[Bio] / FigWebServices / ss_export.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/ss_export.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Thu May 27 17:19:05 2004 UTC revision 1.6, Mon Jun 7 19:58:21 2004 UTC
# Line 54  Line 54 
54      chdir($tmp);      chdir($tmp);
55    
56      #      #
57        # Write a README with the mapping from genome and role index to name.
58        #
59    
60        open(my $rfh, ">README");
61    
62        print $rfh "Roles\n";
63        for my $role (@roles)
64        {
65            my $name = $sub->get_role($role);
66            my $abbr = $sub->get_role_abbr($role);
67    
68            print $rfh "$role\t$abbr\t$name\n";
69        }
70    
71        print $rfh "\n";
72    
73        print $rfh "Genomes\n";
74    
75        for my $g (@genomes)
76        {
77            my $gname = $sub->get_genome($g);
78            my $gs = $fig->genus_species($gname);
79    
80            print $rfh "$g\t$gname\t$gs\n";
81        }
82        close($rfh);
83    
84        #
85      # Write the role exports.      # Write the role exports.
86      #      #
87    
# Line 75  Line 103 
103                      if (@location > 0)                      if (@location > 0)
104                      {                      {
105                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
106                            if ($seq ne "")
107                            {
108                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
109                      }                      }
110                        }
111                      my $seq = $fig->get_translation($peg);                      my $seq = $fig->get_translation($peg);
112                        if ($seq ne "")
113                        {
114                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
115                  }                  }
116              }              }
117          }          }
118            }
119          close($fh);          close($fh);
120          close($protfh);          close($protfh);
121      }      }
# Line 116  Line 150 
150                      if (@location > 0)                      if (@location > 0)
151                      {                      {
152                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
153                            if ($seq ne "")
154                            {
155                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
156                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);
157                      }                      }
158                        }
159                      my $seq = $fig->get_translation($peg);                      my $seq = $fig->get_translation($peg);
160                        if ($seq ne "")
161                        {
162                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
163                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);
164                      &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);                      &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
165                  }                  }
166              }              }
167          }          }
168            }
169          close($fh);          close($fh);
170          close($protfh);          close($protfh);
171      }      }
# Line 133  Line 173 
173      close($all_fh);      close($all_fh);
174      close($allprot_fh);      close($allprot_fh);
175    
176  #    print "Content-Type: application/x-tar\n";      my $outname = "$subsystem.$$.tar.gz";
177      print "Content-Disposition:attachment;filename=$subsystem.tar.gz\n";      $outname =~ s/[^\w.-]/_/g;
178    
179        system("tar czf ../$outname .");
180        my $size = (stat("../$outname"))[7];
181    
182      print "Content-Type: application/octet-stream\n";      print "Content-Type: application/octet-stream\n";
183      #    print "Content-Encoding: x-gzip\n";      print "Content-Length: $size\n";
184        print "Content-Disposition:attachment;filename=$outname\n";
185      print "\n";      print "\n";
186      system("tar czf - .");  
187        my $buf;
188        open(my $myout, "<../$outname");
189        while (read($myout, $buf, 4096))
190        {
191            print $buf;
192        }
193        close($myout);
194    
195      chdir("..");      chdir("..");
196      system("rm -r $tmp");      system("rm -r $tmp $outname");
197    
198      exit;      exit;
199  }  }

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.6

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3