[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.9 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :     use SeedHTML;
20 :     use strict;
21 :     use SeedEnv;
22 :     use SeedV;
23 :     use ProtSims;
24 :     use GenoGraphics;
25 :    
26 :     use CGI;
27 :     my $cgi = new CGI;
28 :    
29 : parrello 1.9 my $sv_url = "http://seed-viewer.theseed.org/";
30 : olson 1.8 $GenoGraphics::image_type = "png";
31 :     $GenoGraphics::image_suffix = "png";
32 :     $GenoGraphics::temp_url = "/FIG-Tmp";
33 : parrello 1.9 eval {
34 :     require FIG_Config;
35 :     $GenoGraphics::temp_url = $FIG_Config::temp_url;
36 :     $sv_url = "$FIG_Config::cgi_url/seedviewer.cgi";
37 :     };
38 :    
39 : olson 1.8 #print STDERR "$_ = $ENV{$_}\n" for sort keys %ENV;
40 :    
41 : overbeek 1.1 if (0)
42 :     {
43 :     my $VAR1;
44 :     eval(join("",`cat /tmp/sgv_parms`));
45 :     $cgi = $VAR1;
46 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
47 :     }
48 :    
49 :     if (0)
50 :     {
51 :     print $cgi->header;
52 :     my @params = $cgi->param;
53 :     print "<pre>\n";
54 :     foreach $_ (@params)
55 :     {
56 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
57 :     }
58 :    
59 :     if (0)
60 :     {
61 :     if (open(TMP,">/tmp/sgv_parms"))
62 :     {
63 :     print TMP &Dumper($cgi);
64 :     close(TMP);
65 :     }
66 :     }
67 :     exit;
68 :     }
69 :    
70 : olson 1.8
71 : overbeek 1.1 my $html = [];
72 :     unshift @$html, "<TITLE>Simple Genome Viewer</TITLE>\n";
73 :    
74 :     my $dir = $cgi->param('dir');
75 :     if ((! $dir) || ($dir !~ /\d+\.\d+$/))
76 :     {
77 :     push(@$html,$cgi->h2('You must set dir= to a SEED-format genome directory with a path ending in the genome ID'));
78 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
79 :     exit;
80 :     }
81 :    
82 :     my $request = $cgi->param('request');
83 :     if (! $request)
84 :     {
85 :     &start_computing_reference_genome_set($cgi,$dir,$html);
86 :     &make_subsystem_index($cgi,$html,$dir);
87 :     &basic_query($cgi,$html);
88 :     }
89 :     elsif ($request eq 'basic')
90 :     {
91 :     &basic_query($cgi,$html);
92 :     }
93 :     elsif ($request eq 'id')
94 :     {
95 :     &process_id($cgi,$html);
96 :     }
97 :     elsif ($request eq 'features')
98 :     {
99 :     &process_feature_search($cgi,$html);
100 :     }
101 :     elsif ($request eq 'feature')
102 :     {
103 :     &process_feature_display($cgi,$html);
104 :     }
105 :     elsif ($request eq 'subsystems')
106 :     {
107 :     &process_subsystems_search($cgi,$html);
108 :     }
109 :     elsif ($request eq 'peg2subsystems')
110 :     {
111 :     &process_peg2subsystems_search($cgi,$html);
112 :     }
113 :     elsif ($request eq 'compare')
114 :     {
115 :     &comparison($cgi,$html);
116 :     }
117 :     elsif ($request eq 'corresponding')
118 :     {
119 :     &process_corr_search($cgi,$html);
120 :     }
121 :     elsif ($request =~ 'query_only')
122 :     {
123 :     &process_query_only_search($cgi,$html);
124 :     }
125 :     elsif ($request eq 'reference_only')
126 :     {
127 :     &process_ref_only_search($cgi,$html);
128 :     }
129 :    
130 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
131 :    
132 :    
133 :     sub make_subsystem_index {
134 :     my($cgi,$html,$dir) = @_;
135 :    
136 : overbeek 1.6 my %ss = map { chomp; my($subsys,$var) = split(/\t/,$_); (($var ne "-1") && ($var ne 0)) ? (&fix_ss($subsys) => $var) : () }
137 : overbeek 1.1 `cat $dir/Subsystems/subsystems`;
138 :    
139 :     my $sapObject = SAPserver->new;
140 :     my $ssH = $sapObject->classification_of( -ids => [keys(%ss)]);
141 :     open(INDEX,"| sort > $dir/Subsystems/subsystems.index") || die "could not open $dir/Subsystems/subsystems.index";
142 :     foreach $_ (`cat $dir/Subsystems/bindings`)
143 :     {
144 :     chomp;
145 :     my($subsys,$role,$peg) = split(/\t/,$_);
146 : overbeek 1.6 $subsys = &fix_ss($subsys);
147 : overbeek 1.3 if ($ss{$subsys})
148 :     {
149 :     my $class = ($_ = $ssH->{$subsys}) ? join("; ",@$_) : "";
150 :     print INDEX join("\t",($class,$subsys,$role,$ss{$subsys},$peg)),"\n";
151 :     }
152 : overbeek 1.1 }
153 :     close(INDEX);
154 :     }
155 :    
156 :     sub id_search_form {
157 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
158 :    
159 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
160 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
161 : overbeek 1.1 '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',
162 :     $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),
163 :     $cgi->submit('go'),
164 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'id', -override => 1),
165 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
166 :     $cgi->end_form,
167 :     $cgi->hr,$cgi->hr);
168 :     }
169 :    
170 :     sub start_computing_reference_genome_set {
171 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
172 :    
173 :     if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")
174 :     {
175 : parrello 1.7 my $rc = system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";
176 : overbeek 1.1 }
177 :     }
178 :    
179 :     sub basic_query {
180 :     my($cgi,$html) = @_;
181 :    
182 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
183 :     my $dir = $cgi->param('dir');
184 :    
185 :     &id_search_form($cgi,$dir,$html);
186 :    
187 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
188 : overbeek 1.1 '<b>Query Features in Genome</b>: ',
189 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
190 :     $cgi->submit('go'),
191 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'features', -override => 1),
192 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
193 :     $cgi->end_form,
194 :     $cgi->hr,
195 :    
196 : parrello 1.7 $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
197 : overbeek 1.1 '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',
198 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
199 :     $cgi->submit('go'),
200 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'subsystems', -override => 1),
201 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
202 :     $cgi->end_form,
203 :     $cgi->hr
204 :     );
205 :    
206 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
207 : overbeek 1.6 my @refG;
208 :     if (opendir(CACHE,$cache))
209 :     {
210 :     @refG = map { ((-s "$cache/$_") && ($_ =~ /^(\d+\.\d+$)/)) ? $1 : () } readdir(CACHE);
211 :     closedir(CACHE);
212 :     }
213 :     else
214 :     {
215 :     @refG = ();
216 :     }
217 : overbeek 1.1
218 :     if (@refG > 0)
219 :     {
220 :     my $sapObject = SAPserver->new();
221 :     my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);
222 :    
223 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
224 : overbeek 1.1 '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',
225 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'reference',
226 :     -values => $refG,
227 :     -labels => $labels,
228 :     -size => 4),
229 :     $cgi->submit('go'),
230 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => "compare", -override => 1),
231 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
232 :     $cgi->end_form
233 :     );
234 :     }
235 :     }
236 :    
237 :     sub build_labels {
238 :     my($genomes,$sapObject) = @_;
239 :    
240 :     my $genomesH = $sapObject->all_genomes(-complete => 1);
241 :     my $metricsH = $sapObject->genome_metrics(-ids => $genomes);
242 :     my %labels = map { my($contigs,$sz) = @{$metricsH->{$_}};
243 :     my $lab = $genomesH->{$_} . " ($_): $sz bp, $contigs contigs";
244 :     $_ => $lab
245 :     }
246 :     @$genomes;
247 :    
248 :     my @genomes = sort { lc($labels{$a}) cmp lc($labels{$b}) } @$genomes;
249 :    
250 :     return (\@genomes,\%labels);
251 :     }
252 :    
253 :     sub process_feature_search {
254 :     my($cgi,$html) = @_;
255 :    
256 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
257 :     my $dir = $cgi->param('dir');
258 :     my $file = "$dir/assigned_functions";
259 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
260 :     &format_function_table($cgi,$html,\@hits);
261 :     }
262 :    
263 :     sub process_subsystems_search {
264 :     my($cgi,$html) = @_;
265 :    
266 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
267 :     my $dir = $cgi->param('dir');
268 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
269 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
270 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
271 :     }
272 :    
273 :     sub process_peg2subsystems_search {
274 :     my($cgi,$html) = @_;
275 :    
276 :     my $peg = $cgi->param('peg');
277 :     my $dir = $cgi->param('dir');
278 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
279 :     my %subs = map { $_->[1] => 1 } &process_index($file,$peg);
280 :     my @hits = sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2])
281 :     or &SeedUtils::by_fig_id($a->[4],$b->[4]) }
282 :     map { chop; [split(/\t/,$_)] }
283 :     grep { ($_ =~ /^[^\t]*\t([^\t]+)/) && $subs{$1} }
284 :     `cat $file`;
285 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
286 :     }
287 :    
288 :     sub comparison {
289 :     my($cgi,$html) = @_;
290 :    
291 :     my $refG = $cgi->param('reference');
292 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
293 :     my $dir = $cgi->param('dir');
294 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
295 : overbeek 1.1 '<b>Corresponding Features</b>: ',
296 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
297 :     $cgi->submit('go'),
298 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'corresponding', -override => 1),
299 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
300 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
301 :     $cgi->end_form,
302 :     $cgi->hr,
303 :    
304 : parrello 1.7 $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
305 : overbeek 1.1 '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',
306 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
307 :     $cgi->submit('go'),
308 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'query_only', -override => 1),
309 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
310 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
311 :     $cgi->end_form,
312 :     $cgi->hr,
313 :    
314 : parrello 1.7 $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
315 : overbeek 1.1 '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',
316 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
317 :     $cgi->submit('go'),
318 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'reference_only', -override => 1),
319 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
320 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
321 :     $cgi->end_form,
322 :     $cgi->hr
323 :     );
324 :     }
325 :    
326 :     sub process_corr_search {
327 :     my($cgi,$html) = @_;
328 :    
329 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
330 :     my $dir = $cgi->param('dir');
331 :     my $refG = $cgi->param('reference');
332 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
333 : overbeek 1.1 my $genome = $cgi->param('genome');
334 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
335 :     my @corr = sort { &SeedUtils::by_fig_id($a->[0],$b->[0]) }
336 :     map { chomp; [split(/\t/,$_)] } `cat $file`;
337 :    
338 :     my @genes = map { ($_->[0],$_->[1]) } @corr;
339 :     my $col_headings = ['PEG','Function','reference','Reference Function','P-sc',
340 :     'BBH','Context-Matches','AliasesR'];
341 :     my $tab = [];
342 :     foreach my $entry (@corr)
343 :     {
344 :     my($pegG,$pegR,$n_context,undef,$funcG,$funcR,$aliasesG,$aliasesR,$bbh,undef,$psc) = @$entry;
345 :    
346 :     push(@$tab,[&peg_link($cgi,$pegG),$funcG,&ref_peg_link($cgi,$pegR),$funcR,
347 :     $psc,$bbh,$n_context,$aliasesR]);
348 :     }
349 :     my $filtered = &filter_tab_entries($tab,$pattern);
350 : overbeek 1.5 push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_headings,$filtered,"Correspondences with $refGgs"));
351 : overbeek 1.1 }
352 :    
353 :     sub process_query_only_search {
354 :     my($cgi,$html) = @_;
355 :    
356 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
357 :     my $dir = $cgi->param('dir');
358 :     my $refG = $cgi->param('reference');
359 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
360 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
361 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
362 :     my %in_corr = map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
363 :    
364 :     my @to_show = grep { ! $in_corr{$_} }
365 :     map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 }
366 :     `cut -f1 $dir/Features/peg/tbl`;
367 :     my %functionsH = map { $_ =~ /^(\S+)\t(\S.*\S)/; $1 => $2 } `cat $dir/assigned_functions`;
368 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
369 :     my @tab = map { [&peg_link($cgi,$_),$functionsH{$_} ? $functionsH{$_} : ""] }
370 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
371 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
372 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
373 :     {
374 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Missing in Reference Genome $refGgs"));
375 :     }
376 :     else
377 :     {
378 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in the Given Genome'));
379 :     }
380 : overbeek 1.1 }
381 :    
382 :     sub process_ref_only_search {
383 :     my($cgi,$html) = @_;
384 :    
385 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
386 :     my $dir = $cgi->param('dir');
387 :     my $refG = $cgi->param('reference');
388 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
389 :    
390 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
391 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
392 :    
393 :     my %in_ref = map { $_ =~ /^\S+\t(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
394 :    
395 :     my $sapObject = SAPserver->new();
396 :     my $genomeH = $sapObject->all_features(-ids => [$refG], -type => 'peg');
397 :     my @to_show = grep { ! $in_ref{$_} } @{$genomeH->{$refG}};
398 :    
399 :     my $functionsH = $sapObject->ids_to_functions(-ids => \@to_show);
400 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
401 :     my @tab = map { [&ref_peg_link($cgi,$_),$functionsH->{$_} ? $functionsH->{$_} : ""] }
402 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
403 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
404 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
405 :     {
406 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Present Only in Reference Genome $refGgs"));
407 :     }
408 :     else
409 :     {
410 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in $refGgs'));
411 :     }
412 :     }
413 :    
414 :     sub genus_species {
415 :     my($g) = @_;
416 :    
417 :     my $sapO = SAPserver->new;
418 :     my $gH = $sapO->genome_names( -ids => $g);
419 :     return $gH->{$g};
420 : overbeek 1.1 }
421 :    
422 :     sub process_index {
423 :     my($file,$pattern) = @_;
424 :    
425 :     my @lines = `cat $file`;
426 :     if ( ! $pattern)
427 :     {
428 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
429 :     }
430 :     elsif ($pattern =~ /^\s*\/(.*)\/\s*$/)
431 :     {
432 :     return &perl_patmatch(\@lines,$1);
433 :     }
434 :     else
435 :     {
436 :     return &substr_match(\@lines,$pattern);
437 :     }
438 :     }
439 :    
440 :     sub perl_patmatch {
441 :     my($lines,$pat) = @_;
442 :    
443 :     my @lines = grep { $_ =~ /$pat/i } @$lines;
444 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
445 :     }
446 :    
447 :     sub substr_match {
448 :     my($lines,$pat) = @_;
449 :    
450 :     $pat =~ s/^\s+//;
451 :     $pat =~ s/\s+$//;
452 :     my @words = split(/\s+/,$pat);
453 :     my @lines = @$lines;
454 :     foreach my $word (@words)
455 :     {
456 :     @lines = grep { &matchword($word,$_) } @lines;
457 :     }
458 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
459 :     }
460 :    
461 :     sub matchword {
462 :     my($word,$str) = @_;
463 :    
464 :     my $wordL = lc $word;
465 :     my $strL = lc $str;
466 :     if (index($strL,$wordL) >= 0)
467 :     {
468 :     if ($wordL =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/i)
469 :     {
470 :     my $wordQ = quotemeta $wordL;
471 :     return ($strL =~ /$wordQ\b/);
472 :     }
473 :     return 1;
474 :     }
475 :     return 0;
476 :     }
477 :    
478 :     sub format_function_table {
479 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
480 :    
481 :     my $col_hdrs = ['ID','Type','Function','Psi-blast','Subsystems'];
482 :     my $tab = [];
483 :    
484 :     foreach my $entry (@$entries)
485 :     {
486 :     my($fid,$function) = @$entry;
487 :     $fid =~ /fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)\.\d+$/;
488 :     my $type = $1;
489 :     if ($type eq "peg")
490 :     {
491 :     push(@$tab,[
492 :     &comp_reg_link($fid,$cgi),
493 :     'peg',
494 :     $function,
495 :     &psi_blast_link($fid),
496 :     &subsys_link($cgi,$fid)
497 :     ]);
498 :     }
499 :     else
500 :     {
501 :     push(@$tab,[$fid,$type,$function,"",""]);
502 :     }
503 :     }
504 :    
505 :     if (@$tab > 0)
506 :     {
507 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Features"));
508 :     }
509 :     else
510 :     {
511 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
512 :     }
513 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
514 :     }
515 :    
516 :     sub format_subsystems_table {
517 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
518 :    
519 :     my $col_hdrs = ['Classification','Subsystem','Role','Variant','PEG'];
520 :     my $tab = [];
521 :    
522 :     foreach my $entry (@$entries)
523 :     {
524 :     my($class,$subsys,$role,$variant,$peg) = @$entry;
525 :     push(@$tab,[
526 :     $class,
527 : overbeek 1.6 &fix_ss($subsys),
528 : overbeek 1.1 $role,
529 :     $variant,
530 :     &peg_link($cgi,$peg)
531 :     ]);
532 :     }
533 :     if (@$tab > 0)
534 :     {
535 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsystems"));
536 :     }
537 :     else
538 :     {
539 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
540 :     }
541 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
542 :     }
543 :    
544 : overbeek 1.4 sub url_to_new {
545 :     my($cgi,$fid) = @_;
546 :    
547 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
548 :     my $dir = $cgi->param('dir');
549 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$fid";
550 :     return $url;
551 :     }
552 :    
553 :     sub url_to_sv {
554 :     my($cgi,$fid) = @_;
555 :    
556 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
557 :     my $dir = $cgi->param('dir');
558 : parrello 1.9 return "$sv_url?page=Annotation;feature=$fid";
559 : overbeek 1.4 }
560 : overbeek 1.1
561 :     sub comp_reg_link {
562 :     my($peg,$cgi) = @_;
563 :    
564 :     my $target = "target.$$";
565 :     my $dir = $cgi->param('dir');
566 :     my $url = $cgi->url() . "?request=feature&fid=$peg&dir=$dir";
567 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
568 :     }
569 :    
570 :     sub psi_blast_link {
571 :     my($peg) = @_;
572 :    
573 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/protein.cgi?prot=$peg&request=use_protein_tool&tool=Psi-Blast";
574 :     my $target = "target.$$";
575 :     return "<a target=$target href=$url>Psi</a>";
576 :     }
577 :    
578 :     sub ach_link {
579 :     my($cgi,$peg) = @_;
580 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$peg";
581 :     my $target = "target.$$";
582 :     return "<a target=$target href=$url>ACH</a>";
583 :     }
584 :    
585 :     sub subsys_link {
586 :     my($cgi,$peg) = @_;
587 :    
588 :     my $dir = $cgi->param('dir');
589 :     my $url = $cgi->url() . "?request=peg2subsystems&dir=$dir&peg=$peg";
590 :     my $target = "target.$$";
591 :     return "<a target=$target href=$url>sub</a>";
592 :     }
593 :    
594 :     sub peg_link {
595 :     my($cgi,$peg) = @_;
596 :    
597 :     my $dir = $cgi->param('dir');
598 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$peg";
599 :     my $target = "target.$$";
600 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
601 :     }
602 :    
603 :     sub ref_peg_link {
604 :     my($cgi,$peg) = @_;
605 :    
606 :    
607 :     my $target = "target.$$";
608 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg";
609 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
610 :     }
611 :    
612 :     sub query_link {
613 :     my($cgi) = @_;
614 :    
615 :     my $dir = $cgi->param('dir');
616 :     my $url = $cgi->url() . "?request=basic&dir=$dir";
617 :     return "<a href=$url>Basic Query Form</a>";
618 :     }
619 :    
620 :     sub filter_tab_entries {
621 :     my($tab,$pattern) = @_;
622 :    
623 :     if (! $pattern) { return $tab }
624 :    
625 :     my $filtered = [];
626 :     foreach my $entry (@$tab)
627 :     {
628 :     my @tmp = &substr_match([join("\t",@$entry)],$pattern);
629 :     if (@tmp > 0)
630 :     {
631 :     push(@$filtered,$entry);
632 :     }
633 :     }
634 :     return $filtered;
635 :     }
636 :    
637 :     sub process_id {
638 :     my($cgi,$html) = @_;
639 :    
640 :     my $id = $cgi->param('id');
641 :     if ($id =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
642 :     {
643 :     my $peg = $1;
644 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg");
645 :     exit;
646 :     }
647 :     elsif ($id =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
648 :     {
649 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$1");
650 :     exit;
651 :     }
652 :     else
653 :     {
654 :     push(@$html,$cgi->h2('Invalid request'));
655 :     }
656 :     }
657 :    
658 :     sub process_feature_display {
659 :     my($cgi,$html) = @_;
660 :    
661 :     my $dir = $cgi->param('dir');
662 :     my $seedV = SeedV->new($dir);
663 :     my $sapObject = SAPserver->new();
664 :    
665 :     my $fid = $cgi->param('fid');
666 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
667 :     my $loc = $seedV->feature_location($fid);
668 :     my $dna_seq = $seedV->dna_seq($loc);
669 :    
670 :     my ($contig,$beg,$end);
671 :     if ($loc =~ /^(\S+)_(\d+)_(\d+)$/)
672 :     {
673 :     ($contig,$beg,$end) = ($1,$2,$3);
674 :     $loc = "contig: $1, from $2 to $3"
675 :     }
676 :     push(@$html,$cgi->h1("Feature: $fid"),$cgi->h2("Function: $func"),$cgi->h3("Location: $loc"));
677 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$dna_seq);
678 :    
679 :     if (($fid =~ /\.peg\.\d+$/) && $contig)
680 :     {
681 :     my $pseq = $seedV->get_translation($fid);
682 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$pseq);
683 :     &push_compare_regions($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end);
684 :     }
685 :     }
686 :    
687 :     sub push_seq {
688 :     my($cgi,$html,$id,$pseq) = @_;
689 :    
690 :     push(@$html,"<pre>\n>$id\n");
691 :     my $i;
692 :     for ($i=0; ($i < length($pseq)); $i += 60)
693 :     {
694 :     my $piece = ($i < (length($pseq) - 60)) ? substr($pseq,$i,60) : substr($pseq,$i);
695 :     push(@$html,"$piece\n");
696 :     }
697 :     push(@$html,"</pre>\n");
698 :     }
699 :    
700 :     sub push_compare_regions {
701 :     my($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end) = @_;
702 :    
703 : overbeek 1.6 my $mid = int(($beg+$end)/2);
704 :     my $min = ($beg < $end) ? ($mid - 4000) : $mid - 4000;
705 :     my $max = ($beg < $end) ? ($mid + 4000) : $mid + 4000;
706 :    
707 : overbeek 1.1 my ($genes,$minV,$maxV) = $seedV->genes_in_region($contig,$min,$max);
708 :     my %genesG = map { ($_ => 1 ) } @$genes;
709 :     my %locsG = map { $_ => $seedV->feature_location($_) } @$genes;
710 :    
711 :     my $dir = $cgi->param('dir');
712 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
713 :     my %connected;
714 :     my %color; # note that for simplicity, I am using peg ids in the given genome as symbolic colors
715 :    
716 :     foreach $_ (`cat $cache/* | cut -f1,2`)
717 :     {
718 :     if (($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)/) && $genesG{$1})
719 :     {
720 :     push(@{$connected{$1}},$2);
721 :     $color{$2} = $1;
722 :     }
723 :     }
724 :    
725 :     my $pinned = $connected{$fid};
726 :     my $locH = {};
727 :     if ($pinned)
728 :     {
729 :     my $pinLocH = $sapObject->fid_locations( -boundaries => 1, -ids => $pinned);
730 :     my @locations = map { &format_location($pinLocH->{$_}) } keys(%$pinLocH);
731 :     $locH = $sapObject->genes_in_region( -locations => \@locations, -includeLocation => 1);
732 :     }
733 :     # print &Dumper(\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color);
734 : overbeek 1.4 my @x = @{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)};
735 :     # print STDERR &Dumper(\@x); die "aborted";
736 :     push(@$html,@{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)});
737 : overbeek 1.1 }
738 :    
739 :     sub format_location {
740 :     my($loc) = @_;
741 :    
742 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
743 :     {
744 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
745 :    
746 :     my($min,$max);
747 :     if ($strand eq "+")
748 :     {
749 :     $min = &SeedUtils::max(1,$beg-4000);
750 :     $max = $beg+$ln+4000;
751 :     }
752 :     else
753 :     {
754 : overbeek 1.6 $min = &SeedUtils::max(1,$beg-($ln+4000));
755 : overbeek 1.1 $max = $beg + 4000;
756 :     }
757 :     return "$genome:$contig\_$min\_$max";
758 :     }
759 :     else
760 :     {
761 :     die "bad location: $loc";
762 :     }
763 :     }
764 :    
765 :     sub build_maps {
766 : overbeek 1.4 my($seedV,$sapObject,$pegG,$genesG,$locsG,$pinned,$locH,$color,$cgi) = @_;
767 : overbeek 1.1
768 :    
769 :     my @genome_ids = map { &SeedUtils::genome_of($_) } @$pinned;
770 :     my $genomeH = $sapObject->genome_names( -ids => \@genome_ids);
771 :     #
772 :     # first, compute a list of what we use to build each map. This will include
773 :     #
774 :     # [pinned_gene, Contig,Beg,End,GenusSpecies]]
775 :     # [[gene,Contig,Beg,End,color],...] sorted in order
776 :     #
777 :     my @map_data = ();
778 :     push(@map_data,&data_for_given_genome($pegG,$genesG,$locsG,$seedV));
779 :    
780 :     foreach my $pegR (@$pinned)
781 :     {
782 :     push(@map_data,&data_for_pinned($pegR,$locH,$color,$genomeH));
783 :     }
784 :     &set_colors($pegG,\@map_data);
785 : overbeek 1.4
786 : overbeek 1.1 my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);
787 :    
788 :     my $gg = [];
789 : overbeek 1.6 my $sz_region = 8500;
790 : overbeek 1.1
791 :     foreach my $map_set (@map_data)
792 :     {
793 :     my($pin_data,$gene_data) = @$map_set;
794 :     my($peg,$contig,$beg,$end,$genus_species) = @$pin_data;
795 :    
796 :     if ($contig && $beg && $end) {
797 :     my $mid = int(($beg + $end) / 2);
798 :     my $min = int($mid - ($sz_region / 2));
799 :     my $max = int($mid + ($sz_region / 2));
800 :     my $genes = [];
801 :     foreach my $entry (@$gene_data)
802 :     {
803 :     my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;
804 : parrello 1.7 $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
805 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
806 : overbeek 1.1 my $function = $functionH->{$fid1};
807 : overbeek 1.4 if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
808 : overbeek 1.1 my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
809 :     "<b>Contig:</b> $contig1",
810 :     "<b>Begin:</b> $beg1",
811 :     "<b>End:</b> $end1",
812 :     $function ? "<b>Function:</b> $function" : ()
813 :     );
814 :    
815 :     my $shape = "Rectangle";
816 :     if (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 < $end1)) { $shape = "rightArrow" }
817 :     elsif (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 > $end1)) { $shape = "leftArrow" }
818 :    
819 : overbeek 1.4 my $gene_entry = [&min($beg1,$end1),
820 :     &max($beg1,$end1),
821 :     $shape,
822 :     ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
823 :     undef,,
824 :     (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
825 :     $info
826 :     ];
827 :    
828 :     push(@$genes,$gene_entry);
829 : overbeek 1.1 }
830 :    
831 :     # Sequence title can be replaced by [ title, url, popup_text, menu, popup_title ]
832 :    
833 :     my $desc = "Genome: $genus_species<br />Contig: $contig";
834 :     my $map = [ [ SeedUtils::abbrev( $genus_species ), undef, $desc, undef, 'Contig' ],
835 :     0,
836 :     $max+1 - $min,
837 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)
838 :     ];
839 :    
840 :     push(@$gg,$map);
841 :     }
842 :     }
843 :    
844 :     &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
845 :     return &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2);
846 :     }
847 :    
848 :     sub data_for_given_genome {
849 :     my($peg,$pegs,$locs,$seedV) = @_;
850 :    
851 :     my @gene_data = ();
852 :     foreach my $peg1 (keys(%$pegs))
853 :     {
854 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);
855 :     }
856 : parrello 1.7 @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
857 : overbeek 1.1 return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];
858 :     }
859 :    
860 :     sub data_for_pinned {
861 :     my($peg,$locH,$color,$genomeH) = @_;
862 :    
863 :     my $genome = &SeedUtils::genome_of($peg);
864 :     my @tmp = grep { $locH->{$_}->{$peg} } keys(%$locH);
865 :     my $locH1 = $locH->{$tmp[0]};
866 :     my $pinned_data = [$peg,&split_new_loc($locH1->{$peg}->[0]),$genomeH->{&SeedUtils::genome_of($peg)}];
867 :     my @gene_data = ();
868 :     foreach my $peg1 (keys(%$locH1))
869 :     {
870 :     # print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";
871 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);
872 :     }
873 : parrello 1.7 @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
874 : overbeek 1.1 return [$pinned_data,[@gene_data]];
875 :     }
876 :    
877 :     sub split_loc {
878 :     my($loc) = @_;
879 :    
880 :     if ($loc && ($loc =~ /^(.*:)?(\S+)_(\d+)_(\d+)$/))
881 :     {
882 :     return ($2,$3,$4);
883 :     }
884 :     die "bad_loc: $loc";
885 :     }
886 :    
887 :     sub split_new_loc {
888 :     my($loc) = @_;
889 :    
890 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
891 :     {
892 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
893 :     if ($strand eq "+")
894 :     {
895 :     return ($contig,$beg,$beg+$ln-1);
896 :     }
897 :     else
898 :     {
899 :     return ($contig,$beg,$beg-($ln-1));
900 :     }
901 :     }
902 :     die "bad_loc: $loc";
903 :     }
904 :    
905 :     sub in_bounds {
906 :     my($min,$max,$x) = @_;
907 :    
908 :     if ($x < $min) { return $min }
909 :     elsif ($x > $max) { return $max }
910 :     else { return $x }
911 :     }
912 :    
913 :     sub decr_coords {
914 :     my($genes,$min) = @_;
915 :     my($gene);
916 :    
917 :     foreach $gene (@$genes) {
918 :     $gene->[0] -= $min;
919 :     $gene->[1] -= $min;
920 :     }
921 :     return $genes;
922 :     }
923 :    
924 :     sub function_hash {
925 :     my($sapObject,$seedV,$map_data) = @_;
926 :    
927 :     my $functionH = {};
928 :     my $gene_data = $map_data->[0]->[1];
929 :     foreach my $tuple (@$gene_data)
930 :     {
931 :     my $fid = $tuple->[0];
932 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
933 :     $functionH->{$fid} = $func;
934 :     }
935 :    
936 :     my $i;
937 :     my @ids = ();
938 :     for ($i=1; ($i < @$map_data); $i++)
939 :     {
940 :     $gene_data = $map_data->[$i]->[1];
941 :     push(@ids,map { $_->[0] } @$gene_data);
942 :     }
943 :    
944 :     my $fH = $sapObject->ids_to_functions( -ids => \@ids);
945 :     while (my($id,$func) = each(%$fH))
946 :     {
947 :     $functionH->{$id} = $func;
948 :     }
949 :     return $functionH;
950 :     }
951 :    
952 :     sub flip_map {
953 :     my($genes,$min,$max) = @_;
954 :     my($gene);
955 :    
956 :     foreach $gene (@$genes) {
957 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
958 :     if ($gene->[2] eq "rightArrow") { $gene->[2] = "leftArrow" }
959 :     elsif ($gene->[2] eq "leftArrow") { $gene->[2] = "rightArrow" }
960 :     }
961 :     return $genes;
962 :     }
963 :    
964 : overbeek 1.4
965 : overbeek 1.1 sub set_colors {
966 :     my($red_peg,$map_data) = @_;
967 :    
968 :     my %colors;
969 :     foreach my $map (@$map_data)
970 :     {
971 :     my $genes = $map->[1];
972 :     foreach $_ (@$genes)
973 :     {
974 :     if ($_->[4])
975 :     {
976 :     $colors{$_->[4]}++;
977 :     }
978 :     }
979 :     }
980 :     my @by_occ = sort { $colors{$b} <=> $colors{$a} } keys(%colors);
981 :     my $i;
982 :     my %to_color;
983 :     for ($i=1; ($i <= @by_occ); $i++)
984 :     {
985 :     $to_color{$by_occ[$i-1]} = "color$i";
986 :     }
987 :     $to_color{$red_peg} = "red";
988 :     foreach my $map (@$map_data)
989 :     {
990 :     my $genes = $map->[1];
991 :     foreach $_ (@$genes)
992 :     {
993 :     if ($_->[4])
994 :     {
995 :     $_->[4] = $to_color{$_->[4]};
996 :     }
997 :     else
998 :     {
999 :     $_->[4] = 'grey';
1000 :     }
1001 :     }
1002 :     }
1003 :     }
1004 :    
1005 : overbeek 1.6 sub fix_ss {
1006 :     my($ss) = @_;
1007 :    
1008 :     $ss =~ s/_/ /g;
1009 :     return $ss;
1010 :     }

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