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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.76 - (view) (download)

1 : overbeek 1.71
2 : efrank 1.1 use FIG;
3 : olson 1.56
4 :     my $sproutAvail = eval {
5 :     require SproutFIG;
6 :     require PageBuilder;
7 :     };
8 :    
9 : parrello 1.60 if (!$sproutAvail) {
10 : olson 1.56 warn "Sprout library not available: $@\n";
11 :     }
12 :    
13 : heiko 1.45 use FIGGenDB;
14 : olson 1.48 use FIGjs;
15 : efrank 1.1
16 :     use HTML;
17 : olson 1.48 use Data::Dumper;
18 :    
19 : efrank 1.1 use strict;
20 :     use GenoGraphics;
21 :     use CGI;
22 : parrello 1.60 use Tracer;
23 :    
24 : efrank 1.1 my $cgi = new CGI;
25 :    
26 : olson 1.57 use Carp 'cluck';
27 : parrello 1.60 my $traceData = $cgi->param('trace');
28 :     if ($traceData) {
29 :     TSetup($cgi, "QUEUE");
30 :     $traceData = 1;
31 :     } else {
32 :     TSetup(0, "NONE");
33 :     $traceData = 0;
34 :     }
35 : olson 1.57
36 : overbeek 1.66 if (0) {
37 : overbeek 1.40 my $VAR1;
38 :     eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
39 :     $cgi = $VAR1;
40 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
41 :     }
42 :    
43 : parrello 1.60 if (0) {
44 : efrank 1.1 print $cgi->header;
45 :     my @params = $cgi->param;
46 :     print "<pre>\n";
47 : parrello 1.60 foreach $_ (@params) {
48 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
49 : efrank 1.1 }
50 : overbeek 1.40
51 : parrello 1.60 if (0) {
52 :     if (open(TMP,">/tmp/protein_parms")) {
53 :     print TMP &Dumper($cgi);
54 :     close(TMP);
55 :     }
56 : overbeek 1.40 }
57 : efrank 1.1 exit;
58 :     }
59 :    
60 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout);
61 : parrello 1.60 if ($cgi->param('SPROUT')) {
62 : olson 1.56 $fig_or_sprout = new SproutFIG($FIG_Config::sproutDB, $FIG_Config::sproutData);
63 : parrello 1.60 } else {
64 : overbeek 1.53 $fig_or_sprout = new FIG;
65 :     }
66 :    
67 : efrank 1.1 my $html = [];
68 : overbeek 1.53
69 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
70 : efrank 1.1
71 :     my $prot = $cgi->param('prot');
72 : parrello 1.60 if (! $prot) {
73 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
74 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
75 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
76 : efrank 1.1 exit;
77 :     }
78 : golsen 1.34
79 : parrello 1.60 if ($prot !~ /^fig\|/) {
80 : overbeek 1.53 my @poss = &by_alias($fig_or_sprout,$prot);
81 :    
82 : parrello 1.60 if (@poss > 0) {
83 :     $prot = $poss[0];
84 :     } else {
85 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
86 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
87 :     &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
88 :     exit;
89 : overbeek 1.16 }
90 :     }
91 : efrank 1.1
92 : overbeek 1.53
93 : golsen 1.34 #
94 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
95 :     #
96 :    
97 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
98 :     if ( $adjust ) {
99 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
100 :     if ( $prefix && $protnum ) {
101 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
102 : overbeek 1.53 if ( &translatable($fig_or_sprout, $prot2 ) ) {
103 : golsen 1.34 $prot = $prot2;
104 :     $cgi->delete('prot');
105 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
106 :     }
107 :     }
108 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
109 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
110 :     }
111 :    
112 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
113 : overbeek 1.63 #my $compute_ok = eval {
114 :    
115 : olson 1.58
116 : overbeek 1.68 if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
117 : parrello 1.60 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
118 :     elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
119 : overbeek 1.68 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
120 : parrello 1.60 elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
121 :     elsif ($request eq "fast_assign") { $html = &make_assignment($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
122 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
123 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
124 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
125 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
126 :     else {
127 :     $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
128 :     }
129 : overbeek 1.68
130 :     if ($cgi->param('SPROUT') && (ref($html) eq "ARRAY"))
131 :     {
132 :     $_ = {};
133 :     $_->{kv_pairs} = $html;
134 :     $html = $_;
135 :     }
136 : overbeek 1.63 #};
137 : olson 1.58
138 : overbeek 1.63 #if (!$compute_ok) {
139 :     # Trace($@);
140 :     #}
141 : overbeek 1.68
142 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
143 : overbeek 1.11 exit;
144 :    
145 :     #==============================================================================
146 :     # use_protein_tool
147 :     #==============================================================================
148 : efrank 1.1
149 :     sub use_protein_tool {
150 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
151 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
152 :    
153 : overbeek 1.53 my $seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot);
154 : parrello 1.60 if (! $seq) {
155 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
156 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
157 :     return;
158 : efrank 1.1 }
159 :     my $protQ = quotemeta $prot;
160 :    
161 :     my $tool = $cgi->param('tool');
162 :     $/ = "\n//\n";
163 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
164 : parrello 1.60 if (@tools == 1) {
165 :     chomp $tools[0];
166 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
167 :     my $args = [];
168 :     foreach $line (@args) {
169 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
170 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
171 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
172 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
173 :     push(@$args,[$name,$val]);
174 :     }
175 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
176 : overbeek 1.72 #$url='http://localhost/cgi-bin/extract_params.cgi'; in case I forget to delete this, it is just a script that grabs params from cgis RAE
177 : parrello 1.60 push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
178 : efrank 1.1 }
179 :     }
180 :    
181 : overbeek 1.11 #==============================================================================
182 :     # make_assignment
183 :     #==============================================================================
184 :    
185 : efrank 1.1 sub make_assignment {
186 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
187 : efrank 1.1 my($userR);
188 :    
189 :     my $function = $cgi->param('func');
190 :     my $user = $cgi->param('user');
191 :    
192 : parrello 1.60 if ($function && $user && $prot) {
193 :     if ($user =~ /master:(.*)/) {
194 :     $userR = $1;
195 :     &assign_function($fig_or_sprout,$prot,"master",$function,"");
196 : overbeek 1.68 &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
197 : parrello 1.60 } else {
198 : overbeek 1.68 &assign_function($fig_or_sprout,$prot,$user,$function,"");
199 :     &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,"Set function to\n$function\n");
200 :     }
201 : efrank 1.1 }
202 :     $cgi->delete("request");
203 :     $cgi->delete("func");
204 : overbeek 1.53 $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
205 :     return $html;
206 : efrank 1.1 }
207 :    
208 : overbeek 1.11 #==============================================================================
209 :     # view_annotations
210 :     #==============================================================================
211 :    
212 : efrank 1.1 sub view_annotations {
213 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
214 : efrank 1.1
215 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
216 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
217 : overbeek 1.69
218 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } &feature_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$prot) ];
219 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
220 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
221 :     } else {
222 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
223 : efrank 1.1 }
224 :     }
225 :    
226 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
227 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
228 : overbeek 1.15 my($ann);
229 :    
230 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
231 : parrello 1.60 if (&is_real_feature($fig_or_sprout,$peg)) {
232 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
233 : overbeek 1.68 my @related = &related_by_func_sim($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$cgi->param('user'));
234 : parrello 1.60 push(@related,$peg);
235 :    
236 :     my @annotations = &merged_related_annotations($fig_or_sprout,\@related);
237 :    
238 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
239 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
240 :     &genus_species($fig_or_sprout,&genome_of($ann->[0])),
241 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
242 :     ] } @annotations];
243 :     if (@$tab > 0) {
244 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
245 :     } else {
246 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
247 :     }
248 : overbeek 1.15 }
249 :     }
250 :    
251 : overbeek 1.11 #==============================================================================
252 :     # show_coupling_evidence
253 :     #==============================================================================
254 :    
255 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
256 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
257 : efrank 1.1 my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
258 :    
259 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
260 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
261 :     my $to = $cgi->param('to');
262 : overbeek 1.53 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,5000,1.0e-10,4);
263 : efrank 1.1
264 : parrello 1.60 if (@coup != 1) {
265 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
266 :     } else {
267 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
268 :     my $tab = [];
269 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
270 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
271 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
272 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
273 :     push( @$tab, [ $link1,
274 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg1),
275 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg1,$user),
276 :     $link2,
277 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg2),
278 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg2,$user)
279 :     ]
280 : overbeek 1.11 );
281 : parrello 1.60 }
282 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
283 : efrank 1.1 }
284 :     }
285 :    
286 : overbeek 1.11 #==============================================================================
287 :     # psi_blast_prot_sequence
288 :     #==============================================================================
289 :    
290 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
291 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot_id) = @_;
292 : efrank 1.1 }
293 :    
294 : overbeek 1.11 #==============================================================================
295 :     # show_initial
296 :     #==============================================================================
297 :    
298 : efrank 1.1 sub show_initial {
299 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
300 :    
301 :     unshift @{$html->{general}}, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
302 : efrank 1.1
303 : overbeek 1.53 my $gs = &org_of($fig_or_sprout,$prot);
304 : parrello 1.60 Trace("got gs=$gs prot=$prot $fig_or_sprout\n") if T(2);
305 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/) {
306 :     if (! &is_real_feature($fig_or_sprout,$prot)) {
307 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
308 :     } else {
309 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
310 :     &translation_piece($fig_or_sprout,$cgi,$html->{translate_status});
311 :     &display_peg($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
312 :     }
313 :     } else {
314 :     # &display_external($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
315 : efrank 1.1 }
316 :     }
317 :    
318 : overbeek 1.11 #==============================================================================
319 :     # display_peg
320 :     #==============================================================================
321 :    
322 : efrank 1.1 sub display_peg {
323 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
324 : efrank 1.1 my $loc;
325 :    
326 : overbeek 1.53 my $user = $cgi->param('user');
327 :    
328 : efrank 1.1 my $half_sz = 5000;
329 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
330 :     my @fc_data;
331 : parrello 1.60 if ($fc) {
332 : redwards 1.49 # RAE Added the following lines so that you can define this in the URL
333 : parrello 1.60 # but the default behavior remains unchanged. I doubt anyone will ever
334 :     # see this, but I use it sometimes to see what happens
335 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff)=(5000, 1.0e-10, 4);
336 :     if ($cgi->param('fcbound')) {$bound=$cgi->param('fcbound')}
337 :     if ($cgi->param('fcsim')) {$sim_cutoff=$cgi->param('fcsim')}
338 :     if ($cgi->param('fccoup')) {$coupling_cutoff=$cgi->param('fccoup')}
339 :    
340 :     @fc_data = &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
341 :     } else {
342 :     @fc_data = ();
343 :     }
344 :    
345 :     if ($loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg)) {
346 :     my($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
347 :     my $min = &max(0,&min($beg,$end) - $half_sz);
348 :     my $max = &max($beg,$end) + $half_sz;
349 :     Trace("display_peg: min=$min max=$max beg=$beg end=$end") if T(2);
350 :     my($feat,$min,$max) = &genes_in_region($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
351 :     Trace("beg=$beg end=$end New min = $min, max = $max, features = " . join(", ", @{$feat})) if T(3);
352 :    
353 :     my ($beg,$end,$genes) = &print_context($fig_or_sprout,$cgi,$html->{contig_context},$peg,$feat,$min,$max);
354 :     Trace("Print context returned: beg=$beg, end=$end, genes = " . join(", ", @{$genes})) if T(3);
355 :     &print_graphics_context($beg,$end,$genes,$html->{context_graphic});
356 :    
357 : overbeek 1.68 &print_assignments($fig_or_sprout,$cgi,$html->{assign_for_equiv_prots},$peg);
358 : parrello 1.60 &print_kv_pairs($fig_or_sprout,$cgi,$html->{kv_pairs},$peg);
359 :     &print_subsys_connections($fig_or_sprout,$cgi,$html->{subsys_connections},$peg,$user);
360 :     &print_links($fig_or_sprout,$cgi,$html->{links},$peg);
361 :    
362 :     push @{$html->{javascript}}, "\n", &FIGjs::toolTipScript();
363 :    
364 :     my $has_translation = &translatable($fig_or_sprout,$peg);
365 :     &print_services($fig_or_sprout,$cgi,$html->{services},$peg,$has_translation,\@fc_data);
366 : overbeek 1.63
367 : parrello 1.60 &print_sims_block($fig_or_sprout,$cgi,$html->{similarities},$peg,$user,$has_translation);
368 :    
369 :     if ($has_translation) {
370 :     &show_tools($fig_or_sprout,$cgi,$html->{tools},$peg);
371 :     }
372 : efrank 1.1 }
373 :     }
374 :    
375 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
376 :    
377 :     sub show_tools {
378 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
379 : efrank 1.1
380 :     $cgi->param(-name => "request",
381 :     -value => "use_protein_tool");
382 :     my $url = $cgi->self_url();
383 :    
384 : parrello 1.60 if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools")) {
385 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
386 :     my $tab = [];
387 :    
388 :     $/ = "\n//\n";
389 :     while (defined($_ = <TMP>)) {
390 : overbeek 1.72 # allow comment lines in the file
391 :     next if (/^#/);
392 : parrello 1.60 my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
393 : overbeek 1.72 # RAE modified this so we can include column headers.
394 :     undef($desc) if ($desc eq "//"); # it is a separator
395 :     if ($desc) {push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc])}
396 :     else {push(@$tab, [["<strong>$tool</strong>", "td colspan=2 align=center"]])}
397 : parrello 1.60 }
398 :     close(TMP);
399 :     $/ = "\n";
400 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
401 : efrank 1.1 }
402 :     $cgi->delete('request');
403 :     }
404 :    
405 :     ################# Functional Coupling ############################
406 :    
407 :     sub print_fc {
408 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
409 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
410 : parrello 1.60
411 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
412 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
413 : parrello 1.60 [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$neigh,$user)]
414 :     } @$fc_data;
415 :     if (@tab > 0) {
416 :     push(@$html,"<hr>\n");
417 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
418 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
419 : efrank 1.1 }
420 :     }
421 :    
422 :     sub ev_link {
423 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
424 :    
425 :     my $prot = $cgi->param('prot');
426 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
427 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
428 :     }
429 :    
430 :     ################# Assignments ############################
431 :    
432 :     sub trans_function_of {
433 : overbeek 1.53 my($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
434 : efrank 1.1
435 : parrello 1.60 if (wantarray()) {
436 :     my $x;
437 : overbeek 1.68 my @funcs = &function_ofL($fig_or_sprout,$peg,$user);
438 :    
439 : parrello 1.60 if ($cgi->param('translate')) {
440 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = &translate_function($fig_or_sprout,$x->[1]); $x } @funcs;
441 :     }
442 :     return @funcs;
443 :     } else {
444 :     my $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$peg,$user);
445 :     if ($cgi->param('translate')) {
446 :     $func = &translate_function($fig_or_sprout,$func);
447 :     }
448 :     return $func;
449 : efrank 1.1 }
450 :     }
451 :    
452 : overbeek 1.53 ########################## Routines that build pieces of HTML ######################
453 :    
454 :    
455 :     sub print_sims_block {
456 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user,$has_translation) = @_;
457 :    
458 :     my $sims = $cgi->param('sims');
459 : golsen 1.76 if ( (! $sims ) && $has_translation && ( ! $cgi->param('SPROUT') ) )
460 :     {
461 :     my $short_form = 1;
462 :     sims_request_form( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
463 :     }
464 : overbeek 1.53
465 : golsen 1.76 # Added test $has_translation && (...) -- GJO
466 :     elsif ( $has_translation && ( $sims || $cgi->param('SPROUT') ) )
467 :     {
468 : parrello 1.60 &print_similarities($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
469 : overbeek 1.53 }
470 :     }
471 :    
472 :    
473 :     sub print_services {
474 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$has_translation,$fc_data) = @_;
475 :    
476 :     my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
477 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
478 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
479 : parrello 1.60
480 : overbeek 1.63 if ((! $cgi->param('SPROUT')) && $fig_or_sprout->peg_in_gendb($peg))
481 :     {
482 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::linkPEGGenDB($peg));
483 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::importOrganismGenDB($peg));
484 :     }
485 : overbeek 1.53
486 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
487 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
488 :    
489 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
490 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
491 :    
492 :     $link = $cgi->url();
493 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
494 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
495 :     my $user = $cgi->param('user');
496 : parrello 1.60 if (! $user) {
497 :     $user = "";
498 :     } else {
499 :     $link = $link . "?SPROUT=$sprout&fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
500 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
501 : overbeek 1.53 }
502 :    
503 : golsen 1.76 # Isn't this redundant? Look up about 9 lines. -- GJO
504 :    
505 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
506 :     if (! $sprout)
507 :     {
508 :     my $fc = $cgi->param('fc');
509 :     if ((! $fc) && (&feature_locationS($fig_or_sprout,$peg))) {
510 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
511 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
512 :     } elsif ($fc) {
513 :     &print_fc($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data);
514 :     }
515 : overbeek 1.53
516 : overbeek 1.63 my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
517 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
518 : overbeek 1.53
519 : overbeek 1.63 my $link = &cgi_url . "/homologs_in_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user\n";
520 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Find Homologs in Clusters</a>\n");
521 :     }
522 : overbeek 1.53
523 : parrello 1.60 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation) {
524 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
525 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
526 :     } elsif ($cgi->param('compare_region')) {
527 :     &print_compared_regions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
528 : overbeek 1.53 }
529 :     }
530 :    
531 : efrank 1.1 sub print_assignments {
532 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
533 : efrank 1.1 my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
534 :    
535 :     my $user = $cgi->param('user');
536 : overbeek 1.68 $user = defined($user) ? $user : "";
537 :    
538 : overbeek 1.53 my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
539 : overbeek 1.68 $user_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
540 :    
541 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
542 :    
543 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } &mapped_prot_ids($fig_or_sprout,$cgi,$peg);
544 : efrank 1.1
545 : parrello 1.60 foreach $id (@maps_to) {
546 : overbeek 1.68 my $tmp;
547 :     if (($id ne $peg) && ($tmp = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$id)))
548 :     {
549 :     push(@funcs, [$id,&who($id),$tmp]);
550 : parrello 1.60 }
551 : efrank 1.1 }
552 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
553 : overbeek 1.68
554 :    
555 : efrank 1.1 push(@$html,"<hr>\n");
556 :    
557 : parrello 1.60 if ((@funcs == 0) && (! $user_func)) {
558 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
559 : efrank 1.1 }
560 : overbeek 1.25
561 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_;
562 :     [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),
563 :     &org_of($fig_or_sprout,$id),
564 : overbeek 1.75 $who ? $who : "&nbsp;",
565 :     ($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : "&nbsp;"),
566 : overbeek 1.68 &set_map_links($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
567 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
568 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
569 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
570 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
571 :     }
572 : overbeek 1.53 }
573 : parrello 1.60
574 : overbeek 1.53 sub print_kv_pairs {
575 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
576 : efrank 1.1
577 : overbeek 1.53 my @attr = &feature_attributes($fig_or_sprout,$peg);
578 : parrello 1.60 if (@attr > 0) {
579 :     my $tab = [];
580 :     foreach $_ (@attr) {
581 :     my($tag,$val,$url) = @$_;
582 :     push(@$tab,[$tag,"<a href=\"$url\">$val</a>"]);
583 :     }
584 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table(["Key","Value"],$tab,"Attributes"),$cgi->hr);
585 : overbeek 1.38 }
586 : overbeek 1.53 }
587 :    
588 : overbeek 1.68 sub who {
589 :     my($id) = @_;
590 :    
591 :     if ($id =~ /^fig\|/) { return "FIG" }
592 :     if ($id =~ /^gi\|/) { return "" }
593 :     if ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { return "RefSeq" }
594 :     if ($id =~ /^sp\|/) { return "SwissProt" }
595 :     if ($id =~ /^uni\|/) { return "UniProt" }
596 :     if ($id =~ /^pir\|/) { return "PIR" }
597 :     if ($id =~ /^kegg\|/) { return "KEGG" }
598 :     }
599 :    
600 : overbeek 1.53 sub print_subsys_connections {
601 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user) = @_;
602 : overbeek 1.38
603 : olson 1.28 #
604 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
605 :     #
606 :    
607 : parrello 1.60 if (my @subsystems = &subsystems_for_peg($fig_or_sprout,$peg)) {
608 :     push(@$html,
609 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
610 :    
611 :     my(@hdrs);
612 :     my(@table);
613 :    
614 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
615 :    
616 : overbeek 1.65 my $sprout = ""; # $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
617 : parrello 1.60
618 :     for my $ent (@subsystems) {
619 :     my($sub, $role) = @$ent;
620 :     my $url = $cgi->a({href => "subsys.cgi?SPROUT=$sprout&user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
621 :     push(@table, [$url, $role]);
622 :     }
623 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
624 : olson 1.28 }
625 : overbeek 1.53 }
626 :    
627 :     sub print_links {
628 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
629 : overbeek 1.31
630 : parrello 1.60 my @links = &peg_links($fig_or_sprout,$peg);
631 :     if (@links > 0) {
632 :     my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
633 :     my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
634 :     my $tab = [];
635 :     my ($n,$i);
636 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5) {
637 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
638 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
639 :     }
640 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
641 : overbeek 1.25 }
642 :    
643 : parrello 1.60 if (! $cgi->param('SPROUT')) {
644 :     my $url = &cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
645 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
646 : overbeek 1.53 }
647 : efrank 1.1 }
648 :    
649 :    
650 :    
651 :     ################# Similarities ############################
652 :    
653 :    
654 :     sub print_similarities {
655 : overbeek 1.53 my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
656 : overbeek 1.63
657 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
658 :     {
659 :     &print_similarities_SPROUT($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
660 :     }
661 :     else
662 :     {
663 :     &print_similarities_SEED($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
664 :     }
665 :     }
666 :    
667 : golsen 1.76
668 : overbeek 1.63 sub print_similarities_SPROUT {
669 :     my($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
670 :    
671 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
672 :     my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
673 :    
674 :     push( @$html, $cgi->hr,
675 :     "<a name=Similarities>",
676 : overbeek 1.68 $cgi->h1(''),
677 : overbeek 1.63 "</a>\n"
678 :     );
679 :    
680 : overbeek 1.65 my @sims = sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
681 : overbeek 1.63
682 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
683 :     -nolabels => 1,
684 :     -override => 1,
685 : overbeek 1.65 -values => ["",$peg,map { $_->[0] } @sims]);
686 : overbeek 1.63
687 :     my $target = "window$$";
688 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
689 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
690 :     -target => $target,
691 :     -action => 'fid_checked.cgi',
692 :     -name => 'fid_checked'
693 :     ),
694 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => 1),
695 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
696 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
697 :     $cgi->br,
698 :     "For Selected (checked) sequences: ",
699 :     $cgi->submit('align'),
700 :     );
701 :    
702 :     if ($user) {
703 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
704 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
705 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
706 :     $cgi->br, $cgi->br,
707 :     $cgi->submit('assign/annotate')
708 :     );
709 :    
710 :     if ($cgi->param('translate')) {
711 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
712 :     $cgi->submit('check rules'),
713 :     $cgi->br
714 :     );
715 :     }
716 :     }
717 :    
718 :     push( @$html, $cgi->br,
719 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
720 :     -value => $peg,
721 :     -override => 1,
722 :     -checked => 1,
723 :     -label => ""
724 :     )
725 :     );
726 :    
727 :     my $col_hdrs;
728 :     if ($user && $cgi->param('translate')) {
729 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
730 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
731 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
732 :     );
733 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
734 :     "Similar sequence",
735 :     "E-val",
736 : overbeek 1.65 "In Sub",
737 : overbeek 1.63 "ASSIGN from<hr>Translate to",
738 :     "Function",
739 :     "Organism",
740 :     "Aliases"
741 :     ];
742 :     } elsif ($user) {
743 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
744 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
745 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
746 :     );
747 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
748 :     "Similar sequence",
749 :     "E-val",
750 : overbeek 1.65 "In Sub",
751 : overbeek 1.63 "ASSIGN from",
752 :     "Function",
753 :     "Organism",
754 :     "Aliases"
755 :     ];
756 :     } else {
757 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
758 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
759 :     "Similar sequence",
760 :     "E-val",
761 :     "In Sub",
762 :     "Function",
763 :     "Organism",
764 :     "Aliases"
765 :     ];
766 :     }
767 :    
768 :     my $ncol = @$col_hdrs;
769 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
770 : overbeek 1.68 "\t<Caption><h2>Bidirectional Best Hits</h2></Caption>\n",
771 : overbeek 1.63 "\t<TR>\n\t\t<TH>",
772 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
773 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
774 :     );
775 :    
776 :     # Add the table data, row-by-row
777 :    
778 :     my $sim;
779 :     foreach $sim ( @sims ) {
780 :     my($id2,$psc) = @$sim;
781 :     my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
782 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
783 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
784 :     chomp $id2_link;
785 :    
786 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
787 :     my $in_sub;
788 :     if (@in_sub > 0) {
789 :     $in_sub = @in_sub;
790 :     } else {
791 : overbeek 1.74 $in_sub = "&nbsp;";
792 : overbeek 1.63 }
793 :    
794 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
795 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
796 :     ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
797 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
798 :     my $color3="#FFFFFF";
799 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
800 :    
801 :     #
802 :     # Colorize organisms:
803 :     #
804 :     # my $org = html_enc( &org_of($fig_or_sprout, $id2 ) );
805 :     my ($org,$oc) = &org_and_color_of($fig_or_sprout, $id2 );
806 :     $org = html_enc( $org );
807 :    
808 :     my $aliases = html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) );
809 : overbeek 1.68
810 : overbeek 1.64 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases);
811 : overbeek 1.63
812 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
813 :    
814 : overbeek 1.74 $func2 = $func2 ? $func2 : "&nbsp;";
815 :     $aliases = $aliases ? $aliases : "&nbsp;";
816 :    
817 : overbeek 1.63 push( @$html, "\t<TR>\n",
818 :     #
819 :     # Colorize check box by Domain
820 :     #
821 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
822 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
823 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc</TD>\n",
824 : overbeek 1.65 "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
825 : overbeek 1.63 $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
826 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
827 :     #
828 :     # Colorize organism by Domain
829 :     #
830 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
831 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
832 :     "\t\t<TD>$aliases</TD>\n",
833 :     "\t</TR>\n"
834 :     );
835 :     }
836 :     push( @$html, "</TABLE>\n" );
837 :     push( @$html, $cgi->end_form );
838 :     }
839 :    
840 :    
841 :     sub print_similarities_SEED {
842 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
843 : efrank 1.1
844 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
845 : golsen 1.76 my $current_func = &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $peg, $user );
846 : efrank 1.1
847 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr,
848 : golsen 1.76 "<a name=Similarities>", $cgi->h1('Similarities'), "</a>\n"
849 : golsen 1.34 );
850 :    
851 : golsen 1.76 # Generate the request form, and return current option values in hash
852 : efrank 1.1
853 : golsen 1.76 my $short_form = 0;
854 :     my $SimParams = sims_request_form( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
855 : overbeek 1.51
856 : golsen 1.76 my $maxN = $SimParams->{ maxN };
857 :     my $maxP = $SimParams->{ maxP };
858 :     my $max_expand = $SimParams->{ max_expand };
859 :     my $just_fig = $SimParams->{ just_fig };
860 :     my $show_env = $SimParams->{ show_env };
861 :     my $hide_alias = $SimParams->{ hide_alias };
862 :    
863 :     # None of these are currently active: -- GJO
864 :     my $extra_opt = $SimParams->{ extra_opt };
865 :     my $min_q_cov = $SimParams->{ min_q_cov };
866 :     my $min_s_cov = $SimParams->{ min_s_cov };
867 :     my $min_sim = $SimParams->{ min_sim };
868 :     my $sim_meas = $SimParams->{ sim_meas };
869 :     my $show_rep = $SimParams->{ show_rep };
870 :     my $max_sim = $SimParams->{ max_sim };
871 :     my $dyn_thrsh = $SimParams->{ dyn_thrsh };
872 :     my $save_dist = $SimParams->{ save_dist };
873 :     my $chk_which = $SimParams->{ chk_which };
874 : efrank 1.1
875 : golsen 1.76 # There is currently no control to turn this on! -- GJO
876 :     my $expand_groups = $SimParams->{ expand_groups };
877 : efrank 1.1
878 : golsen 1.18 my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
879 : efrank 1.1
880 : golsen 1.76 # Move filtering of sims list out of display loop. Avoids many problems,
881 :     # including display of table with no entries. Anticipate more filters.
882 :     # -- GJO
883 :    
884 :     my @sims = grep { $show_env || ( $_->id2 !~ /^fig\|999999/ ) }
885 :     &sims( $fig_or_sprout, $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
886 :    
887 :     if ( @sims ) {
888 :     push( @$html, $cgi->hr );
889 :     my @from = $cgi->radio_group( -name => 'from',
890 :     -nolabels => 1,
891 :     -override => 1,
892 :     -values => [ "", $peg, map { $_->id2 } @sims ]
893 :     );
894 : parrello 1.60
895 :     my $target = "window$$";
896 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
897 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
898 : golsen 1.76 -target => $target,
899 :     -action => 'fid_checked.cgi',
900 :     -name => 'fid_checked'
901 : parrello 1.60 ),
902 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
903 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
904 :     $cgi->br,
905 :     "For Selected (checked) sequences: ",
906 :     $cgi->submit('align'),
907 :     $cgi->submit('view annotations'),
908 :     $cgi->submit('show regions')
909 :     );
910 :    
911 :     if ($user) {
912 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
913 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
914 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
915 :     $cgi->br, $cgi->br,
916 :     $cgi->submit('assign/annotate')
917 :     );
918 :    
919 :     if ($cgi->param('translate')) {
920 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
921 :     $cgi->submit('check rules'),
922 :     $cgi->br
923 :     );
924 :     }
925 :     }
926 : efrank 1.1
927 : parrello 1.60 push( @$html, $cgi->br,
928 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
929 :     -value => $peg,
930 :     -override => 1,
931 :     -checked => 1,
932 :     -label => ""
933 :     )
934 :     );
935 :    
936 :     my $col_hdrs;
937 :     my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
938 :     if ($user && $cgi->param('translate')) {
939 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
940 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
941 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
942 :     );
943 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
944 :     $expand_groups ? "family" : (),
945 :     $expand_groups ? "size" : (),
946 :     "Similar sequence",
947 :     "E-val<br>% iden",
948 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
949 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
950 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
951 :     "In Sub",
952 :     "Function",
953 :     "Organism",
954 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
955 :     ];
956 :     } elsif ($user) {
957 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
958 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
959 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
960 :     );
961 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
962 :     $expand_groups ? "family" : (),
963 :     $expand_groups ? "size" : (),
964 :     "Similar sequence",
965 :     "E-val<br>% iden",
966 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
967 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
968 :     "ASSIGN from",
969 :     "In Sub",
970 :     "Function",
971 :     "Organism",
972 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
973 :     ];
974 :     } else {
975 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
976 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
977 :     $expand_groups ? "family" : (),
978 :     $expand_groups ? "size" : (),
979 :     "Similar sequence",
980 :     "E-val<br>% iden",
981 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
982 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
983 :     "In Sub",
984 :     "Function",
985 :     "Organism",
986 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
987 :     ];
988 :     }
989 : efrank 1.1
990 : redwards 1.37 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
991 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
992 :    
993 : parrello 1.60
994 :     #
995 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
996 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
997 :     #
998 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
999 :    
1000 :     my $ncol = @$col_hdrs;
1001 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
1002 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
1003 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
1004 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
1005 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
1006 :     );
1007 :    
1008 :     # Add the table data, row-by-row
1009 :    
1010 :     my $alia = ! $hide_alias;
1011 :     my $sim;
1012 :     foreach $sim ( @sims ) {
1013 :     my $id2 = $sim->id2;
1014 : golsen 1.76
1015 :     # # Filtering moved outside of "if ( @sims ) {" -- GJO
1016 :     #
1017 :     # if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/)) {
1018 :     # shift @from;
1019 :     # next;
1020 :     # }
1021 :    
1022 : parrello 1.60 my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
1023 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
1024 :    
1025 :     my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
1026 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = &in_family($fig_or_sprout,$id2))) {
1027 :     $sz = &sz_family($fig_or_sprout,$family);
1028 :     $funcF = html_enc( &family_function($fig_or_sprout,$family) );
1029 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
1030 :     } else {
1031 :     $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
1032 :     }
1033 :    
1034 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
1035 :     chomp $id2_link;
1036 :    
1037 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
1038 :     my $in_sub;
1039 :     if (@in_sub > 0) {
1040 :     $in_sub = @in_sub;
1041 :     } else {
1042 : overbeek 1.74 $in_sub = "&nbsp;";
1043 : parrello 1.60 }
1044 :    
1045 :     my $psc = $sim->psc;
1046 :     my $iden = $sim->iden;
1047 :     my $ln1 = $sim->ln1;
1048 :     my $ln2 = $sim->ln2;
1049 :     my $b1 = $sim->b1;
1050 :     my $e1 = $sim->e1;
1051 :     my $b2 = $sim->b2;
1052 :     my $e2 = $sim->e2;
1053 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1054 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1055 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1056 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
1057 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1058 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
1059 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
1060 : overbeek 1.53 my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
1061 : parrello 1.60 ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
1062 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
1063 : overbeek 1.68 my $color3="#FFFFFF";
1064 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
1065 : parrello 1.60
1066 :     if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
1067 :    
1068 :     #
1069 :     # Colorize organisms:
1070 :     #
1071 :     # my $org = html_enc( &org_of($fig_or_sprout, $id2 ) );
1072 :     my ($org,$oc) = &org_and_color_of($fig_or_sprout, $id2 );
1073 :     $org = html_enc( $org );
1074 :    
1075 :     my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) )
1076 :     : undef;
1077 : overbeek 1.64 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases);
1078 : parrello 1.60 # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
1079 :    
1080 : overbeek 1.74 $func2 = $func2 ? $func2 : "&nbsp;";
1081 :     $aliases = $aliases ? $aliases : "&nbsp;";
1082 : parrello 1.60 push( @$html, "\t<TR>\n",
1083 :     #
1084 :     # Colorize check box by Domain
1085 :     #
1086 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
1087 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
1088 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
1089 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
1090 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
1091 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
1092 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
1093 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
1094 :     "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
1095 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
1096 :     #
1097 :     # Colorize organism by Domain
1098 :     #
1099 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
1100 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
1101 :     $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
1102 :     "\t</TR>\n"
1103 :     );
1104 :     }
1105 : overbeek 1.11
1106 : parrello 1.60 push( @$html, "</TABLE>\n" );
1107 :     push( @$html, $cgi->end_form );
1108 : efrank 1.1 }
1109 :     }
1110 :    
1111 : golsen 1.18 #
1112 :     # Support functions for writing the similarities
1113 :     #
1114 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
1115 :     #
1116 :    
1117 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1118 :    
1119 :     #
1120 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
1121 :     # matching region.
1122 :     #
1123 :     # Left side is red; right side is blue.
1124 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
1125 :     #
1126 :    
1127 :     sub match_color {
1128 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
1129 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
1130 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
1131 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
1132 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
1133 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
1134 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
1135 :     my $br = 1;
1136 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
1137 :     }
1138 :    
1139 :     #
1140 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
1141 :     #
1142 :    
1143 :     sub hsb2rgb {
1144 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
1145 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
1146 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
1147 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
1148 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
1149 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
1150 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
1151 :     )
1152 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
1153 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
1154 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
1155 :     );
1156 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
1157 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
1158 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
1159 :     )
1160 :     }
1161 :    
1162 :     #
1163 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
1164 :     #
1165 :    
1166 :     sub rgb2html {
1167 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
1168 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
1169 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
1170 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
1171 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
1172 :     }
1173 :    
1174 :     #
1175 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
1176 :     #
1177 :    
1178 :     sub floor {
1179 :     my $x = $_[0];
1180 :     defined( $x ) || return undef;
1181 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
1182 :     }
1183 :    
1184 :    
1185 : golsen 1.76 #------------------------------------------------------------------------
1186 :     # Generate similarity query forms for the SEED. Consolidates things like
1187 :     # style and defaults in one place.
1188 :     #
1189 :     # my $user = $cgi->param('user') || "";
1190 :     # my $short_form = 0;
1191 :     # my $SimParam = sims_request_form( $fig, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form );
1192 :     #------------------------------------------------------------------------
1193 :    
1194 :     sub sims_request_form {
1195 :     my ( $fig, $cgi, $html, $peg, $user, $short_form ) = @_;
1196 :    
1197 :     # Read available parameters, and fill in defaults:
1198 :    
1199 :     my $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 50;
1200 :     my $max_expand = defined( $cgi->param('max_expand') ) ? $cgi->param('max_expand') : 5;
1201 :     my $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
1202 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
1203 :     my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
1204 :     my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
1205 :     my $trans_role = $cgi->param('translate') || 0;
1206 :     my $expand_groups = $cgi->param('expand_groups') || 0;
1207 :    
1208 :     # New parameters. Not yet implimented.
1209 :     # Make the defaults loose ennough to pass everything:
1210 :    
1211 :     my $extra_opt = defined( $cgi->param('extra_opt') ) ? $cgi->param('extra_opt') : 0;
1212 :     my $min_sim = defined( $cgi->param('min_sim') ) ? $cgi->param('min_sim') : 0.01;
1213 :     my $min_q_cov = defined( $cgi->param('min_q_cov') ) ? $cgi->param('min_q_cov') : 0.01;
1214 :     my $min_s_cov = defined( $cgi->param('min_s_cov') ) ? $cgi->param('min_s_cov') : 0.01;
1215 :     my $sim_meas = defined( $cgi->param('sim_meas') ) ? $cgi->param('sim_meas') : 'id';
1216 :    
1217 :     # The defaults for representative sequences might be tuned:
1218 :    
1219 :     my $show_rep = defined( $cgi->param('show_rep') ) ? $cgi->param('show_rep') : 0;
1220 :     my $max_sim = defined( $cgi->param('max_sim') ) ? $cgi->param('max_sim') : 0.70;
1221 :     my $dyn_thrsh = defined( $cgi->param('dyn_thrsh') ) ? $cgi->param('dyn_thrsh') : 0;
1222 :     my $save_dist = defined( $cgi->param('save_dist') ) ? $cgi->param('save_dist') : 0.80;
1223 :    
1224 :     # Mark some of the sequences automatically?
1225 :    
1226 :     my $chk_which = defined( $cgi->param('chk_which') ) ? $cgi->param('chk_which') : 'none';
1227 :    
1228 :     # Use $cgi->param('more similarities') to drive increase in maxN and max_expand
1229 :    
1230 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
1231 :     $maxN *= 2;
1232 :     $max_expand *= 2;
1233 :     $cgi->delete('more similarities');
1234 :     }
1235 :    
1236 :     # Act on request for more or fewer sim options
1237 :    
1238 :     if ( $cgi->param('more sim options') ) {
1239 :     $extra_opt = 1;
1240 :     $cgi->delete('more sim options');
1241 :     }
1242 :     if ( $cgi->param('fewer sim options') ) {
1243 :     $extra_opt = 0;
1244 :     $cgi->delete('fewer sim options');
1245 :     }
1246 :    
1247 :     # We have processed all options. Use them to build forms.
1248 :    
1249 :     # Sanity checks on fixed vocabulary parameter values:
1250 :    
1251 :     $sim_meas = 'id' unless $sim_meas eq 'pos' || $sim_meas eq 'bpp';
1252 :     $chk_which = 'none' unless $chk_which eq 'all' || $chk_which eq 'rep';
1253 :    
1254 :     # Checkmarks for input tags
1255 :    
1256 :     my $chk_just_fig = chked_if( $just_fig );
1257 :     my $chk_show_env = chked_if( $show_env );
1258 :     my $chk_hide_alias = chked_if( $hide_alias );
1259 :    
1260 :     # Features unique to the long form:
1261 :    
1262 :     if ( $short_form )
1263 :     {
1264 :     # Use a here document to push the short version of the similarities form
1265 :     # on @$html (many values are passed as hidden inputs).
1266 :    
1267 :     push @$html, <<"End_Short_Form";
1268 :    
1269 :     <FORM Action=\"protein.cgi#Similarities\">
1270 :     <input type=hidden name=prot value=\"$peg\">
1271 :     <input type=hidden name=sims value=1>
1272 :     <input type=hidden name=fid value=\"$peg\">
1273 :     <input type=hidden name=user value=\"$user\">
1274 :     <input type=hidden name=translate value=$trans_role>
1275 :    
1276 :     <input type=submit name=Similarities value=Similarities>
1277 :     Max sims:<input type=text name=maxN size=5 value=$maxN>
1278 :     Max expand:<input type=text name=max_expand size=5 value=$max_expand>
1279 :     Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP>
1280 :     Just FIG IDs:<input type=checkbox name=just_fig value=1 $chk_just_fig>
1281 :     Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env>
1282 :     Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />
1283 :     </FORM>
1284 :     End_Short_Form
1285 :    
1286 :     }
1287 :     else
1288 :     {
1289 :     # Navigation buttons
1290 :    
1291 :     my ( $prev_peg_btn, $next_peg_btn ) = ( "", "" );
1292 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
1293 :     if ( $prefix && $protnum ) {
1294 :     if ( ( $protnum > 1 ) && &translatable( $fig_or_sprout, $prefix . ($protnum-1) ) )
1295 :     {
1296 :     $prev_peg_btn = $cgi->submit('previous PEG');
1297 :     }
1298 :     if ( &translatable( $fig_or_sprout, $prefix . ($protnum+1) ) )
1299 :     {
1300 :     $next_peg_btn = $cgi->submit('next PEG');
1301 :     }
1302 :     }
1303 :    
1304 :     # Add/remove extra options button
1305 :    
1306 :     my $extra_opt_btn = $extra_opt ? $cgi->submit('fewer sim options')
1307 :     : $cgi->submit('more sim options');
1308 :    
1309 :     # Checkmarks for input tags
1310 :    
1311 :     my $chk_sim_meas_id = select_if( $sim_meas eq 'id' );
1312 :     my $chk_sim_meas_pos = select_if( $sim_meas eq 'pos' );
1313 :     my $chk_sim_meas_bpp = select_if( $sim_meas eq 'bpp' );
1314 :     my $chk_show_rep = chked_if( $show_rep );
1315 :     my $chk_dyn_thrsh = chked_if( $dyn_thrsh );
1316 :     my $chk_chk_none = select_if( $chk_which eq 'none' );
1317 :     my $chk_chk_all = select_if( $chk_which eq 'all' );
1318 :     my $chk_chk_rep = select_if( $chk_which eq 'rep' );
1319 :    
1320 :     # Default options
1321 :    
1322 :     push @$html, <<"End_Default_Options";
1323 :     <FORM Action=\"protein.cgi#Similarities\">
1324 :     <input type=hidden name=prot value=\"$peg\">
1325 :     <input type=hidden name=sims value=1>
1326 :     <input type=hidden name=fid value=\"$peg\">
1327 :     <input type=hidden name=user value=\"$user\">
1328 :     <input type=hidden name=translate value=$trans_role>
1329 :    
1330 :     Max sims:<input type=text name=maxN size=5 value=$maxN>
1331 :     Max expand:<input type=text name=max_expand size=5 value=$max_expand>
1332 :     Max E-val:<input type=text name=maxP size=8 value=$maxP>
1333 :     Just FIG IDs:<input type=checkbox name=just_fig value=1 $chk_just_fig>
1334 :     Show Env. samples:<input type=checkbox name=show_env value=1 $chk_show_env>
1335 :     Hide aliases:<input type=checkbox name=hide_alias value=1 $chk_hide_alias><br />
1336 :     End_Default_Options
1337 :    
1338 :     # Extra options
1339 :    
1340 :     push @$html, <<"End_Extra_Options" if $extra_opt;
1341 :     Min similarity:<input type=text name=min_sim size=5 value=$min_sim>
1342 :     As defined by
1343 :     <select name=sim_meas>
1344 :     <option value=id $chk_sim_meas_id>identities</option>
1345 :     <option value=pos $chk_sim_meas_pos>\"positives\"</option>
1346 :     <option value=bpp $chk_sim_meas_bpp>bit score per position</option>
1347 :     </select>
1348 :     Min query coverage:<input type=text name=min_q_cov size=5 value=$min_q_cov>
1349 :     Min subject coverage:<input type=text name=min_s_cov size=5 value=$min_s_cov>
1350 :    
1351 :     <TABLE Cols=2>
1352 :     <TR>
1353 :     <TD Valign=top><input type=checkbox name=show_rep $chk_show_rep></TD>
1354 :     <TD> Show only representative sequences whose similarities to one another
1355 :     are less than <input type=text size=5 name=max_sim value=$max_sim>
1356 :     <br />
1357 :     <input type=checkbox name=dyn_thrsh value=1 $chk_dyn_thrsh> But keep sequences
1358 :     that are at least <input type=text size=5 name=save_dist value=$save_dist>
1359 :     times as distant from one another as from the query</TD>
1360 :     </TR>
1361 :     </TABLE>
1362 :    
1363 :     Automatically Select (check) which sequences:<select name=chk_which>
1364 :     <option value=none $chk_chk_none>none</option>
1365 :     <option value=all $chk_chk_all>all shown</option>
1366 :     <option value=rep $chk_chk_rep>representative set</option>
1367 :     </select><br />
1368 :     End_Extra_Options
1369 :    
1370 :     # Submit buttons
1371 :    
1372 :     push @$html, <<"End_of_Buttons";
1373 :     <input type=submit name='resubmit' value='resubmit'>
1374 :     <input type=submit name='more similarities' value='more similarities'>
1375 :     $prev_peg_btn
1376 :     $next_peg_btn
1377 :     <!-- $extra_opt_btn -->
1378 :     </FORM>
1379 :     End_of_Buttons
1380 :    
1381 :     }
1382 :    
1383 :     # Return the current parameter values in a hash
1384 :    
1385 :     { maxN => $maxN,
1386 :     maxP => $maxP,
1387 :     max_expand => $max_expand,
1388 :     just_fig => $just_fig,
1389 :     show_env => $show_env,
1390 :     hide_alias => $hide_alias,
1391 :     trans_role => $trans_role,
1392 :     extra_opt => $extra_opt,
1393 :     min_sim => $min_sim,
1394 :     min_q_cov => $min_q_cov,
1395 :     min_s_cov => $min_s_cov,
1396 :     sim_meas => $sim_meas,
1397 :     show_rep => $show_rep,
1398 :     max_sim => $max_sim,
1399 :     dyn_thrsh => $dyn_thrsh,
1400 :     save_dist => $save_dist,
1401 :     chk_which => $chk_which,
1402 :     expand_groups => $expand_groups
1403 :     }
1404 :     }
1405 :    
1406 :    
1407 :     #------------------------------------------------------------------------
1408 :     # Auxilliary function to acivate checkmark for input fields
1409 :     #------------------------------------------------------------------------
1410 :     sub chked_if { $_[0] ? 'checked ' : '' }
1411 :    
1412 :     sub select_if { $_[0] ? 'selected ' : '' }
1413 :    
1414 :    
1415 :    
1416 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
1417 :    
1418 :     sub print_context {
1419 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
1420 : olson 1.56
1421 : olson 1.57 if ($beg eq $end) { cluck "Have zero len"; }
1422 : efrank 1.1 my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
1423 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
1424 :    
1425 : overbeek 1.41
1426 :     my $user = $cgi->param('user');
1427 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1428 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"),
1429 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1430 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg),
1431 : overbeek 1.44 $cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1),
1432 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1433 :    
1434 : overbeek 1.74 $why_related = "&nbsp;";
1435 : overbeek 1.53 my %in_cluster = map { $_ => 1 } &in_cluster_with($fig_or_sprout,$peg);
1436 : efrank 1.1
1437 : overbeek 1.73 my $col_hdrs;
1438 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
1439 :     {
1440 :     $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","","","aliases","Related"];
1441 :     }
1442 :     else
1443 :     {
1444 :     $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
1445 :     }
1446 :    
1447 : efrank 1.1 my($tab) = [];
1448 :     my $genes = [];
1449 : parrello 1.60
1450 : overbeek 1.53 my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
1451 : efrank 1.1
1452 :     my($role,$role1,%related_roles);
1453 : parrello 1.60 foreach $role (&roles_of_function($peg_function)) {
1454 :     foreach $role1 (&neighborhood_of_role($fig_or_sprout,$role)) {
1455 :     $related_roles{$role1} = 1;
1456 :     }
1457 : efrank 1.1 }
1458 : parrello 1.60 foreach $fid1 (@$feat) {
1459 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
1460 : efrank 1.1
1461 : parrello 1.60 my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid1) );
1462 : olson 1.48 my $uniprot;
1463 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1464 :     # print STDERR "$1\n";
1465 :     $uniprot = $1;
1466 :     }
1467 : overbeek 1.68 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),
1468 :     $aliases =~ s/SPROUT=1/SPROUT=0/g;
1469 :     $aliases =~ s/[&;]user=[^&;]+[;&]/;/g;
1470 : overbeek 1.74 $aliases = $aliases ? $aliases : "&nbsp;";
1471 : overbeek 1.68
1472 : overbeek 1.73 my($to_seed,$to_gbrowse);
1473 :     $to_seed = $to_gbrowse = "";
1474 :     if ($cgi->param('SPROUT') && ($fid1 =~ /peg/))
1475 :     {
1476 :     $to_seed = &cgi_url . "/protein.cgi?prot=$fid1";
1477 :     $to_gbrowse = &cgi_url . $fig_or_sprout->get_gbrowse_feature_link($fid1);
1478 :     }
1479 :    
1480 :    
1481 : overbeek 1.68 ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid1));;
1482 :     $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1483 :    
1484 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid1);
1485 : olson 1.48 my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid1, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1486 :    
1487 : parrello 1.60 if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1488 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1489 :     else { $color = "red" }
1490 :    
1491 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/) {
1492 :     $n = $1;
1493 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT');
1494 :     $sprout = $sprout ? $sprout : "";
1495 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user&SPROUT=$sprout";
1496 : parrello 1.60 } elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/) {
1497 :     $n = uc $1;
1498 :     $link = "";
1499 :     } else {
1500 :     $n ="";
1501 :     $link = "";
1502 :     }
1503 :    
1504 :     push(@$genes,[&min($beg1,$end1),&max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link,$info]);
1505 :     if ($max_so_far) {
1506 :     $gap = (&min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1507 :     } else {
1508 :     $gap = "";
1509 :     }
1510 :     $max_so_far = &max($beg1,$end1);
1511 : olson 1.48
1512 : efrank 1.1
1513 : overbeek 1.74 $in_neighborhood = "&nbsp;";
1514 : parrello 1.60 if (&ftype($fid1) eq "peg") {
1515 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$fid1,$user);
1516 :     foreach $role (&roles_of_function($comment)) {
1517 :     if ($related_roles{$role}) {
1518 :     $in_neighborhood = "*";
1519 :     }
1520 :     }
1521 :     } else {
1522 :     $comment = "";
1523 :     }
1524 :     $comment = &set_map_links($fig_or_sprout,&genome_of($fid1),$comment);
1525 :     if ($fid1 eq $peg) {
1526 :     $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1527 :     }
1528 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1529 :    
1530 : overbeek 1.74 my $must_have = (($fid1 eq $peg) || (! $fc)) ? "&nbsp;" : $cgi->checkbox(-name => 'must_have',
1531 : parrello 1.60 -value => $fid1,
1532 :     -checked => 0,
1533 :     -override => 1,
1534 :     -label => "");
1535 : overbeek 1.74
1536 :     $comment = $comment ? $comment : "&nbsp;";
1537 : overbeek 1.73 if ($cgi->param('SPROUT'))
1538 :     {
1539 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1540 :     $must_have,
1541 :     $fc,$in_neighborhood,
1542 :     $comment,
1543 :     "<a href=$to_seed>S</a>",
1544 :     "<a href=$to_gbrowse>G</a>",
1545 :     $aliases,
1546 :     $why_related]);
1547 :     }
1548 :     else
1549 :     {
1550 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1551 :     $must_have,
1552 :     $fc,$in_neighborhood,
1553 :     $comment,
1554 :     $aliases,
1555 :     $why_related]);
1556 :     }
1557 : efrank 1.1 }
1558 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1559 : overbeek 1.41 push(@$html,$cgi->br,$cgi->submit('pin with checked genes'),$cgi->end_form,$cgi->br);
1560 : overbeek 1.53 return ($beg,$end,$genes);
1561 :     }
1562 :    
1563 :     sub print_graphics_context {
1564 :     my($beg,$end,$genes,$html) = @_;
1565 :    
1566 :     my $map = ["",$beg,$end,$genes];
1567 :     my $gg = [$map];
1568 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1569 : efrank 1.1 return;
1570 :     }
1571 :    
1572 :     sub assign_link {
1573 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1574 :     my($assign_url,$assign_link);
1575 :    
1576 : parrello 1.60 if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func))) {
1577 :     $cgi->delete('request');
1578 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1579 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1580 :     } else {
1581 :     $assign_link = "";
1582 : efrank 1.1 }
1583 :     return $assign_link;
1584 :     }
1585 :    
1586 :     sub pin_link {
1587 :     my($cgi,$peg) = @_;
1588 :     my $user = $cgi->param('user');
1589 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1590 :    
1591 : overbeek 1.63 # RAO disconnect SPROUT from pinning requests until chromosomal_clusters.cgi is rewritten
1592 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1593 : overbeek 1.63 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user&uni=1"; # &SPROUT=$sprout";
1594 : efrank 1.1 my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1595 :     return $cluster_link;
1596 :     }
1597 :    
1598 :     sub set_map_links {
1599 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$func) = @_;
1600 : efrank 1.1
1601 : parrello 1.60 if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/) {
1602 :     my $before = $1;
1603 :     my $ec = $2;
1604 :     my $after = $3;
1605 :     return &set_map_links($fig_or_sprout,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig_or_sprout,$org,$ec) . &set_map_links($fig_or_sprout,$org,$after);
1606 : efrank 1.1 }
1607 :     return $func;
1608 :     }
1609 :    
1610 :     sub set_ec_to_maps {
1611 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$ec) = @_;
1612 : efrank 1.1
1613 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1614 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1615 :     $cgi->delete('request');
1616 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1617 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1618 :     return $link;
1619 : efrank 1.1 }
1620 :     return $ec;
1621 :     }
1622 :    
1623 :     sub show_ec_to_maps {
1624 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$ec) = @_;
1625 : efrank 1.1
1626 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1627 : parrello 1.60 if (! $ec) {
1628 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1629 :     return;
1630 : efrank 1.1 }
1631 :    
1632 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1633 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1634 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1635 :     my $map;
1636 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),&map_name($fig_or_sprout,$map)] } @maps];
1637 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . &ec_name($fig_or_sprout,$ec)));
1638 : efrank 1.1 }
1639 :     }
1640 :    
1641 :     sub map_link {
1642 :     my($cgi,$map) = @_;
1643 :    
1644 :     $cgi->delete('request');
1645 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1646 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1647 :     return $link;
1648 :     }
1649 :    
1650 :     sub link_to_map {
1651 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1652 : efrank 1.1
1653 :     my $map = $cgi->param('map');
1654 : parrello 1.60 if (! $map) {
1655 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1656 :     return;
1657 : efrank 1.1 }
1658 :    
1659 :     my $org = $cgi->param('org');
1660 : parrello 1.60 if (! $org) {
1661 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1662 :     return;
1663 : efrank 1.1 }
1664 :     my$user = $cgi->param('user');
1665 :     $user = $user ? $user : "";
1666 :    
1667 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1668 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1669 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1670 :     &HTML::trim_output(\@out);
1671 :     push(@$html,@out);
1672 :     }
1673 : parrello 1.60
1674 : efrank 1.1 sub aa_sequence {
1675 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1676 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1677 :    
1678 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1679 : parrello 1.60 if ($seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot)) {
1680 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1681 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1682 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1683 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1684 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1685 :     } else {
1686 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1687 :     }
1688 :     }
1689 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1690 :     } else {
1691 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1692 : efrank 1.1 }
1693 :     }
1694 :    
1695 :     sub dna_sequence {
1696 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$fid) = @_;
1697 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1698 :    
1699 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1700 : parrello 1.60 if ($seq = &dna_seq($fig_or_sprout,&genome_of($fid),&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid))) {
1701 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1702 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1703 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1704 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1705 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1706 :     } else {
1707 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1708 :     }
1709 :     }
1710 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1711 :     } else {
1712 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1713 : efrank 1.1 }
1714 :     }
1715 : parrello 1.60
1716 : efrank 1.1 sub show_fusions {
1717 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1718 : efrank 1.1
1719 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1720 :     $user = $user ? $user : "";
1721 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1722 :    
1723 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1724 : overbeek 1.53 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user&SPROUT=$sprout";
1725 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1726 :     print join("",@out);
1727 :     exit;
1728 : overbeek 1.2 }
1729 :    
1730 : overbeek 1.53 ###########################################################################
1731 : overbeek 1.2 sub print_compared_regions {
1732 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
1733 :    
1734 :     my $sz_region = $cgi->param('sz_region');
1735 :     $sz_region = $sz_region ? $sz_region : 16000;
1736 :    
1737 :     my $num_close = $cgi->param('num_close');
1738 :     $num_close = $num_close ? $num_close : 5;
1739 : overbeek 1.2
1740 : overbeek 1.65 my @closest_pegs = &closest_pegs($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$num_close);
1741 : overbeek 1.40
1742 : parrello 1.60 if (@closest_pegs > 0) {
1743 :     if (&possibly_truncated($fig_or_sprout,$peg)) {
1744 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1745 :     }
1746 :     @closest_pegs = &sort_fids_by_taxonomy($fig_or_sprout,@closest_pegs);
1747 :     unshift(@closest_pegs,$peg);
1748 :     my @all_pegs = ();
1749 :     my $gg = &build_maps($fig_or_sprout,\@closest_pegs,\@all_pegs,$sz_region);
1750 :     #warn Dumper($gg);
1751 : overbeek 1.68 my $color_sets = &cluster_genes($fig_or_sprout,$cgi,\@all_pegs,$peg);
1752 : parrello 1.60 &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1753 :     ################################### add commentary capability
1754 : overbeek 1.35
1755 : parrello 1.60 my @parm_reset_form = ($cgi->hr);
1756 :     push(@parm_reset_form,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/protein.cgi" ));
1757 : overbeek 1.53 my $param;
1758 : parrello 1.60 foreach $param ($cgi->param()) {
1759 :     next if (($param eq "sz_region") || ($param eq "num_close"));
1760 :     push(@parm_reset_form,$cgi->hidden(-name => $param, -value => $cgi->param($param)));
1761 :     }
1762 :     push(@parm_reset_form,
1763 :     "size region: ",
1764 :     $cgi->textfield(-name => 'sz_region', -size => 10, -value => $sz_region, -override => 1),
1765 :     "&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ",
1766 :     "Number close genomes: ",
1767 :     $cgi->textfield(-name => 'num_close', -size => 4, -value => $num_close, -override => 1),
1768 :     $cgi->br,
1769 :     $cgi->submit('Reset Parameters')
1770 :     );
1771 :     push(@parm_reset_form,$cgi->end_form);
1772 :     push(@$html,@parm_reset_form);
1773 :     ####
1774 :     my @commentary_form = ();
1775 :     my $ctarget = "window$$";
1776 :     my $user = $cgi->param('user');
1777 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1778 :    
1779 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
1780 :     -action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
1781 :     ));
1782 :    
1783 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1784 :     $cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
1785 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
1786 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1));
1787 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1788 :    
1789 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
1790 :     my($i,$map);
1791 :     @vals = ();
1792 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--) {
1793 :     my @vals1 = ();
1794 :     $map = $gg->[$i];
1795 :     my $found = 0;
1796 :     my $got_red = 0;
1797 :     undef %how_many;
1798 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
1799 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey") {
1800 :     $n = $gene->[4];
1801 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
1802 :     $how_many{$n}++;
1803 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
1804 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
1805 :     push(@vals1,$val);
1806 :     $found++;
1807 :     }
1808 :     }
1809 :    
1810 :     if (! $got_red) {
1811 :     splice(@$gg,$i,1);
1812 :     } else {
1813 :     push(@vals,@vals1);
1814 :     }
1815 :     }
1816 : overbeek 1.35
1817 : parrello 1.60 if (@$gg == 0) {
1818 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
1819 :     } else {
1820 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
1821 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
1822 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
1823 :     push(@$html,@commentary_form);
1824 :     }
1825 : overbeek 1.35 ################################################################end commentary
1826 : parrello 1.60 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1827 :     push @$html, &FIGGenDB::linkClusterGenDB($peg);
1828 : overbeek 1.2 }
1829 :     }
1830 :    
1831 :     sub closest_pegs {
1832 : overbeek 1.65 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$n) = @_;
1833 : overbeek 1.2 my($id2,$d,$peg2,$i);
1834 :    
1835 : overbeek 1.65 my @closest;
1836 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
1837 :     {
1838 :     @closest = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
1839 :     }
1840 :     else
1841 :     {
1842 :     @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } &sims($fig_or_sprout,$peg,5,1.0e-20,"all");
1843 :     }
1844 : overbeek 1.2
1845 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1846 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1847 : overbeek 1.53 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} &in_pch_pin_with($fig_or_sprout,$peg);
1848 :     my $g1 = &genome_of($peg);
1849 : parrello 1.60 @pinned_to =
1850 : overbeek 1.2 map {$_->[1] }
1851 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1852 : overbeek 1.53 map { $peg2 = $_; $d = &crude_estimate_of_distance($fig_or_sprout,$g1,&genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1853 : overbeek 1.2 @pinned_to;
1854 :    
1855 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++) {
1856 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1857 : overbeek 1.2 }
1858 : parrello 1.60 return keys(%closest);
1859 : overbeek 1.2 }
1860 :    
1861 :     sub build_maps {
1862 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$pinned_pegs,$all_pegs,$sz_region) = @_;
1863 : overbeek 1.2 my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1864 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1865 :    
1866 :     $gg = [];
1867 : parrello 1.60 foreach $peg (@$pinned_pegs) {
1868 :     $loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg);
1869 :     ($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
1870 :     if ($contig && $beg && $end) {
1871 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1872 :     $min = int($mid - ($sz_region / 2));
1873 :     $max = int($mid + ($sz_region / 2));
1874 :     $genes = [];
1875 :     ($feat,undef,undef) = &genes_in_region($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1876 :     foreach $fid (@$feat) {
1877 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid));
1878 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1879 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1880 :     my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid) );
1881 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid);
1882 :     my $uniprot;
1883 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1884 :     $uniprot = $1;
1885 :     }
1886 :     my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1887 :    
1888 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1889 : overbeek 1.68 my $fmg;
1890 :     if ($sprout)
1891 :     {
1892 :     $fmg = "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>";
1893 :     }
1894 :     else
1895 :     {
1896 :     $fmg = join ('<br/>', "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>",
1897 : parrello 1.60 "<a onClick=\&quot;setValue('bound1', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 1</a>",
1898 :     "<a onClick=\&quot;setValue('bound2', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 2</a>",
1899 :     "<a onClick=\&quot;setValue('candidates', '$fid'); return false;\&quot;>set candidate</a>");
1900 : overbeek 1.68 }
1901 : parrello 1.60 push(@$genes,[&min($beg1,$end1),
1902 :     &max($beg1,$end1),
1903 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1904 :     "grey",
1905 :     "",
1906 :     $fid,
1907 :     $info, $fmg]);
1908 :    
1909 :     if ($fid =~ /peg/) {
1910 :     push(@$all_pegs,$fid);
1911 :     }
1912 :     }
1913 :     $map = [&abbrev(&org_of($fig_or_sprout,$peg)),0,$max+1-$min,
1914 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1915 :     push(@$gg,$map);
1916 :     }
1917 : overbeek 1.2 }
1918 : overbeek 1.55 &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
1919 : overbeek 1.2 return $gg;
1920 :     }
1921 :    
1922 :     sub in {
1923 :     my($x,$xL) = @_;
1924 :     my($i);
1925 :    
1926 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1927 :     return ($i < @$xL);
1928 :     }
1929 :    
1930 :     sub in_bounds {
1931 :     my($min,$max,$x) = @_;
1932 :    
1933 :     if ($x < $min) { return $min }
1934 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1935 :     else { return $x }
1936 :     }
1937 :    
1938 :     sub decr_coords {
1939 :     my($genes,$min) = @_;
1940 :     my($gene);
1941 :    
1942 : parrello 1.60 foreach $gene (@$genes) {
1943 :     $gene->[0] -= $min;
1944 :     $gene->[1] -= $min;
1945 : overbeek 1.2 }
1946 :     return $genes;
1947 :     }
1948 :    
1949 :     sub flip_map {
1950 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1951 :     my($gene);
1952 : parrello 1.60
1953 :     foreach $gene (@$genes) {
1954 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1955 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1956 : overbeek 1.2 }
1957 :     return $genes;
1958 :     }
1959 :    
1960 :     sub cluster_genes {
1961 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs,$peg) = @_;
1962 : overbeek 1.2 my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1963 :    
1964 :     my @color_sets = ();
1965 :    
1966 : overbeek 1.68 $conn = &get_connections_by_similarity($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs);
1967 :    
1968 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
1969 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1970 :     if (! $seen{$i}) {
1971 :     $cluster = [$i];
1972 :     $seen{$i} = 1;
1973 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
1974 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1975 :     foreach $k (@$x) {
1976 :     if (! $seen{$k}) {
1977 :     push(@$cluster,$k);
1978 :     $seen{$k} = 1;
1979 :     }
1980 :     }
1981 :     }
1982 :    
1983 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
1984 :     push(@color_sets,$cluster);
1985 :     }
1986 :     }
1987 : overbeek 1.2 }
1988 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1989 :     $red_set = $color_sets[$i];
1990 :     splice(@color_sets,$i,1);
1991 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1992 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1993 :    
1994 :     my $color_sets = {};
1995 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
1996 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
1997 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1998 :     }
1999 : overbeek 1.2 }
2000 :     return $color_sets;
2001 :     }
2002 :    
2003 :     sub get_connections_by_similarity {
2004 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs) = @_;
2005 :    
2006 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2007 :     {
2008 :     return &get_connections_by_similarity_SPROUT($fig_or_sprout,$all_pegs);
2009 :     }
2010 :     else
2011 :     {
2012 :     return &get_connections_by_similarity_SEED($fig_or_sprout,$all_pegs);
2013 :     }
2014 :     }
2015 :    
2016 :     sub get_connections_by_similarity_SPROUT {
2017 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
2018 :     my(%in,$i,$j,$peg1,$peg2);
2019 :    
2020 :     my $conn = {};
2021 :    
2022 :     for ($i=0; $i < @$all_pegs; $i++)
2023 :     {
2024 :     $in{$all_pegs->[$i]} = $i;
2025 :     }
2026 :    
2027 :     foreach $peg1 (@$all_pegs)
2028 :     {
2029 :     $i = $in{$peg1};
2030 :     foreach $peg2 (map { $_->[0] } $fig_or_sprout->bbhs($peg1, 1.0e-10, 0))
2031 :     {
2032 :     $j = $in{$peg2};
2033 :     if (defined($i) && defined($j))
2034 :     {
2035 :     push(@{$conn->{$i}},$j);
2036 :     }
2037 :     }
2038 :     }
2039 :     return $conn;
2040 :     }
2041 :    
2042 :     sub get_connections_by_similarity_SEED {
2043 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
2044 : overbeek 1.40 my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
2045 :     my($sim,%conn,$x,$y);
2046 : overbeek 1.2
2047 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2048 :     $tmp = &maps_to_id($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i]);
2049 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
2050 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
2051 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
2052 :     }
2053 : overbeek 1.2 }
2054 :    
2055 : parrello 1.60 foreach $y (keys(%pos_of)) {
2056 :     $x = $pos_of{$y};
2057 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
2058 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
2059 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
2060 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
2061 :     }
2062 :     }
2063 : overbeek 1.40 }
2064 :    
2065 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
2066 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw")) {
2067 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
2068 :     foreach $y (@$x) {
2069 :     push(@{$conn{$i}},$y);
2070 :     }
2071 :     }
2072 :     }
2073 : overbeek 1.2 }
2074 :     return \%conn;
2075 :     }
2076 :    
2077 :     sub set_colors_text_and_links {
2078 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
2079 :     my($map,$gene,$peg,$color);
2080 :    
2081 : parrello 1.60 foreach $map (@$gg) {
2082 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
2083 :     $peg = $gene->[5];
2084 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg})) {
2085 :     $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
2086 :     $gene->[4] = $color + 1;
2087 :     }
2088 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
2089 :     }
2090 : overbeek 1.2 }
2091 :     }
2092 :    
2093 :     sub peg_url {
2094 :     my($cgi,$peg) = @_;
2095 :    
2096 :     my $prot = $cgi->param('prot');
2097 :     $cgi->delete('prot');
2098 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
2099 :     $cgi->delete('prot');
2100 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
2101 :    
2102 :     return $url;
2103 : parrello 1.60 }
2104 : overbeek 1.2
2105 :     sub possible_extensions {
2106 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
2107 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
2108 :    
2109 : overbeek 1.53 $g = &genome_of($peg);
2110 : overbeek 1.2
2111 : parrello 1.60 foreach $peg1 (@$closest_pegs) {
2112 :     if ($g ne &genome_of($peg1)) {
2113 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$peg1,500,1.0e-5,"all")) {
2114 :     $id2 = $sim->id2;
2115 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && &possibly_truncated($fig_or_sprout,$id2)) {
2116 :     $poss{$id2} = 1;
2117 :     }
2118 :     }
2119 :     }
2120 : overbeek 1.2 }
2121 :     return keys(%poss);
2122 : efrank 1.1 }
2123 : overbeek 1.53
2124 :     sub display_page {
2125 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
2126 :    
2127 : parrello 1.60 if (ref($html) eq "ARRAY") {
2128 :     if ($traceData) {
2129 :     push @$html, QTrace('html');
2130 :     }
2131 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
2132 :     } else {
2133 :     Trace(Dumper($html)) if T(2);
2134 :     if ($cgi->param('SPROUT')) {
2135 :     if ($traceData) {
2136 :     $html->{tracings} = "<h3>Trace Messages</h3>\n" . QTrace('html');
2137 :     } else {
2138 :     $html->{tracings} = "\n";
2139 :     }
2140 :     print "Content-Type: text/html\n";
2141 :     print "\n";
2142 :     my $templ = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/Protein_tmpl.html";
2143 : overbeek 1.63 print PageBuilder::Build(">$templ", $html,"Html");
2144 : parrello 1.60 } else {
2145 :     my $gathered = [];
2146 :    
2147 :     my $section;
2148 :     foreach $section (qw( javascript
2149 :     general
2150 :     translate_status
2151 :     contig_context
2152 :     context_graphic
2153 :     subsys_connections
2154 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots
2155 : parrello 1.60 links
2156 :     services
2157 :     kv_pairs
2158 :     compare_region
2159 :     similarities
2160 :     tools
2161 :     ) ) {
2162 :     if (@{$html->{$section}} > 0) {
2163 :     push(@$gathered,@{$html->{$section}});
2164 :     push(@$gathered,$cgi->hr);
2165 :     }
2166 :     }
2167 :     pop @$gathered;
2168 :     &HTML::show_page($cgi,$gathered);
2169 :     }
2170 : overbeek 1.53 }
2171 :     }
2172 :    
2173 :     sub show_html_followed_by_initial {
2174 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
2175 :    
2176 :     my %html = ( general => [],
2177 :     contig_context => [],
2178 :     context_graphic => [],
2179 :     subsys_connections => [],
2180 :     links => [],
2181 :     services => [],
2182 :     translate_status => [],
2183 :     tools => [],
2184 :     kv_pairs => [],
2185 :     similarities => [],
2186 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots => [],
2187 : overbeek 1.53 javascript => [],
2188 :     compare_region => []
2189 :     );
2190 :    
2191 :     push(@{$html{general}},@$html);
2192 :     $html = \%html;
2193 : parrello 1.60 &show_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
2194 : overbeek 1.53 return $html;
2195 :     }
2196 :    
2197 :     sub translation_piece {
2198 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
2199 :    
2200 :     my $msg;
2201 :     my $url = $cgi->self_url();
2202 :     if ($cgi->param('translate')) {
2203 : parrello 1.60 $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
2204 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
2205 :     } else {
2206 :     $url .= ";translate=1";
2207 :     $msg = "Translate Function Assignments";
2208 : overbeek 1.53 }
2209 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
2210 :     }
2211 :    
2212 :    
2213 :     #######################################################################################
2214 :    
2215 :     sub by_alias {
2216 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2217 :     return $fig_or_sprout->by_alias($prot);
2218 :     }
2219 :    
2220 :     sub org_of {
2221 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2222 :    
2223 :     return $fig_or_sprout->org_of($prot);
2224 :     }
2225 :    
2226 :     sub is_real_feature {
2227 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2228 :    
2229 :     return $fig_or_sprout->is_real_feature($prot);
2230 :     }
2231 :    
2232 :     sub coupling_and_evidence {
2233 :     my($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = @_;
2234 :    
2235 :     return $fig_or_sprout->coupling_and_evidence($peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,"keep");
2236 :     }
2237 :    
2238 :     sub feature_locationS {
2239 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2240 :    
2241 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_location($peg);
2242 :     }
2243 :    
2244 :     sub boundaries_of {
2245 :     my($fig_or_sprout,$loc) = @_;
2246 :    
2247 :     return $fig_or_sprout->boundaries_of($loc);
2248 :     }
2249 :    
2250 :    
2251 :     sub in_cluster_with {
2252 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2253 :    
2254 :     return $fig_or_sprout->in_cluster_with($peg);
2255 :     }
2256 :    
2257 :     sub neighborhood_of_role {
2258 :     my($fig_or_sprout,$role) = @_;
2259 :    
2260 :     return $fig_or_sprout->neighborhood_of_role($role);
2261 :     }
2262 :    
2263 :     sub feature_aliasesL {
2264 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2265 :    
2266 :     my @tmp = $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2267 :     return @tmp;
2268 :     }
2269 :    
2270 :     sub feature_aliasesS {
2271 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2272 :    
2273 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2274 :     }
2275 :    
2276 :     sub function_ofL {
2277 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2278 :    
2279 :     my @tmp = $fig_or_sprout->function_of($peg);
2280 :     return @tmp;
2281 :     }
2282 :    
2283 :     sub function_ofS {
2284 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
2285 : overbeek 1.53
2286 : overbeek 1.68 return scalar $fig_or_sprout->function_of($peg,$user);
2287 : overbeek 1.53 }
2288 :    
2289 :     sub mapped_prot_ids {
2290 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg) = @_;
2291 : overbeek 1.53
2292 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2293 :     {
2294 :     return map { [$_,0] } grep { $_ =~ /^(([NXYZA]P_[0-9\.]+)|(gi\|\d+)|(kegg\|\S+)|(uni\|[A-Z0-9]{6})|(sp\|[A-Z0-9]{6}))$/ } &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$peg);
2295 :     }
2296 :     else
2297 :     {
2298 :     return $fig_or_sprout->mapped_prot_ids($peg);
2299 :     }
2300 : overbeek 1.53 }
2301 :    
2302 :     sub peg_links {
2303 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2304 :    
2305 :     return $fig_or_sprout->peg_links($peg);
2306 :     }
2307 :    
2308 :     sub get_translation {
2309 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2310 :    
2311 :     return $fig_or_sprout->get_translation($prot);
2312 :     }
2313 :    
2314 :     sub assign_function {
2315 :     my($fig_or_sprout,$prot,$who,$function) = @_;
2316 :    
2317 :     $fig_or_sprout->assign_function($prot,$who,$function,"");
2318 :     }
2319 :    
2320 :     sub add_annotation {
2321 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,$annotation) = @_;
2322 : overbeek 1.53
2323 : overbeek 1.68 if ((! $cgi->param('SPROUT')) || ($annotation !~ /Set function/))
2324 :     {
2325 :     $fig_or_sprout->add_annotation($prot,$user,$annotation);
2326 :     }
2327 : overbeek 1.53 }
2328 :    
2329 :     sub feature_annotations {
2330 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot) = @_;
2331 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2332 :     {
2333 : overbeek 1.69 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2334 : overbeek 1.68 }
2335 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2336 :     }
2337 :    
2338 :     sub related_by_func_sim {
2339 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$user) = @_;
2340 : overbeek 1.53
2341 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2342 :     {
2343 :     return map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
2344 :     }
2345 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->related_by_func_sim($peg,$user);
2346 :     }
2347 :    
2348 :     sub merged_related_annotations {
2349 :     my($fig_or_sprout,$related) = @_;
2350 :    
2351 :     return $fig_or_sprout->merged_related_annotations($related);
2352 :     }
2353 :    
2354 :     sub genus_species {
2355 :     my($fig_or_sprout,$genome) = @_;
2356 :    
2357 :     return $fig_or_sprout->genus_species($genome);
2358 :     }
2359 :    
2360 :     sub genes_in_region {
2361 :     my($fig_or_sprout,$genome,$contig,$min,$max) = @_;
2362 :    
2363 :     return $fig_or_sprout->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
2364 :     }
2365 :    
2366 :     sub translate_function {
2367 :     my($fig_or_sprout,$func) = @_;
2368 :    
2369 :     return $fig_or_sprout->translate_function($func);
2370 :     }
2371 :    
2372 :     sub feature_attributes {
2373 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2374 :    
2375 :     return $fig_or_sprout->feature_attributes($peg);
2376 :     }
2377 :    
2378 :     sub subsystems_for_peg {
2379 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2380 :    
2381 :     return $fig_or_sprout->subsystems_for_peg($peg);
2382 :     }
2383 :    
2384 :     sub sims {
2385 :     my($fig_or_sprout,$peg,$max,$cutoff,$select,$expand) = @_;
2386 :    
2387 :     return $fig_or_sprout->sims($peg,$max,$cutoff,$select,$expand);
2388 :     }
2389 :    
2390 :     sub in_family {
2391 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2392 :    
2393 :     return $fig_or_sprout->in_family($id);
2394 :     }
2395 :    
2396 :     sub sz_family {
2397 :     my($fig_or_sprout,$family) = @_;
2398 :    
2399 :     return $fig_or_sprout->sz_family($family);
2400 :     }
2401 :    
2402 :     sub peg_to_subsystems {
2403 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2404 :    
2405 :     return $fig_or_sprout->peg_to_subsystems($id);
2406 :     }
2407 :    
2408 :     sub org_and_color_of {
2409 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2410 :    
2411 :     return $fig_or_sprout->org_and_color_of($id);
2412 :     }
2413 :    
2414 :     sub ec_to_maps {
2415 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2416 :    
2417 :     return $fig_or_sprout->ec_to_maps($ec);
2418 :     }
2419 :    
2420 :     sub map_name {
2421 :     my($fig_or_sprout,$map) = @_;
2422 :    
2423 :     return $fig_or_sprout->map_name($map);
2424 :     }
2425 :    
2426 :     sub ec_name {
2427 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2428 : parrello 1.60
2429 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->ec_name($ec);
2430 :     }
2431 :    
2432 :     sub dna_seq {
2433 :     my($fig_or_sprout,$genome,$loc) = @_;
2434 :    
2435 :     return $fig_or_sprout->dna_seq($genome,$loc);
2436 :     }
2437 :    
2438 :     sub possibly_truncated {
2439 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2440 :    
2441 :     return $fig_or_sprout->possibly_truncated($id);
2442 :     }
2443 :    
2444 :     sub sort_fids_by_taxonomy {
2445 :     my($fig_or_sprout,@fids) = @_;
2446 :    
2447 :     return $fig_or_sprout->sort_fids_by_taxonomy(@fids);
2448 :     }
2449 :    
2450 :     sub in_pch_pin_with {
2451 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2452 :    
2453 :     return $fig_or_sprout->in_pch_pin_with($peg);
2454 :     }
2455 :    
2456 :     sub crude_estimate_of_distance {
2457 :     my($fig_or_sprout,$genome1,$genome2) = @_;
2458 :    
2459 :     return $fig_or_sprout->crude_estimate_of_distance($genome1,$genome2);
2460 :     }
2461 :    
2462 :     sub maps_to_id {
2463 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2464 :    
2465 :     return $fig_or_sprout->maps_to_id($peg);
2466 :     }
2467 :    
2468 :     sub translatable {
2469 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2470 :    
2471 :     return $fig_or_sprout->translatable($peg);
2472 :     }
2473 :    
2474 :     sub cgi_url {
2475 :     return &FIG::plug_url($FIG_Config::cgi_url);
2476 :     }
2477 :    
2478 :    
2479 :    
2480 :     ###########################################################
2481 :    
2482 :     sub genome_of {
2483 : parrello 1.60 my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2484 : overbeek 1.53
2485 :     if ($prot_id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) { return $1; }
2486 :     return undef;
2487 :     }
2488 :    
2489 :     sub min {
2490 :     my(@x) = @_;
2491 :     my($min,$i);
2492 :    
2493 :     (@x > 0) || return undef;
2494 :     $min = $x[0];
2495 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2496 :     $min = ($min > $x[$i]) ? $x[$i] : $min;
2497 : overbeek 1.53 }
2498 :     return $min;
2499 :     }
2500 :    
2501 :     sub max {
2502 :     my(@x) = @_;
2503 :     my($max,$i);
2504 :    
2505 :     (@x > 0) || return undef;
2506 :     $max = $x[0];
2507 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2508 :     $max = ($max < $x[$i]) ? $x[$i] : $max;
2509 : overbeek 1.53 }
2510 :     return $max;
2511 :     }
2512 :    
2513 :    
2514 :     sub roles_of_function {
2515 : parrello 1.60 my $func = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2516 : overbeek 1.53
2517 :     return (split(/\s*[\/;]\s+/,$func),($func =~ /\d+\.\d+\.\d+\.\d+/g));
2518 :     }
2519 :    
2520 :     sub ftype {
2521 :     my($feature_id) = @_;
2522 :    
2523 : parrello 1.60 if ($feature_id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)/) {
2524 :     return $1;
2525 : overbeek 1.53 }
2526 :     return undef;
2527 :     }
2528 :    
2529 :     sub abbrev {
2530 :     my($genome_name) = @_;
2531 :    
2532 : overbeek 1.55 return &FIG::abbrev($genome_name);
2533 : overbeek 1.63 }

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