[Bio] / FigWebServices / protein.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/protein.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.222, Wed Jul 26 21:10:41 2006 UTC revision 1.223, Fri Jul 28 02:13:42 2006 UTC
# Line 16  Line 16 
16  # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.  # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17  #  #
18    
 my $sproutAvail = eval {  
     require SproutFIG;  
     require PageBuilder;  
 };  
   
19  use warnings;  use warnings;
20  use strict;  use strict;
21    
# Line 33  Line 28 
28  use FIG_CGI;  use FIG_CGI;
29  use UserData;  use UserData;
30  use FigWebServices::SeedComponents;  use FigWebServices::SeedComponents;
31    use PageBuilder;
32    use TemplateObject;
33    
34    print header();
35    
36  eval {  eval {
37      &main();      &main();
38  };  };
39    
40  if($@) {  if($@) {
41      print header(),start_html();      print start_html();
42      print STDERR "EXCEPTION: $@\n";      print STDERR "EXCEPTION: $@\n";
43      print "EXCEPTION: $@\n",end_html();      print "EXCEPTION: $@\n",end_html();
44  }  }
45    
46  1;  1;
47    
48    
49  sub main {  sub main {
50      # initialize fig object      # initialize fig object
51      my ($fig, $cgi, $user) = FIG_CGI::init(debug_save   => 0,      my ($fig, $cgi, $user) = FIG_CGI::init(debug_save   => 0,
52                                             debug_load   => 0,                                             debug_load   => 0,
53                                             print_params => 0);                                             print_params => 0);
54        # check if an external page is to be displayed, called with data from seed.
   
     # check if an external page is to be displayed, called with data from seed  
55      if ($cgi->param('tool')) {      if ($cgi->param('tool')) {
56    
57          my $user = $cgi->param('user');          # Get the template object.
58            my $to = TemplateObject->new($cgi, php => 'Tool');
59    
60          my $html = "";          # Get the PEG.
61          $html .= $cgi->header();          my $pegID = $cgi->param('prot');
62    
63          my $parameters = { fig_object  => $fig,          my $parameters = { fig_object  => $fig,
64                             peg_id      => $cgi->param('prot'),                             peg_id      => $pegID,
65                             table_style => 'plain',                             table_style => 'plain',
66                             fig_disk    => $FIG_Config::fig_disk . "/",                             fig_disk    => $FIG_Config::fig_disk . "/",
67                             form_target => 'protein.cgi'                             form_target => 'protein.cgi'
68          };          };
69    
70          # write the seed header          # Format the header information.
71          $html .= FigWebServices::SeedComponents::Framework::get_plain_header($parameters);          $to->titles($parameters);
72          $html .= "<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/><hr/>";          # Spit out an index link.
73            $to->add(undef => "<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/><hr/>");
74    
75          # call the tool page          # Call the tool.
76          $html .= & FigWebServices::SeedComponents::Basic::call_tool($fig, $cgi->param('prot'));          $to->add(results => & FigWebServices::SeedComponents::Basic::call_tool($fig, $pegID));
77    
78          $html .= "<hr/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link();          # Spit out another copy of the index link.
79            $to->add(undef => "<hr/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link());
80    
81          $html .= $cgi->end_html();          # Output the page.
82            print $to->finish();
         print $html;  
83    
84      # check for the new framework      # check for the new framework
85      } elsif ($cgi->param('new_framework')) {      } elsif ($cgi->param('new_framework')) {
# Line 93  Line 93 
93    
94          # display the old version          # display the old version
95    
96          my $user = $cgi->param('user');          # Get the template object.
97            my $to = TemplateObject->new($cgi, php => 'Protein', $cgi->param("request"));
98    
99          my $html = "";          # Get the PEG.
100          $html .= $cgi->header();          my $pegID = $cgi->param('prot');
101    
102          my $parameters = { fig_object  => $fig,          my $parameters = { fig_object  => $fig,
103                             peg_id      => $cgi->param('prot'),                             peg_id      => $pegID,
104                             table_style => 'plain',                             table_style => 'plain',
105                             fig_disk    => $FIG_Config::fig_disk . "/",                             fig_disk    => $FIG_Config::fig_disk . "/",
106                             form_target => 'protein.cgi'                             form_target => 'protein.cgi'
# Line 110  Line 111 
111          $parameters->{max} = $max;          $parameters->{max} = $max;
112          $parameters->{features} = $features;          $parameters->{features} = $features;
113    
114          $html .= FigWebServices::SeedComponents::Framework::get_plain_header($parameters);          # Format the header information.
115          $html .= "<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/>";          $to->titles($parameters);
116          $html .= FigWebServices::SeedComponents::Framework::get_js_css_links();          # Spit out an index link.
117            $to->add("<br/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link() . "<br/>") if $to->raw;
118            $to->add(FigWebServices::SeedComponents::Framework::get_js_css_links()) if $to->raw;
119    
120          # check for request parameter          # check for request parameter
121          my $request = $cgi->param("request") || "";          my $request = $cgi->param("request") || "";
122    
123          # check for quick assign          # check for quick assign. Quick assigns do not work in Sprout, but if we're in Sprout and a
124            # fast assign is requested, we've already crashed when we tried to create the template.
125          if ($request eq "fast_assign")            {          if ($request eq "fast_assign")            {
126              &FigWebServices::SeedComponents::Protein::make_assignment($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));              &FigWebServices::SeedComponents::Protein::make_assignment($fig,$cgi,$pegID);
127              $request = "";              $request = "";
128          }          }
129    
130          if    ($request eq "view_annotations") {          if    ($request eq "view_annotations") {
131              $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_annotations($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_annotations($fig,$cgi,$pegID));
132          } elsif ($request eq "view_all_annotations") {          } elsif ($request eq "view_all_annotations") {
133              $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_all_annotations($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::view_all_annotations($fig,$cgi,$pegID));
134          } elsif ($request eq "show_coupling_evidence") {          } elsif ($request eq "show_coupling_evidence") {
135              $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_coupling_evidence($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_coupling_evidence($fig,$cgi,$pegID));
136          } elsif ($request eq "abstract_coupling") {          } elsif ($request eq "abstract_coupling") {
137              $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_abstract_coupling_evidence($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_abstract_coupling_evidence($fig,$cgi,$pegID));
138          } elsif ($request eq "ec_to_maps") {          } elsif ($request eq "ec_to_maps") {
139              $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_ec_to_maps($fig,$cgi);              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_ec_to_maps($fig,$cgi));
140          } elsif ($request eq "link_to_map") {          } elsif ($request eq "link_to_map") {
141              $html .= &FigWebServices::SeedComponents::Protein::link_to_map($fig,$cgi);              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::link_to_map($fig,$cgi));
142          } elsif ($request eq "fusions") {          } elsif ($request eq "fusions") {
143              $html = &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_fusions($fig,$cgi,$cgi->param('prot'));              $to->add(results => &FigWebServices::SeedComponents::Protein::show_fusions($fig,$cgi,$pegID));
144          }          } else {
145                # normal page shown.
146          # otherwise show normal page              $to->add(title => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters));
147          else {              $to->add(assign => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_current_assignment($parameters));
148                $to->add("<hr/>") if $to->raw;
149              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_title($parameters);              $to->add(translink => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_translation_link());
150              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_current_assignment($parameters);              $to->add("<hr/>") if $to->raw;
151              $html .= "<hr/>";              $to->add(context_graphic => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_peg_view($parameters));
152              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_translation_link();              $to->add(context_table => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_chromosome_context($parameters));
153              $html .= "<hr/>";              $to->add("<br />") if $to->raw;
154              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_peg_view($parameters);                  $to->add(annotation_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters);
155              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_chromosome_context($parameters);                  $to->add("<hr/><br/>") if $to->raw;
             $html .= "<br/>";  
             $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_annotation_links($parameters);  
             $html .= "<hr/><br/>";  
156              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
157              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters);              $to->add(subsys_connections => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_subsystem_connections($parameters));
158              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
159              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters);              $to->add(protein_sequence => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_aa_sequence($parameters));
160              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
161              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters);              $to->add(dna_sequence => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence($parameters));
162              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
163              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence_adjacent($parameters);              $to->add(flanked_sequence => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_dna_sequence_adjacent($parameters));
164              $parameters->{initial_value} = 'expanded';              $parameters->{initial_value} = 'expanded';
165              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_assignments_for_identical_proteins($parameters);              $to->add(related_assignments => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_assignments_for_identical_proteins($parameters));
166              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
167              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_links($parameters);              $to->add(subsys_links => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_links($parameters));
168              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
169              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_functional_coupling($parameters);              $to->add(couplings => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_functional_coupling($parameters));
170              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
171              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters);              $to->add(attributes => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_attributes($parameters));
172              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';              $parameters->{initial_value} = 'collapsed';
173              if (! $cgi->param("SPROUT")) {              if (is_sprout($cgi)) {
174                  $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_protein_families($parameters);                  my $link = "<p><a href=\"proteinfamilies.cgi?user=$user&prot=$pegID&equivalence=1\">Explore Protein Families for $pegID</a></p>";
175                  $html .= "<br/><hr/>";                  $to->add(families => $link);
176                } else {
177                    $to->add(families => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_protein_families($parameters));
178                    $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
179              }              }
180              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_compared_regions($parameters);              $to->add(compared_regions => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_compared_regions($parameters));
181              $html .= "<br/><hr/>";              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
182              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_pubmed_url($parameters);              $to->add(pubmed_url => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_pubmed_url($parameters));
183              $html .= "<br/><hr/>";              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
184              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_similarities($parameters);              $to->add(similarities => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_similarities($parameters));
185              $html .= "<br/><hr/>";              $to->add("<br/><hr/>") if $to->raw;
186              $parameters->{noheadline} = 1;              $parameters->{noheadline} = 1;
187              $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_tools($parameters);              $to->add(tools => FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_tools($parameters));
188              $parameters->{noheadline} = undef;              $parameters->{noheadline} = undef;
189          }          }
190    
191          $html .= "<br/><hr/>";          $to->add("<br/><hr/>" . FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link()) if $to->raw;
         $html .= FigWebServices::SeedComponents::Protein::get_index_link();  
192    
193          print $html;          print $to->finish();
         print end_html();  
194      }      }
195  }  }
196    

Legend:
Removed from v.1.222  
changed lines
  Added in v.1.223

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3