[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.159, Mon Oct 10 16:56:16 2005 UTC revision 1.160, Tue Oct 11 01:09:31 2005 UTC
# Line 1425  Line 1425 
1425                  # RAE: add a javascript popup with all the subsystems                  # RAE: add a javascript popup with all the subsystems
1426                  my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;                  my $ss_list=join "<br>", map { my $g = $_; $g =~ s/\_/ /g; $_ = $g } sort {$a cmp $b} @in_sub;
1427                  $in_sub = $cgi->a(                  $in_sub = $cgi->a(
1428                    {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub),                    {id=>"subsystems", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Subsystems', '$ss_list', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, $in_sub);
1429              } else {              } else {
1430                  $in_sub = "&nbsp;";                  $in_sub = "&nbsp;";
1431              }              }
1432    
1433                # evidence codes moved here so I can add a tool tip for them
1434                my $ev_codes=" &nbsp; ";
1435                my @ev_codes=&evidence_codes($fig_or_sprout,$id2);
1436                if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0])
1437                {
1438                 my $ev_code_help=join("<br />", map {&evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
1439                 $ev_codes = $cgi->a(
1440                   {id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
1441                }
1442    
1443              my $psc     = $sim->psc;              my $psc     = $sim->psc;
1444              my $iden    = $sim->iden;              my $iden    = $sim->iden;
1445              my $ln1     = $sim->ln1;              my $ln1     = $sim->ln1;
# Line 1481  Line 1491 
1491                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
1492                            $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),                            $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
1493                            "\t\t<TD Align=center>$in_sub</TD>",                            "\t\t<TD Align=center>$in_sub</TD>",
1494                            "\t\t<TD Align=center>",join("<br>",&evidence_codes($fig_or_sprout,$id2)),"</TD>",                            "\t\t<TD Align=center>$ev_codes</TD>",
1495                            "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",                            "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
1496                            #                            #
1497                            #  Colorize organism by Domain                            #  Colorize organism by Domain
# Line 2052  Line 2062 
2062              $in_sub = "&nbsp;";              $in_sub = "&nbsp;";
2063          }          }
2064    
2065            # Generate the text for the evidence codes so we can have the popup tool tips
2066            my $ev_codes=" &nbsp; ";
2067            my @ev_codes=&evidence_codes($fig_or_sprout,$fid1);
2068            if (scalar(@ev_codes) && $ev_codes[0])
2069            {
2070             my $ev_code_help=join("<br />", map {&evidence_codes_explain($_)} @ev_codes);
2071             $ev_codes = $cgi->a(
2072               {id=>"evidence_codes", onMouseover=>"javascript:if(!this.tooltip) this.tooltip=new Popup_Tooltip(this, 'Evidence Codes', '$ev_code_help', ''); this.tooltip.addHandler(); return false;"}, join("<br />", @ev_codes));
2073            }
2074    
2075    
2076    
2077          if ($cgi->param('SPROUT'))          if ($cgi->param('SPROUT'))
2078          {          {
2079              my($s_link, $g_link);              my($s_link, $g_link);
# Line 2082  Line 2104 
2104                          $best_clusters_link,                          $best_clusters_link,
2105                          $fc,$fc_sc,                          $fc,$fc_sc,
2106                          $in_sub,                          $in_sub,
2107                          join("<br>",&evidence_codes($fig_or_sprout,$fid1)),                          $ev_codes,
2108                          $comment,                          $comment,
2109                          $aliases]);                          $aliases]);
2110          }          }
# Line 2835  Line 2857 
2857  }  }
2858    
2859  sub evidence_codes_link {  sub evidence_codes_link {
2860      my($cgi) = $_;      my($cgi) = @_;
   
2861      return "<A href=\"Html/evidence_codes.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Ev</A>";      return "<A href=\"Html/evidence_codes.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Ev</A>";
2862  }  }
2863    
2864    
2865    sub evidence_codes_explain {
2866     my($ec)=@_;
2867     return unless ($ec);
2868    
2869     $ec=uc($ec);
2870     return "IDA: Inferred from Direct Assay" if ($ec eq "IDA");
2871     return "IGI: Inferred from Genetic Interaction" if ($ec eq "IGI");
2872     return "TAS: Traceable Author Statement" if ($ec eq "TAS");
2873     return "ISU: in subsystem unique" if ($ec eq "ISU");
2874     return "$ec: in subsystem duplicates" if ($ec =~ /IDU/);
2875     return "$ec: in cluster with" if ($ec =~ /ICW/);
2876     return "$ec: unknown!";
2877    }

Legend:
Removed from v.1.159  
changed lines
  Added in v.1.160

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3