[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.5 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :    
20 :     use SeedHTML;
21 :     use strict;
22 :     use SeedEnv;
23 :     use SeedV;
24 :     use ProtSims;
25 :     use GenoGraphics;
26 :    
27 :     use CGI;
28 :     my $cgi = new CGI;
29 :    
30 :     if (0)
31 :     {
32 :     my $VAR1;
33 :     eval(join("",`cat /tmp/sgv_parms`));
34 :     $cgi = $VAR1;
35 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
36 :     }
37 :    
38 :     if (0)
39 :     {
40 :     print $cgi->header;
41 :     my @params = $cgi->param;
42 :     print "<pre>\n";
43 :     foreach $_ (@params)
44 :     {
45 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
46 :     }
47 :    
48 :     if (0)
49 :     {
50 :     if (open(TMP,">/tmp/sgv_parms"))
51 :     {
52 :     print TMP &Dumper($cgi);
53 :     close(TMP);
54 :     }
55 :     }
56 :     exit;
57 :     }
58 :    
59 :     my $html = [];
60 :     unshift @$html, "<TITLE>Simple Genome Viewer</TITLE>\n";
61 :    
62 :     my $dir = $cgi->param('dir');
63 :     if ((! $dir) || ($dir !~ /\d+\.\d+$/))
64 :     {
65 :     push(@$html,$cgi->h2('You must set dir= to a SEED-format genome directory with a path ending in the genome ID'));
66 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
67 :     exit;
68 :     }
69 :    
70 :     my $request = $cgi->param('request');
71 :     if (! $request)
72 :     {
73 :     &start_computing_reference_genome_set($cgi,$dir,$html);
74 :     &make_subsystem_index($cgi,$html,$dir);
75 :     &basic_query($cgi,$html);
76 :     }
77 :     elsif ($request eq 'basic')
78 :     {
79 :     &basic_query($cgi,$html);
80 :     }
81 :     elsif ($request eq 'id')
82 :     {
83 :     &process_id($cgi,$html);
84 :     }
85 :     elsif ($request eq 'features')
86 :     {
87 :     &process_feature_search($cgi,$html);
88 :     }
89 :     elsif ($request eq 'feature')
90 :     {
91 :     &process_feature_display($cgi,$html);
92 :     }
93 :     elsif ($request eq 'subsystems')
94 :     {
95 :     &process_subsystems_search($cgi,$html);
96 :     }
97 :     elsif ($request eq 'peg2subsystems')
98 :     {
99 :     &process_peg2subsystems_search($cgi,$html);
100 :     }
101 :     elsif ($request eq 'compare')
102 :     {
103 :     &comparison($cgi,$html);
104 :     }
105 :     elsif ($request eq 'corresponding')
106 :     {
107 :     &process_corr_search($cgi,$html);
108 :     }
109 :     elsif ($request =~ 'query_only')
110 :     {
111 :     &process_query_only_search($cgi,$html);
112 :     }
113 :     elsif ($request eq 'reference_only')
114 :     {
115 :     &process_ref_only_search($cgi,$html);
116 :     }
117 :    
118 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
119 :    
120 :    
121 :     sub make_subsystem_index {
122 :     my($cgi,$html,$dir) = @_;
123 :    
124 :     my %ss = map { chomp; my($subsys,$var) = split(/\t/,$_); (($var ne "-1") && ($var ne 0)) ? ($subsys => $var) : () }
125 :     `cat $dir/Subsystems/subsystems`;
126 :    
127 :     my $sapObject = SAPserver->new;
128 :     my $ssH = $sapObject->classification_of( -ids => [keys(%ss)]);
129 :     open(INDEX,"| sort > $dir/Subsystems/subsystems.index") || die "could not open $dir/Subsystems/subsystems.index";
130 :     foreach $_ (`cat $dir/Subsystems/bindings`)
131 :     {
132 :     chomp;
133 :     my($subsys,$role,$peg) = split(/\t/,$_);
134 : overbeek 1.3 if ($ss{$subsys})
135 :     {
136 :     my $class = ($_ = $ssH->{$subsys}) ? join("; ",@$_) : "";
137 :     print INDEX join("\t",($class,$subsys,$role,$ss{$subsys},$peg)),"\n";
138 :     }
139 : overbeek 1.1 }
140 :     close(INDEX);
141 :     }
142 :    
143 :     sub id_search_form {
144 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
145 :    
146 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
147 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
148 :     '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',
149 :     $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),
150 :     $cgi->submit('go'),
151 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'id', -override => 1),
152 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
153 :     $cgi->end_form,
154 :     $cgi->hr,$cgi->hr);
155 :     }
156 :    
157 :     sub start_computing_reference_genome_set {
158 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
159 :    
160 :     if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")
161 :     {
162 :     system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";
163 :     }
164 :     }
165 :    
166 :     sub basic_query {
167 :     my($cgi,$html) = @_;
168 :    
169 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
170 :     my $dir = $cgi->param('dir');
171 :    
172 :     &id_search_form($cgi,$dir,$html);
173 :    
174 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
175 :     '<b>Query Features in Genome</b>: ',
176 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
177 :     $cgi->submit('go'),
178 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'features', -override => 1),
179 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
180 :     $cgi->end_form,
181 :     $cgi->hr,
182 :    
183 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
184 :     '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',
185 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
186 :     $cgi->submit('go'),
187 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'subsystems', -override => 1),
188 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
189 :     $cgi->end_form,
190 :     $cgi->hr
191 :     );
192 :    
193 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
194 :     opendir(CACHE,$cache) || die "could not open $cache";
195 :     my @refG = map { ((-s "$cache/$_") && ($_ =~ /^(\d+\.\d+$)/)) ? $1 : () } readdir(CACHE);
196 :     closedir(CACHE);
197 :    
198 :     if (@refG > 0)
199 :     {
200 :     my $sapObject = SAPserver->new();
201 :     my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);
202 :    
203 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
204 :     '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',
205 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'reference',
206 :     -values => $refG,
207 :     -labels => $labels,
208 :     -size => 4),
209 :     $cgi->submit('go'),
210 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => "compare", -override => 1),
211 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
212 :     $cgi->end_form
213 :     );
214 :     }
215 :     }
216 :    
217 :     sub build_labels {
218 :     my($genomes,$sapObject) = @_;
219 :    
220 :     my $genomesH = $sapObject->all_genomes(-complete => 1);
221 :     my $metricsH = $sapObject->genome_metrics(-ids => $genomes);
222 :     my %labels = map { my($contigs,$sz) = @{$metricsH->{$_}};
223 :     my $lab = $genomesH->{$_} . " ($_): $sz bp, $contigs contigs";
224 :     $_ => $lab
225 :     }
226 :     @$genomes;
227 :    
228 :     my @genomes = sort { lc($labels{$a}) cmp lc($labels{$b}) } @$genomes;
229 :    
230 :     return (\@genomes,\%labels);
231 :     }
232 :    
233 :     sub process_feature_search {
234 :     my($cgi,$html) = @_;
235 :    
236 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
237 :     my $dir = $cgi->param('dir');
238 :     my $file = "$dir/assigned_functions";
239 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
240 :     &format_function_table($cgi,$html,\@hits);
241 :     }
242 :    
243 :     sub process_subsystems_search {
244 :     my($cgi,$html) = @_;
245 :    
246 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
247 :     my $dir = $cgi->param('dir');
248 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
249 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
250 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
251 :     }
252 :    
253 :     sub process_peg2subsystems_search {
254 :     my($cgi,$html) = @_;
255 :    
256 :     my $peg = $cgi->param('peg');
257 :     my $dir = $cgi->param('dir');
258 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
259 :     my %subs = map { $_->[1] => 1 } &process_index($file,$peg);
260 :     my @hits = sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2])
261 :     or &SeedUtils::by_fig_id($a->[4],$b->[4]) }
262 :     map { chop; [split(/\t/,$_)] }
263 :     grep { ($_ =~ /^[^\t]*\t([^\t]+)/) && $subs{$1} }
264 :     `cat $file`;
265 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
266 :     }
267 :    
268 :     sub comparison {
269 :     my($cgi,$html) = @_;
270 :    
271 :     my $refG = $cgi->param('reference');
272 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
273 :     my $dir = $cgi->param('dir');
274 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
275 :     '<b>Corresponding Features</b>: ',
276 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
277 :     $cgi->submit('go'),
278 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'corresponding', -override => 1),
279 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
280 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
281 :     $cgi->end_form,
282 :     $cgi->hr,
283 :    
284 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
285 :     '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',
286 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
287 :     $cgi->submit('go'),
288 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'query_only', -override => 1),
289 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
290 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
291 :     $cgi->end_form,
292 :     $cgi->hr,
293 :    
294 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
295 :     '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',
296 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
297 :     $cgi->submit('go'),
298 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'reference_only', -override => 1),
299 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
300 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
301 :     $cgi->end_form,
302 :     $cgi->hr
303 :     );
304 :     }
305 :    
306 :     sub process_corr_search {
307 :     my($cgi,$html) = @_;
308 :    
309 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
310 :     my $dir = $cgi->param('dir');
311 :     my $refG = $cgi->param('reference');
312 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
313 : overbeek 1.1 my $genome = $cgi->param('genome');
314 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
315 :     my @corr = sort { &SeedUtils::by_fig_id($a->[0],$b->[0]) }
316 :     map { chomp; [split(/\t/,$_)] } `cat $file`;
317 :    
318 :     my @genes = map { ($_->[0],$_->[1]) } @corr;
319 :     my $col_headings = ['PEG','Function','reference','Reference Function','P-sc',
320 :     'BBH','Context-Matches','AliasesR'];
321 :     my $tab = [];
322 :     foreach my $entry (@corr)
323 :     {
324 :     my($pegG,$pegR,$n_context,undef,$funcG,$funcR,$aliasesG,$aliasesR,$bbh,undef,$psc) = @$entry;
325 :    
326 :     push(@$tab,[&peg_link($cgi,$pegG),$funcG,&ref_peg_link($cgi,$pegR),$funcR,
327 :     $psc,$bbh,$n_context,$aliasesR]);
328 :     }
329 :     my $filtered = &filter_tab_entries($tab,$pattern);
330 : overbeek 1.5 push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_headings,$filtered,"Correspondences with $refGgs"));
331 : overbeek 1.1 }
332 :    
333 :     sub process_query_only_search {
334 :     my($cgi,$html) = @_;
335 :    
336 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
337 :     my $dir = $cgi->param('dir');
338 :     my $refG = $cgi->param('reference');
339 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
340 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
341 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
342 :     my %in_corr = map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
343 :    
344 :     my @to_show = grep { ! $in_corr{$_} }
345 :     map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 }
346 :     `cut -f1 $dir/Features/peg/tbl`;
347 :     my %functionsH = map { $_ =~ /^(\S+)\t(\S.*\S)/; $1 => $2 } `cat $dir/assigned_functions`;
348 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
349 :     my @tab = map { [&peg_link($cgi,$_),$functionsH{$_} ? $functionsH{$_} : ""] }
350 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
351 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
352 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
353 :     {
354 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Missing in Reference Genome $refGgs"));
355 :     }
356 :     else
357 :     {
358 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in the Given Genome'));
359 :     }
360 : overbeek 1.1 }
361 :    
362 :     sub process_ref_only_search {
363 :     my($cgi,$html) = @_;
364 :    
365 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
366 :     my $dir = $cgi->param('dir');
367 :     my $refG = $cgi->param('reference');
368 : overbeek 1.5 my $refGgs = &genus_species($refG);
369 :    
370 : overbeek 1.1 my $queryG = $cgi->param('genome');
371 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
372 :    
373 :     my %in_ref = map { $_ =~ /^\S+\t(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
374 :    
375 :     my $sapObject = SAPserver->new();
376 :     my $genomeH = $sapObject->all_features(-ids => [$refG], -type => 'peg');
377 :     my @to_show = grep { ! $in_ref{$_} } @{$genomeH->{$refG}};
378 :    
379 :     my $functionsH = $sapObject->ids_to_functions(-ids => \@to_show);
380 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
381 :     my @tab = map { [&ref_peg_link($cgi,$_),$functionsH->{$_} ? $functionsH->{$_} : ""] }
382 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
383 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
384 : overbeek 1.5 if (@$filtered > 0)
385 :     {
386 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Present Only in Reference Genome $refGgs"));
387 :     }
388 :     else
389 :     {
390 :     push(@$html,$cgi->h2('No Genes Found only in $refGgs'));
391 :     }
392 :     }
393 :    
394 :     sub genus_species {
395 :     my($g) = @_;
396 :    
397 :     my $sapO = SAPserver->new;
398 :     my $gH = $sapO->genome_names( -ids => $g);
399 :     return $gH->{$g};
400 : overbeek 1.1 }
401 :    
402 :     sub process_index {
403 :     my($file,$pattern) = @_;
404 :    
405 :     my @lines = `cat $file`;
406 :     if ( ! $pattern)
407 :     {
408 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
409 :     }
410 :     elsif ($pattern =~ /^\s*\/(.*)\/\s*$/)
411 :     {
412 :     return &perl_patmatch(\@lines,$1);
413 :     }
414 :     else
415 :     {
416 :     return &substr_match(\@lines,$pattern);
417 :     }
418 :     }
419 :    
420 :     sub perl_patmatch {
421 :     my($lines,$pat) = @_;
422 :    
423 :     my @lines = grep { $_ =~ /$pat/i } @$lines;
424 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
425 :     }
426 :    
427 :     sub substr_match {
428 :     my($lines,$pat) = @_;
429 :    
430 :     $pat =~ s/^\s+//;
431 :     $pat =~ s/\s+$//;
432 :     my @words = split(/\s+/,$pat);
433 :     my @lines = @$lines;
434 :     foreach my $word (@words)
435 :     {
436 :     @lines = grep { &matchword($word,$_) } @lines;
437 :     }
438 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
439 :     }
440 :    
441 :     sub matchword {
442 :     my($word,$str) = @_;
443 :    
444 :     my $wordL = lc $word;
445 :     my $strL = lc $str;
446 :     if (index($strL,$wordL) >= 0)
447 :     {
448 :     if ($wordL =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/i)
449 :     {
450 :     my $wordQ = quotemeta $wordL;
451 :     return ($strL =~ /$wordQ\b/);
452 :     }
453 :     return 1;
454 :     }
455 :     return 0;
456 :     }
457 :    
458 :     sub format_function_table {
459 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
460 :    
461 :     my $col_hdrs = ['ID','Type','Function','Psi-blast','Subsystems'];
462 :     my $tab = [];
463 :    
464 :     foreach my $entry (@$entries)
465 :     {
466 :     my($fid,$function) = @$entry;
467 :     $fid =~ /fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)\.\d+$/;
468 :     my $type = $1;
469 :     if ($type eq "peg")
470 :     {
471 :     push(@$tab,[
472 :     &comp_reg_link($fid,$cgi),
473 :     'peg',
474 :     $function,
475 :     &psi_blast_link($fid),
476 :     &subsys_link($cgi,$fid)
477 :     ]);
478 :     }
479 :     else
480 :     {
481 :     push(@$tab,[$fid,$type,$function,"",""]);
482 :     }
483 :     }
484 :    
485 :     if (@$tab > 0)
486 :     {
487 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Features"));
488 :     }
489 :     else
490 :     {
491 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
492 :     }
493 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
494 :     }
495 :    
496 :     sub format_subsystems_table {
497 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
498 :    
499 :     my $col_hdrs = ['Classification','Subsystem','Role','Variant','PEG'];
500 :     my $tab = [];
501 :    
502 :     foreach my $entry (@$entries)
503 :     {
504 :     my($class,$subsys,$role,$variant,$peg) = @$entry;
505 :     push(@$tab,[
506 :     $class,
507 :     $subsys,
508 :     $role,
509 :     $variant,
510 :     &peg_link($cgi,$peg)
511 :     ]);
512 :     }
513 :     if (@$tab > 0)
514 :     {
515 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsystems"));
516 :     }
517 :     else
518 :     {
519 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
520 :     }
521 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
522 :     }
523 :    
524 : overbeek 1.4 sub url_to_new {
525 :     my($cgi,$fid) = @_;
526 :    
527 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
528 :     my $dir = $cgi->param('dir');
529 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$fid";
530 :     return $url;
531 :     }
532 :    
533 :     sub url_to_sv {
534 :     my($cgi,$fid) = @_;
535 :    
536 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
537 :     my $dir = $cgi->param('dir');
538 :     return $cgi->url() . "?request=feature&fid=$fid&dir=$dir";
539 :     }
540 : overbeek 1.1
541 :     sub comp_reg_link {
542 :     my($peg,$cgi) = @_;
543 :    
544 :     my $target = "target.$$";
545 :     my $dir = $cgi->param('dir');
546 :     my $url = $cgi->url() . "?request=feature&fid=$peg&dir=$dir";
547 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
548 :     }
549 :    
550 :     sub psi_blast_link {
551 :     my($peg) = @_;
552 :    
553 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/protein.cgi?prot=$peg&request=use_protein_tool&tool=Psi-Blast";
554 :     my $target = "target.$$";
555 :     return "<a target=$target href=$url>Psi</a>";
556 :     }
557 :    
558 :     sub ach_link {
559 :     my($cgi,$peg) = @_;
560 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$peg";
561 :     my $target = "target.$$";
562 :     return "<a target=$target href=$url>ACH</a>";
563 :     }
564 :    
565 :     sub subsys_link {
566 :     my($cgi,$peg) = @_;
567 :    
568 :     my $dir = $cgi->param('dir');
569 :     my $url = $cgi->url() . "?request=peg2subsystems&dir=$dir&peg=$peg";
570 :     my $target = "target.$$";
571 :     return "<a target=$target href=$url>sub</a>";
572 :     }
573 :    
574 :     sub peg_link {
575 :     my($cgi,$peg) = @_;
576 :    
577 :     my $dir = $cgi->param('dir');
578 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$peg";
579 :     my $target = "target.$$";
580 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
581 :     }
582 :    
583 :     sub ref_peg_link {
584 :     my($cgi,$peg) = @_;
585 :    
586 :    
587 :     my $target = "target.$$";
588 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg";
589 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
590 :     }
591 :    
592 :     sub query_link {
593 :     my($cgi) = @_;
594 :    
595 :     my $dir = $cgi->param('dir');
596 :     my $url = $cgi->url() . "?request=basic&dir=$dir";
597 :     return "<a href=$url>Basic Query Form</a>";
598 :     }
599 :    
600 :     sub filter_tab_entries {
601 :     my($tab,$pattern) = @_;
602 :    
603 :     if (! $pattern) { return $tab }
604 :    
605 :     my $filtered = [];
606 :     foreach my $entry (@$tab)
607 :     {
608 :     my @tmp = &substr_match([join("\t",@$entry)],$pattern);
609 :     if (@tmp > 0)
610 :     {
611 :     push(@$filtered,$entry);
612 :     }
613 :     }
614 :     return $filtered;
615 :     }
616 :    
617 :     sub process_id {
618 :     my($cgi,$html) = @_;
619 :    
620 :     my $id = $cgi->param('id');
621 :     if ($id =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
622 :     {
623 :     my $peg = $1;
624 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg");
625 :     exit;
626 :     }
627 :     elsif ($id =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
628 :     {
629 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$1");
630 :     exit;
631 :     }
632 :     else
633 :     {
634 :     push(@$html,$cgi->h2('Invalid request'));
635 :     }
636 :     }
637 :    
638 :     sub process_feature_display {
639 :     my($cgi,$html) = @_;
640 :    
641 :     my $dir = $cgi->param('dir');
642 :     my $seedV = SeedV->new($dir);
643 :     my $sapObject = SAPserver->new();
644 :    
645 :     my $fid = $cgi->param('fid');
646 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
647 :     my $loc = $seedV->feature_location($fid);
648 :     my $dna_seq = $seedV->dna_seq($loc);
649 :    
650 :     my ($contig,$beg,$end);
651 :     if ($loc =~ /^(\S+)_(\d+)_(\d+)$/)
652 :     {
653 :     ($contig,$beg,$end) = ($1,$2,$3);
654 :     $loc = "contig: $1, from $2 to $3"
655 :     }
656 :     push(@$html,$cgi->h1("Feature: $fid"),$cgi->h2("Function: $func"),$cgi->h3("Location: $loc"));
657 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$dna_seq);
658 :    
659 :     if (($fid =~ /\.peg\.\d+$/) && $contig)
660 :     {
661 :     my $pseq = $seedV->get_translation($fid);
662 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$pseq);
663 :     &push_compare_regions($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end);
664 :     }
665 :     }
666 :    
667 :     sub push_seq {
668 :     my($cgi,$html,$id,$pseq) = @_;
669 :    
670 :     push(@$html,"<pre>\n>$id\n");
671 :     my $i;
672 :     for ($i=0; ($i < length($pseq)); $i += 60)
673 :     {
674 :     my $piece = ($i < (length($pseq) - 60)) ? substr($pseq,$i,60) : substr($pseq,$i);
675 :     push(@$html,"$piece\n");
676 :     }
677 :     push(@$html,"</pre>\n");
678 :     }
679 :    
680 :     sub push_compare_regions {
681 :     my($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end) = @_;
682 :    
683 :     my $min = ($beg < $end) ? ($beg - 4000) : $end - 4000;
684 :     my $max = ($beg < $end) ? ($end + 4000) : $beg + 4000;
685 :     my ($genes,$minV,$maxV) = $seedV->genes_in_region($contig,$min,$max);
686 :     my %genesG = map { ($_ => 1 ) } @$genes;
687 :     my %locsG = map { $_ => $seedV->feature_location($_) } @$genes;
688 :    
689 :     my $dir = $cgi->param('dir');
690 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
691 :     my %connected;
692 :     my %color; # note that for simplicity, I am using peg ids in the given genome as symbolic colors
693 :    
694 :     foreach $_ (`cat $cache/* | cut -f1,2`)
695 :     {
696 :     if (($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)/) && $genesG{$1})
697 :     {
698 :     push(@{$connected{$1}},$2);
699 :     $color{$2} = $1;
700 :     }
701 :     }
702 :    
703 :     my $pinned = $connected{$fid};
704 :     my $locH = {};
705 :     if ($pinned)
706 :     {
707 :     my $pinLocH = $sapObject->fid_locations( -boundaries => 1, -ids => $pinned);
708 :     my @locations = map { &format_location($pinLocH->{$_}) } keys(%$pinLocH);
709 :     $locH = $sapObject->genes_in_region( -locations => \@locations, -includeLocation => 1);
710 :     }
711 :     # print &Dumper(\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color);
712 : overbeek 1.4 my @x = @{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)};
713 :     # print STDERR &Dumper(\@x); die "aborted";
714 :     push(@$html,@{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)});
715 : overbeek 1.1 }
716 :    
717 :     sub format_location {
718 :     my($loc) = @_;
719 :    
720 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
721 :     {
722 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
723 :    
724 :     my($min,$max);
725 :     if ($strand eq "+")
726 :     {
727 :     $min = &SeedUtils::max(1,$beg-4000);
728 :     $max = $beg+$ln+4000;
729 :     }
730 :     else
731 :     {
732 :     $min = &SeedUtils::max(1,$beg-($ln +4000));
733 :     $max = $beg + 4000;
734 :     }
735 :     return "$genome:$contig\_$min\_$max";
736 :     }
737 :     else
738 :     {
739 :     die "bad location: $loc";
740 :     }
741 :     }
742 :    
743 :     sub build_maps {
744 : overbeek 1.4 my($seedV,$sapObject,$pegG,$genesG,$locsG,$pinned,$locH,$color,$cgi) = @_;
745 : overbeek 1.1
746 :    
747 :     my @genome_ids = map { &SeedUtils::genome_of($_) } @$pinned;
748 :     my $genomeH = $sapObject->genome_names( -ids => \@genome_ids);
749 :     #
750 :     # first, compute a list of what we use to build each map. This will include
751 :     #
752 :     # [pinned_gene, Contig,Beg,End,GenusSpecies]]
753 :     # [[gene,Contig,Beg,End,color],...] sorted in order
754 :     #
755 :     my @map_data = ();
756 :     push(@map_data,&data_for_given_genome($pegG,$genesG,$locsG,$seedV));
757 :    
758 :     foreach my $pegR (@$pinned)
759 :     {
760 :     push(@map_data,&data_for_pinned($pegR,$locH,$color,$genomeH));
761 :     }
762 :     &set_colors($pegG,\@map_data);
763 : overbeek 1.4
764 : overbeek 1.1 my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);
765 :    
766 :     my $gg = [];
767 : overbeek 1.2 my $sz_region = 12000;
768 : overbeek 1.1
769 :     foreach my $map_set (@map_data)
770 :     {
771 :     my($pin_data,$gene_data) = @$map_set;
772 :     my($peg,$contig,$beg,$end,$genus_species) = @$pin_data;
773 :    
774 :     if ($contig && $beg && $end) {
775 :     my $mid = int(($beg + $end) / 2);
776 :     my $min = int($mid - ($sz_region / 2));
777 :     my $max = int($mid + ($sz_region / 2));
778 :     my $genes = [];
779 :     foreach my $entry (@$gene_data)
780 :     {
781 :     my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;
782 :     my $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
783 : overbeek 1.2 my $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
784 : overbeek 1.1 my $function = $functionH->{$fid1};
785 : overbeek 1.4 if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
786 : overbeek 1.1 my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
787 :     "<b>Contig:</b> $contig1",
788 :     "<b>Begin:</b> $beg1",
789 :     "<b>End:</b> $end1",
790 :     $function ? "<b>Function:</b> $function" : ()
791 :     );
792 :    
793 :     my $shape = "Rectangle";
794 :     if (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 < $end1)) { $shape = "rightArrow" }
795 :     elsif (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 > $end1)) { $shape = "leftArrow" }
796 :    
797 : overbeek 1.4 my $gene_entry = [&min($beg1,$end1),
798 :     &max($beg1,$end1),
799 :     $shape,
800 :     ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
801 :     undef,,
802 :     (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
803 :     $function,
804 :     $info
805 :     ];
806 :    
807 :     push(@$genes,$gene_entry);
808 : overbeek 1.1 }
809 :    
810 :     # Sequence title can be replaced by [ title, url, popup_text, menu, popup_title ]
811 :    
812 :     my $desc = "Genome: $genus_species<br />Contig: $contig";
813 :     my $map = [ [ SeedUtils::abbrev( $genus_species ), undef, $desc, undef, 'Contig' ],
814 :     0,
815 :     $max+1 - $min,
816 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)
817 :     ];
818 :    
819 :     push(@$gg,$map);
820 :     }
821 :     }
822 :    
823 :     &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
824 :     return &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2);
825 :     }
826 :    
827 :     sub data_for_given_genome {
828 :     my($peg,$pegs,$locs,$seedV) = @_;
829 :    
830 :     my @gene_data = ();
831 :     foreach my $peg1 (keys(%$pegs))
832 :     {
833 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);
834 :     }
835 :     my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
836 :     return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];
837 :     }
838 :    
839 :     sub data_for_pinned {
840 :     my($peg,$locH,$color,$genomeH) = @_;
841 :    
842 :     my $genome = &SeedUtils::genome_of($peg);
843 :     my @tmp = grep { $locH->{$_}->{$peg} } keys(%$locH);
844 :     my $locH1 = $locH->{$tmp[0]};
845 :     my $pinned_data = [$peg,&split_new_loc($locH1->{$peg}->[0]),$genomeH->{&SeedUtils::genome_of($peg)}];
846 :     my @gene_data = ();
847 :     foreach my $peg1 (keys(%$locH1))
848 :     {
849 :     # print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";
850 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);
851 :     }
852 :     my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
853 :     return [$pinned_data,[@gene_data]];
854 :     }
855 :    
856 :     sub split_loc {
857 :     my($loc) = @_;
858 :    
859 :     if ($loc && ($loc =~ /^(.*:)?(\S+)_(\d+)_(\d+)$/))
860 :     {
861 :     return ($2,$3,$4);
862 :     }
863 :     die "bad_loc: $loc";
864 :     }
865 :    
866 :     sub split_new_loc {
867 :     my($loc) = @_;
868 :    
869 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
870 :     {
871 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
872 :     if ($strand eq "+")
873 :     {
874 :     return ($contig,$beg,$beg+$ln-1);
875 :     }
876 :     else
877 :     {
878 :     return ($contig,$beg,$beg-($ln-1));
879 :     }
880 :     }
881 :     die "bad_loc: $loc";
882 :     }
883 :    
884 :     sub in_bounds {
885 :     my($min,$max,$x) = @_;
886 :    
887 :     if ($x < $min) { return $min }
888 :     elsif ($x > $max) { return $max }
889 :     else { return $x }
890 :     }
891 :    
892 :     sub decr_coords {
893 :     my($genes,$min) = @_;
894 :     my($gene);
895 :    
896 :     foreach $gene (@$genes) {
897 :     $gene->[0] -= $min;
898 :     $gene->[1] -= $min;
899 :     }
900 :     return $genes;
901 :     }
902 :    
903 :     sub function_hash {
904 :     my($sapObject,$seedV,$map_data) = @_;
905 :    
906 :     my $functionH = {};
907 :     my $gene_data = $map_data->[0]->[1];
908 :     foreach my $tuple (@$gene_data)
909 :     {
910 :     my $fid = $tuple->[0];
911 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
912 :     $functionH->{$fid} = $func;
913 :     }
914 :    
915 :     my $i;
916 :     my @ids = ();
917 :     for ($i=1; ($i < @$map_data); $i++)
918 :     {
919 :     $gene_data = $map_data->[$i]->[1];
920 :     push(@ids,map { $_->[0] } @$gene_data);
921 :     }
922 :    
923 :     my $fH = $sapObject->ids_to_functions( -ids => \@ids);
924 :     while (my($id,$func) = each(%$fH))
925 :     {
926 :     $functionH->{$id} = $func;
927 :     }
928 :     return $functionH;
929 :     }
930 :    
931 :     sub flip_map {
932 :     my($genes,$min,$max) = @_;
933 :     my($gene);
934 :    
935 :     foreach $gene (@$genes) {
936 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
937 :     if ($gene->[2] eq "rightArrow") { $gene->[2] = "leftArrow" }
938 :     elsif ($gene->[2] eq "leftArrow") { $gene->[2] = "rightArrow" }
939 :     }
940 :     return $genes;
941 :     }
942 :    
943 : overbeek 1.4
944 : overbeek 1.1 sub set_colors {
945 :     my($red_peg,$map_data) = @_;
946 :    
947 :     my %colors;
948 :     foreach my $map (@$map_data)
949 :     {
950 :     my $genes = $map->[1];
951 :     foreach $_ (@$genes)
952 :     {
953 :     if ($_->[4])
954 :     {
955 :     $colors{$_->[4]}++;
956 :     }
957 :     }
958 :     }
959 :     my @by_occ = sort { $colors{$b} <=> $colors{$a} } keys(%colors);
960 :     my $i;
961 :     my %to_color;
962 :     for ($i=1; ($i <= @by_occ); $i++)
963 :     {
964 :     $to_color{$by_occ[$i-1]} = "color$i";
965 :     }
966 :     $to_color{$red_peg} = "red";
967 :     foreach my $map (@$map_data)
968 :     {
969 :     my $genes = $map->[1];
970 :     foreach $_ (@$genes)
971 :     {
972 :     if ($_->[4])
973 :     {
974 :     $_->[4] = $to_color{$_->[4]};
975 :     }
976 :     else
977 :     {
978 :     $_->[4] = 'grey';
979 :     }
980 :     }
981 :     }
982 :     }
983 :    

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