[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.6 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :    
20 :     use SeedHTML;
21 :     use strict;
22 :     use SeedEnv;
23 :     use SeedV;
24 :     use ProtSims;
25 :     use GenoGraphics;
26 :    
27 :     use CGI;
28 :     my $cgi = new CGI;
29 :    
30 :     if (0)
31 :     {
32 :     my $VAR1;
33 :     eval(join("",`cat /tmp/sgv_parms`));
34 :     $cgi = $VAR1;
35 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
36 :     }
37 :    
38 :     if (0)
39 :     {
40 :     print $cgi->header;
41 :     my @params = $cgi->param;
42 :     print "<pre>\n";
43 :     foreach $_ (@params)
44 :     {
45 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
46 :     }
47 :    
48 :     if (0)
49 :     {
50 :     if (open(TMP,">/tmp/sgv_parms"))
51 :     {
52 :     print TMP &Dumper($cgi);
53 :     close(TMP);
54 :     }
55 :     }
56 :     exit;
57 :     }
58 :    
59 :     my $html = [];
60 :     unshift @$html, "<TITLE>Simple Genome Viewer</TITLE>\n";
61 :    
62 :     my $dir = $cgi->param('dir');
63 :     if ((! $dir) || ($dir !~ /\d+\.\d+$/))
64 :     {
65 :     push(@$html,$cgi->h2('You must set dir= to a SEED-format genome directory with a path ending in the genome ID'));
66 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
67 :     exit;
68 :     }
69 :    
70 :     my $request = $cgi->param('request');
71 :     if (! $request)
72 :     {
73 :     &start_computing_reference_genome_set($cgi,$dir,$html);
74 :     &make_subsystem_index($cgi,$html,$dir);
75 :     &basic_query($cgi,$html);
76 :     }
77 :     elsif ($request eq 'basic')
78 :     {
79 :     &basic_query($cgi,$html);
80 :     }
81 :     elsif ($request eq 'id')
82 :     {
83 :     &process_id($cgi,$html);
84 :     }
85 :     elsif ($request eq 'features')
86 :     {
87 :     &process_feature_search($cgi,$html);
88 :     }
89 :     elsif ($request eq 'feature')
90 :     {
91 :     &process_feature_display($cgi,$html);
92 :     }
93 :     elsif ($request eq 'subsystems')
94 :     {
95 :     &process_subsystems_search($cgi,$html);
96 :     }
97 :     elsif ($request eq 'peg2subsystems')
98 :     {
99 :     &process_peg2subsystems_search($cgi,$html);
100 :     }
101 :     elsif ($request eq 'compare')
102 :     {
103 :     &comparison($cgi,$html);
104 :     }
105 :     elsif ($request eq 'corresponding')
106 :     {
107 :     &process_corr_search($cgi,$html);
108 :     }
109 :     elsif ($request =~ 'query_only')
110 :     {
111 :     &process_query_only_search($cgi,$html);
112 :     }
113 :     elsif ($request eq 'reference_only')
114 :     {
115 :     &process_ref_only_search($cgi,$html);
116 :     }
117 :    
118 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
119 :    
120 :    
121 :     sub make_subsystem_index {
122 :     my($cgi,$html,$dir) = @_;
123 :    
124 : overbeek 1.6 my %ss = map { chomp; my($subsys,$var) = split(/\t/,$_); (($var ne "-1") && ($var ne 0)) ? (&fix_ss($subsys) => $var) : () }
125 : overbeek 1.1 `cat $dir/Subsystems/subsystems`;
126 :    
127 :     my $sapObject = SAPserver->new;
128 :     my $ssH = $sapObject->classification_of( -ids => [keys(%ss)]);
129 :     open(INDEX,"| sort > $dir/Subsystems/subsystems.index") || die "could not open $dir/Subsystems/subsystems.index";
130 :     foreach $_ (`cat $dir/Subsystems/bindings`)
131 :     {
132 :     chomp;
133 :     my($subsys,$role,$peg) = split(/\t/,$_);
134 : overbeek 1.6 $subsys = &fix_ss($subsys);
135 : overbeek 1.3 if ($ss{$subsys})
136 :     {
137 :     my $class = ($_ = $ssH->{$subsys}) ? join("; ",@$_) : "";
138 :     print INDEX join("\t",($class,$subsys,$role,$ss{$subsys},$peg)),"\n";
139 :     }
140 : overbeek 1.1 }
141 :     close(INDEX);
142 :     }
143 :    
144 :     sub id_search_form {
145 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
146 :    
147 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
148 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
149 :     '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',
150 :     $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),
151 :     $cgi->submit('go'),
152 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'id', -override => 1),
153 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
154 :     $cgi->end_form,
155 :     $cgi->hr,$cgi->hr);
156 :     }
157 :    
158 :     sub start_computing_reference_genome_set {
159 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
160 :    
161 :     if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")
162 :     {
163 :     system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";
164 :     }
165 :     }
166 :    
167 :     sub basic_query {
168 :     my($cgi,$html) = @_;
169 :    
170 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
171 :     my $dir = $cgi->param('dir');
172 :    
173 :     &id_search_form($cgi,$dir,$html);
174 :    
175 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
176 :     '<b>Query Features in Genome</b>: ',
177 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
178 :     $cgi->submit('go'),
179 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'features', -override => 1),
180 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
181 :     $cgi->end_form,
182 :     $cgi->hr,
183 :    
184 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
185 :     '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',
186 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
187 :     $cgi->submit('go'),
188 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'subsystems', -override => 1),
189 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
190 :     $cgi->end_form,
191 :     $cgi->hr
192 :     );
193 :    
194 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
195 : overbeek 1.6 my @refG;
196 :     if (opendir(CACHE,$cache))
197 :     {
198 :     @refG = map { ((-s "$cache/$_") && ($_ =~ /^(\d+\.\d+$)/)) ? $1 : () } readdir(CACHE);
199 :     closedir(CACHE);
200 :     }
201 :     else
202 :     {
203 :     @refG = ();
204 :     }
205 : overbeek 1.1
206 :     if (@refG > 0)
207 :     {
208 :     my $sapObject = SAPserver->new();
209 :     my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);
210 :    
211 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
212 :     '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',
213 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'reference',
214 :     -values => $refG,
215 :     -labels => $labels,
216 :     -size => 4),
217 :     $cgi->submit('go'),
218 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => "compare", -override => 1),
219 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
220 :     $cgi->end_form
221 :     );
222 :     }
223 :     }
224 :    
225 :     sub build_labels {
226 :     my($genomes,$sapObject) = @_;
227 :    
228 :     my $genomesH = $sapObject->all_genomes(-complete => 1);
229 :     my $metricsH = $sapObject->genome_metrics(-ids => $genomes);
230 :     my %labels = map { my($contigs,$sz) = @{$metricsH->{$_}};
231 :     my $lab = $genomesH->{$_} . " ($_): $sz bp, $contigs contigs";
232 :     $_ => $lab
233 :     }
234 :     @$genomes;
235 :    
236 :     my @genomes = sort { lc($labels{$a}) cmp lc($labels{$b}) } @$genomes;
237 :    
238 :     return (\@genomes,\%labels);
239 :     }
240 :    
241 :     sub process_feature_search {
242 :     my($cgi,$html) = @_;
243 :    
244 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
245 :     my $dir = $cgi->param('dir');
246 :     my $file = "$dir/assigned_functions";
247 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
248 :     &format_function_table($cgi,$html,\@hits);
249 :     }
250 :    
251 :     sub process_subsystems_search {
252 :     my($cgi,$html) = @_;
253 :    
254 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
255 :     my $dir = $cgi->param('dir');
256 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
257 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
258 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
259 :     }
260 :    
261 :     sub process_peg2subsystems_search {
262 :     my($cgi,$html) = @_;
263 :    
264 :     my $peg = $cgi->param('peg');
265 :     my $dir = $cgi->param('dir');
266 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
267 :     my %subs = map { $_->[1] => 1 } &process_index($file,$peg);
268 :     my @hits = sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2])
269 :     or &SeedUtils::by_fig_id($a->[4],$b->[4]) }
270 :     map { chop; [split(/\t/,$_)] }
271 :     grep { ($_ =~ /^[^\t]*\t([^\t]+)/) && $subs{$1} }
272 :     `cat $file`;
273 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
274 :     }
275 :    
276 :     sub comparison {
277 :     my($cgi,$html) = @_;
278 :    
279 :     my $refG = $cgi->param('reference');
280 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
281 :     my $dir = $cgi->param('dir');
282 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
283 :     '<b>Corresponding Features</b>: ',
284 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
285 :     $cgi->submit('go'),
286 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'corresponding', -override => 1),
287 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
288 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
289 :     $cgi->end_form,
290 :     $cgi->hr,
291 :    
292 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
293 :     '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',
294 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
295 :     $cgi->submit('go'),
296 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'query_only', -override => 1),
297 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
298 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
299 :     $cgi->end_form,
300 :     $cgi->hr,
301 :    
302 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
303 :     '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',
304 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
305 :     $cgi->submit('go'),
306 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'reference_only', -override => 1),
307 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
308 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
309 :     $cgi->end_form,
310 :     $cgi->hr
311 :     );
312 :     }
313 :    
314 :     sub process_corr_search {
315 :     my($cgi,$html) = @_;
316 :    
317 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
318 :     my $dir = $cgi->param('dir');
319 :     my $refG = $cgi->param('reference');
320 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
321 : overbeek 1.1 my $genome = $cgi->param('genome');
322 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
323 :     my @corr = sort { &SeedUtils::by_fig_id($a->[0],$b->[0]) }
324 :     map { chomp; [split(/\t/,$_)] } `cat $file`;
325 :    
326 :     my @genes = map { ($_->[0],$_->[1]) } @corr;
327 :     my $col_headings = ['PEG','Function','reference','Reference Function','P-sc',
328 :     'BBH','Context-Matches','AliasesR'];
329 :     my $tab = [];
330 :     foreach my $entry (@corr)
331 :     {
332 :     my($pegG,$pegR,$n_context,undef,$funcG,$funcR,$aliasesG,$aliasesR,$bbh,undef,$psc) = @$entry;
333 :    
334 :     push(@$tab,[&peg_link($cgi,$pegG),$funcG,&ref_peg_link($cgi,$pegR),$funcR,
335 :     $psc,$bbh,$n_context,$aliasesR]);
336 :     }
337 :     my $filtered = &filter_tab_entries($tab,$pattern);
338 : overbeek 1.5 push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_headings,$filtered,"Correspondences with $refGgs"));
339 : overbeek 1.1 }
340 :    
341 :     sub process_query_only_search {
342 :     my($cgi,$html) = @_;
343 :    
344 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
345 :     my $dir = $cgi->param('dir');
346 :     my $refG = $cgi->param('reference');
347 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
348 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
349 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
350 :     my %in_corr = map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
351 :    
352 :     my @to_show = grep { ! $in_corr{$_} }
353 :     map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 }
354 :     `cut -f1 $dir/Features/peg/tbl`;
355 :     my %functionsH = map { $_ =~ /^(\S+)\t(\S.*\S)/; $1 => $2 } `cat $dir/assigned_functions`;
356 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
357 :     my @tab = map { [&peg_link($cgi,$_),$functionsH{$_} ? $functionsH{$_} : ""] }
358 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
359 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
360 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
361 :     {
362 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Missing in Reference Genome $refGgs"));
363 :     }
364 :     else
365 :     {
366 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in the Given Genome'));
367 :     }
368 : overbeek 1.1 }
369 :    
370 :     sub process_ref_only_search {
371 :     my($cgi,$html) = @_;
372 :    
373 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
374 :     my $dir = $cgi->param('dir');
375 :     my $refG = $cgi->param('reference');
376 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
377 :    
378 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
379 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
380 :    
381 :     my %in_ref = map { $_ =~ /^\S+\t(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
382 :    
383 :     my $sapObject = SAPserver->new();
384 :     my $genomeH = $sapObject->all_features(-ids => [$refG], -type => 'peg');
385 :     my @to_show = grep { ! $in_ref{$_} } @{$genomeH->{$refG}};
386 :    
387 :     my $functionsH = $sapObject->ids_to_functions(-ids => \@to_show);
388 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
389 :     my @tab = map { [&ref_peg_link($cgi,$_),$functionsH->{$_} ? $functionsH->{$_} : ""] }
390 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
391 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
392 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
393 :     {
394 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Present Only in Reference Genome $refGgs"));
395 :     }
396 :     else
397 :     {
398 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in $refGgs'));
399 :     }
400 :     }
401 :    
402 :     sub genus_species {
403 :     my($g) = @_;
404 :    
405 :     my $sapO = SAPserver->new;
406 :     my $gH = $sapO->genome_names( -ids => $g);
407 :     return $gH->{$g};
408 : overbeek 1.1 }
409 :    
410 :     sub process_index {
411 :     my($file,$pattern) = @_;
412 :    
413 :     my @lines = `cat $file`;
414 :     if ( ! $pattern)
415 :     {
416 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
417 :     }
418 :     elsif ($pattern =~ /^\s*\/(.*)\/\s*$/)
419 :     {
420 :     return &perl_patmatch(\@lines,$1);
421 :     }
422 :     else
423 :     {
424 :     return &substr_match(\@lines,$pattern);
425 :     }
426 :     }
427 :    
428 :     sub perl_patmatch {
429 :     my($lines,$pat) = @_;
430 :    
431 :     my @lines = grep { $_ =~ /$pat/i } @$lines;
432 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
433 :     }
434 :    
435 :     sub substr_match {
436 :     my($lines,$pat) = @_;
437 :    
438 :     $pat =~ s/^\s+//;
439 :     $pat =~ s/\s+$//;
440 :     my @words = split(/\s+/,$pat);
441 :     my @lines = @$lines;
442 :     foreach my $word (@words)
443 :     {
444 :     @lines = grep { &matchword($word,$_) } @lines;
445 :     }
446 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
447 :     }
448 :    
449 :     sub matchword {
450 :     my($word,$str) = @_;
451 :    
452 :     my $wordL = lc $word;
453 :     my $strL = lc $str;
454 :     if (index($strL,$wordL) >= 0)
455 :     {
456 :     if ($wordL =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/i)
457 :     {
458 :     my $wordQ = quotemeta $wordL;
459 :     return ($strL =~ /$wordQ\b/);
460 :     }
461 :     return 1;
462 :     }
463 :     return 0;
464 :     }
465 :    
466 :     sub format_function_table {
467 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
468 :    
469 :     my $col_hdrs = ['ID','Type','Function','Psi-blast','Subsystems'];
470 :     my $tab = [];
471 :    
472 :     foreach my $entry (@$entries)
473 :     {
474 :     my($fid,$function) = @$entry;
475 :     $fid =~ /fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)\.\d+$/;
476 :     my $type = $1;
477 :     if ($type eq "peg")
478 :     {
479 :     push(@$tab,[
480 :     &comp_reg_link($fid,$cgi),
481 :     'peg',
482 :     $function,
483 :     &psi_blast_link($fid),
484 :     &subsys_link($cgi,$fid)
485 :     ]);
486 :     }
487 :     else
488 :     {
489 :     push(@$tab,[$fid,$type,$function,"",""]);
490 :     }
491 :     }
492 :    
493 :     if (@$tab > 0)
494 :     {
495 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Features"));
496 :     }
497 :     else
498 :     {
499 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
500 :     }
501 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
502 :     }
503 :    
504 :     sub format_subsystems_table {
505 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
506 :    
507 :     my $col_hdrs = ['Classification','Subsystem','Role','Variant','PEG'];
508 :     my $tab = [];
509 :    
510 :     foreach my $entry (@$entries)
511 :     {
512 :     my($class,$subsys,$role,$variant,$peg) = @$entry;
513 :     push(@$tab,[
514 :     $class,
515 : overbeek 1.6 &fix_ss($subsys),
516 : overbeek 1.1 $role,
517 :     $variant,
518 :     &peg_link($cgi,$peg)
519 :     ]);
520 :     }
521 :     if (@$tab > 0)
522 :     {
523 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsystems"));
524 :     }
525 :     else
526 :     {
527 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
528 :     }
529 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
530 :     }
531 :    
532 : overbeek 1.4 sub url_to_new {
533 :     my($cgi,$fid) = @_;
534 :    
535 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
536 :     my $dir = $cgi->param('dir');
537 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$fid";
538 :     return $url;
539 :     }
540 :    
541 :     sub url_to_sv {
542 :     my($cgi,$fid) = @_;
543 :    
544 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
545 :     my $dir = $cgi->param('dir');
546 :     return $cgi->url() . "?request=feature&fid=$fid&dir=$dir";
547 :     }
548 : overbeek 1.1
549 :     sub comp_reg_link {
550 :     my($peg,$cgi) = @_;
551 :    
552 :     my $target = "target.$$";
553 :     my $dir = $cgi->param('dir');
554 :     my $url = $cgi->url() . "?request=feature&fid=$peg&dir=$dir";
555 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
556 :     }
557 :    
558 :     sub psi_blast_link {
559 :     my($peg) = @_;
560 :    
561 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/protein.cgi?prot=$peg&request=use_protein_tool&tool=Psi-Blast";
562 :     my $target = "target.$$";
563 :     return "<a target=$target href=$url>Psi</a>";
564 :     }
565 :    
566 :     sub ach_link {
567 :     my($cgi,$peg) = @_;
568 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$peg";
569 :     my $target = "target.$$";
570 :     return "<a target=$target href=$url>ACH</a>";
571 :     }
572 :    
573 :     sub subsys_link {
574 :     my($cgi,$peg) = @_;
575 :    
576 :     my $dir = $cgi->param('dir');
577 :     my $url = $cgi->url() . "?request=peg2subsystems&dir=$dir&peg=$peg";
578 :     my $target = "target.$$";
579 :     return "<a target=$target href=$url>sub</a>";
580 :     }
581 :    
582 :     sub peg_link {
583 :     my($cgi,$peg) = @_;
584 :    
585 :     my $dir = $cgi->param('dir');
586 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$peg";
587 :     my $target = "target.$$";
588 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
589 :     }
590 :    
591 :     sub ref_peg_link {
592 :     my($cgi,$peg) = @_;
593 :    
594 :    
595 :     my $target = "target.$$";
596 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg";
597 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
598 :     }
599 :    
600 :     sub query_link {
601 :     my($cgi) = @_;
602 :    
603 :     my $dir = $cgi->param('dir');
604 :     my $url = $cgi->url() . "?request=basic&dir=$dir";
605 :     return "<a href=$url>Basic Query Form</a>";
606 :     }
607 :    
608 :     sub filter_tab_entries {
609 :     my($tab,$pattern) = @_;
610 :    
611 :     if (! $pattern) { return $tab }
612 :    
613 :     my $filtered = [];
614 :     foreach my $entry (@$tab)
615 :     {
616 :     my @tmp = &substr_match([join("\t",@$entry)],$pattern);
617 :     if (@tmp > 0)
618 :     {
619 :     push(@$filtered,$entry);
620 :     }
621 :     }
622 :     return $filtered;
623 :     }
624 :    
625 :     sub process_id {
626 :     my($cgi,$html) = @_;
627 :    
628 :     my $id = $cgi->param('id');
629 :     if ($id =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
630 :     {
631 :     my $peg = $1;
632 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg");
633 :     exit;
634 :     }
635 :     elsif ($id =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
636 :     {
637 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$1");
638 :     exit;
639 :     }
640 :     else
641 :     {
642 :     push(@$html,$cgi->h2('Invalid request'));
643 :     }
644 :     }
645 :    
646 :     sub process_feature_display {
647 :     my($cgi,$html) = @_;
648 :    
649 :     my $dir = $cgi->param('dir');
650 :     my $seedV = SeedV->new($dir);
651 :     my $sapObject = SAPserver->new();
652 :    
653 :     my $fid = $cgi->param('fid');
654 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
655 :     my $loc = $seedV->feature_location($fid);
656 :     my $dna_seq = $seedV->dna_seq($loc);
657 :    
658 :     my ($contig,$beg,$end);
659 :     if ($loc =~ /^(\S+)_(\d+)_(\d+)$/)
660 :     {
661 :     ($contig,$beg,$end) = ($1,$2,$3);
662 :     $loc = "contig: $1, from $2 to $3"
663 :     }
664 :     push(@$html,$cgi->h1("Feature: $fid"),$cgi->h2("Function: $func"),$cgi->h3("Location: $loc"));
665 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$dna_seq);
666 :    
667 :     if (($fid =~ /\.peg\.\d+$/) && $contig)
668 :     {
669 :     my $pseq = $seedV->get_translation($fid);
670 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$pseq);
671 :     &push_compare_regions($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end);
672 :     }
673 :     }
674 :    
675 :     sub push_seq {
676 :     my($cgi,$html,$id,$pseq) = @_;
677 :    
678 :     push(@$html,"<pre>\n>$id\n");
679 :     my $i;
680 :     for ($i=0; ($i < length($pseq)); $i += 60)
681 :     {
682 :     my $piece = ($i < (length($pseq) - 60)) ? substr($pseq,$i,60) : substr($pseq,$i);
683 :     push(@$html,"$piece\n");
684 :     }
685 :     push(@$html,"</pre>\n");
686 :     }
687 :    
688 :     sub push_compare_regions {
689 :     my($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end) = @_;
690 :    
691 : overbeek 1.6 my $mid = int(($beg+$end)/2);
692 :     my $min = ($beg < $end) ? ($mid - 4000) : $mid - 4000;
693 :     my $max = ($beg < $end) ? ($mid + 4000) : $mid + 4000;
694 :    
695 : overbeek 1.1 my ($genes,$minV,$maxV) = $seedV->genes_in_region($contig,$min,$max);
696 :     my %genesG = map { ($_ => 1 ) } @$genes;
697 :     my %locsG = map { $_ => $seedV->feature_location($_) } @$genes;
698 :    
699 :     my $dir = $cgi->param('dir');
700 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
701 :     my %connected;
702 :     my %color; # note that for simplicity, I am using peg ids in the given genome as symbolic colors
703 :    
704 :     foreach $_ (`cat $cache/* | cut -f1,2`)
705 :     {
706 :     if (($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)/) && $genesG{$1})
707 :     {
708 :     push(@{$connected{$1}},$2);
709 :     $color{$2} = $1;
710 :     }
711 :     }
712 :    
713 :     my $pinned = $connected{$fid};
714 :     my $locH = {};
715 :     if ($pinned)
716 :     {
717 :     my $pinLocH = $sapObject->fid_locations( -boundaries => 1, -ids => $pinned);
718 :     my @locations = map { &format_location($pinLocH->{$_}) } keys(%$pinLocH);
719 :     $locH = $sapObject->genes_in_region( -locations => \@locations, -includeLocation => 1);
720 :     }
721 :     # print &Dumper(\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color);
722 : overbeek 1.4 my @x = @{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)};
723 :     # print STDERR &Dumper(\@x); die "aborted";
724 :     push(@$html,@{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)});
725 : overbeek 1.1 }
726 :    
727 :     sub format_location {
728 :     my($loc) = @_;
729 :    
730 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
731 :     {
732 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
733 :    
734 :     my($min,$max);
735 :     if ($strand eq "+")
736 :     {
737 :     $min = &SeedUtils::max(1,$beg-4000);
738 :     $max = $beg+$ln+4000;
739 :     }
740 :     else
741 :     {
742 : overbeek 1.6 $min = &SeedUtils::max(1,$beg-($ln+4000));
743 : overbeek 1.1 $max = $beg + 4000;
744 :     }
745 :     return "$genome:$contig\_$min\_$max";
746 :     }
747 :     else
748 :     {
749 :     die "bad location: $loc";
750 :     }
751 :     }
752 :    
753 :     sub build_maps {
754 : overbeek 1.4 my($seedV,$sapObject,$pegG,$genesG,$locsG,$pinned,$locH,$color,$cgi) = @_;
755 : overbeek 1.1
756 :    
757 :     my @genome_ids = map { &SeedUtils::genome_of($_) } @$pinned;
758 :     my $genomeH = $sapObject->genome_names( -ids => \@genome_ids);
759 :     #
760 :     # first, compute a list of what we use to build each map. This will include
761 :     #
762 :     # [pinned_gene, Contig,Beg,End,GenusSpecies]]
763 :     # [[gene,Contig,Beg,End,color],...] sorted in order
764 :     #
765 :     my @map_data = ();
766 :     push(@map_data,&data_for_given_genome($pegG,$genesG,$locsG,$seedV));
767 :    
768 :     foreach my $pegR (@$pinned)
769 :     {
770 :     push(@map_data,&data_for_pinned($pegR,$locH,$color,$genomeH));
771 :     }
772 :     &set_colors($pegG,\@map_data);
773 : overbeek 1.4
774 : overbeek 1.1 my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);
775 :    
776 :     my $gg = [];
777 : overbeek 1.6 my $sz_region = 8500;
778 : overbeek 1.1
779 :     foreach my $map_set (@map_data)
780 :     {
781 :     my($pin_data,$gene_data) = @$map_set;
782 :     my($peg,$contig,$beg,$end,$genus_species) = @$pin_data;
783 :    
784 :     if ($contig && $beg && $end) {
785 :     my $mid = int(($beg + $end) / 2);
786 :     my $min = int($mid - ($sz_region / 2));
787 :     my $max = int($mid + ($sz_region / 2));
788 :     my $genes = [];
789 :     foreach my $entry (@$gene_data)
790 :     {
791 :     my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;
792 :     my $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
793 : overbeek 1.2 my $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
794 : overbeek 1.1 my $function = $functionH->{$fid1};
795 : overbeek 1.4 if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
796 : overbeek 1.1 my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
797 :     "<b>Contig:</b> $contig1",
798 :     "<b>Begin:</b> $beg1",
799 :     "<b>End:</b> $end1",
800 :     $function ? "<b>Function:</b> $function" : ()
801 :     );
802 :    
803 :     my $shape = "Rectangle";
804 :     if (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 < $end1)) { $shape = "rightArrow" }
805 :     elsif (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 > $end1)) { $shape = "leftArrow" }
806 :    
807 : overbeek 1.4 my $gene_entry = [&min($beg1,$end1),
808 :     &max($beg1,$end1),
809 :     $shape,
810 :     ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
811 :     undef,,
812 :     (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
813 :     $function,
814 :     $info
815 :     ];
816 :    
817 :     push(@$genes,$gene_entry);
818 : overbeek 1.1 }
819 :    
820 :     # Sequence title can be replaced by [ title, url, popup_text, menu, popup_title ]
821 :    
822 :     my $desc = "Genome: $genus_species<br />Contig: $contig";
823 :     my $map = [ [ SeedUtils::abbrev( $genus_species ), undef, $desc, undef, 'Contig' ],
824 :     0,
825 :     $max+1 - $min,
826 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)
827 :     ];
828 :    
829 :     push(@$gg,$map);
830 :     }
831 :     }
832 :    
833 :     &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
834 :     return &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2);
835 :     }
836 :    
837 :     sub data_for_given_genome {
838 :     my($peg,$pegs,$locs,$seedV) = @_;
839 :    
840 :     my @gene_data = ();
841 :     foreach my $peg1 (keys(%$pegs))
842 :     {
843 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);
844 :     }
845 :     my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
846 :     return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];
847 :     }
848 :    
849 :     sub data_for_pinned {
850 :     my($peg,$locH,$color,$genomeH) = @_;
851 :    
852 :     my $genome = &SeedUtils::genome_of($peg);
853 :     my @tmp = grep { $locH->{$_}->{$peg} } keys(%$locH);
854 :     my $locH1 = $locH->{$tmp[0]};
855 :     my $pinned_data = [$peg,&split_new_loc($locH1->{$peg}->[0]),$genomeH->{&SeedUtils::genome_of($peg)}];
856 :     my @gene_data = ();
857 :     foreach my $peg1 (keys(%$locH1))
858 :     {
859 :     # print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";
860 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);
861 :     }
862 :     my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
863 :     return [$pinned_data,[@gene_data]];
864 :     }
865 :    
866 :     sub split_loc {
867 :     my($loc) = @_;
868 :    
869 :     if ($loc && ($loc =~ /^(.*:)?(\S+)_(\d+)_(\d+)$/))
870 :     {
871 :     return ($2,$3,$4);
872 :     }
873 :     die "bad_loc: $loc";
874 :     }
875 :    
876 :     sub split_new_loc {
877 :     my($loc) = @_;
878 :    
879 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
880 :     {
881 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
882 :     if ($strand eq "+")
883 :     {
884 :     return ($contig,$beg,$beg+$ln-1);
885 :     }
886 :     else
887 :     {
888 :     return ($contig,$beg,$beg-($ln-1));
889 :     }
890 :     }
891 :     die "bad_loc: $loc";
892 :     }
893 :    
894 :     sub in_bounds {
895 :     my($min,$max,$x) = @_;
896 :    
897 :     if ($x < $min) { return $min }
898 :     elsif ($x > $max) { return $max }
899 :     else { return $x }
900 :     }
901 :    
902 :     sub decr_coords {
903 :     my($genes,$min) = @_;
904 :     my($gene);
905 :    
906 :     foreach $gene (@$genes) {
907 :     $gene->[0] -= $min;
908 :     $gene->[1] -= $min;
909 :     }
910 :     return $genes;
911 :     }
912 :    
913 :     sub function_hash {
914 :     my($sapObject,$seedV,$map_data) = @_;
915 :    
916 :     my $functionH = {};
917 :     my $gene_data = $map_data->[0]->[1];
918 :     foreach my $tuple (@$gene_data)
919 :     {
920 :     my $fid = $tuple->[0];
921 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
922 :     $functionH->{$fid} = $func;
923 :     }
924 :    
925 :     my $i;
926 :     my @ids = ();
927 :     for ($i=1; ($i < @$map_data); $i++)
928 :     {
929 :     $gene_data = $map_data->[$i]->[1];
930 :     push(@ids,map { $_->[0] } @$gene_data);
931 :     }
932 :    
933 :     my $fH = $sapObject->ids_to_functions( -ids => \@ids);
934 :     while (my($id,$func) = each(%$fH))
935 :     {
936 :     $functionH->{$id} = $func;
937 :     }
938 :     return $functionH;
939 :     }
940 :    
941 :     sub flip_map {
942 :     my($genes,$min,$max) = @_;
943 :     my($gene);
944 :    
945 :     foreach $gene (@$genes) {
946 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
947 :     if ($gene->[2] eq "rightArrow") { $gene->[2] = "leftArrow" }
948 :     elsif ($gene->[2] eq "leftArrow") { $gene->[2] = "rightArrow" }
949 :     }
950 :     return $genes;
951 :     }
952 :    
953 : overbeek 1.4
954 : overbeek 1.1 sub set_colors {
955 :     my($red_peg,$map_data) = @_;
956 :    
957 :     my %colors;
958 :     foreach my $map (@$map_data)
959 :     {
960 :     my $genes = $map->[1];
961 :     foreach $_ (@$genes)
962 :     {
963 :     if ($_->[4])
964 :     {
965 :     $colors{$_->[4]}++;
966 :     }
967 :     }
968 :     }
969 :     my @by_occ = sort { $colors{$b} <=> $colors{$a} } keys(%colors);
970 :     my $i;
971 :     my %to_color;
972 :     for ($i=1; ($i <= @by_occ); $i++)
973 :     {
974 :     $to_color{$by_occ[$i-1]} = "color$i";
975 :     }
976 :     $to_color{$red_peg} = "red";
977 :     foreach my $map (@$map_data)
978 :     {
979 :     my $genes = $map->[1];
980 :     foreach $_ (@$genes)
981 :     {
982 :     if ($_->[4])
983 :     {
984 :     $_->[4] = $to_color{$_->[4]};
985 :     }
986 :     else
987 :     {
988 :     $_->[4] = 'grey';
989 :     }
990 :     }
991 :     }
992 :     }
993 :    
994 : overbeek 1.6 sub fix_ss {
995 :     my($ss) = @_;
996 :    
997 :     $ss =~ s/_/ /g;
998 :     return $ss;
999 :     }

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