[Bio] / FigWebServices / sigs.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/sigs.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.19 - (view) (download)

1 : overbeek 1.15 ##################################################################
2 : olson 1.14 # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4 :     #
5 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
6 :     #
7 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9 :     # Public License.
10 :     #
11 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
13 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16 :     #
17 : overbeek 1.15 ##################################################################
18 : olson 1.14
19 : efrank 1.1 use FIG;
20 : olson 1.13 require SproutFIG;
21 : efrank 1.1
22 :     use HTML;
23 :     use CGI;
24 :     my $cgi = new CGI;
25 :    
26 : overbeek 1.8 if (0) {
27 :     my $VAR1;
28 :     eval(join("",`cat /tmp/sig_parms`));
29 :     $cgi = $VAR1;
30 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
31 :     }
32 :    
33 :     if (0) {
34 : efrank 1.1 print $cgi->header;
35 :     my @params = $cgi->param;
36 :     print "<pre>\n";
37 : overbeek 1.8 foreach $_ (@params) {
38 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
39 :     }
40 :    
41 :     if (0) {
42 :     if (open(TMP,">/tmp/sig_parms")) {
43 :     print TMP &Dumper($cgi);
44 :     close(TMP);
45 :     }
46 : efrank 1.1 }
47 :     exit;
48 :     }
49 :    
50 :     my $html = [];
51 :    
52 : overbeek 1.9 my($fig_or_sprout);
53 :     if ($cgi->param('SPROUT')) {
54 :     $is_sprout = 1;
55 :     $fig_or_sprout = new SproutFIG($FIG_Config::sproutDB, $FIG_Config::sproutData);
56 :     unshift @$html, "<TITLE>The NMPDR Signature Genes Page</TITLE>\n";
57 :     } else {
58 :     $is_sprout = 0;
59 :     $fig_or_sprout = new FIG;
60 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED Signature Genes Page</TITLE>\n";
61 :     }
62 :    
63 : efrank 1.1 my @tmp = grep { $_ =~ /^\d+\.\d+$/ } $cgi->param;
64 :     my @set1 = grep { $cgi->param($_) eq "set1" } @tmp;
65 :     my @set2 = grep { $cgi->param($_) eq "set2" } @tmp;
66 :    
67 :     my $given = $cgi->param('given');
68 :    
69 :     if (((@set1 == 0) && (@set2 == 0)) || (! $given))
70 :     {
71 :    
72 :     $col_hdrs = ["Given","Set 1","","Set 2","genome","Genus/Species"];
73 :     $tab = [];
74 :    
75 : overbeek 1.9 @orgs = $fig_or_sprout->genomes("complete");
76 : efrank 1.1
77 :     foreach $org (@orgs)
78 :     {
79 : overbeek 1.9 $full{$org} = $fig_or_sprout->genus_species($org);
80 : efrank 1.1 }
81 :     @orgs = sort { $full{$a} cmp $full{$b} } @orgs;
82 :    
83 :     @given = $cgi->radio_group(-name => 'given',
84 :     -values => [@orgs],
85 :     -nolabels => 1);
86 :    
87 :     foreach $org (@orgs)
88 :     {
89 :     push(@$tab,[shift @given,
90 :     $cgi->radio_group(-name => $org,
91 :     -default => 'neither',
92 :     -values => ['set1','neither','set2'],
93 :     -nolabels => 1
94 :     ),
95 :     $org,
96 :     $full{$org}]);
97 :     }
98 : overbeek 1.10 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : 0;
99 : efrank 1.1 push(@$html,$cgi->start_form(-action => 'sigs.cgi'),
100 : overbeek 1.10 $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
101 : overbeek 1.6 $cgi->h1("Find Proteins that Discriminate Two Sets of Organisms or Are Common to a Set of Organisms"),
102 : efrank 1.1 &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Pick organisms for Set 1 and Set 2"),
103 : overbeek 1.7 $cgi->br, "Similarity Cutoff: ",$cgi->textfield(-name => cutoff, -size => 10, -value => 1.0e-10),
104 :     $cgi->br,
105 : overbeek 1.15 $cgi->checkbox( -name => 'sort_by_func', -value => 1, -override => 1, -checked => 0, -label => 'Sort by Function'),
106 :     $cgi->br,
107 :     $cgi->checkbox( -name => 'write_tab', -value => 1, -override => 1, -checked => 0, -label => 'Export Tab Delimited Table'),
108 :     $cgi->br,
109 :     $cgi->br,
110 : overbeek 1.11 $cgi->submit("Find the Discriminating Proteins from Given Organism"),$cgi->reset,
111 : overbeek 1.6 $cgi->br,
112 :     $cgi->br,
113 :     $cgi->submit("Find Genes from Checked Organism and in Organisms from Set 1"),
114 :     " (minimum matches from Set 1: )", $cgi->textfield(-name => minN, -size => 5),
115 : efrank 1.1 $cgi->end_form,
116 :     "\n");
117 :     }
118 :     else
119 :     {
120 :     my $sim_cutoff = $cgi->param('sim_cutoff');
121 :     if (! $sim_cutoff) { $sim_cutoff = 1.0e-10 }
122 :    
123 : overbeek 1.6 if (@set1 > 0)
124 :     {
125 :     my @hits;
126 :     if (@set2 > 0)
127 :     {
128 :     @hits = &differentiating_genes(\@set1,\@set2,$given,$sim_cutoff);
129 : overbeek 1.15 if ($cgi->param('sort_by_func'))
130 :     {
131 :     @hits = sort { ($a->[2] cmp $b->[2]) or ($b->[1] <=> $a->[1]) or (&FIG::by_fig_id($a->[0],$b->[0])) } @hits;
132 :     }
133 :     else
134 :     {
135 :     @hits = sort { ($b->[1] <=> $a->[1]) || (&FIG::by_fig_id($a->[0],$b->[0])) } @hits;
136 :     }
137 :    
138 :     if ($cgi->param('write_tab'))
139 :     {
140 :     push(@$html,"<pre>\n");
141 :     foreach $_ (@hits)
142 :     {
143 :     push(@$html,join("\t",@$_) . "\n");
144 :     }
145 :     push(@$html,"</pre>\n");
146 :     }
147 :     else
148 : overbeek 1.6 {
149 : overbeek 1.15 $col_hdrs = ["","Gene","Score","Function"];
150 :     $tab = [];
151 :     my $gs = $fig_or_sprout->genus_species($given);
152 :     $title = "Genes in $gs that Discriminate";
153 :     my $subscript = 1;
154 :     foreach $_ (@hits)
155 :     {
156 :     my($peg,$score,$function) = @$_;
157 :     push(@$tab,[$subscript,&HTML::fid_link($cgi,$peg,"local"),$score,$function]);
158 :     $subscript++;
159 :     }
160 :    
161 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
162 : overbeek 1.6 }
163 :     }
164 :     else
165 :     {
166 :     my($i,$j,%which_col,$peg1,$func1,$link,$genome1,$hit);
167 :     my $minN = $cgi->param('minN');
168 :     $minN = $minN ? $minN : @set1;
169 :     @hits = &common_genes(\@set1,$given,$sim_cutoff,$minN);
170 : overbeek 1.9 $col_hdrs = ["",&FIG::abbrev($fig_or_sprout->genus_species($given)),"Score","Function"];
171 : overbeek 1.6 for ($i=0; ($i < @set1); $i++)
172 :     {
173 :     $which_col{$set1[$i]} = $i+4;
174 : overbeek 1.9 push(@$col_hdrs,&FIG::abbrev($fig_or_sprout->genus_species($set1[$i])));
175 : overbeek 1.6 }
176 :    
177 :     $tab = [];
178 :     $title = "Genes in Common";
179 : efrank 1.1
180 : overbeek 1.6 for ($j=0; ($j < @hits); $j++)
181 :     {
182 :     my($peg,$score,$hits) = @{$hits[$j]};
183 : parrello 1.17 my $func = scalar $fig_or_sprout->function_of($peg,$cgi->param('user'));
184 : overbeek 1.6 my $row = [$j+1,&HTML::fid_link($cgi,$peg,"local"),$score,$func];
185 :     for ($i=0; ($i < @set1); $i++)
186 :     {
187 :     push(@$row,"");
188 :     }
189 :     foreach $hit (@$hits)
190 :     {
191 :     ($peg1,$func1) = @$hit;
192 :     $genome1 = &FIG::genome_of($peg1);
193 :     $col = $which_col{$genome1};
194 :     $link = &HTML::fid_link($cgi,$peg1,"local");
195 :     $row->[$col] = ($func eq $func1) ? $link : "*$link";
196 :     }
197 :     push(@$tab,$row);
198 :     }
199 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
200 :     }
201 :     }
202 :     else
203 : efrank 1.1 {
204 : overbeek 1.6 push(@$html,$cgi->h1("You need to fill in at least Set1"));
205 : efrank 1.1 }
206 :     }
207 : parrello 1.18
208 : efrank 1.1 &HTML::show_page($cgi,$html);
209 :    
210 : overbeek 1.6 sub common_genes {
211 :     my($set1,$given,$sim_cutoff,$minN) = @_;
212 : parrello 1.16 warn "sig: common genes.\n";
213 : overbeek 1.6 my %set1 = map { $_ => 1 } @$set1;
214 :     if ($set1{$given})
215 :     {
216 :     $minN--;
217 :     $set1{$given} = 0;
218 :     }
219 :    
220 : overbeek 1.9 foreach $peg ($fig_or_sprout->all_features($given,"peg"))
221 : overbeek 1.6 {
222 :     undef %hits_set1;
223 : parrello 1.19 foreach $sim ($fig_or_sprout->bbhs($peg)) # sims($peg, 1000, $sim_cutoff, "fig"))
224 : overbeek 1.6 {
225 : parrello 1.17 $id2 = $sim->[0]; # id2
226 : overbeek 1.6 if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)
227 :     {
228 :     my $org1 = $1;
229 :     if ($set1{$org1})
230 :     {
231 :     if (! $hits_set1{$org1})
232 :     {
233 :     $hits_set1{$org1} = $id2;
234 :     }
235 :     }
236 :     }
237 :     }
238 :     $sc = keys(%hits_set1);
239 :     if ($sc >= $minN)
240 :     {
241 : parrello 1.17 push(@hits,[$peg,$sc,[map { [$hits_set1{$_}, scalar $fig_or_sprout->function_of($hits_set1{$_})] } keys(%hits_set1)]]);
242 : overbeek 1.6 }
243 :     }
244 :     return @hits;
245 :     }
246 :    
247 : efrank 1.1 sub differentiating_genes {
248 :     my($set1,$set2,$given,$sim_cutoff) = @_;
249 : parrello 1.16 warn "sigs: differentiating.\n";
250 : efrank 1.1 my %set1 = map { $_ => 1 } @$set1;
251 :     my %set2 = map { $_ => 1 } @$set2;
252 :    
253 :     my(%hits_set1,%hits_set2,@hits,$sim,$id2,$peg);
254 :    
255 : overbeek 1.9 foreach $peg ($fig_or_sprout->all_features($given,"peg"))
256 : efrank 1.1 {
257 :     undef %hits_set1; undef %hits_set2;
258 : overbeek 1.4 $hits_set1{&FIG::genome_of($peg)} = 1;
259 :    
260 : parrello 1.19 foreach $sim ($fig_or_sprout->bbhs($peg)) # sims($peg, 1000, $sim_cutoff, "fig"))
261 : efrank 1.1 {
262 : parrello 1.17 $id2 = $sim->[0]; # id2;
263 : efrank 1.1 if ($id2 =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/)
264 :     {
265 :     my $org1 = $1;
266 :     if ($set1{$org1})
267 :     {
268 :     $hits_set1{$org1} = 1;
269 :     }
270 :     elsif ($set2{$org1})
271 :     {
272 :     $hits_set2{$org1} = 1;
273 :     }
274 :     }
275 :     }
276 :     my $n_set1 = keys(%hits_set1);
277 :     my $n_set2 = keys(%hits_set2);
278 :    
279 :     # my $sc = sprintf "%.3f", ($n_set1 / @set1) - (($n_set2 / @set2) * $fudge);
280 :     my $sc = sprintf "%.3f", &sig($n_set1,(@set1 - $n_set1),$n_set2,(@set2 - $n_set2));
281 :     $n1 = @set1;
282 :     $n2 = @set2;
283 :     if ($sc >= 1)
284 :     {
285 : overbeek 1.15 push(@hits,[$peg,$sc,scalar $fig_or_sprout->function_of($peg)]);
286 : efrank 1.1 }
287 :     }
288 :     return @hits;
289 :     }
290 :    
291 :     sub sig {
292 :     my($in_has,$in_has_not,$out_has,$out_has_not) = @_;
293 :     my($sx,$sy,$xx,$xy,$yy,$din,$dout);
294 : parrello 1.16 warn "sigs: sig method.\n";
295 : efrank 1.1 $sx = $in_has + $in_has_not;
296 :     $sy = $out_has + $out_has_not;
297 :     $xx = ($in_has * $in_has) + ($in_has_not * $in_has_not);
298 :     $xy = ($in_has * $out_has) + ($in_has_not * $out_has_not);
299 :     $yy = ($out_has * $out_has) + ($out_has_not * $out_has_not);
300 :     (($sx > 0) && ($yy > 0) && ($sy > 0) && ($xx > 0)) || return 0;
301 :     $din = 1 - (($sy * $xy) / ($sx * $yy));
302 :     $dout = 1 - (($sx * $xy) / ($sy * $xx));
303 :     return $din+$dout;
304 :     }
305 :    

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3