[Bio] / FigWebServices / rast_submit_server.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/rast_submit_server.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.6, Thu Oct 22 21:15:13 2009 UTC revision 1.7, Fri Oct 23 18:30:17 2009 UTC
# Line 23  Line 23 
23                   get_contigs_from_entrez                   get_contigs_from_entrez
24                   submit_RAST_job                   submit_RAST_job
25                   status_of_RAST_job                   status_of_RAST_job
                  retrieve_RAST_job  
26                   kill_RAST_job                   kill_RAST_job
27                   delete_RAST_job                   delete_RAST_job
28                  );                  );
# Line 142  Line 141 
141    
142      my $rast_obj = new RAST_submission($rast_dbmaster, $dbmaster, $user_obj);      my $rast_obj = new RAST_submission($rast_dbmaster, $dbmaster, $user_obj);
143    
144      if ($methods{$function})  
145        #
146        # We handle retrieve in a different manner.
147        #
148        if ($function eq 'retrieve_RAST_job')
149        {
150            my $res;
151            eval {
152                $res = $rast_obj->retrieve_RAST_job(@args);
153            };
154    
155            if ($@)
156            {
157                myerror($cgi, '500 error in method invocation', $@);
158            }
159    
160            if ($res->{status} ne 'ok')
161            {
162                myerror($cgi, "501 retrieve failed: $res->{error_msg}");
163            }
164    
165            if (!open(F, "<", $res->{file}))
166            {
167                myerror($cgi, "501 could not open output file");
168            }
169    
170            print $cgi->header();
171    
172            my $buf;
173    
174            while (read(F, $buf, 4096))
175            {
176                print $buf;
177            }
178            close(F);
179        }
180        elsif ($methods{$function})
181      {      {
182    
183          my @results;          my @results;

Legend:
Removed from v.1.6  
changed lines
  Added in v.1.7

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3