[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.229, Mon Aug 14 16:12:08 2006 UTC revision 1.230, Thu Aug 24 22:58:03 2006 UTC
# Line 106  Line 106 
106              }              }
107          }          }
108    
109            # Get the feature type.
110            my $featureType = $fig->ftype($pegID);
111            my $proteinMode = ($featureType eq 'peg');
112            if ($featureType eq 'peg') {
113                $featureType = 'Protein';
114            } else {
115                $featureType = uc $featureType;
116            }
117            if ($to->mode()) {
118                $to->add(ftype => $featureType);
119            }
120          my $parameters = { fig_object  => $fig,          my $parameters = { fig_object  => $fig,
121                             peg_id      => $pegID,                             peg_id      => $pegID,
122                             table_style => 'plain',                             table_style => 'plain',
123                             fig_disk    => $FIG_Config::fig_disk . "/",                             fig_disk    => $FIG_Config::fig_disk . "/",
124                             form_target => 'protein.cgi'                             form_target => 'protein.cgi',
125                               ftype       => $featureType
126          };          };
127    
128          my ($min, $max, $features) = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_region_data($parameters);          my ($min, $max, $features) = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_region_data($parameters);
# Line 171  Line 183 
183    
184              # normal page shown.              # normal page shown.
185              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters);
186              $to->add(title => "<br/>".$retval->{body});              $to->add("<br />") if $to->raw;
187              $to->add(assign => "<br/><br/>".FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_current_assignment($parameters));              $to->add(title => $retval->{body});
188                $to->add("<br/><br/>") if $to->raw;
189                $to->add(assign => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_current_assignment($parameters));
190              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
191              $to->add(translink => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_translation_link());              $to->add(translink => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_translation_link());
192              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
# Line 185  Line 199 
199              $to->add("<br />") if $to->raw;              $to->add("<br />") if $to->raw;
200              $to->add(annotation_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters));              $to->add(annotation_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters));
201              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
202                if ($proteinMode) {
203              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
204              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters);
205              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
206              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
207              $to->add(subsys_connections => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(subsys_connections => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
208                }
209                if ($proteinMode) {
210              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
211              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters);
212              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
213              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
214              $to->add(protein_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(protein_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
215                }
216              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
217              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters);
218              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
# Line 205  Line 223 
223              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
224              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
225              $to->add(flanked_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(flanked_sequence => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
226                if ($proteinMode) {
227              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
228              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_assignments_for_identical_proteins($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_assignments_for_identical_proteins($parameters);
229              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
230              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
231              $to->add(related_assignments => "<br/><br/>". $retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(related_assignments => "<br/><br/>". $retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
232                }
233                if ($proteinMode) {
234              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
235              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_links($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_links($parameters);
236              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
237              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
238              $to->add(subsys_links => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(subsys_links => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
239                }
240                if ($proteinMode) {
241              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
242              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_functional_coupling($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_functional_coupling($parameters);
243              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
244              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
245              $to->add(couplings => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(couplings => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
246                }
247              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
248              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters);
249              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
250              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
251              $to->add(attributes => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(attributes => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
252                if ($proteinMode) {
253              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
254              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_protein_families($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_protein_families($parameters);
255              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
256              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
257              $to->add(families => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});              $to->add(families => "<br/><br/>".$retval->{button} . "&nbsp;&nbsp;" . $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{body});
258                }
259              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
260              $to->add(compared_regions => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_compared_regions($parameters));              $to->add(compared_regions => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_compared_regions($parameters));
261              $to->add("<hr/>") if $to->raw;              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
# Line 244  Line 270 
270                  delete($parameters->{id});                  delete($parameters->{id});
271                  $to->add(similarities => $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{form} . "<br/>" . $retval->{body});                  $to->add(similarities => $retval->{title} . "<br/><br/>" . $retval->{form} . "<br/>" . $retval->{body});
272              }              }
273                if ($proteinMode) {
274              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
275              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
276              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_tools($parameters);              $retval = FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_tools($parameters);
277              delete($parameters->{title});              delete($parameters->{title});
278              delete($parameters->{id});              delete($parameters->{id});
279              $to->add(tools => $retval->{body});              $to->add(tools => $retval->{body});
280                }
281              $parameters->{noheadline} = undef;              $parameters->{noheadline} = undef;
282          }          }
283    

Legend:
Removed from v.1.229  
changed lines
  Added in v.1.230

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3