[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Mon Dec 14 02:36:52 2009 UTC revision 1.4, Mon Dec 14 15:00:14 2009 UTC
# Line 495  Line 495 
495      push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));      push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
496  }  }
497    
498    sub url_to_new {
499        my($cgi,$fid) = @_;
500    
501        if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
502        my $dir = $cgi->param('dir');
503        my $url   = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$fid";
504        return $url;
505    }
506    
507    sub url_to_sv {
508        my($cgi,$fid) = @_;
509    
510        if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
511        my $dir = $cgi->param('dir');
512        return $cgi->url() . "?request=feature&fid=$fid&dir=$dir";
513    }
514    
515  sub comp_reg_link {  sub comp_reg_link {
516      my($peg,$cgi) = @_;      my($peg,$cgi) = @_;
# Line 667  Line 683 
683          $locH = $sapObject->genes_in_region( -locations => \@locations, -includeLocation => 1);          $locH = $sapObject->genes_in_region( -locations => \@locations, -includeLocation => 1);
684      }      }
685  #    print &Dumper(\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color);  #    print &Dumper(\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color);
686      push(@$html,@{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color)});      my @x = @{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)};
687    #   print STDERR &Dumper(\@x); die "aborted";
688        push(@$html,@{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)});
689  }  }
690    
691  sub format_location {  sub format_location {
# Line 697  Line 715 
715  }  }
716    
717  sub build_maps {  sub build_maps {
718      my($seedV,$sapObject,$pegG,$genesG,$locsG,$pinned,$locH,$color) = @_;      my($seedV,$sapObject,$pegG,$genesG,$locsG,$pinned,$locH,$color,$cgi) = @_;
719    
720    
721      my @genome_ids = map { &SeedUtils::genome_of($_) } @$pinned;      my @genome_ids = map { &SeedUtils::genome_of($_) } @$pinned;
# Line 716  Line 734 
734          push(@map_data,&data_for_pinned($pegR,$locH,$color,$genomeH));          push(@map_data,&data_for_pinned($pegR,$locH,$color,$genomeH));
735      }      }
736      &set_colors($pegG,\@map_data);      &set_colors($pegG,\@map_data);
737    
738      my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);      my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);
739    
740      my $gg = [];      my $gg = [];
# Line 737  Line 756 
756                  my $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);                  my $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
757                  my $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);                  my $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
758                  my $function = $functionH->{$fid1};                  my $function = $functionH->{$fid1};
759                    if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
760                  my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",                  my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
761                                           "<b>Contig:</b> $contig1",                                           "<b>Contig:</b> $contig1",
762                                           "<b>Begin:</b> $beg1",                                           "<b>Begin:</b> $beg1",
# Line 749  Line 768 
768                  if    (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 < $end1))        { $shape = "rightArrow" }                  if    (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 < $end1))        { $shape = "rightArrow" }
769                  elsif (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 > $end1))        { $shape = "leftArrow" }                  elsif (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 > $end1))        { $shape = "leftArrow" }
770    
771                  push(@$genes,[&min($beg1,$end1),                  my $gene_entry = [&min($beg1,$end1),
772                                &max($beg1,$end1),                                &max($beg1,$end1),
773                                $shape,                                $shape,
774                                ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',                                ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
775                                "",                                    undef,,
776                                $fid1,                                    (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
777                                      $function,
778                                $info                                $info
779                               ]                                  ];
780                      );  
781                    push(@$genes,$gene_entry);
782              }              }
783    
784              #  Sequence title can be replaced by [ title, url, popup_text, menu, popup_title ]              #  Sequence title can be replaced by [ title, url, popup_text, menu, popup_title ]
# Line 893  Line 914 
914      return $genes;      return $genes;
915  }  }
916    
917    
918  sub set_colors {  sub set_colors {
919      my($red_peg,$map_data) = @_;      my($red_peg,$map_data) = @_;
920    

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.4

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3