[Bio] / FigWebServices / ss_export.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/ss_export.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Wed May 26 22:32:15 2004 UTC revision 1.5, Thu May 27 19:28:08 2004 UTC
# Line 54  Line 54 
54      chdir($tmp);      chdir($tmp);
55    
56      #      #
57        # Write a README with the mapping from genome and role index to name.
58        #
59    
60        open(my $rfh, ">README");
61    
62        print $rfh "Roles\n";
63        for my $role (@roles)
64        {
65            my $name = $sub->get_role($role);
66            my $abbr = $sub->get_role_abbr($role);
67    
68            print $rfh "$role\t$abbr\t$name\n";
69        }
70    
71        print $rfh "\n";
72    
73        print $rfh "Genomes\n";
74    
75        for my $g (@genomes)
76        {
77            my $gname = $sub->get_genome($g);
78            my $gs = $fig->genus_species($gname);
79    
80            print $rfh "$g\t$gname\t$gs\n";
81        }
82        close($rfh);
83    
84        #
85      # Write the role exports.      # Write the role exports.
86      #      #
87    
88      for my $role (@roles)      for my $role (@roles)
89      {      {
90          my $file = "role_$role.fasta";          my $file = "role_$role.dna.fasta";
91            my $protfile = "role_$role.prot.fasta";
92          open(my $fh, ">$file");          open(my $fh, ">$file");
93            open(my $protfh, ">$protfile");
94          for my $g (@genomes)          for my $g (@genomes)
95          {          {
96              my $gname = $sub->get_genome($g);              my $gname = $sub->get_genome($g);
# Line 75  Line 105 
105                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
106                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
107                      }                      }
108                        my $seq = $fig->get_translation($peg);
109                        &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
110                  }                  }
111              }              }
112          }          }
113          close($fh);          close($fh);
114            close($protfh);
115      }      }
116    
117      #      #
# Line 86  Line 119 
119      # all-sequences file.      # all-sequences file.
120      #      #
121    
122      open(my $all_fh, ">all.fasta");      open(my $all_fh, ">all.dna.fasta");
123        open(my $allprot_fh, ">all.prot.fasta");
124        my $catfile = "all.prot.cat.fasta";
125        open(my $catfh, ">$catfile");
126    
127      for my $g (@genomes)      for my $g (@genomes)
128      {      {
129          my $gname = $sub->get_genome($g);          my $gname = $sub->get_genome($g);
130          my $file = "genome_$g.fasta";          my $file = "genome_$g.dna.fasta";
131            my $protfile = "genome_$g.prot.fasta";
132    
133          open(my $fh, ">$file");          open(my $fh, ">$file");
134            open(my $protfh, ">$protfile");
135            print $catfh ">$gname/" . $fig->genus_species($gname) . "\n";
136          for my $role (@roles)          for my $role (@roles)
137          {          {
138              my $entry = $sub->get_cell($g, $role);              my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
# Line 108  Line 147 
147                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
148                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);
149                      }                      }
150                        my $seq = $fig->get_translation($peg);
151                        &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
152                        &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);
153                        &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
154                  }                  }
155              }              }
156          }          }
157          close($fh);          close($fh);
158            close($protfh);
159      }      }
160        close($catfh);
161      close($all_fh);      close($all_fh);
162        close($allprot_fh);
163    
164        my $outname = "$subsystem.$$.tar.gz";
165        $outname =~ s/[^\w.-]/_/g;
166    
167        system("tar czf ../$outname .");
168        my $size = (stat("../$outname"))[7];
169    
 #    print "Content-Type: application/x-tar\n";  
     print "Content-Disposition:attachment;filename=$subsystem.tar.gz\n";  
170      print "Content-Type: application/octet-stream\n";      print "Content-Type: application/octet-stream\n";
171      #    print "Content-Encoding: x-gzip\n";      print "Content-Length: $size\n";
172        print "Content-Disposition:attachment;filename=$outname\n";
173      print "\n";      print "\n";
174      system("tar czf - .");  
175        my $buf;
176        open(my $myout, "<../$outname");
177        while (read($myout, $buf, 4096))
178        {
179            print $buf;
180        }
181        close($myout);
182    
183      chdir("..");      chdir("..");
184      system("rm -r $tmp");      system("rm -r $tmp $outname");
185    
186      exit;      exit;
187  }  }

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.5

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3