[Bio] / FigWebServices / ss_export.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/ss_export.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Thu May 27 18:47:05 2004 UTC revision 1.8, Mon Dec 5 19:12:12 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1    #
2    # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3    # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4    #
5    # This file is part of the SEED Toolkit.
6    #
7    # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8    # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9    # Public License.
10    #
11    # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12    # along with this program; if not write to the University of Chicago
13    # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14    # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15    # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16    #
17    
18  use FIG;  use FIG;
19  use CGI;  use CGI;
20  use HTML;  use HTML;
# Line 54  Line 71 
71      chdir($tmp);      chdir($tmp);
72    
73      #      #
74        # Write a README with the mapping from genome and role index to name.
75        #
76    
77        open(my $rfh, ">README");
78    
79        print $rfh "Roles\n";
80        for my $role (@roles)
81        {
82            my $name = $sub->get_role($role);
83            my $abbr = $sub->get_role_abbr($role);
84    
85            print $rfh "$role\t$abbr\t$name\n";
86        }
87    
88        print $rfh "\n";
89    
90        print $rfh "Genomes\n";
91    
92        for my $g (@genomes)
93        {
94            my $gname = $sub->get_genome($g);
95            my $gs = $fig->genus_species($gname);
96    
97            print $rfh "$g\t$gname\t$gs\n";
98        }
99        close($rfh);
100    
101        #
102      # Write the role exports.      # Write the role exports.
103      #      #
104    
# Line 71  Line 116 
116              {              {
117                  for my $peg (@$entry)                  for my $peg (@$entry)
118                  {                  {
119                        my $pegname = $peg;
120                        $pegname =~ s/^fig\|//;
121                        $pegname =~ s/\.peg\././;
122    
123                      my @location = $fig->feature_location($peg);                      my @location = $fig->feature_location($peg);
124                      if (@location > 0)                      if (@location > 0)
125                      {                      {
126                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
127                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          if ($seq ne "")
128                            {
129                                &FIG::display_id_and_seq($pegname, \$seq, $fh);
130                            }
131                      }                      }
132                      my $seq = $fig->get_translation($peg);                      my $seq = $fig->get_translation($peg);
133                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);                      if ($seq ne "")
134                        {
135                            &FIG::display_id_and_seq($pegname, \$seq, $protfh);
136                        }
137                  }                  }
138              }              }
139          }          }
# Line 112  Line 167 
167              {              {
168                  for my $peg (@$entry)                  for my $peg (@$entry)
169                  {                  {
170                        my $pegname = $peg;
171                        $pegname =~ s/^fig\|//;
172                        $pegname =~ s/\.peg\././;
173                      my @location = $fig->feature_location($peg);                      my @location = $fig->feature_location($peg);
174                      if (@location > 0)                      if (@location > 0)
175                      {                      {
176                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
177                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          if ($seq ne "")
178                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);                          {
179                                &FIG::display_id_and_seq($pegname, \$seq, $fh);
180                                &FIG::display_id_and_seq($pegname, \$seq, $all_fh);
181                            }
182                      }                      }
183                      my $seq = $fig->get_translation($peg);                      my $seq = $fig->get_translation($peg);
184                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);                      if ($seq ne "")
185                      &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);                      {
186                            &FIG::display_id_and_seq($pegname, \$seq, $protfh);
187                            &FIG::display_id_and_seq($pegname, \$seq, $allprot_fh);
188                      &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);                      &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
189                  }                  }
190              }              }
191          }          }
192            }
193          close($fh);          close($fh);
194          close($protfh);          close($protfh);
195      }      }
# Line 153  Line 217 
217      close($myout);      close($myout);
218    
219      chdir("..");      chdir("..");
220      system("rm -r $tmp");      system("rm -r $tmp $outname");
221    
222      exit;      exit;
223  }  }

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.8

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3