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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.71 - (view) (download)

1 : overbeek 1.71
2 : efrank 1.1 use FIG;
3 : olson 1.56
4 :     my $sproutAvail = eval {
5 :     require SproutFIG;
6 :     require PageBuilder;
7 :     };
8 :    
9 : parrello 1.60 if (!$sproutAvail) {
10 : olson 1.56 warn "Sprout library not available: $@\n";
11 :     }
12 :    
13 : heiko 1.45 use FIGGenDB;
14 : olson 1.48 use FIGjs;
15 : efrank 1.1
16 :     use HTML;
17 : olson 1.48 use Data::Dumper;
18 :    
19 : efrank 1.1 use strict;
20 :     use GenoGraphics;
21 :     use CGI;
22 : parrello 1.60 use Tracer;
23 :    
24 : efrank 1.1 my $cgi = new CGI;
25 :    
26 : olson 1.57 use Carp 'cluck';
27 : parrello 1.60 my $traceData = $cgi->param('trace');
28 :     if ($traceData) {
29 :     TSetup($cgi, "QUEUE");
30 :     $traceData = 1;
31 :     } else {
32 :     TSetup(0, "NONE");
33 :     $traceData = 0;
34 :     }
35 : olson 1.57
36 : overbeek 1.66 if (0) {
37 : overbeek 1.40 my $VAR1;
38 :     eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
39 :     $cgi = $VAR1;
40 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
41 :     }
42 :    
43 : parrello 1.60 if (0) {
44 : efrank 1.1 print $cgi->header;
45 :     my @params = $cgi->param;
46 :     print "<pre>\n";
47 : parrello 1.60 foreach $_ (@params) {
48 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
49 : efrank 1.1 }
50 : overbeek 1.40
51 : parrello 1.60 if (0) {
52 :     if (open(TMP,">/tmp/protein_parms")) {
53 :     print TMP &Dumper($cgi);
54 :     close(TMP);
55 :     }
56 : overbeek 1.40 }
57 : efrank 1.1 exit;
58 :     }
59 :    
60 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout);
61 : parrello 1.60 if ($cgi->param('SPROUT')) {
62 : olson 1.56 $fig_or_sprout = new SproutFIG($FIG_Config::sproutDB, $FIG_Config::sproutData);
63 : parrello 1.60 } else {
64 : overbeek 1.53 $fig_or_sprout = new FIG;
65 :     }
66 :    
67 : efrank 1.1 my $html = [];
68 : overbeek 1.53
69 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
70 : efrank 1.1
71 :     my $prot = $cgi->param('prot');
72 : parrello 1.60 if (! $prot) {
73 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
74 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
75 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
76 : efrank 1.1 exit;
77 :     }
78 : golsen 1.34
79 : parrello 1.60 if ($prot !~ /^fig\|/) {
80 : overbeek 1.53 my @poss = &by_alias($fig_or_sprout,$prot);
81 :    
82 : parrello 1.60 if (@poss > 0) {
83 :     $prot = $poss[0];
84 :     } else {
85 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
86 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
87 :     &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
88 :     exit;
89 : overbeek 1.16 }
90 :     }
91 : efrank 1.1
92 : overbeek 1.53
93 : golsen 1.34 #
94 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
95 :     #
96 :    
97 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
98 :     if ( $adjust ) {
99 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
100 :     if ( $prefix && $protnum ) {
101 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
102 : overbeek 1.53 if ( &translatable($fig_or_sprout, $prot2 ) ) {
103 : golsen 1.34 $prot = $prot2;
104 :     $cgi->delete('prot');
105 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
106 :     }
107 :     }
108 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
109 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
110 :     }
111 :    
112 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
113 : overbeek 1.63 #my $compute_ok = eval {
114 :    
115 : olson 1.58
116 : overbeek 1.68 if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
117 : parrello 1.60 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
118 :     elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
119 : overbeek 1.68 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
120 : parrello 1.60 elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
121 :     elsif ($request eq "fast_assign") { $html = &make_assignment($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
122 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
123 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
124 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
125 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
126 :     else {
127 :     $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
128 :     }
129 : overbeek 1.68
130 :     if ($cgi->param('SPROUT') && (ref($html) eq "ARRAY"))
131 :     {
132 :     $_ = {};
133 :     $_->{kv_pairs} = $html;
134 :     $html = $_;
135 :     }
136 : overbeek 1.63 #};
137 : olson 1.58
138 : overbeek 1.63 #if (!$compute_ok) {
139 :     # Trace($@);
140 :     #}
141 : overbeek 1.68
142 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
143 : overbeek 1.11 exit;
144 :    
145 :     #==============================================================================
146 :     # use_protein_tool
147 :     #==============================================================================
148 : efrank 1.1
149 :     sub use_protein_tool {
150 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
151 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
152 :    
153 : overbeek 1.53 my $seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot);
154 : parrello 1.60 if (! $seq) {
155 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
156 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
157 :     return;
158 : efrank 1.1 }
159 :     my $protQ = quotemeta $prot;
160 :    
161 :     my $tool = $cgi->param('tool');
162 :     $/ = "\n//\n";
163 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
164 : parrello 1.60 if (@tools == 1) {
165 :     chomp $tools[0];
166 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
167 :     my $args = [];
168 :     foreach $line (@args) {
169 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
170 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
171 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
172 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
173 :     push(@$args,[$name,$val]);
174 :     }
175 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
176 :     push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
177 : efrank 1.1 }
178 :     }
179 :    
180 : overbeek 1.11 #==============================================================================
181 :     # make_assignment
182 :     #==============================================================================
183 :    
184 : efrank 1.1 sub make_assignment {
185 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
186 : efrank 1.1 my($userR);
187 :    
188 :     my $function = $cgi->param('func');
189 :     my $user = $cgi->param('user');
190 :    
191 : parrello 1.60 if ($function && $user && $prot) {
192 :     if ($user =~ /master:(.*)/) {
193 :     $userR = $1;
194 :     &assign_function($fig_or_sprout,$prot,"master",$function,"");
195 : overbeek 1.68 &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
196 : parrello 1.60 } else {
197 : overbeek 1.68 &assign_function($fig_or_sprout,$prot,$user,$function,"");
198 :     &add_annotation($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,"Set function to\n$function\n");
199 :     }
200 : efrank 1.1 }
201 :     $cgi->delete("request");
202 :     $cgi->delete("func");
203 : overbeek 1.53 $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
204 :     return $html;
205 : efrank 1.1 }
206 :    
207 : overbeek 1.11 #==============================================================================
208 :     # view_annotations
209 :     #==============================================================================
210 :    
211 : efrank 1.1 sub view_annotations {
212 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
213 : efrank 1.1
214 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
215 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
216 : overbeek 1.69
217 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } &feature_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$prot) ];
218 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
219 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
220 :     } else {
221 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
222 : efrank 1.1 }
223 :     }
224 :    
225 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
226 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
227 : overbeek 1.15 my($ann);
228 :    
229 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
230 : parrello 1.60 if (&is_real_feature($fig_or_sprout,$peg)) {
231 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
232 : overbeek 1.68 my @related = &related_by_func_sim($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$cgi->param('user'));
233 : parrello 1.60 push(@related,$peg);
234 :    
235 :     my @annotations = &merged_related_annotations($fig_or_sprout,\@related);
236 :    
237 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
238 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
239 :     &genus_species($fig_or_sprout,&genome_of($ann->[0])),
240 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
241 :     ] } @annotations];
242 :     if (@$tab > 0) {
243 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
244 :     } else {
245 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
246 :     }
247 : overbeek 1.15 }
248 :     }
249 :    
250 : overbeek 1.11 #==============================================================================
251 :     # show_coupling_evidence
252 :     #==============================================================================
253 :    
254 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
255 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
256 : efrank 1.1 my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
257 :    
258 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
259 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
260 :     my $to = $cgi->param('to');
261 : overbeek 1.53 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,5000,1.0e-10,4);
262 : efrank 1.1
263 : parrello 1.60 if (@coup != 1) {
264 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
265 :     } else {
266 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
267 :     my $tab = [];
268 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
269 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
270 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
271 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
272 :     push( @$tab, [ $link1,
273 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg1),
274 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg1,$user),
275 :     $link2,
276 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg2),
277 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg2,$user)
278 :     ]
279 : overbeek 1.11 );
280 : parrello 1.60 }
281 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
282 : efrank 1.1 }
283 :     }
284 :    
285 : overbeek 1.11 #==============================================================================
286 :     # psi_blast_prot_sequence
287 :     #==============================================================================
288 :    
289 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
290 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot_id) = @_;
291 : efrank 1.1 }
292 :    
293 : overbeek 1.11 #==============================================================================
294 :     # show_initial
295 :     #==============================================================================
296 :    
297 : efrank 1.1 sub show_initial {
298 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
299 :    
300 :     unshift @{$html->{general}}, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
301 : efrank 1.1
302 : overbeek 1.53 my $gs = &org_of($fig_or_sprout,$prot);
303 : parrello 1.60 Trace("got gs=$gs prot=$prot $fig_or_sprout\n") if T(2);
304 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/) {
305 :     if (! &is_real_feature($fig_or_sprout,$prot)) {
306 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
307 :     } else {
308 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
309 :     &translation_piece($fig_or_sprout,$cgi,$html->{translate_status});
310 :     &display_peg($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
311 :     }
312 :     } else {
313 :     # &display_external($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
314 : efrank 1.1 }
315 :     }
316 :    
317 : overbeek 1.11 #==============================================================================
318 :     # display_peg
319 :     #==============================================================================
320 :    
321 : efrank 1.1 sub display_peg {
322 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
323 : efrank 1.1 my $loc;
324 :    
325 : overbeek 1.53 my $user = $cgi->param('user');
326 :    
327 : efrank 1.1 my $half_sz = 5000;
328 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
329 :     my @fc_data;
330 : parrello 1.60 if ($fc) {
331 : redwards 1.49 # RAE Added the following lines so that you can define this in the URL
332 : parrello 1.60 # but the default behavior remains unchanged. I doubt anyone will ever
333 :     # see this, but I use it sometimes to see what happens
334 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff)=(5000, 1.0e-10, 4);
335 :     if ($cgi->param('fcbound')) {$bound=$cgi->param('fcbound')}
336 :     if ($cgi->param('fcsim')) {$sim_cutoff=$cgi->param('fcsim')}
337 :     if ($cgi->param('fccoup')) {$coupling_cutoff=$cgi->param('fccoup')}
338 :    
339 :     @fc_data = &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
340 :     } else {
341 :     @fc_data = ();
342 :     }
343 :    
344 :     if ($loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg)) {
345 :     my($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
346 :     my $min = &max(0,&min($beg,$end) - $half_sz);
347 :     my $max = &max($beg,$end) + $half_sz;
348 :     Trace("display_peg: min=$min max=$max beg=$beg end=$end") if T(2);
349 :     my($feat,$min,$max) = &genes_in_region($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
350 :     Trace("beg=$beg end=$end New min = $min, max = $max, features = " . join(", ", @{$feat})) if T(3);
351 :    
352 :     my ($beg,$end,$genes) = &print_context($fig_or_sprout,$cgi,$html->{contig_context},$peg,$feat,$min,$max);
353 :     Trace("Print context returned: beg=$beg, end=$end, genes = " . join(", ", @{$genes})) if T(3);
354 :     &print_graphics_context($beg,$end,$genes,$html->{context_graphic});
355 :    
356 : overbeek 1.68 &print_assignments($fig_or_sprout,$cgi,$html->{assign_for_equiv_prots},$peg);
357 : parrello 1.60 &print_kv_pairs($fig_or_sprout,$cgi,$html->{kv_pairs},$peg);
358 :     &print_subsys_connections($fig_or_sprout,$cgi,$html->{subsys_connections},$peg,$user);
359 :     &print_links($fig_or_sprout,$cgi,$html->{links},$peg);
360 :    
361 :     push @{$html->{javascript}}, "\n", &FIGjs::toolTipScript();
362 :    
363 :     my $has_translation = &translatable($fig_or_sprout,$peg);
364 :     &print_services($fig_or_sprout,$cgi,$html->{services},$peg,$has_translation,\@fc_data);
365 : overbeek 1.63
366 : parrello 1.60 &print_sims_block($fig_or_sprout,$cgi,$html->{similarities},$peg,$user,$has_translation);
367 :    
368 :     if ($has_translation) {
369 :     &show_tools($fig_or_sprout,$cgi,$html->{tools},$peg);
370 :     }
371 : efrank 1.1 }
372 :     }
373 :    
374 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
375 :    
376 :     sub show_tools {
377 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
378 : efrank 1.1
379 :     $cgi->param(-name => "request",
380 :     -value => "use_protein_tool");
381 :     my $url = $cgi->self_url();
382 :    
383 : parrello 1.60 if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools")) {
384 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
385 :     my $tab = [];
386 :    
387 :     $/ = "\n//\n";
388 :     while (defined($_ = <TMP>)) {
389 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
390 : overbeek 1.71 push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
391 : parrello 1.60 }
392 :     close(TMP);
393 :     $/ = "\n";
394 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
395 : efrank 1.1 }
396 :     $cgi->delete('request');
397 :     }
398 :    
399 :     ################# Functional Coupling ############################
400 :    
401 :     sub print_fc {
402 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
403 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
404 : parrello 1.60
405 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
406 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
407 : parrello 1.60 [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$neigh,$user)]
408 :     } @$fc_data;
409 :     if (@tab > 0) {
410 :     push(@$html,"<hr>\n");
411 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
412 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
413 : efrank 1.1 }
414 :     }
415 :    
416 :     sub ev_link {
417 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
418 :    
419 :     my $prot = $cgi->param('prot');
420 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
421 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
422 :     }
423 :    
424 :     ################# Assignments ############################
425 :    
426 :     sub trans_function_of {
427 : overbeek 1.53 my($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
428 : efrank 1.1
429 : parrello 1.60 if (wantarray()) {
430 :     my $x;
431 : overbeek 1.68 my @funcs = &function_ofL($fig_or_sprout,$peg,$user);
432 :    
433 : parrello 1.60 if ($cgi->param('translate')) {
434 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = &translate_function($fig_or_sprout,$x->[1]); $x } @funcs;
435 :     }
436 :     return @funcs;
437 :     } else {
438 :     my $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$peg,$user);
439 :     if ($cgi->param('translate')) {
440 :     $func = &translate_function($fig_or_sprout,$func);
441 :     }
442 :     return $func;
443 : efrank 1.1 }
444 :     }
445 :    
446 : overbeek 1.53 ########################## Routines that build pieces of HTML ######################
447 :    
448 :    
449 :     sub print_sims_block {
450 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user,$has_translation) = @_;
451 :    
452 :     my $sims = $cgi->param('sims');
453 : overbeek 1.63 if ((! $sims) && $has_translation && (! $cgi->param('SPROUT'))) {
454 : parrello 1.60 my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
455 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
456 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
457 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
458 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
459 :     my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
460 :     my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
461 :    
462 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
463 :     if ($cgi->param('translate')) {
464 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
465 :     }
466 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
467 : overbeek 1.53
468 : parrello 1.60 push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
469 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
470 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
471 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
472 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
473 :     $cgi->submit('Similarities'),
474 :     " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
475 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
476 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
477 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
478 :     " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
479 :     " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
480 :     $cgi->end_form
481 :     );
482 : overbeek 1.63 } elsif ($sims || $cgi->param('SPROUT')) {
483 : parrello 1.60 &print_similarities($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
484 : overbeek 1.53 }
485 :     }
486 :    
487 :    
488 :     sub print_services {
489 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$has_translation,$fc_data) = @_;
490 :    
491 :     my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
492 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
493 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
494 : parrello 1.60
495 : overbeek 1.63 if ((! $cgi->param('SPROUT')) && $fig_or_sprout->peg_in_gendb($peg))
496 :     {
497 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::linkPEGGenDB($peg));
498 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::importOrganismGenDB($peg));
499 :     }
500 : overbeek 1.53
501 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
502 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
503 :    
504 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
505 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
506 :    
507 :     $link = $cgi->url();
508 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
509 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
510 :     my $user = $cgi->param('user');
511 : parrello 1.60 if (! $user) {
512 :     $user = "";
513 :     } else {
514 :     $link = $link . "?SPROUT=$sprout&fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
515 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
516 : overbeek 1.53 }
517 :    
518 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
519 :     if (! $sprout)
520 :     {
521 :     my $fc = $cgi->param('fc');
522 :     if ((! $fc) && (&feature_locationS($fig_or_sprout,$peg))) {
523 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
524 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
525 :     } elsif ($fc) {
526 :     &print_fc($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data);
527 :     }
528 : overbeek 1.53
529 : overbeek 1.63 my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
530 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
531 : overbeek 1.53
532 : overbeek 1.63 my $link = &cgi_url . "/homologs_in_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user\n";
533 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Find Homologs in Clusters</a>\n");
534 :     }
535 : overbeek 1.53
536 : parrello 1.60 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation) {
537 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
538 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
539 :     } elsif ($cgi->param('compare_region')) {
540 :     &print_compared_regions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
541 : overbeek 1.53 }
542 :     }
543 :    
544 : efrank 1.1 sub print_assignments {
545 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
546 : efrank 1.1 my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
547 :    
548 :     my $user = $cgi->param('user');
549 : overbeek 1.68 $user = defined($user) ? $user : "";
550 :    
551 : overbeek 1.53 my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
552 : overbeek 1.68 $user_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
553 :    
554 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
555 :    
556 : efrank 1.1
557 : overbeek 1.68 my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } &mapped_prot_ids($fig_or_sprout,$cgi,$peg);
558 : efrank 1.1
559 : parrello 1.60 foreach $id (@maps_to) {
560 : overbeek 1.68 my $tmp;
561 :     if (($id ne $peg) && ($tmp = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$id)))
562 :     {
563 :     push(@funcs, [$id,&who($id),$tmp]);
564 : parrello 1.60 }
565 : efrank 1.1 }
566 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
567 : overbeek 1.68
568 :    
569 : efrank 1.1 push(@$html,"<hr>\n");
570 :    
571 : parrello 1.60 if ((@funcs == 0) && (! $user_func)) {
572 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
573 : efrank 1.1 }
574 : overbeek 1.25
575 : overbeek 1.68 my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_;
576 :     [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),
577 :     &org_of($fig_or_sprout,$id),
578 :     $who,
579 :     ($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""),
580 :     &set_map_links($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
581 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
582 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
583 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
584 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
585 :     }
586 : overbeek 1.53 }
587 : parrello 1.60
588 : overbeek 1.53 sub print_kv_pairs {
589 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
590 : efrank 1.1
591 : overbeek 1.53 my @attr = &feature_attributes($fig_or_sprout,$peg);
592 : parrello 1.60 if (@attr > 0) {
593 :     my $tab = [];
594 :     foreach $_ (@attr) {
595 :     my($tag,$val,$url) = @$_;
596 :     push(@$tab,[$tag,"<a href=\"$url\">$val</a>"]);
597 :     }
598 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table(["Key","Value"],$tab,"Attributes"),$cgi->hr);
599 : overbeek 1.38 }
600 : overbeek 1.53 }
601 :    
602 : overbeek 1.68 sub who {
603 :     my($id) = @_;
604 :    
605 :     if ($id =~ /^fig\|/) { return "FIG" }
606 :     if ($id =~ /^gi\|/) { return "" }
607 :     if ($id =~ /^^[NXYZA]P_/) { return "RefSeq" }
608 :     if ($id =~ /^sp\|/) { return "SwissProt" }
609 :     if ($id =~ /^uni\|/) { return "UniProt" }
610 :     if ($id =~ /^pir\|/) { return "PIR" }
611 :     if ($id =~ /^kegg\|/) { return "KEGG" }
612 :     }
613 :    
614 : overbeek 1.53 sub print_subsys_connections {
615 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user) = @_;
616 : overbeek 1.38
617 : olson 1.28 #
618 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
619 :     #
620 :    
621 : parrello 1.60 if (my @subsystems = &subsystems_for_peg($fig_or_sprout,$peg)) {
622 :     push(@$html,
623 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
624 :    
625 :     my(@hdrs);
626 :     my(@table);
627 :    
628 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
629 :    
630 : overbeek 1.65 my $sprout = ""; # $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
631 : parrello 1.60
632 :     for my $ent (@subsystems) {
633 :     my($sub, $role) = @$ent;
634 :     my $url = $cgi->a({href => "subsys.cgi?SPROUT=$sprout&user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
635 :     push(@table, [$url, $role]);
636 :     }
637 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
638 : olson 1.28 }
639 : overbeek 1.53 }
640 :    
641 :     sub print_links {
642 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
643 : overbeek 1.31
644 : parrello 1.60 my @links = &peg_links($fig_or_sprout,$peg);
645 :     if (@links > 0) {
646 :     my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
647 :     my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
648 :     my $tab = [];
649 :     my ($n,$i);
650 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5) {
651 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
652 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
653 :     }
654 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
655 : overbeek 1.25 }
656 :    
657 : parrello 1.60 if (! $cgi->param('SPROUT')) {
658 :     my $url = &cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
659 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
660 : overbeek 1.53 }
661 : efrank 1.1 }
662 :    
663 :    
664 :    
665 :     ################# Similarities ############################
666 :    
667 :    
668 :     sub print_similarities {
669 : overbeek 1.53 my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
670 : overbeek 1.63
671 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
672 :     {
673 :     &print_similarities_SPROUT($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
674 :     }
675 :     else
676 :     {
677 :     &print_similarities_SEED($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg );
678 :     }
679 :     }
680 :    
681 :     sub print_similarities_SPROUT {
682 :     my($fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
683 :    
684 :     my $user = $cgi->param('user') || "";
685 :     my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
686 :    
687 :     push( @$html, $cgi->hr,
688 :     "<a name=Similarities>",
689 : overbeek 1.68 $cgi->h1(''),
690 : overbeek 1.63 "</a>\n"
691 :     );
692 :    
693 : overbeek 1.65 my @sims = sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
694 : overbeek 1.63
695 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
696 :     -nolabels => 1,
697 :     -override => 1,
698 : overbeek 1.65 -values => ["",$peg,map { $_->[0] } @sims]);
699 : overbeek 1.63
700 :     my $target = "window$$";
701 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
702 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
703 :     -target => $target,
704 :     -action => 'fid_checked.cgi',
705 :     -name => 'fid_checked'
706 :     ),
707 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => 1),
708 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
709 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
710 :     $cgi->br,
711 :     "For Selected (checked) sequences: ",
712 :     $cgi->submit('align'),
713 :     );
714 :    
715 :     if ($user) {
716 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
717 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
718 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
719 :     $cgi->br, $cgi->br,
720 :     $cgi->submit('assign/annotate')
721 :     );
722 :    
723 :     if ($cgi->param('translate')) {
724 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
725 :     $cgi->submit('check rules'),
726 :     $cgi->br
727 :     );
728 :     }
729 :     }
730 :    
731 :     push( @$html, $cgi->br,
732 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
733 :     -value => $peg,
734 :     -override => 1,
735 :     -checked => 1,
736 :     -label => ""
737 :     )
738 :     );
739 :    
740 :     my $col_hdrs;
741 :     if ($user && $cgi->param('translate')) {
742 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
743 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
744 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
745 :     );
746 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
747 :     "Similar sequence",
748 :     "E-val",
749 : overbeek 1.65 "In Sub",
750 : overbeek 1.63 "ASSIGN from<hr>Translate to",
751 :     "Function",
752 :     "Organism",
753 :     "Aliases"
754 :     ];
755 :     } elsif ($user) {
756 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
757 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
758 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
759 :     );
760 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
761 :     "Similar sequence",
762 :     "E-val",
763 : overbeek 1.65 "In Sub",
764 : overbeek 1.63 "ASSIGN from",
765 :     "Function",
766 :     "Organism",
767 :     "Aliases"
768 :     ];
769 :     } else {
770 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
771 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
772 :     "Similar sequence",
773 :     "E-val",
774 :     "In Sub",
775 :     "Function",
776 :     "Organism",
777 :     "Aliases"
778 :     ];
779 :     }
780 :    
781 :     my $ncol = @$col_hdrs;
782 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
783 : overbeek 1.68 "\t<Caption><h2>Bidirectional Best Hits</h2></Caption>\n",
784 : overbeek 1.63 "\t<TR>\n\t\t<TH>",
785 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
786 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
787 :     );
788 :    
789 :     # Add the table data, row-by-row
790 :    
791 :     my $sim;
792 :     foreach $sim ( @sims ) {
793 :     my($id2,$psc) = @$sim;
794 :     my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
795 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
796 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
797 :     chomp $id2_link;
798 :    
799 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
800 :     my $in_sub;
801 :     if (@in_sub > 0) {
802 :     $in_sub = @in_sub;
803 :     } else {
804 :     $in_sub = "";
805 :     }
806 :    
807 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
808 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
809 :     ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
810 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
811 :     my $color3="#FFFFFF";
812 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
813 :    
814 :     #
815 :     # Colorize organisms:
816 :     #
817 :     # my $org = html_enc( &org_of($fig_or_sprout, $id2 ) );
818 :     my ($org,$oc) = &org_and_color_of($fig_or_sprout, $id2 );
819 :     $org = html_enc( $org );
820 :    
821 :     my $aliases = html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) );
822 : overbeek 1.68
823 : overbeek 1.64 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases);
824 : overbeek 1.63
825 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
826 :    
827 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
828 :     #
829 :     # Colorize check box by Domain
830 :     #
831 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
832 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
833 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc</TD>\n",
834 : overbeek 1.65 "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
835 : overbeek 1.63 $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
836 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
837 :     #
838 :     # Colorize organism by Domain
839 :     #
840 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
841 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
842 :     "\t\t<TD>$aliases</TD>\n",
843 :     "\t</TR>\n"
844 :     );
845 :     }
846 :     push( @$html, "</TABLE>\n" );
847 :     push( @$html, $cgi->end_form );
848 :     }
849 :    
850 :    
851 :     sub print_similarities_SEED {
852 :     my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
853 : golsen 1.34 my( $maxN, $maxP, $expand_groups, $ex_checked );
854 : efrank 1.1
855 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
856 : overbeek 1.53 my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
857 : efrank 1.1
858 : golsen 1.18 $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 5;
859 :     $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
860 :     $expand_groups = $cgi->param('expand_groups');
861 :     $ex_checked = $expand_groups ? "checked" : "";
862 :    
863 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 0;
864 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
865 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
866 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
867 : efrank 1.1
868 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr,
869 :     "<a name=Similarities>",
870 :     $cgi->h1('Similarities'),
871 :     "</a>\n"
872 :     );
873 :    
874 :     #
875 :     # Instead of automatically doubling maxN, use the value of
876 :     # $cgi->param("more similarities") to drive increase in maxN and
877 :     # max_expand
878 :     #
879 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
880 :     $maxN *= 2;
881 :     $max_expand *= 2;
882 :     $cgi->delete('more similarities');
883 :     }
884 :    
885 :     my ( $prev, $next ) = ( 0, 0 );
886 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
887 :     if ( $prefix && $protnum ) {
888 : overbeek 1.53 $prev = ( $protnum > 1 ) && &translatable($fig_or_sprout, $prefix . ($protnum-1) );
889 :     $next = &translatable($fig_or_sprout, $prefix . ($protnum+1) );
890 : golsen 1.34 }
891 : efrank 1.1
892 : overbeek 1.51 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
893 :    
894 : parrello 1.60 if ($cgi->param('translate')) {
895 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
896 : overbeek 1.51 }
897 :    
898 :     push(@$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
899 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
900 : golsen 1.34 $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
901 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
902 : golsen 1.34 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
903 : golsen 1.18 " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
904 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
905 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
906 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
907 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
908 : golsen 1.34 $cgi->br,
909 :     $prev ? $cgi->submit('previous PEG') : (),
910 :     $cgi->submit('resubmit'),
911 :     $cgi->submit('more similarities'),
912 :     $next ? $cgi->submit('next PEG') : (),
913 :     $cgi->end_form
914 :     );
915 : efrank 1.1
916 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr );
917 : efrank 1.1
918 : golsen 1.18 my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
919 : overbeek 1.68 my @sims = &sims($fig_or_sprout, $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
920 : efrank 1.1
921 : parrello 1.60 if (@sims) {
922 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
923 :     -nolabels => 1,
924 :     -override => 1,
925 :     -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
926 :    
927 :     my $target = "window$$";
928 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
929 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
930 :     -target => $target,
931 :     -action => 'fid_checked.cgi',
932 :     -name => 'fid_checked'
933 :     ),
934 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
935 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
936 :     $cgi->br,
937 :     "For Selected (checked) sequences: ",
938 :     $cgi->submit('align'),
939 :     $cgi->submit('view annotations'),
940 :     $cgi->submit('show regions')
941 :     );
942 :    
943 :     if ($user) {
944 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
945 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
946 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
947 :     $cgi->br, $cgi->br,
948 :     $cgi->submit('assign/annotate')
949 :     );
950 :    
951 :     if ($cgi->param('translate')) {
952 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
953 :     $cgi->submit('check rules'),
954 :     $cgi->br
955 :     );
956 :     }
957 :     }
958 : efrank 1.1
959 : parrello 1.60 push( @$html, $cgi->br,
960 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
961 :     -value => $peg,
962 :     -override => 1,
963 :     -checked => 1,
964 :     -label => ""
965 :     )
966 :     );
967 :    
968 :     my $col_hdrs;
969 :     my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
970 :     if ($user && $cgi->param('translate')) {
971 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
972 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
973 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
974 :     );
975 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
976 :     $expand_groups ? "family" : (),
977 :     $expand_groups ? "size" : (),
978 :     "Similar sequence",
979 :     "E-val<br>% iden",
980 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
981 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
982 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
983 :     "In Sub",
984 :     "Function",
985 :     "Organism",
986 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
987 :     ];
988 :     } elsif ($user) {
989 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
990 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
991 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
992 :     );
993 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
994 :     $expand_groups ? "family" : (),
995 :     $expand_groups ? "size" : (),
996 :     "Similar sequence",
997 :     "E-val<br>% iden",
998 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
999 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1000 :     "ASSIGN from",
1001 :     "In Sub",
1002 :     "Function",
1003 :     "Organism",
1004 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
1005 :     ];
1006 :     } else {
1007 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
1008 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
1009 :     $expand_groups ? "family" : (),
1010 :     $expand_groups ? "size" : (),
1011 :     "Similar sequence",
1012 :     "E-val<br>% iden",
1013 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
1014 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
1015 :     "In Sub",
1016 :     "Function",
1017 :     "Organism",
1018 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
1019 :     ];
1020 :     }
1021 : efrank 1.1
1022 : redwards 1.37 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
1023 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
1024 :    
1025 : parrello 1.60
1026 :     #
1027 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
1028 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
1029 :     #
1030 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
1031 :    
1032 :     my $ncol = @$col_hdrs;
1033 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
1034 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
1035 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
1036 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
1037 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
1038 :     );
1039 :    
1040 :     # Add the table data, row-by-row
1041 :    
1042 :     my $alia = ! $hide_alias;
1043 :     my $sim;
1044 :     foreach $sim ( @sims ) {
1045 :     my $id2 = $sim->id2;
1046 : overbeek 1.68 if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/)) {
1047 :     shift @from;
1048 :     next;
1049 :     }
1050 : parrello 1.60 my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
1051 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
1052 :    
1053 :     my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
1054 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = &in_family($fig_or_sprout,$id2))) {
1055 :     $sz = &sz_family($fig_or_sprout,$family);
1056 :     $funcF = html_enc( &family_function($fig_or_sprout,$family) );
1057 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
1058 :     } else {
1059 :     $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
1060 :     }
1061 :    
1062 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
1063 :     chomp $id2_link;
1064 :    
1065 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
1066 :     my $in_sub;
1067 :     if (@in_sub > 0) {
1068 :     $in_sub = @in_sub;
1069 :     } else {
1070 :     $in_sub = "";
1071 :     }
1072 :    
1073 :     my $psc = $sim->psc;
1074 :     my $iden = $sim->iden;
1075 :     my $ln1 = $sim->ln1;
1076 :     my $ln2 = $sim->ln2;
1077 :     my $b1 = $sim->b1;
1078 :     my $e1 = $sim->e1;
1079 :     my $b2 = $sim->b2;
1080 :     my $e2 = $sim->e2;
1081 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
1082 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
1083 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
1084 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
1085 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
1086 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
1087 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
1088 : overbeek 1.53 my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
1089 : parrello 1.60 ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
1090 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
1091 : overbeek 1.68 my $color3="#FFFFFF";
1092 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
1093 : parrello 1.60
1094 :     if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
1095 :    
1096 :     #
1097 :     # Colorize organisms:
1098 :     #
1099 :     # my $org = html_enc( &org_of($fig_or_sprout, $id2 ) );
1100 :     my ($org,$oc) = &org_and_color_of($fig_or_sprout, $id2 );
1101 :     $org = html_enc( $org );
1102 :    
1103 :     my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) )
1104 :     : undef;
1105 : overbeek 1.64 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases);
1106 : parrello 1.60 # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
1107 :    
1108 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
1109 :     #
1110 :     # Colorize check box by Domain
1111 :     #
1112 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
1113 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
1114 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
1115 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
1116 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
1117 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
1118 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
1119 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
1120 :     "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
1121 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
1122 :     #
1123 :     # Colorize organism by Domain
1124 :     #
1125 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
1126 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
1127 :     $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
1128 :     "\t</TR>\n"
1129 :     );
1130 :     }
1131 : overbeek 1.11
1132 : parrello 1.60 push( @$html, "</TABLE>\n" );
1133 :     push( @$html, $cgi->end_form );
1134 : efrank 1.1 }
1135 :     }
1136 :    
1137 : golsen 1.18 #
1138 :     # Support functions for writing the similarities
1139 :     #
1140 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
1141 :     #
1142 :    
1143 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
1144 :    
1145 :     #
1146 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
1147 :     # matching region.
1148 :     #
1149 :     # Left side is red; right side is blue.
1150 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
1151 :     #
1152 :    
1153 :     sub match_color {
1154 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
1155 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
1156 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
1157 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
1158 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
1159 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
1160 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
1161 :     my $br = 1;
1162 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
1163 :     }
1164 :    
1165 :     #
1166 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
1167 :     #
1168 :    
1169 :     sub hsb2rgb {
1170 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
1171 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
1172 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
1173 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
1174 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
1175 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
1176 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
1177 :     )
1178 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
1179 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
1180 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
1181 :     );
1182 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
1183 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
1184 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
1185 :     )
1186 :     }
1187 :    
1188 :     #
1189 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
1190 :     #
1191 :    
1192 :     sub rgb2html {
1193 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
1194 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
1195 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
1196 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
1197 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
1198 :     }
1199 :    
1200 :     #
1201 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
1202 :     #
1203 :    
1204 :     sub floor {
1205 :     my $x = $_[0];
1206 :     defined( $x ) || return undef;
1207 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
1208 :     }
1209 :    
1210 :    
1211 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
1212 :    
1213 :     sub print_context {
1214 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
1215 : olson 1.56
1216 : olson 1.57 if ($beg eq $end) { cluck "Have zero len"; }
1217 : efrank 1.1 my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
1218 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
1219 :    
1220 : overbeek 1.41
1221 :     my $user = $cgi->param('user');
1222 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1223 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"),
1224 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1225 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg),
1226 : overbeek 1.44 $cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1),
1227 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1228 :    
1229 : efrank 1.1 $why_related = "";
1230 : overbeek 1.53 my %in_cluster = map { $_ => 1 } &in_cluster_with($fig_or_sprout,$peg);
1231 : efrank 1.1
1232 : overbeek 1.41 my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
1233 : efrank 1.1 my($tab) = [];
1234 :     my $genes = [];
1235 : parrello 1.60
1236 : overbeek 1.53 my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
1237 : efrank 1.1
1238 :     my($role,$role1,%related_roles);
1239 : parrello 1.60 foreach $role (&roles_of_function($peg_function)) {
1240 :     foreach $role1 (&neighborhood_of_role($fig_or_sprout,$role)) {
1241 :     $related_roles{$role1} = 1;
1242 :     }
1243 : efrank 1.1 }
1244 : parrello 1.60 foreach $fid1 (@$feat) {
1245 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
1246 : efrank 1.1
1247 : parrello 1.60 my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid1) );
1248 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
1249 :     {
1250 :     $aliases .= ",$fid1";
1251 :     }
1252 : olson 1.48 my $uniprot;
1253 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1254 :     # print STDERR "$1\n";
1255 :     $uniprot = $1;
1256 :     }
1257 : overbeek 1.68 $aliases = &HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),
1258 :     $aliases =~ s/SPROUT=1/SPROUT=0/g;
1259 :     $aliases =~ s/[&;]user=[^&;]+[;&]/;/g;
1260 :    
1261 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid1));;
1262 :     $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1263 :    
1264 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid1);
1265 : olson 1.48 my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid1, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1266 :    
1267 : parrello 1.60 if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1268 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1269 :     else { $color = "red" }
1270 :    
1271 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/) {
1272 :     $n = $1;
1273 : overbeek 1.63 my $sprout = $cgi->param('SPROUT');
1274 :     $sprout = $sprout ? $sprout : "";
1275 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user&SPROUT=$sprout";
1276 : parrello 1.60 } elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/) {
1277 :     $n = uc $1;
1278 :     $link = "";
1279 :     } else {
1280 :     $n ="";
1281 :     $link = "";
1282 :     }
1283 :    
1284 :     push(@$genes,[&min($beg1,$end1),&max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link,$info]);
1285 :     if ($max_so_far) {
1286 :     $gap = (&min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1287 :     } else {
1288 :     $gap = "";
1289 :     }
1290 :     $max_so_far = &max($beg1,$end1);
1291 : olson 1.48
1292 : efrank 1.1
1293 : parrello 1.60 $in_neighborhood = "";
1294 :     if (&ftype($fid1) eq "peg") {
1295 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$fid1,$user);
1296 :     foreach $role (&roles_of_function($comment)) {
1297 :     if ($related_roles{$role}) {
1298 :     $in_neighborhood = "*";
1299 :     }
1300 :     }
1301 :     } else {
1302 :     $comment = "";
1303 :     }
1304 :     $comment = &set_map_links($fig_or_sprout,&genome_of($fid1),$comment);
1305 :     if ($fid1 eq $peg) {
1306 :     $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1307 :     }
1308 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1309 :    
1310 :     my $must_have = (($fid1 eq $peg) || (! $fc)) ? "" : $cgi->checkbox(-name => 'must_have',
1311 :     -value => $fid1,
1312 :     -checked => 0,
1313 :     -override => 1,
1314 :     -label => "");
1315 :    
1316 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1317 : overbeek 1.68 $must_have,
1318 :     $fc,$in_neighborhood,
1319 :     $comment,
1320 :     $aliases,
1321 :     $why_related]);
1322 : efrank 1.1 }
1323 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1324 : overbeek 1.41 push(@$html,$cgi->br,$cgi->submit('pin with checked genes'),$cgi->end_form,$cgi->br);
1325 : overbeek 1.53 return ($beg,$end,$genes);
1326 :     }
1327 :    
1328 :     sub print_graphics_context {
1329 :     my($beg,$end,$genes,$html) = @_;
1330 :    
1331 :     my $map = ["",$beg,$end,$genes];
1332 :     my $gg = [$map];
1333 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1334 : efrank 1.1 return;
1335 :     }
1336 :    
1337 :     sub assign_link {
1338 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1339 :     my($assign_url,$assign_link);
1340 :    
1341 : parrello 1.60 if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func))) {
1342 :     $cgi->delete('request');
1343 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1344 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1345 :     } else {
1346 :     $assign_link = "";
1347 : efrank 1.1 }
1348 :     return $assign_link;
1349 :     }
1350 :    
1351 :     sub pin_link {
1352 :     my($cgi,$peg) = @_;
1353 :     my $user = $cgi->param('user');
1354 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1355 :    
1356 : overbeek 1.63 # RAO disconnect SPROUT from pinning requests until chromosomal_clusters.cgi is rewritten
1357 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1358 : overbeek 1.63 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user&uni=1"; # &SPROUT=$sprout";
1359 : efrank 1.1 my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1360 :     return $cluster_link;
1361 :     }
1362 :    
1363 :     sub set_map_links {
1364 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$func) = @_;
1365 : efrank 1.1
1366 : parrello 1.60 if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/) {
1367 :     my $before = $1;
1368 :     my $ec = $2;
1369 :     my $after = $3;
1370 :     return &set_map_links($fig_or_sprout,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig_or_sprout,$org,$ec) . &set_map_links($fig_or_sprout,$org,$after);
1371 : efrank 1.1 }
1372 :     return $func;
1373 :     }
1374 :    
1375 :     sub set_ec_to_maps {
1376 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$ec) = @_;
1377 : efrank 1.1
1378 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1379 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1380 :     $cgi->delete('request');
1381 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1382 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1383 :     return $link;
1384 : efrank 1.1 }
1385 :     return $ec;
1386 :     }
1387 :    
1388 :     sub show_ec_to_maps {
1389 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$ec) = @_;
1390 : efrank 1.1
1391 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1392 : parrello 1.60 if (! $ec) {
1393 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1394 :     return;
1395 : efrank 1.1 }
1396 :    
1397 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1398 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1399 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1400 :     my $map;
1401 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),&map_name($fig_or_sprout,$map)] } @maps];
1402 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . &ec_name($fig_or_sprout,$ec)));
1403 : efrank 1.1 }
1404 :     }
1405 :    
1406 :     sub map_link {
1407 :     my($cgi,$map) = @_;
1408 :    
1409 :     $cgi->delete('request');
1410 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1411 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1412 :     return $link;
1413 :     }
1414 :    
1415 :     sub link_to_map {
1416 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1417 : efrank 1.1
1418 :     my $map = $cgi->param('map');
1419 : parrello 1.60 if (! $map) {
1420 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1421 :     return;
1422 : efrank 1.1 }
1423 :    
1424 :     my $org = $cgi->param('org');
1425 : parrello 1.60 if (! $org) {
1426 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1427 :     return;
1428 : efrank 1.1 }
1429 :     my$user = $cgi->param('user');
1430 :     $user = $user ? $user : "";
1431 :    
1432 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1433 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1434 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1435 :     &HTML::trim_output(\@out);
1436 :     push(@$html,@out);
1437 :     }
1438 : parrello 1.60
1439 : efrank 1.1 sub aa_sequence {
1440 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1441 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1442 :    
1443 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1444 : parrello 1.60 if ($seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot)) {
1445 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1446 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1447 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1448 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1449 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1450 :     } else {
1451 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1452 :     }
1453 :     }
1454 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1455 :     } else {
1456 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1457 : efrank 1.1 }
1458 :     }
1459 :    
1460 :     sub dna_sequence {
1461 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$fid) = @_;
1462 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1463 :    
1464 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1465 : parrello 1.60 if ($seq = &dna_seq($fig_or_sprout,&genome_of($fid),&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid))) {
1466 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1467 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1468 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1469 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1470 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1471 :     } else {
1472 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1473 :     }
1474 :     }
1475 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1476 :     } else {
1477 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1478 : efrank 1.1 }
1479 :     }
1480 : parrello 1.60
1481 : efrank 1.1 sub show_fusions {
1482 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1483 : efrank 1.1
1484 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1485 :     $user = $user ? $user : "";
1486 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1487 :    
1488 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1489 : overbeek 1.53 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user&SPROUT=$sprout";
1490 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1491 :     print join("",@out);
1492 :     exit;
1493 : overbeek 1.2 }
1494 :    
1495 : overbeek 1.53 ###########################################################################
1496 : overbeek 1.2 sub print_compared_regions {
1497 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
1498 :    
1499 :     my $sz_region = $cgi->param('sz_region');
1500 :     $sz_region = $sz_region ? $sz_region : 16000;
1501 :    
1502 :     my $num_close = $cgi->param('num_close');
1503 :     $num_close = $num_close ? $num_close : 5;
1504 : overbeek 1.2
1505 : overbeek 1.65 my @closest_pegs = &closest_pegs($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$num_close);
1506 : overbeek 1.40
1507 : parrello 1.60 if (@closest_pegs > 0) {
1508 :     if (&possibly_truncated($fig_or_sprout,$peg)) {
1509 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1510 :     }
1511 :     @closest_pegs = &sort_fids_by_taxonomy($fig_or_sprout,@closest_pegs);
1512 :     unshift(@closest_pegs,$peg);
1513 :     my @all_pegs = ();
1514 :     my $gg = &build_maps($fig_or_sprout,\@closest_pegs,\@all_pegs,$sz_region);
1515 :     #warn Dumper($gg);
1516 : overbeek 1.68 my $color_sets = &cluster_genes($fig_or_sprout,$cgi,\@all_pegs,$peg);
1517 : parrello 1.60 &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1518 :     ################################### add commentary capability
1519 : overbeek 1.35
1520 : parrello 1.60 my @parm_reset_form = ($cgi->hr);
1521 :     push(@parm_reset_form,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/protein.cgi" ));
1522 : overbeek 1.53 my $param;
1523 : parrello 1.60 foreach $param ($cgi->param()) {
1524 :     next if (($param eq "sz_region") || ($param eq "num_close"));
1525 :     push(@parm_reset_form,$cgi->hidden(-name => $param, -value => $cgi->param($param)));
1526 :     }
1527 :     push(@parm_reset_form,
1528 :     "size region: ",
1529 :     $cgi->textfield(-name => 'sz_region', -size => 10, -value => $sz_region, -override => 1),
1530 :     "&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ",
1531 :     "Number close genomes: ",
1532 :     $cgi->textfield(-name => 'num_close', -size => 4, -value => $num_close, -override => 1),
1533 :     $cgi->br,
1534 :     $cgi->submit('Reset Parameters')
1535 :     );
1536 :     push(@parm_reset_form,$cgi->end_form);
1537 :     push(@$html,@parm_reset_form);
1538 :     ####
1539 :     my @commentary_form = ();
1540 :     my $ctarget = "window$$";
1541 :     my $user = $cgi->param('user');
1542 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1543 :    
1544 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
1545 :     -action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
1546 :     ));
1547 :    
1548 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1549 :     $cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
1550 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
1551 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1));
1552 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1553 :    
1554 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
1555 :     my($i,$map);
1556 :     @vals = ();
1557 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--) {
1558 :     my @vals1 = ();
1559 :     $map = $gg->[$i];
1560 :     my $found = 0;
1561 :     my $got_red = 0;
1562 :     undef %how_many;
1563 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
1564 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey") {
1565 :     $n = $gene->[4];
1566 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
1567 :     $how_many{$n}++;
1568 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
1569 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
1570 :     push(@vals1,$val);
1571 :     $found++;
1572 :     }
1573 :     }
1574 :    
1575 :     if (! $got_red) {
1576 :     splice(@$gg,$i,1);
1577 :     } else {
1578 :     push(@vals,@vals1);
1579 :     }
1580 :     }
1581 : overbeek 1.35
1582 : parrello 1.60 if (@$gg == 0) {
1583 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
1584 :     } else {
1585 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
1586 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
1587 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
1588 :     push(@$html,@commentary_form);
1589 :     }
1590 : overbeek 1.35 ################################################################end commentary
1591 : parrello 1.60 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1592 :     push @$html, &FIGGenDB::linkClusterGenDB($peg);
1593 : overbeek 1.2 }
1594 :     }
1595 :    
1596 :     sub closest_pegs {
1597 : overbeek 1.65 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$n) = @_;
1598 : overbeek 1.2 my($id2,$d,$peg2,$i);
1599 :    
1600 : overbeek 1.65 my @closest;
1601 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
1602 :     {
1603 :     @closest = map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
1604 :     }
1605 :     else
1606 :     {
1607 :     @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } &sims($fig_or_sprout,$peg,5,1.0e-20,"all");
1608 :     }
1609 : overbeek 1.2
1610 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1611 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1612 : overbeek 1.53 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} &in_pch_pin_with($fig_or_sprout,$peg);
1613 :     my $g1 = &genome_of($peg);
1614 : parrello 1.60 @pinned_to =
1615 : overbeek 1.2 map {$_->[1] }
1616 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1617 : overbeek 1.53 map { $peg2 = $_; $d = &crude_estimate_of_distance($fig_or_sprout,$g1,&genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1618 : overbeek 1.2 @pinned_to;
1619 :    
1620 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++) {
1621 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1622 : overbeek 1.2 }
1623 : parrello 1.60 return keys(%closest);
1624 : overbeek 1.2 }
1625 :    
1626 :     sub build_maps {
1627 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$pinned_pegs,$all_pegs,$sz_region) = @_;
1628 : overbeek 1.2 my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1629 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1630 :    
1631 :     $gg = [];
1632 : parrello 1.60 foreach $peg (@$pinned_pegs) {
1633 :     $loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg);
1634 :     ($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
1635 :     if ($contig && $beg && $end) {
1636 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1637 :     $min = int($mid - ($sz_region / 2));
1638 :     $max = int($mid + ($sz_region / 2));
1639 :     $genes = [];
1640 :     ($feat,undef,undef) = &genes_in_region($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1641 :     foreach $fid (@$feat) {
1642 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid));
1643 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1644 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1645 :     my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid) );
1646 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid);
1647 :     my $uniprot;
1648 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1649 :     $uniprot = $1;
1650 :     }
1651 :     my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1652 :    
1653 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1654 : overbeek 1.68 my $fmg;
1655 :     if ($sprout)
1656 :     {
1657 :     $fmg = "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>";
1658 :     }
1659 :     else
1660 :     {
1661 :     $fmg = join ('<br/>', "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>",
1662 : parrello 1.60 "<a onClick=\&quot;setValue('bound1', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 1</a>",
1663 :     "<a onClick=\&quot;setValue('bound2', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 2</a>",
1664 :     "<a onClick=\&quot;setValue('candidates', '$fid'); return false;\&quot;>set candidate</a>");
1665 : overbeek 1.68 }
1666 : parrello 1.60 push(@$genes,[&min($beg1,$end1),
1667 :     &max($beg1,$end1),
1668 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1669 :     "grey",
1670 :     "",
1671 :     $fid,
1672 :     $info, $fmg]);
1673 :    
1674 :     if ($fid =~ /peg/) {
1675 :     push(@$all_pegs,$fid);
1676 :     }
1677 :     }
1678 :     $map = [&abbrev(&org_of($fig_or_sprout,$peg)),0,$max+1-$min,
1679 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1680 :     push(@$gg,$map);
1681 :     }
1682 : overbeek 1.2 }
1683 : overbeek 1.55 &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
1684 : overbeek 1.2 return $gg;
1685 :     }
1686 :    
1687 :     sub in {
1688 :     my($x,$xL) = @_;
1689 :     my($i);
1690 :    
1691 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1692 :     return ($i < @$xL);
1693 :     }
1694 :    
1695 :     sub in_bounds {
1696 :     my($min,$max,$x) = @_;
1697 :    
1698 :     if ($x < $min) { return $min }
1699 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1700 :     else { return $x }
1701 :     }
1702 :    
1703 :     sub decr_coords {
1704 :     my($genes,$min) = @_;
1705 :     my($gene);
1706 :    
1707 : parrello 1.60 foreach $gene (@$genes) {
1708 :     $gene->[0] -= $min;
1709 :     $gene->[1] -= $min;
1710 : overbeek 1.2 }
1711 :     return $genes;
1712 :     }
1713 :    
1714 :     sub flip_map {
1715 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1716 :     my($gene);
1717 : parrello 1.60
1718 :     foreach $gene (@$genes) {
1719 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1720 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1721 : overbeek 1.2 }
1722 :     return $genes;
1723 :     }
1724 :    
1725 :     sub cluster_genes {
1726 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs,$peg) = @_;
1727 : overbeek 1.2 my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1728 :    
1729 :     my @color_sets = ();
1730 :    
1731 : overbeek 1.68 $conn = &get_connections_by_similarity($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs);
1732 :    
1733 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
1734 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1735 :     if (! $seen{$i}) {
1736 :     $cluster = [$i];
1737 :     $seen{$i} = 1;
1738 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
1739 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1740 :     foreach $k (@$x) {
1741 :     if (! $seen{$k}) {
1742 :     push(@$cluster,$k);
1743 :     $seen{$k} = 1;
1744 :     }
1745 :     }
1746 :     }
1747 :    
1748 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
1749 :     push(@color_sets,$cluster);
1750 :     }
1751 :     }
1752 : overbeek 1.2 }
1753 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1754 :     $red_set = $color_sets[$i];
1755 :     splice(@color_sets,$i,1);
1756 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1757 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1758 :    
1759 :     my $color_sets = {};
1760 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
1761 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
1762 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1763 :     }
1764 : overbeek 1.2 }
1765 :     return $color_sets;
1766 :     }
1767 :    
1768 :     sub get_connections_by_similarity {
1769 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$all_pegs) = @_;
1770 :    
1771 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
1772 :     {
1773 :     return &get_connections_by_similarity_SPROUT($fig_or_sprout,$all_pegs);
1774 :     }
1775 :     else
1776 :     {
1777 :     return &get_connections_by_similarity_SEED($fig_or_sprout,$all_pegs);
1778 :     }
1779 :     }
1780 :    
1781 :     sub get_connections_by_similarity_SPROUT {
1782 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
1783 :     my(%in,$i,$j,$peg1,$peg2);
1784 :    
1785 :     my $conn = {};
1786 :    
1787 :     for ($i=0; $i < @$all_pegs; $i++)
1788 :     {
1789 :     $in{$all_pegs->[$i]} = $i;
1790 :     }
1791 :    
1792 :     foreach $peg1 (@$all_pegs)
1793 :     {
1794 :     $i = $in{$peg1};
1795 :     foreach $peg2 (map { $_->[0] } $fig_or_sprout->bbhs($peg1, 1.0e-10, 0))
1796 :     {
1797 :     $j = $in{$peg2};
1798 :     if (defined($i) && defined($j))
1799 :     {
1800 :     push(@{$conn->{$i}},$j);
1801 :     }
1802 :     }
1803 :     }
1804 :     return $conn;
1805 :     }
1806 :    
1807 :     sub get_connections_by_similarity_SEED {
1808 :     my($fig_or_sprout,$all_pegs) = @_;
1809 : overbeek 1.40 my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
1810 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1811 : overbeek 1.2
1812 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
1813 :     $tmp = &maps_to_id($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i]);
1814 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1815 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
1816 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1817 :     }
1818 : overbeek 1.2 }
1819 :    
1820 : parrello 1.60 foreach $y (keys(%pos_of)) {
1821 :     $x = $pos_of{$y};
1822 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
1823 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
1824 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
1825 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
1826 :     }
1827 :     }
1828 : overbeek 1.40 }
1829 :    
1830 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
1831 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw")) {
1832 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
1833 :     foreach $y (@$x) {
1834 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1835 :     }
1836 :     }
1837 :     }
1838 : overbeek 1.2 }
1839 :     return \%conn;
1840 :     }
1841 :    
1842 :     sub set_colors_text_and_links {
1843 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1844 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1845 :    
1846 : parrello 1.60 foreach $map (@$gg) {
1847 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
1848 :     $peg = $gene->[5];
1849 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg})) {
1850 :     $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
1851 :     $gene->[4] = $color + 1;
1852 :     }
1853 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1854 :     }
1855 : overbeek 1.2 }
1856 :     }
1857 :    
1858 :     sub peg_url {
1859 :     my($cgi,$peg) = @_;
1860 :    
1861 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1862 :     $cgi->delete('prot');
1863 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1864 :     $cgi->delete('prot');
1865 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1866 :    
1867 :     return $url;
1868 : parrello 1.60 }
1869 : overbeek 1.2
1870 :     sub possible_extensions {
1871 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1872 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1873 :    
1874 : overbeek 1.53 $g = &genome_of($peg);
1875 : overbeek 1.2
1876 : parrello 1.60 foreach $peg1 (@$closest_pegs) {
1877 :     if ($g ne &genome_of($peg1)) {
1878 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$peg1,500,1.0e-5,"all")) {
1879 :     $id2 = $sim->id2;
1880 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && &possibly_truncated($fig_or_sprout,$id2)) {
1881 :     $poss{$id2} = 1;
1882 :     }
1883 :     }
1884 :     }
1885 : overbeek 1.2 }
1886 :     return keys(%poss);
1887 : efrank 1.1 }
1888 : overbeek 1.53
1889 :     sub display_page {
1890 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1891 :    
1892 : parrello 1.60 if (ref($html) eq "ARRAY") {
1893 :     if ($traceData) {
1894 :     push @$html, QTrace('html');
1895 :     }
1896 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
1897 :     } else {
1898 :     Trace(Dumper($html)) if T(2);
1899 :     if ($cgi->param('SPROUT')) {
1900 :     if ($traceData) {
1901 :     $html->{tracings} = "<h3>Trace Messages</h3>\n" . QTrace('html');
1902 :     } else {
1903 :     $html->{tracings} = "\n";
1904 :     }
1905 :     print "Content-Type: text/html\n";
1906 :     print "\n";
1907 :     my $templ = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/Protein_tmpl.html";
1908 : overbeek 1.63 print PageBuilder::Build(">$templ", $html,"Html");
1909 : parrello 1.60 } else {
1910 :     my $gathered = [];
1911 :    
1912 :     my $section;
1913 :     foreach $section (qw( javascript
1914 :     general
1915 :     translate_status
1916 :     contig_context
1917 :     context_graphic
1918 :     subsys_connections
1919 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots
1920 : parrello 1.60 links
1921 :     services
1922 :     kv_pairs
1923 :     compare_region
1924 :     similarities
1925 :     tools
1926 :     ) ) {
1927 :     if (@{$html->{$section}} > 0) {
1928 :     push(@$gathered,@{$html->{$section}});
1929 :     push(@$gathered,$cgi->hr);
1930 :     }
1931 :     }
1932 :     pop @$gathered;
1933 :     &HTML::show_page($cgi,$gathered);
1934 :     }
1935 : overbeek 1.53 }
1936 :     }
1937 :    
1938 :     sub show_html_followed_by_initial {
1939 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1940 :    
1941 :     my %html = ( general => [],
1942 :     contig_context => [],
1943 :     context_graphic => [],
1944 :     subsys_connections => [],
1945 :     links => [],
1946 :     services => [],
1947 :     translate_status => [],
1948 :     tools => [],
1949 :     kv_pairs => [],
1950 :     similarities => [],
1951 : overbeek 1.68 assign_for_equiv_prots => [],
1952 : overbeek 1.53 javascript => [],
1953 :     compare_region => []
1954 :     );
1955 :    
1956 :     push(@{$html{general}},@$html);
1957 :     $html = \%html;
1958 : parrello 1.60 &show_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
1959 : overbeek 1.53 return $html;
1960 :     }
1961 :    
1962 :     sub translation_piece {
1963 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1964 :    
1965 :     my $msg;
1966 :     my $url = $cgi->self_url();
1967 :     if ($cgi->param('translate')) {
1968 : parrello 1.60 $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
1969 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
1970 :     } else {
1971 :     $url .= ";translate=1";
1972 :     $msg = "Translate Function Assignments";
1973 : overbeek 1.53 }
1974 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
1975 :     }
1976 :    
1977 :    
1978 :     #######################################################################################
1979 :    
1980 :     sub by_alias {
1981 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1982 :     return $fig_or_sprout->by_alias($prot);
1983 :     }
1984 :    
1985 :     sub org_of {
1986 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1987 :    
1988 :     return $fig_or_sprout->org_of($prot);
1989 :     }
1990 :    
1991 :     sub is_real_feature {
1992 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1993 :    
1994 :     return $fig_or_sprout->is_real_feature($prot);
1995 :     }
1996 :    
1997 :     sub coupling_and_evidence {
1998 :     my($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = @_;
1999 :    
2000 :     return $fig_or_sprout->coupling_and_evidence($peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,"keep");
2001 :     }
2002 :    
2003 :     sub feature_locationS {
2004 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2005 :    
2006 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_location($peg);
2007 :     }
2008 :    
2009 :     sub boundaries_of {
2010 :     my($fig_or_sprout,$loc) = @_;
2011 :    
2012 :     return $fig_or_sprout->boundaries_of($loc);
2013 :     }
2014 :    
2015 :    
2016 :     sub in_cluster_with {
2017 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2018 :    
2019 :     return $fig_or_sprout->in_cluster_with($peg);
2020 :     }
2021 :    
2022 :     sub neighborhood_of_role {
2023 :     my($fig_or_sprout,$role) = @_;
2024 :    
2025 :     return $fig_or_sprout->neighborhood_of_role($role);
2026 :     }
2027 :    
2028 :     sub feature_aliasesL {
2029 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2030 :    
2031 :     my @tmp = $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2032 :     return @tmp;
2033 :     }
2034 :    
2035 :     sub feature_aliasesS {
2036 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
2037 :    
2038 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
2039 :     }
2040 :    
2041 :     sub function_ofL {
2042 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2043 :    
2044 :     my @tmp = $fig_or_sprout->function_of($peg);
2045 :     return @tmp;
2046 :     }
2047 :    
2048 :     sub function_ofS {
2049 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
2050 : overbeek 1.53
2051 : overbeek 1.68 return scalar $fig_or_sprout->function_of($peg,$user);
2052 : overbeek 1.53 }
2053 :    
2054 :     sub mapped_prot_ids {
2055 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg) = @_;
2056 : overbeek 1.53
2057 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2058 :     {
2059 :     return map { [$_,0] } grep { $_ =~ /^(([NXYZA]P_[0-9\.]+)|(gi\|\d+)|(kegg\|\S+)|(uni\|[A-Z0-9]{6})|(sp\|[A-Z0-9]{6}))$/ } &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$peg);
2060 :     }
2061 :     else
2062 :     {
2063 :     return $fig_or_sprout->mapped_prot_ids($peg);
2064 :     }
2065 : overbeek 1.53 }
2066 :    
2067 :     sub peg_links {
2068 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2069 :    
2070 :     return $fig_or_sprout->peg_links($peg);
2071 :     }
2072 :    
2073 :     sub get_translation {
2074 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
2075 :    
2076 :     return $fig_or_sprout->get_translation($prot);
2077 :     }
2078 :    
2079 :     sub assign_function {
2080 :     my($fig_or_sprout,$prot,$who,$function) = @_;
2081 :    
2082 :     $fig_or_sprout->assign_function($prot,$who,$function,"");
2083 :     }
2084 :    
2085 :     sub add_annotation {
2086 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot,$user,$annotation) = @_;
2087 : overbeek 1.53
2088 : overbeek 1.68 if ((! $cgi->param('SPROUT')) || ($annotation !~ /Set function/))
2089 :     {
2090 :     $fig_or_sprout->add_annotation($prot,$user,$annotation);
2091 :     }
2092 : overbeek 1.53 }
2093 :    
2094 :     sub feature_annotations {
2095 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot) = @_;
2096 :     if ($cgi->param('SPROUT'))
2097 :     {
2098 : overbeek 1.69 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2099 : overbeek 1.68 }
2100 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
2101 :     }
2102 :    
2103 :     sub related_by_func_sim {
2104 : overbeek 1.68 my($fig_or_sprout,$cgi,$peg,$user) = @_;
2105 : overbeek 1.53
2106 : overbeek 1.68 if ($cgi->param('SPROUT'))
2107 :     {
2108 :     return map { $_->[0] } sort { $a->[1] <=> $b->[1] } $fig_or_sprout->bbhs($peg, 1.0e-10, 0);
2109 :     }
2110 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->related_by_func_sim($peg,$user);
2111 :     }
2112 :    
2113 :     sub merged_related_annotations {
2114 :     my($fig_or_sprout,$related) = @_;
2115 :    
2116 :     return $fig_or_sprout->merged_related_annotations($related);
2117 :     }
2118 :    
2119 :     sub genus_species {
2120 :     my($fig_or_sprout,$genome) = @_;
2121 :    
2122 :     return $fig_or_sprout->genus_species($genome);
2123 :     }
2124 :    
2125 :     sub genes_in_region {
2126 :     my($fig_or_sprout,$genome,$contig,$min,$max) = @_;
2127 :    
2128 :     return $fig_or_sprout->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
2129 :     }
2130 :    
2131 :     sub translate_function {
2132 :     my($fig_or_sprout,$func) = @_;
2133 :    
2134 :     return $fig_or_sprout->translate_function($func);
2135 :     }
2136 :    
2137 :     sub feature_attributes {
2138 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2139 :    
2140 :     return $fig_or_sprout->feature_attributes($peg);
2141 :     }
2142 :    
2143 :     sub subsystems_for_peg {
2144 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2145 :    
2146 :     return $fig_or_sprout->subsystems_for_peg($peg);
2147 :     }
2148 :    
2149 :     sub sims {
2150 :     my($fig_or_sprout,$peg,$max,$cutoff,$select,$expand) = @_;
2151 :    
2152 :     return $fig_or_sprout->sims($peg,$max,$cutoff,$select,$expand);
2153 :     }
2154 :    
2155 :     sub in_family {
2156 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2157 :    
2158 :     return $fig_or_sprout->in_family($id);
2159 :     }
2160 :    
2161 :     sub sz_family {
2162 :     my($fig_or_sprout,$family) = @_;
2163 :    
2164 :     return $fig_or_sprout->sz_family($family);
2165 :     }
2166 :    
2167 :     sub peg_to_subsystems {
2168 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2169 :    
2170 :     return $fig_or_sprout->peg_to_subsystems($id);
2171 :     }
2172 :    
2173 :     sub org_and_color_of {
2174 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2175 :    
2176 :     return $fig_or_sprout->org_and_color_of($id);
2177 :     }
2178 :    
2179 :     sub ec_to_maps {
2180 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2181 :    
2182 :     return $fig_or_sprout->ec_to_maps($ec);
2183 :     }
2184 :    
2185 :     sub map_name {
2186 :     my($fig_or_sprout,$map) = @_;
2187 :    
2188 :     return $fig_or_sprout->map_name($map);
2189 :     }
2190 :    
2191 :     sub ec_name {
2192 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
2193 : parrello 1.60
2194 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->ec_name($ec);
2195 :     }
2196 :    
2197 :     sub dna_seq {
2198 :     my($fig_or_sprout,$genome,$loc) = @_;
2199 :    
2200 :     return $fig_or_sprout->dna_seq($genome,$loc);
2201 :     }
2202 :    
2203 :     sub possibly_truncated {
2204 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
2205 :    
2206 :     return $fig_or_sprout->possibly_truncated($id);
2207 :     }
2208 :    
2209 :     sub sort_fids_by_taxonomy {
2210 :     my($fig_or_sprout,@fids) = @_;
2211 :    
2212 :     return $fig_or_sprout->sort_fids_by_taxonomy(@fids);
2213 :     }
2214 :    
2215 :     sub in_pch_pin_with {
2216 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2217 :    
2218 :     return $fig_or_sprout->in_pch_pin_with($peg);
2219 :     }
2220 :    
2221 :     sub crude_estimate_of_distance {
2222 :     my($fig_or_sprout,$genome1,$genome2) = @_;
2223 :    
2224 :     return $fig_or_sprout->crude_estimate_of_distance($genome1,$genome2);
2225 :     }
2226 :    
2227 :     sub maps_to_id {
2228 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2229 :    
2230 :     return $fig_or_sprout->maps_to_id($peg);
2231 :     }
2232 :    
2233 :     sub translatable {
2234 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
2235 :    
2236 :     return $fig_or_sprout->translatable($peg);
2237 :     }
2238 :    
2239 :     sub cgi_url {
2240 :     return &FIG::plug_url($FIG_Config::cgi_url);
2241 :     }
2242 :    
2243 :    
2244 :    
2245 :     ###########################################################
2246 :    
2247 :     sub genome_of {
2248 : parrello 1.60 my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2249 : overbeek 1.53
2250 :     if ($prot_id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) { return $1; }
2251 :     return undef;
2252 :     }
2253 :    
2254 :     sub min {
2255 :     my(@x) = @_;
2256 :     my($min,$i);
2257 :    
2258 :     (@x > 0) || return undef;
2259 :     $min = $x[0];
2260 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2261 :     $min = ($min > $x[$i]) ? $x[$i] : $min;
2262 : overbeek 1.53 }
2263 :     return $min;
2264 :     }
2265 :    
2266 :     sub max {
2267 :     my(@x) = @_;
2268 :     my($max,$i);
2269 :    
2270 :     (@x > 0) || return undef;
2271 :     $max = $x[0];
2272 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
2273 :     $max = ($max < $x[$i]) ? $x[$i] : $max;
2274 : overbeek 1.53 }
2275 :     return $max;
2276 :     }
2277 :    
2278 :    
2279 :     sub roles_of_function {
2280 : parrello 1.60 my $func = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
2281 : overbeek 1.53
2282 :     return (split(/\s*[\/;]\s+/,$func),($func =~ /\d+\.\d+\.\d+\.\d+/g));
2283 :     }
2284 :    
2285 :     sub ftype {
2286 :     my($feature_id) = @_;
2287 :    
2288 : parrello 1.60 if ($feature_id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)/) {
2289 :     return $1;
2290 : overbeek 1.53 }
2291 :     return undef;
2292 :     }
2293 :    
2294 :     sub abbrev {
2295 :     my($genome_name) = @_;
2296 :    
2297 : overbeek 1.55 return &FIG::abbrev($genome_name);
2298 : overbeek 1.63 }

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