[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.7 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :     use SeedHTML;
20 :     use strict;
21 :     use SeedEnv;
22 :     use SeedV;
23 :     use ProtSims;
24 :     use GenoGraphics;
25 :    
26 :     use CGI;
27 :     my $cgi = new CGI;
28 :    
29 :     if (0)
30 :     {
31 :     my $VAR1;
32 :     eval(join("",`cat /tmp/sgv_parms`));
33 :     $cgi = $VAR1;
34 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
35 :     }
36 :    
37 :     if (0)
38 :     {
39 :     print $cgi->header;
40 :     my @params = $cgi->param;
41 :     print "<pre>\n";
42 :     foreach $_ (@params)
43 :     {
44 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
45 :     }
46 :    
47 :     if (0)
48 :     {
49 :     if (open(TMP,">/tmp/sgv_parms"))
50 :     {
51 :     print TMP &Dumper($cgi);
52 :     close(TMP);
53 :     }
54 :     }
55 :     exit;
56 :     }
57 :    
58 :     my $html = [];
59 :     unshift @$html, "<TITLE>Simple Genome Viewer</TITLE>\n";
60 :    
61 :     my $dir = $cgi->param('dir');
62 :     if ((! $dir) || ($dir !~ /\d+\.\d+$/))
63 :     {
64 :     push(@$html,$cgi->h2('You must set dir= to a SEED-format genome directory with a path ending in the genome ID'));
65 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
66 :     exit;
67 :     }
68 :    
69 :     my $request = $cgi->param('request');
70 :     if (! $request)
71 :     {
72 :     &start_computing_reference_genome_set($cgi,$dir,$html);
73 :     &make_subsystem_index($cgi,$html,$dir);
74 :     &basic_query($cgi,$html);
75 :     }
76 :     elsif ($request eq 'basic')
77 :     {
78 :     &basic_query($cgi,$html);
79 :     }
80 :     elsif ($request eq 'id')
81 :     {
82 :     &process_id($cgi,$html);
83 :     }
84 :     elsif ($request eq 'features')
85 :     {
86 :     &process_feature_search($cgi,$html);
87 :     }
88 :     elsif ($request eq 'feature')
89 :     {
90 :     &process_feature_display($cgi,$html);
91 :     }
92 :     elsif ($request eq 'subsystems')
93 :     {
94 :     &process_subsystems_search($cgi,$html);
95 :     }
96 :     elsif ($request eq 'peg2subsystems')
97 :     {
98 :     &process_peg2subsystems_search($cgi,$html);
99 :     }
100 :     elsif ($request eq 'compare')
101 :     {
102 :     &comparison($cgi,$html);
103 :     }
104 :     elsif ($request eq 'corresponding')
105 :     {
106 :     &process_corr_search($cgi,$html);
107 :     }
108 :     elsif ($request =~ 'query_only')
109 :     {
110 :     &process_query_only_search($cgi,$html);
111 :     }
112 :     elsif ($request eq 'reference_only')
113 :     {
114 :     &process_ref_only_search($cgi,$html);
115 :     }
116 :    
117 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
118 :    
119 :    
120 :     sub make_subsystem_index {
121 :     my($cgi,$html,$dir) = @_;
122 :    
123 : overbeek 1.6 my %ss = map { chomp; my($subsys,$var) = split(/\t/,$_); (($var ne "-1") && ($var ne 0)) ? (&fix_ss($subsys) => $var) : () }
124 : overbeek 1.1 `cat $dir/Subsystems/subsystems`;
125 :    
126 :     my $sapObject = SAPserver->new;
127 :     my $ssH = $sapObject->classification_of( -ids => [keys(%ss)]);
128 :     open(INDEX,"| sort > $dir/Subsystems/subsystems.index") || die "could not open $dir/Subsystems/subsystems.index";
129 :     foreach $_ (`cat $dir/Subsystems/bindings`)
130 :     {
131 :     chomp;
132 :     my($subsys,$role,$peg) = split(/\t/,$_);
133 : overbeek 1.6 $subsys = &fix_ss($subsys);
134 : overbeek 1.3 if ($ss{$subsys})
135 :     {
136 :     my $class = ($_ = $ssH->{$subsys}) ? join("; ",@$_) : "";
137 :     print INDEX join("\t",($class,$subsys,$role,$ss{$subsys},$peg)),"\n";
138 :     }
139 : overbeek 1.1 }
140 :     close(INDEX);
141 :     }
142 :    
143 :     sub id_search_form {
144 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
145 :    
146 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
147 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
148 : overbeek 1.1 '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',
149 :     $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),
150 :     $cgi->submit('go'),
151 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'id', -override => 1),
152 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
153 :     $cgi->end_form,
154 :     $cgi->hr,$cgi->hr);
155 :     }
156 :    
157 :     sub start_computing_reference_genome_set {
158 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
159 :    
160 :     if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")
161 :     {
162 : parrello 1.7 my $rc = system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";
163 : overbeek 1.1 }
164 :     }
165 :    
166 :     sub basic_query {
167 :     my($cgi,$html) = @_;
168 :    
169 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
170 :     my $dir = $cgi->param('dir');
171 :    
172 :     &id_search_form($cgi,$dir,$html);
173 :    
174 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
175 : overbeek 1.1 '<b>Query Features in Genome</b>: ',
176 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
177 :     $cgi->submit('go'),
178 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'features', -override => 1),
179 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
180 :     $cgi->end_form,
181 :     $cgi->hr,
182 :    
183 : parrello 1.7 $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
184 : overbeek 1.1 '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',
185 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
186 :     $cgi->submit('go'),
187 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'subsystems', -override => 1),
188 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
189 :     $cgi->end_form,
190 :     $cgi->hr
191 :     );
192 :    
193 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
194 : overbeek 1.6 my @refG;
195 :     if (opendir(CACHE,$cache))
196 :     {
197 :     @refG = map { ((-s "$cache/$_") && ($_ =~ /^(\d+\.\d+$)/)) ? $1 : () } readdir(CACHE);
198 :     closedir(CACHE);
199 :     }
200 :     else
201 :     {
202 :     @refG = ();
203 :     }
204 : overbeek 1.1
205 :     if (@refG > 0)
206 :     {
207 :     my $sapObject = SAPserver->new();
208 :     my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);
209 :    
210 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
211 : overbeek 1.1 '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',
212 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'reference',
213 :     -values => $refG,
214 :     -labels => $labels,
215 :     -size => 4),
216 :     $cgi->submit('go'),
217 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => "compare", -override => 1),
218 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
219 :     $cgi->end_form
220 :     );
221 :     }
222 :     }
223 :    
224 :     sub build_labels {
225 :     my($genomes,$sapObject) = @_;
226 :    
227 :     my $genomesH = $sapObject->all_genomes(-complete => 1);
228 :     my $metricsH = $sapObject->genome_metrics(-ids => $genomes);
229 :     my %labels = map { my($contigs,$sz) = @{$metricsH->{$_}};
230 :     my $lab = $genomesH->{$_} . " ($_): $sz bp, $contigs contigs";
231 :     $_ => $lab
232 :     }
233 :     @$genomes;
234 :    
235 :     my @genomes = sort { lc($labels{$a}) cmp lc($labels{$b}) } @$genomes;
236 :    
237 :     return (\@genomes,\%labels);
238 :     }
239 :    
240 :     sub process_feature_search {
241 :     my($cgi,$html) = @_;
242 :    
243 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
244 :     my $dir = $cgi->param('dir');
245 :     my $file = "$dir/assigned_functions";
246 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
247 :     &format_function_table($cgi,$html,\@hits);
248 :     }
249 :    
250 :     sub process_subsystems_search {
251 :     my($cgi,$html) = @_;
252 :    
253 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
254 :     my $dir = $cgi->param('dir');
255 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
256 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
257 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
258 :     }
259 :    
260 :     sub process_peg2subsystems_search {
261 :     my($cgi,$html) = @_;
262 :    
263 :     my $peg = $cgi->param('peg');
264 :     my $dir = $cgi->param('dir');
265 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
266 :     my %subs = map { $_->[1] => 1 } &process_index($file,$peg);
267 :     my @hits = sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2])
268 :     or &SeedUtils::by_fig_id($a->[4],$b->[4]) }
269 :     map { chop; [split(/\t/,$_)] }
270 :     grep { ($_ =~ /^[^\t]*\t([^\t]+)/) && $subs{$1} }
271 :     `cat $file`;
272 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
273 :     }
274 :    
275 :     sub comparison {
276 :     my($cgi,$html) = @_;
277 :    
278 :     my $refG = $cgi->param('reference');
279 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
280 :     my $dir = $cgi->param('dir');
281 : parrello 1.7 push(@$html,$cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
282 : overbeek 1.1 '<b>Corresponding Features</b>: ',
283 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
284 :     $cgi->submit('go'),
285 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'corresponding', -override => 1),
286 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
287 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
288 :     $cgi->end_form,
289 :     $cgi->hr,
290 :    
291 : parrello 1.7 $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
292 : overbeek 1.1 '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',
293 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
294 :     $cgi->submit('go'),
295 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'query_only', -override => 1),
296 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
297 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
298 :     $cgi->end_form,
299 :     $cgi->hr,
300 :    
301 : parrello 1.7 $cgi->start_form(), # -action => "sgv.cgi"),
302 : overbeek 1.1 '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',
303 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
304 :     $cgi->submit('go'),
305 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'reference_only', -override => 1),
306 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
307 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
308 :     $cgi->end_form,
309 :     $cgi->hr
310 :     );
311 :     }
312 :    
313 :     sub process_corr_search {
314 :     my($cgi,$html) = @_;
315 :    
316 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
317 :     my $dir = $cgi->param('dir');
318 :     my $refG = $cgi->param('reference');
319 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
320 : overbeek 1.1 my $genome = $cgi->param('genome');
321 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
322 :     my @corr = sort { &SeedUtils::by_fig_id($a->[0],$b->[0]) }
323 :     map { chomp; [split(/\t/,$_)] } `cat $file`;
324 :    
325 :     my @genes = map { ($_->[0],$_->[1]) } @corr;
326 :     my $col_headings = ['PEG','Function','reference','Reference Function','P-sc',
327 :     'BBH','Context-Matches','AliasesR'];
328 :     my $tab = [];
329 :     foreach my $entry (@corr)
330 :     {
331 :     my($pegG,$pegR,$n_context,undef,$funcG,$funcR,$aliasesG,$aliasesR,$bbh,undef,$psc) = @$entry;
332 :    
333 :     push(@$tab,[&peg_link($cgi,$pegG),$funcG,&ref_peg_link($cgi,$pegR),$funcR,
334 :     $psc,$bbh,$n_context,$aliasesR]);
335 :     }
336 :     my $filtered = &filter_tab_entries($tab,$pattern);
337 : overbeek 1.5 push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_headings,$filtered,"Correspondences with $refGgs"));
338 : overbeek 1.1 }
339 :    
340 :     sub process_query_only_search {
341 :     my($cgi,$html) = @_;
342 :    
343 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
344 :     my $dir = $cgi->param('dir');
345 :     my $refG = $cgi->param('reference');
346 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
347 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
348 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
349 :     my %in_corr = map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
350 :    
351 :     my @to_show = grep { ! $in_corr{$_} }
352 :     map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 }
353 :     `cut -f1 $dir/Features/peg/tbl`;
354 :     my %functionsH = map { $_ =~ /^(\S+)\t(\S.*\S)/; $1 => $2 } `cat $dir/assigned_functions`;
355 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
356 :     my @tab = map { [&peg_link($cgi,$_),$functionsH{$_} ? $functionsH{$_} : ""] }
357 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
358 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
359 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
360 :     {
361 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Missing in Reference Genome $refGgs"));
362 :     }
363 :     else
364 :     {
365 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in the Given Genome'));
366 :     }
367 : overbeek 1.1 }
368 :    
369 :     sub process_ref_only_search {
370 :     my($cgi,$html) = @_;
371 :    
372 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
373 :     my $dir = $cgi->param('dir');
374 :     my $refG = $cgi->param('reference');
375 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
376 :    
377 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
378 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
379 :    
380 :     my %in_ref = map { $_ =~ /^\S+\t(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
381 :    
382 :     my $sapObject = SAPserver->new();
383 :     my $genomeH = $sapObject->all_features(-ids => [$refG], -type => 'peg');
384 :     my @to_show = grep { ! $in_ref{$_} } @{$genomeH->{$refG}};
385 :    
386 :     my $functionsH = $sapObject->ids_to_functions(-ids => \@to_show);
387 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
388 :     my @tab = map { [&ref_peg_link($cgi,$_),$functionsH->{$_} ? $functionsH->{$_} : ""] }
389 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
390 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
391 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
392 :     {
393 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Present Only in Reference Genome $refGgs"));
394 :     }
395 :     else
396 :     {
397 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in $refGgs'));
398 :     }
399 :     }
400 :    
401 :     sub genus_species {
402 :     my($g) = @_;
403 :    
404 :     my $sapO = SAPserver->new;
405 :     my $gH = $sapO->genome_names( -ids => $g);
406 :     return $gH->{$g};
407 : overbeek 1.1 }
408 :    
409 :     sub process_index {
410 :     my($file,$pattern) = @_;
411 :    
412 :     my @lines = `cat $file`;
413 :     if ( ! $pattern)
414 :     {
415 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
416 :     }
417 :     elsif ($pattern =~ /^\s*\/(.*)\/\s*$/)
418 :     {
419 :     return &perl_patmatch(\@lines,$1);
420 :     }
421 :     else
422 :     {
423 :     return &substr_match(\@lines,$pattern);
424 :     }
425 :     }
426 :    
427 :     sub perl_patmatch {
428 :     my($lines,$pat) = @_;
429 :    
430 :     my @lines = grep { $_ =~ /$pat/i } @$lines;
431 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
432 :     }
433 :    
434 :     sub substr_match {
435 :     my($lines,$pat) = @_;
436 :    
437 :     $pat =~ s/^\s+//;
438 :     $pat =~ s/\s+$//;
439 :     my @words = split(/\s+/,$pat);
440 :     my @lines = @$lines;
441 :     foreach my $word (@words)
442 :     {
443 :     @lines = grep { &matchword($word,$_) } @lines;
444 :     }
445 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
446 :     }
447 :    
448 :     sub matchword {
449 :     my($word,$str) = @_;
450 :    
451 :     my $wordL = lc $word;
452 :     my $strL = lc $str;
453 :     if (index($strL,$wordL) >= 0)
454 :     {
455 :     if ($wordL =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/i)
456 :     {
457 :     my $wordQ = quotemeta $wordL;
458 :     return ($strL =~ /$wordQ\b/);
459 :     }
460 :     return 1;
461 :     }
462 :     return 0;
463 :     }
464 :    
465 :     sub format_function_table {
466 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
467 :    
468 :     my $col_hdrs = ['ID','Type','Function','Psi-blast','Subsystems'];
469 :     my $tab = [];
470 :    
471 :     foreach my $entry (@$entries)
472 :     {
473 :     my($fid,$function) = @$entry;
474 :     $fid =~ /fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)\.\d+$/;
475 :     my $type = $1;
476 :     if ($type eq "peg")
477 :     {
478 :     push(@$tab,[
479 :     &comp_reg_link($fid,$cgi),
480 :     'peg',
481 :     $function,
482 :     &psi_blast_link($fid),
483 :     &subsys_link($cgi,$fid)
484 :     ]);
485 :     }
486 :     else
487 :     {
488 :     push(@$tab,[$fid,$type,$function,"",""]);
489 :     }
490 :     }
491 :    
492 :     if (@$tab > 0)
493 :     {
494 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Features"));
495 :     }
496 :     else
497 :     {
498 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
499 :     }
500 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
501 :     }
502 :    
503 :     sub format_subsystems_table {
504 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
505 :    
506 :     my $col_hdrs = ['Classification','Subsystem','Role','Variant','PEG'];
507 :     my $tab = [];
508 :    
509 :     foreach my $entry (@$entries)
510 :     {
511 :     my($class,$subsys,$role,$variant,$peg) = @$entry;
512 :     push(@$tab,[
513 :     $class,
514 : overbeek 1.6 &fix_ss($subsys),
515 : overbeek 1.1 $role,
516 :     $variant,
517 :     &peg_link($cgi,$peg)
518 :     ]);
519 :     }
520 :     if (@$tab > 0)
521 :     {
522 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsystems"));
523 :     }
524 :     else
525 :     {
526 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
527 :     }
528 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
529 :     }
530 :    
531 : overbeek 1.4 sub url_to_new {
532 :     my($cgi,$fid) = @_;
533 :    
534 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
535 :     my $dir = $cgi->param('dir');
536 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$fid";
537 :     return $url;
538 :     }
539 :    
540 :     sub url_to_sv {
541 :     my($cgi,$fid) = @_;
542 :    
543 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
544 :     my $dir = $cgi->param('dir');
545 :     return $cgi->url() . "?request=feature&fid=$fid&dir=$dir";
546 :     }
547 : overbeek 1.1
548 :     sub comp_reg_link {
549 :     my($peg,$cgi) = @_;
550 :    
551 :     my $target = "target.$$";
552 :     my $dir = $cgi->param('dir');
553 :     my $url = $cgi->url() . "?request=feature&fid=$peg&dir=$dir";
554 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
555 :     }
556 :    
557 :     sub psi_blast_link {
558 :     my($peg) = @_;
559 :    
560 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/protein.cgi?prot=$peg&request=use_protein_tool&tool=Psi-Blast";
561 :     my $target = "target.$$";
562 :     return "<a target=$target href=$url>Psi</a>";
563 :     }
564 :    
565 :     sub ach_link {
566 :     my($cgi,$peg) = @_;
567 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$peg";
568 :     my $target = "target.$$";
569 :     return "<a target=$target href=$url>ACH</a>";
570 :     }
571 :    
572 :     sub subsys_link {
573 :     my($cgi,$peg) = @_;
574 :    
575 :     my $dir = $cgi->param('dir');
576 :     my $url = $cgi->url() . "?request=peg2subsystems&dir=$dir&peg=$peg";
577 :     my $target = "target.$$";
578 :     return "<a target=$target href=$url>sub</a>";
579 :     }
580 :    
581 :     sub peg_link {
582 :     my($cgi,$peg) = @_;
583 :    
584 :     my $dir = $cgi->param('dir');
585 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$peg";
586 :     my $target = "target.$$";
587 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
588 :     }
589 :    
590 :     sub ref_peg_link {
591 :     my($cgi,$peg) = @_;
592 :    
593 :    
594 :     my $target = "target.$$";
595 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg";
596 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
597 :     }
598 :    
599 :     sub query_link {
600 :     my($cgi) = @_;
601 :    
602 :     my $dir = $cgi->param('dir');
603 :     my $url = $cgi->url() . "?request=basic&dir=$dir";
604 :     return "<a href=$url>Basic Query Form</a>";
605 :     }
606 :    
607 :     sub filter_tab_entries {
608 :     my($tab,$pattern) = @_;
609 :    
610 :     if (! $pattern) { return $tab }
611 :    
612 :     my $filtered = [];
613 :     foreach my $entry (@$tab)
614 :     {
615 :     my @tmp = &substr_match([join("\t",@$entry)],$pattern);
616 :     if (@tmp > 0)
617 :     {
618 :     push(@$filtered,$entry);
619 :     }
620 :     }
621 :     return $filtered;
622 :     }
623 :    
624 :     sub process_id {
625 :     my($cgi,$html) = @_;
626 :    
627 :     my $id = $cgi->param('id');
628 :     if ($id =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
629 :     {
630 :     my $peg = $1;
631 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg");
632 :     exit;
633 :     }
634 :     elsif ($id =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
635 :     {
636 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$1");
637 :     exit;
638 :     }
639 :     else
640 :     {
641 :     push(@$html,$cgi->h2('Invalid request'));
642 :     }
643 :     }
644 :    
645 :     sub process_feature_display {
646 :     my($cgi,$html) = @_;
647 :    
648 :     my $dir = $cgi->param('dir');
649 :     my $seedV = SeedV->new($dir);
650 :     my $sapObject = SAPserver->new();
651 :    
652 :     my $fid = $cgi->param('fid');
653 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
654 :     my $loc = $seedV->feature_location($fid);
655 :     my $dna_seq = $seedV->dna_seq($loc);
656 :    
657 :     my ($contig,$beg,$end);
658 :     if ($loc =~ /^(\S+)_(\d+)_(\d+)$/)
659 :     {
660 :     ($contig,$beg,$end) = ($1,$2,$3);
661 :     $loc = "contig: $1, from $2 to $3"
662 :     }
663 :     push(@$html,$cgi->h1("Feature: $fid"),$cgi->h2("Function: $func"),$cgi->h3("Location: $loc"));
664 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$dna_seq);
665 :    
666 :     if (($fid =~ /\.peg\.\d+$/) && $contig)
667 :     {
668 :     my $pseq = $seedV->get_translation($fid);
669 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$pseq);
670 :     &push_compare_regions($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end);
671 :     }
672 :     }
673 :    
674 :     sub push_seq {
675 :     my($cgi,$html,$id,$pseq) = @_;
676 :    
677 :     push(@$html,"<pre>\n>$id\n");
678 :     my $i;
679 :     for ($i=0; ($i < length($pseq)); $i += 60)
680 :     {
681 :     my $piece = ($i < (length($pseq) - 60)) ? substr($pseq,$i,60) : substr($pseq,$i);
682 :     push(@$html,"$piece\n");
683 :     }
684 :     push(@$html,"</pre>\n");
685 :     }
686 :    
687 :     sub push_compare_regions {
688 :     my($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end) = @_;
689 :    
690 : overbeek 1.6 my $mid = int(($beg+$end)/2);
691 :     my $min = ($beg < $end) ? ($mid - 4000) : $mid - 4000;
692 :     my $max = ($beg < $end) ? ($mid + 4000) : $mid + 4000;
693 :    
694 : overbeek 1.1 my ($genes,$minV,$maxV) = $seedV->genes_in_region($contig,$min,$max);
695 :     my %genesG = map { ($_ => 1 ) } @$genes;
696 :     my %locsG = map { $_ => $seedV->feature_location($_) } @$genes;
697 :    
698 :     my $dir = $cgi->param('dir');
699 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
700 :     my %connected;
701 :     my %color; # note that for simplicity, I am using peg ids in the given genome as symbolic colors
702 :    
703 :     foreach $_ (`cat $cache/* | cut -f1,2`)
704 :     {
705 :     if (($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)/) && $genesG{$1})
706 :     {
707 :     push(@{$connected{$1}},$2);
708 :     $color{$2} = $1;
709 :     }
710 :     }
711 :    
712 :     my $pinned = $connected{$fid};
713 :     my $locH = {};
714 :     if ($pinned)
715 :     {
716 :     my $pinLocH = $sapObject->fid_locations( -boundaries => 1, -ids => $pinned);
717 :     my @locations = map { &format_location($pinLocH->{$_}) } keys(%$pinLocH);
718 :     $locH = $sapObject->genes_in_region( -locations => \@locations, -includeLocation => 1);
719 :     }
720 :     # print &Dumper(\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color);
721 : overbeek 1.4 my @x = @{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)};
722 :     # print STDERR &Dumper(\@x); die "aborted";
723 :     push(@$html,@{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)});
724 : overbeek 1.1 }
725 :    
726 :     sub format_location {
727 :     my($loc) = @_;
728 :    
729 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
730 :     {
731 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
732 :    
733 :     my($min,$max);
734 :     if ($strand eq "+")
735 :     {
736 :     $min = &SeedUtils::max(1,$beg-4000);
737 :     $max = $beg+$ln+4000;
738 :     }
739 :     else
740 :     {
741 : overbeek 1.6 $min = &SeedUtils::max(1,$beg-($ln+4000));
742 : overbeek 1.1 $max = $beg + 4000;
743 :     }
744 :     return "$genome:$contig\_$min\_$max";
745 :     }
746 :     else
747 :     {
748 :     die "bad location: $loc";
749 :     }
750 :     }
751 :    
752 :     sub build_maps {
753 : overbeek 1.4 my($seedV,$sapObject,$pegG,$genesG,$locsG,$pinned,$locH,$color,$cgi) = @_;
754 : overbeek 1.1
755 :    
756 :     my @genome_ids = map { &SeedUtils::genome_of($_) } @$pinned;
757 :     my $genomeH = $sapObject->genome_names( -ids => \@genome_ids);
758 :     #
759 :     # first, compute a list of what we use to build each map. This will include
760 :     #
761 :     # [pinned_gene, Contig,Beg,End,GenusSpecies]]
762 :     # [[gene,Contig,Beg,End,color],...] sorted in order
763 :     #
764 :     my @map_data = ();
765 :     push(@map_data,&data_for_given_genome($pegG,$genesG,$locsG,$seedV));
766 :    
767 :     foreach my $pegR (@$pinned)
768 :     {
769 :     push(@map_data,&data_for_pinned($pegR,$locH,$color,$genomeH));
770 :     }
771 :     &set_colors($pegG,\@map_data);
772 : overbeek 1.4
773 : overbeek 1.1 my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);
774 :    
775 :     my $gg = [];
776 : overbeek 1.6 my $sz_region = 8500;
777 : overbeek 1.1
778 :     foreach my $map_set (@map_data)
779 :     {
780 :     my($pin_data,$gene_data) = @$map_set;
781 :     my($peg,$contig,$beg,$end,$genus_species) = @$pin_data;
782 :    
783 :     if ($contig && $beg && $end) {
784 :     my $mid = int(($beg + $end) / 2);
785 :     my $min = int($mid - ($sz_region / 2));
786 :     my $max = int($mid + ($sz_region / 2));
787 :     my $genes = [];
788 :     foreach my $entry (@$gene_data)
789 :     {
790 :     my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;
791 : parrello 1.7 $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
792 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
793 : overbeek 1.1 my $function = $functionH->{$fid1};
794 : overbeek 1.4 if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
795 : overbeek 1.1 my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
796 :     "<b>Contig:</b> $contig1",
797 :     "<b>Begin:</b> $beg1",
798 :     "<b>End:</b> $end1",
799 :     $function ? "<b>Function:</b> $function" : ()
800 :     );
801 :    
802 :     my $shape = "Rectangle";
803 :     if (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 < $end1)) { $shape = "rightArrow" }
804 :     elsif (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 > $end1)) { $shape = "leftArrow" }
805 :    
806 : overbeek 1.4 my $gene_entry = [&min($beg1,$end1),
807 :     &max($beg1,$end1),
808 :     $shape,
809 :     ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
810 :     undef,,
811 :     (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
812 :     $info
813 :     ];
814 :    
815 :     push(@$genes,$gene_entry);
816 : overbeek 1.1 }
817 :    
818 :     # Sequence title can be replaced by [ title, url, popup_text, menu, popup_title ]
819 :    
820 :     my $desc = "Genome: $genus_species<br />Contig: $contig";
821 :     my $map = [ [ SeedUtils::abbrev( $genus_species ), undef, $desc, undef, 'Contig' ],
822 :     0,
823 :     $max+1 - $min,
824 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)
825 :     ];
826 :    
827 :     push(@$gg,$map);
828 :     }
829 :     }
830 :    
831 :     &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
832 :     return &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2);
833 :     }
834 :    
835 :     sub data_for_given_genome {
836 :     my($peg,$pegs,$locs,$seedV) = @_;
837 :    
838 :     my @gene_data = ();
839 :     foreach my $peg1 (keys(%$pegs))
840 :     {
841 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);
842 :     }
843 : parrello 1.7 @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
844 : overbeek 1.1 return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];
845 :     }
846 :    
847 :     sub data_for_pinned {
848 :     my($peg,$locH,$color,$genomeH) = @_;
849 :    
850 :     my $genome = &SeedUtils::genome_of($peg);
851 :     my @tmp = grep { $locH->{$_}->{$peg} } keys(%$locH);
852 :     my $locH1 = $locH->{$tmp[0]};
853 :     my $pinned_data = [$peg,&split_new_loc($locH1->{$peg}->[0]),$genomeH->{&SeedUtils::genome_of($peg)}];
854 :     my @gene_data = ();
855 :     foreach my $peg1 (keys(%$locH1))
856 :     {
857 :     # print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";
858 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);
859 :     }
860 : parrello 1.7 @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
861 : overbeek 1.1 return [$pinned_data,[@gene_data]];
862 :     }
863 :    
864 :     sub split_loc {
865 :     my($loc) = @_;
866 :    
867 :     if ($loc && ($loc =~ /^(.*:)?(\S+)_(\d+)_(\d+)$/))
868 :     {
869 :     return ($2,$3,$4);
870 :     }
871 :     die "bad_loc: $loc";
872 :     }
873 :    
874 :     sub split_new_loc {
875 :     my($loc) = @_;
876 :    
877 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
878 :     {
879 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
880 :     if ($strand eq "+")
881 :     {
882 :     return ($contig,$beg,$beg+$ln-1);
883 :     }
884 :     else
885 :     {
886 :     return ($contig,$beg,$beg-($ln-1));
887 :     }
888 :     }
889 :     die "bad_loc: $loc";
890 :     }
891 :    
892 :     sub in_bounds {
893 :     my($min,$max,$x) = @_;
894 :    
895 :     if ($x < $min) { return $min }
896 :     elsif ($x > $max) { return $max }
897 :     else { return $x }
898 :     }
899 :    
900 :     sub decr_coords {
901 :     my($genes,$min) = @_;
902 :     my($gene);
903 :    
904 :     foreach $gene (@$genes) {
905 :     $gene->[0] -= $min;
906 :     $gene->[1] -= $min;
907 :     }
908 :     return $genes;
909 :     }
910 :    
911 :     sub function_hash {
912 :     my($sapObject,$seedV,$map_data) = @_;
913 :    
914 :     my $functionH = {};
915 :     my $gene_data = $map_data->[0]->[1];
916 :     foreach my $tuple (@$gene_data)
917 :     {
918 :     my $fid = $tuple->[0];
919 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
920 :     $functionH->{$fid} = $func;
921 :     }
922 :    
923 :     my $i;
924 :     my @ids = ();
925 :     for ($i=1; ($i < @$map_data); $i++)
926 :     {
927 :     $gene_data = $map_data->[$i]->[1];
928 :     push(@ids,map { $_->[0] } @$gene_data);
929 :     }
930 :    
931 :     my $fH = $sapObject->ids_to_functions( -ids => \@ids);
932 :     while (my($id,$func) = each(%$fH))
933 :     {
934 :     $functionH->{$id} = $func;
935 :     }
936 :     return $functionH;
937 :     }
938 :    
939 :     sub flip_map {
940 :     my($genes,$min,$max) = @_;
941 :     my($gene);
942 :    
943 :     foreach $gene (@$genes) {
944 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
945 :     if ($gene->[2] eq "rightArrow") { $gene->[2] = "leftArrow" }
946 :     elsif ($gene->[2] eq "leftArrow") { $gene->[2] = "rightArrow" }
947 :     }
948 :     return $genes;
949 :     }
950 :    
951 : overbeek 1.4
952 : overbeek 1.1 sub set_colors {
953 :     my($red_peg,$map_data) = @_;
954 :    
955 :     my %colors;
956 :     foreach my $map (@$map_data)
957 :     {
958 :     my $genes = $map->[1];
959 :     foreach $_ (@$genes)
960 :     {
961 :     if ($_->[4])
962 :     {
963 :     $colors{$_->[4]}++;
964 :     }
965 :     }
966 :     }
967 :     my @by_occ = sort { $colors{$b} <=> $colors{$a} } keys(%colors);
968 :     my $i;
969 :     my %to_color;
970 :     for ($i=1; ($i <= @by_occ); $i++)
971 :     {
972 :     $to_color{$by_occ[$i-1]} = "color$i";
973 :     }
974 :     $to_color{$red_peg} = "red";
975 :     foreach my $map (@$map_data)
976 :     {
977 :     my $genes = $map->[1];
978 :     foreach $_ (@$genes)
979 :     {
980 :     if ($_->[4])
981 :     {
982 :     $_->[4] = $to_color{$_->[4]};
983 :     }
984 :     else
985 :     {
986 :     $_->[4] = 'grey';
987 :     }
988 :     }
989 :     }
990 :     }
991 :    
992 : overbeek 1.6 sub fix_ss {
993 :     my($ss) = @_;
994 :    
995 :     $ss =~ s/_/ /g;
996 :     return $ss;
997 :     }

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