[Bio] / FigWebServices / sgv.cgi Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/sgv.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.4 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 # -*- perl -*-
2 :     #
3 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5 :     #
6 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
7 :     #
8 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10 :     # Public License.
11 :     #
12 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
14 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17 :     #
18 :    
19 :    
20 :     use SeedHTML;
21 :     use strict;
22 :     use SeedEnv;
23 :     use SeedV;
24 :     use ProtSims;
25 :     use GenoGraphics;
26 :    
27 :     use CGI;
28 :     my $cgi = new CGI;
29 :    
30 :     if (0)
31 :     {
32 :     my $VAR1;
33 :     eval(join("",`cat /tmp/sgv_parms`));
34 :     $cgi = $VAR1;
35 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
36 :     }
37 :    
38 :     if (0)
39 :     {
40 :     print $cgi->header;
41 :     my @params = $cgi->param;
42 :     print "<pre>\n";
43 :     foreach $_ (@params)
44 :     {
45 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
46 :     }
47 :    
48 :     if (0)
49 :     {
50 :     if (open(TMP,">/tmp/sgv_parms"))
51 :     {
52 :     print TMP &Dumper($cgi);
53 :     close(TMP);
54 :     }
55 :     }
56 :     exit;
57 :     }
58 :    
59 :     my $html = [];
60 :     unshift @$html, "<TITLE>Simple Genome Viewer</TITLE>\n";
61 :    
62 :     my $dir = $cgi->param('dir');
63 :     if ((! $dir) || ($dir !~ /\d+\.\d+$/))
64 :     {
65 :     push(@$html,$cgi->h2('You must set dir= to a SEED-format genome directory with a path ending in the genome ID'));
66 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
67 :     exit;
68 :     }
69 :    
70 :     my $request = $cgi->param('request');
71 :     if (! $request)
72 :     {
73 :     &start_computing_reference_genome_set($cgi,$dir,$html);
74 :     &make_subsystem_index($cgi,$html,$dir);
75 :     &basic_query($cgi,$html);
76 :     }
77 :     elsif ($request eq 'basic')
78 :     {
79 :     &basic_query($cgi,$html);
80 :     }
81 :     elsif ($request eq 'id')
82 :     {
83 :     &process_id($cgi,$html);
84 :     }
85 :     elsif ($request eq 'features')
86 :     {
87 :     &process_feature_search($cgi,$html);
88 :     }
89 :     elsif ($request eq 'feature')
90 :     {
91 :     &process_feature_display($cgi,$html);
92 :     }
93 :     elsif ($request eq 'subsystems')
94 :     {
95 :     &process_subsystems_search($cgi,$html);
96 :     }
97 :     elsif ($request eq 'peg2subsystems')
98 :     {
99 :     &process_peg2subsystems_search($cgi,$html);
100 :     }
101 :     elsif ($request eq 'compare')
102 :     {
103 :     &comparison($cgi,$html);
104 :     }
105 :     elsif ($request eq 'corresponding')
106 :     {
107 :     &process_corr_search($cgi,$html);
108 :     }
109 :     elsif ($request =~ 'query_only')
110 :     {
111 :     &process_query_only_search($cgi,$html);
112 :     }
113 :     elsif ($request eq 'reference_only')
114 :     {
115 :     &process_ref_only_search($cgi,$html);
116 :     }
117 :    
118 :     &SeedHTML::show_page($cgi,$html);
119 :    
120 :    
121 :     sub make_subsystem_index {
122 :     my($cgi,$html,$dir) = @_;
123 :    
124 :     my %ss = map { chomp; my($subsys,$var) = split(/\t/,$_); (($var ne "-1") && ($var ne 0)) ? ($subsys => $var) : () }
125 :     `cat $dir/Subsystems/subsystems`;
126 :    
127 :     my $sapObject = SAPserver->new;
128 :     my $ssH = $sapObject->classification_of( -ids => [keys(%ss)]);
129 :     open(INDEX,"| sort > $dir/Subsystems/subsystems.index") || die "could not open $dir/Subsystems/subsystems.index";
130 :     foreach $_ (`cat $dir/Subsystems/bindings`)
131 :     {
132 :     chomp;
133 :     my($subsys,$role,$peg) = split(/\t/,$_);
134 : overbeek 1.3 if ($ss{$subsys})
135 :     {
136 :     my $class = ($_ = $ssH->{$subsys}) ? join("; ",@$_) : "";
137 :     print INDEX join("\t",($class,$subsys,$role,$ss{$subsys},$peg)),"\n";
138 :     }
139 : overbeek 1.1 }
140 :     close(INDEX);
141 :     }
142 :    
143 :     sub id_search_form {
144 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
145 :    
146 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
147 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
148 :     '<br><b>Get Protein Page for FIG ID, or ACH Page for non-FIG IDs</b><br><br> ',
149 :     $cgi->textfield(-name => 'id', -size => 20),
150 :     $cgi->submit('go'),
151 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'id', -override => 1),
152 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
153 :     $cgi->end_form,
154 :     $cgi->hr,$cgi->hr);
155 :     }
156 :    
157 :     sub start_computing_reference_genome_set {
158 :     my($cgi,$dir,$html) = @_;
159 :    
160 :     if (! -d "$dir/CorrToReferenceGenomes")
161 :     {
162 :     system "$FIG_Config::bin/get_neighbors_and_corr_to_ref $dir &";
163 :     }
164 :     }
165 :    
166 :     sub basic_query {
167 :     my($cgi,$html) = @_;
168 :    
169 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
170 :     my $dir = $cgi->param('dir');
171 :    
172 :     &id_search_form($cgi,$dir,$html);
173 :    
174 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
175 :     '<b>Query Features in Genome</b>: ',
176 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
177 :     $cgi->submit('go'),
178 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'features', -override => 1),
179 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
180 :     $cgi->end_form,
181 :     $cgi->hr,
182 :    
183 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
184 :     '<b>Query Subsystems in Genome</b>: ',
185 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
186 :     $cgi->submit('go'),
187 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'subsystems', -override => 1),
188 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
189 :     $cgi->end_form,
190 :     $cgi->hr
191 :     );
192 :    
193 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
194 :     opendir(CACHE,$cache) || die "could not open $cache";
195 :     my @refG = map { ((-s "$cache/$_") && ($_ =~ /^(\d+\.\d+$)/)) ? $1 : () } readdir(CACHE);
196 :     closedir(CACHE);
197 :    
198 :     if (@refG > 0)
199 :     {
200 :     my $sapObject = SAPserver->new();
201 :     my($refG,$labels) = &build_labels(\@refG,$sapObject);
202 :    
203 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
204 :     '<b>Compare Genome Against Reference Genome</b>: ',
205 :     $cgi->scrolling_list( -name => 'reference',
206 :     -values => $refG,
207 :     -labels => $labels,
208 :     -size => 4),
209 :     $cgi->submit('go'),
210 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => "compare", -override => 1),
211 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
212 :     $cgi->end_form
213 :     );
214 :     }
215 :     }
216 :    
217 :     sub build_labels {
218 :     my($genomes,$sapObject) = @_;
219 :    
220 :     my $genomesH = $sapObject->all_genomes(-complete => 1);
221 :     my $metricsH = $sapObject->genome_metrics(-ids => $genomes);
222 :     my %labels = map { my($contigs,$sz) = @{$metricsH->{$_}};
223 :     my $lab = $genomesH->{$_} . " ($_): $sz bp, $contigs contigs";
224 :     $_ => $lab
225 :     }
226 :     @$genomes;
227 :    
228 :     my @genomes = sort { lc($labels{$a}) cmp lc($labels{$b}) } @$genomes;
229 :    
230 :     return (\@genomes,\%labels);
231 :     }
232 :    
233 :     sub process_feature_search {
234 :     my($cgi,$html) = @_;
235 :    
236 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
237 :     my $dir = $cgi->param('dir');
238 :     my $file = "$dir/assigned_functions";
239 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
240 :     &format_function_table($cgi,$html,\@hits);
241 :     }
242 :    
243 :     sub process_subsystems_search {
244 :     my($cgi,$html) = @_;
245 :    
246 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
247 :     my $dir = $cgi->param('dir');
248 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
249 :     my @hits = &process_index($file,$pattern);
250 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
251 :     }
252 :    
253 :     sub process_peg2subsystems_search {
254 :     my($cgi,$html) = @_;
255 :    
256 :     my $peg = $cgi->param('peg');
257 :     my $dir = $cgi->param('dir');
258 :     my $file = "$dir/Subsystems/subsystems.index";
259 :     my %subs = map { $_->[1] => 1 } &process_index($file,$peg);
260 :     my @hits = sort { ($a->[0] cmp $b->[0]) or ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2])
261 :     or &SeedUtils::by_fig_id($a->[4],$b->[4]) }
262 :     map { chop; [split(/\t/,$_)] }
263 :     grep { ($_ =~ /^[^\t]*\t([^\t]+)/) && $subs{$1} }
264 :     `cat $file`;
265 :     &format_subsystems_table($cgi,$html,\@hits);
266 :     }
267 :    
268 :     sub comparison {
269 :     my($cgi,$html) = @_;
270 :    
271 :     my $refG = $cgi->param('reference');
272 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
273 :     my $dir = $cgi->param('dir');
274 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
275 :     '<b>Corresponding Features</b>: ',
276 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
277 :     $cgi->submit('go'),
278 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'corresponding', -override => 1),
279 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
280 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
281 :     $cgi->end_form,
282 :     $cgi->hr,
283 :    
284 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
285 :     '<b>Features in Query, but Not Reference</b>: ',
286 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
287 :     $cgi->submit('go'),
288 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'query_only', -override => 1),
289 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
290 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
291 :     $cgi->end_form,
292 :     $cgi->hr,
293 :    
294 :     $cgi->start_form(-action => "sgv.cgi"),
295 :     '<b>Features in Reference, but Not Query</b>: ',
296 :     $cgi->textfield(-name => 'pattern', -size => 30),
297 :     $cgi->submit('go'),
298 :     $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'reference_only', -override => 1),
299 :     $cgi->hidden(-name => 'dir', -value => $dir, -override => 1),
300 :     $cgi->hidden(-name => 'reference', -value => $refG, -override => 1),
301 :     $cgi->end_form,
302 :     $cgi->hr
303 :     );
304 :     }
305 :    
306 :     sub process_corr_search {
307 :     my($cgi,$html) = @_;
308 :    
309 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
310 :     my $dir = $cgi->param('dir');
311 :     my $refG = $cgi->param('reference');
312 :     my $genome = $cgi->param('genome');
313 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
314 :     my @corr = sort { &SeedUtils::by_fig_id($a->[0],$b->[0]) }
315 :     map { chomp; [split(/\t/,$_)] } `cat $file`;
316 :    
317 :     my @genes = map { ($_->[0],$_->[1]) } @corr;
318 :     my $col_headings = ['PEG','Function','reference','Reference Function','P-sc',
319 :     'BBH','Context-Matches','AliasesR'];
320 :     my $tab = [];
321 :     foreach my $entry (@corr)
322 :     {
323 :     my($pegG,$pegR,$n_context,undef,$funcG,$funcR,$aliasesG,$aliasesR,$bbh,undef,$psc) = @$entry;
324 :    
325 :     push(@$tab,[&peg_link($cgi,$pegG),$funcG,&ref_peg_link($cgi,$pegR),$funcR,
326 :     $psc,$bbh,$n_context,$aliasesR]);
327 :     }
328 :     my $filtered = &filter_tab_entries($tab,$pattern);
329 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_headings,$filtered,'Correspondences'));
330 :     }
331 :    
332 :     sub process_query_only_search {
333 :     my($cgi,$html) = @_;
334 :    
335 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
336 :     my $dir = $cgi->param('dir');
337 :     my $refG = $cgi->param('reference');
338 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
339 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
340 :     my %in_corr = map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
341 :    
342 :     my @to_show = grep { ! $in_corr{$_} }
343 :     map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 }
344 :     `cut -f1 $dir/Features/peg/tbl`;
345 :     my %functionsH = map { $_ =~ /^(\S+)\t(\S.*\S)/; $1 => $2 } `cat $dir/assigned_functions`;
346 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
347 :     my @tab = map { [&peg_link($cgi,$_),$functionsH{$_} ? $functionsH{$_} : ""] }
348 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
349 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
350 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Missing in Reference Genome"));
351 :     }
352 :    
353 :     sub process_ref_only_search {
354 :     my($cgi,$html) = @_;
355 :    
356 :     my $pattern = $cgi->param('pattern');
357 :     my $dir = $cgi->param('dir');
358 :     my $refG = $cgi->param('reference');
359 :     my $queryG = $cgi->param('genome');
360 :     my $file = "$dir/CorrToReferenceGenomes/$refG";
361 :    
362 :     my %in_ref = map { $_ =~ /^\S+\t(\S+)/; $1 => 1 } `cat $file`;
363 :    
364 :     my $sapObject = SAPserver->new();
365 :     my $genomeH = $sapObject->all_features(-ids => [$refG], -type => 'peg');
366 :     my @to_show = grep { ! $in_ref{$_} } @{$genomeH->{$refG}};
367 :    
368 :     my $functionsH = $sapObject->ids_to_functions(-ids => \@to_show);
369 :     my $col_hdrs = ["PEG","Function"];
370 :     my @tab = map { [&ref_peg_link($cgi,$_),$functionsH->{$_} ? $functionsH->{$_} : ""] }
371 :     sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } @to_show;
372 :     my $filtered = &filter_tab_entries(\@tab,$pattern);
373 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$filtered,"Genes Present Only in Reference Genome"));
374 :     }
375 :    
376 :     sub process_index {
377 :     my($file,$pattern) = @_;
378 :    
379 :     my @lines = `cat $file`;
380 :     if ( ! $pattern)
381 :     {
382 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
383 :     }
384 :     elsif ($pattern =~ /^\s*\/(.*)\/\s*$/)
385 :     {
386 :     return &perl_patmatch(\@lines,$1);
387 :     }
388 :     else
389 :     {
390 :     return &substr_match(\@lines,$pattern);
391 :     }
392 :     }
393 :    
394 :     sub perl_patmatch {
395 :     my($lines,$pat) = @_;
396 :    
397 :     my @lines = grep { $_ =~ /$pat/i } @$lines;
398 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
399 :     }
400 :    
401 :     sub substr_match {
402 :     my($lines,$pat) = @_;
403 :    
404 :     $pat =~ s/^\s+//;
405 :     $pat =~ s/\s+$//;
406 :     my @words = split(/\s+/,$pat);
407 :     my @lines = @$lines;
408 :     foreach my $word (@words)
409 :     {
410 :     @lines = grep { &matchword($word,$_) } @lines;
411 :     }
412 :     return map { chop; [split(/\t/,$_)] } @lines;
413 :     }
414 :    
415 :     sub matchword {
416 :     my($word,$str) = @_;
417 :    
418 :     my $wordL = lc $word;
419 :     my $strL = lc $str;
420 :     if (index($strL,$wordL) >= 0)
421 :     {
422 :     if ($wordL =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/i)
423 :     {
424 :     my $wordQ = quotemeta $wordL;
425 :     return ($strL =~ /$wordQ\b/);
426 :     }
427 :     return 1;
428 :     }
429 :     return 0;
430 :     }
431 :    
432 :     sub format_function_table {
433 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
434 :    
435 :     my $col_hdrs = ['ID','Type','Function','Psi-blast','Subsystems'];
436 :     my $tab = [];
437 :    
438 :     foreach my $entry (@$entries)
439 :     {
440 :     my($fid,$function) = @$entry;
441 :     $fid =~ /fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)\.\d+$/;
442 :     my $type = $1;
443 :     if ($type eq "peg")
444 :     {
445 :     push(@$tab,[
446 :     &comp_reg_link($fid,$cgi),
447 :     'peg',
448 :     $function,
449 :     &psi_blast_link($fid),
450 :     &subsys_link($cgi,$fid)
451 :     ]);
452 :     }
453 :     else
454 :     {
455 :     push(@$tab,[$fid,$type,$function,"",""]);
456 :     }
457 :     }
458 :    
459 :     if (@$tab > 0)
460 :     {
461 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Features"));
462 :     }
463 :     else
464 :     {
465 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
466 :     }
467 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
468 :     }
469 :    
470 :     sub format_subsystems_table {
471 :     my($cgi,$html,$entries) = @_;
472 :    
473 :     my $col_hdrs = ['Classification','Subsystem','Role','Variant','PEG'];
474 :     my $tab = [];
475 :    
476 :     foreach my $entry (@$entries)
477 :     {
478 :     my($class,$subsys,$role,$variant,$peg) = @$entry;
479 :     push(@$tab,[
480 :     $class,
481 :     $subsys,
482 :     $role,
483 :     $variant,
484 :     &peg_link($cgi,$peg)
485 :     ]);
486 :     }
487 :     if (@$tab > 0)
488 :     {
489 :     push(@$html,&SeedHTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Subsystems"));
490 :     }
491 :     else
492 :     {
493 :     push(@$html,$cgi->h3('no matches'));
494 :     }
495 :     push(@$html,$cgi->hr,&query_link($cgi));
496 :     }
497 :    
498 : overbeek 1.4 sub url_to_new {
499 :     my($cgi,$fid) = @_;
500 :    
501 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
502 :     my $dir = $cgi->param('dir');
503 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$fid";
504 :     return $url;
505 :     }
506 :    
507 :     sub url_to_sv {
508 :     my($cgi,$fid) = @_;
509 :    
510 :     if ($fid !~ /\.peg\./) { return "" }
511 :     my $dir = $cgi->param('dir');
512 :     return $cgi->url() . "?request=feature&fid=$fid&dir=$dir";
513 :     }
514 : overbeek 1.1
515 :     sub comp_reg_link {
516 :     my($peg,$cgi) = @_;
517 :    
518 :     my $target = "target.$$";
519 :     my $dir = $cgi->param('dir');
520 :     my $url = $cgi->url() . "?request=feature&fid=$peg&dir=$dir";
521 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
522 :     }
523 :    
524 :     sub psi_blast_link {
525 :     my($peg) = @_;
526 :    
527 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/protein.cgi?prot=$peg&request=use_protein_tool&tool=Psi-Blast";
528 :     my $target = "target.$$";
529 :     return "<a target=$target href=$url>Psi</a>";
530 :     }
531 :    
532 :     sub ach_link {
533 :     my($cgi,$peg) = @_;
534 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$peg";
535 :     my $target = "target.$$";
536 :     return "<a target=$target href=$url>ACH</a>";
537 :     }
538 :    
539 :     sub subsys_link {
540 :     my($cgi,$peg) = @_;
541 :    
542 :     my $dir = $cgi->param('dir');
543 :     my $url = $cgi->url() . "?request=peg2subsystems&dir=$dir&peg=$peg";
544 :     my $target = "target.$$";
545 :     return "<a target=$target href=$url>sub</a>";
546 :     }
547 :    
548 :     sub peg_link {
549 :     my($cgi,$peg) = @_;
550 :    
551 :     my $dir = $cgi->param('dir');
552 :     my $url = $cgi->url() . "?request=features&dir=$dir&pattern=$peg";
553 :     my $target = "target.$$";
554 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
555 :     }
556 :    
557 :     sub ref_peg_link {
558 :     my($cgi,$peg) = @_;
559 :    
560 :    
561 :     my $target = "target.$$";
562 :     my $url = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg";
563 :     return "<a target=$target href=$url>$peg</a>";
564 :     }
565 :    
566 :     sub query_link {
567 :     my($cgi) = @_;
568 :    
569 :     my $dir = $cgi->param('dir');
570 :     my $url = $cgi->url() . "?request=basic&dir=$dir";
571 :     return "<a href=$url>Basic Query Form</a>";
572 :     }
573 :    
574 :     sub filter_tab_entries {
575 :     my($tab,$pattern) = @_;
576 :    
577 :     if (! $pattern) { return $tab }
578 :    
579 :     my $filtered = [];
580 :     foreach my $entry (@$tab)
581 :     {
582 :     my @tmp = &substr_match([join("\t",@$entry)],$pattern);
583 :     if (@tmp > 0)
584 :     {
585 :     push(@$filtered,$entry);
586 :     }
587 :     }
588 :     return $filtered;
589 :     }
590 :    
591 :     sub process_id {
592 :     my($cgi,$html) = @_;
593 :    
594 :     my $id = $cgi->param('id');
595 :     if ($id =~ /^\s*(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)\s*$/)
596 :     {
597 :     my $peg = $1;
598 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=Annotation&feature=$peg");
599 :     exit;
600 :     }
601 :     elsif ($id =~ /^\s*(\S+)\s*$/)
602 :     {
603 :     print $cgi->redirect("http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?page=ACHresults&query=$1");
604 :     exit;
605 :     }
606 :     else
607 :     {
608 :     push(@$html,$cgi->h2('Invalid request'));
609 :     }
610 :     }
611 :    
612 :     sub process_feature_display {
613 :     my($cgi,$html) = @_;
614 :    
615 :     my $dir = $cgi->param('dir');
616 :     my $seedV = SeedV->new($dir);
617 :     my $sapObject = SAPserver->new();
618 :    
619 :     my $fid = $cgi->param('fid');
620 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
621 :     my $loc = $seedV->feature_location($fid);
622 :     my $dna_seq = $seedV->dna_seq($loc);
623 :    
624 :     my ($contig,$beg,$end);
625 :     if ($loc =~ /^(\S+)_(\d+)_(\d+)$/)
626 :     {
627 :     ($contig,$beg,$end) = ($1,$2,$3);
628 :     $loc = "contig: $1, from $2 to $3"
629 :     }
630 :     push(@$html,$cgi->h1("Feature: $fid"),$cgi->h2("Function: $func"),$cgi->h3("Location: $loc"));
631 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$dna_seq);
632 :    
633 :     if (($fid =~ /\.peg\.\d+$/) && $contig)
634 :     {
635 :     my $pseq = $seedV->get_translation($fid);
636 :     &push_seq($cgi,$html,$fid,$pseq);
637 :     &push_compare_regions($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end);
638 :     }
639 :     }
640 :    
641 :     sub push_seq {
642 :     my($cgi,$html,$id,$pseq) = @_;
643 :    
644 :     push(@$html,"<pre>\n>$id\n");
645 :     my $i;
646 :     for ($i=0; ($i < length($pseq)); $i += 60)
647 :     {
648 :     my $piece = ($i < (length($pseq) - 60)) ? substr($pseq,$i,60) : substr($pseq,$i);
649 :     push(@$html,"$piece\n");
650 :     }
651 :     push(@$html,"</pre>\n");
652 :     }
653 :    
654 :     sub push_compare_regions {
655 :     my($cgi,$html,$fid,$sapObject,$seedV,$contig,$beg,$end) = @_;
656 :    
657 :     my $min = ($beg < $end) ? ($beg - 4000) : $end - 4000;
658 :     my $max = ($beg < $end) ? ($end + 4000) : $beg + 4000;
659 :     my ($genes,$minV,$maxV) = $seedV->genes_in_region($contig,$min,$max);
660 :     my %genesG = map { ($_ => 1 ) } @$genes;
661 :     my %locsG = map { $_ => $seedV->feature_location($_) } @$genes;
662 :    
663 :     my $dir = $cgi->param('dir');
664 :     my $cache = "$dir/CorrToReferenceGenomes";
665 :     my %connected;
666 :     my %color; # note that for simplicity, I am using peg ids in the given genome as symbolic colors
667 :    
668 :     foreach $_ (`cat $cache/* | cut -f1,2`)
669 :     {
670 :     if (($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)/) && $genesG{$1})
671 :     {
672 :     push(@{$connected{$1}},$2);
673 :     $color{$2} = $1;
674 :     }
675 :     }
676 :    
677 :     my $pinned = $connected{$fid};
678 :     my $locH = {};
679 :     if ($pinned)
680 :     {
681 :     my $pinLocH = $sapObject->fid_locations( -boundaries => 1, -ids => $pinned);
682 :     my @locations = map { &format_location($pinLocH->{$_}) } keys(%$pinLocH);
683 :     $locH = $sapObject->genes_in_region( -locations => \@locations, -includeLocation => 1);
684 :     }
685 :     # print &Dumper(\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color);
686 : overbeek 1.4 my @x = @{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)};
687 :     # print STDERR &Dumper(\@x); die "aborted";
688 :     push(@$html,@{&build_maps($seedV,$sapObject,$fid,\%genesG,\%locsG,$pinned,$locH,\%color,$cgi)});
689 : overbeek 1.1 }
690 :    
691 :     sub format_location {
692 :     my($loc) = @_;
693 :    
694 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
695 :     {
696 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
697 :    
698 :     my($min,$max);
699 :     if ($strand eq "+")
700 :     {
701 :     $min = &SeedUtils::max(1,$beg-4000);
702 :     $max = $beg+$ln+4000;
703 :     }
704 :     else
705 :     {
706 :     $min = &SeedUtils::max(1,$beg-($ln +4000));
707 :     $max = $beg + 4000;
708 :     }
709 :     return "$genome:$contig\_$min\_$max";
710 :     }
711 :     else
712 :     {
713 :     die "bad location: $loc";
714 :     }
715 :     }
716 :    
717 :     sub build_maps {
718 : overbeek 1.4 my($seedV,$sapObject,$pegG,$genesG,$locsG,$pinned,$locH,$color,$cgi) = @_;
719 : overbeek 1.1
720 :    
721 :     my @genome_ids = map { &SeedUtils::genome_of($_) } @$pinned;
722 :     my $genomeH = $sapObject->genome_names( -ids => \@genome_ids);
723 :     #
724 :     # first, compute a list of what we use to build each map. This will include
725 :     #
726 :     # [pinned_gene, Contig,Beg,End,GenusSpecies]]
727 :     # [[gene,Contig,Beg,End,color],...] sorted in order
728 :     #
729 :     my @map_data = ();
730 :     push(@map_data,&data_for_given_genome($pegG,$genesG,$locsG,$seedV));
731 :    
732 :     foreach my $pegR (@$pinned)
733 :     {
734 :     push(@map_data,&data_for_pinned($pegR,$locH,$color,$genomeH));
735 :     }
736 :     &set_colors($pegG,\@map_data);
737 : overbeek 1.4
738 : overbeek 1.1 my $functionH = &function_hash($sapObject,$seedV,\@map_data);
739 :    
740 :     my $gg = [];
741 : overbeek 1.2 my $sz_region = 12000;
742 : overbeek 1.1
743 :     foreach my $map_set (@map_data)
744 :     {
745 :     my($pin_data,$gene_data) = @$map_set;
746 :     my($peg,$contig,$beg,$end,$genus_species) = @$pin_data;
747 :    
748 :     if ($contig && $beg && $end) {
749 :     my $mid = int(($beg + $end) / 2);
750 :     my $min = int($mid - ($sz_region / 2));
751 :     my $max = int($mid + ($sz_region / 2));
752 :     my $genes = [];
753 :     foreach my $entry (@$gene_data)
754 :     {
755 :     my($fid1,$contig1,$beg1,$end1,$color) = @$entry;
756 :     my $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
757 : overbeek 1.2 my $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
758 : overbeek 1.1 my $function = $functionH->{$fid1};
759 : overbeek 1.4 if (! $function) { $function = "hypothetical protein" }
760 : overbeek 1.1 my $info = join('<br/>', "<b>PEG:</b> $fid1",
761 :     "<b>Contig:</b> $contig1",
762 :     "<b>Begin:</b> $beg1",
763 :     "<b>End:</b> $end1",
764 :     $function ? "<b>Function:</b> $function" : ()
765 :     );
766 :    
767 :     my $shape = "Rectangle";
768 :     if (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 < $end1)) { $shape = "rightArrow" }
769 :     elsif (($fid1 !~ /\.bs\./) && ($beg1 > $end1)) { $shape = "leftArrow" }
770 :    
771 : overbeek 1.4 my $gene_entry = [&min($beg1,$end1),
772 :     &max($beg1,$end1),
773 :     $shape,
774 :     ($fid1 !~ /\.bs\./) ? $color : 'black',
775 :     undef,,
776 :     (@$gg == 0) ? &url_to_new($cgi,$fid1) : &url_to_sv($cgi,$fid1),
777 :     $function,
778 :     $info
779 :     ];
780 :    
781 :     push(@$genes,$gene_entry);
782 : overbeek 1.1 }
783 :    
784 :     # Sequence title can be replaced by [ title, url, popup_text, menu, popup_title ]
785 :    
786 :     my $desc = "Genome: $genus_species<br />Contig: $contig";
787 :     my $map = [ [ SeedUtils::abbrev( $genus_species ), undef, $desc, undef, 'Contig' ],
788 :     0,
789 :     $max+1 - $min,
790 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)
791 :     ];
792 :    
793 :     push(@$gg,$map);
794 :     }
795 :     }
796 :    
797 :     &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
798 :     return &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2);
799 :     }
800 :    
801 :     sub data_for_given_genome {
802 :     my($peg,$pegs,$locs,$seedV) = @_;
803 :    
804 :     my @gene_data = ();
805 :     foreach my $peg1 (keys(%$pegs))
806 :     {
807 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_loc($locs->{$peg1}),$peg1]);
808 :     }
809 :     my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
810 :     return [[$peg,&split_loc($locs->{$peg}),$seedV->genus_species],[@gene_data]];
811 :     }
812 :    
813 :     sub data_for_pinned {
814 :     my($peg,$locH,$color,$genomeH) = @_;
815 :    
816 :     my $genome = &SeedUtils::genome_of($peg);
817 :     my @tmp = grep { $locH->{$_}->{$peg} } keys(%$locH);
818 :     my $locH1 = $locH->{$tmp[0]};
819 :     my $pinned_data = [$peg,&split_new_loc($locH1->{$peg}->[0]),$genomeH->{&SeedUtils::genome_of($peg)}];
820 :     my @gene_data = ();
821 :     foreach my $peg1 (keys(%$locH1))
822 :     {
823 :     # print STDERR &Dumper($peg1,$color->{$peg1}); die "aborted";
824 :     push(@gene_data,[$peg1,&split_new_loc($locH1->{$peg1}->[0]),$color->{$peg1}]);
825 :     }
826 :     my @gene_data = sort { ($a->[2]+$a->[3]) <=> ($b->[2]+$b->[3]) } @gene_data;
827 :     return [$pinned_data,[@gene_data]];
828 :     }
829 :    
830 :     sub split_loc {
831 :     my($loc) = @_;
832 :    
833 :     if ($loc && ($loc =~ /^(.*:)?(\S+)_(\d+)_(\d+)$/))
834 :     {
835 :     return ($2,$3,$4);
836 :     }
837 :     die "bad_loc: $loc";
838 :     }
839 :    
840 :     sub split_new_loc {
841 :     my($loc) = @_;
842 :    
843 :     if ($loc =~ /^(\d+\.\d+):(\S+)_(\d+)([+-])(\d+)$/)
844 :     {
845 :     my($genome,$contig,$beg,$strand,$ln) = ($1,$2,$3,$4,$5);
846 :     if ($strand eq "+")
847 :     {
848 :     return ($contig,$beg,$beg+$ln-1);
849 :     }
850 :     else
851 :     {
852 :     return ($contig,$beg,$beg-($ln-1));
853 :     }
854 :     }
855 :     die "bad_loc: $loc";
856 :     }
857 :    
858 :     sub in_bounds {
859 :     my($min,$max,$x) = @_;
860 :    
861 :     if ($x < $min) { return $min }
862 :     elsif ($x > $max) { return $max }
863 :     else { return $x }
864 :     }
865 :    
866 :     sub decr_coords {
867 :     my($genes,$min) = @_;
868 :     my($gene);
869 :    
870 :     foreach $gene (@$genes) {
871 :     $gene->[0] -= $min;
872 :     $gene->[1] -= $min;
873 :     }
874 :     return $genes;
875 :     }
876 :    
877 :     sub function_hash {
878 :     my($sapObject,$seedV,$map_data) = @_;
879 :    
880 :     my $functionH = {};
881 :     my $gene_data = $map_data->[0]->[1];
882 :     foreach my $tuple (@$gene_data)
883 :     {
884 :     my $fid = $tuple->[0];
885 :     my $func = $seedV->function_of($fid);
886 :     $functionH->{$fid} = $func;
887 :     }
888 :    
889 :     my $i;
890 :     my @ids = ();
891 :     for ($i=1; ($i < @$map_data); $i++)
892 :     {
893 :     $gene_data = $map_data->[$i]->[1];
894 :     push(@ids,map { $_->[0] } @$gene_data);
895 :     }
896 :    
897 :     my $fH = $sapObject->ids_to_functions( -ids => \@ids);
898 :     while (my($id,$func) = each(%$fH))
899 :     {
900 :     $functionH->{$id} = $func;
901 :     }
902 :     return $functionH;
903 :     }
904 :    
905 :     sub flip_map {
906 :     my($genes,$min,$max) = @_;
907 :     my($gene);
908 :    
909 :     foreach $gene (@$genes) {
910 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
911 :     if ($gene->[2] eq "rightArrow") { $gene->[2] = "leftArrow" }
912 :     elsif ($gene->[2] eq "leftArrow") { $gene->[2] = "rightArrow" }
913 :     }
914 :     return $genes;
915 :     }
916 :    
917 : overbeek 1.4
918 : overbeek 1.1 sub set_colors {
919 :     my($red_peg,$map_data) = @_;
920 :    
921 :     my %colors;
922 :     foreach my $map (@$map_data)
923 :     {
924 :     my $genes = $map->[1];
925 :     foreach $_ (@$genes)
926 :     {
927 :     if ($_->[4])
928 :     {
929 :     $colors{$_->[4]}++;
930 :     }
931 :     }
932 :     }
933 :     my @by_occ = sort { $colors{$b} <=> $colors{$a} } keys(%colors);
934 :     my $i;
935 :     my %to_color;
936 :     for ($i=1; ($i <= @by_occ); $i++)
937 :     {
938 :     $to_color{$by_occ[$i-1]} = "color$i";
939 :     }
940 :     $to_color{$red_peg} = "red";
941 :     foreach my $map (@$map_data)
942 :     {
943 :     my $genes = $map->[1];
944 :     foreach $_ (@$genes)
945 :     {
946 :     if ($_->[4])
947 :     {
948 :     $_->[4] = $to_color{$_->[4]};
949 :     }
950 :     else
951 :     {
952 :     $_->[4] = 'grey';
953 :     }
954 :     }
955 :     }
956 :     }
957 :    

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