[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.243, Tue Apr 10 04:01:55 2007 UTC revision 1.244, Mon Jul 16 19:48:52 2007 UTC
# Line 221  Line 221 
221              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
222              $to->add(context_graphic => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_peg_view($parameters));              $to->add(context_graphic => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_peg_view($parameters));
223              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
224                Trace("Formatting context.") if T(3);
225              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_chromosome_context($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_chromosome_context($parameters);
226              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
227              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
228              $to->add(context_table => "<br/><br/>".$retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(context_table => "<br/><br/>".$retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
229              $to->add("<br />") if $to->raw;              $to->add("<br />") if $to->raw;
230                Trace("Retrieving annotation links.") if T(3);
231              $to->add(annotation_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters));              $to->add(annotation_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters));
232              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
233              if ($proteinMode) {              if ($proteinMode) {
234                    Trace("Processing subsystem connections.") if T(3);
235                  $parameters->{initial_value} = 'expanded';                  $parameters->{initial_value} = 'expanded';
236                  $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters);                  $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters);
237                  delete($parameters->{title});                  delete($parameters->{title});
238                  delete($parameters->{id});                  delete($parameters->{id});
239                  $to->add(subsys_connections => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});                  $to->add(subsys_connections => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
240                    Trace("Subsystem connections plotted.") if T(3);
241              }              }
242              if ($proteinMode) {              if ($proteinMode) {
243                    Trace("Processing AA sequence.") if T(3);
244                  $parameters->{initial_value} = 'collapsed';                  $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
245                  $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters);                  $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters);
246                  delete($parameters->{title});                  delete($parameters->{title});
247                  delete($parameters->{id});                  delete($parameters->{id});
248                  $to->add(protein_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});                  $to->add(protein_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
249                    Trace("AA sequence plotted.") if T(3);
250              }              }
251              Trace("Generating DNA data.") if T(3);              Trace("Generating DNA data.") if T(3);
252              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';

Legend:
Removed from v.1.243  
changed lines
  Added in v.1.244

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3