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Annotation of /FigWebServices/ss_export.cgi

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Revision 1.3 - (view) (download)

1 : olson 1.1 use FIG;
2 :     use CGI;
3 :     use HTML;
4 :    
5 :     use List::Util;
6 :     use File::Spec;
7 :     use strict;
8 :    
9 :     my $cgi = new CGI;
10 :     my $fig = new FIG();
11 :    
12 :     my $user = $cgi->param("user");
13 :     my $subsystem = $cgi->param("ssa_name");
14 :    
15 :     my $html = [];
16 :    
17 :     #
18 :     # Decide what to do.
19 :     #
20 :     # If button_export is set, we're doing an export.
21 :     #
22 :     # Otherwise we're just updating the page.
23 :     #
24 :    
25 :     if ($cgi->param("export_button"))
26 :     {
27 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
28 :    
29 :     my(@roles, @genomes);
30 :    
31 :     for my $p ($cgi->param)
32 :     {
33 :    
34 :     if ($p =~ /export_genome_(\d+)/)
35 :     {
36 :     push(@genomes, $1);
37 :     }
38 :     elsif ($p =~ /export_role_(\d+)/)
39 :     {
40 :     push(@roles, $1);
41 :     }
42 :     }
43 :    
44 :    
45 :     #
46 :     # We will export a file for each genome (for each selected subsystem),
47 :     # for each subsystem (for each selected genome),
48 :     # and for all selected sequences.
49 :     #
50 :    
51 :     my $tmp = File::Spec->catfile($FIG_Config::temp, "export_$$");
52 :     &FIG::verify_dir($tmp);
53 :    
54 :     chdir($tmp);
55 :    
56 :     #
57 :     # Write the role exports.
58 :     #
59 :    
60 :     for my $role (@roles)
61 :     {
62 : olson 1.2 my $file = "role_$role.dna.fasta";
63 :     my $protfile = "role_$role.prot.fasta";
64 : olson 1.1 open(my $fh, ">$file");
65 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
66 : olson 1.1 for my $g (@genomes)
67 :     {
68 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
69 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
70 :     if ($entry)
71 :     {
72 :     for my $peg (@$entry)
73 :     {
74 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
75 :     if (@location > 0)
76 :     {
77 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
78 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
79 :     }
80 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
81 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
82 : olson 1.1 }
83 :     }
84 :     }
85 :     close($fh);
86 : olson 1.2 close($protfh);
87 : olson 1.1 }
88 :    
89 :     #
90 :     # Write the genome exports, and while we're at it, write the
91 :     # all-sequences file.
92 :     #
93 :    
94 : olson 1.2 open(my $all_fh, ">all.dna.fasta");
95 :     open(my $allprot_fh, ">all.prot.fasta");
96 :     my $catfile = "all.prot.cat.fasta";
97 :     open(my $catfh, ">$catfile");
98 : olson 1.1
99 :     for my $g (@genomes)
100 :     {
101 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
102 : olson 1.2 my $file = "genome_$g.dna.fasta";
103 :     my $protfile = "genome_$g.prot.fasta";
104 : olson 1.1
105 :     open(my $fh, ">$file");
106 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
107 :     print $catfh ">$gname/" . $fig->genus_species($gname) . "\n";
108 : olson 1.1 for my $role (@roles)
109 :     {
110 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
111 :     if ($entry)
112 :     {
113 :     for my $peg (@$entry)
114 :     {
115 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
116 :     if (@location > 0)
117 :     {
118 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
119 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
120 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);
121 :     }
122 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
123 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
124 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);
125 :     &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
126 : olson 1.1 }
127 :     }
128 :     }
129 :     close($fh);
130 : olson 1.2 close($protfh);
131 : olson 1.1 }
132 : olson 1.2 close($catfh);
133 : olson 1.1 close($all_fh);
134 : olson 1.2 close($allprot_fh);
135 : olson 1.1
136 : olson 1.3 my $outname = "$subsystem.$$.tar.gz";
137 :     $outname =~ s/[^\w.-_]/_/g;
138 :    
139 :     system("tar czf ../$outname .");
140 :     my $size = (stat("../$outname"))[7];
141 :    
142 : olson 1.1 print "Content-Type: application/octet-stream\n";
143 : olson 1.3 print "Content-Length: $size\n";
144 :     print "Content-Disposition:attachment;filename=$outname\n";
145 : olson 1.1 print "\n";
146 : olson 1.3
147 :     my $buf;
148 :     open(my $myout, "<../$outname");
149 :     while (read($myout, $buf, 4096))
150 :     {
151 :     print $buf;
152 :     }
153 :     close($myout);
154 : olson 1.1
155 :     chdir("..");
156 :     system("rm -r $tmp");
157 :    
158 :     exit;
159 :     }
160 :    
161 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ss_export.cgi",
162 :     -method => "post"),
163 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
164 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $subsystem, -override => 1),
165 :     $cgi->h2("Showing genomes for $subsystem\n"),
166 :     );
167 :    
168 :     #
169 :     # Show the selection list for limiting to family.
170 :     #
171 :    
172 :     my $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
173 :    
174 :     my @group_names = sort grep { $_ ne "All" } map { $_->[0] } @$taxonomic_groups;
175 :    
176 :     unshift(@group_names, "All");
177 :    
178 :     #
179 :     # Display in a scrolling list.
180 :     #
181 :    
182 :     push(@$html,
183 :     $cgi->h2("Limit genomes shown to group:"),
184 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'limit_genome',
185 :     -values => [@group_names],
186 :     -default => "All",
187 :     -size => 5,
188 :     -multiple => 1),
189 :     );
190 :    
191 :    
192 :     #
193 :     # Determine if we're limiting genomes, and only use
194 :     # genomes from that group if we are.
195 :     #
196 :    
197 :     my @limit_genome = $cgi->param("limit_genome");
198 :     my %desired_genomes;
199 :    
200 :     if (grep({$_ eq "All"} @limit_genome))
201 :     {
202 :     @limit_genome = ();
203 :     }
204 :    
205 :     if (@limit_genome)
206 :     {
207 :     for my $limit_genome (@limit_genome)
208 :     {
209 :     my @list = grep({ $_->[0] eq $limit_genome } @$taxonomic_groups);
210 :     for my $litem (@list)
211 :     {
212 :     grep({ $desired_genomes{$_}++ } @{$litem->[1]});
213 :     }
214 :     }
215 :     }
216 :    
217 :     #
218 :     # And submit.
219 :     #
220 :    
221 :     push(@$html,
222 :     $cgi->p,
223 :     $cgi->submit(-label => "Update page",
224 :     -name => 'update_button'),
225 :     $cgi->br,
226 :     $cgi->submit(-label => "Export sequences",
227 :     -name => 'export_button'));
228 :    
229 :     #
230 :     # Build the table.
231 :     #
232 :     # Each row is an organism.
233 :     # Each column is a role.
234 :     #
235 :    
236 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
237 :    
238 :     my @roles = $sub->get_roles();
239 :     my @genomes;
240 :    
241 :     #
242 :     # Filter genome list based on @limit_genome list.
243 :     #
244 :    
245 :     if (@limit_genome)
246 :     {
247 :     for my $g ($sub->get_genomes())
248 :     {
249 :     push(@genomes, $g) if $desired_genomes{$g};
250 :     }
251 :     }
252 :     else
253 :     {
254 :     @genomes = $sub->get_genomes();
255 :    
256 :     }
257 :    
258 :     #
259 :     # Columns are:
260 :     # 1. Genome id
261 :     # 2. Organism name
262 :     # 3. Export-genome checkbox
263 :     # 4-n. Pegs for role (c-3).
264 :     #
265 :     # Rows are:
266 :     # 1. Headers
267 :     # 2. Export-role checkbox
268 :     # 3-n. Pegs for genome (r-2).
269 :     #
270 :    
271 :     my @col_hdrs = ("Genome", "Organism", "Export", @roles);
272 :    
273 :     my @export_roles = map { $cgi->checkbox(-name => "export_role_$_",
274 :     -checked => 1,
275 :     -value => 1,
276 :     -label => "");
277 :     } 1..@roles;
278 :     unshift(@export_roles, "", "", "");
279 :    
280 :     my @table;
281 :    
282 :     push(@table, \@export_roles);
283 :    
284 :     #
285 :     # Now run thru the genomes.
286 :     #
287 :    
288 :     for my $g (@genomes)
289 :     {
290 :     my $row = [];
291 :    
292 :     my $idx = $sub->get_genome_index($g);
293 :     push(@$row, $g);
294 :     push(@$row, $fig->genus_species($g));
295 :     push(@$row, $cgi->checkbox(-name => "export_genome_$idx",
296 :     -checked => 1,
297 :     -value => 1,
298 :     -label => ""));
299 :     for my $role (@roles)
300 :     {
301 :     #
302 :     # Get the cell from the spreadsheet and put the pegs in here.
303 :     #
304 :    
305 :     my @pegs = $sub->get_pegs_from_cell($idx, $role);
306 :     @pegs = map {
307 :     my $num = (&FIG::genome_and_peg_of($_))[1];
308 :     "<a href=\"protein.cgi?prot=$_&user=$user\">$num</a>"
309 :     } @pegs;
310 :     push(@$row, join(" ", @pegs));
311 :     }
312 :    
313 :     push(@table, $row);
314 :    
315 :     }
316 :    
317 :    
318 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
319 :    
320 :     push(@$html, $cgi->end_form());
321 :    
322 :    
323 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
324 :    
325 :    
326 :     __END__
327 :    
328 :     #
329 :     # Create the table using the sorted list of genome ids.
330 :     #
331 :    
332 :     for my $k (@show_genomes)
333 :     {
334 :     my $c = $all_genomes{$k};
335 :    
336 :     my $row = [];
337 :    
338 :     #
339 :     # Display genome id and name.
340 :     #
341 :     push(@$row, $k);
342 :     push(@$row, &ext_genus_species($fig, $k));
343 :    
344 :     #
345 :     # For each subsystem, look up the variant code and put in the table.
346 :     #
347 :     for my $subname (@display_subs)
348 :     {
349 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subname);
350 :     my $vc = $sub->get_variant_code_for_genome($k);
351 :     push(@$row, "\@align=\"center\":$vc");
352 :     }
353 :     push(@table, $row);
354 :     }
355 :    
356 :    
357 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
358 :    
359 :     push(@$html, $cgi->end_form());
360 :    
361 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
362 :    
363 :     sub ext_genus_species {
364 :     my($fig,$genome) = @_;
365 :    
366 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
367 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
368 :     return "$gs [$c]";
369 :     }
370 :    

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