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revision 1.140, Fri Jul 22 21:50:44 2005 UTC revision 1.141, Wed Jul 27 15:46:25 2005 UTC
# Line 630  Line 630 
630      # If the Add Changes button is pressed we will save the changes      # If the Add Changes button is pressed we will save the changes
631      # we will do this first before displaying the results      # we will do this first before displaying the results
632    
633      my @attr=&get_attributes($fig_or_sprout,$peg);      my @attr = sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2]) } $fig_or_sprout->get_attributes($peg);
634      if ($cgi->param('Add Changes')) {      if ($cgi->param('Add Changes')) {
635        my ($deleted, $added, $changed)=(undef, undef, undef);        my ($deleted, $added, $changed)=(undef, undef, undef);
636    
# Line 665  Line 665 
665          if ($added)   {push @$tab, [["<strong>Added Attributes",   "td colspan=6 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$added}          if ($added)   {push @$tab, [["<strong>Added Attributes",   "td colspan=6 bgcolor=gray style=\"text-align: center\""]], @$added}
666    
667          push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Changed Data"));          push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Changed Data"));
668          @attr=&get_attributes($fig_or_sprout, $peg);          @attr = sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2]) } $fig_or_sprout->get_attributes($peg);
669        }        }
670        # now get the explanations and save those        # now get the explanations and save those
671        my $explanations;        my $explanations;
# Line 758  Line 758 
758  {  {
759      my($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg) = @_;      my($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg) = @_;
760    
761      my @props = $fig_or_sprout->get_attributes($peg);      my @props = sort { ($a->[1] cmp $b->[1]) or ($a->[2] cmp $b->[2]) } $fig_or_sprout->get_attributes($peg);
762    
763      my @col_hdrs = ("Key", "Value");      my @col_hdrs = ("Key", "Value");
764    
# Line 1243  Line 1243 
1243                            "region in<br>$peg<br>$color_help",                            "region in<br>$peg<br>$color_help",
1244                            "ASSIGN from<hr>Translate to",                            "ASSIGN from<hr>Translate to",
1245                            "In Sub",                            "In Sub",
1246                              &ev_link($cgi),
1247                            "Function<br>$func_clr_help",                            "Function<br>$func_clr_help",
1248                            "Organism",                            "Organism",
1249                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
# Line 1261  Line 1262 
1262                            "region in<br>$peg<br>$color_help",                            "region in<br>$peg<br>$color_help",
1263                            "ASSIGN from",                            "ASSIGN from",
1264                            "In Sub",                            "In Sub",
1265                              &ev_link($cgi),
1266                            "Function<br>$func_clr_help",                            "Function<br>$func_clr_help",
1267                            "Organism",                            "Organism",
1268                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
# Line 1275  Line 1277 
1277                            "region in<br>similar sequence<br>$color_help",                            "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1278                            "region in<br>$peg<br>$color_help",                            "region in<br>$peg<br>$color_help",
1279                            "In Sub",                            "In Sub",
1280                              &ev_link($cgi),
1281                            "Function<br>$func_clr_help",                            "Function<br>$func_clr_help",
1282                            "Organism",                            "Organism",
1283                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()                            (! $hide_alias) ? "Aliases" : ()
# Line 1368  Line 1371 
1371    
1372              my @in_sub  = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);              my @in_sub  = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
1373              my $in_sub;              my $in_sub;
1374    
1375              if (@in_sub > 0) {              if (@in_sub > 0) {
1376                  $in_sub = @in_sub;                  $in_sub = @in_sub;
1377              } else {              } else {
# Line 1425  Line 1429 
1429                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",                            "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
1430                            $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),                            $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
1431                            "\t\t<TD Align=center>$in_sub</TD>",                            "\t\t<TD Align=center>$in_sub</TD>",
1432                              "\t\t<TD Align=center>",join("<br>",&evidence_codes($fig_or_sprout,$id2)),"</TD>",
1433                            "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",                            "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
1434                            #                            #
1435                            #  Colorize organism by Domain                            #  Colorize organism by Domain
# Line 1860  Line 1865 
1865      # RAE Added Subsys col headers      # RAE Added Subsys col headers
1866      if ($cgi->param('SPROUT'))      if ($cgi->param('SPROUT'))
1867      {      {
1868          $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","find<br>best<br>clusters","pins","fc-sc","SS","comment","","","aliases"];          $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","find<br>best<br>clusters","pins","fc-sc","SS",&ev_link($cgi),"comment","","","aliases"];
1869      }      }
1870      else      else
1871      {      {
1872          $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","find<br>best<br>clusters","pins","fc-sc","SS","comment","aliases"];          $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","find<br>best<br>clusters","pins","fc-sc","SS",&ev_link($cgi),"comment","aliases"];
1873      }      }
1874    
1875      my($tab) = [];      my($tab) = [];
# Line 1976  Line 1981 
1981                          $fc ? $fc : "&nbsp;",                          $fc ? $fc : "&nbsp;",
1982                          $fc_sc ? $fc_sc : "&nbsp;",                          $fc_sc ? $fc_sc : "&nbsp;",
1983                          $in_sub,                          $in_sub,
1984                            join("<br>",&evidence_codes($fig_or_sprout,$fid1)),
1985                          $comment,                          $comment,
1986                          $s_link,                          $s_link,
1987                          $g_link,                          $g_link,
# Line 1987  Line 1993 
1993                          $best_clusters_link,                          $best_clusters_link,
1994                          $fc,$fc_sc,                          $fc,$fc_sc,
1995                          $in_sub,                          $in_sub,
1996                            join("<br>",&evidence_codes($fig_or_sprout,$fid1)),
1997                          $comment,                          $comment,
1998                          $aliases]);                          $aliases]);
1999          }          }
# Line 2713  Line 2720 
2720      return \%in_cluster;      return \%in_cluster;
2721  }  }
2722    
2723    sub evidence_codes {
2724        my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2725    
2726        if ($peg !~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+$/) { return "" }
2727    
2728        my @codes = $fig_or_sprout->get_attributes($peg,"evidence_code");
2729        return (@codes > 0) ? map { $_->[2] } @codes : ();
2730    }
2731    
2732    sub ev_link {
2733        my($cgi) = $_;
2734    
2735        return "<A href=\"Html/evidence_codes.html\" target=\"SEED_or_SPROUT_help\">Ev</A>";
2736    }

Legend:
Removed from v.1.140  
changed lines
  Added in v.1.141

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