[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.233, Tue Oct 3 02:33:37 2006 UTC revision 1.234, Tue Oct 17 11:38:03 2006 UTC
# Line 129  Line 129 
129          };          };
130    
131          # check if the fig_id passed is valid          # check if the fig_id passed is valid
132            Trace("Checking ID $pegID.") if T(3);
133          unless ($fig->translatable($pegID)) {          unless ($fig->translatable($pegID)) {
134              $to->titles($parameters);              $to->titles($parameters);
135              $to->add("<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/>") if $to->raw;              $to->add("<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/>") if $to->raw;
# Line 159  Line 160 
160              &FigWebServices::SeedComponents::Protein::make_assignment($fig,$cgi,$pegID);              &FigWebServices::SeedComponents::Protein::make_assignment($fig,$cgi,$pegID);
161              $request = "";              $request = "";
162          }          }
163            Trace("Request value is $request.") if T(3);
164          if      ($request eq "view_annotations") {          if      ($request eq "view_annotations") {
165              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_annotations($fig,$cgi,$pegID));              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_annotations($fig,$cgi,$pegID));
166          } elsif ($request eq "view_all_annotations") {          } elsif ($request eq "view_all_annotations") {
# Line 196  Line 197 
197              my $retval;              my $retval;
198    
199              # normal page shown.              # normal page shown.
200                Trace("Displaying normal page.") if T(3);
201              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters);
202              $to->add("<br />") if $to->raw;              $to->add("<br />") if $to->raw;
203              $to->add(title => $retval->{body});              $to->add(title => $retval->{body});
# Line 227  Line 229 
229                  delete($parameters->{id});                  delete($parameters->{id});
230                  $to->add(protein_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});                  $to->add(protein_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
231              }              }
232                Trace("Generating DNA data.") if T(3);
233              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
234              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters);
235              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
# Line 258  Line 261 
261                  delete($parameters->{id});                  delete($parameters->{id});
262                  $to->add(couplings => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});                  $to->add(couplings => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
263              }              }
264                Trace("Processing attribute data.") if T(3);
265              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
266              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters);
267              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});

Legend:
Removed from v.1.233  
changed lines
  Added in v.1.234

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3