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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.39 - (view) (download)

1 : efrank 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     use HTML;
5 :     use strict;
6 :     use GenoGraphics;
7 :     use CGI;
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :    
10 :     if (0)
11 :     {
12 :     print $cgi->header;
13 :     my @params = $cgi->param;
14 :     print "<pre>\n";
15 :     foreach $_ (@params)
16 :     {
17 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
18 :     }
19 :     exit;
20 :     }
21 :    
22 :     my $html = [];
23 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
24 : efrank 1.1
25 :     my $prot = $cgi->param('prot');
26 :     if (! $prot)
27 :     {
28 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
29 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
30 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
31 :     exit;
32 :     }
33 : golsen 1.34
34 :     if ($prot !~ /^fig\|/)
35 : overbeek 1.16 {
36 :     if ($_ = $fig->by_alias($prot))
37 :     {
38 :     $prot = $_;
39 :     }
40 :     else
41 :     {
42 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
43 : overbeek 1.16 push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
44 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
45 :     exit;
46 :     }
47 :     }
48 : efrank 1.1
49 : golsen 1.34 #
50 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
51 :     #
52 :    
53 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
54 :     if ( $adjust ) {
55 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
56 :     if ( $prefix && $protnum ) {
57 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
58 :     if ( $fig->translatable( $prot2 ) ) {
59 :     $prot = $prot2;
60 :     $cgi->delete('prot');
61 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
62 :     }
63 :     }
64 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
65 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
66 :     }
67 :    
68 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
69 :    
70 :     if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig,$cgi,$html,$prot); }
71 : overbeek 1.11 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
72 : overbeek 1.15 elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
73 : overbeek 1.11 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
74 :     elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
75 :     elsif ($request eq "fast_assign") { &make_assignment($fig,$cgi,$html,$prot); }
76 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig,$cgi,$html,$prot); }
77 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig,$cgi,$html); }
78 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig,$cgi,$html); }
79 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig,$cgi,$html,$prot); }
80 :     else { &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot); }
81 : efrank 1.1
82 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
83 : overbeek 1.11 exit;
84 :    
85 :     #==============================================================================
86 :     # use_protein_tool
87 :     #==============================================================================
88 : efrank 1.1
89 :     sub use_protein_tool {
90 : golsen 1.34 my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
91 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
92 :    
93 :     my $seq = $fig->get_translation($prot);
94 :     if (! $seq)
95 :     {
96 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
97 : efrank 1.1 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
98 :     return;
99 :     }
100 :     my $protQ = quotemeta $prot;
101 :    
102 :     my $tool = $cgi->param('tool');
103 :     $/ = "\n//\n";
104 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
105 :     if (@tools == 1)
106 :     {
107 :     chomp $tools[0];
108 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
109 :     my $args = [];
110 :     foreach $line (@args)
111 :     {
112 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
113 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
114 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
115 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
116 :     push(@$args,[$name,$val]);
117 :     }
118 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
119 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
120 :     }
121 :     }
122 :    
123 : overbeek 1.11 #==============================================================================
124 :     # make_assignment
125 :     #==============================================================================
126 :    
127 : efrank 1.1 sub make_assignment {
128 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
129 :     my($userR);
130 :    
131 :     my $function = $cgi->param('func');
132 :     my $user = $cgi->param('user');
133 :    
134 :     if ($function && $user && $prot)
135 :     {
136 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
137 :     {
138 :     $userR = $1;
139 :     $fig->assign_function($prot,"master",$function,"");
140 :     $fig->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
141 :     }
142 :     else
143 :     {
144 :     $fig->assign_function($prot,$user,$function,"");
145 :     $fig->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");
146 :     }
147 :     }
148 :     $cgi->delete("request");
149 :     $cgi->delete("func");
150 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
151 :     }
152 :    
153 : overbeek 1.11 #==============================================================================
154 :     # view_annotations
155 :     #==============================================================================
156 :    
157 : efrank 1.1 sub view_annotations {
158 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
159 :    
160 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
161 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
162 : overbeek 1.9 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } $fig->feature_annotations($prot) ];
163 : efrank 1.1 if (@$tab > 0)
164 :     {
165 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
166 :     }
167 :     else
168 :     {
169 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
170 :     }
171 :     }
172 :    
173 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
174 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
175 :     my($ann);
176 :    
177 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
178 : overbeek 1.15 if ($fig->is_real_feature($peg))
179 :     {
180 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
181 :     my @related = $fig->related_by_func_sim($peg,$cgi->param('user'));
182 :     push(@related,$peg);
183 :    
184 :     my @annotations = $fig->merged_related_annotations(\@related);
185 :    
186 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
187 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
188 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($ann->[0])),
189 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
190 :     ] } @annotations];
191 :     if (@$tab > 0)
192 :     {
193 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
194 :     }
195 :     else
196 :     {
197 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
198 :     }
199 :     }
200 :     }
201 :    
202 : overbeek 1.11 #==============================================================================
203 :     # show_coupling_evidence
204 :     #==============================================================================
205 :    
206 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
207 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
208 :     my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
209 :    
210 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
211 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
212 :     my $to = $cgi->param('to');
213 : overbeek 1.24 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,2,"keep");
214 : efrank 1.1
215 :     if (@coup != 1)
216 :     {
217 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
218 :     }
219 :     else
220 :     {
221 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
222 :     my $tab = [];
223 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]})
224 :     {
225 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
226 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
227 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
228 : overbeek 1.11 push( @$tab, [ $link1,
229 :     $fig->org_of($peg1),
230 :     scalar $fig->function_of($peg1,$user),
231 :     $link2,
232 :     $fig->org_of($peg2),
233 :     scalar $fig->function_of($peg2,$user)
234 :     ]
235 :     );
236 : efrank 1.1 }
237 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
238 :     }
239 :     }
240 :    
241 : overbeek 1.11 #==============================================================================
242 :     # psi_blast_prot_sequence
243 :     #==============================================================================
244 :    
245 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
246 :     my($fig,$cgi,$prot_id) = @_;
247 :     }
248 :    
249 : overbeek 1.11 #==============================================================================
250 :     # show_initial
251 :     #==============================================================================
252 :    
253 : efrank 1.1 sub show_initial {
254 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
255 :    
256 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
257 : efrank 1.1 my $gs = $fig->org_of($prot);
258 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/)
259 :     {
260 : overbeek 1.36 if (! $fig->is_real_feature($prot))
261 :     {
262 :     push(@$html,"<h1>Sorry, $prot is an unknown identifier</h1>\n");
263 : overbeek 1.11 }
264 :     else
265 :     {
266 : overbeek 1.36 push(@$html,"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
267 :     my $msg;
268 :     my $url = $cgi->self_url();
269 :     if ($cgi->param('translate')) {
270 :     $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
271 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
272 :     }
273 :     else
274 :     {
275 :     $url .= ";translate=1";
276 :     $msg = "Translate Function Assignments";
277 :     }
278 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
279 :    
280 :     &display_peg($fig,$cgi,$html,$prot);
281 : overbeek 1.11 }
282 : efrank 1.1 }
283 :     else
284 :     {
285 :     # &display_external($fig,$cgi,$html,$prot);
286 :     }
287 :     }
288 :    
289 : overbeek 1.11 #==============================================================================
290 :     # display_peg
291 :     #==============================================================================
292 :    
293 : efrank 1.1 sub display_peg {
294 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
295 :     my $loc;
296 :    
297 :     my $half_sz = 5000;
298 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
299 :     my @fc_data;
300 :     if ($fc)
301 :     {
302 : overbeek 1.24 @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,2,"keep");
303 : overbeek 1.10 }
304 :     else
305 :     {
306 :     @fc_data = ();
307 :     }
308 : efrank 1.1
309 :     if ($loc = $fig->feature_location($peg))
310 :     {
311 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
312 :     my $min = &FIG::max(0,&FIG::min($beg,$end) - $half_sz);
313 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $half_sz;
314 :     my($feat,$min,$max) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
315 :    
316 :     &print_context($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$min,$max);
317 :     }
318 :    
319 :     &print_assignments($fig,$cgi,$html,$peg);
320 :    
321 :     push(@$html,$cgi->hr);
322 : overbeek 1.15 my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
323 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
324 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
325 : efrank 1.1
326 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
327 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
328 :    
329 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
330 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
331 :    
332 :     $link = $cgi->url();
333 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
334 :     my $user = $cgi->param('user');
335 :     if (! $user)
336 :     {
337 :     $user = "";
338 :     }
339 :     else
340 :     {
341 :     $link = $link . "?fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
342 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
343 :     }
344 :    
345 :     if ((! $fc) && ($fig->feature_location($peg)))
346 :     {
347 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
348 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
349 :     }
350 :     elsif ($fc)
351 :     {
352 : overbeek 1.10 &print_fc($fig,$cgi,$html,$peg,\@fc_data);
353 : efrank 1.1 }
354 :    
355 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
356 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
357 :    
358 :     my $has_translation = $fig->translatable($peg);
359 : overbeek 1.2 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation)
360 :     {
361 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
362 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
363 :     }
364 :     elsif ($cgi->param('compare_region'))
365 :     {
366 :     &print_compared_regions($fig,$cgi,$html,$peg);
367 :     }
368 :    
369 : overbeek 1.11 my $sims = $cgi->param('sims');
370 : efrank 1.1 if ((! $sims) && $has_translation)
371 :     {
372 : golsen 1.18 my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
373 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
374 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
375 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
376 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
377 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
378 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
379 :    
380 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
381 : overbeek 1.12 if ($cgi->param('translate'))
382 :     {
383 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
384 :     }
385 :     push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
386 : overbeek 1.11 $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
387 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
388 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
389 :     $cgi->submit('Similarities'),
390 : golsen 1.18 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
391 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
392 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
393 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
394 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
395 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
396 : overbeek 1.11 $cgi->end_form
397 :     );
398 : efrank 1.1 }
399 :     elsif ($sims)
400 :     {
401 :     &print_similarities($fig,$cgi,$html,$peg);
402 :     }
403 :    
404 :     if ($has_translation)
405 :     {
406 :     &show_tools($fig,$cgi,$html,$peg);
407 :     }
408 :     }
409 :    
410 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
411 :    
412 :     sub show_tools {
413 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
414 :    
415 :     $cgi->param(-name => "request",
416 :     -value => "use_protein_tool");
417 :     my $url = $cgi->self_url();
418 :    
419 :     if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools"))
420 :     {
421 :     push(@$html,$cgi->hr);
422 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
423 :     my $tab = [];
424 :    
425 :     $/ = "\n//\n";
426 :     while (defined($_ = <TMP>))
427 :     {
428 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
429 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
430 :     }
431 :     close(TMP);
432 :     $/ = "\n";
433 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
434 :     }
435 :     $cgi->delete('request');
436 :     }
437 :    
438 :     ################# Functional Coupling ############################
439 :    
440 :     sub print_fc {
441 : overbeek 1.10 my($fig,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
442 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
443 :    
444 :     my $user = $cgi->param('user');
445 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
446 :     [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar $fig->function_of($neigh,$user)]
447 :     }
448 : overbeek 1.10 @$fc_data;
449 : efrank 1.1 if (@tab > 0)
450 :     {
451 :     push(@$html,"<hr>\n");
452 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
453 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
454 :     }
455 :     }
456 :    
457 :     sub ev_link {
458 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
459 :    
460 :     my $prot = $cgi->param('prot');
461 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
462 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
463 :     }
464 :    
465 :     ################# Assignments ############################
466 :    
467 :     sub trans_function_of {
468 :     my($cgi,$fig,$peg,$user) = @_;
469 :    
470 :     if (wantarray())
471 :     {
472 :     my $x;
473 :     my @funcs = $fig->function_of($peg);
474 :     if ($cgi->param('translate'))
475 :     {
476 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = $fig->translate_function($x->[1]); $x } @funcs;
477 :     }
478 :     return @funcs;
479 :     }
480 :     else
481 :     {
482 :     my $func = $fig->function_of($peg,$user);
483 :     if ($cgi->param('translate'))
484 :     {
485 :     $func = $fig->translate_function($func);
486 :     }
487 :     return $func;
488 :     }
489 :     }
490 :    
491 :     sub print_assignments {
492 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
493 :     my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
494 :    
495 :     my $user = $cgi->param('user');
496 :     my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig,$peg);
497 :    
498 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
499 :     if ($i < @funcs)
500 :     {
501 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
502 :     }
503 :     else
504 :     {
505 :     $master_func = "";
506 :     }
507 :    
508 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
509 :     if ($i < @funcs)
510 :     {
511 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
512 :     }
513 :     else
514 :     {
515 :     $user_func = $master_func;
516 :     }
517 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
518 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
519 :     @funcs = ();
520 :     foreach $id (@maps_to)
521 :     {
522 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig,$id)) && (@tmp > 0))
523 :     {
524 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
525 :     }
526 :     }
527 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
528 :     push(@$html,"<hr>\n");
529 :    
530 :     if ((@funcs == 0) && (! $user_func))
531 :     {
532 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
533 :     }
534 : overbeek 1.25
535 :     my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),$fig->org_of($id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
536 :     if (@$tab > 0)
537 : efrank 1.1 {
538 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
539 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
540 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
541 :     }
542 :    
543 : overbeek 1.26
544 : overbeek 1.38
545 :     my @attr = $fig->feature_attributes($peg);
546 :     if (@attr > 0)
547 :     {
548 :     my $tab = [];
549 :     foreach $_ (@attr)
550 :     {
551 :     my($tag,$val,$url) = @$_;
552 :     push(@$tab,[$tag,"<a href=\"$url\">$val</a>"]);
553 :     }
554 :     push(@$html,$cgi->br,$cgi->hr,&HTML::make_table(["Key","Value"],$tab,"Attributes"),$cgi->hr);
555 :     }
556 :    
557 : olson 1.28 #
558 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
559 :     #
560 :    
561 :     if (my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($peg))
562 :     {
563 :     push(@$html,
564 :     $cgi->hr,
565 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
566 :    
567 :     my(@hdrs);
568 :     my(@table);
569 :    
570 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
571 :    
572 :     for my $ent (@subsystems)
573 :     {
574 :     my($sub, $role) = @$ent;
575 :     my $url = $cgi->a({href => "ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
576 :     push(@table, [$url, $role]);
577 :     }
578 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
579 :     }
580 :    
581 : overbeek 1.26 push(@$html,$cgi->hr);
582 : overbeek 1.31
583 :     my @links = $fig->peg_links($peg);
584 :     if (@links > 0)
585 : overbeek 1.25 {
586 : overbeek 1.31 my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
587 : overbeek 1.25 my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
588 : overbeek 1.31 my $tab = [];
589 :     my ($n,$i);
590 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5)
591 :     {
592 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
593 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
594 :     }
595 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
596 : overbeek 1.25 }
597 :    
598 : overbeek 1.26 my $url = &FIG::cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
599 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
600 :    
601 : efrank 1.1 # $_ = join("",map { $_->[1] } @funcs);
602 :     # @ecs = ($_ =~ /\d\.\d+\.\d+\.\d+/g);
603 :     # foreach $ec (@ecs)
604 :     # {
605 :     # my $kegg_link = &HTML::kegg_link($ec);
606 :     # push(@$html,"<br>$kegg_link<br>\n");
607 :     # }
608 :     }
609 :    
610 :    
611 :    
612 :     ################# Similarities ############################
613 :    
614 :    
615 :     sub print_similarities {
616 : golsen 1.34 my( $fig, $cgi, $html, $peg ) = @_;
617 :     my( $maxN, $maxP, $expand_groups, $ex_checked );
618 : efrank 1.1
619 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
620 : efrank 1.1 my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
621 :    
622 : golsen 1.18 $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 5;
623 :     $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
624 :     $expand_groups = $cgi->param('expand_groups');
625 :     $ex_checked = $expand_groups ? "checked" : "";
626 :    
627 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 0;
628 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
629 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
630 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
631 : efrank 1.1
632 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr,
633 :     "<a name=Similarities>",
634 :     $cgi->h1('Similarities'),
635 :     "</a>\n"
636 :     );
637 :    
638 :     #
639 :     # Instead of automatically doubling maxN, use the value of
640 :     # $cgi->param("more similarities") to drive increase in maxN and
641 :     # max_expand
642 :     #
643 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
644 :     $maxN *= 2;
645 :     $max_expand *= 2;
646 :     $cgi->delete('more similarities');
647 :     }
648 :    
649 :     my ( $prev, $next ) = ( 0, 0 );
650 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
651 :     if ( $prefix && $protnum ) {
652 :     $prev = ( $protnum > 1 ) && $fig->translatable( $prefix . ($protnum-1) );
653 :     $next = $fig->translatable( $prefix . ($protnum+1) );
654 :     }
655 : efrank 1.1
656 : golsen 1.34 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"),
657 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
658 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
659 : golsen 1.34 $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
660 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
661 : golsen 1.34 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
662 : golsen 1.18 " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
663 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
664 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
665 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
666 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
667 : golsen 1.34 $cgi->br,
668 :     $prev ? $cgi->submit('previous PEG') : (),
669 :     $cgi->submit('resubmit'),
670 :     $cgi->submit('more similarities'),
671 :     $next ? $cgi->submit('next PEG') : (),
672 :     $cgi->end_form
673 :     );
674 : efrank 1.1
675 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr );
676 : efrank 1.1
677 : golsen 1.18 my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
678 :     my @sims = $fig->sims( $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
679 : efrank 1.1
680 :     if (@sims)
681 :     {
682 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
683 :     -nolabels => 1,
684 : efrank 1.8 -override => 1,
685 : efrank 1.1 -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
686 :    
687 :     my $target = "window$$";
688 : redwards 1.37 # RAE: added a name to the form so tha the javascript works
689 : golsen 1.18 push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
690 :     -target => $target,
691 : redwards 1.37 -action => 'fid_checked.cgi',
692 :     -name => 'fid_checked'
693 : golsen 1.18 ),
694 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
695 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
696 :     $cgi->br,
697 :     "For Selected (checked) sequences: ",
698 :     $cgi->submit('align'),
699 :     $cgi->submit('view annotations'),
700 :     $cgi->submit('show regions')
701 :     );
702 : overbeek 1.11
703 :     if ($user)
704 : golsen 1.18 { my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
705 : overbeek 1.11 push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
706 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
707 :     $cgi->br, $cgi->br,
708 :     $cgi->submit('assign/annotate')
709 :     );
710 :    
711 : efrank 1.1 if ($cgi->param('translate'))
712 :     {
713 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
714 :     $cgi->submit('check rules'),
715 :     $cgi->br
716 :     );
717 : efrank 1.1 }
718 :     }
719 :    
720 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->br,
721 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
722 :     -value => $peg,
723 :     -override => 1,
724 :     -checked => 1,
725 :     -label => ""
726 :     )
727 :     );
728 :    
729 :     my $col_hdrs;
730 : golsen 1.18 my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
731 : overbeek 1.11 if ($user && $cgi->param('translate'))
732 :     {
733 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
734 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
735 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
736 :     );
737 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
738 :     $expand_groups ? "family" : (),
739 :     $expand_groups ? "size" : (),
740 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
741 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
742 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
743 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
744 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
745 : overbeek 1.11 "Function",
746 :     "Organism",
747 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
748 : overbeek 1.11 ];
749 :     }
750 :     elsif ($user)
751 :     {
752 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
753 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
754 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
755 :     );
756 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
757 :     $expand_groups ? "family" : (),
758 :     $expand_groups ? "size" : (),
759 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
760 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
761 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
762 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
763 : overbeek 1.11 "ASSIGN from",
764 :     "Function",
765 :     "Organism",
766 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
767 : overbeek 1.11 ];
768 :     }
769 :     else
770 : efrank 1.1 {
771 : overbeek 1.11 push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
772 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
773 : golsen 1.18 $expand_groups ? "family" : (),
774 :     $expand_groups ? "size" : (),
775 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
776 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
777 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
778 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
779 : overbeek 1.11 "Function",
780 :     "Organism",
781 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
782 : overbeek 1.11 ];
783 : efrank 1.1 }
784 :    
785 : redwards 1.37 # RAE Add the check all/uncheck all boxes.
786 :     push (@$html, $cgi->br, &HTML::java_buttons("fid_checked", "checked"), $cgi->br);
787 :    
788 :    
789 : golsen 1.18 #
790 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
791 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
792 :     #
793 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
794 :    
795 :     my $ncol = @$col_hdrs;
796 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
797 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
798 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
799 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
800 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
801 :     );
802 :    
803 :     # Add the table data, row-by-row
804 : overbeek 1.11
805 : golsen 1.18 my $alia = ! $hide_alias;
806 : overbeek 1.11 my $sim;
807 :     foreach $sim ( @sims )
808 : efrank 1.1 {
809 : golsen 1.18 my $id2 = $sim->id2;
810 : overbeek 1.29 if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/))
811 :     {
812 :     shift @from;
813 :     next;
814 :     }
815 : golsen 1.18 my $cbox = $fig->translatable($id2) ?
816 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
817 : overbeek 1.11
818 : golsen 1.18 my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
819 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = $fig->in_family($id2)))
820 : efrank 1.1 {
821 : golsen 1.18 $sz = $fig->sz_family($family);
822 :     $funcF = html_enc( $fig->family_function($family) );
823 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
824 : efrank 1.1 }
825 :     else
826 :     {
827 : golsen 1.18 $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
828 : efrank 1.1 }
829 :    
830 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
831 : golsen 1.18 chomp $id2_link;
832 :     my $psc = $sim->psc;
833 : overbeek 1.30 my $iden = $sim->iden;
834 : golsen 1.18 my $ln1 = $sim->ln1;
835 :     my $ln2 = $sim->ln2;
836 :     my $b1 = $sim->b1;
837 :     my $e1 = $sim->e1;
838 :     my $b2 = $sim->b2;
839 :     my $e2 = $sim->e2;
840 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
841 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
842 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
843 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
844 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
845 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
846 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
847 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user ) );
848 : redwards 1.37 ## RAE Added color3. This will color function tables that do not match the original
849 :     ## annotation. This makes is a lot easier to see what is different (e.g. caps/spaces, etc)
850 :     my $color3="#FFFFFF";
851 :     unless ($func2 eq $current_func) {$color3="#FFDEAD"}
852 :    
853 : golsen 1.18 if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
854 : golsen 1.32
855 :     #
856 :     # Colorize organisms:
857 :     #
858 :     # my $org = html_enc( $fig->org_of( $id2 ) );
859 :     my ($org,$oc) = $fig->org_and_color_of( $id2 );
860 :     $org = html_enc( $org );
861 :    
862 : golsen 1.18 my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id2) ) )
863 :     : undef;
864 :    
865 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
866 :    
867 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
868 : golsen 1.32 #
869 :     # Colorize check box by Domain
870 :     #
871 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
872 : golsen 1.18 $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
873 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
874 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
875 : overbeek 1.30 "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
876 : golsen 1.18 "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
877 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
878 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
879 : redwards 1.37 "\t\t<TD Bgcolor=$color3>$func2</TD>\n",
880 : golsen 1.32 #
881 :     # Colorize organism by Domain
882 :     #
883 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
884 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
885 : golsen 1.18 $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
886 :     "\t</TR>\n"
887 : overbeek 1.11 );
888 : efrank 1.1 }
889 : overbeek 1.11
890 : golsen 1.18 push( @$html, "</TABLE>\n" );
891 :     push( @$html, $cgi->end_form );
892 : efrank 1.1 }
893 :     }
894 :    
895 : golsen 1.18 #
896 :     # Support functions for writing the similarities
897 :     #
898 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
899 :     #
900 :    
901 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
902 :    
903 :     #
904 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
905 :     # matching region.
906 :     #
907 :     # Left side is red; right side is blue.
908 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
909 :     #
910 :    
911 :     sub match_color {
912 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
913 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
914 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
915 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
916 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
917 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
918 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
919 :     my $br = 1;
920 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
921 :     }
922 :    
923 :     #
924 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
925 :     #
926 :    
927 :     sub hsb2rgb {
928 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
929 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
930 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
931 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
932 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
933 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
934 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
935 :     )
936 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
937 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
938 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
939 :     );
940 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
941 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
942 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
943 :     )
944 :     }
945 :    
946 :     #
947 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
948 :     #
949 :    
950 :     sub rgb2html {
951 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
952 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
953 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
954 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
955 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
956 :     }
957 :    
958 :     #
959 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
960 :     #
961 :    
962 :     sub floor {
963 :     my $x = $_[0];
964 :     defined( $x ) || return undef;
965 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
966 :     }
967 :    
968 :    
969 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
970 :    
971 :     sub print_context {
972 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
973 :     my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
974 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
975 :    
976 :     $why_related = "";
977 :     my %in_cluster = map { $_ => 1 } $fig->in_cluster_with($peg);;
978 :    
979 :     my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
980 :     my($tab) = [];
981 :     my $genes = [];
982 :    
983 :     my $user = $cgi->param('user');
984 :     my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
985 :    
986 :     my($role,$role1,%related_roles);
987 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($peg_function))
988 :     {
989 :     foreach $role1 ($fig->neighborhood_of_role($role))
990 :     {
991 :     $related_roles{$role1} = 1;
992 :     }
993 :     }
994 :    
995 :     foreach $fid1 (@$feat)
996 :     {
997 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
998 : golsen 1.39 $aliases = join( ', ', $fig->feature_aliases($fid1) );
999 : overbeek 1.6 ($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid1));;
1000 : efrank 1.1 $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
1001 :    
1002 :     if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
1003 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
1004 :     else { $color = "red" }
1005 :    
1006 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/)
1007 :     {
1008 :     $n = $1;
1009 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
1010 :     }
1011 :     elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/)
1012 :     {
1013 :     $n = uc $1;
1014 :     $link = "";
1015 :     }
1016 :     else
1017 :     {
1018 :     $n ="";
1019 :     $link = "";
1020 :     }
1021 :    
1022 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),&FIG::max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link]);
1023 :     if ($max_so_far)
1024 :     {
1025 :     $gap = (&FIG::min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1026 :     }
1027 :     else
1028 :     {
1029 :     $gap = "";
1030 :     }
1031 :     $max_so_far = &FIG::max($beg1,$end1);
1032 :    
1033 :    
1034 :     $in_neighborhood = "";
1035 :     if (&FIG::ftype($fid1) eq "peg")
1036 :     {
1037 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig,$fid1,$user);
1038 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($comment))
1039 :     {
1040 :     if ($related_roles{$role})
1041 :     {
1042 :     $in_neighborhood = "*";
1043 :     }
1044 :     }
1045 :     }
1046 :     else
1047 :     {
1048 :     $comment = "";
1049 :     }
1050 :     $comment = &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($fid1),$comment);
1051 : overbeek 1.17 if ($fid1 eq $peg)
1052 :     {
1053 : overbeek 1.20 $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1054 : overbeek 1.17 }
1055 : efrank 1.1 $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1056 :    
1057 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,$fc,$in_neighborhood,
1058 : overbeek 1.33 $comment,&HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),$why_related]);
1059 : efrank 1.1 }
1060 :     $map = ["",$beg,$end,$genes];
1061 :     $gg = [$map];
1062 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1063 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1064 : efrank 1.1 return;
1065 :     }
1066 :    
1067 :     sub assign_link {
1068 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1069 :     my($assign_url,$assign_link);
1070 :    
1071 :     if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func)))
1072 :     {
1073 :     $cgi->delete('request');
1074 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1075 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1076 :     }
1077 :     else
1078 :     {
1079 :     $assign_link = "";
1080 :     }
1081 :     return $assign_link;
1082 :     }
1083 :    
1084 :     sub pin_link {
1085 :     my($cgi,$peg) = @_;
1086 :     my $user = $cgi->param('user');
1087 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1088 :    
1089 : golsen 1.18 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user";
1090 : efrank 1.1 my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1091 :     return $cluster_link;
1092 :     }
1093 :    
1094 :     sub set_map_links {
1095 :     my($fig,$org,$func) = @_;
1096 :    
1097 :     if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/)
1098 :     {
1099 :     my $before = $1;
1100 :     my $ec = $2;
1101 :     my $after = $3;
1102 :     return &set_map_links($fig,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig,$org,$ec) . &set_map_links($fig,$org,$after);
1103 :     }
1104 :     return $func;
1105 :     }
1106 :    
1107 :     sub set_ec_to_maps {
1108 :     my($fig,$org,$ec) = @_;
1109 :    
1110 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1111 :     if (@maps > 0)
1112 :     {
1113 :     $cgi->delete('request');
1114 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1115 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1116 :     return $link;
1117 :     }
1118 :     return $ec;
1119 :     }
1120 :    
1121 :     sub show_ec_to_maps {
1122 :     my($fig,$cgi,$html,$ec) = @_;
1123 :    
1124 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1125 :     if (! $ec)
1126 :     {
1127 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1128 :     return;
1129 :     }
1130 :    
1131 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1132 :     if (@maps > 0)
1133 :     {
1134 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1135 :     my $map;
1136 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),$fig->map_name($map)] } @maps];
1137 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . $fig->ec_name($ec)));
1138 :     }
1139 :     }
1140 :    
1141 :     sub map_link {
1142 :     my($cgi,$map) = @_;
1143 :    
1144 :     $cgi->delete('request');
1145 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1146 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1147 :     return $link;
1148 :     }
1149 :    
1150 :     sub link_to_map {
1151 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
1152 :    
1153 :     my $map = $cgi->param('map');
1154 :     if (! $map)
1155 :     {
1156 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1157 :     return;
1158 :     }
1159 :    
1160 :     my $org = $cgi->param('org');
1161 :     if (! $org)
1162 :     {
1163 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1164 :     return;
1165 :     }
1166 :     my$user = $cgi->param('user');
1167 :     $user = $user ? $user : "";
1168 :    
1169 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1170 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1171 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1172 :     &HTML::trim_output(\@out);
1173 :     push(@$html,@out);
1174 :     }
1175 :    
1176 :     sub aa_sequence {
1177 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1178 :     my($seq,$func,$i);
1179 :    
1180 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1181 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->get_translation($prot))
1182 :     {
1183 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1184 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1185 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1186 :     {
1187 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1188 :     {
1189 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1190 :     }
1191 :     else
1192 :     {
1193 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1194 :     }
1195 :     }
1196 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1197 :     }
1198 :     else
1199 :     {
1200 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1201 :     }
1202 :     }
1203 :    
1204 :     sub dna_sequence {
1205 :     my($fig,$cgi,$html,$fid) = @_;
1206 :     my($seq,$func,$i);
1207 :    
1208 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1209 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($fid),scalar $fig->feature_location($fid)))
1210 :     {
1211 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1212 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1213 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1214 :     {
1215 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1216 :     {
1217 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1218 :     }
1219 :     else
1220 :     {
1221 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1222 :     }
1223 :     }
1224 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1225 :     }
1226 :     else
1227 :     {
1228 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1229 :     }
1230 :     }
1231 :    
1232 :     sub show_fusions {
1233 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1234 :    
1235 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1236 :     $user = $user ? $user : "";
1237 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1238 : overbeek 1.22 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user";
1239 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1240 :     print join("",@out);
1241 :     exit;
1242 : overbeek 1.2 }
1243 :    
1244 :     sub print_compared_regions {
1245 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
1246 :    
1247 :     my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
1248 :     if (@closest_pegs > 0)
1249 :     {
1250 :     if ($fig->possibly_truncated($peg))
1251 :     {
1252 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1253 :     }
1254 : overbeek 1.13 @closest_pegs = $fig->sort_fids_by_taxonomy(@closest_pegs);
1255 : overbeek 1.2 unshift(@closest_pegs,$peg);
1256 :     my @all_pegs = ();
1257 :     my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
1258 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
1259 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1260 : overbeek 1.35
1261 :     ################################### add commentary capability
1262 :    
1263 :     my @commentary_form = ();
1264 :     my $ctarget = "window$$";
1265 :     my $user = $cgi->param('user');
1266 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
1267 :     -action => &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
1268 :     ));
1269 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
1270 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
1271 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1272 :    
1273 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
1274 :     my($i,$map);
1275 :     @vals = ();
1276 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--)
1277 :     {
1278 :     my @vals1 = ();
1279 :     $map = $gg->[$i];
1280 :     my $found = 0;
1281 :     my $got_red = 0;
1282 :     undef %how_many;
1283 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1284 :     {
1285 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey")
1286 :     {
1287 :     $n = $gene->[4];
1288 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
1289 :     $how_many{$n}++;
1290 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
1291 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
1292 :     push(@vals1,$val);
1293 :     $found++;
1294 :     }
1295 :     }
1296 :    
1297 :     if (! $got_red)
1298 :     {
1299 :     splice(@$gg,$i,1);
1300 :     }
1301 :     else
1302 :     {
1303 :     push(@vals,@vals1);
1304 :     }
1305 :     }
1306 :    
1307 :     if (@$gg == 0)
1308 :     {
1309 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
1310 :     }
1311 :     else
1312 :     {
1313 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
1314 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
1315 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
1316 :     push(@$html,@commentary_form);
1317 :     }
1318 :     ################################################################end commentary
1319 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1320 :     }
1321 :     }
1322 :    
1323 :     sub closest_pegs {
1324 :     my($fig,$peg,$n) = @_;
1325 :     my($id2,$d,$peg2,$i);
1326 :    
1327 :     my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } $fig->sims($peg,5,1.0e-20,"all");
1328 :    
1329 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1330 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1331 : overbeek 1.3 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} $fig->in_pch_pin_with($peg);
1332 : overbeek 1.2 my $g1 = &FIG::genome_of($peg);
1333 :     @pinned_to =
1334 :     map {$_->[1] }
1335 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1336 :     map { $peg2 = $_; $d = $fig->crude_estimate_of_distance($g1,&FIG::genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1337 :     @pinned_to;
1338 :    
1339 :     for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++)
1340 :     {
1341 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1342 :     }
1343 :     return return keys(%closest);
1344 :     }
1345 :    
1346 :     sub build_maps {
1347 :     my($fig,$pinned_pegs,$all_pegs) = @_;
1348 :     my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1349 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1350 :    
1351 :     $gg = [];
1352 :     foreach $peg (@$pinned_pegs)
1353 :     {
1354 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
1355 :     ($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
1356 :     if ($contig && $beg && $end)
1357 :     {
1358 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1359 :     $min = $mid - 8000;
1360 :     $max = $mid + 8000;
1361 :     $genes = [];
1362 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1363 :     foreach $fid (@$feat)
1364 :     {
1365 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &FIG::boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid));
1366 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1367 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1368 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),
1369 :     &FIG::max($beg1,$end1),
1370 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1371 :     "grey",
1372 :     "",
1373 :     $fid]);
1374 :    
1375 :     if ($fid =~ /peg/)
1376 :     {
1377 :     push(@$all_pegs,$fid);
1378 :     }
1379 :     }
1380 :     $map = [&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),0,$max+1-$min,
1381 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1382 :     push(@$gg,$map);
1383 :     }
1384 :     }
1385 :     return $gg;
1386 :     }
1387 :    
1388 :     sub in {
1389 :     my($x,$xL) = @_;
1390 :     my($i);
1391 :    
1392 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1393 :     return ($i < @$xL);
1394 :     }
1395 :    
1396 :     sub in_bounds {
1397 :     my($min,$max,$x) = @_;
1398 :    
1399 :     if ($x < $min) { return $min }
1400 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1401 :     else { return $x }
1402 :     }
1403 :    
1404 :     sub decr_coords {
1405 :     my($genes,$min) = @_;
1406 :     my($gene);
1407 :    
1408 :     foreach $gene (@$genes)
1409 :     {
1410 :     $gene->[0] -= $min;
1411 :     $gene->[1] -= $min;
1412 :     }
1413 :     return $genes;
1414 :     }
1415 :    
1416 :     sub flip_map {
1417 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1418 :     my($gene);
1419 :    
1420 :     foreach $gene (@$genes)
1421 :     {
1422 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1423 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1424 :     }
1425 :     return $genes;
1426 :     }
1427 :    
1428 :     sub cluster_genes {
1429 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1430 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1431 :    
1432 :     my @color_sets = ();
1433 :    
1434 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1435 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1436 :     {
1437 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1438 :     if (! $seen{$i})
1439 :     {
1440 :     $cluster = [$i];
1441 :     $seen{$i} = 1;
1442 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++)
1443 :     {
1444 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1445 :     foreach $k (@$x)
1446 :     {
1447 :     if (! $seen{$k})
1448 :     {
1449 :     push(@$cluster,$k);
1450 :     $seen{$k} = 1;
1451 :     }
1452 :     }
1453 :     }
1454 :    
1455 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI))
1456 :     {
1457 :     push(@color_sets,$cluster);
1458 :     }
1459 :     }
1460 :     }
1461 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1462 :     $red_set = $color_sets[$i];
1463 :     splice(@color_sets,$i,1);
1464 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1465 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1466 :    
1467 :     my $color_sets = {};
1468 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++)
1469 :     {
1470 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]})
1471 :     {
1472 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1473 :     }
1474 :     }
1475 :     return $color_sets;
1476 :     }
1477 :    
1478 :     sub get_connections_by_similarity {
1479 :     my($all_pegs) = @_;
1480 : overbeek 1.5 my($i,$tmp,$peg1,%peg2i,%pos_of);
1481 : overbeek 1.2
1482 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1483 :     {
1484 : overbeek 1.5 $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
1485 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1486 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i])
1487 : overbeek 1.2 {
1488 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1489 :     }
1490 :     }
1491 :    
1492 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1493 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1494 :     {
1495 :     foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))
1496 :     {
1497 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2}))
1498 :     {
1499 :     foreach $y (@$x)
1500 :     {
1501 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1502 :     }
1503 :     }
1504 :     }
1505 :     }
1506 :     return \%conn;
1507 :     }
1508 :    
1509 :     sub set_colors_text_and_links {
1510 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1511 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1512 :    
1513 :     foreach $map (@$gg)
1514 :     {
1515 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1516 :     {
1517 :     $peg = $gene->[5];
1518 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg}))
1519 :     {
1520 : overbeek 1.35 $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
1521 : overbeek 1.2 $gene->[4] = $color + 1;
1522 :     }
1523 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1524 :     }
1525 :     }
1526 :     }
1527 :    
1528 :     sub peg_url {
1529 :     my($cgi,$peg) = @_;
1530 :    
1531 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1532 :     $cgi->delete('prot');
1533 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1534 :     $cgi->delete('prot');
1535 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1536 :    
1537 :     return $url;
1538 :     }
1539 :    
1540 :     sub possible_extensions {
1541 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1542 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1543 :    
1544 :     $g = &FIG::genome_of($peg);
1545 :    
1546 :     foreach $peg1 (@$closest_pegs)
1547 :     {
1548 :     if ($g ne &FIG::genome_of($peg1))
1549 :     {
1550 :     foreach $sim ($fig->sims($peg1,500,1.0e-5,"all"))
1551 :     {
1552 :     $id2 = $sim->id2;
1553 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && $fig->possibly_truncated($id2))
1554 :     {
1555 :     $poss{$id2} = 1;
1556 :     }
1557 :     }
1558 :     }
1559 :     }
1560 :     return keys(%poss);
1561 : efrank 1.1 }

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