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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.35 - (view) (download)

1 : overbeek 1.23 use CGI;
2 :    
3 : overbeek 1.35 if (-f "$FIG_Config::data/Global/why_down")
4 :     {
5 :     local $/;
6 :     open my $fh, "<$FIG_Config::data/Global/why_down";
7 :     my $down_msg = <$fh>;
8 :    
9 :     print CGI::header();
10 :     print CGI::head(CGI::title("SEED Server down"));
11 :     print CGI::start_body();
12 :     print CGI::h1("SEED Server down");
13 :     print CGI::p("The seed server is not currently running:");
14 :     print CGI::pre($down_msg);
15 :     print CGI::end_body();
16 :     exit;
17 :     }
18 :     use CGI;
19 :    
20 : efrank 1.1 use FIG;
21 :     my $fig = new FIG;
22 :    
23 :     use HTML;
24 :     use strict;
25 :     use GenoGraphics;
26 :     use CGI;
27 :     my $cgi = new CGI;
28 :    
29 :     if (0)
30 :     {
31 :     print $cgi->header;
32 :     my @params = $cgi->param;
33 :     print "<pre>\n";
34 :     foreach $_ (@params)
35 :     {
36 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
37 :     }
38 :     exit;
39 :     }
40 :    
41 :     my $html = [];
42 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
43 : efrank 1.1
44 :     my $prot = $cgi->param('prot');
45 :     if (! $prot)
46 :     {
47 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
48 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
49 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
50 :     exit;
51 :     }
52 : golsen 1.34
53 :     if ($prot !~ /^fig\|/)
54 : overbeek 1.16 {
55 :     if ($_ = $fig->by_alias($prot))
56 :     {
57 :     $prot = $_;
58 :     }
59 :     else
60 :     {
61 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
62 : overbeek 1.16 push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
63 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
64 :     exit;
65 :     }
66 :     }
67 : efrank 1.1
68 : golsen 1.34 #
69 :     # Allow previous and next actions in calls to the script -- GJO
70 :     #
71 :    
72 :     my $adjust = $cgi->param('previous PEG') ? -1 : $cgi->param('next PEG') ? 1 : 0;
73 :     if ( $adjust ) {
74 :     my ( $prefix, $protnum ) = $prot =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
75 :     if ( $prefix && $protnum ) {
76 :     my $prot2 = $prefix . ($protnum + $adjust);
77 :     if ( $fig->translatable( $prot2 ) ) {
78 :     $prot = $prot2;
79 :     $cgi->delete('prot');
80 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
81 :     }
82 :     }
83 :     ( $adjust < 0 ) && $cgi->delete('previous PEG');
84 :     ( $adjust > 0 ) && $cgi->delete('next PEG');
85 :     }
86 :    
87 :     my $request = $cgi->param("request") || "";
88 :    
89 :     if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig,$cgi,$html,$prot); }
90 : overbeek 1.11 elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
91 : overbeek 1.15 elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
92 : overbeek 1.11 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
93 :     elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
94 :     elsif ($request eq "fast_assign") { &make_assignment($fig,$cgi,$html,$prot); }
95 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig,$cgi,$html,$prot); }
96 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig,$cgi,$html); }
97 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig,$cgi,$html); }
98 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig,$cgi,$html,$prot); }
99 :     else { &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot); }
100 : efrank 1.1
101 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
102 : overbeek 1.11 exit;
103 :    
104 :     #==============================================================================
105 :     # use_protein_tool
106 :     #==============================================================================
107 : efrank 1.1
108 :     sub use_protein_tool {
109 : golsen 1.34 my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
110 : efrank 1.1 my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
111 :    
112 :     my $seq = $fig->get_translation($prot);
113 :     if (! $seq)
114 :     {
115 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
116 : efrank 1.1 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
117 :     return;
118 :     }
119 :     my $protQ = quotemeta $prot;
120 :    
121 :     my $tool = $cgi->param('tool');
122 :     $/ = "\n//\n";
123 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
124 :     if (@tools == 1)
125 :     {
126 :     chomp $tools[0];
127 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
128 :     my $args = [];
129 :     foreach $line (@args)
130 :     {
131 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
132 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
133 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
134 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
135 :     push(@$args,[$name,$val]);
136 :     }
137 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
138 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
139 :     }
140 :     }
141 :    
142 : overbeek 1.11 #==============================================================================
143 :     # make_assignment
144 :     #==============================================================================
145 :    
146 : efrank 1.1 sub make_assignment {
147 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
148 :     my($userR);
149 :    
150 :     my $function = $cgi->param('func');
151 :     my $user = $cgi->param('user');
152 :    
153 :     if ($function && $user && $prot)
154 :     {
155 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
156 :     {
157 :     $userR = $1;
158 :     $fig->assign_function($prot,"master",$function,"");
159 :     $fig->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
160 :     }
161 :     else
162 :     {
163 :     $fig->assign_function($prot,$user,$function,"");
164 :     $fig->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");
165 :     }
166 :     }
167 :     $cgi->delete("request");
168 :     $cgi->delete("func");
169 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
170 :     }
171 :    
172 : overbeek 1.11 #==============================================================================
173 :     # view_annotations
174 :     #==============================================================================
175 :    
176 : efrank 1.1 sub view_annotations {
177 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
178 :    
179 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
180 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
181 : overbeek 1.9 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } $fig->feature_annotations($prot) ];
182 : efrank 1.1 if (@$tab > 0)
183 :     {
184 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
185 :     }
186 :     else
187 :     {
188 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
189 :     }
190 :     }
191 :    
192 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
193 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
194 :     my($ann);
195 :    
196 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
197 : overbeek 1.15 if ($fig->is_real_feature($peg))
198 :     {
199 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
200 :     my @related = $fig->related_by_func_sim($peg,$cgi->param('user'));
201 :     push(@related,$peg);
202 :    
203 :     my @annotations = $fig->merged_related_annotations(\@related);
204 :    
205 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
206 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
207 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($ann->[0])),
208 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
209 :     ] } @annotations];
210 :     if (@$tab > 0)
211 :     {
212 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
213 :     }
214 :     else
215 :     {
216 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
217 :     }
218 :     }
219 :     }
220 :    
221 : overbeek 1.11 #==============================================================================
222 :     # show_coupling_evidence
223 :     #==============================================================================
224 :    
225 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
226 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
227 :     my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
228 :    
229 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
230 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
231 :     my $to = $cgi->param('to');
232 : overbeek 1.24 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,2,"keep");
233 : efrank 1.1
234 :     if (@coup != 1)
235 :     {
236 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
237 :     }
238 :     else
239 :     {
240 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
241 :     my $tab = [];
242 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]})
243 :     {
244 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
245 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
246 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
247 : overbeek 1.11 push( @$tab, [ $link1,
248 :     $fig->org_of($peg1),
249 :     scalar $fig->function_of($peg1,$user),
250 :     $link2,
251 :     $fig->org_of($peg2),
252 :     scalar $fig->function_of($peg2,$user)
253 :     ]
254 :     );
255 : efrank 1.1 }
256 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
257 :     }
258 :     }
259 :    
260 : overbeek 1.11 #==============================================================================
261 :     # psi_blast_prot_sequence
262 :     #==============================================================================
263 :    
264 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
265 :     my($fig,$cgi,$prot_id) = @_;
266 :     }
267 :    
268 : overbeek 1.11 #==============================================================================
269 :     # show_initial
270 :     #==============================================================================
271 :    
272 : efrank 1.1 sub show_initial {
273 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
274 :    
275 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
276 : efrank 1.1 my $gs = $fig->org_of($prot);
277 :     push(@$html,"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
278 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/)
279 :     {
280 :     my $msg;
281 : overbeek 1.11 my $url = $cgi->self_url();
282 :     if ($cgi->param('translate')) {
283 :     $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
284 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
285 :     }
286 :     else
287 :     {
288 :     $url .= ";translate=1";
289 :     $msg = "Translate Function Assignments";
290 :     }
291 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
292 : efrank 1.1
293 :     &display_peg($fig,$cgi,$html,$prot);
294 :     }
295 :     else
296 :     {
297 :     # &display_external($fig,$cgi,$html,$prot);
298 :     }
299 :     }
300 :    
301 : overbeek 1.11 #==============================================================================
302 :     # display_peg
303 :     #==============================================================================
304 :    
305 : efrank 1.1 sub display_peg {
306 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
307 :     my $loc;
308 :    
309 :     my $half_sz = 5000;
310 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
311 :     my @fc_data;
312 :     if ($fc)
313 :     {
314 : overbeek 1.24 @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,2,"keep");
315 : overbeek 1.10 }
316 :     else
317 :     {
318 :     @fc_data = ();
319 :     }
320 : efrank 1.1
321 :     if ($loc = $fig->feature_location($peg))
322 :     {
323 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
324 :     my $min = &FIG::max(0,&FIG::min($beg,$end) - $half_sz);
325 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $half_sz;
326 :     my($feat,$min,$max) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
327 :    
328 :     &print_context($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$min,$max);
329 :     }
330 :    
331 :     &print_assignments($fig,$cgi,$html,$peg);
332 :    
333 :     push(@$html,$cgi->hr);
334 : overbeek 1.15 my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
335 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
336 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
337 : efrank 1.1
338 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
339 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
340 :    
341 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
342 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
343 :    
344 :     $link = $cgi->url();
345 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
346 :     my $user = $cgi->param('user');
347 :     if (! $user)
348 :     {
349 :     $user = "";
350 :     }
351 :     else
352 :     {
353 :     $link = $link . "?fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
354 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
355 :     }
356 :    
357 :     if ((! $fc) && ($fig->feature_location($peg)))
358 :     {
359 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
360 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
361 :     }
362 :     elsif ($fc)
363 :     {
364 : overbeek 1.10 &print_fc($fig,$cgi,$html,$peg,\@fc_data);
365 : efrank 1.1 }
366 :    
367 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
368 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
369 :    
370 :     my $has_translation = $fig->translatable($peg);
371 : overbeek 1.2 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation)
372 :     {
373 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
374 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
375 :     }
376 :     elsif ($cgi->param('compare_region'))
377 :     {
378 :     &print_compared_regions($fig,$cgi,$html,$peg);
379 :     }
380 :    
381 : overbeek 1.11 my $sims = $cgi->param('sims');
382 : efrank 1.1 if ((! $sims) && $has_translation)
383 :     {
384 : golsen 1.18 my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
385 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
386 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
387 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
388 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
389 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
390 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
391 :    
392 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"));
393 : overbeek 1.12 if ($cgi->param('translate'))
394 :     {
395 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
396 :     }
397 :     push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
398 : overbeek 1.11 $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
399 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
400 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
401 :     $cgi->submit('Similarities'),
402 : golsen 1.18 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
403 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
404 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
405 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
406 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
407 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
408 : overbeek 1.11 $cgi->end_form
409 :     );
410 : efrank 1.1 }
411 :     elsif ($sims)
412 :     {
413 :     &print_similarities($fig,$cgi,$html,$peg);
414 :     }
415 :    
416 :     if ($has_translation)
417 :     {
418 :     &show_tools($fig,$cgi,$html,$peg);
419 :     }
420 :     }
421 :    
422 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
423 :    
424 :     sub show_tools {
425 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
426 :    
427 :     $cgi->param(-name => "request",
428 :     -value => "use_protein_tool");
429 :     my $url = $cgi->self_url();
430 :    
431 :     if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools"))
432 :     {
433 :     push(@$html,$cgi->hr);
434 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
435 :     my $tab = [];
436 :    
437 :     $/ = "\n//\n";
438 :     while (defined($_ = <TMP>))
439 :     {
440 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
441 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
442 :     }
443 :     close(TMP);
444 :     $/ = "\n";
445 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
446 :     }
447 :     $cgi->delete('request');
448 :     }
449 :    
450 :     ################# Functional Coupling ############################
451 :    
452 :     sub print_fc {
453 : overbeek 1.10 my($fig,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
454 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
455 :    
456 :     my $user = $cgi->param('user');
457 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
458 :     [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar $fig->function_of($neigh,$user)]
459 :     }
460 : overbeek 1.10 @$fc_data;
461 : efrank 1.1 if (@tab > 0)
462 :     {
463 :     push(@$html,"<hr>\n");
464 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
465 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
466 :     }
467 :     }
468 :    
469 :     sub ev_link {
470 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
471 :    
472 :     my $prot = $cgi->param('prot');
473 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
474 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
475 :     }
476 :    
477 :     ################# Assignments ############################
478 :    
479 :     sub trans_function_of {
480 :     my($cgi,$fig,$peg,$user) = @_;
481 :    
482 :     if (wantarray())
483 :     {
484 :     my $x;
485 :     my @funcs = $fig->function_of($peg);
486 :     if ($cgi->param('translate'))
487 :     {
488 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = $fig->translate_function($x->[1]); $x } @funcs;
489 :     }
490 :     return @funcs;
491 :     }
492 :     else
493 :     {
494 :     my $func = $fig->function_of($peg,$user);
495 :     if ($cgi->param('translate'))
496 :     {
497 :     $func = $fig->translate_function($func);
498 :     }
499 :     return $func;
500 :     }
501 :     }
502 :    
503 :     sub print_assignments {
504 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
505 :     my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
506 :    
507 :     my $user = $cgi->param('user');
508 :     my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig,$peg);
509 :    
510 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
511 :     if ($i < @funcs)
512 :     {
513 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
514 :     }
515 :     else
516 :     {
517 :     $master_func = "";
518 :     }
519 :    
520 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
521 :     if ($i < @funcs)
522 :     {
523 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
524 :     }
525 :     else
526 :     {
527 :     $user_func = $master_func;
528 :     }
529 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
530 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
531 :     @funcs = ();
532 :     foreach $id (@maps_to)
533 :     {
534 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig,$id)) && (@tmp > 0))
535 :     {
536 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
537 :     }
538 :     }
539 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
540 :     push(@$html,"<hr>\n");
541 :    
542 :     if ((@funcs == 0) && (! $user_func))
543 :     {
544 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
545 :     }
546 : overbeek 1.25
547 :     my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),$fig->org_of($id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
548 :     if (@$tab > 0)
549 : efrank 1.1 {
550 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
551 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
552 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
553 :     }
554 :    
555 : overbeek 1.26
556 : olson 1.28 #
557 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
558 :     #
559 :    
560 :     if (my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($peg))
561 :     {
562 :     push(@$html,
563 :     $cgi->hr,
564 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
565 :    
566 :     my(@hdrs);
567 :     my(@table);
568 :    
569 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
570 :    
571 :     for my $ent (@subsystems)
572 :     {
573 :     my($sub, $role) = @$ent;
574 :     my $url = $cgi->a({href => "ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
575 :     push(@table, [$url, $role]);
576 :     }
577 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
578 :     }
579 :    
580 : overbeek 1.26 push(@$html,$cgi->hr);
581 : overbeek 1.31
582 :     my @links = $fig->peg_links($peg);
583 :     if (@links > 0)
584 : overbeek 1.25 {
585 : overbeek 1.31 my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
586 : overbeek 1.25 my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
587 : overbeek 1.31 my $tab = [];
588 :     my ($n,$i);
589 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5)
590 :     {
591 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
592 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
593 :     }
594 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
595 : overbeek 1.25 }
596 :    
597 : overbeek 1.26 my $url = &FIG::cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
598 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
599 :    
600 : efrank 1.1 # $_ = join("",map { $_->[1] } @funcs);
601 :     # @ecs = ($_ =~ /\d\.\d+\.\d+\.\d+/g);
602 :     # foreach $ec (@ecs)
603 :     # {
604 :     # my $kegg_link = &HTML::kegg_link($ec);
605 :     # push(@$html,"<br>$kegg_link<br>\n");
606 :     # }
607 :     }
608 :    
609 :    
610 :    
611 :     ################# Similarities ############################
612 :    
613 :    
614 :     sub print_similarities {
615 : golsen 1.34 my( $fig, $cgi, $html, $peg ) = @_;
616 :     my( $maxN, $maxP, $expand_groups, $ex_checked );
617 : efrank 1.1
618 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
619 : efrank 1.1 my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
620 :    
621 : golsen 1.18 $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 5;
622 :     $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
623 :     $expand_groups = $cgi->param('expand_groups');
624 :     $ex_checked = $expand_groups ? "checked" : "";
625 :    
626 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 0;
627 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
628 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
629 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
630 : efrank 1.1
631 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr,
632 :     "<a name=Similarities>",
633 :     $cgi->h1('Similarities'),
634 :     "</a>\n"
635 :     );
636 :    
637 :     #
638 :     # Instead of automatically doubling maxN, use the value of
639 :     # $cgi->param("more similarities") to drive increase in maxN and
640 :     # max_expand
641 :     #
642 :     if ( $cgi->param('more similarities') ) {
643 :     $maxN *= 2;
644 :     $max_expand *= 2;
645 :     $cgi->delete('more similarities');
646 :     }
647 :    
648 :     my ( $prev, $next ) = ( 0, 0 );
649 :     my ( $prefix, $protnum ) = $peg =~ /^(.*\.)(\d+)$/;
650 :     if ( $prefix && $protnum ) {
651 :     $prev = ( $protnum > 1 ) && $fig->translatable( $prefix . ($protnum-1) );
652 :     $next = $fig->translatable( $prefix . ($protnum+1) );
653 :     }
654 : efrank 1.1
655 : golsen 1.34 push(@$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi#Similarities"),
656 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
657 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
658 : golsen 1.34 $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
659 : efrank 1.1 $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
660 : golsen 1.34 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
661 : golsen 1.18 " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
662 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
663 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
664 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
665 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
666 : golsen 1.34 $cgi->br,
667 :     $prev ? $cgi->submit('previous PEG') : (),
668 :     $cgi->submit('resubmit'),
669 :     $cgi->submit('more similarities'),
670 :     $next ? $cgi->submit('next PEG') : (),
671 :     $cgi->end_form
672 :     );
673 : efrank 1.1
674 : golsen 1.34 push( @$html, $cgi->hr );
675 : efrank 1.1
676 : golsen 1.18 my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
677 :     my @sims = $fig->sims( $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
678 : efrank 1.1
679 :     if (@sims)
680 :     {
681 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
682 :     -nolabels => 1,
683 : efrank 1.8 -override => 1,
684 : efrank 1.1 -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
685 :    
686 :     my $target = "window$$";
687 : golsen 1.18 push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
688 :     -target => $target,
689 :     -action => 'fid_checked.cgi'
690 :     ),
691 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
692 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
693 :     $cgi->br,
694 :     "For Selected (checked) sequences: ",
695 :     $cgi->submit('align'),
696 :     $cgi->submit('view annotations'),
697 :     $cgi->submit('show regions')
698 :     );
699 : overbeek 1.11
700 :     if ($user)
701 : golsen 1.18 { my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
702 : overbeek 1.11 push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
703 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
704 :     $cgi->br, $cgi->br,
705 :     $cgi->submit('assign/annotate')
706 :     );
707 :    
708 : efrank 1.1 if ($cgi->param('translate'))
709 :     {
710 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
711 :     $cgi->submit('check rules'),
712 :     $cgi->br
713 :     );
714 : efrank 1.1 }
715 :     }
716 :    
717 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->br,
718 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
719 :     -value => $peg,
720 :     -override => 1,
721 :     -checked => 1,
722 :     -label => ""
723 :     )
724 :     );
725 :    
726 :     my $col_hdrs;
727 : golsen 1.18 my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
728 : overbeek 1.11 if ($user && $cgi->param('translate'))
729 :     {
730 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
731 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
732 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
733 :     );
734 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
735 :     $expand_groups ? "family" : (),
736 :     $expand_groups ? "size" : (),
737 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
738 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
739 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
740 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
741 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
742 : overbeek 1.11 "Function",
743 :     "Organism",
744 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
745 : overbeek 1.11 ];
746 :     }
747 :     elsif ($user)
748 :     {
749 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
750 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
751 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
752 :     );
753 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
754 :     $expand_groups ? "family" : (),
755 :     $expand_groups ? "size" : (),
756 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
757 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
758 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
759 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
760 : overbeek 1.11 "ASSIGN from",
761 :     "Function",
762 :     "Organism",
763 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
764 : overbeek 1.11 ];
765 :     }
766 :     else
767 : efrank 1.1 {
768 : overbeek 1.11 push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
769 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
770 : golsen 1.18 $expand_groups ? "family" : (),
771 :     $expand_groups ? "size" : (),
772 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
773 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
774 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
775 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
776 : overbeek 1.11 "Function",
777 :     "Organism",
778 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
779 : overbeek 1.11 ];
780 : efrank 1.1 }
781 :    
782 : golsen 1.18 #
783 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
784 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
785 :     #
786 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
787 :    
788 :     my $ncol = @$col_hdrs;
789 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
790 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
791 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
792 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
793 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
794 :     );
795 :    
796 :     # Add the table data, row-by-row
797 : overbeek 1.11
798 : golsen 1.18 my $alia = ! $hide_alias;
799 : overbeek 1.11 my $sim;
800 :     foreach $sim ( @sims )
801 : efrank 1.1 {
802 : golsen 1.18 my $id2 = $sim->id2;
803 : overbeek 1.29 if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/))
804 :     {
805 :     shift @from;
806 :     next;
807 :     }
808 : golsen 1.18 my $cbox = $fig->translatable($id2) ?
809 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
810 : overbeek 1.11
811 : golsen 1.18 my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
812 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = $fig->in_family($id2)))
813 : efrank 1.1 {
814 : golsen 1.18 $sz = $fig->sz_family($family);
815 :     $funcF = html_enc( $fig->family_function($family) );
816 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
817 : efrank 1.1 }
818 :     else
819 :     {
820 : golsen 1.18 $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
821 : efrank 1.1 }
822 :    
823 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
824 : golsen 1.18 chomp $id2_link;
825 :     my $psc = $sim->psc;
826 : overbeek 1.30 my $iden = $sim->iden;
827 : golsen 1.18 my $ln1 = $sim->ln1;
828 :     my $ln2 = $sim->ln2;
829 :     my $b1 = $sim->b1;
830 :     my $e1 = $sim->e1;
831 :     my $b2 = $sim->b2;
832 :     my $e2 = $sim->e2;
833 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
834 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
835 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
836 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
837 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
838 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
839 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
840 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user ) );
841 :     if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
842 : golsen 1.32
843 :     #
844 :     # Colorize organisms:
845 :     #
846 :     # my $org = html_enc( $fig->org_of( $id2 ) );
847 :     my ($org,$oc) = $fig->org_and_color_of( $id2 );
848 :     $org = html_enc( $org );
849 :    
850 : golsen 1.18 my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id2) ) )
851 :     : undef;
852 :    
853 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
854 :    
855 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
856 : golsen 1.32 #
857 :     # Colorize check box by Domain
858 :     #
859 :     "\t\t<TD Align=center Bgcolor=$oc>$cbox</TD>\n",
860 : golsen 1.18 $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
861 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
862 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
863 : overbeek 1.30 "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
864 : golsen 1.18 "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
865 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
866 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
867 :     "\t\t<TD>$func2</TD>\n",
868 : golsen 1.32 #
869 :     # Colorize organism by Domain
870 :     #
871 :     # "\t\t<TD>$org</TD>\n",
872 :     "\t\t<TD Bgcolor=$oc>$org</TD>\n",
873 : golsen 1.18 $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
874 :     "\t</TR>\n"
875 : overbeek 1.11 );
876 : efrank 1.1 }
877 : overbeek 1.11
878 : golsen 1.18 push( @$html, "</TABLE>\n" );
879 :     push( @$html, $cgi->end_form );
880 : efrank 1.1 }
881 :     }
882 :    
883 : golsen 1.18 #
884 :     # Support functions for writing the similarities
885 :     #
886 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
887 :     #
888 :    
889 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
890 :    
891 :     #
892 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
893 :     # matching region.
894 :     #
895 :     # Left side is red; right side is blue.
896 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
897 :     #
898 :    
899 :     sub match_color {
900 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
901 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
902 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
903 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
904 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
905 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
906 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
907 :     my $br = 1;
908 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
909 :     }
910 :    
911 :     #
912 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
913 :     #
914 :    
915 :     sub hsb2rgb {
916 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
917 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
918 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
919 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
920 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
921 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
922 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
923 :     )
924 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
925 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
926 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
927 :     );
928 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
929 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
930 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
931 :     )
932 :     }
933 :    
934 :     #
935 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
936 :     #
937 :    
938 :     sub rgb2html {
939 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
940 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
941 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
942 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
943 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
944 :     }
945 :    
946 :     #
947 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
948 :     #
949 :    
950 :     sub floor {
951 :     my $x = $_[0];
952 :     defined( $x ) || return undef;
953 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
954 :     }
955 :    
956 :    
957 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
958 :    
959 :     sub print_context {
960 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
961 :     my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
962 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
963 :    
964 :     $why_related = "";
965 :     my %in_cluster = map { $_ => 1 } $fig->in_cluster_with($peg);;
966 :    
967 :     my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
968 :     my($tab) = [];
969 :     my $genes = [];
970 :    
971 :     my $user = $cgi->param('user');
972 :     my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
973 :    
974 :     my($role,$role1,%related_roles);
975 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($peg_function))
976 :     {
977 :     foreach $role1 ($fig->neighborhood_of_role($role))
978 :     {
979 :     $related_roles{$role1} = 1;
980 :     }
981 :     }
982 :    
983 :     foreach $fid1 (@$feat)
984 :     {
985 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
986 :     $aliases = $fig->feature_aliases($fid1);
987 : overbeek 1.6 ($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid1));;
988 : efrank 1.1 $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
989 :    
990 :     if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
991 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
992 :     else { $color = "red" }
993 :    
994 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/)
995 :     {
996 :     $n = $1;
997 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
998 :     }
999 :     elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/)
1000 :     {
1001 :     $n = uc $1;
1002 :     $link = "";
1003 :     }
1004 :     else
1005 :     {
1006 :     $n ="";
1007 :     $link = "";
1008 :     }
1009 :    
1010 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),&FIG::max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link]);
1011 :     if ($max_so_far)
1012 :     {
1013 :     $gap = (&FIG::min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
1014 :     }
1015 :     else
1016 :     {
1017 :     $gap = "";
1018 :     }
1019 :     $max_so_far = &FIG::max($beg1,$end1);
1020 :    
1021 :    
1022 :     $in_neighborhood = "";
1023 :     if (&FIG::ftype($fid1) eq "peg")
1024 :     {
1025 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig,$fid1,$user);
1026 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($comment))
1027 :     {
1028 :     if ($related_roles{$role})
1029 :     {
1030 :     $in_neighborhood = "*";
1031 :     }
1032 :     }
1033 :     }
1034 :     else
1035 :     {
1036 :     $comment = "";
1037 :     }
1038 :     $comment = &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($fid1),$comment);
1039 : overbeek 1.17 if ($fid1 eq $peg)
1040 :     {
1041 : overbeek 1.20 $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
1042 : overbeek 1.17 }
1043 : efrank 1.1 $sz = abs($end1-$beg1)+1;
1044 :    
1045 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,$fc,$in_neighborhood,
1046 : overbeek 1.33 $comment,&HTML::set_prot_links($cgi,$aliases),$why_related]);
1047 : efrank 1.1 }
1048 :     $map = ["",$beg,$end,$genes];
1049 :     $gg = [$map];
1050 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
1051 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
1052 : efrank 1.1 return;
1053 :     }
1054 :    
1055 :     sub assign_link {
1056 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
1057 :     my($assign_url,$assign_link);
1058 :    
1059 :     if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func)))
1060 :     {
1061 :     $cgi->delete('request');
1062 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
1063 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
1064 :     }
1065 :     else
1066 :     {
1067 :     $assign_link = "";
1068 :     }
1069 :     return $assign_link;
1070 :     }
1071 :    
1072 :     sub pin_link {
1073 :     my($cgi,$peg) = @_;
1074 :     my $user = $cgi->param('user');
1075 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1076 :    
1077 : golsen 1.18 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user";
1078 : efrank 1.1 my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1079 :     return $cluster_link;
1080 :     }
1081 :    
1082 :     sub set_map_links {
1083 :     my($fig,$org,$func) = @_;
1084 :    
1085 :     if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/)
1086 :     {
1087 :     my $before = $1;
1088 :     my $ec = $2;
1089 :     my $after = $3;
1090 :     return &set_map_links($fig,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig,$org,$ec) . &set_map_links($fig,$org,$after);
1091 :     }
1092 :     return $func;
1093 :     }
1094 :    
1095 :     sub set_ec_to_maps {
1096 :     my($fig,$org,$ec) = @_;
1097 :    
1098 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1099 :     if (@maps > 0)
1100 :     {
1101 :     $cgi->delete('request');
1102 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1103 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1104 :     return $link;
1105 :     }
1106 :     return $ec;
1107 :     }
1108 :    
1109 :     sub show_ec_to_maps {
1110 :     my($fig,$cgi,$html,$ec) = @_;
1111 :    
1112 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1113 :     if (! $ec)
1114 :     {
1115 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1116 :     return;
1117 :     }
1118 :    
1119 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1120 :     if (@maps > 0)
1121 :     {
1122 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1123 :     my $map;
1124 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),$fig->map_name($map)] } @maps];
1125 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . $fig->ec_name($ec)));
1126 :     }
1127 :     }
1128 :    
1129 :     sub map_link {
1130 :     my($cgi,$map) = @_;
1131 :    
1132 :     $cgi->delete('request');
1133 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1134 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1135 :     return $link;
1136 :     }
1137 :    
1138 :     sub link_to_map {
1139 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
1140 :    
1141 :     my $map = $cgi->param('map');
1142 :     if (! $map)
1143 :     {
1144 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1145 :     return;
1146 :     }
1147 :    
1148 :     my $org = $cgi->param('org');
1149 :     if (! $org)
1150 :     {
1151 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1152 :     return;
1153 :     }
1154 :     my$user = $cgi->param('user');
1155 :     $user = $user ? $user : "";
1156 :    
1157 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1158 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1159 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1160 :     &HTML::trim_output(\@out);
1161 :     push(@$html,@out);
1162 :     }
1163 :    
1164 :     sub aa_sequence {
1165 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1166 :     my($seq,$func,$i);
1167 :    
1168 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1169 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->get_translation($prot))
1170 :     {
1171 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1172 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1173 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1174 :     {
1175 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1176 :     {
1177 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1178 :     }
1179 :     else
1180 :     {
1181 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1182 :     }
1183 :     }
1184 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1185 :     }
1186 :     else
1187 :     {
1188 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1189 :     }
1190 :     }
1191 :    
1192 :     sub dna_sequence {
1193 :     my($fig,$cgi,$html,$fid) = @_;
1194 :     my($seq,$func,$i);
1195 :    
1196 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1197 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($fid),scalar $fig->feature_location($fid)))
1198 :     {
1199 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1200 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1201 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1202 :     {
1203 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1204 :     {
1205 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1206 :     }
1207 :     else
1208 :     {
1209 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1210 :     }
1211 :     }
1212 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1213 :     }
1214 :     else
1215 :     {
1216 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1217 :     }
1218 :     }
1219 :    
1220 :     sub show_fusions {
1221 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1222 :    
1223 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1224 :     $user = $user ? $user : "";
1225 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1226 : overbeek 1.22 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user";
1227 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1228 :     print join("",@out);
1229 :     exit;
1230 : overbeek 1.2 }
1231 :    
1232 :     sub print_compared_regions {
1233 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
1234 :    
1235 :     my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
1236 :     if (@closest_pegs > 0)
1237 :     {
1238 :     if ($fig->possibly_truncated($peg))
1239 :     {
1240 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1241 :     }
1242 : overbeek 1.13 @closest_pegs = $fig->sort_fids_by_taxonomy(@closest_pegs);
1243 : overbeek 1.2 unshift(@closest_pegs,$peg);
1244 :     my @all_pegs = ();
1245 :     my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
1246 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
1247 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1248 : overbeek 1.35
1249 :     ################################### add commentary capability
1250 :    
1251 :     my @commentary_form = ();
1252 :     my $ctarget = "window$$";
1253 :     my $user = $cgi->param('user');
1254 :     push(@commentary_form,$cgi->start_form(-target => $ctarget,
1255 :     -action => &FIG::cgi_url . "/chromosomal_clusters.cgi"
1256 :     ));
1257 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "request", -value => "show_commentary"));
1258 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "prot", -value => $peg));
1259 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "user", -value => $user));
1260 :    
1261 :     my($gene,$n,%how_many,$val,@vals,$x);
1262 :     my($i,$map);
1263 :     @vals = ();
1264 :     for ($i=(@$gg - 1); ($i >= 0); $i--)
1265 :     {
1266 :     my @vals1 = ();
1267 :     $map = $gg->[$i];
1268 :     my $found = 0;
1269 :     my $got_red = 0;
1270 :     undef %how_many;
1271 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1272 :     {
1273 :     if (($x = $gene->[3]) ne "grey")
1274 :     {
1275 :     $n = $gene->[4];
1276 :     if ($n == 1) { $got_red = 1 }
1277 :     $how_many{$n}++;
1278 :     $gene->[5] =~ /(fig\|\d+\.\d+\.peg\.\d+)/;
1279 :     $val = join("@",($n,$i,$1,$map->[0],$how_many{$n}));
1280 :     push(@vals1,$val);
1281 :     $found++;
1282 :     }
1283 :     }
1284 :    
1285 :     if (! $got_red)
1286 :     {
1287 :     splice(@$gg,$i,1);
1288 :     }
1289 :     else
1290 :     {
1291 :     push(@vals,@vals1);
1292 :     }
1293 :     }
1294 :    
1295 :     if (@$gg == 0)
1296 :     {
1297 :     push(@$html,$cgi->h1("Sorry, no pins worked out"));
1298 :     }
1299 :     else
1300 :     {
1301 :     push(@commentary_form,$cgi->hidden(-name => "show", -value => [@vals]));
1302 :     push(@commentary_form,$cgi->submit('commentary'));
1303 :     push(@commentary_form,$cgi->end_form());
1304 :     push(@$html,@commentary_form);
1305 :     }
1306 :     ################################################################end commentary
1307 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1308 :     }
1309 :     }
1310 :    
1311 :     sub closest_pegs {
1312 :     my($fig,$peg,$n) = @_;
1313 :     my($id2,$d,$peg2,$i);
1314 :    
1315 :     my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } $fig->sims($peg,5,1.0e-20,"all");
1316 :    
1317 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1318 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1319 : overbeek 1.3 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} $fig->in_pch_pin_with($peg);
1320 : overbeek 1.2 my $g1 = &FIG::genome_of($peg);
1321 :     @pinned_to =
1322 :     map {$_->[1] }
1323 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1324 :     map { $peg2 = $_; $d = $fig->crude_estimate_of_distance($g1,&FIG::genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1325 :     @pinned_to;
1326 :    
1327 :     for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++)
1328 :     {
1329 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1330 :     }
1331 :     return return keys(%closest);
1332 :     }
1333 :    
1334 :     sub build_maps {
1335 :     my($fig,$pinned_pegs,$all_pegs) = @_;
1336 :     my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1337 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1338 :    
1339 :     $gg = [];
1340 :     foreach $peg (@$pinned_pegs)
1341 :     {
1342 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
1343 :     ($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
1344 :     if ($contig && $beg && $end)
1345 :     {
1346 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1347 :     $min = $mid - 8000;
1348 :     $max = $mid + 8000;
1349 :     $genes = [];
1350 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1351 :     foreach $fid (@$feat)
1352 :     {
1353 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &FIG::boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid));
1354 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1355 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1356 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),
1357 :     &FIG::max($beg1,$end1),
1358 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1359 :     "grey",
1360 :     "",
1361 :     $fid]);
1362 :    
1363 :     if ($fid =~ /peg/)
1364 :     {
1365 :     push(@$all_pegs,$fid);
1366 :     }
1367 :     }
1368 :     $map = [&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),0,$max+1-$min,
1369 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1370 :     push(@$gg,$map);
1371 :     }
1372 :     }
1373 :     return $gg;
1374 :     }
1375 :    
1376 :     sub in {
1377 :     my($x,$xL) = @_;
1378 :     my($i);
1379 :    
1380 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1381 :     return ($i < @$xL);
1382 :     }
1383 :    
1384 :     sub in_bounds {
1385 :     my($min,$max,$x) = @_;
1386 :    
1387 :     if ($x < $min) { return $min }
1388 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1389 :     else { return $x }
1390 :     }
1391 :    
1392 :     sub decr_coords {
1393 :     my($genes,$min) = @_;
1394 :     my($gene);
1395 :    
1396 :     foreach $gene (@$genes)
1397 :     {
1398 :     $gene->[0] -= $min;
1399 :     $gene->[1] -= $min;
1400 :     }
1401 :     return $genes;
1402 :     }
1403 :    
1404 :     sub flip_map {
1405 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1406 :     my($gene);
1407 :    
1408 :     foreach $gene (@$genes)
1409 :     {
1410 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1411 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1412 :     }
1413 :     return $genes;
1414 :     }
1415 :    
1416 :     sub cluster_genes {
1417 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1418 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1419 :    
1420 :     my @color_sets = ();
1421 :    
1422 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1423 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1424 :     {
1425 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1426 :     if (! $seen{$i})
1427 :     {
1428 :     $cluster = [$i];
1429 :     $seen{$i} = 1;
1430 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++)
1431 :     {
1432 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1433 :     foreach $k (@$x)
1434 :     {
1435 :     if (! $seen{$k})
1436 :     {
1437 :     push(@$cluster,$k);
1438 :     $seen{$k} = 1;
1439 :     }
1440 :     }
1441 :     }
1442 :    
1443 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI))
1444 :     {
1445 :     push(@color_sets,$cluster);
1446 :     }
1447 :     }
1448 :     }
1449 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1450 :     $red_set = $color_sets[$i];
1451 :     splice(@color_sets,$i,1);
1452 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1453 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1454 :    
1455 :     my $color_sets = {};
1456 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++)
1457 :     {
1458 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]})
1459 :     {
1460 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1461 :     }
1462 :     }
1463 :     return $color_sets;
1464 :     }
1465 :    
1466 :     sub get_connections_by_similarity {
1467 :     my($all_pegs) = @_;
1468 : overbeek 1.5 my($i,$tmp,$peg1,%peg2i,%pos_of);
1469 : overbeek 1.2
1470 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1471 :     {
1472 : overbeek 1.5 $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
1473 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1474 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i])
1475 : overbeek 1.2 {
1476 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1477 :     }
1478 :     }
1479 :    
1480 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1481 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1482 :     {
1483 :     foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))
1484 :     {
1485 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2}))
1486 :     {
1487 :     foreach $y (@$x)
1488 :     {
1489 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1490 :     }
1491 :     }
1492 :     }
1493 :     }
1494 :     return \%conn;
1495 :     }
1496 :    
1497 :     sub set_colors_text_and_links {
1498 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1499 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1500 :    
1501 :     foreach $map (@$gg)
1502 :     {
1503 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1504 :     {
1505 :     $peg = $gene->[5];
1506 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg}))
1507 :     {
1508 : overbeek 1.35 $gene->[3] = ($color == 0) ? "red" : "color$color";
1509 : overbeek 1.2 $gene->[4] = $color + 1;
1510 :     }
1511 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1512 :     }
1513 :     }
1514 :     }
1515 :    
1516 :     sub peg_url {
1517 :     my($cgi,$peg) = @_;
1518 :    
1519 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1520 :     $cgi->delete('prot');
1521 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1522 :     $cgi->delete('prot');
1523 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1524 :    
1525 :     return $url;
1526 :     }
1527 :    
1528 :     sub possible_extensions {
1529 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1530 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1531 :    
1532 :     $g = &FIG::genome_of($peg);
1533 :    
1534 :     foreach $peg1 (@$closest_pegs)
1535 :     {
1536 :     if ($g ne &FIG::genome_of($peg1))
1537 :     {
1538 :     foreach $sim ($fig->sims($peg1,500,1.0e-5,"all"))
1539 :     {
1540 :     $id2 = $sim->id2;
1541 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && $fig->possibly_truncated($id2))
1542 :     {
1543 :     $poss{$id2} = 1;
1544 :     }
1545 :     }
1546 :     }
1547 :     }
1548 :     return keys(%poss);
1549 : efrank 1.1 }

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