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Annotation of /FigWebServices/show_map.cgi

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Revision 1.1 - (view) (download)

1 : olson 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     use HTML;
5 :     use strict;
6 :     use GenoGraphics;
7 :     use CGI;
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :    
10 :     if (0)
11 :     {
12 :     print $cgi->header;
13 :     my @params = $cgi->param;
14 :     print "<pre>\n";
15 :     foreach $_ (@params)
16 :     {
17 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
18 :     }
19 :     exit;
20 :     }
21 :    
22 :     my(@output,@ecs_hit,@table);
23 :     my $org = $cgi->param('org');
24 :     $org = $org ? $org : "";
25 :    
26 :     my $map = $cgi->param('map');
27 :    
28 :     # These are probably already this, but ...
29 :    
30 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
31 :    
32 :     if ((! -d "$FIG_Config::data/Map_Source/Maps/$map") && ($map =~ /^MAP\d+$/))
33 :     {
34 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "map=$map&org=$org";
35 :     my @html = `./show_kegg_map.cgi`;
36 :     print join("",@html);
37 :     exit;
38 :     }
39 :    
40 :     @ecs_hit = ();
41 :     @table = ();
42 :    
43 :     if ($org)
44 :     {
45 :     my @ecs = $fig->map_to_ecs($map);
46 :     my $user = $cgi->param('user');
47 :     if (! $user) { $user = "" }
48 :     my $hits = $fig->seqs_with_roles_in_genomes([$org],[@ecs],$user);
49 :     if ($hits = $hits->{$org})
50 :     {
51 :     @ecs_hit = keys(%$hits);
52 :     my $col_hdrs = ["EC","name","genes"];
53 :     my $tab = [];
54 :     my($x,$ec);
55 :     foreach $ec (sort @ecs_hit)
56 :     {
57 :     if ($x = $hits->{$ec})
58 :     {
59 :     push(@$tab,[$ec,$fig->ec_name($ec),join(",",map { &HTML::fid_link($cgi,$_->[0],1) } @$x)]);
60 :     }
61 :     }
62 :     my $gs = $fig->genus_species($org);
63 :     @table = &HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Relevant Sequences for $gs");
64 :     push(@table,$cgi->hr);
65 :     }
66 :     }
67 :    
68 :     my $roles = "org=$org";
69 :     #my $roles = "role=" . join("&role=",@ecs_hit);
70 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "map=$map&$roles";
71 :     @output = `./show_local_map.cgi`;
72 :     &HTML::show_page($cgi,\@output);

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