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Annotation of /FigWebServices/ss_export.cgi

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Revision 1.6 - (view) (download)

1 : olson 1.1 use FIG;
2 :     use CGI;
3 :     use HTML;
4 :    
5 :     use List::Util;
6 :     use File::Spec;
7 :     use strict;
8 :    
9 :     my $cgi = new CGI;
10 :     my $fig = new FIG();
11 :    
12 :     my $user = $cgi->param("user");
13 :     my $subsystem = $cgi->param("ssa_name");
14 :    
15 :     my $html = [];
16 :    
17 :     #
18 :     # Decide what to do.
19 :     #
20 :     # If button_export is set, we're doing an export.
21 :     #
22 :     # Otherwise we're just updating the page.
23 :     #
24 :    
25 :     if ($cgi->param("export_button"))
26 :     {
27 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
28 :    
29 :     my(@roles, @genomes);
30 :    
31 :     for my $p ($cgi->param)
32 :     {
33 :    
34 :     if ($p =~ /export_genome_(\d+)/)
35 :     {
36 :     push(@genomes, $1);
37 :     }
38 :     elsif ($p =~ /export_role_(\d+)/)
39 :     {
40 :     push(@roles, $1);
41 :     }
42 :     }
43 :    
44 :    
45 :     #
46 :     # We will export a file for each genome (for each selected subsystem),
47 :     # for each subsystem (for each selected genome),
48 :     # and for all selected sequences.
49 :     #
50 :    
51 :     my $tmp = File::Spec->catfile($FIG_Config::temp, "export_$$");
52 :     &FIG::verify_dir($tmp);
53 :    
54 :     chdir($tmp);
55 :    
56 :     #
57 : olson 1.5 # Write a README with the mapping from genome and role index to name.
58 :     #
59 :    
60 :     open(my $rfh, ">README");
61 :    
62 :     print $rfh "Roles\n";
63 :     for my $role (@roles)
64 :     {
65 :     my $name = $sub->get_role($role);
66 :     my $abbr = $sub->get_role_abbr($role);
67 :    
68 :     print $rfh "$role\t$abbr\t$name\n";
69 :     }
70 :    
71 :     print $rfh "\n";
72 :    
73 :     print $rfh "Genomes\n";
74 :    
75 :     for my $g (@genomes)
76 :     {
77 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
78 :     my $gs = $fig->genus_species($gname);
79 :    
80 :     print $rfh "$g\t$gname\t$gs\n";
81 :     }
82 :     close($rfh);
83 :    
84 :     #
85 : olson 1.1 # Write the role exports.
86 :     #
87 :    
88 :     for my $role (@roles)
89 :     {
90 : olson 1.2 my $file = "role_$role.dna.fasta";
91 :     my $protfile = "role_$role.prot.fasta";
92 : olson 1.1 open(my $fh, ">$file");
93 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
94 : olson 1.1 for my $g (@genomes)
95 :     {
96 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
97 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
98 :     if ($entry)
99 :     {
100 :     for my $peg (@$entry)
101 :     {
102 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
103 :     if (@location > 0)
104 :     {
105 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
106 : olson 1.6 if ($seq ne "")
107 :     {
108 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
109 :     }
110 : olson 1.1 }
111 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
112 : olson 1.6 if ($seq ne "")
113 :     {
114 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
115 :     }
116 : olson 1.1 }
117 :     }
118 :     }
119 :     close($fh);
120 : olson 1.2 close($protfh);
121 : olson 1.1 }
122 :    
123 :     #
124 :     # Write the genome exports, and while we're at it, write the
125 :     # all-sequences file.
126 :     #
127 :    
128 : olson 1.2 open(my $all_fh, ">all.dna.fasta");
129 :     open(my $allprot_fh, ">all.prot.fasta");
130 :     my $catfile = "all.prot.cat.fasta";
131 :     open(my $catfh, ">$catfile");
132 : olson 1.1
133 :     for my $g (@genomes)
134 :     {
135 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
136 : olson 1.2 my $file = "genome_$g.dna.fasta";
137 :     my $protfile = "genome_$g.prot.fasta";
138 : olson 1.1
139 :     open(my $fh, ">$file");
140 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
141 :     print $catfh ">$gname/" . $fig->genus_species($gname) . "\n";
142 : olson 1.1 for my $role (@roles)
143 :     {
144 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
145 :     if ($entry)
146 :     {
147 :     for my $peg (@$entry)
148 :     {
149 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
150 :     if (@location > 0)
151 :     {
152 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
153 : olson 1.6 if ($seq ne "")
154 :     {
155 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
156 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);
157 :     }
158 : olson 1.1 }
159 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
160 : olson 1.6 if ($seq ne "")
161 :     {
162 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
163 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);
164 :     &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
165 :     }
166 : olson 1.1 }
167 :     }
168 :     }
169 :     close($fh);
170 : olson 1.2 close($protfh);
171 : olson 1.1 }
172 : olson 1.2 close($catfh);
173 : olson 1.1 close($all_fh);
174 : olson 1.2 close($allprot_fh);
175 : olson 1.1
176 : olson 1.3 my $outname = "$subsystem.$$.tar.gz";
177 : olson 1.4 $outname =~ s/[^\w.-]/_/g;
178 : olson 1.3
179 :     system("tar czf ../$outname .");
180 :     my $size = (stat("../$outname"))[7];
181 :    
182 : olson 1.1 print "Content-Type: application/octet-stream\n";
183 : olson 1.3 print "Content-Length: $size\n";
184 :     print "Content-Disposition:attachment;filename=$outname\n";
185 : olson 1.1 print "\n";
186 : olson 1.3
187 :     my $buf;
188 :     open(my $myout, "<../$outname");
189 :     while (read($myout, $buf, 4096))
190 :     {
191 :     print $buf;
192 :     }
193 :     close($myout);
194 : olson 1.1
195 :     chdir("..");
196 : olson 1.5 system("rm -r $tmp $outname");
197 : olson 1.1
198 :     exit;
199 :     }
200 :    
201 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ss_export.cgi",
202 :     -method => "post"),
203 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
204 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $subsystem, -override => 1),
205 :     $cgi->h2("Showing genomes for $subsystem\n"),
206 :     );
207 :    
208 :     #
209 :     # Show the selection list for limiting to family.
210 :     #
211 :    
212 :     my $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
213 :    
214 :     my @group_names = sort grep { $_ ne "All" } map { $_->[0] } @$taxonomic_groups;
215 :    
216 :     unshift(@group_names, "All");
217 :    
218 :     #
219 :     # Display in a scrolling list.
220 :     #
221 :    
222 :     push(@$html,
223 :     $cgi->h2("Limit genomes shown to group:"),
224 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'limit_genome',
225 :     -values => [@group_names],
226 :     -default => "All",
227 :     -size => 5,
228 :     -multiple => 1),
229 :     );
230 :    
231 :    
232 :     #
233 :     # Determine if we're limiting genomes, and only use
234 :     # genomes from that group if we are.
235 :     #
236 :    
237 :     my @limit_genome = $cgi->param("limit_genome");
238 :     my %desired_genomes;
239 :    
240 :     if (grep({$_ eq "All"} @limit_genome))
241 :     {
242 :     @limit_genome = ();
243 :     }
244 :    
245 :     if (@limit_genome)
246 :     {
247 :     for my $limit_genome (@limit_genome)
248 :     {
249 :     my @list = grep({ $_->[0] eq $limit_genome } @$taxonomic_groups);
250 :     for my $litem (@list)
251 :     {
252 :     grep({ $desired_genomes{$_}++ } @{$litem->[1]});
253 :     }
254 :     }
255 :     }
256 :    
257 :     #
258 :     # And submit.
259 :     #
260 :    
261 :     push(@$html,
262 :     $cgi->p,
263 :     $cgi->submit(-label => "Update page",
264 :     -name => 'update_button'),
265 :     $cgi->br,
266 :     $cgi->submit(-label => "Export sequences",
267 :     -name => 'export_button'));
268 :    
269 :     #
270 :     # Build the table.
271 :     #
272 :     # Each row is an organism.
273 :     # Each column is a role.
274 :     #
275 :    
276 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
277 :    
278 :     my @roles = $sub->get_roles();
279 :     my @genomes;
280 :    
281 :     #
282 :     # Filter genome list based on @limit_genome list.
283 :     #
284 :    
285 :     if (@limit_genome)
286 :     {
287 :     for my $g ($sub->get_genomes())
288 :     {
289 :     push(@genomes, $g) if $desired_genomes{$g};
290 :     }
291 :     }
292 :     else
293 :     {
294 :     @genomes = $sub->get_genomes();
295 :    
296 :     }
297 :    
298 :     #
299 :     # Columns are:
300 :     # 1. Genome id
301 :     # 2. Organism name
302 :     # 3. Export-genome checkbox
303 :     # 4-n. Pegs for role (c-3).
304 :     #
305 :     # Rows are:
306 :     # 1. Headers
307 :     # 2. Export-role checkbox
308 :     # 3-n. Pegs for genome (r-2).
309 :     #
310 :    
311 :     my @col_hdrs = ("Genome", "Organism", "Export", @roles);
312 :    
313 :     my @export_roles = map { $cgi->checkbox(-name => "export_role_$_",
314 :     -checked => 1,
315 :     -value => 1,
316 :     -label => "");
317 :     } 1..@roles;
318 :     unshift(@export_roles, "", "", "");
319 :    
320 :     my @table;
321 :    
322 :     push(@table, \@export_roles);
323 :    
324 :     #
325 :     # Now run thru the genomes.
326 :     #
327 :    
328 :     for my $g (@genomes)
329 :     {
330 :     my $row = [];
331 :    
332 :     my $idx = $sub->get_genome_index($g);
333 :     push(@$row, $g);
334 :     push(@$row, $fig->genus_species($g));
335 :     push(@$row, $cgi->checkbox(-name => "export_genome_$idx",
336 :     -checked => 1,
337 :     -value => 1,
338 :     -label => ""));
339 :     for my $role (@roles)
340 :     {
341 :     #
342 :     # Get the cell from the spreadsheet and put the pegs in here.
343 :     #
344 :    
345 :     my @pegs = $sub->get_pegs_from_cell($idx, $role);
346 :     @pegs = map {
347 :     my $num = (&FIG::genome_and_peg_of($_))[1];
348 :     "<a href=\"protein.cgi?prot=$_&user=$user\">$num</a>"
349 :     } @pegs;
350 :     push(@$row, join(" ", @pegs));
351 :     }
352 :    
353 :     push(@table, $row);
354 :    
355 :     }
356 :    
357 :    
358 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
359 :    
360 :     push(@$html, $cgi->end_form());
361 :    
362 :    
363 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
364 :    
365 :    
366 :     __END__
367 :    
368 :     #
369 :     # Create the table using the sorted list of genome ids.
370 :     #
371 :    
372 :     for my $k (@show_genomes)
373 :     {
374 :     my $c = $all_genomes{$k};
375 :    
376 :     my $row = [];
377 :    
378 :     #
379 :     # Display genome id and name.
380 :     #
381 :     push(@$row, $k);
382 :     push(@$row, &ext_genus_species($fig, $k));
383 :    
384 :     #
385 :     # For each subsystem, look up the variant code and put in the table.
386 :     #
387 :     for my $subname (@display_subs)
388 :     {
389 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subname);
390 :     my $vc = $sub->get_variant_code_for_genome($k);
391 :     push(@$row, "\@align=\"center\":$vc");
392 :     }
393 :     push(@table, $row);
394 :     }
395 :    
396 :    
397 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
398 :    
399 :     push(@$html, $cgi->end_form());
400 :    
401 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
402 :    
403 :     sub ext_genus_species {
404 :     my($fig,$genome) = @_;
405 :    
406 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
407 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
408 :     return "$gs [$c]";
409 :     }
410 :    

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