[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.89, Fri Feb 25 17:20:42 2005 UTC revision 1.90, Sat Feb 26 00:50:37 2005 UTC
# Line 883  Line 883 
883      my $just_fig   = $SimParams->{ just_fig };      my $just_fig   = $SimParams->{ just_fig };
884      my $show_env   = $SimParams->{ show_env };      my $show_env   = $SimParams->{ show_env };
885      my $hide_alias = $SimParams->{ hide_alias };      my $hide_alias = $SimParams->{ hide_alias };
886        my $group_by_genome = $SimParams->{ group_by_genome };
887      #  None of these are currently active: -- GJO      #  None of these are currently active: -- GJO
888      my $extra_opt  = $SimParams->{ extra_opt };      my $extra_opt  = $SimParams->{ extra_opt };
889      my $min_q_cov  = $SimParams->{ min_q_cov };      my $min_q_cov  = $SimParams->{ min_q_cov };
# Line 906  Line 906 
906      #  -- GJO      #  -- GJO
907    
908      my @sims = grep { $show_env || ( $_->id2 !~ /^fig\|999999/ ) }      my @sims = grep { $show_env || ( $_->id2 !~ /^fig\|999999/ ) }
909                 &sims( $fig_or_sprout, $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );                 &sims( $fig_or_sprout, $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand, $group_by_genome );
910    
911      #  Similarity filter      #  Similarity filter
912    
# Line 995  Line 995 
995                    "In Sub",                    "In Sub",
996                            "Function",                            "Function",
997                            "Organism",                            "Organism",
998                            ! $hide_alias ? "Aliases" : ()                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
999                          ];                          ];
1000          } elsif ($user) {          } elsif ($user) {
1001              push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,              push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
# Line 1013  Line 1013 
1013                            "In Sub",                            "In Sub",
1014                            "Function",                            "Function",
1015                            "Organism",                            "Organism",
1016                            ! $hide_alias ? "Aliases" : ()                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1017                          ];                          ];
1018          } else {          } else {
1019              push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );              push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
# Line 1027  Line 1027 
1027                    "In Sub",                    "In Sub",
1028                            "Function",                            "Function",
1029                            "Organism",                            "Organism",
1030                            ! $hide_alias ? "Aliases" : ()                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
1031                          ];                          ];
1032          }          }
1033    
# Line 1051  Line 1051 
1051    
1052          #  Add the table data, row-by-row          #  Add the table data, row-by-row
1053    
1054          my $alia = ! $hide_alias;          my $alia = (! $hide_alias);
1055          my $sim;          my $sim;
1056          foreach $sim ( @sims ) {          foreach $sim ( @sims ) {
1057              my $id2  = $sim->id2;              my $id2  = $sim->id2;
# Line 1246  Line 1246 
1246      my $just_fig   = $cgi->param('just_fig')   || 0;      my $just_fig   = $cgi->param('just_fig')   || 0;
1247      my $show_env   = $cgi->param('show_env')   || 0;      my $show_env   = $cgi->param('show_env')   || 0;
1248      my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;      my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
1249        my $group_by_genome = $cgi->param('group_by_genome') || 0;
1250      my $trans_role = $cgi->param('translate')  || 0;      my $trans_role = $cgi->param('translate')  || 0;
1251      my $expand_groups = $cgi->param('expand_groups') || 0;      my $expand_groups = $cgi->param('expand_groups') || 0;
1252    
# Line 1303  Line 1304 
1304      my $chk_just_fig   = chked_if( $just_fig );      my $chk_just_fig   = chked_if( $just_fig );
1305      my $chk_show_env   = chked_if( $show_env );      my $chk_show_env   = chked_if( $show_env );
1306      my $chk_hide_alias = chked_if( $hide_alias );      my $chk_hide_alias = chked_if( $hide_alias );
1307        my $chk_group_by_genome = chked_if( $group_by_genome );
1308    
1309      #  Features unique to the long form:      #  Features unique to the long form:
1310    
# Line 1326  Line 1328 
1328      Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP>      Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP>
1329      Just FIG IDs:<input type=checkbox name=just_fig value=1 $chk_just_fig>      Just FIG IDs:<input type=checkbox name=just_fig value=1 $chk_just_fig>
1330      Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env>      Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env>
1331      Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />      Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias>
1332        Group by Genome:<input type=checkbox name=group_by_genome value=1 $chk_group_by_genome><br />
1333  </FORM>  </FORM>
1334  End_Short_Form  End_Short_Form
1335    
# Line 1381  Line 1384 
1384      Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP>      Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP>
1385      Just FIG IDs:<input type=checkbox name=just_fig value=1 $chk_just_fig>      Just FIG IDs:<input type=checkbox name=just_fig value=1 $chk_just_fig>
1386      Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env>      Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env>
1387      Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />      Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias>
1388        Group by Genome:<input type=checkbox name=group_by_genome value=1 $chk_group_by_genome><br />
1389  End_Default_Options  End_Default_Options
1390    
1391          #  Extra options          #  Extra options
# Line 1445  Line 1449 
1449        just_fig      => $just_fig,        just_fig      => $just_fig,
1450        show_env      => $show_env,        show_env      => $show_env,
1451        hide_alias    => $hide_alias,        hide_alias    => $hide_alias,
1452          group_by_genome => $group_by_genome,
1453        trans_role    => $trans_role,        trans_role    => $trans_role,
1454        extra_opt     => $extra_opt,        extra_opt     => $extra_opt,
1455        min_sim       => $min_sim,        min_sim       => $min_sim,
# Line 2486  Line 2491 
2491  }  }
2492    
2493  sub sims {  sub sims {
2494      my($fig_or_sprout,$peg,$max,$cutoff,$select,$expand) = @_;      my($fig_or_sprout,$peg,$max,$cutoff,$select,$expand,$group_by_genome) = @_;
2495        my(@tmp,$id,$genome,@genomes,%sims,$sim);
2496    
2497        @tmp = $fig_or_sprout->sims($peg,$max,$cutoff,$select,$expand);
2498        if (! $group_by_genome)  { return @tmp };
2499    
2500      return $fig_or_sprout->sims($peg,$max,$cutoff,$select,$expand);      foreach $sim (@tmp)
2501        {
2502            $id = $sim->id2;
2503            if ($id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+/)
2504            {
2505                $genome = $1;
2506            }
2507            else
2508            {
2509                $genome = $id;
2510            }
2511            if (! defined($sims{$genome}))
2512            {
2513                push(@genomes,$genome);
2514            }
2515            push(@{$sims{$genome}},$sim);
2516        }
2517        return map { @{$sims{$_}} } @genomes;
2518  }  }
2519    
2520  sub in_family {  sub in_family {

Legend:
Removed from v.1.89  
changed lines
  Added in v.1.90

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3