[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Mon Dec 14 15:53:16 2009 UTC revision 1.6, Mon Dec 14 20:42:01 2009 UTC
# Line 121  Line 121 
121  sub make_subsystem_index {  sub make_subsystem_index {
122      my($cgi,$html,$dir) = @_;      my($cgi,$html,$dir) = @_;
123    
124      my %ss = map { chomp; my($subsys,$var) = split(/\t/,$_); (($var ne "-1") && ($var ne 0)) ? ($subsys => $var) : () }      my %ss = map { chomp; my($subsys,$var) = split(/\t/,$_); (($var ne "-1") && ($var ne 0)) ? (&fix_ss($subsys) => $var) : () }
125               `cat $dir/Subsystems/subsystems`;               `cat $dir/Subsystems/subsystems`;
126    
127      my $sapObject = SAPserver->new;      my $sapObject = SAPserver->new;
# Line 131  Line 131 
131      {      {
132          chomp;          chomp;
133          my($subsys,$role,$peg) = split(/\t/,$_);          my($subsys,$role,$peg) = split(/\t/,$_);
134            $subsys = &fix_ss($subsys);
135          if ($ss{$subsys})          if ($ss{$subsys})
136          {          {
137              my $class = ($_ = $ssH->{$subsys}) ? join("; ",@$_) : "";              my $class = ($_ = $ssH->{$subsys}) ? join("; ",@$_) : "";
# Line 191  Line 192 
192          );          );
193    
194      my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";      my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
195      opendir(CACHE,$cache) || die "could not open $cache";      my @refG;
196      my @refG = map { ((-s "$cache/$_") && ($_ =~ /^(\d+\.\d+$)/)) ? $1 : () } readdir(CACHE);      if (opendir(CACHE,$cache))
197        {
198            @refG = map { ((-s "$cache/$_") && ($_ =~ /^(\d+\.\d+$)/)) ? $1 : () } readdir(CACHE);
199      closedir(CACHE);      closedir(CACHE);
200        }
201        else
202        {
203            @refG = ();
204        }
205    
206      if (@refG > 0)      if (@refG > 0)
207      {      {
# Line 504  Line 512 
512          my($class,$subsys,$role,$variant,$peg) = @$entry;          my($class,$subsys,$role,$variant,$peg) = @$entry;
513          push(@$tab,[          push(@$tab,[
514                      $class,                      $class,
515                      $subsys,                      &fix_ss($subsys),
516                      $role,                      $role,
517                      $variant,                      $variant,
518                      &peg_link($cgi,$peg)                      &peg_link($cgi,$peg)
# Line 680  Line 688 
688  sub push_compare_regions {  sub push_compare_regions {
689      my($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end) = @_;      my($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end) = @_;
690    
691      my $min = ($beg < $end) ? ($beg - 4000) : $end - 4000;      my $mid = int(($beg+$end)/2);
692      my $max = ($beg < $end) ? ($end + 4000) : $beg + 4000;      my $min = ($beg < $end) ? ($mid - 4000) : $mid - 4000;
693        my $max = ($beg < $end) ? ($mid + 4000) : $mid + 4000;
694    
695      my ($genes,$minV,$maxV) = $seedV->genes_in_region($contig,$min,$max);      my ($genes,$minV,$maxV) = $seedV->genes_in_region($contig,$min,$max);
696      my %genesG = map { ($_ => 1 ) } @$genes;      my %genesG = map { ($_ => 1 ) } @$genes;
697      my %locsG = map { $_ => $seedV->feature_location($_) } @$genes;      my %locsG = map { $_ => $seedV->feature_location($_) } @$genes;
# Line 764  Line 774 
774      my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);      my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);
775    
776      my $gg = [];      my $gg = [];
777      my $sz_region = 12000;      my $sz_region = 8500;
778    
779      foreach my $map_set (@map_data)      foreach my $map_set (@map_data)
780      {      {
# Line 981  Line 991 
991      }      }
992  }  }
993    
994    sub fix_ss {
995        my($ss) = @_;
996    
997        $ss =~ s/_/ /g;
998        return $ss;
999    }

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.6

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3