[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.6, Mon Dec 14 20:42:01 2009 UTC revision 1.9, Tue Feb 23 21:46:30 2010 UTC
# Line 16  Line 16 
16  # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.  # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17  #  #
18    
   
19  use SeedHTML;  use SeedHTML;
20  use strict;  use strict;
21  use SeedEnv;  use SeedEnv;
# Line 27  Line 26 
26  use CGI;  use CGI;
27  my $cgi = new CGI;  my $cgi = new CGI;
28    
29    my $sv_url = "http://seed-viewer.theseed.org/";
30    $GenoGraphics::image_type = "png";
31    $GenoGraphics::image_suffix = "png";
32    $GenoGraphics::temp_url = "/FIG-Tmp";
33    eval {
34        require FIG_Config;
35        $GenoGraphics::temp_url = $FIG_Config::temp_url;
36        $sv_url = "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi";
37    };
38    
39    #print STDERR "$_ = $ENV{$_}\n" for sort keys %ENV;
40    
41  if (0)  if (0)
42  {  {
43      my $VAR1;      my $VAR1;
# Line 56  Line 67 
67      exit;      exit;
68  }  }
69    
70    
71  my $html = [];  my $html = [];
72  unshift @$html, "<TITLE>Simple Genome Viewer</TITLE>\n";  unshift @$html, "<TITLE>Simple Genome Viewer</TITLE>\n";
73    
# Line 145  Line 157 
157      my($cgi,$dir,$html) = @_;      my($cgi,$dir,$html) = @_;
158    
159      my $queryG = $cgi->param('genome');      my $queryG = $cgi->param('genome');
160      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),      push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
161                  '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',                  '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',
162                  $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),                  $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),
163                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 160  Line 172 
172    
173      if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")      if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")
174      {      {
175          system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";          my $rc = system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";
176      }      }
177  }  }
178    
# Line 172  Line 184 
184    
185      &id_search_form($cgi,$dir,$html);      &id_search_form($cgi,$dir,$html);
186    
187      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),      push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
188                  '<b>Query Features in Genome</b>: ',                  '<b>Query Features in Genome</b>: ',
189                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
190                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 181  Line 193 
193                  $cgi->end_form,                  $cgi->end_form,
194                  $cgi->hr,                  $cgi->hr,
195    
196                  $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),                  $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
197                  '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',                  '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',
198                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
199                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 208  Line 220 
220          my $sapObject = SAPserver->new();          my $sapObject = SAPserver->new();
221          my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);          my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);
222    
223          push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),          push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
224                      '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',                      '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',
225                      $cgi->scrolling_list( -name     => 'reference',                      $cgi->scrolling_list( -name     => 'reference',
226                                            -values   => $refG,                                            -values   => $refG,
# Line 279  Line 291 
291      my $refG   = $cgi->param('reference');      my $refG   = $cgi->param('reference');
292      my $queryG = $cgi->param('genome');      my $queryG = $cgi->param('genome');
293      my $dir  = $cgi->param('dir');      my $dir  = $cgi->param('dir');
294      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),      push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
295                  '<b>Corresponding Features</b>: ',                  '<b>Corresponding Features</b>: ',
296                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
297                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 289  Line 301 
301                  $cgi->end_form,                  $cgi->end_form,
302                  $cgi->hr,                  $cgi->hr,
303    
304                  $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),                  $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
305                  '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',                  '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',
306                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
307                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 299  Line 311 
311                  $cgi->end_form,                  $cgi->end_form,
312                  $cgi->hr,                  $cgi->hr,
313    
314                  $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),                  $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
315                  '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',                  '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',
316                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
317                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 543  Line 555 
555    
556      if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }      if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
557      my $dir = $cgi->param('dir');      my $dir = $cgi->param('dir');
558      return $cgi->url() . "?request=feature&fid=$fid&dir=$dir";      return "$sv_url?page=Annotation;feature=$fid";
559  }  }
560    
561  sub comp_reg_link {  sub comp_reg_link {
# Line 789  Line 801 
801              foreach my $entry (@$gene_data)              foreach my $entry (@$gene_data)
802              {              {
803                  my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;                  my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;
804                  my $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);                  $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
805                  my $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);                  $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
806                  my $function = $functionH->{$fid1};                  my $function = $functionH->{$fid1};
807                  if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }                  if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
808                  my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",                  my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
# Line 810  Line 822 
822                                    ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',                                    ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
823                                    undef,,                                    undef,,
824                                    (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),                                    (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
                                   $function,  
825                                    $info                                    $info
826                                  ];                                  ];
827    
# Line 842  Line 853 
853      {      {
854          push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);          push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);
855      }      }
856      my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;      @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
857      return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];      return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];
858  }  }
859    
# Line 859  Line 870 
870  #       print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";  #       print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";
871          push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);          push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);
872      }      }
873      my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;      @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
874      return [$pinned_data,[@gene_data]];      return [$pinned_data,[@gene_data]];
875  }  }
876    

Legend:
Removed from v.1.6  
changed lines
  Added in v.1.9

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3