[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.6, Mon Dec 14 20:42:01 2009 UTC revision 1.7, Wed Feb 17 19:34:44 2010 UTC
# Line 16  Line 16 
16  # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.  # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17  #  #
18    
   
19  use SeedHTML;  use SeedHTML;
20  use strict;  use strict;
21  use SeedEnv;  use SeedEnv;
# Line 145  Line 144 
144      my($cgi,$dir,$html) = @_;      my($cgi,$dir,$html) = @_;
145    
146      my $queryG = $cgi->param('genome');      my $queryG = $cgi->param('genome');
147      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),      push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
148                  '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',                  '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',
149                  $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),                  $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),
150                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 160  Line 159 
159    
160      if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")      if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")
161      {      {
162          system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";          my $rc = system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";
163      }      }
164  }  }
165    
# Line 172  Line 171 
171    
172      &id_search_form($cgi,$dir,$html);      &id_search_form($cgi,$dir,$html);
173    
174      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),      push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
175                  '<b>Query Features in Genome</b>: ',                  '<b>Query Features in Genome</b>: ',
176                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
177                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 181  Line 180 
180                  $cgi->end_form,                  $cgi->end_form,
181                  $cgi->hr,                  $cgi->hr,
182    
183                  $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),                  $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
184                  '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',                  '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',
185                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
186                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 208  Line 207 
207          my $sapObject = SAPserver->new();          my $sapObject = SAPserver->new();
208          my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);          my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);
209    
210          push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),          push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
211                      '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',                      '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',
212                      $cgi->scrolling_list( -name     => 'reference',                      $cgi->scrolling_list( -name     => 'reference',
213                                            -values   => $refG,                                            -values   => $refG,
# Line 279  Line 278 
278      my $refG   = $cgi->param('reference');      my $refG   = $cgi->param('reference');
279      my $queryG = $cgi->param('genome');      my $queryG = $cgi->param('genome');
280      my $dir  = $cgi->param('dir');      my $dir  = $cgi->param('dir');
281      push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),      push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
282                  '<b>Corresponding Features</b>: ',                  '<b>Corresponding Features</b>: ',
283                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
284                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 289  Line 288 
288                  $cgi->end_form,                  $cgi->end_form,
289                  $cgi->hr,                  $cgi->hr,
290    
291                  $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),                  $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
292                  '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',                  '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',
293                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
294                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 299  Line 298 
298                  $cgi->end_form,                  $cgi->end_form,
299                  $cgi->hr,                  $cgi->hr,
300    
301                  $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),                  $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
302                  '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',                  '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',
303                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),                  $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
304                  $cgi->submit('go'),                  $cgi->submit('go'),
# Line 789  Line 788 
788              foreach my $entry (@$gene_data)              foreach my $entry (@$gene_data)
789              {              {
790                  my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;                  my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;
791                  my $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);                  $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
792                  my $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);                  $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
793                  my $function = $functionH->{$fid1};                  my $function = $functionH->{$fid1};
794                  if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }                  if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
795                  my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",                  my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
# Line 810  Line 809 
809                                    ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',                                    ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
810                                    undef,,                                    undef,,
811                                    (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),                                    (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
                                   $function,  
812                                    $info                                    $info
813                                  ];                                  ];
814    
# Line 842  Line 840 
840      {      {
841          push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);          push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);
842      }      }
843      my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;      @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
844      return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];      return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];
845  }  }
846    
# Line 859  Line 857 
857  #       print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";  #       print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";
858          push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);          push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);
859      }      }
860      my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;      @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
861      return [$pinned_data,[@gene_data]];      return [$pinned_data,[@gene_data]];
862  }  }
863    

Legend:
Removed from v.1.6  
changed lines
  Added in v.1.7

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3