[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.228, Thu Aug 3 22:18:50 2006 UTC revision 1.229, Mon Aug 14 16:12:08 2006 UTC
# Line 166  Line 166 
166                  ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');                  ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
167              }              }
168    
169                # initialize the return value variable
170                my $retval;
171    
172              # normal page shown.              # normal page shown.
173              $to->add(title => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters));              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters);
174              $to->add(assign => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_current_assignment($parameters));              $to->add(title => "<br/>".$retval->{body});
175                $to->add(assign => "<br/><br/>".FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_current_assignment($parameters));
176              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
177              $to->add(translink => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_translation_link());              $to->add(translink => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_translation_link());
178              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
179              $to->add(context_graphic => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_peg_view($parameters));              $to->add(context_graphic => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_peg_view($parameters));
180              $to->add(context_table => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_chromosome_context($parameters));              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
181                $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_chromosome_context($parameters);
182                delete($parameters->{title});
183                delete($parameters->{id});
184                $to->add(context_table => "<br/><br/>".$retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
185              $to->add("<br />") if $to->raw;              $to->add("<br />") if $to->raw;
186              $to->add(annotation_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters));              $to->add(annotation_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters));
187              $to->add("<hr/><br/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
188              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
189              $to->add(subsys_connections => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters));              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters);
190              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              delete($parameters->{title});
191              $to->add(protein_sequence => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters));              delete($parameters->{id});
192              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $to->add(subsys_connections => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
193              $to->add(dna_sequence => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters));              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
194              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters);
195              $to->add(flanked_sequence => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence_adjacent($parameters));              delete($parameters->{title});
196                delete($parameters->{id});
197                $to->add(protein_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
198                $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
199                $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters);
200                delete($parameters->{title});
201                delete($parameters->{id});
202                $to->add(dna_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
203                $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
204                $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence_adjacent($parameters);
205                delete($parameters->{title});
206                delete($parameters->{id});
207                $to->add(flanked_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
208              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
209              $to->add(related_assignments => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_assignments_for_identical_proteins($parameters));              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_assignments_for_identical_proteins($parameters);
210              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              delete($parameters->{title});
211              $to->add(subsys_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_links($parameters));              delete($parameters->{id});
212              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $to->add(related_assignments => "<br/><br/>". $retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
213              $to->add(couplings => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_functional_coupling($parameters));              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
214              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_links($parameters);
215              $to->add(attributes => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters));              delete($parameters->{title});
216              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              delete($parameters->{id});
217              $to->add(families => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_protein_families($parameters));              $to->add(subsys_links => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
218                $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
219                $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_functional_coupling($parameters);
220                delete($parameters->{title});
221                delete($parameters->{id});
222                $to->add(couplings => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
223                $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
224                $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters);
225                delete($parameters->{title});
226                delete($parameters->{id});
227                $to->add(attributes => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
228                $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
229                $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_protein_families($parameters);
230                delete($parameters->{title});
231                delete($parameters->{id});
232                $to->add(families => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
233              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
234              $to->add(compared_regions => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_compared_regions($parameters));              $to->add(compared_regions => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_compared_regions($parameters));
235              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
236              $to->add(pubmed_url => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_pubmed_url($parameters));              $to->add(pubmed_url => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_pubmed_url($parameters));
237              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
238              if (is_sprout($cgi)) {              if (is_sprout($cgi)) {
239                  $to->add(similarities => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_bbhs($parameters));                  $to->add(similarities => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_bbhs($parameters));
240              } else {              } else {
241                  $to->add(similarities => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_similarities($parameters));                  $parameters->{initial_value} = 'expanded';
242                    $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_similarities($parameters);
243                    delete($parameters->{title});
244                    delete($parameters->{id});
245                    $to->add(similarities => $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{form} . "<br/>" . $retval->{body});
246              }              }
247              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
248              $parameters->{noheadline} = 1;              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
249              $to->add(tools => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_tools($parameters));              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_tools($parameters);
250                delete($parameters->{title});
251                delete($parameters->{id});
252                $to->add(tools => $retval->{body});
253              $parameters->{noheadline} = undef;              $parameters->{noheadline} = undef;
254          }          }
255    
# Line 216  Line 258 
258          print $to->finish();          print $to->finish();
259      }      }
260  }  }
   
 sub show_standard {  
   
 }  

Legend:
Removed from v.1.228  
changed lines
  Added in v.1.229

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3