[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.64, Fri Jan 21 01:44:55 2005 UTC revision 1.65, Sun Jan 23 14:50:38 2005 UTC
# Line 32  Line 32 
32          $traceData = 0;          $traceData = 0;
33  }  }
34    
35  if (0) {  if (1) {
36      my $VAR1;      my $VAR1;
37      eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));      eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
38      $cgi = $VAR1;      $cgi = $VAR1;
# Line 603  Line 603 
603    
604          @hdrs = ("Subsystem", "Role");          @hdrs = ("Subsystem", "Role");
605    
606          my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";          my $sprout = ""; # $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
607    
608          for my $ent (@subsystems) {          for my $ent (@subsystems) {
609              my($sub, $role) = @$ent;              my($sub, $role) = @$ent;
# Line 666  Line 666 
666                    "</a>\n"                    "</a>\n"
667          );          );
668    
669      my @sims = $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);      my @sims = sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
670    
671      my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',      my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
672                                   -nolabels => 1,                                   -nolabels => 1,
673                                   -override => 1,                                   -override => 1,
674                                   -values => ["",$peg,map { $_->[1] } @sims]);                                   -values => ["",$peg,map { $_->[0] } @sims]);
675    
676      my $target = "window$$";      my $target = "window$$";
677          # RAE: added a name to the form so tha the javascript works          # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
# Line 722  Line 722 
722          $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",          $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
723                        "Similar sequence",                        "Similar sequence",
724                        "E-val",                        "E-val",
                       "ASSIGN from<hr>Translate to",  
725                        "In Sub",                        "In Sub",
726                          "ASSIGN from<hr>Translate to",
727                        "Function",                        "Function",
728                        "Organism",                        "Organism",
729                        "Aliases"                        "Aliases"
# Line 736  Line 736 
736          $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",          $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
737                            "Similar sequence",                            "Similar sequence",
738                            "E-val",                            "E-val",
                           "ASSIGN from",  
739                            "In Sub",                            "In Sub",
740                              "ASSIGN from",
741                            "Function",                            "Function",
742                            "Organism",                            "Organism",
743                            "Aliases"                            "Aliases"
# Line 806  Line 806 
806                "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",                "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
807                "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",                "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
808                "\t\t<TD Nowrap>$psc</TD>\n",                "\t\t<TD Nowrap>$psc</TD>\n",
               $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),  
809                "\t\t<TD>$in_sub</TD>",                "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
810                  $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
811                "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",                "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
812                #                #
813                #  Colorize organism by Domain                #  Colorize organism by Domain
# Line 1467  Line 1467 
1467      my $num_close = $cgi->param('num_close');      my $num_close = $cgi->param('num_close');
1468      $num_close = $num_close ? $num_close : 5;      $num_close = $num_close ? $num_close : 5;
1469    
1470      my @closest_pegs = &closest_pegs($fig_or_sprout,$peg,$num_close);      my @closest_pegs = &closest_pegs($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$num_close);
1471    
1472      if (@closest_pegs > 0) {      if (@closest_pegs > 0) {
1473          if (&possibly_truncated($fig_or_sprout,$peg)) {          if (&possibly_truncated($fig_or_sprout,$peg)) {
# Line 1559  Line 1559 
1559  }  }
1560    
1561  sub closest_pegs {  sub closest_pegs {
1562      my($fig_or_sprout,$peg,$n) = @_;      my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$n) = @_;
1563      my($id2,$d,$peg2,$i);      my($id2,$d,$peg2,$i);
1564    
1565      my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } &sims($fig_or_sprout,$peg,5,1.0e-20,"all");      my @closest;
1566        if ($cgi->param('SPROUT'))
1567        {
1568            @closest = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
1569        }
1570        else
1571        {
1572            @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } &sims($fig_or_sprout,$peg,5,1.0e-20,"all");
1573        }
1574    
1575      if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }      if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1576      my %closest = map { $_ => 1 } @closest;      my %closest = map { $_ => 1 } @closest;

Legend:
Removed from v.1.64  
changed lines
  Added in v.1.65

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3