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Annotation of /FigWebServices/ss_export.cgi

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Revision 1.2 - (view) (download)

1 : olson 1.1 use FIG;
2 :     use CGI;
3 :     use HTML;
4 :    
5 :     use List::Util;
6 :     use File::Spec;
7 :     use strict;
8 :    
9 :     my $cgi = new CGI;
10 :     my $fig = new FIG();
11 :    
12 :     my $user = $cgi->param("user");
13 :     my $subsystem = $cgi->param("ssa_name");
14 :    
15 :     my $html = [];
16 :    
17 :     #
18 :     # Decide what to do.
19 :     #
20 :     # If button_export is set, we're doing an export.
21 :     #
22 :     # Otherwise we're just updating the page.
23 :     #
24 :    
25 :     if ($cgi->param("export_button"))
26 :     {
27 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
28 :    
29 :     my(@roles, @genomes);
30 :    
31 :     for my $p ($cgi->param)
32 :     {
33 :    
34 :     if ($p =~ /export_genome_(\d+)/)
35 :     {
36 :     push(@genomes, $1);
37 :     }
38 :     elsif ($p =~ /export_role_(\d+)/)
39 :     {
40 :     push(@roles, $1);
41 :     }
42 :     }
43 :    
44 :    
45 :     #
46 :     # We will export a file for each genome (for each selected subsystem),
47 :     # for each subsystem (for each selected genome),
48 :     # and for all selected sequences.
49 :     #
50 :    
51 :     my $tmp = File::Spec->catfile($FIG_Config::temp, "export_$$");
52 :     &FIG::verify_dir($tmp);
53 :    
54 :     chdir($tmp);
55 :    
56 :     #
57 :     # Write the role exports.
58 :     #
59 :    
60 :     for my $role (@roles)
61 :     {
62 : olson 1.2 my $file = "role_$role.dna.fasta";
63 :     my $protfile = "role_$role.prot.fasta";
64 : olson 1.1 open(my $fh, ">$file");
65 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
66 : olson 1.1 for my $g (@genomes)
67 :     {
68 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
69 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
70 :     if ($entry)
71 :     {
72 :     for my $peg (@$entry)
73 :     {
74 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
75 :     if (@location > 0)
76 :     {
77 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
78 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
79 :     }
80 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
81 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
82 : olson 1.1 }
83 :     }
84 :     }
85 :     close($fh);
86 : olson 1.2 close($protfh);
87 : olson 1.1 }
88 :    
89 :     #
90 :     # Write the genome exports, and while we're at it, write the
91 :     # all-sequences file.
92 :     #
93 :    
94 : olson 1.2 open(my $all_fh, ">all.dna.fasta");
95 :     open(my $allprot_fh, ">all.prot.fasta");
96 :     my $catfile = "all.prot.cat.fasta";
97 :     open(my $catfh, ">$catfile");
98 : olson 1.1
99 :     for my $g (@genomes)
100 :     {
101 :     my $gname = $sub->get_genome($g);
102 : olson 1.2 my $file = "genome_$g.dna.fasta";
103 :     my $protfile = "genome_$g.prot.fasta";
104 : olson 1.1
105 :     open(my $fh, ">$file");
106 : olson 1.2 open(my $protfh, ">$protfile");
107 :     print $catfh ">$gname/" . $fig->genus_species($gname) . "\n";
108 : olson 1.1 for my $role (@roles)
109 :     {
110 :     my $entry = $sub->get_cell($g, $role);
111 :     if ($entry)
112 :     {
113 :     for my $peg (@$entry)
114 :     {
115 :     my @location = $fig->feature_location($peg);
116 :     if (@location > 0)
117 :     {
118 :     my $seq = $fig->dna_seq($gname, @location);
119 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $fh);
120 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $all_fh);
121 :     }
122 : olson 1.2 my $seq = $fig->get_translation($peg);
123 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $protfh);
124 :     &FIG::display_id_and_seq($peg, \$seq, $allprot_fh);
125 :     &FIG::display_seq(\$seq, $catfh);
126 : olson 1.1 }
127 :     }
128 :     }
129 :     close($fh);
130 : olson 1.2 close($protfh);
131 : olson 1.1 }
132 : olson 1.2 close($catfh);
133 : olson 1.1 close($all_fh);
134 : olson 1.2 close($allprot_fh);
135 : olson 1.1
136 :     # print "Content-Type: application/x-tar\n";
137 :     print "Content-Disposition:attachment;filename=$subsystem.tar.gz\n";
138 :     print "Content-Type: application/octet-stream\n";
139 :     # print "Content-Encoding: x-gzip\n";
140 :     print "\n";
141 :     system("tar czf - .");
142 :    
143 :     chdir("..");
144 :     system("rm -r $tmp");
145 :    
146 :     exit;
147 :     }
148 :    
149 :     push(@$html, $cgi->start_form(-action => "ss_export.cgi",
150 :     -method => "post"),
151 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user, -override => 1),
152 :     $cgi->hidden(-name => 'ssa_name', -value => $subsystem, -override => 1),
153 :     $cgi->h2("Showing genomes for $subsystem\n"),
154 :     );
155 :    
156 :     #
157 :     # Show the selection list for limiting to family.
158 :     #
159 :    
160 :     my $taxonomic_groups = $fig->taxonomic_groups_of_complete(10);
161 :    
162 :     my @group_names = sort grep { $_ ne "All" } map { $_->[0] } @$taxonomic_groups;
163 :    
164 :     unshift(@group_names, "All");
165 :    
166 :     #
167 :     # Display in a scrolling list.
168 :     #
169 :    
170 :     push(@$html,
171 :     $cgi->h2("Limit genomes shown to group:"),
172 :     $cgi->scrolling_list(-name => 'limit_genome',
173 :     -values => [@group_names],
174 :     -default => "All",
175 :     -size => 5,
176 :     -multiple => 1),
177 :     );
178 :    
179 :    
180 :     #
181 :     # Determine if we're limiting genomes, and only use
182 :     # genomes from that group if we are.
183 :     #
184 :    
185 :     my @limit_genome = $cgi->param("limit_genome");
186 :     my %desired_genomes;
187 :    
188 :     if (grep({$_ eq "All"} @limit_genome))
189 :     {
190 :     @limit_genome = ();
191 :     }
192 :    
193 :     if (@limit_genome)
194 :     {
195 :     for my $limit_genome (@limit_genome)
196 :     {
197 :     my @list = grep({ $_->[0] eq $limit_genome } @$taxonomic_groups);
198 :     for my $litem (@list)
199 :     {
200 :     grep({ $desired_genomes{$_}++ } @{$litem->[1]});
201 :     }
202 :     }
203 :     }
204 :    
205 :     #
206 :     # And submit.
207 :     #
208 :    
209 :     push(@$html,
210 :     $cgi->p,
211 :     $cgi->submit(-label => "Update page",
212 :     -name => 'update_button'),
213 :     $cgi->br,
214 :     $cgi->submit(-label => "Export sequences",
215 :     -name => 'export_button'));
216 :    
217 :     #
218 :     # Build the table.
219 :     #
220 :     # Each row is an organism.
221 :     # Each column is a role.
222 :     #
223 :    
224 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subsystem);
225 :    
226 :     my @roles = $sub->get_roles();
227 :     my @genomes;
228 :    
229 :     #
230 :     # Filter genome list based on @limit_genome list.
231 :     #
232 :    
233 :     if (@limit_genome)
234 :     {
235 :     for my $g ($sub->get_genomes())
236 :     {
237 :     push(@genomes, $g) if $desired_genomes{$g};
238 :     }
239 :     }
240 :     else
241 :     {
242 :     @genomes = $sub->get_genomes();
243 :    
244 :     }
245 :    
246 :     #
247 :     # Columns are:
248 :     # 1. Genome id
249 :     # 2. Organism name
250 :     # 3. Export-genome checkbox
251 :     # 4-n. Pegs for role (c-3).
252 :     #
253 :     # Rows are:
254 :     # 1. Headers
255 :     # 2. Export-role checkbox
256 :     # 3-n. Pegs for genome (r-2).
257 :     #
258 :    
259 :     my @col_hdrs = ("Genome", "Organism", "Export", @roles);
260 :    
261 :     my @export_roles = map { $cgi->checkbox(-name => "export_role_$_",
262 :     -checked => 1,
263 :     -value => 1,
264 :     -label => "");
265 :     } 1..@roles;
266 :     unshift(@export_roles, "", "", "");
267 :    
268 :     my @table;
269 :    
270 :     push(@table, \@export_roles);
271 :    
272 :     #
273 :     # Now run thru the genomes.
274 :     #
275 :    
276 :     for my $g (@genomes)
277 :     {
278 :     my $row = [];
279 :    
280 :     my $idx = $sub->get_genome_index($g);
281 :     push(@$row, $g);
282 :     push(@$row, $fig->genus_species($g));
283 :     push(@$row, $cgi->checkbox(-name => "export_genome_$idx",
284 :     -checked => 1,
285 :     -value => 1,
286 :     -label => ""));
287 :     for my $role (@roles)
288 :     {
289 :     #
290 :     # Get the cell from the spreadsheet and put the pegs in here.
291 :     #
292 :    
293 :     my @pegs = $sub->get_pegs_from_cell($idx, $role);
294 :     @pegs = map {
295 :     my $num = (&FIG::genome_and_peg_of($_))[1];
296 :     "<a href=\"protein.cgi?prot=$_&user=$user\">$num</a>"
297 :     } @pegs;
298 :     push(@$row, join(" ", @pegs));
299 :     }
300 :    
301 :     push(@table, $row);
302 :    
303 :     }
304 :    
305 :    
306 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
307 :    
308 :     push(@$html, $cgi->end_form());
309 :    
310 :    
311 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
312 :    
313 :    
314 :     __END__
315 :    
316 :     #
317 :     # Create the table using the sorted list of genome ids.
318 :     #
319 :    
320 :     for my $k (@show_genomes)
321 :     {
322 :     my $c = $all_genomes{$k};
323 :    
324 :     my $row = [];
325 :    
326 :     #
327 :     # Display genome id and name.
328 :     #
329 :     push(@$row, $k);
330 :     push(@$row, &ext_genus_species($fig, $k));
331 :    
332 :     #
333 :     # For each subsystem, look up the variant code and put in the table.
334 :     #
335 :     for my $subname (@display_subs)
336 :     {
337 :     my $sub = $fig->get_subsystem($subname);
338 :     my $vc = $sub->get_variant_code_for_genome($k);
339 :     push(@$row, "\@align=\"center\":$vc");
340 :     }
341 :     push(@table, $row);
342 :     }
343 :    
344 :    
345 :     push(@$html, HTML::make_table(\@col_hdrs, \@table));
346 :    
347 :     push(@$html, $cgi->end_form());
348 :    
349 :     &HTML::show_page($cgi, $html);
350 :    
351 :     sub ext_genus_species {
352 :     my($fig,$genome) = @_;
353 :    
354 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
355 :     my $c = substr($fig->taxonomy_of($genome),0,1);
356 :     return "$gs [$c]";
357 :     }
358 :    

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