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Annotation of /FigWebServices/ss_export.cgi

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Revision 1.5 - (view) (download)

1 : olson 1.1 use FIG;
2 :     use CGI;
3 :     use HTML;
4 :    
5 :     use List::Util;
6 :     use File::Spec;
7 :     use strict;
8 :    
9 :     my $cgi = new CGI;
10 :     my $fig = new FIG();
11 :    
12 :     my $user = $cgi->param("user");
13 :     my $subsystem = $cgi->param("ssa_name");
14 :    
15 :     my $html = [];
16 :    
17 :     #
18 :     # Decide what to do.
19 :     #
20 :     # If button_export is set, we're doing an export.
21 :     #
22 :     # Otherwise we're just updating the page.
23 :     #
24 :    
25 :     if ($cgi->param("export_button"))
26 :     {
27 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
28 :    
29 :     my(@roles, @genomes);
30 :    
31 :     for my $p ($cgi->param)
32 :     {
33 :    
34 :     if ($p =~ /export_genome_(\d+)/)
35 :     {
36 :     push(@genomes, $1);
37 :     }
38 :     elsif ($p =~ /export_role_(\d+)/)
39 :     {
40 :     push(@roles, $1);
41 :     }
42 :     }
43 :    
44 :    
45 :     #
46 :     # We will export a file for each genome (for each selected subsystem),
47 :     # for each subsystem (for each selected genome),
48 :     # and for all selected sequences.
49 :     #
50 :    
51 :     my $tmp = File::Spec->catfile($FIG_Config::temp, "export_$$");
52 :     &FIG::verify_dir($tmp);
53 :    
54 :     chdir($tmp);
55 :    
56 :     #
57 : olson 1.5 # Write a README with the mapping from genome and role index to name.
58 :     #
59 :    
60 :     open(my $rfh, ">README");
61 :    
62 :     print $rfh "Roles\n";
63 :     for my $role (@roles)
64 :     {
65 :     my $name = $sub->get_role($role);
66 :     my $abbr = $sub->get_role_abbr($role);
67 :    
68 :     print $rfh "$role\t$abbr\t$name\n";
69 :     }
70 :    
71 :     print $rfh "\n";
72 :    
73 :     print $rfh "Genomes\n";
74 :    
75 :     for my $g (@genomes)
76 :     {
77 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
78 :     my $gs = $fig->genus_species($gname);
79 :    
80 :     print $rfh "$g\t$gname\t$gs\n";
81 :     }
82 :     close($rfh);
83 :    
84 :     #
85 : olson 1.1 # Write the role exports.
86 :     #
87 :    
88 :     for my $role (@roles)
89 :     {
90 : olson 1.2 my $file = "role_$role.dna.fasta";
91 :     my $protfile = "role_$role.prot.fasta";
92 : olson 1.1 open(my $fh, ">$file");
93 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
94 : olson 1.1 for my $g (@genomes)
95 :     {
96 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
97 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
98 :     if ($entry)
99 :     {
100 :     for my $peg (@$entry)
101 :     {
102 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
103 :     if (@location > 0)
104 :     {
105 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
106 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
107 :     }
108 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
109 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
110 : olson 1.1 }
111 :     }
112 :     }
113 :     close($fh);
114 : olson 1.2 close($protfh);
115 : olson 1.1 }
116 :    
117 :     #
118 :     # Write the genome exports, and while we're at it, write the
119 :     # all-sequences file.
120 :     #
121 :    
122 : olson 1.2 open(my $all_fh, ">all.dna.fasta");
123 :     open(my $allprot_fh, ">all.prot.fasta");
124 :     my $catfile = "all.prot.cat.fasta";
125 :     open(my $catfh, ">$catfile");
126 : olson 1.1
127 :     for my $g (@genomes)
128 :     {
129 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
130 : olson 1.2 my $file = "genome_$g.dna.fasta";
131 :     my $protfile = "genome_$g.prot.fasta";
132 : olson 1.1
133 :     open(my $fh, ">$file");
134 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
135 :     print $catfh ">$gname/" . $fig->genus_species($gname) . "\n";
136 : olson 1.1 for my $role (@roles)
137 :     {
138 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
139 :     if ($entry)
140 :     {
141 :     for my $peg (@$entry)
142 :     {
143 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
144 :     if (@location > 0)
145 :     {
146 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
147 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
148 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);
149 :     }
150 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
151 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
152 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);
153 :     &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
154 : olson 1.1 }
155 :     }
156 :     }
157 :     close($fh);
158 : olson 1.2 close($protfh);
159 : olson 1.1 }
160 : olson 1.2 close($catfh);
161 : olson 1.1 close($all_fh);
162 : olson 1.2 close($allprot_fh);
163 : olson 1.1
164 : olson 1.3 my $outname = "$subsystem.$$.tar.gz";
165 : olson 1.4 $outname =~ s/[^\w.-]/_/g;
166 : olson 1.3
167 :     system("tar czf ../$outname .");
168 :     my $size = (stat("../$outname"))[7];
169 :    
170 : olson 1.1 print "Content-Type: application/octet-stream\n";
171 : olson 1.3 print "Content-Length: $size\n";
172 :     print "Content-Disposition:attachment;filename=$outname\n";
173 : olson 1.1 print "\n";
174 : olson 1.3
175 :     my $buf;
176 :     open(my $myout, "<../$outname");
177 :     while (read($myout, $buf, 4096))
178 :     {
179 :     print $buf;
180 :     }
181 :     close($myout);
182 : olson 1.1
183 :     chdir("..");
184 : olson 1.5 system("rm -r $tmp $outname");
185 : olson 1.1
186 :     exit;
187 :     }
188 :    
189 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ss_export.cgi",
190 :     -method => "post"),
191 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
192 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $subsystem, -override => 1),
193 :     $cgi->h2("Showing genomes for $subsystem\n"),
194 :     );
195 :    
196 :     #
197 :     # Show the selection list for limiting to family.
198 :     #
199 :    
200 :     my $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
201 :    
202 :     my @group_names = sort grep { $_ ne "All" } map { $_->[0] } @$taxonomic_groups;
203 :    
204 :     unshift(@group_names, "All");
205 :    
206 :     #
207 :     # Display in a scrolling list.
208 :     #
209 :    
210 :     push(@$html,
211 :     $cgi->h2("Limit genomes shown to group:"),
212 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'limit_genome',
213 :     -values => [@group_names],
214 :     -default => "All",
215 :     -size => 5,
216 :     -multiple => 1),
217 :     );
218 :    
219 :    
220 :     #
221 :     # Determine if we're limiting genomes, and only use
222 :     # genomes from that group if we are.
223 :     #
224 :    
225 :     my @limit_genome = $cgi->param("limit_genome");
226 :     my %desired_genomes;
227 :    
228 :     if (grep({$_ eq "All"} @limit_genome))
229 :     {
230 :     @limit_genome = ();
231 :     }
232 :    
233 :     if (@limit_genome)
234 :     {
235 :     for my $limit_genome (@limit_genome)
236 :     {
237 :     my @list = grep({ $_->[0] eq $limit_genome } @$taxonomic_groups);
238 :     for my $litem (@list)
239 :     {
240 :     grep({ $desired_genomes{$_}++ } @{$litem->[1]});
241 :     }
242 :     }
243 :     }
244 :    
245 :     #
246 :     # And submit.
247 :     #
248 :    
249 :     push(@$html,
250 :     $cgi->p,
251 :     $cgi->submit(-label => "Update page",
252 :     -name => 'update_button'),
253 :     $cgi->br,
254 :     $cgi->submit(-label => "Export sequences",
255 :     -name => 'export_button'));
256 :    
257 :     #
258 :     # Build the table.
259 :     #
260 :     # Each row is an organism.
261 :     # Each column is a role.
262 :     #
263 :    
264 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
265 :    
266 :     my @roles = $sub->get_roles();
267 :     my @genomes;
268 :    
269 :     #
270 :     # Filter genome list based on @limit_genome list.
271 :     #
272 :    
273 :     if (@limit_genome)
274 :     {
275 :     for my $g ($sub->get_genomes())
276 :     {
277 :     push(@genomes, $g) if $desired_genomes{$g};
278 :     }
279 :     }
280 :     else
281 :     {
282 :     @genomes = $sub->get_genomes();
283 :    
284 :     }
285 :    
286 :     #
287 :     # Columns are:
288 :     # 1. Genome id
289 :     # 2. Organism name
290 :     # 3. Export-genome checkbox
291 :     # 4-n. Pegs for role (c-3).
292 :     #
293 :     # Rows are:
294 :     # 1. Headers
295 :     # 2. Export-role checkbox
296 :     # 3-n. Pegs for genome (r-2).
297 :     #
298 :    
299 :     my @col_hdrs = ("Genome", "Organism", "Export", @roles);
300 :    
301 :     my @export_roles = map { $cgi->checkbox(-name => "export_role_$_",
302 :     -checked => 1,
303 :     -value => 1,
304 :     -label => "");
305 :     } 1..@roles;
306 :     unshift(@export_roles, "", "", "");
307 :    
308 :     my @table;
309 :    
310 :     push(@table, \@export_roles);
311 :    
312 :     #
313 :     # Now run thru the genomes.
314 :     #
315 :    
316 :     for my $g (@genomes)
317 :     {
318 :     my $row = [];
319 :    
320 :     my $idx = $sub->get_genome_index($g);
321 :     push(@$row, $g);
322 :     push(@$row, $fig->genus_species($g));
323 :     push(@$row, $cgi->checkbox(-name => "export_genome_$idx",
324 :     -checked => 1,
325 :     -value => 1,
326 :     -label => ""));
327 :     for my $role (@roles)
328 :     {
329 :     #
330 :     # Get the cell from the spreadsheet and put the pegs in here.
331 :     #
332 :    
333 :     my @pegs = $sub->get_pegs_from_cell($idx, $role);
334 :     @pegs = map {
335 :     my $num = (&FIG::genome_and_peg_of($_))[1];
336 :     "<a href=\"protein.cgi?prot=$_&user=$user\">$num</a>"
337 :     } @pegs;
338 :     push(@$row, join(" ", @pegs));
339 :     }
340 :    
341 :     push(@table, $row);
342 :    
343 :     }
344 :    
345 :    
346 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
347 :    
348 :     push(@$html, $cgi->end_form());
349 :    
350 :    
351 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
352 :    
353 :    
354 :     __END__
355 :    
356 :     #
357 :     # Create the table using the sorted list of genome ids.
358 :     #
359 :    
360 :     for my $k (@show_genomes)
361 :     {
362 :     my $c = $all_genomes{$k};
363 :    
364 :     my $row = [];
365 :    
366 :     #
367 :     # Display genome id and name.
368 :     #
369 :     push(@$row, $k);
370 :     push(@$row, &ext_genus_species($fig, $k));
371 :    
372 :     #
373 :     # For each subsystem, look up the variant code and put in the table.
374 :     #
375 :     for my $subname (@display_subs)
376 :     {
377 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subname);
378 :     my $vc = $sub->get_variant_code_for_genome($k);
379 :     push(@$row, "\@align=\"center\":$vc");
380 :     }
381 :     push(@table, $row);
382 :     }
383 :    
384 :    
385 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
386 :    
387 :     push(@$html, $cgi->end_form());
388 :    
389 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
390 :    
391 :     sub ext_genus_species {
392 :     my($fig,$genome) = @_;
393 :    
394 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
395 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
396 :     return "$gs [$c]";
397 :     }
398 :    

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