[Bio] / FigWebServices / sigs.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/sigs.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.16, Wed Jun 28 21:32:24 2006 UTC revision 1.17, Wed Jun 28 21:48:38 2006 UTC
# Line 18  Line 18 
18    
19  use FIG;  use FIG;
20  require SproutFIG;  require SproutFIG;
 use InterfaceRoutines;  
21    
22  use HTML;  use HTML;
23  use CGI;  use CGI;
# Line 181  Line 180 
180              for ($j=0; ($j < @hits); $j++)              for ($j=0; ($j < @hits); $j++)
181              {              {
182                  my($peg,$score,$hits) = @{$hits[$j]};                  my($peg,$score,$hits) = @{$hits[$j]};
183                  my $func = &InterfaceRoutines::function_ofS($fig_or_sprout,$peg,$cgi->param('user'));                  my $func = scalar $fig_or_sprout->function_of($peg,$cgi->param('user'));
184                  my $row = [$j+1,&HTML::fid_link($cgi,$peg,"local"),$score,$func];                  my $row = [$j+1,&HTML::fid_link($cgi,$peg,"local"),$score,$func];
185                  for ($i=0; ($i < @set1); $i++)                  for ($i=0; ($i < @set1); $i++)
186                  {                  {
# Line 205  Line 204 
204          push(@$html,$cgi->h1("You need to fill in at least Set1"));          push(@$html,$cgi->h1("You need to fill in at least Set1"));
205      }      }
206  }  }
207  warn "sigs: about to show page.\n";  w
208  &HTML::show_page($cgi,$html);  &HTML::show_page($cgi,$html);
209    
210  sub common_genes {  sub common_genes {
# Line 221  Line 220 
220      foreach $peg ($fig_or_sprout->all_features($given,"peg"))      foreach $peg ($fig_or_sprout->all_features($given,"peg"))
221      {      {
222          undef %hits_set1;          undef %hits_set1;
223          foreach $sim ($fig_or_sprout->sims($peg, 1000, $sim_cutoff, "fig"))          foreach $sim ($fig_or_sprout->bbhs($peg)) # sims($peg, 1000, $sim_cutoff, "fig"))
224          {          {
225              $id2          = $sim->id2;              $id2          = $sim->[0]; # id2
226              if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)              if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)
227              {              {
228                  my $org1 = $1;                  my $org1 = $1;
# Line 239  Line 238 
238          $sc = keys(%hits_set1);          $sc = keys(%hits_set1);
239          if ($sc >= $minN)          if ($sc >= $minN)
240          {          {
241              push(@hits,[$peg,$sc,[map { [$hits_set1{$_},&InterfaceRoutines::function_ofS($fig_or_sprout,$hits_set1{$_})] } keys(%hits_set1)]]);              push(@hits,[$peg,$sc,[map { [$hits_set1{$_}, scalar $fig_or_sprout->function_of($hits_set1{$_})] } keys(%hits_set1)]]);
242          }          }
243      }      }
244      return @hits;      return @hits;
# Line 258  Line 257 
257          undef %hits_set1; undef %hits_set2;          undef %hits_set1; undef %hits_set2;
258          $hits_set1{&FIG::genome_of($peg)} = 1;          $hits_set1{&FIG::genome_of($peg)} = 1;
259    
260          foreach $sim ($fig_or_sprout->sims($peg, 1000, $sim_cutoff, "fig"))          foreach $sim ($fig_or_sprout->bbhs($peg) # sims($peg, 1000, $sim_cutoff, "fig"))
261          {          {
262              $id2          = $sim->id2;              $id2          = $sim->[0]; # id2;
263              if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)              if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)
264              {              {
265                  my $org1 = $1;                  my $org1 = $1;

Legend:
Removed from v.1.16  
changed lines
  Added in v.1.17

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3