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ViewVC logotype

Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.7 - (view) (download)

1 : efrank 1.1
2 :     use FIG;
3 :     my $fig = new FIG;
4 :    
5 :     use HTML;
6 :     use strict;
7 :     use GenoGraphics;
8 :     use CGI;
9 :     my $cgi = new CGI;
10 :    
11 :     if (0)
12 :     {
13 :     print $cgi->header;
14 :     my @params = $cgi->param;
15 :     print "<pre>\n";
16 :     foreach $_ (@params)
17 :     {
18 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
19 :     }
20 :     exit;
21 :     }
22 :    
23 :     my $html = [];
24 :    
25 :     my $prot = $cgi->param('prot');
26 :     if (! $prot)
27 :     {
28 :     push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
29 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
30 :     exit;
31 :     }
32 :     my $request = $cgi->param("request");
33 :     $request = defined($request) ? $request : "";
34 :    
35 :     if ($request eq "use_protein_tool")
36 :     {
37 :     &use_protein_tool($fig,$cgi,$prot);
38 :     }
39 :     elsif ($request eq "view_annotations")
40 :     {
41 :     &view_annotations($fig,$cgi,$html,$prot);
42 :     }
43 :     elsif ($request eq "aa_sequence")
44 :     {
45 :     &aa_sequence($fig,$cgi,$html,$prot);
46 :     }
47 :     elsif ($request eq "dna_sequence")
48 :     {
49 :     &dna_sequence($fig,$cgi,$html,$prot);
50 :     }
51 :     elsif ($request eq "fast_assign")
52 :     {
53 :     &make_assignment($fig,$cgi,$html,$prot);
54 :     }
55 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence")
56 :     {
57 :     &show_coupling_evidence($fig,$cgi,$html,$prot);
58 :     }
59 :     elsif ($request eq "ec_to_maps")
60 :     {
61 :     &show_ec_to_maps($fig,$cgi,$html);
62 :     }
63 :     elsif ($request eq "link_to_map")
64 :     {
65 :     &link_to_map($fig,$cgi,$html);
66 :     }
67 :     elsif ($request eq "fusions")
68 :     {
69 :     &show_fusions($fig,$cgi,$html,$prot);
70 :     }
71 :     else
72 :     {
73 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
74 :     }
75 :    
76 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
77 :    
78 :     sub use_protein_tool {
79 :     my($fig,$cgi,$prot) = @_;
80 :     my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
81 :    
82 :     my $seq = $fig->get_translation($prot);
83 :     if (! $seq)
84 :     {
85 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
86 :     return;
87 :     }
88 :     my $protQ = quotemeta $prot;
89 :    
90 :     my $tool = $cgi->param('tool');
91 :     $/ = "\n//\n";
92 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
93 :     if (@tools == 1)
94 :     {
95 :     chomp $tools[0];
96 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
97 :     my $args = [];
98 :     foreach $line (@args)
99 :     {
100 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
101 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
102 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
103 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
104 :     push(@$args,[$name,$val]);
105 :     }
106 :     push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
107 :     }
108 :     }
109 :    
110 :     sub make_assignment {
111 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
112 :     my($userR);
113 :    
114 :     my $function = $cgi->param('func');
115 :     my $user = $cgi->param('user');
116 :    
117 :     if ($function && $user && $prot)
118 :     {
119 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
120 :     {
121 :     $userR = $1;
122 :     $fig->assign_function($prot,"master",$function,"");
123 :     $fig->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
124 :     }
125 :     else
126 :     {
127 :     $fig->assign_function($prot,$user,$function,"");
128 :     $fig->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");
129 :     }
130 :     }
131 :     $cgi->delete("request");
132 :     $cgi->delete("func");
133 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
134 :     }
135 :    
136 :     sub view_annotations {
137 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
138 :    
139 :     my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
140 :     my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],$_->[3]] } $fig->feature_annotations($prot) ];
141 :     if (@$tab > 0)
142 :     {
143 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
144 :     }
145 :     else
146 :     {
147 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
148 :     }
149 :     }
150 :    
151 :     sub show_coupling_evidence {
152 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
153 :     my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
154 :    
155 :     my $user = $cgi->param('user');
156 :     my $to = $cgi->param('to');
157 :     my @coup = grep { $_->[1] eq $to } $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-20,0.1,"keep");
158 :    
159 :     if (@coup != 1)
160 :     {
161 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
162 :     }
163 :     else
164 :     {
165 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
166 :     my $tab = [];
167 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]})
168 :     {
169 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
170 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
171 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
172 :     push(@$tab,[$link1,$fig->org_of($peg1),scalar $fig->function_of($peg1,$user),
173 :     $link2,$fig->org_of($peg2),scalar $fig->function_of($peg2,$user)]);
174 :     }
175 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
176 :     }
177 :     }
178 :    
179 :     sub psi_blast_prot_sequence {
180 :     my($fig,$cgi,$prot_id) = @_;
181 :     }
182 :    
183 :     sub show_initial {
184 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
185 :    
186 :     my $gs = $fig->org_of($prot);
187 :     push(@$html,"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
188 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/)
189 :     {
190 :     my $msg;
191 :     if ($cgi->param('translate')) { $cgi->delete('translate'); $msg = "Turn Off Function Translation" }
192 :     else { $cgi->param(-name => 'translate', -value => 1); $msg = "Translate Function Assignments" }
193 :     my $url = $cgi->self_url();
194 :     my $link = "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n";
195 :     push(@$html,$link);
196 :     if ($cgi->param('translate')) { $cgi->delete('translate') }
197 :     else { $cgi->param(-name => 'translate', -value => 1) }
198 :    
199 :     &display_peg($fig,$cgi,$html,$prot);
200 :     }
201 :     else
202 :     {
203 :     # &display_external($fig,$cgi,$html,$prot);
204 :     }
205 :     }
206 :    
207 :     sub display_peg {
208 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
209 :     my $loc;
210 :    
211 :     my $half_sz = 5000;
212 :    
213 :     if ($loc = $fig->feature_location($peg))
214 :     {
215 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
216 :     my $min = &FIG::max(0,&FIG::min($beg,$end) - $half_sz);
217 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $half_sz;
218 :     my($feat,$min,$max) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
219 :    
220 :     &print_context($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$min,$max);
221 :     }
222 :    
223 :     &print_assignments($fig,$cgi,$html,$peg);
224 :    
225 :     push(@$html,$cgi->hr);
226 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
227 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To View Annotations</a>\n");
228 :    
229 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
230 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
231 :    
232 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
233 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
234 :    
235 :     $link = $cgi->url();
236 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
237 :     my $user = $cgi->param('user');
238 :     if (! $user)
239 :     {
240 :     $user = "";
241 :     }
242 :     else
243 :     {
244 :     $link = $link . "?fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
245 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
246 :     }
247 :    
248 :     my $fc = $cgi->param('fc');
249 :     if ((! $fc) && ($fig->feature_location($peg)))
250 :     {
251 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
252 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
253 :     }
254 :     elsif ($fc)
255 :     {
256 :     &print_fc($fig,$cgi,$html,$peg);
257 :     }
258 :    
259 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
260 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
261 :    
262 :     my $sims = $cgi->param('sims');
263 :    
264 :     my $has_translation = $fig->translatable($peg);
265 : overbeek 1.2 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation)
266 :     {
267 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
268 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
269 :     }
270 :     elsif ($cgi->param('compare_region'))
271 :     {
272 :     &print_compared_regions($fig,$cgi,$html,$peg);
273 :     }
274 :    
275 : efrank 1.1 if ((! $sims) && $has_translation)
276 :     {
277 :     my $link = $cgi->self_url() . "&sims=1&maxN=5&expand_raw=1";
278 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Similarities</a>\n");
279 :     }
280 :     elsif ($sims)
281 :     {
282 :     &print_similarities($fig,$cgi,$html,$peg);
283 :     }
284 :    
285 :     if ($has_translation)
286 :     {
287 :     &show_tools($fig,$cgi,$html,$peg);
288 :     }
289 :     }
290 :    
291 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
292 :    
293 :     sub show_tools {
294 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
295 :    
296 :     $cgi->param(-name => "request",
297 :     -value => "use_protein_tool");
298 :     my $url = $cgi->self_url();
299 :    
300 :     if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools"))
301 :     {
302 :     push(@$html,$cgi->hr);
303 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
304 :     my $tab = [];
305 :    
306 :     $/ = "\n//\n";
307 :     while (defined($_ = <TMP>))
308 :     {
309 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
310 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
311 :     }
312 :     close(TMP);
313 :     $/ = "\n";
314 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
315 :     }
316 :     $cgi->delete('request');
317 :     }
318 :    
319 :     ################# Functional Coupling ############################
320 :    
321 :     sub print_fc {
322 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
323 :     my($sc,$neigh);
324 :    
325 :     my $user = $cgi->param('user');
326 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
327 :     [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar $fig->function_of($neigh,$user)]
328 :     }
329 :     $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-20,0.5,"keep");
330 :     if (@tab > 0)
331 :     {
332 :     push(@$html,"<hr>\n");
333 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
334 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
335 :     }
336 :     }
337 :    
338 :     sub ev_link {
339 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
340 :    
341 :     my $prot = $cgi->param('prot');
342 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
343 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
344 :     }
345 :    
346 :     ################# Assignments ############################
347 :    
348 :     sub trans_function_of {
349 :     my($cgi,$fig,$peg,$user) = @_;
350 :    
351 :     if (wantarray())
352 :     {
353 :     my $x;
354 :     my @funcs = $fig->function_of($peg);
355 :     if ($cgi->param('translate'))
356 :     {
357 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = $fig->translate_function($x->[1]); $x } @funcs;
358 :     }
359 :     return @funcs;
360 :     }
361 :     else
362 :     {
363 :     my $func = $fig->function_of($peg,$user);
364 :     if ($cgi->param('translate'))
365 :     {
366 :     $func = $fig->translate_function($func);
367 :     }
368 :     return $func;
369 :     }
370 :     }
371 :    
372 :     sub print_assignments {
373 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
374 :     my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
375 :    
376 :     my $user = $cgi->param('user');
377 :     my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig,$peg);
378 :    
379 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
380 :     if ($i < @funcs)
381 :     {
382 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
383 :     }
384 :     else
385 :     {
386 :     $master_func = "";
387 :     }
388 :    
389 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
390 :     if ($i < @funcs)
391 :     {
392 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
393 :     }
394 :     else
395 :     {
396 :     $user_func = $master_func;
397 :     }
398 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
399 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
400 :     @funcs = ();
401 :     foreach $id (@maps_to)
402 :     {
403 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig,$id)) && (@tmp > 0))
404 :     {
405 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
406 :     }
407 :     }
408 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
409 :     push(@$html,"<hr>\n");
410 :    
411 :     if ((@funcs == 0) && (! $user_func))
412 :     {
413 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
414 :     }
415 :     elsif (@funcs > 0)
416 :     {
417 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
418 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
419 :     my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),$fig->org_of($id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
420 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
421 :     }
422 :    
423 :     # $_ = join("",map { $_->[1] } @funcs);
424 :     # @ecs = ($_ =~ /\d\.\d+\.\d+\.\d+/g);
425 :     # foreach $ec (@ecs)
426 :     # {
427 :     # my $kegg_link = &HTML::kegg_link($ec);
428 :     # push(@$html,"<br>$kegg_link<br>\n");
429 :     # }
430 :     }
431 :    
432 :    
433 :    
434 :     ################# Similarities ############################
435 :    
436 :    
437 :     sub print_similarities {
438 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
439 :     my($maxN,$maxP,$expand_groups,$ex_checked);
440 :    
441 :     my $user = $cgi->param('user');
442 :     $user = $user ? $user : "";
443 :     my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
444 :    
445 :     if (! ($maxN = $cgi->param('maxN')))
446 :     {
447 :     $maxN = 5;
448 :     }
449 :    
450 :     if (! ($maxP = $cgi->param('maxP')))
451 :     {
452 :     $maxP = 1.0e-5;
453 :     }
454 :    
455 :     if ($expand_groups = 1) # $cgi->param('expand_groups'))
456 :     {
457 :     $ex_checked = "checked";
458 :     }
459 :     else
460 :     {
461 :     $ex_checked = "";
462 :     }
463 :    
464 :    
465 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw');
466 :     if ($expand_groups = 1) # $cgi->param('expand_groups'))
467 :     {
468 :     $ex_checked = "checked";
469 :     }
470 :     else
471 :     {
472 :     $ex_checked = "";
473 :     }
474 :    
475 :     push(@$html,"<hr>\n");
476 :    
477 :     push(@$html, $cgi->h1('Similarities'),
478 :     $cgi->start_form(-action => "protein.cgi"),
479 :     $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
480 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
481 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
482 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
483 :     $cgi->submit('more similarities'),
484 :     "MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => 2 * $maxN, -override => 1),
485 :     "MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
486 :     $cgi->checkbox(-name => 'expand_raw', -value => 1, -checked => $ex_raw, -label => "Expand Raw Sims"),
487 : overbeek 1.7 # "Expand Groups: ", $cgi->checkbox(-name => 'expand_groups', -value => 1, -checked => $ex_checked, -override => 1),
488 : efrank 1.1 $cgi->end_form,
489 :    
490 :     $cgi->hr
491 :     );
492 :    
493 :     my(@sims);
494 :     @sims = $fig->sims($peg,$maxN,$maxP,$ex_raw ? "all" : "raw");
495 :    
496 :     if (@sims)
497 :     {
498 :    
499 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
500 :     -nolabels => 1,
501 :     -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
502 :    
503 :     my $target = "window$$";
504 :     push(@$html,
505 :     $cgi->start_form(-method => 'post',
506 :     -target => $target,
507 :     -action => 'fid_checked.cgi'
508 :     ),
509 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
510 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
511 :     $cgi->br,
512 :     "CHECKED: ", $cgi->submit('align'),
513 :     $cgi->submit('view annotations'),$cgi->submit('show regions'));
514 :     if ($cgi->param('user'))
515 :     {
516 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->br,
517 :     "<a href=$FIG_Config::cgi_url/Html/help_for_assignments_and_rules.html>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
518 :     $cgi->br,$cgi->br,$cgi->submit('assign/annotate'));
519 :     if ($cgi->param('translate'))
520 :     {
521 :     push(@$html,$cgi->submit('add rules'),$cgi->submit('check rules'),$cgi->br);
522 :     }
523 :     }
524 :     push(@$html,
525 :     $cgi->br,
526 : overbeek 1.7 $cgi->checkbox(-name => 'checked', -value => $peg, -checked => 1,-override => 1),
527 : efrank 1.1 $cgi->br
528 :     );
529 :    
530 :     if ($user)
531 :     {
532 :     push(@$html,"No selected ASSIGN from/Translate to: ",shift @from,
533 :     $cgi->br,,
534 :     "ASSIGN From/Translate To: ",shift @from);
535 :     }
536 :    
537 :     my $col_hdrs = ["ASSIGN To<br>---------<br>Translate from","family","size","Against","sc","region in similar sequence","region in $peg","ASSIGN From<br>-----------<br>translate to","Function","Organism","Aliases"];
538 :     my $tab = [];
539 :     my $title = "Similarities";
540 :    
541 :     foreach $_ (@sims)
542 :     {
543 :     my($psc,$sim,$family,$sz,$funcF,$id2);
544 :     if ($expand_groups)
545 :     {
546 :     $sim = $_;
547 :     $psc = $sim->psc;
548 :     $id2 = $sim->id2;
549 :     if (($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = $fig->in_family($id2)))
550 :     {
551 :     $sz = $fig->sz_family($family);
552 :     $funcF = $fig->family_function($family);
553 :     }
554 :     else
555 :     {
556 :     $sz = $funcF = "";
557 :     }
558 :     }
559 :     else
560 :     {
561 :     ($psc,$sim,$family,$sz,$funcF) = @$_;
562 :     }
563 :     my $ln1 = $sim->ln1;
564 :     $id2 = $sim->id2;
565 :     my $ln2 = $sim->ln2;
566 :     my $b1 = $sim->b1;
567 :     my $e1 = $sim->e1;
568 :     my $b2 = $sim->b2;
569 :     my $e2 = $sim->e2;
570 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
571 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
572 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
573 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
574 :     my $func2 = &trans_function_of($cgi,$fig,$id2,$cgi->param('user'));
575 :     if (defined($family))
576 :     {
577 :     if ($funcF ne $func2)
578 :     {
579 :     $func2 = "$funcF<br>$func2";
580 :     }
581 :     }
582 :     else
583 :     {
584 :     $sz = "";
585 :     $family = "";
586 :     }
587 :    
588 :     my $check = $fig->translatable($id2) ?
589 :     qq(<input type="checkbox" name="checked" value="$id2">) : "";
590 :    
591 :     my $aliases = join(",",$fig->feature_aliases($id2));
592 :    
593 :     my $assign_link = &assign_link($cgi,$func2,$current_func);
594 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
595 :     my $org = $fig->org_of($id2);
596 :    
597 :     my $assign = $user ? shift @from : "";
598 :     push(@$tab,[$check,&HTML::family_link($family,$user),$sz,$id2_link,$psc,$reg2,$reg1,$assign, $func2,$org,$aliases]);
599 :     }
600 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title,["nowrap"]));
601 :     push(@$html,$cgi->end_form);
602 :     }
603 :     }
604 :    
605 :    
606 :     ################# Context on the Chromosome ############################
607 :    
608 :     sub print_context {
609 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
610 :     my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
611 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
612 :    
613 :     $why_related = "";
614 :     my %in_cluster = map { $_ => 1 } $fig->in_cluster_with($peg);;
615 :    
616 :     my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
617 :     my($tab) = [];
618 :     my $genes = [];
619 :    
620 :     my $user = $cgi->param('user');
621 :     my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
622 :    
623 :     my($role,$role1,%related_roles);
624 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($peg_function))
625 :     {
626 :     foreach $role1 ($fig->neighborhood_of_role($role))
627 :     {
628 :     $related_roles{$role1} = 1;
629 :     }
630 :     }
631 :    
632 :     foreach $fid1 (@$feat)
633 :     {
634 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
635 :     $aliases = $fig->feature_aliases($fid1);
636 : overbeek 1.6 ($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid1));;
637 : efrank 1.1 $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
638 :    
639 :     if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
640 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
641 :     else { $color = "red" }
642 :    
643 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/)
644 :     {
645 :     $n = $1;
646 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
647 :     }
648 :     elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/)
649 :     {
650 :     $n = uc $1;
651 :     $link = "";
652 :     }
653 :     else
654 :     {
655 :     $n ="";
656 :     $link = "";
657 :     }
658 :    
659 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),&FIG::max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link]);
660 :     if ($max_so_far)
661 :     {
662 :     $gap = (&FIG::min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
663 :     }
664 :     else
665 :     {
666 :     $gap = "";
667 :     }
668 :     $max_so_far = &FIG::max($beg1,$end1);
669 :    
670 :    
671 :     $in_neighborhood = "";
672 :     if (&FIG::ftype($fid1) eq "peg")
673 :     {
674 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig,$fid1,$user);
675 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($comment))
676 :     {
677 :     if ($related_roles{$role})
678 :     {
679 :     $in_neighborhood = "*";
680 :     }
681 :     }
682 :     }
683 :     else
684 :     {
685 :     $comment = "";
686 :     }
687 :     $comment = &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($fid1),$comment);
688 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
689 :    
690 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,$fc,$in_neighborhood,
691 :     $comment,$aliases,$why_related]);
692 :     }
693 :     $map = ["",$beg,$end,$genes];
694 :     $gg = [$map];
695 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on the Chromosome"));
696 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
697 : efrank 1.1 return;
698 :     }
699 :    
700 :     sub assign_link {
701 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
702 :     my($assign_url,$assign_link);
703 :    
704 :     if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func)))
705 :     {
706 :     $cgi->delete('request');
707 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
708 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
709 :     }
710 :     else
711 :     {
712 :     $assign_link = "";
713 :     }
714 :     return $assign_link;
715 :     }
716 :    
717 :     sub pin_link {
718 :     my($cgi,$peg) = @_;
719 :     my $user = $cgi->param('user');
720 :     $user = defined($user) ? $user : "";
721 :    
722 :     my $cluster_url = &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user";
723 :     my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
724 :     return $cluster_link;
725 :     }
726 :    
727 :     sub set_map_links {
728 :     my($fig,$org,$func) = @_;
729 :    
730 :     if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/)
731 :     {
732 :     my $before = $1;
733 :     my $ec = $2;
734 :     my $after = $3;
735 :     return &set_map_links($fig,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig,$org,$ec) . &set_map_links($fig,$org,$after);
736 :     }
737 :     return $func;
738 :     }
739 :    
740 :     sub set_ec_to_maps {
741 :     my($fig,$org,$ec) = @_;
742 :    
743 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
744 :     if (@maps > 0)
745 :     {
746 :     $cgi->delete('request');
747 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
748 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
749 :     return $link;
750 :     }
751 :     return $ec;
752 :     }
753 :    
754 :     sub show_ec_to_maps {
755 :     my($fig,$cgi,$html,$ec) = @_;
756 :    
757 :     my $ec = $cgi->param('ec');
758 :     if (! $ec)
759 :     {
760 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
761 :     return;
762 :     }
763 :    
764 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
765 :     if (@maps > 0)
766 :     {
767 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
768 :     my $map;
769 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),$fig->map_name($map)] } @maps];
770 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . $fig->ec_name($ec)));
771 :     }
772 :     }
773 :    
774 :     sub map_link {
775 :     my($cgi,$map) = @_;
776 :    
777 :     $cgi->delete('request');
778 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
779 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
780 :     return $link;
781 :     }
782 :    
783 :     sub link_to_map {
784 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
785 :    
786 :     my $map = $cgi->param('map');
787 :     if (! $map)
788 :     {
789 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
790 :     return;
791 :     }
792 :    
793 :     my $org = $cgi->param('org');
794 :     if (! $org)
795 :     {
796 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
797 :     return;
798 :     }
799 :     my$user = $cgi->param('user');
800 :     $user = $user ? $user : "";
801 :    
802 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
803 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
804 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
805 :     &HTML::trim_output(\@out);
806 :     push(@$html,@out);
807 :     }
808 :    
809 :     sub aa_sequence {
810 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
811 :     my($seq,$func,$i);
812 :    
813 :     if ($seq = $fig->get_translation($prot))
814 :     {
815 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
816 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
817 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
818 :     {
819 :     if ($i > (length($seq) - 60))
820 :     {
821 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
822 :     }
823 :     else
824 :     {
825 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
826 :     }
827 :     }
828 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
829 :     }
830 :     else
831 :     {
832 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
833 :     }
834 :     }
835 :    
836 :     sub dna_sequence {
837 :     my($fig,$cgi,$html,$fid) = @_;
838 :     my($seq,$func,$i);
839 :    
840 :     if ($seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($fid),scalar $fig->feature_location($fid)))
841 :     {
842 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
843 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
844 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
845 :     {
846 :     if ($i > (length($seq) - 60))
847 :     {
848 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
849 :     }
850 :     else
851 :     {
852 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
853 :     }
854 :     }
855 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
856 :     }
857 :     else
858 :     {
859 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
860 :     }
861 :     }
862 :    
863 :     sub show_fusions {
864 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
865 :    
866 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
867 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot";
868 :     my @out = `./fusions.cgi`;
869 :     print join("",@out);
870 :     exit;
871 : overbeek 1.2 }
872 :    
873 :     sub print_compared_regions {
874 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
875 :    
876 :     my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
877 :     if (@closest_pegs > 0)
878 :     {
879 :     if ($fig->possibly_truncated($peg))
880 :     {
881 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
882 :     }
883 :     unshift(@closest_pegs,$peg);
884 :     @closest_pegs = $fig->sort_fids_by_taxonomy(@closest_pegs);
885 :     my @all_pegs = ();
886 :     my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
887 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
888 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
889 :     push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
890 :     }
891 :     }
892 :    
893 :     sub closest_pegs {
894 :     my($fig,$peg,$n) = @_;
895 :     my($id2,$d,$peg2,$i);
896 :    
897 :     my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } $fig->sims($peg,5,1.0e-20,"all");
898 :    
899 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
900 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
901 : overbeek 1.3 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} $fig->in_pch_pin_with($peg);
902 : overbeek 1.2 my $g1 = &FIG::genome_of($peg);
903 :     @pinned_to =
904 :     map {$_->[1] }
905 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
906 :     map { $peg2 = $_; $d = $fig->crude_estimate_of_distance($g1,&FIG::genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
907 :     @pinned_to;
908 :    
909 :     for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++)
910 :     {
911 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
912 :     }
913 :     return return keys(%closest);
914 :     }
915 :    
916 :     sub build_maps {
917 :     my($fig,$pinned_pegs,$all_pegs) = @_;
918 :     my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
919 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
920 :    
921 :     $gg = [];
922 :     foreach $peg (@$pinned_pegs)
923 :     {
924 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
925 :     ($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
926 :     if ($contig && $beg && $end)
927 :     {
928 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
929 :     $min = $mid - 8000;
930 :     $max = $mid + 8000;
931 :     $genes = [];
932 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
933 :     foreach $fid (@$feat)
934 :     {
935 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &FIG::boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid));
936 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
937 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
938 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),
939 :     &FIG::max($beg1,$end1),
940 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
941 :     "grey",
942 :     "",
943 :     $fid]);
944 :    
945 :     if ($fid =~ /peg/)
946 :     {
947 :     push(@$all_pegs,$fid);
948 :     }
949 :     }
950 :     $map = [&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),0,$max+1-$min,
951 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
952 :     push(@$gg,$map);
953 :     }
954 :     }
955 :     return $gg;
956 :     }
957 :    
958 :     sub in {
959 :     my($x,$xL) = @_;
960 :     my($i);
961 :    
962 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
963 :     return ($i < @$xL);
964 :     }
965 :    
966 :     sub in_bounds {
967 :     my($min,$max,$x) = @_;
968 :    
969 :     if ($x < $min) { return $min }
970 :     elsif ($x > $max) { return $max }
971 :     else { return $x }
972 :     }
973 :    
974 :     sub decr_coords {
975 :     my($genes,$min) = @_;
976 :     my($gene);
977 :    
978 :     foreach $gene (@$genes)
979 :     {
980 :     $gene->[0] -= $min;
981 :     $gene->[1] -= $min;
982 :     }
983 :     return $genes;
984 :     }
985 :    
986 :     sub flip_map {
987 :     my($genes,$min,$max) = @_;
988 :     my($gene);
989 :    
990 :     foreach $gene (@$genes)
991 :     {
992 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
993 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
994 :     }
995 :     return $genes;
996 :     }
997 :    
998 :     sub cluster_genes {
999 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1000 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1001 :    
1002 :     my @color_sets = ();
1003 :    
1004 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1005 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1006 :     {
1007 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1008 :     if (! $seen{$i})
1009 :     {
1010 :     $cluster = [$i];
1011 :     $seen{$i} = 1;
1012 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++)
1013 :     {
1014 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1015 :     foreach $k (@$x)
1016 :     {
1017 :     if (! $seen{$k})
1018 :     {
1019 :     push(@$cluster,$k);
1020 :     $seen{$k} = 1;
1021 :     }
1022 :     }
1023 :     }
1024 :    
1025 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI))
1026 :     {
1027 :     push(@color_sets,$cluster);
1028 :     }
1029 :     }
1030 :     }
1031 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1032 :     $red_set = $color_sets[$i];
1033 :     splice(@color_sets,$i,1);
1034 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1035 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1036 :    
1037 :     my $color_sets = {};
1038 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++)
1039 :     {
1040 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]})
1041 :     {
1042 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1043 :     }
1044 :     }
1045 :     return $color_sets;
1046 :     }
1047 :    
1048 :     sub get_connections_by_similarity {
1049 :     my($all_pegs) = @_;
1050 : overbeek 1.5 my($i,$tmp,$peg1,%peg2i,%pos_of);
1051 : overbeek 1.2
1052 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1053 :     {
1054 : overbeek 1.5 $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
1055 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1056 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i])
1057 : overbeek 1.2 {
1058 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1059 :     }
1060 :     }
1061 :    
1062 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1063 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1064 :     {
1065 :     foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))
1066 :     {
1067 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2}))
1068 :     {
1069 :     foreach $y (@$x)
1070 :     {
1071 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1072 :     }
1073 :     }
1074 :     }
1075 :     }
1076 :     return \%conn;
1077 :     }
1078 :    
1079 :     sub set_colors_text_and_links {
1080 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1081 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1082 :    
1083 :     foreach $map (@$gg)
1084 :     {
1085 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1086 :     {
1087 :     $peg = $gene->[5];
1088 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg}))
1089 :     {
1090 :     $gene->[3] = "color$color";
1091 :     $gene->[4] = $color + 1;
1092 :     }
1093 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1094 :     }
1095 :     }
1096 :     }
1097 :    
1098 :     sub peg_url {
1099 :     my($cgi,$peg) = @_;
1100 :    
1101 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1102 :     $cgi->delete('prot');
1103 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1104 :     $cgi->delete('prot');
1105 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1106 :    
1107 :     return $url;
1108 :     }
1109 :    
1110 :     sub possible_extensions {
1111 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1112 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1113 :    
1114 :     $g = &FIG::genome_of($peg);
1115 :    
1116 :     foreach $peg1 (@$closest_pegs)
1117 :     {
1118 :     if ($g ne &FIG::genome_of($peg1))
1119 :     {
1120 :     foreach $sim ($fig->sims($peg1,500,1.0e-5,"all"))
1121 :     {
1122 :     $id2 = $sim->id2;
1123 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && $fig->possibly_truncated($id2))
1124 :     {
1125 :     $poss{$id2} = 1;
1126 :     }
1127 :     }
1128 :     }
1129 :     }
1130 :     return keys(%poss);
1131 : efrank 1.1 }

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