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revision 1.36, Thu Aug 19 23:53:17 2004 UTC revision 1.37, Mon Aug 23 21:46:44 2004 UTC
# Line 691  Line 691 
691                                       -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);                                       -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
692    
693          my $target = "window$$";          my $target = "window$$";
694            # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
695          push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',          push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
696                                          -target => $target,                                          -target => $target,
697                                          -action => 'fid_checked.cgi'                                          -action => 'fid_checked.cgi',
698                                            -name   => 'fid_checked'
699                                        ),                                        ),
700                        $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),                        $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
701                        $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),                        $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
# Line 786  Line 788 
788                          ];                          ];
789          }          }
790    
791            # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
792            push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
793    
794    
795          #          #
796          # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting          # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
797          # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO          # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
# Line 845  Line 851 
851              my $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );              my $color2  = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
852              my $radio   = $user ? shift @from : undef;              my $radio   = $user ? shift @from : undef;
853              my $func2   = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user ) );              my $func2   = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user ) );
854                ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
855                ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
856                my $color3="#FFFFFF";
857                unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
858    
859              if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }              if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
860    
861              #              #
# Line 871  Line 882 
882                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
883                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
884                            $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),                            $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
885                            "\t\t<TD>$func2</TD>\n",                            "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
886                            #                            #
887                            #  Colorize organism by Domain                            #  Colorize organism by Domain
888                            #                            #

Legend:
Removed from v.1.36  
changed lines
  Added in v.1.37

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