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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.44 - (view) (download)

1 : overbeek 1.44
2 :     #### start ####
3 : efrank 1.1 use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 :     use HTML;
7 :     use strict;
8 :     use GenoGraphics;
9 :     use CGI;
10 :     my $cgi = new CGI;
11 :    
12 :     if (0)
13 :     {
14 : overbeek 1.40 my $VAR1;
15 :     eval(join("",`cat /tmp/protein_parms`));
16 :     $cgi = $VAR1;
17 :     # print STDERR &Dumper($cgi);
18 :     }
19 :    
20 :     if (0)
21 :     {
22 : efrank 1.1 print $cgi->header;
23 :     my @params = $cgi->param;
24 :     print "<pre>\n";
25 :     foreach $_ (@params)
26 :     {
27 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
28 :     }
29 : overbeek 1.40
30 :     if (0)
31 :     {
32 :     if (open(TMP,">/tmp/protein_parms"))
33 :     {
34 :     print TMP &Dumper($cgi);
35 :     close(TMP);
36 :     }
37 :     }
38 : efrank 1.1 exit;
39 :     }
40 :    
41 :     my $html = [];
42 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
43 : efrank 1.1
44 :     my $prot = $cgi->param('prot');
45 :     if (! $prot)
46 :     {
47 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
48 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
49 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
50 :     exit;
51 :     }
52 : golsen 1.34
53 : overbeek 1.44
54 : golsen 1.34 if ($prot !~ /^fig\|/)
55 : overbeek 1.16 {
56 : overbeek 1.44 my @poss = $fig->by_alias($prot);
57 :     if (@poss > 0)
58 : overbeek 1.16 {
59 : overbeek 1.44 $prot = $poss[0];
60 : overbeek 1.16 }
61 :     else
62 :     {
63 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
64 : overbeek 1.16 push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
65 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
66 :     exit;
67 :     }
68 :     }
69 : efrank 1.1
70 : golsen 1.34 #
71 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
72 :     #
73 :    
74 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
75 :     if ( $adjust ) {
76 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
77 :     if ( $prefix && $protnum ) {
78 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
79 :     if ( $fig->translatable( $prot2 ) ) {
80 :     $prot = $prot2;
81 :     $cgi->delete('prot');
82 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
83 :     }
84 :     }
85 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
86 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
87 :     }
88 :    
89 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
90 :    
91 :     if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig,$cgi,$html,$prot); }
92 : overbeek 1.11 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
93 : overbeek 1.15 elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
94 : overbeek 1.11 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
95 :     elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
96 :     elsif ($request eq "fast_assign") { &make_assignment($fig,$cgi,$html,$prot); }
97 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig,$cgi,$html,$prot); }
98 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig,$cgi,$html); }
99 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig,$cgi,$html); }
100 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig,$cgi,$html,$prot); }
101 :     else { &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot); }
102 : efrank 1.1
103 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
104 : overbeek 1.11 exit;
105 :    
106 :     #==============================================================================
107 :     # use_protein_tool
108 :     #==============================================================================
109 : efrank 1.1
110 :     sub use_protein_tool {
111 : golsen 1.34 my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
112 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
113 :    
114 :     my $seq = $fig->get_translation($prot);
115 :     if (! $seq)
116 :     {
117 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
118 : efrank 1.1 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
119 :     return;
120 :     }
121 :     my $protQ = quotemeta $prot;
122 :    
123 :     my $tool = $cgi->param('tool');
124 :     $/ = "\n//\n";
125 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
126 :     if (@tools == 1)
127 :     {
128 :     chomp $tools[0];
129 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
130 :     my $args = [];
131 :     foreach $line (@args)
132 :     {
133 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
134 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
135 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
136 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
137 :     push(@$args,[$name,$val]);
138 :     }
139 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
140 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
141 :     }
142 :     }
143 :    
144 : overbeek 1.11 #==============================================================================
145 :     # make_assignment
146 :     #==============================================================================
147 :    
148 : efrank 1.1 sub make_assignment {
149 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
150 :     my($userR);
151 :    
152 :     my $function = $cgi->param('func');
153 :     my $user = $cgi->param('user');
154 :    
155 :     if ($function && $user && $prot)
156 :     {
157 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
158 :     {
159 :     $userR = $1;
160 :     $fig->assign_function($prot,"master",$function,"");
161 :     $fig->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
162 :     }
163 :     else
164 :     {
165 :     $fig->assign_function($prot,$user,$function,"");
166 :     $fig->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");
167 :     }
168 :     }
169 :     $cgi->delete("request");
170 :     $cgi->delete("func");
171 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
172 :     }
173 :    
174 : overbeek 1.11 #==============================================================================
175 :     # view_annotations
176 :     #==============================================================================
177 :    
178 : efrank 1.1 sub view_annotations {
179 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
180 :    
181 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
182 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
183 : overbeek 1.9 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } $fig->feature_annotations($prot) ];
184 : efrank 1.1 if (@$tab > 0)
185 :     {
186 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
187 :     }
188 :     else
189 :     {
190 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
191 :     }
192 :     }
193 :    
194 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
195 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
196 :     my($ann);
197 :    
198 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
199 : overbeek 1.15 if ($fig->is_real_feature($peg))
200 :     {
201 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
202 :     my @related = $fig->related_by_func_sim($peg,$cgi->param('user'));
203 :     push(@related,$peg);
204 :    
205 :     my @annotations = $fig->merged_related_annotations(\@related);
206 :    
207 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
208 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
209 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($ann->[0])),
210 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
211 :     ] } @annotations];
212 :     if (@$tab > 0)
213 :     {
214 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
215 :     }
216 :     else
217 :     {
218 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
219 :     }
220 :     }
221 :     }
222 :    
223 : overbeek 1.11 #==============================================================================
224 :     # show_coupling_evidence
225 :     #==============================================================================
226 :    
227 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
228 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
229 :     my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
230 :    
231 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
232 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
233 :     my $to = $cgi->param('to');
234 : overbeek 1.43 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,4,"keep");
235 : efrank 1.1
236 :     if (@coup != 1)
237 :     {
238 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
239 :     }
240 :     else
241 :     {
242 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
243 :     my $tab = [];
244 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]})
245 :     {
246 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
247 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
248 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
249 : overbeek 1.11 push( @$tab, [ $link1,
250 :     $fig->org_of($peg1),
251 :     scalar $fig->function_of($peg1,$user),
252 :     $link2,
253 :     $fig->org_of($peg2),
254 :     scalar $fig->function_of($peg2,$user)
255 :     ]
256 :     );
257 : efrank 1.1 }
258 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
259 :     }
260 :     }
261 :    
262 : overbeek 1.11 #==============================================================================
263 :     # psi_blast_prot_sequence
264 :     #==============================================================================
265 :    
266 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
267 :     my($fig,$cgi,$prot_id) = @_;
268 :     }
269 :    
270 : overbeek 1.11 #==============================================================================
271 :     # show_initial
272 :     #==============================================================================
273 :    
274 : efrank 1.1 sub show_initial {
275 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
276 :    
277 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
278 : efrank 1.1 my $gs = $fig->org_of($prot);
279 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/)
280 :     {
281 : overbeek 1.36 if (! $fig->is_real_feature($prot))
282 :     {
283 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
284 : overbeek 1.11 }
285 :     else
286 :     {
287 : overbeek 1.36 push(@$html,"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
288 :     my $msg;
289 :     my $url = $cgi->self_url();
290 :     if ($cgi->param('translate')) {
291 :     $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
292 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
293 :     }
294 :     else
295 :     {
296 :     $url .= ";translate=1";
297 :     $msg = "Translate Function Assignments";
298 :     }
299 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
300 :    
301 :     &display_peg($fig,$cgi,$html,$prot);
302 : overbeek 1.11 }
303 : efrank 1.1 }
304 :     else
305 :     {
306 :     # &display_external($fig,$cgi,$html,$prot);
307 :     }
308 :     }
309 :    
310 : overbeek 1.11 #==============================================================================
311 :     # display_peg
312 :     #==============================================================================
313 :    
314 : efrank 1.1 sub display_peg {
315 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
316 :     my $loc;
317 :    
318 :     my $half_sz = 5000;
319 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
320 :     my @fc_data;
321 :     if ($fc)
322 :     {
323 : overbeek 1.43 @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,4,"keep");
324 : overbeek 1.10 }
325 :     else
326 :     {
327 :     @fc_data = ();
328 :     }
329 : efrank 1.1
330 :     if ($loc = $fig->feature_location($peg))
331 :     {
332 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
333 :     my $min = &FIG::max(0,&FIG::min($beg,$end) - $half_sz);
334 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $half_sz;
335 :     my($feat,$min,$max) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
336 :    
337 :     &print_context($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$min,$max);
338 :     }
339 :    
340 :     &print_assignments($fig,$cgi,$html,$peg);
341 :    
342 :     push(@$html,$cgi->hr);
343 : overbeek 1.15 my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
344 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
345 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
346 : efrank 1.1
347 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
348 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
349 :    
350 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
351 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
352 :    
353 :     $link = $cgi->url();
354 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
355 :     my $user = $cgi->param('user');
356 :     if (! $user)
357 :     {
358 :     $user = "";
359 :     }
360 :     else
361 :     {
362 :     $link = $link . "?fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
363 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
364 :     }
365 :    
366 :     if ((! $fc) && ($fig->feature_location($peg)))
367 :     {
368 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
369 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
370 :     }
371 :     elsif ($fc)
372 :     {
373 : overbeek 1.10 &print_fc($fig,$cgi,$html,$peg,\@fc_data);
374 : efrank 1.1 }
375 :    
376 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
377 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
378 :    
379 : overbeek 1.44 my $link = &FIG::cgi_url . "/homologs_in_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user\n";
380 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Find Homologs in Clusters</a>\n");
381 :    
382 : efrank 1.1 my $has_translation = $fig->translatable($peg);
383 : overbeek 1.2 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation)
384 :     {
385 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
386 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
387 :     }
388 :     elsif ($cgi->param('compare_region'))
389 :     {
390 :     &print_compared_regions($fig,$cgi,$html,$peg);
391 :     }
392 :    
393 : overbeek 1.44
394 : overbeek 1.11 my $sims = $cgi->param('sims');
395 : efrank 1.1 if ((! $sims) && $has_translation)
396 :     {
397 : golsen 1.18 my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
398 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
399 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
400 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
401 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
402 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
403 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
404 :    
405 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
406 : overbeek 1.12 if ($cgi->param('translate'))
407 :     {
408 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
409 :     }
410 :     push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
411 : overbeek 1.11 $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
412 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
413 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
414 :     $cgi->submit('Similarities'),
415 : golsen 1.18 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
416 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
417 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
418 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
419 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
420 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
421 : overbeek 1.11 $cgi->end_form
422 :     );
423 : efrank 1.1 }
424 :     elsif ($sims)
425 :     {
426 :     &print_similarities($fig,$cgi,$html,$peg);
427 :     }
428 :    
429 :     if ($has_translation)
430 :     {
431 :     &show_tools($fig,$cgi,$html,$peg);
432 :     }
433 :     }
434 :    
435 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
436 :    
437 :     sub show_tools {
438 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
439 :    
440 :     $cgi->param(-name => "request",
441 :     -value => "use_protein_tool");
442 :     my $url = $cgi->self_url();
443 :    
444 :     if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools"))
445 :     {
446 :     push(@$html,$cgi->hr);
447 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
448 :     my $tab = [];
449 :    
450 :     $/ = "\n//\n";
451 :     while (defined($_ = <TMP>))
452 :     {
453 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
454 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
455 :     }
456 :     close(TMP);
457 :     $/ = "\n";
458 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
459 :     }
460 :     $cgi->delete('request');
461 :     }
462 :    
463 :     ################# Functional Coupling ############################
464 :    
465 :     sub print_fc {
466 : overbeek 1.10 my($fig,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
467 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
468 :    
469 :     my $user = $cgi->param('user');
470 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
471 :     [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar $fig->function_of($neigh,$user)]
472 :     }
473 : overbeek 1.10 @$fc_data;
474 : efrank 1.1 if (@tab > 0)
475 :     {
476 :     push(@$html,"<hr>\n");
477 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
478 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
479 :     }
480 :     }
481 :    
482 :     sub ev_link {
483 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
484 :    
485 :     my $prot = $cgi->param('prot');
486 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
487 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
488 :     }
489 :    
490 :     ################# Assignments ############################
491 :    
492 :     sub trans_function_of {
493 :     my($cgi,$fig,$peg,$user) = @_;
494 :    
495 :     if (wantarray())
496 :     {
497 :     my $x;
498 :     my @funcs = $fig->function_of($peg);
499 :     if ($cgi->param('translate'))
500 :     {
501 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = $fig->translate_function($x->[1]); $x } @funcs;
502 :     }
503 :     return @funcs;
504 :     }
505 :     else
506 :     {
507 :     my $func = $fig->function_of($peg,$user);
508 :     if ($cgi->param('translate'))
509 :     {
510 :     $func = $fig->translate_function($func);
511 :     }
512 :     return $func;
513 :     }
514 :     }
515 :    
516 :     sub print_assignments {
517 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
518 :     my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
519 :    
520 :     my $user = $cgi->param('user');
521 :     my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig,$peg);
522 :    
523 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
524 :     if ($i < @funcs)
525 :     {
526 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
527 :     }
528 :     else
529 :     {
530 :     $master_func = "";
531 :     }
532 :    
533 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
534 :     if ($i < @funcs)
535 :     {
536 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
537 :     }
538 :     else
539 :     {
540 :     $user_func = $master_func;
541 :     }
542 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
543 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
544 :     @funcs = ();
545 :     foreach $id (@maps_to)
546 :     {
547 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig,$id)) && (@tmp > 0))
548 :     {
549 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
550 :     }
551 :     }
552 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
553 :     push(@$html,"<hr>\n");
554 :    
555 :     if ((@funcs == 0) && (! $user_func))
556 :     {
557 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
558 :     }
559 : overbeek 1.25
560 :     my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),$fig->org_of($id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
561 :     if (@$tab > 0)
562 : efrank 1.1 {
563 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
564 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
565 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
566 :     }
567 :    
568 : overbeek 1.26
569 : overbeek 1.38
570 :     my @attr = $fig->feature_attributes($peg);
571 :     if (@attr > 0)
572 :     {
573 :     my $tab = [];
574 :     foreach $_ (@attr)
575 :     {
576 :     my($tag,$val,$url) = @$_;
577 :     push(@$tab,[$tag,"<a href=\"$url\">$val</a>"]);
578 :     }
579 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table(["Key","Value"],$tab,"Attributes"),$cgi->hr);
580 :     }
581 :    
582 : olson 1.28 #
583 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
584 :     #
585 :    
586 :     if (my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($peg))
587 :     {
588 :     push(@$html,
589 :     $cgi->hr,
590 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
591 :    
592 :     my(@hdrs);
593 :     my(@table);
594 :    
595 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
596 :    
597 :     for my $ent (@subsystems)
598 :     {
599 :     my($sub, $role) = @$ent;
600 :     my $url = $cgi->a({href => "ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
601 :     push(@table, [$url, $role]);
602 :     }
603 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
604 :     }
605 :    
606 : overbeek 1.26 push(@$html,$cgi->hr);
607 : overbeek 1.31
608 :     my @links = $fig->peg_links($peg);
609 :     if (@links > 0)
610 : overbeek 1.25 {
611 : overbeek 1.31 my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
612 : overbeek 1.25 my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
613 : overbeek 1.31 my $tab = [];
614 :     my ($n,$i);
615 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5)
616 :     {
617 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
618 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
619 :     }
620 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
621 : overbeek 1.25 }
622 :    
623 : overbeek 1.26 my $url = &FIG::cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
624 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
625 :    
626 : efrank 1.1 # $_ = join("",map { $_->[1] } @funcs);
627 :     # @ecs = ($_ =~ /\d\.\d+\.\d+\.\d+/g);
628 :     # foreach $ec (@ecs)
629 :     # {
630 :     # my $kegg_link = &HTML::kegg_link($ec);
631 :     # push(@$html,"<br>$kegg_link<br>\n");
632 :     # }
633 :     }
634 :    
635 :    
636 :    
637 :     ################# Similarities ############################
638 :    
639 :    
640 :     sub print_similarities {
641 : golsen 1.34 my( $fig, $cgi, $html, $peg ) = @_;
642 :     my( $maxN, $maxP, $expand_groups, $ex_checked );
643 : efrank 1.1
644 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
645 : efrank 1.1 my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
646 :    
647 : golsen 1.18 $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 5;
648 :     $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
649 :     $expand_groups = $cgi->param('expand_groups');
650 :     $ex_checked = $expand_groups ? "checked" : "";
651 :    
652 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 0;
653 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
654 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
655 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
656 : efrank 1.1
657 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr,
658 :     "<a name=Similarities>",
659 :     $cgi->h1('Similarities'),
660 :     "</a>\n"
661 :     );
662 :    
663 :     #
664 :     # Instead of automatically doubling maxN, use the value of
665 :     # $cgi->param("more similarities") to drive increase in maxN and
666 :     # max_expand
667 :     #
668 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
669 :     $maxN *= 2;
670 :     $max_expand *= 2;
671 :     $cgi->delete('more similarities');
672 :     }
673 :    
674 :     my ( $prev, $next ) = ( 0, 0 );
675 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
676 :     if ( $prefix && $protnum ) {
677 :     $prev = ( $protnum > 1 ) && $fig->translatable( $prefix . ($protnum-1) );
678 :     $next = $fig->translatable( $prefix . ($protnum+1) );
679 :     }
680 : efrank 1.1
681 : golsen 1.34 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"),
682 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
683 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
684 : golsen 1.34 $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
685 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
686 : golsen 1.34 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
687 : golsen 1.18 " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
688 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
689 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
690 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
691 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
692 : golsen 1.34 $cgi->br,
693 :     $prev ? $cgi->submit('previous PEG') : (),
694 :     $cgi->submit('resubmit'),
695 :     $cgi->submit('more similarities'),
696 :     $next ? $cgi->submit('next PEG') : (),
697 :     $cgi->end_form
698 :     );
699 : efrank 1.1
700 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr );
701 : efrank 1.1
702 : golsen 1.18 my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
703 :     my @sims = $fig->sims( $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
704 : efrank 1.1
705 :     if (@sims)
706 :     {
707 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
708 :     -nolabels => 1,
709 : efrank 1.8 -override => 1,
710 : efrank 1.1 -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
711 :    
712 :     my $target = "window$$";
713 : redwards 1.37 # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
714 : golsen 1.18 push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
715 :     -target => $target,
716 : redwards 1.37 -action => 'fid_checked.cgi',
717 :     -name => 'fid_checked'
718 : golsen 1.18 ),
719 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
720 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
721 :     $cgi->br,
722 :     "For Selected (checked) sequences: ",
723 :     $cgi->submit('align'),
724 :     $cgi->submit('view annotations'),
725 :     $cgi->submit('show regions')
726 :     );
727 : overbeek 1.11
728 :     if ($user)
729 : golsen 1.18 { my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
730 : overbeek 1.11 push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
731 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
732 :     $cgi->br, $cgi->br,
733 :     $cgi->submit('assign/annotate')
734 :     );
735 :    
736 : efrank 1.1 if ($cgi->param('translate'))
737 :     {
738 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
739 :     $cgi->submit('check rules'),
740 :     $cgi->br
741 :     );
742 : efrank 1.1 }
743 :     }
744 :    
745 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->br,
746 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
747 :     -value => $peg,
748 :     -override => 1,
749 :     -checked => 1,
750 :     -label => ""
751 :     )
752 :     );
753 :    
754 :     my $col_hdrs;
755 : golsen 1.18 my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
756 : overbeek 1.11 if ($user && $cgi->param('translate'))
757 :     {
758 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
759 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
760 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
761 :     );
762 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
763 :     $expand_groups ? "family" : (),
764 :     $expand_groups ? "size" : (),
765 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
766 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
767 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
768 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
769 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
770 : overbeek 1.11 "Function",
771 :     "Organism",
772 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
773 : overbeek 1.11 ];
774 :     }
775 :     elsif ($user)
776 :     {
777 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
778 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
779 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
780 :     );
781 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
782 :     $expand_groups ? "family" : (),
783 :     $expand_groups ? "size" : (),
784 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
785 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
786 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
787 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
788 : overbeek 1.11 "ASSIGN from",
789 :     "Function",
790 :     "Organism",
791 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
792 : overbeek 1.11 ];
793 :     }
794 :     else
795 : efrank 1.1 {
796 : overbeek 1.11 push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
797 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
798 : golsen 1.18 $expand_groups ? "family" : (),
799 :     $expand_groups ? "size" : (),
800 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
801 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
802 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
803 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
804 : overbeek 1.11 "Function",
805 :     "Organism",
806 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
807 : overbeek 1.11 ];
808 : efrank 1.1 }
809 :    
810 : redwards 1.37 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
811 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
812 :    
813 :    
814 : golsen 1.18 #
815 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
816 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
817 :     #
818 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
819 :    
820 :     my $ncol = @$col_hdrs;
821 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
822 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
823 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
824 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
825 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
826 :     );
827 :    
828 :     # Add the table data, row-by-row
829 : overbeek 1.11
830 : golsen 1.18 my $alia = ! $hide_alias;
831 : overbeek 1.11 my $sim;
832 :     foreach $sim ( @sims )
833 : efrank 1.1 {
834 : golsen 1.18 my $id2 = $sim->id2;
835 : overbeek 1.29 if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/))
836 :     {
837 :     shift @from;
838 :     next;
839 :     }
840 : golsen 1.18 my $cbox = $fig->translatable($id2) ?
841 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
842 : overbeek 1.11
843 : golsen 1.18 my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
844 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = $fig->in_family($id2)))
845 : efrank 1.1 {
846 : golsen 1.18 $sz = $fig->sz_family($family);
847 :     $funcF = html_enc( $fig->family_function($family) );
848 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
849 : efrank 1.1 }
850 :     else
851 :     {
852 : golsen 1.18 $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
853 : efrank 1.1 }
854 :    
855 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
856 : golsen 1.18 chomp $id2_link;
857 :     my $psc = $sim->psc;
858 : overbeek 1.30 my $iden = $sim->iden;
859 : golsen 1.18 my $ln1 = $sim->ln1;
860 :     my $ln2 = $sim->ln2;
861 :     my $b1 = $sim->b1;
862 :     my $e1 = $sim->e1;
863 :     my $b2 = $sim->b2;
864 :     my $e2 = $sim->e2;
865 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
866 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
867 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
868 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
869 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
870 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
871 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
872 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user ) );
873 : redwards 1.37 ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
874 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
875 :     my $color3="#FFFFFF";
876 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
877 :    
878 : golsen 1.18 if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
879 : golsen 1.32
880 :     #
881 :     # Colorize organisms:
882 :     #
883 :     # my $org = html_enc( $fig->org_of( $id2 ) );
884 :     my ($org,$oc) = $fig->org_and_color_of( $id2 );
885 :     $org = html_enc( $org );
886 :    
887 : golsen 1.18 my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id2) ) )
888 :     : undef;
889 :    
890 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
891 :    
892 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
893 : golsen 1.32 #
894 :     # Colorize check box by Domain
895 :     #
896 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
897 : golsen 1.18 $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
898 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
899 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
900 : overbeek 1.30 "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
901 : golsen 1.18 "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
902 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
903 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
904 : redwards 1.37 "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
905 : golsen 1.32 #
906 :     # Colorize organism by Domain
907 :     #
908 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
909 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
910 : golsen 1.18 $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
911 :     "\t</TR>\n"
912 : overbeek 1.11 );
913 : efrank 1.1 }
914 : overbeek 1.11
915 : golsen 1.18 push( @$html, "</TABLE>\n" );
916 :     push( @$html, $cgi->end_form );
917 : efrank 1.1 }
918 :     }
919 :    
920 : golsen 1.18 #
921 :     # Support functions for writing the similarities
922 :     #
923 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
924 :     #
925 :    
926 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
927 :    
928 :     #
929 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
930 :     # matching region.
931 :     #
932 :     # Left side is red; right side is blue.
933 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
934 :     #
935 :    
936 :     sub match_color {
937 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
938 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
939 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
940 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
941 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
942 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
943 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
944 :     my $br = 1;
945 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
946 :     }
947 :    
948 :     #
949 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
950 :     #
951 :    
952 :     sub hsb2rgb {
953 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
954 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
955 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
956 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
957 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
958 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
959 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
960 :     )
961 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
962 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
963 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
964 :     );
965 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
966 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
967 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
968 :     )
969 :     }
970 :    
971 :     #
972 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
973 :     #
974 :    
975 :     sub rgb2html {
976 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
977 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
978 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
979 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
980 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
981 :     }
982 :    
983 :     #
984 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
985 :     #
986 :    
987 :     sub floor {
988 :     my $x = $_[0];
989 :     defined( $x ) || return undef;
990 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
991 :     }
992 :    
993 :    
994 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
995 :    
996 :     sub print_context {
997 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
998 :     my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
999 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
1000 :    
1001 : overbeek 1.41
1002 :     my $user = $cgi->param('user');
1003 :     push(@$html,$cgi->start_form(-action => &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"),
1004 :     $cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg),
1005 : overbeek 1.44 $cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1),
1006 : overbeek 1.41 $cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1007 :    
1008 : efrank 1.1 $why_related = "";
1009 :     my %in_cluster = map { $_ => 1 } $fig->in_cluster_with($peg);;
1010 :    
1011 : overbeek 1.41 my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","req.<br>in<br>pin","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
1012 : efrank 1.1 my($tab) = [];
1013 :     my $genes = [];
1014 :    
1015 :     my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
1016 :    
1017 :     my($role,$role1,%related_roles);
1018 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($peg_function))
1019 :     {
1020 :     foreach $role1 ($fig->neighborhood_of_role($role))
1021 :     {
1022 :     $related_roles{$role1} = 1;
1023 :     }
1024 :     }
1025 :    
1026 :     foreach $fid1 (@$feat)
1027 :     {
1028 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
1029 : golsen 1.39 $aliases = join( ', ', $fig->feature_aliases($fid1) );
1030 : overbeek 1.6 ($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid1));;
1031 : efrank 1.1 $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1032 :    
1033 :     if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1034 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1035 :     else { $color = "red" }
1036 :    
1037 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/)
1038 :     {
1039 :     $n = $1;
1040 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
1041 :     }
1042 :     elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/)
1043 :     {
1044 :     $n = uc $1;
1045 :     $link = "";
1046 :     }
1047 :     else
1048 :     {
1049 :     $n ="";
1050 :     $link = "";
1051 :     }
1052 :    
1053 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),&FIG::max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link]);
1054 :     if ($max_so_far)
1055 :     {
1056 :     $gap = (&FIG::min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1057 :     }
1058 :     else
1059 :     {
1060 :     $gap = "";
1061 :     }
1062 :     $max_so_far = &FIG::max($beg1,$end1);
1063 :    
1064 :    
1065 :     $in_neighborhood = "";
1066 :     if (&FIG::ftype($fid1) eq "peg")
1067 :     {
1068 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig,$fid1,$user);
1069 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($comment))
1070 :     {
1071 :     if ($related_roles{$role})
1072 :     {
1073 :     $in_neighborhood = "*";
1074 :     }
1075 :     }
1076 :     }
1077 :     else
1078 :     {
1079 :     $comment = "";
1080 :     }
1081 :     $comment = &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($fid1),$comment);
1082 : overbeek 1.17 if ($fid1 eq $peg)
1083 :     {
1084 : overbeek 1.20 $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1085 : overbeek 1.17 }
1086 : efrank 1.1 $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1087 :    
1088 : overbeek 1.42 my $must_have = (($fid1 eq $peg) || (! $fc)) ? "" : $cgi->checkbox(-name => 'must_have',
1089 :     -value => $fid1,
1090 :     -checked => 0,
1091 :     -override => 1,
1092 :     -label => "");
1093 : overbeek 1.41
1094 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,
1095 :     $must_have,
1096 :     $fc,$in_neighborhood,
1097 : overbeek 1.33 $comment,&HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),$why_related]);
1098 : efrank 1.1 }
1099 :     $map = ["",$beg,$end,$genes];
1100 :     $gg = [$map];
1101 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1102 : overbeek 1.41 push(@$html,$cgi->br,$cgi->submit('pin with checked genes'),$cgi->end_form,$cgi->br);
1103 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1104 : efrank 1.1 return;
1105 :     }
1106 :    
1107 :     sub assign_link {
1108 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1109 :     my($assign_url,$assign_link);
1110 :    
1111 :     if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func)))
1112 :     {
1113 :     $cgi->delete('request');
1114 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1115 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1116 :     }
1117 :     else
1118 :     {
1119 :     $assign_link = "";
1120 :     }
1121 :     return $assign_link;
1122 :     }
1123 :    
1124 :     sub pin_link {
1125 :     my($cgi,$peg) = @_;
1126 :     my $user = $cgi->param('user');
1127 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1128 :    
1129 : overbeek 1.44 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user&uni=1";
1130 : efrank 1.1 my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1131 :     return $cluster_link;
1132 :     }
1133 :    
1134 :     sub set_map_links {
1135 :     my($fig,$org,$func) = @_;
1136 :    
1137 :     if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/)
1138 :     {
1139 :     my $before = $1;
1140 :     my $ec = $2;
1141 :     my $after = $3;
1142 :     return &set_map_links($fig,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig,$org,$ec) . &set_map_links($fig,$org,$after);
1143 :     }
1144 :     return $func;
1145 :     }
1146 :    
1147 :     sub set_ec_to_maps {
1148 :     my($fig,$org,$ec) = @_;
1149 :    
1150 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1151 :     if (@maps > 0)
1152 :     {
1153 :     $cgi->delete('request');
1154 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1155 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1156 :     return $link;
1157 :     }
1158 :     return $ec;
1159 :     }
1160 :    
1161 :     sub show_ec_to_maps {
1162 :     my($fig,$cgi,$html,$ec) = @_;
1163 :    
1164 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1165 :     if (! $ec)
1166 :     {
1167 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1168 :     return;
1169 :     }
1170 :    
1171 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1172 :     if (@maps > 0)
1173 :     {
1174 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1175 :     my $map;
1176 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),$fig->map_name($map)] } @maps];
1177 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . $fig->ec_name($ec)));
1178 :     }
1179 :     }
1180 :    
1181 :     sub map_link {
1182 :     my($cgi,$map) = @_;
1183 :    
1184 :     $cgi->delete('request');
1185 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1186 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1187 :     return $link;
1188 :     }
1189 :    
1190 :     sub link_to_map {
1191 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
1192 :    
1193 :     my $map = $cgi->param('map');
1194 :     if (! $map)
1195 :     {
1196 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1197 :     return;
1198 :     }
1199 :    
1200 :     my $org = $cgi->param('org');
1201 :     if (! $org)
1202 :     {
1203 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1204 :     return;
1205 :     }
1206 :     my$user = $cgi->param('user');
1207 :     $user = $user ? $user : "";
1208 :    
1209 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1210 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1211 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1212 :     &HTML::trim_output(\@out);
1213 :     push(@$html,@out);
1214 :     }
1215 :    
1216 :     sub aa_sequence {
1217 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1218 :     my($seq,$func,$i);
1219 :    
1220 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1221 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->get_translation($prot))
1222 :     {
1223 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1224 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1225 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1226 :     {
1227 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1228 :     {
1229 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1230 :     }
1231 :     else
1232 :     {
1233 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1234 :     }
1235 :     }
1236 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1237 :     }
1238 :     else
1239 :     {
1240 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1241 :     }
1242 :     }
1243 :    
1244 :     sub dna_sequence {
1245 :     my($fig,$cgi,$html,$fid) = @_;
1246 :     my($seq,$func,$i);
1247 :    
1248 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1249 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($fid),scalar $fig->feature_location($fid)))
1250 :     {
1251 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1252 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1253 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1254 :     {
1255 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1256 :     {
1257 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1258 :     }
1259 :     else
1260 :     {
1261 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1262 :     }
1263 :     }
1264 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1265 :     }
1266 :     else
1267 :     {
1268 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1269 :     }
1270 :     }
1271 :    
1272 :     sub show_fusions {
1273 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1274 :    
1275 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1276 :     $user = $user ? $user : "";
1277 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1278 : overbeek 1.22 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user";
1279 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1280 :     print join("",@out);
1281 :     exit;
1282 : overbeek 1.2 }
1283 :    
1284 :     sub print_compared_regions {
1285 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
1286 :    
1287 :     my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
1288 : overbeek 1.40
1289 : overbeek 1.2 if (@closest_pegs > 0)
1290 :     {
1291 :     if ($fig->possibly_truncated($peg))
1292 :     {
1293 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1294 :     }
1295 : overbeek 1.13 @closest_pegs = $fig->sort_fids_by_taxonomy(@closest_pegs);
1296 : overbeek 1.2 unshift(@closest_pegs,$peg);
1297 :     my @all_pegs = ();
1298 :     my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
1299 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
1300 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1301 : overbeek 1.35 ################################### add commentary capability
1302 :    
1303 :     my @commentary_form = ();
1304 :     my $ctarget = "window$$";
1305 :     my $user = $cgi->param('user');
1306 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
1307 :     -action => &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
1308 :     ));
1309 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
1310 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
1311 : overbeek 1.44 push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "uni", -value => 1));
1312 : overbeek 1.35 push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1313 :    
1314 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
1315 :     my($i,$map);
1316 :     @vals = ();
1317 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--)
1318 :     {
1319 :     my @vals1 = ();
1320 :     $map = $gg->[$i];
1321 :     my $found = 0;
1322 :     my $got_red = 0;
1323 :     undef %how_many;
1324 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1325 :     {
1326 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey")
1327 :     {
1328 :     $n = $gene->[4];
1329 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
1330 :     $how_many{$n}++;
1331 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
1332 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
1333 :     push(@vals1,$val);
1334 :     $found++;
1335 :     }
1336 :     }
1337 :    
1338 :     if (! $got_red)
1339 :     {
1340 :     splice(@$gg,$i,1);
1341 :     }
1342 :     else
1343 :     {
1344 :     push(@vals,@vals1);
1345 :     }
1346 :     }
1347 :    
1348 :     if (@$gg == 0)
1349 :     {
1350 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
1351 :     }
1352 :     else
1353 :     {
1354 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
1355 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
1356 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
1357 :     push(@$html,@commentary_form);
1358 :     }
1359 :     ################################################################end commentary
1360 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1361 :     }
1362 :     }
1363 :    
1364 :     sub closest_pegs {
1365 :     my($fig,$peg,$n) = @_;
1366 :     my($id2,$d,$peg2,$i);
1367 :    
1368 :     my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } $fig->sims($peg,5,1.0e-20,"all");
1369 :    
1370 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1371 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1372 : overbeek 1.3 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} $fig->in_pch_pin_with($peg);
1373 : overbeek 1.2 my $g1 = &FIG::genome_of($peg);
1374 :     @pinned_to =
1375 :     map {$_->[1] }
1376 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1377 :     map { $peg2 = $_; $d = $fig->crude_estimate_of_distance($g1,&FIG::genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1378 :     @pinned_to;
1379 :    
1380 :     for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++)
1381 :     {
1382 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1383 :     }
1384 :     return return keys(%closest);
1385 :     }
1386 :    
1387 :     sub build_maps {
1388 :     my($fig,$pinned_pegs,$all_pegs) = @_;
1389 :     my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1390 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1391 :    
1392 :     $gg = [];
1393 :     foreach $peg (@$pinned_pegs)
1394 :     {
1395 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
1396 :     ($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
1397 :     if ($contig && $beg && $end)
1398 :     {
1399 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1400 :     $min = $mid - 8000;
1401 :     $max = $mid + 8000;
1402 :     $genes = [];
1403 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1404 :     foreach $fid (@$feat)
1405 :     {
1406 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &FIG::boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid));
1407 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1408 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1409 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),
1410 :     &FIG::max($beg1,$end1),
1411 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1412 :     "grey",
1413 :     "",
1414 :     $fid]);
1415 :    
1416 :     if ($fid =~ /peg/)
1417 :     {
1418 :     push(@$all_pegs,$fid);
1419 :     }
1420 :     }
1421 :     $map = [&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),0,$max+1-$min,
1422 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1423 :     push(@$gg,$map);
1424 :     }
1425 :     }
1426 : overbeek 1.40
1427 :     my(%seen,$abbr);
1428 :     foreach $map (@$gg)
1429 :     {
1430 :     $abbr = $map->[0];
1431 :     if (defined($seen{$abbr}))
1432 :     {
1433 :     $seen{$abbr}++;
1434 :     $map->[0] = substr($map->[0],0,10) . "\*$seen{$abbr}";
1435 :     }
1436 :     else
1437 :     {
1438 :     $seen{$abbr} = 0;
1439 :     }
1440 :     }
1441 : overbeek 1.2 return $gg;
1442 :     }
1443 :    
1444 :     sub in {
1445 :     my($x,$xL) = @_;
1446 :     my($i);
1447 :    
1448 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1449 :     return ($i < @$xL);
1450 :     }
1451 :    
1452 :     sub in_bounds {
1453 :     my($min,$max,$x) = @_;
1454 :    
1455 :     if ($x < $min) { return $min }
1456 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1457 :     else { return $x }
1458 :     }
1459 :    
1460 :     sub decr_coords {
1461 :     my($genes,$min) = @_;
1462 :     my($gene);
1463 :    
1464 :     foreach $gene (@$genes)
1465 :     {
1466 :     $gene->[0] -= $min;
1467 :     $gene->[1] -= $min;
1468 :     }
1469 :     return $genes;
1470 :     }
1471 :    
1472 :     sub flip_map {
1473 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1474 :     my($gene);
1475 :    
1476 :     foreach $gene (@$genes)
1477 :     {
1478 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1479 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1480 :     }
1481 :     return $genes;
1482 :     }
1483 :    
1484 :     sub cluster_genes {
1485 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1486 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1487 :    
1488 :     my @color_sets = ();
1489 :    
1490 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1491 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1492 :     {
1493 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1494 :     if (! $seen{$i})
1495 :     {
1496 :     $cluster = [$i];
1497 :     $seen{$i} = 1;
1498 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++)
1499 :     {
1500 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1501 :     foreach $k (@$x)
1502 :     {
1503 :     if (! $seen{$k})
1504 :     {
1505 :     push(@$cluster,$k);
1506 :     $seen{$k} = 1;
1507 :     }
1508 :     }
1509 :     }
1510 :    
1511 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI))
1512 :     {
1513 :     push(@color_sets,$cluster);
1514 :     }
1515 :     }
1516 :     }
1517 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1518 :     $red_set = $color_sets[$i];
1519 :     splice(@color_sets,$i,1);
1520 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1521 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1522 :    
1523 :     my $color_sets = {};
1524 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++)
1525 :     {
1526 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]})
1527 :     {
1528 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1529 :     }
1530 :     }
1531 :     return $color_sets;
1532 :     }
1533 :    
1534 :     sub get_connections_by_similarity {
1535 :     my($all_pegs) = @_;
1536 : overbeek 1.40 my($i,$j,$tmp,$peg,%pos_of);
1537 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1538 : overbeek 1.2
1539 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1540 :     {
1541 : overbeek 1.5 $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
1542 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1543 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i])
1544 : overbeek 1.2 {
1545 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1546 :     }
1547 :     }
1548 :    
1549 : overbeek 1.40 foreach $y (keys(%pos_of))
1550 :     {
1551 :     $x = $pos_of{$y};
1552 :     for ($i=0; ($i < @$x); $i++)
1553 :     {
1554 :     for ($j=$i+1; ($j < @$x); $j++)
1555 :     {
1556 :     push(@{$conn{$x->[$i]}},$x->[$j]);
1557 :     push(@{$conn{$x->[$j]}},$x->[$i]);
1558 :     }
1559 :     }
1560 :     }
1561 :    
1562 : overbeek 1.2 for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1563 :     {
1564 :     foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))
1565 :     {
1566 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2}))
1567 :     {
1568 :     foreach $y (@$x)
1569 :     {
1570 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1571 :     }
1572 :     }
1573 :     }
1574 :     }
1575 :     return \%conn;
1576 :     }
1577 :    
1578 :     sub set_colors_text_and_links {
1579 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1580 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1581 :    
1582 :     foreach $map (@$gg)
1583 :     {
1584 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1585 :     {
1586 :     $peg = $gene->[5];
1587 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg}))
1588 :     {
1589 : overbeek 1.35 $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
1590 : overbeek 1.2 $gene->[4] = $color + 1;
1591 :     }
1592 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1593 :     }
1594 :     }
1595 :     }
1596 :    
1597 :     sub peg_url {
1598 :     my($cgi,$peg) = @_;
1599 :    
1600 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1601 :     $cgi->delete('prot');
1602 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1603 :     $cgi->delete('prot');
1604 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1605 :    
1606 :     return $url;
1607 :     }
1608 :    
1609 :     sub possible_extensions {
1610 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1611 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1612 :    
1613 :     $g = &FIG::genome_of($peg);
1614 :    
1615 :     foreach $peg1 (@$closest_pegs)
1616 :     {
1617 :     if ($g ne &FIG::genome_of($peg1))
1618 :     {
1619 :     foreach $sim ($fig->sims($peg1,500,1.0e-5,"all"))
1620 :     {
1621 :     $id2 = $sim->id2;
1622 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && $fig->possibly_truncated($id2))
1623 :     {
1624 :     $poss{$id2} = 1;
1625 :     }
1626 :     }
1627 :     }
1628 :     }
1629 :     return keys(%poss);
1630 : efrank 1.1 }

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