published <i>$ssa </i> to clearinghouse<br>\n";
213 :     }
214 :     else
215 :     {
216 :     print "<b>Failed</b> to publish <i>$ssa</i> to clearinghouse<br>\n";
217 :     }
218 :     }
219 :     exit;
220 :     }
221 : overbeek 1.1 elsif ($request eq "new_ssa")
222 :     {
223 :     &new_ssa($fig,$cgi,$html);
224 :     }
225 :     else
226 :     {
227 :     &show_initial($fig,$cgi,$html);
228 :     }
229 :     }
230 :    
231 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
232 :    
233 :     sub show_initial {
234 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
235 :     my($set,$when,$comment);
236 :    
237 :     my $user = $cgi->param('user');
238 :     my @ssa = &existing_subsystem_annotations;
239 :    
240 :     if (@ssa > 0)
241 :     {
242 : overbeek 1.3 &format_ssa_table($cgi,$html,$user,\@ssa);
243 : overbeek 1.1 }
244 :    
245 :     my $target = "window$$";
246 : overbeek 1.24 push(@$html, $cgi->h1('To Start or Copy a Subsystem'),
247 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
248 : overbeek 1.1 -target => $target,
249 :     -method => 'post'),
250 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
251 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'new_ssa', -override => 1),
252 : overbeek 1.24 "Name of New Subsystem: ",
253 : overbeek 1.1 $cgi->textfield(-name => "ssa_name", -size => 50),
254 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => 1, -override => 1),
255 : overbeek 1.1 $cgi->br,
256 : overbeek 1.24 "Copy from (leave blank to start from scratch): ",
257 :     $cgi->textfield(-name => "copy_from", -size => 50),
258 :     $cgi->br,
259 :     $cgi->submit('start new subsystem'),
260 : overbeek 1.1 $cgi->end_form
261 :     );
262 :     }
263 :    
264 :     sub new_ssa {
265 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
266 :    
267 :     my $user = $cgi->param('user');
268 :     my $name = $cgi->param('ssa_name');
269 :    
270 :     if (! $user)
271 :     {
272 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user before starting a new subsystem annotation'));
273 :     return;
274 :     }
275 :    
276 :     if (! $name)
277 :     {
278 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem name'));
279 :     return;
280 :     }
281 :    
282 :     my $ssa = $name;
283 :     $ssa =~ s/ /_/g;
284 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Subsystems");
285 :    
286 :     if (-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa")
287 :     {
288 :     push(@$html,$cgi->h1("You need to specify a new subsystem name; $ssa already is being used"));
289 :     return;
290 :     }
291 :     mkdir("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa",0777)
292 :     || die "could not make $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa";
293 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
294 :    
295 :     open(LOG,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log")
296 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log";
297 :     my $time = time;
298 :     print LOG "$time\t$user\tstarted\n";
299 :     close(LOG);
300 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
301 :    
302 : overbeek 1.24 my $from;
303 :     if ($from = $cgi->param('copy_from'))
304 :     {
305 :     $from =~ s/ /_/g;
306 :     if (-e "$FIG_Config::data/Subsystems/$from/spreadsheet")
307 :     {
308 :     &FIG::run("cp \"$FIG_Config::data/Subsystems/$from/spreadsheet\" \"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa\"");
309 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
310 :     }
311 :     }
312 : overbeek 1.1 &show_ssa($fig,$cgi,$html);
313 :     }
314 :    
315 :     sub show_ssa {
316 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
317 :    
318 :     my $user = $cgi->param('user');
319 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
320 :    
321 :     if (! $user)
322 :     {
323 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
324 :     return;
325 :     }
326 :    
327 :     if (! $ssa)
328 :     {
329 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
330 :     return;
331 :     }
332 :    
333 :     my $name = $ssa;
334 :     $name =~ s/_/ /g;
335 :     $ssa =~ s/ /_/g;
336 :    
337 :     if (open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
338 :     {
339 :     $/ = "//\n";
340 :     my($i,$role,%pos,$subset,$adj_subset,$genome,$row,$abbrev);
341 :     if (defined($_ = <SSA>) && $_)
342 :     {
343 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
344 :     $i = 1;
345 :     foreach $role (split(/\n/,$_))
346 :     {
347 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
348 :     {
349 :     $role = $2;
350 :     $abbrev = $1;
351 :     }
352 :     else
353 :     {
354 :     $abbrev = "";
355 :     }
356 :     $cgi->param(-name => "posR$i", -value => $i);
357 :     $cgi->param(-name => "role$i", -value => $role);
358 :     $cgi->param(-name => "abbrev$i", -value => $abbrev);
359 :     $pos{$role} = $i;
360 :     $i++;
361 :     }
362 : overbeek 1.3
363 : overbeek 1.1 if (defined($_ = <SSA>) && $_)
364 :     {
365 :     $_ =~ s/\n?\/\/\n//s;
366 :     my($subsetsC,$subsetsR) = split(/\n\n/,$_);
367 :     $i = 1;
368 :     my @subsetsC = split(/\n/,$subsetsC);
369 :     my $active_subsetC = (@subsetsC > 0) ? pop @subsetsC : "All";
370 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC);
371 :     foreach $subset (@subsetsC)
372 :     {
373 :     my($nameCS,@subset_members) = split(/\s+/,$subset);
374 :     $cgi->param(-name => "nameCS$i", -value => $nameCS);
375 :     $adj_subset = join(" ",map { $pos{$_} ? $pos{$_} : $_ } @subset_members);
376 :     $cgi->param(-name => "subsetC$i", -value => $adj_subset);
377 :     $i++;
378 :     }
379 :    
380 :     my $active_subsetR = ($subsetsR && ($subsetsR =~ /^(\S[^\n]+\S)/)) ? $1 : "All";
381 :     $cgi->param(-name => 'active_subsetR', -value => $active_subsetR);
382 :     $/ = "\n";
383 :     $i = 1;
384 : overbeek 1.9 my(%seen);
385 : overbeek 1.1 while (defined($_ = <SSA>))
386 :     {
387 :     chop;
388 :     my($entry,$checked);
389 :     my @row = split(/\t/,$_);
390 : overbeek 1.9 next if ($seen{$row[0]});
391 :     $seen{$row[0]} = 1;
392 :    
393 : overbeek 1.1 if (@row > 0)
394 :     {
395 :     $genome = shift @row;
396 :     $cgi->param(-name => "genome$i", -value => $genome);
397 :     $checked = shift @row;
398 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => $checked);
399 :     }
400 :     else
401 :     {
402 :     $cgi->param(-name => "vcode$i", -value => 0);
403 :     }
404 :    
405 :     my $j = 1;
406 :     foreach $entry (@row)
407 :     {
408 :     $cgi->param(-name => "row$i.$j", -value => $entry);
409 :     $j++;
410 :     }
411 :     $i++;
412 :     }
413 :     }
414 :     close(SSA);
415 :     }
416 : overbeek 1.3
417 : overbeek 1.1 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
418 :     {
419 : olson 1.22 my $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
420 : overbeek 1.1 $cgi->param(-name => 'notes', -value => $notes);
421 :     }
422 :     }
423 :     else
424 :     {
425 :     &format_empty_ssa("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
426 :     }
427 :     &show_ssa_noload($fig,$cgi,$html);
428 :     }
429 :    
430 :     sub format_empty_ssa {
431 :     my($file) = @_;
432 :    
433 :     open(SSA,">$file") || die "aborted";
434 :     print SSA "//\nAll\n\n";
435 :     &print_default_genome_set(\*SSA);
436 :     print SSA "//\n";
437 :     close(SSA);
438 :     }
439 :    
440 :     sub print_default_genome_set {
441 :     my($fh) = @_;
442 :    
443 :     print $fh &default_genome_set, "\n";
444 :     }
445 :    
446 :     sub default_genome_set {
447 :     return "All";
448 :     }
449 :    
450 :     sub show_ssa_noload {
451 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
452 :     my($col);
453 :    
454 :     my $user = $cgi->param('user');
455 :     my $ssa = $cgi->param('ssa_name');
456 : overbeek 1.5 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
457 : overbeek 1.1 if (! $user)
458 :     {
459 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a user to work on a subsystem annotation'));
460 :     return;
461 :     }
462 :    
463 :     if (! $ssa)
464 :     {
465 :     push(@$html,$cgi->h1('You need to specify a subsystem'));
466 :     return;
467 :     }
468 :    
469 :     my $name = $ssa;
470 :     $name =~ s/_/ /g;
471 :     $ssa =~ s/ /_/g;
472 :    
473 :     push(@$html, $cgi->h1("Subsystem: $name"),
474 : overbeek 1.2 $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
475 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
476 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
477 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'show_ssa_noload', -override => 1),
478 : overbeek 1.5 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
479 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $name, -override => 1),
480 :     $cgi->br,
481 :     );
482 :    
483 :     my($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows) = &write_spreadsheet_from_input_parameters($fig,$cgi,$html,$ssa,$user);
484 :     &format_roles($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows);
485 :     &format_subsets($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
486 :     &format_rows($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
487 :    
488 : overbeek 1.5 if ($can_alter)
489 : overbeek 1.3 {
490 :     &format_extend_with($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles);
491 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'precise_fill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'fill'),$cgi->br);
492 :     push(@$html,$cgi->br);
493 :     push(@$html,$cgi->submit('update spreadsheet'),$cgi->br);
494 :     }
495 :     else
496 :     {
497 :     push(@$html,$cgi->br);
498 :     push(@$html,$cgi->submit('show spreadsheet'),$cgi->br);
499 : olson 1.11
500 : overbeek 1.3 }
501 : olson 1.17
502 : olson 1.11 push(@$html, $cgi->a({href => "ss_export.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa"},
503 :     "Export subsystem data"),
504 :     $cgi->br);
505 :    
506 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_clusters', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show clusters'),$cgi->br);
507 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing'),$cgi->br);
508 : overbeek 1.24 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_missing_including_matches', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show missing with matches'),
509 :     "&nbsp; &nbsp; [To restrict to a single genome: ",
510 :     $cgi->textfield(-name => "just_genome", -size => 15),"]",
511 :     $cgi->br
512 :     );
513 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'refill', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'refill spreadsheet from scratch'),$cgi->br);
514 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_dups', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show duplicates'),$cgi->br);
515 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'check_problems', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs in roles that do not match precisely'),$cgi->br);
516 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_excluded', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show PEGs that have roles, but not in spreadsheet'),$cgi->br);
517 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'add_solid', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'Add Genomes with Solid Hits'),$cgi->br);
518 :     push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled_fast', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs fast [depends on existing pins/clusters]'),$cgi->br);
519 : overbeek 1.3 push(@$html,$cgi->checkbox(-name => 'show_coupled', -value => 1, -checked => 0, -override => 1,-label => 'show coupled PEGs[figure 2 minutes per PEG in spreadsheet]'),$cgi->br);
520 : overbeek 1.1 push(@$html,$cgi->br,"Align column: ",
521 :     $cgi->textfield(-name => "col_to_align", -size => 7),
522 : olson 1.10 $cgi->checkbox(-name => "show_align_input", -checked => 0,
523 :     -label => "show input to alignment tool"),
524 : overbeek 1.1 $cgi->br,"Include homologs that pass the following threshhold: ",
525 :     $cgi->textfield(-name => "include_homo", -size => 10)," (leave blank to see just column)",
526 :     " Max homologous seqs: ",$cgi->textfield(-name => "max_homo", -value => 100, -size => 6),
527 : olson 1.17 );
528 :    
529 :     if ($can_alter)
530 :     {
531 :     push(@$html,
532 :     $cgi->p,
533 :     $cgi->submit(-value => "Start automated subsystem extension",
534 :     -name => "extend_with_billogix"),
535 :     $cgi->br);
536 :     }
537 :     push(@$html, $cgi->hr);
538 : overbeek 1.1
539 :     if ($cgi->param('show_missing'))
540 :     {
541 :     &format_missing($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
542 :     }
543 :    
544 : olson 1.15 if ($cgi->param('show_missing_including_matches'))
545 :     {
546 : olson 1.16 #
547 :     # Need to end the form that was started above; hope that doesn't cause problems.
548 :     #
549 :     push(@$html, $cgi->end_form);
550 :    
551 : olson 1.15 &format_missing_including_matches($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
552 :     }
553 :    
554 : overbeek 1.1 if ($cgi->param('show_dups'))
555 :     {
556 :     &format_dups($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
557 :     }
558 :    
559 :     if ($cgi->param('show_excluded'))
560 :     {
561 :     &format_excluded($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
562 :     }
563 :    
564 :     if ($cgi->param('show_coupled'))
565 :     {
566 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"careful",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
567 :     }
568 :     elsif ($cgi->param('show_coupled_fast'))
569 :     {
570 :     &format_coupled($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,"fast",$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR);
571 :     }
572 :    
573 :     if ($col = $cgi->param('col_to_align'))
574 :     {
575 :     &align_column($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR);
576 :     }
577 :    
578 :    
579 :     my $notes = "";
580 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
581 :     {
582 : olson 1.22 $notes = &FIG::file_read("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
583 : overbeek 1.1 }
584 :     push(@$html,$cgi->hr,"NOTES:\n",$cgi->br,$cgi->textarea(-name => 'notes', -rows => 40, -cols => 100, -value => $notes));
585 :     }
586 :    
587 :     sub format_extend_with {
588 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles) = @_;
589 :     my($org,$gs);
590 :    
591 :     # if (@$genomes > 0)
592 :     # {
593 :     my %genomes = map { $_ => 1 } @$genomes;
594 :     my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); "$gs ($org)" }
595 :     grep { ! $genomes{$_} }
596 :     $fig->genomes("complete",undef);
597 :     push(@$html,
598 :     $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),
599 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'korgs',
600 :     -values => [@orgs],
601 :     -size => 10,
602 :     -multiple => 1
603 :     ),
604 :     $cgi->hr
605 :     );
606 :     # }
607 :     # else
608 :     # {
609 :     # my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","not checked","checked"];
610 :     # my @checked = $cgi->radio_group(-name => 'vcode1',-values => [0,1], -nolabels => 1, -override => 1);
611 :     # my $row = [$cgi->textfield(-name => "genome1", -size => 15),"",@checked];
612 :     # my $i = 1;
613 :     # my $role;
614 :     # while ($i < @$roles)
615 :     # {
616 :     # push(@$row,$cgi->textfield(-name => "row1.$i", -size => 15));
617 :     # $i++;
618 :     # }
619 :     # my $tab = [$row];
620 :     # push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
621 :     # $cgi->hr
622 :     # );
623 :     # }
624 :     }
625 :    
626 :     sub format_rows {
627 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
628 :    
629 :     my($i);
630 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
631 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
632 :     # print &Dumper($subsetsC,$subsetC,$active_subsetC); die "aborted";
633 :     if (@$rows > 0)
634 :     {
635 :     my $col_hdrs = ["Genome ID","Organism","Variant Code"];
636 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
637 :     {
638 :     if ($roles->[$i])
639 :     {
640 :     if ($subsetC->{$i})
641 :     {
642 :     if ($roles->[$i] =~ /^(.*\S.*)\t(.*)$/)
643 :     {
644 :     push(@$col_hdrs,$1);
645 :     }
646 :     else
647 :     {
648 :     push(@$col_hdrs,$i);
649 :     }
650 :     }
651 :     }
652 :     }
653 :     my $tab = [];
654 :    
655 : overbeek 1.6 &format_existing_rows($fig,$cgi,$html,$tab,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs);
656 : overbeek 1.1
657 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Basic Spreadsheet"),
658 :     $cgi->hr
659 :     );
660 :    
661 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'sort',
662 :     -value => ['unsorted','alphabetic','by_variant','by_phylo','by_tax_id'],
663 :     -default => 'unsorted'
664 :     ));
665 :     }
666 :     }
667 :    
668 :     sub format_existing_rows {
669 : overbeek 1.6 my($fig,$cgi,$html,$tab,$genomes,$rows,$roles,$subsetC,$subsetR,$col_hdrs) = @_;
670 : overbeek 1.1 my($i,$j,$genome,$row,$entries);
671 :     my(@tab1);
672 :    
673 :     if (@$genomes != @$rows)
674 :     {
675 :     print STDERR &Dumper($genomes,$rows); die "mismatch between genomes and rows";
676 :     }
677 :    
678 :     my $iR = 1;
679 :     for ($i=0; ($i < @$genomes); $i++)
680 :     {
681 :     $genome = $genomes->[$i];
682 :     next if (! $genome);
683 :     my $vcode_value = $rows->[$i]->[0];
684 :    
685 :     my @tmp = ();
686 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
687 :     {
688 :     $rows->[$i]->[$j] = &verify_entry($fig,$genome,$rows->[$i]->[$j]);
689 :     if ($subsetR->{$genome} && $subsetC->{$j})
690 :     {
691 : overbeek 1.6 if ($cgi->param('refill'))
692 :     {
693 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
694 :     }
695 : overbeek 1.1 elsif ($cgi->param('precise_fill') && (! $rows->[$i]->[$j]))
696 :     {
697 :     $rows->[$i]->[$j] = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$genome,$roles));
698 :     }
699 :     }
700 :     $tmp[$j-1] = $rows->[$i]->[$j];
701 :     }
702 :    
703 :     @tmp = &group_by_clusters($fig,$genome,\@tmp);
704 :    
705 :     if ($subsetR->{$genome})
706 :     {
707 :     my $variant = join("", map { ($_->[0] =~ /\S/) ? 1 : 0 } @tmp);
708 : overbeek 1.3
709 :     my($genomeV,$vcodeV);
710 :     if ($cgi->param('can_alter'))
711 :     {
712 :     $genomeV = $cgi->textfield(-name => "genome$iR", -size => 15, -value => $genome, -override => 1);
713 :     $vcodeV = $cgi->textfield(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -size => 5);
714 :     }
715 :     else
716 :     {
717 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
718 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value));
719 :     $genomeV = $genome;
720 :     $vcodeV = $vcode_value;
721 :     }
722 :    
723 : olson 1.21 #
724 :     # Wrap genomeV in a <a name> tag so we can zing here too.
725 :     #
726 :    
727 :     $genomeV = "<a name=\"$genome\">$genomeV</a>";
728 :    
729 : overbeek 1.1 $row = [[$genome,$variant], # key for sorting
730 : overbeek 1.3 $genomeV,
731 : overbeek 1.1 &ext_genus_species($fig,$genome),
732 : overbeek 1.3 $vcodeV
733 : overbeek 1.1 ];
734 :     $j = 1;
735 :     while ($j < @$roles)
736 :     {
737 :     if ($roles->[$j])
738 :     {
739 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
740 :     if ($subsetC->{$j})
741 :     {
742 :     push(@$row,&fid_links($cgi,$tmp[$j-1],$genome));
743 :     }
744 :     }
745 :     $j++;
746 :     }
747 :     push(@tab1,$row);
748 :     }
749 :     else
750 :     {
751 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "genome$iR", -value => $genome, -override => 1),
752 :     $cgi->hidden(-name => "vcode$iR", -value => $vcode_value, -override => 1)
753 :     );
754 :    
755 :     $j = 1;
756 :     while ($j < @$roles)
757 :     {
758 :     if ($roles->[$j])
759 :     {
760 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "row$iR.$j", -value => $tmp[$j-1]->[0], -override => 1));
761 :     }
762 :     $j++;
763 :     }
764 :     }
765 :     $iR++;
766 :     }
767 :    
768 :     my($sort);
769 :     if ($sort = $cgi->param('sort'))
770 :     {
771 :     if ($sort eq "by_variant")
772 :     {
773 :     @tab1 = sort { ($a->[0]->[1] cmp $b->[0]->[1]) or ($fig->genus_species($a->[0]->[0]) cmp $fig->genus_species($b->[0]->[0])) } @tab1;
774 :     }
775 :     elsif ($sort eq "by_phylo")
776 :     {
777 :     @tab1 = map { $_->[0] }
778 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
779 :     map { [$_, $fig->taxonomy_of($_->[0]->[0])] }
780 :     @tab1;
781 :     }
782 :     elsif ($sort eq "by_tax_id")
783 :     {
784 :     @tab1 = map { $_->[0] }
785 :     sort { $a->[1] <=> $b->[1] }
786 :     map { [$_, $_->[0]->[0]] }
787 :     @tab1;
788 :     }
789 :     elsif ($sort eq "alphabetic")
790 :     {
791 :     @tab1 = map { $_->[0] }
792 :     sort { $a->[1] cmp $b->[1] }
793 :     map { [$_, $fig->genus_species($_->[0]->[0])] }
794 :     @tab1;
795 :     }
796 :     }
797 :    
798 :     my $x;
799 :     foreach $x (@tab1)
800 :     {
801 : overbeek 1.6 if ((@$tab > 0) && ((@$tab % 10) == 0))
802 :     {
803 :     push(@$tab,[map { "<b>$_</b>" } @$col_hdrs]) ;
804 :     }
805 : overbeek 1.1 shift @$x; # eliminate sort key
806 :     push(@$tab,$x);
807 :     }
808 :     }
809 :    
810 :     sub format_subsets {
811 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
812 :    
813 :     &format_subsetsC($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC);
814 :     &format_subsetsR($fig,$cgi,$html,$subsetsR,$active_subsetR);
815 :     }
816 :    
817 :     sub format_subsetsC {
818 :     my($fig,$cgi,$html,$subsetsC,$active_subsetC) = @_;
819 :     my($i);
820 :    
821 :     my $col_hdrs = ["Subset","Includes These Roles"];
822 :     my $tab = [];
823 :    
824 :     my $n = 1;
825 : overbeek 1.3 &format_existing_subsetsC($cgi,$html,$tab,$subsetsC,\$n);
826 :     if ($cgi->param('can_alter'))
827 : overbeek 1.1 {
828 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
829 :     {
830 :     &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$n,"");
831 :     $n++;
832 :     }
833 : overbeek 1.1 }
834 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsets of Roles"),
835 :     $cgi->hr
836 :     );
837 :    
838 :     if (keys(%$subsetsC) > 1)
839 :     {
840 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetC',
841 :     -values => [sort keys(%$subsetsC)],
842 :     -default => $active_subsetC
843 :     ),
844 :     $cgi->br
845 :     );
846 :     }
847 :     else
848 :     {
849 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'active_subsetC', -value => $active_subsetC, -override => 1));
850 :     }
851 :     }
852 :    
853 :     sub format_subsetsR {
854 :     my($fig,$cgi,$html,$subsets,$active_subsetR) = @_;
855 :     my($i);
856 :    
857 :     my $link = &tree_link;
858 :     push(@$html,$cgi->br,$link,$cgi->br);
859 :    
860 :     my @tmp = grep { $_ ne "All" } sort keys(%$subsets);
861 :     push(@$html,$cgi->scrolling_list(-name => 'active_subsetR',
862 :     -values => ["All",@tmp],
863 :     -default => $active_subsetR,
864 :     -size => 5
865 :     ),
866 :     $cgi->br
867 :     );
868 :     }
869 :    
870 :     sub format_existing_subsetsC {
871 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$subsetsC,$nP) = @_;
872 : overbeek 1.1 my($nameCS);
873 :    
874 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
875 :     {
876 : overbeek 1.3 &format_subsetC($cgi,$html,$tab,$$nP,$nameCS,$subsetsC->{$nameCS});
877 : overbeek 1.1 $$nP++;
878 :     }
879 :     }
880 :    
881 :     sub format_subsetC {
882 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$tab,$n,$nameCS,$subsetC) = @_;
883 : overbeek 1.1
884 :     if ($nameCS ne "All")
885 :     {
886 :     my $subset = join(",",sort { $a <=> $b } keys(%$subsetC));
887 : overbeek 1.3 my($posT,$subsetT);
888 :     if ($cgi->param('can_alter'))
889 :     {
890 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "nameCS$n", -size => 30, -value => $nameCS, -override => 1);
891 :     $subsetT = $cgi->textfield(-name => "subsetC$n", -size => 80, -value => $subset, -override => 1);
892 :     }
893 :     else
894 :     {
895 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "nameCS$n", -value => $nameCS, -override => 1),
896 :     $cgi->hidden(-name => "subsetC$n", -value => $subset, -override => 1));
897 :     $posT = $nameCS;
898 :     $subsetT = $subset;
899 :     }
900 : overbeek 1.1 push(@$tab,[$posT,$subsetT]);
901 :     }
902 :     }
903 :    
904 :     sub format_roles {
905 :     my($fig,$cgi,$html,$roles,$genomes,$rows) = @_;
906 :     my($i);
907 :    
908 :     my $col_hdrs = ["Column","Abbrev","Functional Role"];
909 :     my $tab = [];
910 :    
911 :     my $n = 1;
912 : overbeek 1.3 &format_existing_roles($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,\$n,$genomes,$rows);
913 :     if ($cgi->param('can_alter'))
914 : overbeek 1.1 {
915 : overbeek 1.3 for ($i=0; ($i < 5); $i++)
916 :     {
917 :     &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$n,"",$roles,$genomes,$rows);
918 :     $n++;
919 :     }
920 : overbeek 1.1 }
921 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Functional Roles"),
922 :     $cgi->hr
923 :     );
924 :     }
925 :    
926 :     sub format_existing_roles {
927 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$roles,$nP,$genomes,$rows) = @_;
928 : overbeek 1.1 my($role,$i);
929 :    
930 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
931 :     {
932 :     $role = $roles->[$i];
933 : overbeek 1.3 &format_role($fig,$cgi,$html,$tab,$$nP,$role,$roles,$genomes,$rows);
934 : overbeek 1.1 $$nP++;
935 :     }
936 :     }
937 :    
938 :     sub format_role {
939 : overbeek 1.3 my($fig,$cgi,$html,$tab,$n,$role,$roles,$genomes,$rows) = @_;
940 : overbeek 1.1 my($abbrev,$text);
941 :    
942 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
943 :     {
944 :     $abbrev = $1;
945 :     $text = $2;
946 :     }
947 :     else
948 :     {
949 :     $abbrev = "";
950 :     $text = $role;
951 :     }
952 :    
953 : overbeek 1.3 my($posT,$abbrevT,$roleT);
954 :     if ($cgi->param('can_alter'))
955 :     {
956 :     $posT = $cgi->textfield(-name => "posR$n", -size => 3, -value => $n, -override => 1);
957 :     $abbrevT = $cgi->textfield(-name => "abbrev$n", -size => 7, -value => $abbrev, -override => 1);
958 :     $roleT = $cgi->textfield(-name => "role$n", -size => 80, -value => $text, -override => 1);
959 :     }
960 :     else
961 :     {
962 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => "posR$n", -value => $n, -override => 1),
963 :     $cgi->hidden(-name => "abbrev$n", -value => $abbrev, -override => 1),
964 :     $cgi->hidden(-name => "role$n", -value => $text, -override => 1));
965 :     $posT = $n;
966 :     $abbrevT = $abbrev;
967 :     $roleT = $text;
968 :     }
969 : olson 1.21 #
970 :     # Wrap the first element in the table with a <A NAME="role_rolename"> tag
971 :     # so we can zing to it from elsewhere. We remove any non-alphanumeric
972 :     # chars in the role name.
973 :     #
974 :    
975 :     my $posT_html;
976 :     {
977 :     my $rn = $text;
978 :     $rn =~ s/ /_/g;
979 :     $rn =~ s/\W//g;
980 :    
981 :     $posT_html = "<a name=\"$rn\">$posT</a>";
982 :     }
983 :    
984 :    
985 :     push(@$tab,[$posT_html,$abbrevT,$roleT]);
986 : overbeek 1.24
987 :     my @roles = grep { $_->[0] ne $text } &gene_functions_in_col($fig,$n,$roles,$genomes,$rows);
988 :     my($x,$peg);
989 :     foreach $x (@roles)
990 : overbeek 1.1 {
991 : overbeek 1.24 push(@$tab,["","",$x->[0]]);
992 :     if ($cgi->param('check_problems'))
993 : overbeek 1.1 {
994 : overbeek 1.24 push(@$tab,["","",join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_) } @{$x->[1]})]);
995 : overbeek 1.1 }
996 :     }
997 :     }
998 :    
999 :     sub write_spreadsheet_from_input_parameters {
1000 :     my($fig,$cgi,$html,$ssa,$user) = @_;
1001 :     my($i,$j,$pos,$role,$subset,@roles,$genome,$row,$nameCS,$nameRS,%role_map,%role_map2);
1002 :     my($param,@param,@tmp,$active_subsetC,$pair);
1003 :    
1004 :     my $roles = [];
1005 :     my $genomes = [];
1006 :     my $rows = [];
1007 :     my $subsetsC = {};
1008 :     my $active_subsetC = "All";
1009 :     my $subsetsR = {};
1010 :     my $active_subsetR = "All";
1011 :    
1012 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1013 :     {
1014 :     &log_update($ssa,$user);
1015 : overbeek 1.1
1016 : overbeek 1.3 if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1017 : overbeek 1.1 {
1018 : overbeek 1.3 rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet~");
1019 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes")
1020 :     {
1021 :     rename("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes","$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes~");
1022 :     }
1023 :     else
1024 :     {
1025 :     open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1026 :     close(NOTES);
1027 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
1028 :     }
1029 : overbeek 1.1 }
1030 : overbeek 1.3
1031 :     open(SSA,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet")
1032 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
1033 : overbeek 1.1 }
1034 :     @param = grep { $_ =~ /^posR/ } $cgi->param;
1035 :     foreach $param (@param)
1036 :     {
1037 :     if ($param =~ /^posR(\d+)/)
1038 :     {
1039 :     $i = $1;
1040 :     if (($pos = $cgi->param("posR$i")) && ($role = $cgi->param("role$i")))
1041 :     {
1042 :     $role =~ s/^\s+//;
1043 :     $role =~ s/\s+$//;
1044 :     if ($role =~ /\S/)
1045 :     {
1046 :     if ($_ = $cgi->param("abbrev$i"))
1047 :     {
1048 :     $tmp[$pos] = "$_\t$role";
1049 :     }
1050 :     else
1051 :     {
1052 :     $tmp[$pos] = "\t$role";
1053 :     }
1054 :     $role_map2{$pos} = $i;
1055 :     }
1056 :     }
1057 :     }
1058 :     }
1059 :    
1060 :     $j = 1;
1061 :     foreach $pos (sort { $a <=> $b } keys(%role_map2))
1062 :     {
1063 :     $roles->[$j] = $tmp[$pos];
1064 :     $role_map{$role_map2{$pos}} = $j;
1065 :     $j++;
1066 :     }
1067 :    
1068 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1069 : overbeek 1.1 {
1070 : overbeek 1.3 foreach $role (@$roles)
1071 : overbeek 1.1 {
1072 : overbeek 1.3 if ($role)
1073 :     {
1074 :     print SSA "$role\n";
1075 :     }
1076 : overbeek 1.1 }
1077 : overbeek 1.3 print SSA "//\n";
1078 : overbeek 1.1 }
1079 :    
1080 :     @param = grep { $_ =~ /^nameCS/ } $cgi->param;
1081 :     foreach $param (@param)
1082 :     {
1083 :     if ($param =~ /^nameCS(\d+)/)
1084 :     {
1085 :     $i = $1;
1086 :     if (($nameCS = $cgi->param("nameCS$i")) && ($subset = $cgi->param("subsetC$i")))
1087 :     {
1088 :     foreach $_ (split(/[\t ,;]+/,$subset))
1089 :     {
1090 :     if ($_ =~ /^\d+$/)
1091 :     {
1092 :     $subsetsC->{$nameCS}->{$role_map{$_}} = 1;
1093 :     }
1094 :     }
1095 :     }
1096 :     }
1097 :     }
1098 :    
1099 :     foreach $nameCS (sort keys(%$subsetsC))
1100 :     {
1101 :     $subset = $subsetsC->{$nameCS};
1102 :     if ($subset)
1103 :     {
1104 :     @roles = sort { $a <=> $b } keys(%$subset);
1105 :     }
1106 :    
1107 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1108 : overbeek 1.1 {
1109 : overbeek 1.3 if (@roles > 1)
1110 :     {
1111 :     print SSA join("\t",($nameCS,@roles)),"\n";
1112 :     }
1113 :     else
1114 :     {
1115 :     push(@$html,$cgi->h2("invalid subset: $subset"));
1116 :     }
1117 : overbeek 1.1 }
1118 :     }
1119 :    
1120 :     if (! ($active_subsetC = $cgi->param('active_subsetC')))
1121 :     {
1122 :     $active_subsetC = "All";
1123 :     }
1124 :    
1125 :     if (! $subsetsC->{"All"})
1126 :     {
1127 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1128 :     {
1129 :     $subsetsC->{"All"}->{$i} = 1;
1130 :     }
1131 :     }
1132 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1133 :     {
1134 :     print SSA "$active_subsetC\n";
1135 :     print SSA "\n";
1136 :     }
1137 : overbeek 1.1
1138 :    
1139 :     my($taxonomic_groups,$id,$members,$genome);
1140 :     $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
1141 :     foreach $pair (@$taxonomic_groups)
1142 :     {
1143 :     ($id,$members) = @$pair;
1144 :     foreach $genome (@$members)
1145 :     {
1146 :     $subsetsR->{$id}->{$genome} = 1;
1147 :     }
1148 :     }
1149 :    
1150 :     $active_subsetR = $cgi->param('active_subsetR');
1151 :     if (! ($active_subsetR && $subsetsR->{$active_subsetR}))
1152 :     {
1153 :     $active_subsetR = &default_genome_set;
1154 :     }
1155 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1156 :     {
1157 :     print SSA "$active_subsetR\n";
1158 :     print SSA "//\n";
1159 :     }
1160 : overbeek 1.1
1161 :     $i = 1;
1162 :     while (defined($genome = $cgi->param("genome$i")))
1163 :     {
1164 :     if ($genome =~ /^\d+\.\d+$/)
1165 :     {
1166 :     $genomes->[$i-1] = $genome;
1167 :     }
1168 :     $i++;
1169 :     }
1170 :    
1171 :     $i = 1;
1172 :     my($vcode_value,$j,$row,$entry,$non_null);
1173 :     while (defined($vcode_value = $cgi->param("vcode$i")))
1174 :     {
1175 :     if ($genomes->[$i-1])
1176 :     {
1177 :     $row = [$vcode_value];
1178 :     for ($j=1; ($j < (@$roles + 5)); $j++)
1179 :     {
1180 :     if ($role_map{$j})
1181 :     {
1182 :     if ($entry = $cgi->param("row$i.$j"))
1183 :     {
1184 :     $row->[$role_map{$j}] = $entry;
1185 :     }
1186 :     else
1187 :     {
1188 :     $row->[$role_map{$j}] = "";
1189 :     }
1190 :     }
1191 :     }
1192 :     $rows->[$i-1] = $row;
1193 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1194 :     {
1195 :     print SSA join("\t",($genomes->[$i-1],@$row)),"\n";
1196 :     }
1197 : overbeek 1.1 }
1198 :     $i++;
1199 :     }
1200 :    
1201 :     my @orgs = $cgi->param('korgs');
1202 :     @orgs = map { $_ =~ /\((\d+\.\d+)\)/; $1 } @orgs;
1203 :    
1204 : overbeek 1.3 if ($cgi->param('can_alter'))
1205 : overbeek 1.1 {
1206 : overbeek 1.3 my @orgs1 = ();
1207 :     if ($cgi->param('add_solid'))
1208 :     {
1209 :     my %genomes1 = map { $_ => 1 } (@$genomes,@orgs);;
1210 :     @orgs1 = sort grep { ! $genomes1{$_} } $fig->genomes("complete",undef);
1211 :     }
1212 :     &extend_ssa($fig,$genomes,$roles,$rows,\@orgs,\@orgs1,\*SSA);
1213 :    
1214 :    
1215 :     close(SSA);
1216 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
1217 :     if (($_ = $cgi->param('notes')) && open(NOTES,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes"))
1218 :     {
1219 :     print NOTES $_;
1220 :     close(NOTES);
1221 :     }
1222 :     &backup("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa");
1223 : overbeek 1.1
1224 :     }
1225 : overbeek 1.3 # print &Dumper($roles,$subsets,$genomes,$rows); die "aborted";
1226 : olson 1.13
1227 :     #
1228 :     # Update the subsystem index.
1229 :     #
1230 :     # (Put this in an eval in case we get a failure here).
1231 :     #
1232 :    
1233 :     eval {
1234 :     my $sub = $fig->get_subsystem($ssa, 1);
1235 :     $sub->db_sync();
1236 :     };
1237 :    
1238 : overbeek 1.1 return ($roles,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR,$genomes,$rows);
1239 :     }
1240 :    
1241 :     sub format_ssa_table {
1242 : overbeek 1.3 my($cgi,$html,$user,$ssaP) = @_;
1243 : overbeek 1.1 my($ssa,$curator);
1244 :     my($url1,$link1);
1245 :    
1246 : overbeek 1.3 my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1247 : overbeek 1.2 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ssa2.cgi",
1248 : overbeek 1.1 -method => 'post'),
1249 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1250 : overbeek 1.3 $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1),
1251 : overbeek 1.1 $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'delete_or_export_ssa', -override => 1)
1252 :     );
1253 : overbeek 1.4 push(@$html,"<font size=\"+2\">Please do not ever edit someone else\'s spreadsheet (by using their
1254 :     user ID), and <b>never open multiple windows to
1255 : overbeek 1.3 process the same spreadsheet</b></font>. It is, of course, standard practice to open a subsystem
1256 : overbeek 1.4 spreadsheet and then to have multiple other SEED windows to access data and modify annotations. Further,
1257 :     you can access someone else's subsystem spreadsheet using your ID (which will make it impossible
1258 :     for you to edit the spreadsheet).
1259 :     Just do not open the same subsystem spreadsheet for editing in multiple windows simultaneously.",
1260 : overbeek 1.3 $cgi->br,
1261 :     $cgi->br
1262 :     );
1263 : overbeek 1.1
1264 : olson 1.8 my $col_hdrs = [
1265 :     "Name","Curator","Exchangable","Version",
1266 :     "Reset to Previous Timestamp","Delete",
1267 :     "Export Full Subsystem","Export Just Assignments", "Publish to Clearinghouse",
1268 :     ];
1269 : overbeek 1.1 my $title = "Existing Subsystem Annotations";
1270 :     my $tab = [];
1271 :     foreach $_ (@$ssaP)
1272 :     {
1273 : olson 1.19 my($publish_checkbox);
1274 : overbeek 1.1 ($ssa,$curator) = @$_;
1275 : olson 1.19
1276 : overbeek 1.1 my($url,$link);
1277 : overbeek 1.3 if ((-d "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup") && ($curator eq $cgi->param('user')))
1278 : overbeek 1.1 {
1279 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset";
1280 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>reset</a>";
1281 :     }
1282 :     else
1283 :     {
1284 : overbeek 1.3 $link = "";
1285 : overbeek 1.1 }
1286 :    
1287 : overbeek 1.3 if (($fig->is_exchangable_subsystem($ssa)) && ($curator eq $cgi->param('user')))
1288 : overbeek 1.1 {
1289 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_unexchangable";
1290 : overbeek 1.1 $link1 = "Exchangable<br><a href=$url1>Make not exchangable</a>";
1291 :     }
1292 : overbeek 1.3 elsif ($curator eq $cgi->param('user'))
1293 : overbeek 1.1 {
1294 : overbeek 1.2 $url1 = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=make_exchangable";
1295 : overbeek 1.1 $link1 = "Not exchangable<br><a href=$url1>Make exchangable</a>";
1296 :     }
1297 : overbeek 1.3 else
1298 :     {
1299 :     $link1 = "";
1300 :     }
1301 : olson 1.8
1302 :     #
1303 :     # Only allow publish for subsystems we are curating?
1304 :     #
1305 : olson 1.12 if ($curator eq $cgi->param('user'))
1306 : olson 1.8 {
1307 :     $publish_checkbox = $cgi->checkbox(-name => "publish_to_clearinghouse",
1308 :     -value => $ssa,
1309 :     -label => "Publish"),
1310 :    
1311 :     }
1312 : overbeek 1.1
1313 : olson 1.8 push(@$tab,[
1314 : overbeek 1.1 &ssa_link($ssa,$user),
1315 :     $curator,
1316 :     $link1,
1317 : olson 1.8 $fig->subsystem_version($ssa),
1318 :     $link,
1319 :     ($curator eq $cgi->param('user')) ? $cgi->checkbox(-name => "delete", -value => $ssa) : "",
1320 :     $cgi->checkbox(-name => "export", -value => $ssa, -label => "Export full"),
1321 :     $cgi->checkbox(-name => "export_assignments", -value => $ssa, -label => "Export assignments"),
1322 :     $publish_checkbox,
1323 : overbeek 1.1 ]);
1324 :     }
1325 : olson 1.8 push(@$html,
1326 :     &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title),
1327 :     $cgi->submit(-name => 'delete_export',
1328 :     -label => 'Process marked deletions and exports'),
1329 :     $cgi->submit(-name => 'publish',
1330 :     -label => "Publish marked subsystems"),
1331 :     $cgi->end_form
1332 : overbeek 1.1 );
1333 :     }
1334 :    
1335 :     sub ssa_link {
1336 :     my($ssa,$user) = @_;
1337 :     my $name = $ssa; $name =~ s/_/ /g;
1338 :     my $target = "window$$";
1339 : overbeek 1.3 my $can_alter = &curator($ssa) eq $user;
1340 :    
1341 :     my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=show_ssa&can_alter=$can_alter";
1342 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>$name</a>";
1343 :     }
1344 :    
1345 :     sub tree_link {
1346 :     my $target = "window$$";
1347 : overbeek 1.2 my $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?request=show_tree";
1348 : overbeek 1.1 return "<a href=$url target=$target>Show Phylogenetic Tree</a>";
1349 :     }
1350 :    
1351 :    
1352 :     sub existing_subsystem_annotations {
1353 :     my($ssa,$name);
1354 :     my @ssa = ();
1355 :     if (opendir(SSA,"$FIG_Config::data/Subsystems"))
1356 :     {
1357 :     @ssa = map { $ssa = $_; $name = $ssa; $ssa =~ s/ /_/g; [$name,&curator($ssa)] } grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SSA);
1358 :     closedir(SSA);
1359 :     }
1360 : overbeek 1.25 return sort { $a->[0] cmp $b->[0] } @ssa;
1361 : overbeek 1.1 }
1362 :    
1363 :     sub curator {
1364 :     my($ssa) = @_;
1365 :     my($who) = "";
1366 :    
1367 :     if (open(DATA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1368 :     {
1369 :     $_ = <DATA>;
1370 :     if ($_ =~ /^\d+\t(\S+)\s+started/)
1371 :     {
1372 :     $who = $1;
1373 :     }
1374 :     close(DATA);
1375 :     }
1376 :     return $who;
1377 :     }
1378 :    
1379 :     sub log_update {
1380 :     my($ssa,$user) = @_;
1381 :    
1382 :     $ssa =~ s/ /_/g;
1383 :    
1384 :     if (open(LOG,">>$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log"))
1385 :     {
1386 :     my $time = time;
1387 :     print LOG "$time\t$user\tupdated\n";
1388 :     close(LOG);
1389 :     }
1390 :     else
1391 :     {
1392 :     print STDERR "failed to open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/curation.log\n";
1393 :     }
1394 :     }
1395 :    
1396 :     sub extend_ssa {
1397 :     my($fig,$genomes,$roles,$rows,$new_genomes,$poss_new_genomes,$fh) = @_;
1398 :     my($genome,$i,$row,$role);
1399 :    
1400 :     foreach $genome (@$new_genomes)
1401 :     {
1402 :     push(@$genomes,$genome);
1403 :     $row = [0];
1404 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1405 :     {
1406 :     push(@$row,join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles)));
1407 :     }
1408 :     push(@$rows,$row);
1409 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1410 :     }
1411 :    
1412 :     foreach $genome (@$poss_new_genomes)
1413 :     {
1414 :     $row = [0];
1415 :     my $bad = 0;
1416 :     for ($i=1; ($i < @$roles); $i++)
1417 :     {
1418 :     my $entry = join(",",map { $_ =~ /(\d+)$/; $1 } &seqs_with_role_precisely($fig,$i,$genome,$roles));
1419 :     if (! $entry)
1420 :     {
1421 :     $bad = 1;
1422 :     last;
1423 :     }
1424 :     push(@$row,$entry);
1425 :     }
1426 :     if (! $bad)
1427 :     {
1428 :     push(@$genomes,$genome);
1429 :     push(@$rows,$row);
1430 :     print $fh join("\t",($genome,@$row)),"\n";
1431 :     }
1432 :     }
1433 :     }
1434 :     sub seqs_with_role_precisely {
1435 :     my($fig,$i,$genome,$roles) = @_;
1436 :    
1437 :     # The $i parm is a bit weird. The actual role we want is in $roles->[$i]. Any existing versions are in
1438 :     # $rows->[*]->[$i] entries. You look for acceptable roles matching $roles->[$i] (after tab)
1439 :    
1440 :     my @pegs = ();
1441 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1442 :     {
1443 :     @pegs = $fig->seqs_with_role($1,"master",$genome);
1444 :     }
1445 :     return @pegs;
1446 :     }
1447 :    
1448 :     sub gene_functions_in_col {
1449 :     my($fig,$i,$roles,$genomes,$rows) = @_;
1450 :     my(%roles,$j,$row,$genomeJ,$entry,@pegs,$peg,$func);
1451 :    
1452 :     if ($roles->[$i] =~ /([^\t]+)$/)
1453 :     {
1454 :     $roles{$1} = [];
1455 :     }
1456 :    
1457 :     for ($j=0; ($j < @$rows); $j++)
1458 :     {
1459 :     $row = $rows->[$j];
1460 :     $genomeJ = $genomes->[$j];
1461 :     if ($row->[$i] =~ /(\S.*\S)/)
1462 :     {
1463 :     $entry = $1;
1464 :     @pegs = map { "fig|$genomeJ.peg.$_" } split(/,/,$entry);
1465 :     foreach $peg (@pegs)
1466 :     {
1467 :     if ($func = $fig->function_of($peg))
1468 :     {
1469 :     push(@{$roles{$func}},$peg);
1470 :     }
1471 :     }
1472 :     }
1473 :     }
1474 :     return map { [$_,$roles{$_}] } sort keys(%roles);
1475 :     }
1476 :    
1477 :    
1478 :     sub verify_entry {
1479 :     my($fig,$genome,$entry) = @_;
1480 :     my($peg);
1481 :    
1482 :     my @verified = ();
1483 :     foreach $peg (split(/[, \t]+/,$entry))
1484 :     {
1485 :     if ($fig->is_real_feature("fig|$genome.peg.$peg"))
1486 :     {
1487 :     push(@verified,$peg);
1488 :     }
1489 :     }
1490 :     return join(",",@verified);
1491 :     }
1492 :    
1493 :     sub export {
1494 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1495 :     my($line);
1496 :    
1497 :     my ($exportable,$notes) = $fig->exportable_subsystem($ssa);
1498 :     foreach $line (@$exportable,@$notes)
1499 :     {
1500 :     print $line;
1501 :     }
1502 :     }
1503 :    
1504 :     sub export_assignments {
1505 :     my($fig,$cgi,$ssa) = @_;
1506 :     my(@roles,$i,$entry,$id,$user);
1507 :    
1508 :     if (($user = $cgi->param('user')) && open(SSA,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet"))
1509 :     {
1510 :     $user =~ s/^master://;
1511 :     &FIG::verify_dir("$FIG_Config::data/Assignments/$user");
1512 :     my $who = &curator($ssa);
1513 :     my $file = &FIG::epoch_to_readable(time) . ":$who:generated_from_subsystem_$ssa";
1514 :    
1515 :     if (open(OUT,">$FIG_Config::data/Assignments/$user/$file"))
1516 :     {
1517 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//))
1518 :     {
1519 :     chop;
1520 :     push(@roles,$_);
1521 :     }
1522 :     while (defined($_ = <SSA>) && ($_ !~ /^\/\//)) {}
1523 :     while (defined($_ = <SSA>))
1524 :     {
1525 :     chop;
1526 :     my @flds = split(/\t/,$_);
1527 :     my $genome = $flds[0];
1528 :     for ($i=2; ($i < @flds); $i++)
1529 :     {
1530 :     my @entries = split(/,/,$flds[$i]);
1531 :     foreach $id (@entries)
1532 :     {
1533 :     my $peg = "fig|$genome.peg.$id";
1534 :     my $func = $fig->function_of($peg);
1535 :     print OUT "$peg\t$func\n";
1536 :     }
1537 :     }
1538 :     }
1539 :     close(OUT);
1540 :     }
1541 :     close(SSA);
1542 :     }
1543 :     }
1544 :    
1545 :     sub format_missing {
1546 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1547 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
1548 :    
1549 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1550 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1551 :    
1552 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1553 :    
1554 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1555 :     {
1556 :     $org = $genomes->[$i];
1557 :     next if (! $subsetR->{$org});
1558 :    
1559 :     $missing = [];
1560 :    
1561 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1562 :     {
1563 :     if ((! $rows->[$i]->[$j]) && $subsetC->{$j})
1564 :     {
1565 :     $user = $cgi->param('user');
1566 :     $role = $roles->[$j];
1567 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1568 :     {
1569 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1570 :     }
1571 :     else
1572 :     {
1573 :     $abr = "";
1574 :     }
1575 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1576 : olson 1.15
1577 : overbeek 1.1 $link = "<a href=" . &FIG::cgi_url . "/pom.cgi?user=$user&request=find_in_org&role=$roleE&org=$org>$abr $role</a>";
1578 :     push(@$missing,$link);
1579 :     }
1580 :     }
1581 :     if (@$missing > 0)
1582 :     {
1583 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1584 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1585 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($missing)));
1586 : olson 1.15
1587 :     }
1588 :    
1589 :     }
1590 :     close(L);
1591 :     }
1592 :    
1593 :     sub format_missing_including_matches
1594 :     {
1595 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,
1596 :     $subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1597 :    
1598 :     my($i,$j,$missing,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr);
1599 :    
1600 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1601 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1602 :    
1603 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Missing Entries:'));
1604 :    
1605 : olson 1.16 push(@$html, $cgi->start_form(-action=> "fid_checked.cgi"));
1606 :    
1607 :     my $can_alter = $cgi->param('can_alter');
1608 :     $user = $cgi->param('user');
1609 :     push(@$html,
1610 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
1611 :     $cgi->hidden(-name => 'can_alter', -value => $can_alter, -override => 1));
1612 :    
1613 : olson 1.15 for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1614 :     {
1615 :     $org = $genomes->[$i];
1616 : overbeek 1.24 next if (($_ = $cgi->param('just_genome')) && ($org != $_));
1617 : olson 1.15 next if (! $subsetR->{$org});
1618 : overbeek 1.24
1619 : olson 1.15 $missing = [];
1620 :    
1621 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1622 :     {
1623 :     if ((! $rows->[$i]->[$j]) && $subsetC->{$j})
1624 :     {
1625 :     $role = $roles->[$j];
1626 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1627 :     {
1628 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1629 :     }
1630 :     else
1631 :     {
1632 :     $abr = "";
1633 :     }
1634 :     my $roleE = $cgi->escape($role);
1635 :    
1636 :     #
1637 : olson 1.16 # All the way up to here is code to retrieve the role name.
1638 : olson 1.15 #
1639 :    
1640 :     #
1641 :     # Invoke find_role_in_org to get the roles we might have.
1642 :     #
1643 :    
1644 :     my @hits = $fig->find_role_in_org($role, $org, $user, $cgi->param("sims_cutoff"));
1645 :    
1646 :     push(@$missing,@hits);
1647 :     }
1648 :     }
1649 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1650 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1651 :    
1652 :     if (@$missing > 0)
1653 :     {
1654 : olson 1.16 my $colhdr = ["Assign", "P-Sc", "PEG", "Len", "Current fn", "Matched peg", "Len", "Function"];
1655 : olson 1.15 my $tbl = [];
1656 :    
1657 :     for my $hit (@$missing)
1658 :     {
1659 :     my($psc, $my_peg, $my_len, $my_fn, $match_peg, $match_len, $match_fn) = @$hit;
1660 : olson 1.16
1661 :     my $my_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $my_peg, 1);
1662 :     my $match_peg_link = &HTML::fid_link($cgi, $match_peg, 0);
1663 :    
1664 :     my $checkbox = $cgi->checkbox(-name => "checked",
1665 :     -value => "to=$my_peg,from=$match_peg",
1666 :     -label => "");
1667 :    
1668 :     push(@$tbl, [$checkbox,
1669 :     $psc,
1670 :     $my_peg_link, $my_len, $my_fn,
1671 :     $match_peg_link, $match_len, $match_fn]);
1672 : olson 1.15 }
1673 :    
1674 :     push(@$html, &HTML::make_table($colhdr, $tbl, ""));
1675 :     }
1676 :     else
1677 :     {
1678 :     push(@$html, $cgi->p("No matches."));
1679 : overbeek 1.1 }
1680 : olson 1.15
1681 : overbeek 1.1 }
1682 : olson 1.16 push(@$html,
1683 :     $cgi->submit(-value => "Process assignments",
1684 :     -name => "batch_assign"),
1685 :     $cgi->end_form);
1686 : overbeek 1.1 }
1687 :    
1688 :     sub format_dups {
1689 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1690 :     my($i,$j,$duplicates,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg);
1691 :    
1692 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1693 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1694 :    
1695 :     push(@$html,$cgi->h1('To Check Duplicates:'));
1696 :    
1697 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1698 :     {
1699 :     $org = $genomes->[$i];
1700 :     next if (! $subsetR->{$org});
1701 :    
1702 :     $duplicates = [];
1703 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1704 :     {
1705 :     if (($rows->[$i]->[$j] =~ /,/) && $subsetC->{$j})
1706 :     {
1707 :     $user = $cgi->param('user');
1708 :     $role = $roles->[$j];
1709 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1710 :     {
1711 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1712 :     }
1713 :     else
1714 :     {
1715 :     $abr = "";
1716 :     }
1717 :     push(@$duplicates,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = "fig|$org.peg.$_"; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j])])));
1718 :     }
1719 :     }
1720 :     if (@$duplicates > 0)
1721 :     {
1722 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1723 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1724 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($duplicates)));
1725 :     }
1726 :     }
1727 :     }
1728 :    
1729 :     sub format_excluded {
1730 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1731 :     my($i,$j,$show,$user,$role,$org,$link,$genus_species,$abr,$func,$peg,@excluded,@in,%in);
1732 :    
1733 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1734 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1735 :    
1736 :     push(@$html,$cgi->h1('To PEGs with Role, but not in Spreadsheet:'));
1737 :    
1738 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1739 :     {
1740 :     $org = $genomes->[$i];
1741 :     next if (! $subsetR->{$org});
1742 :    
1743 :     $show = [];
1744 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1745 :     {
1746 :     next if (! $subsetC->{$j});
1747 :    
1748 :     if ($rows->[$i]->[$j])
1749 :     {
1750 :     @in = map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]);
1751 :     }
1752 :     else
1753 :     {
1754 :     @in = ();
1755 :     }
1756 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
1757 :     $user = $cgi->param('user');
1758 :     $role = $roles->[$j];
1759 :     if ($role =~ /^(.*)\t(.*)$/)
1760 :     {
1761 :     ($abr,$role) = ($1,$2);
1762 :     }
1763 :     else
1764 :     {
1765 :     $abr = "";
1766 :     }
1767 :     @excluded = grep { ! $in{$_} } &seqs_with_role_precisely($fig,$j,$org,$roles);
1768 :     if (@excluded > 0)
1769 :     {
1770 :     push(@$show,"$role<br>" . $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_; $func = $fig->function_of($peg,$user); &HTML::fid_link($cgi,$peg) . " $func" } @excluded])));
1771 :     }
1772 :     }
1773 :     if (@$show > 0)
1774 :     {
1775 :     $genus_species = &ext_genus_species($fig,$org);
1776 :     push(@$html,$cgi->h2("$org: $genus_species"));
1777 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li($show)));
1778 :     }
1779 :     }
1780 :     }
1781 :    
1782 :     sub format_coupled {
1783 :     my($fig,$cgi,$html,$genomes,$roles,$rows,$type,$subsetsC,$active_subsetC,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1784 :     my($i,$j,@show,$user,$org,$link,$gs,$func,$peg,$peg1,$peg2,%in,%seen,%seen2);
1785 :     my(@cluster,$sc,$x,$id2,@in,$sim,@coupled);
1786 :    
1787 :     my $subsetC = $subsetsC->{$active_subsetC};
1788 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1789 :    
1790 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
1791 :     {
1792 :     $org = $genomes->[$i];
1793 :     next if (! $subsetR->{$org});
1794 :    
1795 :     for ($j=1; ($j < @$roles); $j++)
1796 :     {
1797 :     if ($rows->[$i]->[$j] && $subsetC->{$j})
1798 :     {
1799 :     push(@in,map { "fig|$org.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$j]));
1800 :     }
1801 :     }
1802 :     }
1803 :    
1804 :     %in = map { $_ => 1 } @in;
1805 :     $user = $cgi->param('user');
1806 :     @show = ();
1807 :     foreach $peg1 (@in)
1808 :     {
1809 :     if ($type eq "careful")
1810 :     {
1811 :     @coupled = $fig->coupling_and_evidence($peg1,5000,1.0e-10,0.2,1);
1812 :     }
1813 :     else
1814 :     {
1815 :     @coupled = $fig->fast_coupling($peg1,5000,1);
1816 :     }
1817 :    
1818 :     foreach $x (@coupled)
1819 :     {
1820 :     ($sc,$peg2) = @$x;
1821 :     if ((! $in{$peg2}) && ((! $seen{$peg2}) || ($seen{$peg2} < $sc)))
1822 :     {
1823 :     $seen{$peg2} = $sc;
1824 :     # print STDERR "$sc\t$peg1 -> $peg2\n";
1825 :     }
1826 :     }
1827 :     }
1828 :    
1829 :     foreach $peg1 (sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} } keys(%seen))
1830 :     {
1831 :     if (! $seen2{$peg1})
1832 :     {
1833 :     @cluster = ($peg1);
1834 :     $seen2{$peg1} = 1;
1835 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
1836 :     {
1837 :     foreach $sim ($fig->sims($cluster[$i],1000,1.0e-10,"fig"))
1838 :     {
1839 :     $id2 = $sim->id2;
1840 :     if ($seen{$id2} && (! $seen2{$id2}))
1841 :     {
1842 :     push(@cluster,$id2);
1843 :     $seen2{$id2} = 1;
1844 :     }
1845 :     }
1846 :     }
1847 :     push(@show, [scalar @cluster,
1848 :     $cgi->br .
1849 :     $cgi->ul($cgi->li([map { $peg = $_;
1850 :     $sc = $seen{$peg};
1851 :     $func = $fig->function_of($peg,$user);
1852 :     $gs = $fig->genus_species($fig->genome_of($peg));
1853 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg);
1854 :     "$sc: $link: $func \[$gs\]" }
1855 :     sort { $seen{$b} <=> $seen{$a} }
1856 :     @cluster]))
1857 :     ]);
1858 :     }
1859 :     }
1860 :    
1861 :     if (@show > 0)
1862 :     {
1863 :     @show = map { $_->[1] } sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @show;
1864 :     push(@$html,$cgi->h1('Coupled, but not in Spreadsheet:'));
1865 :     push(@$html,$cgi->ul($cgi->li(\@show)));
1866 :     }
1867 :     }
1868 :    
1869 :     sub ext_genus_species {
1870 :     my($fig,$genome) = @_;
1871 :    
1872 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
1873 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
1874 :     return "$gs [$c]";
1875 :     }
1876 :    
1877 :     sub show_tree {
1878 :    
1879 :     my($id,$gs);
1880 :     my($tree,$ids) = $fig->build_tree_of_complete;
1881 :     my $relabel = {};
1882 :     foreach $id (@$ids)
1883 :     {
1884 :     if ($gs = $fig->genus_species($id))
1885 :     {
1886 :     $relabel->{$id} = "$gs ($id)";
1887 :     }
1888 :     }
1889 :     $_ = &display_tree($tree,$relabel);
1890 :     print $cgi->pre($_),"\n";
1891 :     }
1892 :    
1893 : olson 1.10 sub export_align_input
1894 :     {
1895 :    
1896 :     }
1897 :    
1898 : overbeek 1.1 sub align_column {
1899 :     my($fig,$cgi,$html,$col,$roles,$genomes,$rows,$subsetsR,$active_subsetR) = @_;
1900 :     my($colN,@checked,$cutoff);
1901 :    
1902 :     my $subsetR = $subsetsR->{$active_subsetR};
1903 :    
1904 : olson 1.10 my $checked;
1905 :    
1906 : overbeek 1.1 if (($colN = &which_column($col,$roles)) &&
1907 :     ((@checked = &seqs_to_align($colN,$genomes,$rows,$subsetR)) > 1))
1908 :     {
1909 :     if ($cutoff = $cgi->param('include_homo'))
1910 :     {
1911 :     my $max = $cgi->param('max_homo');
1912 :     $max = $max ? $max : 100;
1913 :     push(@checked,&get_homologs($fig,\@checked,$cutoff,$max));
1914 :     }
1915 : olson 1.10 $checked = join("\' \'",@checked);
1916 :     }
1917 :     else
1918 :     {
1919 :     push(@$html,"<h1>You need to check at least two sequences</h1>\n");
1920 :     return;
1921 :     }
1922 :    
1923 :    
1924 :     #
1925 :     # See if we want to produce the alignment, or just produce the
1926 :     # input to the alignment.
1927 :     #
1928 :    
1929 :     if ($cgi->param("show_align_input"))
1930 :     {
1931 :     push(@$html, "<pre>\n");
1932 :     my $relabel;
1933 :     foreach my $id (@checked)
1934 :     {
1935 :     my $seq;
1936 :     if ($seq = $fig->get_translation($id))
1937 :     {
1938 :     push(@$html, ">$id\n$seq\n");
1939 :     my $func = $fig->function_of($id);
1940 :     $relabel->{$id} = "$id: $func";
1941 :     }
1942 :     else
1943 :     {
1944 :     push(@$html, "could not find translation for $id\n");
1945 :     }
1946 :     }
1947 :     push(@$html, "\n</pre>\n");
1948 :     }
1949 :     else
1950 :     {
1951 : overbeek 1.1 push(@$html,"<pre>\n");
1952 :     my %org = map { ( $_, $fig->org_of($_) ) } @checked;
1953 :     # Modified by GJO to compress tree and add organism names to tree:
1954 :     # push(@$html,`$FIG_Config::bin/align_with_clustal -tree \'$checked\'`);
1955 :    
1956 :     # Simpler version
1957 :     # push @$html, map { chomp;
1958 :     # /^ *\|[ |]*$/ # line that adds only tree height
1959 :     # ? () # remove it
1960 :     # : /- ([a-z]+\|\S+):/ && defined( $org{$1} ) # tree id?
1961 :     # ? "$_ [$org{$1}]\n" # add the name
1962 :     # : "$_\n" # otherwise leave unmodified
1963 :     # } `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -tree \'$checked\'`;
1964 :    
1965 :     # More complex version the preserves double spaced tree tips
1966 :     my $tip = 0;
1967 :     my @out = ();
1968 : overbeek 1.9
1969 : overbeek 1.1 foreach ( `$FIG_Config::bin/align_with_clustal -tree \'$checked\'` )
1970 :     {
1971 :     chomp;
1972 :     if ( /^ *\|[ |]*$/ ) {} # line that adds only tree height
1973 :     elsif ( /- ([a-z]+\|\S+):/ ) # line with tree tip
1974 :     {
1975 :     if ( defined( $org{$1} ) ) { $_ .= " [$org{$1}]" } # add org
1976 :     if ( $tip ) { push @out, " |\n" } # 2 tips in a row? add line
1977 :     push @out, "$_\n"; # output current line
1978 :     $tip = 1;
1979 :     }
1980 :     else # not a tip
1981 :     {
1982 :     push @out, "$_\n";
1983 :     $tip = 0;
1984 :     }
1985 :     }
1986 :     push(@$html,&set_links($cgi,\@out));
1987 :     push(@$html,"</pre>\n");
1988 :     }
1989 :     }
1990 :    
1991 :     sub which_column {
1992 :     my($col,$roles) = @_;
1993 :     my($i);
1994 :    
1995 :     if (($col =~ /^(\d+)/) && ($1 <= @$roles))
1996 :     {
1997 :     return $1;
1998 :     }
1999 :     else
2000 :     {
2001 :     for ($i=1; ($i < @$roles) && ($roles->[$i] !~ /^$col\t/); $i++) {}
2002 :     return ($i < @$roles) ? $i : undef;
2003 :     }
2004 :     }
2005 :    
2006 :     sub seqs_to_align {
2007 :     my($colN,$genomes,$rows,$subsetR) = @_;
2008 :     my($i);
2009 :    
2010 :     my @seqs = ();
2011 :     for ($i=0; ($i < @$rows); $i++)
2012 :     {
2013 :     my $genome = $genomes->[$i];
2014 :     if ($subsetR->{$genome})
2015 :     {
2016 :     push(@seqs,map { "fig|$genome.peg.$_" } split(/,/,$rows->[$i]->[$colN]));
2017 :     }
2018 :     }
2019 :     return @seqs;
2020 :     }
2021 :    
2022 :     sub get_homologs {
2023 :     my($fig,$checked,$cutoff,$max) = @_;
2024 :     my($peg,$sim,$id2);
2025 :    
2026 :     my @homologs = ();
2027 :     my %got = map { $_ => 1 } @$checked;
2028 :    
2029 :     foreach $peg (@$checked)
2030 :     {
2031 :     foreach $sim ($fig->sims($peg,$max,$cutoff,"fig"))
2032 :     {
2033 :     $id2 = $sim->id2;
2034 :     if (! $got{$id2})
2035 :     {
2036 :     push(@homologs,[$sim->psc,$id2]);
2037 :     $got{$id2} = 1;
2038 :     }
2039 :     }
2040 :     }
2041 :     @homologs = map { $_->[1] } sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @homologs;
2042 :     if (@homologs > $max) { $#homologs = $max-1 }
2043 :    
2044 :     return @homologs;
2045 :     }
2046 :    
2047 :     sub set_links {
2048 :     my($cgi,$out) = @_;
2049 :    
2050 :     my @with_links = ();
2051 :     foreach $_ (@$out)
2052 :     {
2053 :     if ($_ =~ /^(.*)(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)(.*)$/)
2054 :     {
2055 :     my($before,$peg,$after) = ($1,$2,$3);
2056 :     push(@with_links, $before . &HTML::fid_link($cgi,$peg) . $after . "\n");
2057 :     }
2058 :     else
2059 :     {
2060 :     push(@with_links,$_);
2061 :     }
2062 :     }
2063 :     return @with_links;
2064 :     }
2065 :    
2066 :     sub backup {
2067 :     my($ssaD) = @_;
2068 :    
2069 :     my $sz1 = &size("$ssaD/spreadsheet") + &size("$ssaD/notes");
2070 :     my $sz2 = &size("$ssaD/spreadsheet~") + &size("$ssaD/notes~");
2071 :     if (abs($sz1-$sz2) > 10)
2072 :     {
2073 :     &make_backup($ssaD);
2074 :     }
2075 :     }
2076 :    
2077 :     sub make_backup {
2078 :     my($ssaD) = @_;
2079 :    
2080 :     &FIG::verify_dir("$ssaD/Backup");
2081 :     my $ts = time;
2082 :     rename("$ssaD/spreadsheet~","$ssaD/Backup/spreadsheet.$ts");
2083 :     rename("$ssaD/notes~","$ssaD/Backup/notes.$ts");
2084 :     &incr_version($ssaD);
2085 :     }
2086 :    
2087 :     sub incr_version {
2088 :     my($dir) = @_;
2089 :     my($ver);
2090 :    
2091 :     if (open(VER,"<$dir/VERSION"))
2092 :     {
2093 :     if (defined($ver = <VER>) && ($ver =~ /^(\S+)/))
2094 :     {
2095 :     $ver = $1;
2096 :     }
2097 :     else
2098 :     {
2099 :     $ver = 0;
2100 :     }
2101 :     close(VER);
2102 :     }
2103 :     else
2104 :     {
2105 :     $ver = 0;
2106 :     }
2107 :     open(VER,">$dir/VERSION") || die "could not open $dir/VERSION";
2108 :     chmod(0777,"$dir/VERSION");
2109 :     $ver++;
2110 :     print VER "$ver\n";
2111 :     }
2112 :    
2113 :    
2114 :     sub size {
2115 :     my($file) = @_;
2116 :    
2117 :     return (-s $file) ? -s $file : 0;
2118 :     }
2119 :    
2120 :     sub reset_ssa {
2121 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2122 :     my($ssa,@spreadsheets,$col_hdrs,$tab,$t,$readable,$url,$link,@tmp);
2123 :    
2124 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) && opendir(BACKUP,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup"))
2125 :     {
2126 :     @spreadsheets = sort { $b <=> $a }
2127 :     map { $_ =~ /^spreadsheet.(\d+)/; $1 }
2128 :     grep { $_ =~ /^spreadsheet/ }
2129 :     readdir(BACKUP);
2130 :     closedir(BACKUP);
2131 :     $col_hdrs = ["When","Number Genomes"];
2132 :     $tab = [];
2133 :     foreach $t (@spreadsheets)
2134 :     {
2135 :     $readable = &FIG::epoch_to_readable($t);
2136 : overbeek 1.2 $url = &FIG::cgi_url . "/ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$ssa&request=reset_to&ts=$t";
2137 : overbeek 1.1 $link = "<a href=$url>$readable</a>";
2138 :     open(TMP,"<$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t")
2139 :     || die "could not open $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$t";
2140 :     $/ = "//\n";
2141 :     $_ = <TMP>;
2142 :     $_ = <TMP>;
2143 :     $_ = <TMP>;
2144 :     chomp;
2145 :     $/ = "\n";
2146 :    
2147 :     @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+/ } split(/\n/,$_);
2148 :     push(@$tab,[$link,scalar @tmp]);
2149 :     }
2150 :     }
2151 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Possible Points to Reset From"));
2152 :     }
2153 :    
2154 :     sub reset_ssa_to {
2155 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2156 :     my($ts,$ssa);
2157 :    
2158 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2159 :     ($ts = $cgi->param('ts')) &&
2160 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts"))
2161 :     {
2162 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/spreadsheet.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet";
2163 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet");
2164 :     if (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts")
2165 :     {
2166 :     system "cp -f $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/Backup/notes.$ts $FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes";
2167 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/notes");
2168 :     }
2169 :     push(@$html,$cgi->h1("Reset"));
2170 :     }
2171 :     }
2172 :    
2173 :     sub make_exchangable {
2174 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2175 :     my($ssa);
2176 :    
2177 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2178 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/spreadsheet") &&
2179 :     open(TMP,">$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2180 :     {
2181 :     print TMP "1\n";
2182 :     close(TMP);
2183 :     chmod(0777,"$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2184 :     }
2185 :     }
2186 :    
2187 :     sub make_unexchangable {
2188 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
2189 :     my($ssa);
2190 :    
2191 :     if (($ssa = $cgi->param('ssa_name')) &&
2192 :     (-s "$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE"))
2193 :     {
2194 :     unlink("$FIG_Config::data/Subsystems/$ssa/EXCHANGABLE");
2195 :     }
2196 :     }
2197 :    
2198 :     sub fid_links {
2199 :     my($cgi,$entry,$genome) = @_;
2200 :     my($pegN);
2201 :    
2202 :     my @links = ();
2203 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry->[0]))
2204 :     {
2205 :     push(@links,&HTML::fid_link($cgi,"fig|$genome.peg.$pegN","local"));
2206 :     }
2207 :     my $color = "bgcolor=\"$entry->[1]\"\:";
2208 : olson 1.23 return "\@$color" . join(" ",@links);
2209 : overbeek 1.1 }
2210 :    
2211 :     sub group_by_clusters {
2212 :     my($fig,$genome,$tmp) = @_;
2213 :     my(@pegs,$entry,$pegN,%pegs,$peg,$peg1,%conn,%seen,@entries);
2214 :     my($i,$x,@cluster,@clusters,%in,$best,$cluster,$which,$colors);
2215 :    
2216 :     if (! $cgi->param('show_clusters'))
2217 :     {
2218 :     return map { [$_,"#FFFFFF"] } @$tmp;
2219 :     }
2220 :    
2221 :     @pegs = ();
2222 :     foreach $entry (@$tmp)
2223 :     {
2224 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2225 :     {
2226 :     push(@pegs,"fig|$genome.peg.$pegN");
2227 :     }
2228 :     }
2229 :     %pegs = map { $_ => 1 } @pegs;
2230 : overbeek 1.2 @pegs = keys(%pegs);
2231 : overbeek 1.1
2232 :     foreach $peg (@pegs)
2233 :     {
2234 :     foreach $peg1 (grep { $pegs{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))
2235 :     {
2236 :     push(@{$conn{$peg}},$peg1);
2237 :     }
2238 :     }
2239 :    
2240 :     @clusters = ();
2241 :     while ($peg = shift @pegs)
2242 :     {
2243 :     if (! $seen{$peg})
2244 :     {
2245 :     @cluster = ($peg);
2246 :     $seen{$peg} = 1;
2247 :     for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)
2248 :     {
2249 :     $x = $conn{$cluster[$i]};
2250 :     foreach $peg1 (@$x)
2251 :     {
2252 :     if (! $seen{$peg1})
2253 :     {
2254 :     push(@cluster,$peg1);
2255 :     $seen{$peg1} = 1;
2256 :     }
2257 :     }
2258 :     }
2259 :     push(@clusters,[@cluster]);
2260 :     }
2261 :     }
2262 :    
2263 :     @clusters = sort { @$b <=> @$a } @clusters;
2264 :     for ($i=0; ($i < @clusters); $i++)
2265 :     {
2266 :     $cluster = $clusters[$i];
2267 :     foreach $peg (@$cluster)
2268 :     {
2269 :     $peg =~ /(\d+)$/;
2270 :     $in{$1} = $i;
2271 :     }
2272 :     }
2273 :    
2274 :     $colors =
2275 :     [
2276 :     '#C0C0C0',
2277 :     '#FF40C0',
2278 :     '#FF8040',
2279 :     '#FF0080',
2280 :     '#FFC040',
2281 :     '#40C0FF',
2282 :     '#40FFC0',
2283 :     '#C08080',
2284 :     '#C0FF00',
2285 :     '#00FF80',
2286 :     '#00C040'
2287 :     ];
2288 :    
2289 :     @entries = ();
2290 :     foreach $entry (@$tmp)
2291 :     {
2292 :     $best = undef;
2293 :     foreach $pegN (split(/,/,$entry))
2294 :     {
2295 :     $which = $in{$pegN};
2296 :     if ((! defined($best)) || ($best > $which))
2297 :     {
2298 :     $best = $which;
2299 :     }
2300 :     }
2301 :    
2302 :     if (defined($best) && (@{$clusters[$best]} > 1) && ($best < @$colors))
2303 :     {
2304 :     push(@entries,[$entry,$colors->[$best]]);
2305 :     }
2306 :     else
2307 :     {
2308 :     push(@entries,[$entry,'#FFFFFF']);
2309 :     }
2310 :     }
2311 :     return @entries;
2312 :     }

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