[Bio] / FigWebServices / ss_export.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/ss_export.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Wed May 26 22:32:15 2004 UTC revision 1.2, Thu May 27 17:19:05 2004 UTC
# Line 59  Line 59 
59    
60      for my $role (@roles)      for my $role (@roles)
61      {      {
62          my $file = "role_$role.fasta";          my $file = "role_$role.dna.fasta";
63            my $protfile = "role_$role.prot.fasta";
64          open(my $fh, ">$file");          open(my $fh, ">$file");
65            open(my $protfh, ">$protfile");
66          for my $g (@genomes)          for my $g (@genomes)
67          {          {
68              my $gname = $sub->get_genome($g);              my $gname = $sub->get_genome($g);
# Line 75  Line 77 
77                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);                          my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
78                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
79                      }                      }
80                        my $seq = $fig->get_translation($peg);
81                        &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
82                  }                  }
83              }              }
84          }          }
85          close($fh);          close($fh);
86            close($protfh);
87      }      }
88    
89      #      #
# Line 86  Line 91 
91      # all-sequences file.      # all-sequences file.
92      #      #
93    
94      open(my $all_fh, ">all.fasta");      open(my $all_fh, ">all.dna.fasta");
95        open(my $allprot_fh, ">all.prot.fasta");
96        my $catfile = "all.prot.cat.fasta";
97        open(my $catfh, ">$catfile");
98    
99      for my $g (@genomes)      for my $g (@genomes)
100      {      {
101          my $gname = $sub->get_genome($g);          my $gname = $sub->get_genome($g);
102          my $file = "genome_$g.fasta";          my $file = "genome_$g.dna.fasta";
103            my $protfile = "genome_$g.prot.fasta";
104    
105          open(my $fh, ">$file");          open(my $fh, ">$file");
106            open(my $protfh, ">$protfile");
107            print $catfh ">$gname/" . $fig->genus_species($gname) . "\n";
108          for my $role (@roles)          for my $role (@roles)
109          {          {
110              my $entry = $sub->get_cell($g, $role);              my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
# Line 108  Line 119 
119                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
120                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);                          &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);
121                      }                      }
122                        my $seq = $fig->get_translation($peg);
123                        &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
124                        &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);
125                        &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
126                  }                  }
127              }              }
128          }          }
129          close($fh);          close($fh);
130            close($protfh);
131      }      }
132        close($catfh);
133      close($all_fh);      close($all_fh);
134        close($allprot_fh);
135    
136  #    print "Content-Type: application/x-tar\n";  #    print "Content-Type: application/x-tar\n";
137      print "Content-Disposition:attachment;filename=$subsystem.tar.gz\n";      print "Content-Disposition:attachment;filename=$subsystem.tar.gz\n";

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3