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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.62 - (view) (download)

1 : overbeek 1.53
2 : efrank 1.1 use FIG;
3 : olson 1.56
4 :     my $sproutAvail = eval {
5 :     require SproutFIG;
6 :     require PageBuilder;
7 :     };
8 :    
9 : parrello 1.60 if (!$sproutAvail) {
10 : olson 1.56 warn "Sprout library not available: $@\n";
11 :     }
12 :    
13 : heiko 1.45 use FIGGenDB;
14 : olson 1.48 use FIGjs;
15 : efrank 1.1
16 :     use HTML;
17 : olson 1.48 use Data::Dumper;
18 :    
19 : efrank 1.1 use strict;
20 :     use GenoGraphics;
21 :     use CGI;
22 : parrello 1.60 use Tracer;
23 :    
24 : efrank 1.1 my $cgi = new CGI;
25 :    
26 : olson 1.57 use Carp 'cluck';
27 : parrello 1.60 my $traceData = $cgi->param('trace');
28 :     if ($traceData) {
29 :     TSetup($cgi, "QUEUE");
30 :     $traceData = 1;
31 :     } else {
32 :     TSetup(0, "NONE");
33 :     $traceData = 0;
34 :     }
35 : olson 1.57
36 : parrello 1.60 if (0) {
37 : overbeek 1.40 my $VAR1;
38 :     eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
39 :     $cgi = $VAR1;
40 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
41 :     }
42 :    
43 : parrello 1.60 if (0) {
44 : efrank 1.1 print $cgi->header;
45 :     my @params = $cgi->param;
46 :     print "<pre>\n";
47 : parrello 1.60 foreach $_ (@params) {
48 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
49 : efrank 1.1 }
50 : overbeek 1.40
51 : parrello 1.60 if (0) {
52 :     if (open(TMP,">/tmp/protein_parms")) {
53 :     print TMP &Dumper($cgi);
54 :     close(TMP);
55 :     }
56 : overbeek 1.40 }
57 : efrank 1.1 exit;
58 :     }
59 :    
60 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout);
61 : parrello 1.60 if ($cgi->param('SPROUT')) {
62 : olson 1.56 $fig_or_sprout = new SproutFIG($FIG_Config::sproutDB, $FIG_Config::sproutData);
63 : parrello 1.60 } else {
64 : overbeek 1.53 $fig_or_sprout = new FIG;
65 :     }
66 :    
67 : efrank 1.1 my $html = [];
68 : overbeek 1.53
69 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
70 : efrank 1.1
71 :     my $prot = $cgi->param('prot');
72 : parrello 1.60 if (! $prot) {
73 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
74 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
75 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
76 : efrank 1.1 exit;
77 :     }
78 : golsen 1.34
79 : parrello 1.60 if ($prot !~ /^fig\|/) {
80 : overbeek 1.53 my @poss = &by_alias($fig_or_sprout,$prot);
81 :    
82 : parrello 1.60 if (@poss > 0) {
83 :     $prot = $poss[0];
84 :     } else {
85 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
86 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
87 :     &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
88 :     exit;
89 : overbeek 1.16 }
90 :     }
91 : efrank 1.1
92 : overbeek 1.53
93 : golsen 1.34 #
94 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
95 :     #
96 :    
97 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
98 :     if ( $adjust ) {
99 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
100 :     if ( $prefix && $protnum ) {
101 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
102 : overbeek 1.53 if ( &translatable($fig_or_sprout, $prot2 ) ) {
103 : golsen 1.34 $prot = $prot2;
104 :     $cgi->delete('prot');
105 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
106 :     }
107 :     }
108 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
109 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
110 :     }
111 :    
112 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
113 : olson 1.58 my $compute_ok = eval {
114 :    
115 : parrello 1.62 if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
116 : parrello 1.60 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
117 :     elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
118 :     elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
119 :     elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
120 :     elsif ($request eq "fast_assign") { $html = &make_assignment($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
121 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
122 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
123 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig_or_sprout,$cgi,$html); }
124 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot); }
125 :     else {
126 :     $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
127 :     }
128 : olson 1.58 };
129 :    
130 : parrello 1.60 if (!$compute_ok) {
131 :     Trace($@);
132 : olson 1.58 }
133 : overbeek 1.53 &display_page($fig_or_sprout,$cgi,$html);
134 : overbeek 1.11 exit;
135 :    
136 :     #==============================================================================
137 :     # use_protein_tool
138 :     #==============================================================================
139 : efrank 1.1
140 :     sub use_protein_tool {
141 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
142 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
143 :    
144 : overbeek 1.53 my $seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot);
145 : parrello 1.60 if (! $seq) {
146 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
147 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
148 :     return;
149 : efrank 1.1 }
150 :     my $protQ = quotemeta $prot;
151 :    
152 :     my $tool = $cgi->param('tool');
153 :     $/ = "\n//\n";
154 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
155 : parrello 1.60 if (@tools == 1) {
156 :     chomp $tools[0];
157 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
158 :     my $args = [];
159 :     foreach $line (@args) {
160 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
161 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
162 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
163 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
164 :     push(@$args,[$name,$val]);
165 :     }
166 :     unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
167 :     push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
168 : efrank 1.1 }
169 :     }
170 :    
171 : overbeek 1.11 #==============================================================================
172 :     # make_assignment
173 :     #==============================================================================
174 :    
175 : efrank 1.1 sub make_assignment {
176 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
177 : efrank 1.1 my($userR);
178 :    
179 :     my $function = $cgi->param('func');
180 :     my $user = $cgi->param('user');
181 :    
182 : parrello 1.60 if ($function && $user && $prot) {
183 :     if ($user =~ /master:(.*)/) {
184 :     $userR = $1;
185 :     &assign_function($fig_or_sprout,$prot,"master",$function,"");
186 :     &add_annotation($fig_or_sprout,$prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
187 :     } else {
188 :     &assign_function($fig_or_sprout,$prot,$user,$function,"");
189 :     &add_annotation($fig_or_sprout,$prot,$user,"Set function to\n$function\n");
190 :     }
191 : efrank 1.1 }
192 :     $cgi->delete("request");
193 :     $cgi->delete("func");
194 : overbeek 1.53 $html = &show_html_followed_by_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
195 :     return $html;
196 : efrank 1.1 }
197 :    
198 : overbeek 1.11 #==============================================================================
199 :     # view_annotations
200 :     #==============================================================================
201 :    
202 : efrank 1.1 sub view_annotations {
203 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
204 : efrank 1.1
205 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
206 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
207 : overbeek 1.53 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } &feature_annotations($fig_or_sprout,$prot) ];
208 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
209 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
210 :     } else {
211 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
212 : efrank 1.1 }
213 :     }
214 :    
215 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
216 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
217 : overbeek 1.15 my($ann);
218 :    
219 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
220 : parrello 1.60 if (&is_real_feature($fig_or_sprout,$peg)) {
221 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
222 :     my @related = &related_by_func_sim($fig_or_sprout,$peg,$cgi->param('user'));
223 :     push(@related,$peg);
224 :    
225 :     my @annotations = &merged_related_annotations($fig_or_sprout,\@related);
226 :    
227 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
228 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
229 :     &genus_species($fig_or_sprout,&genome_of($ann->[0])),
230 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
231 :     ] } @annotations];
232 :     if (@$tab > 0) {
233 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
234 :     } else {
235 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
236 :     }
237 : overbeek 1.15 }
238 :     }
239 :    
240 : overbeek 1.11 #==============================================================================
241 :     # show_coupling_evidence
242 :     #==============================================================================
243 :    
244 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
245 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
246 : efrank 1.1 my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
247 :    
248 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
249 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
250 :     my $to = $cgi->param('to');
251 : overbeek 1.53 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,5000,1.0e-10,4);
252 : efrank 1.1
253 : parrello 1.60 if (@coup != 1) {
254 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
255 :     } else {
256 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
257 :     my $tab = [];
258 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]}) {
259 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
260 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
261 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
262 :     push( @$tab, [ $link1,
263 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg1),
264 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg1,$user),
265 :     $link2,
266 :     &org_of($fig_or_sprout,$peg2),
267 :     scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$peg2,$user)
268 :     ]
269 : overbeek 1.11 );
270 : parrello 1.60 }
271 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
272 : efrank 1.1 }
273 :     }
274 :    
275 : overbeek 1.11 #==============================================================================
276 :     # psi_blast_prot_sequence
277 :     #==============================================================================
278 :    
279 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
280 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$prot_id) = @_;
281 : efrank 1.1 }
282 :    
283 : overbeek 1.11 #==============================================================================
284 :     # show_initial
285 :     #==============================================================================
286 :    
287 : efrank 1.1 sub show_initial {
288 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
289 :    
290 :     unshift @{$html->{general}}, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
291 : efrank 1.1
292 : overbeek 1.53 my $gs = &org_of($fig_or_sprout,$prot);
293 : parrello 1.60 Trace("got gs=$gs prot=$prot $fig_or_sprout\n") if T(2);
294 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/) {
295 :     if (! &is_real_feature($fig_or_sprout,$prot)) {
296 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
297 :     } else {
298 :     push(@{$html->{general}},"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
299 :     &translation_piece($fig_or_sprout,$cgi,$html->{translate_status});
300 :     &display_peg($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
301 :     }
302 :     } else {
303 :     # &display_external($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
304 : efrank 1.1 }
305 :     }
306 :    
307 : overbeek 1.11 #==============================================================================
308 :     # display_peg
309 :     #==============================================================================
310 :    
311 : efrank 1.1 sub display_peg {
312 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
313 : efrank 1.1 my $loc;
314 :    
315 : overbeek 1.53 my $user = $cgi->param('user');
316 :    
317 : efrank 1.1 my $half_sz = 5000;
318 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
319 :     my @fc_data;
320 : parrello 1.60 if ($fc) {
321 : redwards 1.49 # RAE Added the following lines so that you can define this in the URL
322 : parrello 1.60 # but the default behavior remains unchanged. I doubt anyone will ever
323 :     # see this, but I use it sometimes to see what happens
324 :     my ($bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff)=(5000, 1.0e-10, 4);
325 :     if ($cgi->param('fcbound')) {$bound=$cgi->param('fcbound')}
326 :     if ($cgi->param('fcsim')) {$sim_cutoff=$cgi->param('fcsim')}
327 :     if ($cgi->param('fccoup')) {$coupling_cutoff=$cgi->param('fccoup')}
328 :    
329 :     @fc_data = &coupling_and_evidence($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff);
330 :     } else {
331 :     @fc_data = ();
332 :     }
333 :    
334 :     if ($loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg)) {
335 :     my($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
336 :     my $min = &max(0,&min($beg,$end) - $half_sz);
337 :     my $max = &max($beg,$end) + $half_sz;
338 :     Trace("display_peg: min=$min max=$max beg=$beg end=$end") if T(2);
339 :     my($feat,$min,$max) = &genes_in_region($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
340 :     Trace("beg=$beg end=$end New min = $min, max = $max, features = " . join(", ", @{$feat})) if T(3);
341 :    
342 :     my ($beg,$end,$genes) = &print_context($fig_or_sprout,$cgi,$html->{contig_context},$peg,$feat,$min,$max);
343 :     Trace("Print context returned: beg=$beg, end=$end, genes = " . join(", ", @{$genes})) if T(3);
344 :     &print_graphics_context($beg,$end,$genes,$html->{context_graphic});
345 :    
346 :     &print_assignments($fig_or_sprout,$cgi,$html->{assgn_for_equiv_prots},$peg);
347 :     &print_kv_pairs($fig_or_sprout,$cgi,$html->{kv_pairs},$peg);
348 :     &print_subsys_connections($fig_or_sprout,$cgi,$html->{subsys_connections},$peg,$user);
349 :     &print_links($fig_or_sprout,$cgi,$html->{links},$peg);
350 :    
351 :     push @{$html->{javascript}}, "\n", &FIGjs::toolTipScript();
352 :    
353 :     my $has_translation = &translatable($fig_or_sprout,$peg);
354 :     &print_services($fig_or_sprout,$cgi,$html->{services},$peg,$has_translation,\@fc_data);
355 :     &print_sims_block($fig_or_sprout,$cgi,$html->{similarities},$peg,$user,$has_translation);
356 :    
357 :     if ($has_translation) {
358 :     &show_tools($fig_or_sprout,$cgi,$html->{tools},$peg);
359 :     }
360 : efrank 1.1 }
361 :     }
362 :    
363 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
364 :    
365 :     sub show_tools {
366 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
367 : efrank 1.1
368 :     $cgi->param(-name => "request",
369 :     -value => "use_protein_tool");
370 :     my $url = $cgi->self_url();
371 :    
372 : parrello 1.60 if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools")) {
373 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
374 :     my $tab = [];
375 :    
376 :     $/ = "\n//\n";
377 :     while (defined($_ = <TMP>)) {
378 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
379 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
380 :     }
381 :     close(TMP);
382 :     $/ = "\n";
383 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
384 : efrank 1.1 }
385 :     $cgi->delete('request');
386 :     }
387 :    
388 :     ################# Functional Coupling ############################
389 :    
390 :     sub print_fc {
391 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
392 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
393 : parrello 1.60
394 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
395 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
396 : parrello 1.60 [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar &function_ofS($fig_or_sprout,$neigh,$user)]
397 :     } @$fc_data;
398 :     if (@tab > 0) {
399 :     push(@$html,"<hr>\n");
400 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
401 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
402 : efrank 1.1 }
403 :     }
404 :    
405 :     sub ev_link {
406 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
407 :    
408 :     my $prot = $cgi->param('prot');
409 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
410 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
411 :     }
412 :    
413 :     ################# Assignments ############################
414 :    
415 :     sub trans_function_of {
416 : overbeek 1.53 my($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
417 : efrank 1.1
418 : parrello 1.60 if (wantarray()) {
419 :     my $x;
420 :     my @funcs = &function_ofL($fig_or_sprout,$peg);
421 :     if ($cgi->param('translate')) {
422 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = &translate_function($fig_or_sprout,$x->[1]); $x } @funcs;
423 :     }
424 :     return @funcs;
425 :     } else {
426 :     my $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$peg,$user);
427 :     if ($cgi->param('translate')) {
428 :     $func = &translate_function($fig_or_sprout,$func);
429 :     }
430 :     return $func;
431 : efrank 1.1 }
432 :     }
433 :    
434 : overbeek 1.53 ########################## Routines that build pieces of HTML ######################
435 :    
436 :    
437 :     sub print_sims_block {
438 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user,$has_translation) = @_;
439 :    
440 :     my $sims = $cgi->param('sims');
441 : parrello 1.60 if ((! $sims) && $has_translation) {
442 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
443 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
444 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
445 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
446 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
447 :     my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
448 :     my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
449 :    
450 :     push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
451 :     if ($cgi->param('translate')) {
452 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
453 :     }
454 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
455 : overbeek 1.53
456 : parrello 1.60 push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
457 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
458 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
459 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
460 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
461 :     $cgi->submit('Similarities'),
462 :     " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
463 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
464 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
465 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
466 :     " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
467 :     " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
468 :     $cgi->end_form
469 :     );
470 :     } elsif ($sims) {
471 :     &print_similarities($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
472 : overbeek 1.53 }
473 :     }
474 :    
475 :    
476 :     sub print_services {
477 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$has_translation,$fc_data) = @_;
478 :    
479 :     my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
480 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
481 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
482 : parrello 1.60
483 : overbeek 1.53 push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::linkPEGGenDB($peg));
484 :     push(@$html, "<br/>".&FIGGenDB::importOrganismGenDB($peg));
485 :    
486 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
487 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
488 :    
489 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
490 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
491 :    
492 :     $link = $cgi->url();
493 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
494 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
495 :     my $user = $cgi->param('user');
496 : parrello 1.60 if (! $user) {
497 :     $user = "";
498 :     } else {
499 :     $link = $link . "?SPROUT=$sprout&fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
500 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
501 : overbeek 1.53 }
502 :    
503 :     my $fc = $cgi->param('fc');
504 : parrello 1.60 if ((! $fc) && (&feature_locationS($fig_or_sprout,$peg))) {
505 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
506 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
507 :     } elsif ($fc) {
508 :     &print_fc($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$fc_data);
509 : overbeek 1.53 }
510 :    
511 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
512 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
513 :    
514 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
515 :     my $link = &cgi_url . "/homologs_in_clusters.cgi?SPROUT=$sprout&prot=$peg&user=$user\n";
516 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Find Homologs in Clusters</a>\n");
517 :    
518 : parrello 1.60 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation) {
519 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
520 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
521 :     } elsif ($cgi->param('compare_region')) {
522 :     &print_compared_regions($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg);
523 : overbeek 1.53 }
524 :     }
525 :    
526 : efrank 1.1 sub print_assignments {
527 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
528 : efrank 1.1 my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
529 :    
530 :     my $user = $cgi->param('user');
531 : overbeek 1.53 my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg);
532 : efrank 1.1
533 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
534 : parrello 1.60 if ($i < @funcs) {
535 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
536 :     } else {
537 :     $master_func = "";
538 : efrank 1.1 }
539 :    
540 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
541 : parrello 1.60 if ($i < @funcs) {
542 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
543 :     } else {
544 :     $user_func = $master_func;
545 : efrank 1.1 }
546 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
547 : overbeek 1.53 my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } &mapped_prot_ids($fig_or_sprout,$peg);
548 : efrank 1.1 @funcs = ();
549 : parrello 1.60 foreach $id (@maps_to) {
550 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$id)) && (@tmp > 0)) {
551 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
552 :     }
553 : efrank 1.1 }
554 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
555 :     push(@$html,"<hr>\n");
556 :    
557 : parrello 1.60 if ((@funcs == 0) && (! $user_func)) {
558 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
559 : efrank 1.1 }
560 : overbeek 1.25
561 : overbeek 1.53 my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),&org_of($fig_or_sprout,$id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
562 : parrello 1.60 if (@$tab > 0) {
563 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
564 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
565 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
566 :     }
567 : overbeek 1.53 }
568 : parrello 1.60
569 : overbeek 1.53 sub print_kv_pairs {
570 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
571 : efrank 1.1
572 : overbeek 1.53 my @attr = &feature_attributes($fig_or_sprout,$peg);
573 : parrello 1.60 if (@attr > 0) {
574 :     my $tab = [];
575 :     foreach $_ (@attr) {
576 :     my($tag,$val,$url) = @$_;
577 :     push(@$tab,[$tag,"<a href=\"$url\">$val</a>"]);
578 :     }
579 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table(["Key","Value"],$tab,"Attributes"),$cgi->hr);
580 : overbeek 1.38 }
581 : overbeek 1.53 }
582 :    
583 :     sub print_subsys_connections {
584 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$user) = @_;
585 : overbeek 1.38
586 : olson 1.28 #
587 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
588 :     #
589 :    
590 : parrello 1.60 if (my @subsystems = &subsystems_for_peg($fig_or_sprout,$peg)) {
591 :     push(@$html,
592 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
593 :    
594 :     my(@hdrs);
595 :     my(@table);
596 :    
597 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
598 :    
599 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
600 :    
601 :     for my $ent (@subsystems) {
602 :     my($sub, $role) = @$ent;
603 :     my $url = $cgi->a({href => "subsys.cgi?SPROUT=$sprout&user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
604 :     push(@table, [$url, $role]);
605 :     }
606 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
607 : olson 1.28 }
608 : overbeek 1.53 }
609 :    
610 :     sub print_links {
611 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
612 : overbeek 1.31
613 : parrello 1.60 my @links = &peg_links($fig_or_sprout,$peg);
614 :     if (@links > 0) {
615 :     my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
616 :     my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
617 :     my $tab = [];
618 :     my ($n,$i);
619 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5) {
620 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
621 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
622 :     }
623 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
624 : overbeek 1.25 }
625 :    
626 : parrello 1.60 if (! $cgi->param('SPROUT')) {
627 :     my $url = &cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
628 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
629 : overbeek 1.53 }
630 : efrank 1.1 }
631 :    
632 :    
633 :    
634 :     ################# Similarities ############################
635 :    
636 :    
637 :     sub print_similarities {
638 : overbeek 1.53 my( $fig_or_sprout, $cgi, $html, $peg ) = @_;
639 : golsen 1.34 my( $maxN, $maxP, $expand_groups, $ex_checked );
640 : efrank 1.1
641 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
642 : overbeek 1.53 my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
643 : efrank 1.1
644 : golsen 1.18 $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 5;
645 :     $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
646 :     $expand_groups = $cgi->param('expand_groups');
647 :     $ex_checked = $expand_groups ? "checked" : "";
648 :    
649 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 0;
650 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
651 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
652 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
653 : efrank 1.1
654 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr,
655 :     "<a name=Similarities>",
656 :     $cgi->h1('Similarities'),
657 :     "</a>\n"
658 :     );
659 :    
660 :     #
661 :     # Instead of automatically doubling maxN, use the value of
662 :     # $cgi->param("more similarities") to drive increase in maxN and
663 :     # max_expand
664 :     #
665 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
666 :     $maxN *= 2;
667 :     $max_expand *= 2;
668 :     $cgi->delete('more similarities');
669 :     }
670 :    
671 :     my ( $prev, $next ) = ( 0, 0 );
672 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
673 :     if ( $prefix && $protnum ) {
674 : overbeek 1.53 $prev = ( $protnum > 1 ) && &translatable($fig_or_sprout, $prefix . ($protnum-1) );
675 :     $next = &translatable($fig_or_sprout, $prefix . ($protnum+1) );
676 : golsen 1.34 }
677 : efrank 1.1
678 : overbeek 1.51 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
679 :    
680 : parrello 1.60 if ($cgi->param('translate')) {
681 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
682 : overbeek 1.51 }
683 :    
684 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
685 : overbeek 1.51 push(@$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
686 : overbeek 1.53 $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
687 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
688 : golsen 1.34 $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
689 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
690 : golsen 1.34 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
691 : golsen 1.18 " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
692 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
693 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
694 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
695 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
696 : golsen 1.34 $cgi->br,
697 :     $prev ? $cgi->submit('previous PEG') : (),
698 :     $cgi->submit('resubmit'),
699 :     $cgi->submit('more similarities'),
700 :     $next ? $cgi->submit('next PEG') : (),
701 :     $cgi->end_form
702 :     );
703 : efrank 1.1
704 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr );
705 : efrank 1.1
706 : golsen 1.18 my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
707 : overbeek 1.53 my @sims = &sims($fig_or_sprout, $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
708 : efrank 1.1
709 : parrello 1.60 if (@sims) {
710 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
711 :     -nolabels => 1,
712 :     -override => 1,
713 :     -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
714 :    
715 :     my $target = "window$$";
716 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
717 :     # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
718 :     push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
719 :     -target => $target,
720 :     -action => 'fid_checked.cgi',
721 :     -name => 'fid_checked'
722 :     ),
723 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
724 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
725 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
726 :     $cgi->br,
727 :     "For Selected (checked) sequences: ",
728 :     $cgi->submit('align'),
729 :     $cgi->submit('view annotations'),
730 :     $cgi->submit('show regions')
731 :     );
732 :    
733 :     if ($user) {
734 :     my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
735 :     push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
736 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
737 :     $cgi->br, $cgi->br,
738 :     $cgi->submit('assign/annotate')
739 :     );
740 :    
741 :     if ($cgi->param('translate')) {
742 :     push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
743 :     $cgi->submit('check rules'),
744 :     $cgi->br
745 :     );
746 :     }
747 :     }
748 : efrank 1.1
749 : parrello 1.60 push( @$html, $cgi->br,
750 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
751 :     -value => $peg,
752 :     -override => 1,
753 :     -checked => 1,
754 :     -label => ""
755 :     )
756 :     );
757 :    
758 :     my $col_hdrs;
759 :     my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
760 :     if ($user && $cgi->param('translate')) {
761 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
762 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
763 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
764 :     );
765 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
766 :     $expand_groups ? "family" : (),
767 :     $expand_groups ? "size" : (),
768 :     "Similar sequence",
769 :     "E-val<br>% iden",
770 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
771 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
772 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
773 :     "In Sub",
774 :     "Function",
775 :     "Organism",
776 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
777 :     ];
778 :     } elsif ($user) {
779 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
780 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
781 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
782 :     );
783 :     $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
784 :     $expand_groups ? "family" : (),
785 :     $expand_groups ? "size" : (),
786 :     "Similar sequence",
787 :     "E-val<br>% iden",
788 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
789 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
790 :     "ASSIGN from",
791 :     "In Sub",
792 :     "Function",
793 :     "Organism",
794 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
795 :     ];
796 :     } else {
797 :     push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
798 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
799 :     $expand_groups ? "family" : (),
800 :     $expand_groups ? "size" : (),
801 :     "Similar sequence",
802 :     "E-val<br>% iden",
803 :     "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
804 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
805 :     "In Sub",
806 :     "Function",
807 :     "Organism",
808 :     ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
809 :     ];
810 :     }
811 : efrank 1.1
812 : redwards 1.37 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
813 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
814 :    
815 : parrello 1.60
816 :     #
817 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
818 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
819 :     #
820 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
821 :    
822 :     my $ncol = @$col_hdrs;
823 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
824 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
825 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
826 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
827 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
828 :     );
829 :    
830 :     # Add the table data, row-by-row
831 :    
832 :     my $alia = ! $hide_alias;
833 :     my $sim;
834 :     foreach $sim ( @sims ) {
835 :     my $id2 = $sim->id2;
836 :     if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/)) {
837 :     shift @from;
838 :     next;
839 :     }
840 :     my $cbox = &translatable($fig_or_sprout,$id2) ?
841 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
842 :    
843 :     my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
844 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = &in_family($fig_or_sprout,$id2))) {
845 :     $sz = &sz_family($fig_or_sprout,$family);
846 :     $funcF = html_enc( &family_function($fig_or_sprout,$family) );
847 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
848 :     } else {
849 :     $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
850 :     }
851 :    
852 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
853 :     chomp $id2_link;
854 :    
855 :     my @in_sub = &peg_to_subsystems($fig_or_sprout,$id2);
856 :     my $in_sub;
857 :     if (@in_sub > 0) {
858 :     $in_sub = @in_sub;
859 :     } else {
860 :     $in_sub = "";
861 :     }
862 :    
863 :     my $psc = $sim->psc;
864 :     my $iden = $sim->iden;
865 :     my $ln1 = $sim->ln1;
866 :     my $ln2 = $sim->ln2;
867 :     my $b1 = $sim->b1;
868 :     my $e1 = $sim->e1;
869 :     my $b2 = $sim->b2;
870 :     my $e2 = $sim->e2;
871 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
872 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
873 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
874 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
875 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
876 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
877 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
878 : overbeek 1.53 my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig_or_sprout, $id2, $user ) );
879 : parrello 1.60 ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
880 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
881 :     my $color3="#FFFFFF";
882 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
883 :    
884 :     if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
885 :    
886 :     #
887 :     # Colorize organisms:
888 :     #
889 :     # my $org = html_enc( &org_of($fig_or_sprout, $id2 ) );
890 :     my ($org,$oc) = &org_and_color_of($fig_or_sprout, $id2 );
891 :     $org = html_enc( $org );
892 :    
893 :     my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$id2) ) )
894 :     : undef;
895 :    
896 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
897 :    
898 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
899 :     #
900 :     # Colorize check box by Domain
901 :     #
902 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
903 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
904 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
905 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
906 :     "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
907 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
908 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
909 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
910 :     "\t\t<TD>$in_sub</TD>",
911 :     "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
912 :     #
913 :     # Colorize organism by Domain
914 :     #
915 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
916 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
917 :     $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
918 :     "\t</TR>\n"
919 :     );
920 :     }
921 : overbeek 1.11
922 : parrello 1.60 push( @$html, "</TABLE>\n" );
923 :     push( @$html, $cgi->end_form );
924 : efrank 1.1 }
925 :     }
926 :    
927 : golsen 1.18 #
928 :     # Support functions for writing the similarities
929 :     #
930 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
931 :     #
932 :    
933 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
934 :    
935 :     #
936 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
937 :     # matching region.
938 :     #
939 :     # Left side is red; right side is blue.
940 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
941 :     #
942 :    
943 :     sub match_color {
944 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
945 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
946 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
947 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
948 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
949 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
950 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
951 :     my $br = 1;
952 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
953 :     }
954 :    
955 :     #
956 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
957 :     #
958 :    
959 :     sub hsb2rgb {
960 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
961 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
962 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
963 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
964 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
965 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
966 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
967 :     )
968 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
969 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
970 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
971 :     );
972 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
973 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
974 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
975 :     )
976 :     }
977 :    
978 :     #
979 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
980 :     #
981 :    
982 :     sub rgb2html {
983 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
984 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
985 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
986 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
987 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
988 :     }
989 :    
990 :     #
991 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
992 :     #
993 :    
994 :     sub floor {
995 :     my $x = $_[0];
996 :     defined( $x ) || return undef;
997 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
998 :     }
999 :    
1000 :    
1001 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
1002 :    
1003 :     sub print_context {
1004 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
1005 : olson 1.56
1006 : olson 1.57 if ($beg eq $end) { cluck "Have zero len"; }
1007 : efrank 1.1 my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
1008 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
1009 :    
1010 : overbeek 1.41
1011 :     my $user = $cgi->param('user');
1012 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1013 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"),
1014 :     $cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1015 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg),
1016 : overbeek 1.44 $cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1),
1017 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1018 :    
1019 : efrank 1.1 $why_related = "";
1020 : overbeek 1.53 my %in_cluster = map { $_ => 1 } &in_cluster_with($fig_or_sprout,$peg);
1021 : efrank 1.1
1022 : overbeek 1.41 my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
1023 : efrank 1.1 my($tab) = [];
1024 :     my $genes = [];
1025 : parrello 1.60
1026 : overbeek 1.53 my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$peg,$user);
1027 : efrank 1.1
1028 :     my($role,$role1,%related_roles);
1029 : parrello 1.60 foreach $role (&roles_of_function($peg_function)) {
1030 :     foreach $role1 (&neighborhood_of_role($fig_or_sprout,$role)) {
1031 :     $related_roles{$role1} = 1;
1032 :     }
1033 : efrank 1.1 }
1034 : parrello 1.60 foreach $fid1 (@$feat) {
1035 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
1036 : efrank 1.1
1037 : parrello 1.60 my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid1) );
1038 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid1));;
1039 :     $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1040 : efrank 1.1
1041 : overbeek 1.53 my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid1);
1042 : olson 1.48 my $uniprot;
1043 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1044 :     # print STDERR "$1\n";
1045 :     $uniprot = $1;
1046 :     }
1047 :     my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid1, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1048 :    
1049 : parrello 1.60 if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1050 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1051 :     else { $color = "red" }
1052 :    
1053 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/) {
1054 :     $n = $1;
1055 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
1056 :     } elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/) {
1057 :     $n = uc $1;
1058 :     $link = "";
1059 :     } else {
1060 :     $n ="";
1061 :     $link = "";
1062 :     }
1063 :    
1064 :     push(@$genes,[&min($beg1,$end1),&max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link,$info]);
1065 :     if ($max_so_far) {
1066 :     $gap = (&min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1067 :     } else {
1068 :     $gap = "";
1069 :     }
1070 :     $max_so_far = &max($beg1,$end1);
1071 : olson 1.48
1072 : efrank 1.1
1073 : parrello 1.60 $in_neighborhood = "";
1074 :     if (&ftype($fid1) eq "peg") {
1075 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig_or_sprout,$fid1,$user);
1076 :     foreach $role (&roles_of_function($comment)) {
1077 :     if ($related_roles{$role}) {
1078 :     $in_neighborhood = "*";
1079 :     }
1080 :     }
1081 :     } else {
1082 :     $comment = "";
1083 :     }
1084 :     $comment = &set_map_links($fig_or_sprout,&genome_of($fid1),$comment);
1085 :     if ($fid1 eq $peg) {
1086 :     $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1087 :     }
1088 :     $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1089 :    
1090 :     my $must_have = (($fid1 eq $peg) || (! $fc)) ? "" : $cgi->checkbox(-name => 'must_have',
1091 :     -value => $fid1,
1092 :     -checked => 0,
1093 :     -override => 1,
1094 :     -label => "");
1095 :    
1096 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1097 :     $must_have,
1098 :     $fc,$in_neighborhood,
1099 :     $comment,&HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),$why_related]);
1100 : efrank 1.1 }
1101 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1102 : overbeek 1.41 push(@$html,$cgi->br,$cgi->submit('pin with checked genes'),$cgi->end_form,$cgi->br);
1103 : overbeek 1.53 return ($beg,$end,$genes);
1104 :     }
1105 :    
1106 :     sub print_graphics_context {
1107 :     my($beg,$end,$genes,$html) = @_;
1108 :    
1109 :     my $map = ["",$beg,$end,$genes];
1110 :     my $gg = [$map];
1111 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1112 : efrank 1.1 return;
1113 :     }
1114 :    
1115 :     sub assign_link {
1116 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1117 :     my($assign_url,$assign_link);
1118 :    
1119 : parrello 1.60 if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func))) {
1120 :     $cgi->delete('request');
1121 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1122 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1123 :     } else {
1124 :     $assign_link = "";
1125 : efrank 1.1 }
1126 :     return $assign_link;
1127 :     }
1128 :    
1129 :     sub pin_link {
1130 :     my($cgi,$peg) = @_;
1131 :     my $user = $cgi->param('user');
1132 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1133 :    
1134 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1135 :     my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user&uni=1&SPROUT=$sprout";
1136 : efrank 1.1 my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1137 :     return $cluster_link;
1138 :     }
1139 :    
1140 :     sub set_map_links {
1141 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$func) = @_;
1142 : efrank 1.1
1143 : parrello 1.60 if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/) {
1144 :     my $before = $1;
1145 :     my $ec = $2;
1146 :     my $after = $3;
1147 :     return &set_map_links($fig_or_sprout,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig_or_sprout,$org,$ec) . &set_map_links($fig_or_sprout,$org,$after);
1148 : efrank 1.1 }
1149 :     return $func;
1150 :     }
1151 :    
1152 :     sub set_ec_to_maps {
1153 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$org,$ec) = @_;
1154 : efrank 1.1
1155 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1156 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1157 :     $cgi->delete('request');
1158 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1159 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1160 :     return $link;
1161 : efrank 1.1 }
1162 :     return $ec;
1163 :     }
1164 :    
1165 :     sub show_ec_to_maps {
1166 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$ec) = @_;
1167 : efrank 1.1
1168 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1169 : parrello 1.60 if (! $ec) {
1170 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1171 :     return;
1172 : efrank 1.1 }
1173 :    
1174 : overbeek 1.53 my @maps = &ec_to_maps($fig_or_sprout,$ec);
1175 : parrello 1.60 if (@maps > 0) {
1176 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1177 :     my $map;
1178 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),&map_name($fig_or_sprout,$map)] } @maps];
1179 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . &ec_name($fig_or_sprout,$ec)));
1180 : efrank 1.1 }
1181 :     }
1182 :    
1183 :     sub map_link {
1184 :     my($cgi,$map) = @_;
1185 :    
1186 :     $cgi->delete('request');
1187 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1188 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1189 :     return $link;
1190 :     }
1191 :    
1192 :     sub link_to_map {
1193 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1194 : efrank 1.1
1195 :     my $map = $cgi->param('map');
1196 : parrello 1.60 if (! $map) {
1197 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1198 :     return;
1199 : efrank 1.1 }
1200 :    
1201 :     my $org = $cgi->param('org');
1202 : parrello 1.60 if (! $org) {
1203 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1204 :     return;
1205 : efrank 1.1 }
1206 :     my$user = $cgi->param('user');
1207 :     $user = $user ? $user : "";
1208 :    
1209 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1210 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1211 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1212 :     &HTML::trim_output(\@out);
1213 :     push(@$html,@out);
1214 :     }
1215 : parrello 1.60
1216 : efrank 1.1 sub aa_sequence {
1217 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1218 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1219 :    
1220 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1221 : parrello 1.60 if ($seq = &get_translation($fig_or_sprout,$prot)) {
1222 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1223 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1224 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1225 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1226 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1227 :     } else {
1228 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1229 :     }
1230 :     }
1231 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1232 :     } else {
1233 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1234 : efrank 1.1 }
1235 :     }
1236 :    
1237 :     sub dna_sequence {
1238 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$fid) = @_;
1239 : efrank 1.1 my($seq,$func,$i);
1240 :    
1241 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1242 : parrello 1.60 if ($seq = &dna_seq($fig_or_sprout,&genome_of($fid),&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid))) {
1243 :     $func = &function_ofS($fig_or_sprout,$prot,$cgi->param('user'));
1244 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1245 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60) {
1246 :     if ($i > (length($seq) - 60)) {
1247 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1248 :     } else {
1249 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1250 :     }
1251 :     }
1252 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1253 :     } else {
1254 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1255 : efrank 1.1 }
1256 :     }
1257 : parrello 1.60
1258 : efrank 1.1 sub show_fusions {
1259 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1260 : efrank 1.1
1261 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1262 :     $user = $user ? $user : "";
1263 : overbeek 1.53 my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1264 :    
1265 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1266 : overbeek 1.53 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user&SPROUT=$sprout";
1267 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1268 :     print join("",@out);
1269 :     exit;
1270 : overbeek 1.2 }
1271 :    
1272 : overbeek 1.53 ###########################################################################
1273 : overbeek 1.2 sub print_compared_regions {
1274 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$peg) = @_;
1275 :    
1276 :     my $sz_region = $cgi->param('sz_region');
1277 :     $sz_region = $sz_region ? $sz_region : 16000;
1278 :    
1279 :     my $num_close = $cgi->param('num_close');
1280 :     $num_close = $num_close ? $num_close : 5;
1281 : overbeek 1.2
1282 : overbeek 1.53 my @closest_pegs = &closest_pegs($fig_or_sprout,$peg,$num_close);
1283 : overbeek 1.40
1284 : parrello 1.60 if (@closest_pegs > 0) {
1285 :     if (&possibly_truncated($fig_or_sprout,$peg)) {
1286 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1287 :     }
1288 :     @closest_pegs = &sort_fids_by_taxonomy($fig_or_sprout,@closest_pegs);
1289 :     unshift(@closest_pegs,$peg);
1290 :     my @all_pegs = ();
1291 :     my $gg = &build_maps($fig_or_sprout,\@closest_pegs,\@all_pegs,$sz_region);
1292 :     #warn Dumper($gg);
1293 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
1294 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1295 :     ################################### add commentary capability
1296 : overbeek 1.35
1297 : parrello 1.60 my @parm_reset_form = ($cgi->hr);
1298 :     push(@parm_reset_form,$cgi->start_form(-action => &cgi_url . "/protein.cgi" ));
1299 : overbeek 1.53 my $param;
1300 : parrello 1.60 foreach $param ($cgi->param()) {
1301 :     next if (($param eq "sz_region") || ($param eq "num_close"));
1302 :     push(@parm_reset_form,$cgi->hidden(-name => $param, -value => $cgi->param($param)));
1303 :     }
1304 :     push(@parm_reset_form,
1305 :     "size region: ",
1306 :     $cgi->textfield(-name => 'sz_region', -size => 10, -value => $sz_region, -override => 1),
1307 :     "&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ",
1308 :     "Number close genomes: ",
1309 :     $cgi->textfield(-name => 'num_close', -size => 4, -value => $num_close, -override => 1),
1310 :     $cgi->br,
1311 :     $cgi->submit('Reset Parameters')
1312 :     );
1313 :     push(@parm_reset_form,$cgi->end_form);
1314 :     push(@$html,@parm_reset_form);
1315 :     ####
1316 :     my @commentary_form = ();
1317 :     my $ctarget = "window$$";
1318 :     my $user = $cgi->param('user');
1319 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1320 :    
1321 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
1322 :     -action => &cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
1323 :     ));
1324 :    
1325 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => 'SPROUT', -value => $sprout),
1326 :     $cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
1327 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
1328 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1));
1329 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1330 :    
1331 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
1332 :     my($i,$map);
1333 :     @vals = ();
1334 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--) {
1335 :     my @vals1 = ();
1336 :     $map = $gg->[$i];
1337 :     my $found = 0;
1338 :     my $got_red = 0;
1339 :     undef %how_many;
1340 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
1341 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey") {
1342 :     $n = $gene->[4];
1343 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
1344 :     $how_many{$n}++;
1345 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
1346 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
1347 :     push(@vals1,$val);
1348 :     $found++;
1349 :     }
1350 :     }
1351 :    
1352 :     if (! $got_red) {
1353 :     splice(@$gg,$i,1);
1354 :     } else {
1355 :     push(@vals,@vals1);
1356 :     }
1357 :     }
1358 : overbeek 1.35
1359 : parrello 1.60 if (@$gg == 0) {
1360 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
1361 :     } else {
1362 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
1363 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
1364 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
1365 :     push(@$html,@commentary_form);
1366 :     }
1367 : overbeek 1.35 ################################################################end commentary
1368 : parrello 1.60 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1369 :     push @$html, &FIGGenDB::linkClusterGenDB($peg);
1370 : overbeek 1.2 }
1371 :     }
1372 :    
1373 :     sub closest_pegs {
1374 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$peg,$n) = @_;
1375 : overbeek 1.2 my($id2,$d,$peg2,$i);
1376 :    
1377 : overbeek 1.53 my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } &sims($fig_or_sprout,$peg,5,1.0e-20,"all");
1378 : overbeek 1.2
1379 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1380 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1381 : overbeek 1.53 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} &in_pch_pin_with($fig_or_sprout,$peg);
1382 :     my $g1 = &genome_of($peg);
1383 : parrello 1.60 @pinned_to =
1384 : overbeek 1.2 map {$_->[1] }
1385 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1386 : overbeek 1.53 map { $peg2 = $_; $d = &crude_estimate_of_distance($fig_or_sprout,$g1,&genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1387 : overbeek 1.2 @pinned_to;
1388 :    
1389 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++) {
1390 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1391 : overbeek 1.2 }
1392 : parrello 1.60 return keys(%closest);
1393 : overbeek 1.2 }
1394 :    
1395 :     sub build_maps {
1396 : overbeek 1.53 my($fig_or_sprout,$pinned_pegs,$all_pegs,$sz_region) = @_;
1397 : overbeek 1.2 my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1398 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1399 :    
1400 :     $gg = [];
1401 : parrello 1.60 foreach $peg (@$pinned_pegs) {
1402 :     $loc = &feature_locationS($fig_or_sprout,$peg);
1403 :     ($contig,$beg,$end) = &boundaries_of($fig_or_sprout,$loc);
1404 :     if ($contig && $beg && $end) {
1405 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1406 :     $min = int($mid - ($sz_region / 2));
1407 :     $max = int($mid + ($sz_region / 2));
1408 :     $genes = [];
1409 :     ($feat,undef,undef) = &genes_in_region($fig_or_sprout,&genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1410 :     foreach $fid (@$feat) {
1411 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &boundaries_of($fig_or_sprout,&feature_locationS($fig_or_sprout,$fid));
1412 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1413 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1414 :     my $aliases = join( ', ', &feature_aliasesL($fig_or_sprout,$fid) );
1415 :     my $function = &function_ofS($fig_or_sprout,$fid);
1416 :     my $uniprot;
1417 :     if ($aliases =~ /(uni[^,]+)/) {
1418 :     $uniprot = $1;
1419 :     }
1420 :     my $info = join ('<br/>', "<b>PEG:</b> ".$fid, "<b>Contig:</b> ".$contig1, "<b>Begin:</b> ".$beg1, "<b>End:</b> ".$end1,$function ? "<b>Function:</b> ".$function : '', $uniprot ? "<b>Uniprot ID:</b> ".$uniprot : '');
1421 :    
1422 :     my $sprout = $cgi->param('SPROUT') ? 1 : "";
1423 :     my $fmg = join ('<br/>', "<a href=\&quot;protein.cgi?SPROUT=$sprout&compare_region=1\&prot=$fid\&user=\&quot>show</a>",
1424 :     "<a onClick=\&quot;setValue('bound1', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 1</a>",
1425 :     "<a onClick=\&quot;setValue('bound2', '$fid'); return false;\&quot;>set bound 2</a>",
1426 :     "<a onClick=\&quot;setValue('candidates', '$fid'); return false;\&quot;>set candidate</a>");
1427 :    
1428 :     push(@$genes,[&min($beg1,$end1),
1429 :     &max($beg1,$end1),
1430 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1431 :     "grey",
1432 :     "",
1433 :     $fid,
1434 :     $info, $fmg]);
1435 :    
1436 :     if ($fid =~ /peg/) {
1437 :     push(@$all_pegs,$fid);
1438 :     }
1439 :     }
1440 :     $map = [&abbrev(&org_of($fig_or_sprout,$peg)),0,$max+1-$min,
1441 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1442 :     push(@$gg,$map);
1443 :     }
1444 : overbeek 1.2 }
1445 : overbeek 1.55 &GenoGraphics::disambiguate_maps($gg);
1446 : overbeek 1.2 return $gg;
1447 :     }
1448 :    
1449 :     sub in {
1450 :     my($x,$xL) = @_;
1451 :     my($i);
1452 :    
1453 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1454 :     return ($i < @$xL);
1455 :     }
1456 :    
1457 :     sub in_bounds {
1458 :     my($min,$max,$x) = @_;
1459 :    
1460 :     if ($x < $min) { return $min }
1461 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1462 :     else { return $x }
1463 :     }
1464 :    
1465 :     sub decr_coords {
1466 :     my($genes,$min) = @_;
1467 :     my($gene);
1468 :    
1469 : parrello 1.60 foreach $gene (@$genes) {
1470 :     $gene->[0] -= $min;
1471 :     $gene->[1] -= $min;
1472 : overbeek 1.2 }
1473 :     return $genes;
1474 :     }
1475 :    
1476 :     sub flip_map {
1477 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1478 :     my($gene);
1479 : parrello 1.60
1480 :     foreach $gene (@$genes) {
1481 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1482 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1483 : overbeek 1.2 }
1484 :     return $genes;
1485 :     }
1486 :    
1487 :     sub cluster_genes {
1488 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1489 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1490 :    
1491 :     my @color_sets = ();
1492 :    
1493 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1494 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
1495 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1496 :     if (! $seen{$i}) {
1497 :     $cluster = [$i];
1498 :     $seen{$i} = 1;
1499 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++) {
1500 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1501 :     foreach $k (@$x) {
1502 :     if (! $seen{$k}) {
1503 :     push(@$cluster,$k);
1504 :     $seen{$k} = 1;
1505 :     }
1506 :     }
1507 :     }
1508 :    
1509 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI)) {
1510 :     push(@color_sets,$cluster);
1511 :     }
1512 :     }
1513 : overbeek 1.2 }
1514 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1515 :     $red_set = $color_sets[$i];
1516 :     splice(@color_sets,$i,1);
1517 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1518 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1519 :    
1520 :     my $color_sets = {};
1521 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++) {
1522 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]}) {
1523 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1524 :     }
1525 : overbeek 1.2 }
1526 :     return $color_sets;
1527 :     }
1528 :    
1529 :     sub get_connections_by_similarity {
1530 :     my($all_pegs) = @_;
1531 : overbeek 1.40 my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
1532 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1533 : overbeek 1.2
1534 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
1535 :     $tmp = &maps_to_id($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i]);
1536 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1537 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i]) {
1538 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1539 :     }
1540 : overbeek 1.2 }
1541 :    
1542 : parrello 1.60 foreach $y (keys(%pos_of)) {
1543 :     $x = $pos_of{$y};
1544 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++) {
1545 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++) {
1546 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
1547 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
1548 :     }
1549 :     }
1550 : overbeek 1.40 }
1551 :    
1552 : parrello 1.60 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++) {
1553 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw")) {
1554 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2})) {
1555 :     foreach $y (@$x) {
1556 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1557 :     }
1558 :     }
1559 :     }
1560 : overbeek 1.2 }
1561 :     return \%conn;
1562 :     }
1563 :    
1564 :     sub set_colors_text_and_links {
1565 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1566 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1567 :    
1568 : parrello 1.60 foreach $map (@$gg) {
1569 :     foreach $gene (@{$map->[3]}) {
1570 :     $peg = $gene->[5];
1571 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg})) {
1572 :     $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
1573 :     $gene->[4] = $color + 1;
1574 :     }
1575 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1576 :     }
1577 : overbeek 1.2 }
1578 :     }
1579 :    
1580 :     sub peg_url {
1581 :     my($cgi,$peg) = @_;
1582 :    
1583 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1584 :     $cgi->delete('prot');
1585 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1586 :     $cgi->delete('prot');
1587 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1588 :    
1589 :     return $url;
1590 : parrello 1.60 }
1591 : overbeek 1.2
1592 :     sub possible_extensions {
1593 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1594 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1595 :    
1596 : overbeek 1.53 $g = &genome_of($peg);
1597 : overbeek 1.2
1598 : parrello 1.60 foreach $peg1 (@$closest_pegs) {
1599 :     if ($g ne &genome_of($peg1)) {
1600 :     foreach $sim (&sims($fig_or_sprout,$peg1,500,1.0e-5,"all")) {
1601 :     $id2 = $sim->id2;
1602 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && &possibly_truncated($fig_or_sprout,$id2)) {
1603 :     $poss{$id2} = 1;
1604 :     }
1605 :     }
1606 :     }
1607 : overbeek 1.2 }
1608 :     return keys(%poss);
1609 : efrank 1.1 }
1610 : overbeek 1.53
1611 :     sub display_page {
1612 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1613 :    
1614 : parrello 1.60 if (ref($html) eq "ARRAY") {
1615 :     if ($traceData) {
1616 :     push @$html, QTrace('html');
1617 :     }
1618 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
1619 :     } else {
1620 :     Trace(Dumper($html)) if T(2);
1621 :     if ($cgi->param('SPROUT')) {
1622 :     if ($traceData) {
1623 :     $html->{tracings} = "<h3>Trace Messages</h3>\n" . QTrace('html');
1624 :     } else {
1625 :     $html->{tracings} = "\n";
1626 :     }
1627 :     print "Content-Type: text/html\n";
1628 :     print "\n";
1629 :     my $templ = "$FIG_Config::fig/CGI/Html/Protein_tmpl.html";
1630 : parrello 1.61 print PageBuilder::Build(">$templ", $html, "Html");
1631 : parrello 1.60 } else {
1632 :     my $gathered = [];
1633 :    
1634 :     my $section;
1635 :     foreach $section (qw( javascript
1636 :     general
1637 :     translate_status
1638 :     contig_context
1639 :     context_graphic
1640 :     subsys_connections
1641 :     assgn_for_equiv_prots
1642 :     links
1643 :     services
1644 :     kv_pairs
1645 :     compare_region
1646 :     similarities
1647 :     tools
1648 :     ) ) {
1649 :     if (@{$html->{$section}} > 0) {
1650 :     push(@$gathered,@{$html->{$section}});
1651 :     push(@$gathered,$cgi->hr);
1652 :     }
1653 :     }
1654 :     pop @$gathered;
1655 :     &HTML::show_page($cgi,$gathered);
1656 :     }
1657 : overbeek 1.53 }
1658 :     }
1659 :    
1660 :     sub show_html_followed_by_initial {
1661 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot) = @_;
1662 :    
1663 :     my %html = ( general => [],
1664 :     contig_context => [],
1665 :     context_graphic => [],
1666 :     subsys_connections => [],
1667 :     links => [],
1668 :     services => [],
1669 :     translate_status => [],
1670 :     tools => [],
1671 :     kv_pairs => [],
1672 :     similarities => [],
1673 :     assgn_for_equiv_prots => [],
1674 :     javascript => [],
1675 :     compare_region => []
1676 :     );
1677 :    
1678 :     push(@{$html{general}},@$html);
1679 :     $html = \%html;
1680 : parrello 1.60 &show_initial($fig_or_sprout,$cgi,$html,$prot);
1681 : overbeek 1.53 return $html;
1682 :     }
1683 :    
1684 :     sub translation_piece {
1685 :     my($fig_or_sprout,$cgi,$html) = @_;
1686 :    
1687 :     my $msg;
1688 :     my $url = $cgi->self_url();
1689 :     if ($cgi->param('translate')) {
1690 : parrello 1.60 $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
1691 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
1692 :     } else {
1693 :     $url .= ";translate=1";
1694 :     $msg = "Translate Function Assignments";
1695 : overbeek 1.53 }
1696 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
1697 :     }
1698 :    
1699 :    
1700 :     #######################################################################################
1701 :    
1702 :     sub by_alias {
1703 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1704 :     return $fig_or_sprout->by_alias($prot);
1705 :     }
1706 :    
1707 :     sub org_of {
1708 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1709 :    
1710 :     return $fig_or_sprout->org_of($prot);
1711 :     }
1712 :    
1713 :     sub is_real_feature {
1714 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1715 :    
1716 :     return $fig_or_sprout->is_real_feature($prot);
1717 :     }
1718 :    
1719 :     sub coupling_and_evidence {
1720 :     my($fig_or_sprout,$peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff) = @_;
1721 :    
1722 :     return $fig_or_sprout->coupling_and_evidence($peg,$bound,$sim_cutoff,$coupling_cutoff,"keep");
1723 :     }
1724 :    
1725 :     sub feature_locationS {
1726 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1727 :    
1728 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_location($peg);
1729 :     }
1730 :    
1731 :     sub boundaries_of {
1732 :     my($fig_or_sprout,$loc) = @_;
1733 :    
1734 :     return $fig_or_sprout->boundaries_of($loc);
1735 :     }
1736 :    
1737 :    
1738 :     sub in_cluster_with {
1739 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1740 :    
1741 :     return $fig_or_sprout->in_cluster_with($peg);
1742 :     }
1743 :    
1744 :     sub neighborhood_of_role {
1745 :     my($fig_or_sprout,$role) = @_;
1746 :    
1747 :     return $fig_or_sprout->neighborhood_of_role($role);
1748 :     }
1749 :    
1750 :     sub feature_aliasesL {
1751 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
1752 :    
1753 :     my @tmp = $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
1754 :     return @tmp;
1755 :     }
1756 :    
1757 :     sub feature_aliasesS {
1758 :     my($fig_or_sprout,$fid) = @_;
1759 :    
1760 :     return scalar $fig_or_sprout->feature_aliases($fid);
1761 :     }
1762 :    
1763 :     sub function_ofL {
1764 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1765 :    
1766 :     my @tmp = $fig_or_sprout->function_of($peg);
1767 :     return @tmp;
1768 :     }
1769 :    
1770 :     sub function_ofS {
1771 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1772 :    
1773 :     return scalar $fig_or_sprout->function_of($peg);
1774 :     }
1775 :    
1776 :     sub mapped_prot_ids {
1777 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1778 :    
1779 :     return $fig_or_sprout->mapped_prot_ids($peg);
1780 :     }
1781 :    
1782 :     sub peg_links {
1783 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1784 :    
1785 :     return $fig_or_sprout->peg_links($peg);
1786 :     }
1787 :    
1788 :     sub get_translation {
1789 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1790 :    
1791 :     return $fig_or_sprout->get_translation($prot);
1792 :     }
1793 :    
1794 :     sub assign_function {
1795 :     my($fig_or_sprout,$prot,$who,$function) = @_;
1796 :    
1797 :     $fig_or_sprout->assign_function($prot,$who,$function,"");
1798 :     }
1799 :    
1800 :     sub add_annotation {
1801 :     my($fig_or_sprout,$prot,$user,$annotation) = @_;
1802 :    
1803 :     $fig_or_sprout->add_annotation($prot,$user,$annotation);
1804 :     }
1805 :    
1806 :     sub feature_annotations {
1807 :     my($fig_or_sprout,$prot) = @_;
1808 :    
1809 :     return $fig_or_sprout->feature_annotations($prot);
1810 :     }
1811 :    
1812 :     sub related_by_func_sim {
1813 :     my($fig_or_sprout,$peg,$user) = @_;
1814 :    
1815 :     return $fig_or_sprout->related_by_func_sim($peg,$user);
1816 :     }
1817 :    
1818 :     sub merged_related_annotations {
1819 :     my($fig_or_sprout,$related) = @_;
1820 :    
1821 :     return $fig_or_sprout->merged_related_annotations($related);
1822 :     }
1823 :    
1824 :     sub genus_species {
1825 :     my($fig_or_sprout,$genome) = @_;
1826 :    
1827 :     return $fig_or_sprout->genus_species($genome);
1828 :     }
1829 :    
1830 :     sub genes_in_region {
1831 :     my($fig_or_sprout,$genome,$contig,$min,$max) = @_;
1832 :    
1833 :     return $fig_or_sprout->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
1834 :     }
1835 :    
1836 :     sub translate_function {
1837 :     my($fig_or_sprout,$func) = @_;
1838 :    
1839 :     return $fig_or_sprout->translate_function($func);
1840 :     }
1841 :    
1842 :     sub feature_attributes {
1843 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1844 :    
1845 :     return $fig_or_sprout->feature_attributes($peg);
1846 :     }
1847 :    
1848 :     sub subsystems_for_peg {
1849 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1850 :    
1851 :     return $fig_or_sprout->subsystems_for_peg($peg);
1852 :     }
1853 :    
1854 :     sub sims {
1855 :     my($fig_or_sprout,$peg,$max,$cutoff,$select,$expand) = @_;
1856 :    
1857 :     return $fig_or_sprout->sims($peg,$max,$cutoff,$select,$expand);
1858 :     }
1859 :    
1860 :     sub in_family {
1861 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
1862 :    
1863 :     return $fig_or_sprout->in_family($id);
1864 :     }
1865 :    
1866 :     sub sz_family {
1867 :     my($fig_or_sprout,$family) = @_;
1868 :    
1869 :     return $fig_or_sprout->sz_family($family);
1870 :     }
1871 :    
1872 :     sub peg_to_subsystems {
1873 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
1874 :    
1875 :     return $fig_or_sprout->peg_to_subsystems($id);
1876 :     }
1877 :    
1878 :     sub org_and_color_of {
1879 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
1880 :    
1881 :     return $fig_or_sprout->org_and_color_of($id);
1882 :     }
1883 :    
1884 :     sub ec_to_maps {
1885 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
1886 :    
1887 :     return $fig_or_sprout->ec_to_maps($ec);
1888 :     }
1889 :    
1890 :     sub map_name {
1891 :     my($fig_or_sprout,$map) = @_;
1892 :    
1893 :     return $fig_or_sprout->map_name($map);
1894 :     }
1895 :    
1896 :     sub ec_name {
1897 :     my($fig_or_sprout,$ec) = @_;
1898 : parrello 1.60
1899 : overbeek 1.53 return $fig_or_sprout->ec_name($ec);
1900 :     }
1901 :    
1902 :     sub dna_seq {
1903 :     my($fig_or_sprout,$genome,$loc) = @_;
1904 :    
1905 :     return $fig_or_sprout->dna_seq($genome,$loc);
1906 :     }
1907 :    
1908 :     sub possibly_truncated {
1909 :     my($fig_or_sprout,$id) = @_;
1910 :    
1911 :     return $fig_or_sprout->possibly_truncated($id);
1912 :     }
1913 :    
1914 :     sub sort_fids_by_taxonomy {
1915 :     my($fig_or_sprout,@fids) = @_;
1916 :    
1917 :     return $fig_or_sprout->sort_fids_by_taxonomy(@fids);
1918 :     }
1919 :    
1920 :     sub in_pch_pin_with {
1921 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1922 :    
1923 :     return $fig_or_sprout->in_pch_pin_with($peg);
1924 :     }
1925 :    
1926 :     sub crude_estimate_of_distance {
1927 :     my($fig_or_sprout,$genome1,$genome2) = @_;
1928 :    
1929 :     return $fig_or_sprout->crude_estimate_of_distance($genome1,$genome2);
1930 :     }
1931 :    
1932 :     sub maps_to_id {
1933 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1934 :    
1935 :     return $fig_or_sprout->maps_to_id($peg);
1936 :     }
1937 :    
1938 :     sub translatable {
1939 :     my($fig_or_sprout,$peg) = @_;
1940 :    
1941 :     return $fig_or_sprout->translatable($peg);
1942 :     }
1943 :    
1944 :     sub cgi_url {
1945 :     return &FIG::plug_url($FIG_Config::cgi_url);
1946 :     }
1947 :    
1948 :    
1949 :    
1950 :     ###########################################################
1951 :    
1952 :     sub genome_of {
1953 : parrello 1.60 my $prot_id = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
1954 : overbeek 1.53
1955 :     if ($prot_id =~ /^fig\|(\d+\.\d+)/) { return $1; }
1956 :     return undef;
1957 :     }
1958 :    
1959 :     sub min {
1960 :     my(@x) = @_;
1961 :     my($min,$i);
1962 :    
1963 :     (@x > 0) || return undef;
1964 :     $min = $x[0];
1965 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
1966 :     $min = ($min > $x[$i]) ? $x[$i] : $min;
1967 : overbeek 1.53 }
1968 :     return $min;
1969 :     }
1970 :    
1971 :     sub max {
1972 :     my(@x) = @_;
1973 :     my($max,$i);
1974 :    
1975 :     (@x > 0) || return undef;
1976 :     $max = $x[0];
1977 : parrello 1.60 for ($i=1; ($i < @x); $i++) {
1978 :     $max = ($max < $x[$i]) ? $x[$i] : $max;
1979 : overbeek 1.53 }
1980 :     return $max;
1981 :     }
1982 :    
1983 :    
1984 :     sub roles_of_function {
1985 : parrello 1.60 my $func = (@_ == 1) ? $_[0] : $_[1];
1986 : overbeek 1.53
1987 :     return (split(/\s*[\/;]\s+/,$func),($func =~ /\d+\.\d+\.\d+\.\d+/g));
1988 :     }
1989 :    
1990 :     sub ftype {
1991 :     my($feature_id) = @_;
1992 :    
1993 : parrello 1.60 if ($feature_id =~ /^fig\|\d+\.\d+\.([^\.]+)/) {
1994 :     return $1;
1995 : overbeek 1.53 }
1996 :     return undef;
1997 :     }
1998 :    
1999 :     sub abbrev {
2000 :     my($genome_name) = @_;
2001 :    
2002 : overbeek 1.55 return &FIG::abbrev($genome_name);
2003 : parrello 1.60 }

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