[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.39, Fri Sep 17 20:53:05 2004 UTC revision 1.40, Mon Sep 20 13:35:25 2004 UTC
# Line 9  Line 9 
9    
10  if (0)  if (0)
11  {  {
12        my $VAR1;
13        eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
14        $cgi = $VAR1;
15    #   print STDERR &Dumper($cgi);
16    }
17    
18    if (0)
19    {
20      print $cgi->header;      print $cgi->header;
21      my @params = $cgi->param;      my @params = $cgi->param;
22      print "<pre>\n";      print "<pre>\n";
# Line 16  Line 24 
24      {      {
25          print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";          print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
26      }      }
27    
28        if (0)
29        {
30            if (open(TMP,">/tmp/protein_parms"))
31            {
32                print TMP &Dumper($cgi);
33                close(TMP);
34            }
35        }
36      exit;      exit;
37  }  }
38    
# Line 1245  Line 1262 
1262      my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;      my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
1263    
1264      my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);      my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
1265    
1266      if (@closest_pegs > 0)      if (@closest_pegs > 0)
1267      {      {
1268          if ($fig->possibly_truncated($peg))          if ($fig->possibly_truncated($peg))
# Line 1257  Line 1275 
1275          my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);          my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
1276          my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);          my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
1277          &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);          &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
   
1278          ################################### add commentary capability          ################################### add commentary capability
1279    
1280          my @commentary_form = ();          my @commentary_form = ();
# Line 1382  Line 1399 
1399              push(@$gg,$map);              push(@$gg,$map);
1400          }          }
1401      }      }
1402    
1403        my(%seen,$abbr);
1404        foreach $map (@$gg)
1405        {
1406            $abbr = $map->[0];
1407            if (defined($seen{$abbr}))
1408            {
1409                $seen{$abbr}++;
1410                $map->[0] = substr($map->[0],0,10) . "\*$seen{$abbr}";
1411            }
1412            else
1413            {
1414                $seen{$abbr} = 0;
1415            }
1416        }
1417      return $gg;      return $gg;
1418  }  }
1419    
# Line 1477  Line 1509 
1509    
1510  sub get_connections_by_similarity {  sub get_connections_by_similarity {
1511      my($all_pegs) = @_;      my($all_pegs) = @_;
1512      my($i,$tmp,$peg1,%peg2i,%pos_of);      my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
1513        my($sim,%conn,$x,$y);
1514    
1515      for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)      for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1516      {      {
# Line 1489  Line 1522 
1522          }          }
1523      }      }
1524    
1525      my($sim,%conn,$x,$y);      foreach $y (keys(%pos_of))
1526        {
1527            $x = $pos_of{$y};
1528            for ($i=0; ($i < @$x); $i++)
1529            {
1530                for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++)
1531                {
1532                    push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
1533                    push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
1534                }
1535            }
1536        }
1537    
1538      for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)      for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1539      {      {
1540          foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))          foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))

Legend:
Removed from v.1.39  
changed lines
  Added in v.1.40

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3