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Annotation of /FigWebServices/protein.cgi

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Revision 1.31 - (view) (download)

1 : overbeek 1.23 use CGI;
2 :    
3 : efrank 1.1 use FIG;
4 :     my $fig = new FIG;
5 :    
6 :     use HTML;
7 :     use strict;
8 :     use GenoGraphics;
9 :     use CGI;
10 :     my $cgi = new CGI;
11 :    
12 :     if (0)
13 :     {
14 :     print $cgi->header;
15 :     my @params = $cgi->param;
16 :     print "<pre>\n";
17 :     foreach $_ (@params)
18 :     {
19 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
20 :     }
21 :     exit;
22 :     }
23 :    
24 :     my $html = [];
25 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED Protein Page</TITLE>\n";
26 : efrank 1.1
27 :     my $prot = $cgi->param('prot');
28 :     if (! $prot)
29 :     {
30 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
31 : efrank 1.1 push(@$html,"<h1>Sorry, you need to specify a protein</h1>\n");
32 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
33 :     exit;
34 :     }
35 : overbeek 1.16 elsif ($prot !~ /^fig\|/)
36 :     {
37 :     if ($_ = $fig->by_alias($prot))
38 :     {
39 :     $prot = $_;
40 :     }
41 :     else
42 :     {
43 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
44 : overbeek 1.16 push(@$html,"<h1>Sorry, $prot appears not to have a FIG id at this point</h1>\n");
45 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
46 :     exit;
47 :     }
48 :     }
49 :    
50 : efrank 1.1 my $request = $cgi->param("request");
51 :     $request = defined($request) ? $request : "";
52 :    
53 : overbeek 1.11 if ($request eq "use_protein_tool") { &use_protein_tool($fig,$cgi,$prot); }
54 :     elsif ($request eq "view_annotations") { &view_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
55 : overbeek 1.15 elsif ($request eq "view_all_annotations") { &view_all_annotations($fig,$cgi,$html,$prot); }
56 : overbeek 1.11 elsif ($request eq "aa_sequence") { &aa_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
57 :     elsif ($request eq "dna_sequence") { &dna_sequence($fig,$cgi,$html,$prot); }
58 :     elsif ($request eq "fast_assign") { &make_assignment($fig,$cgi,$html,$prot); }
59 :     elsif ($request eq "show_coupling_evidence") { &show_coupling_evidence($fig,$cgi,$html,$prot); }
60 :     elsif ($request eq "ec_to_maps") { &show_ec_to_maps($fig,$cgi,$html); }
61 :     elsif ($request eq "link_to_map") { &link_to_map($fig,$cgi,$html); }
62 :     elsif ($request eq "fusions") { &show_fusions($fig,$cgi,$html,$prot); }
63 :     else { &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot); }
64 : efrank 1.1
65 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
66 : overbeek 1.11 exit;
67 :    
68 :     #==============================================================================
69 :     # use_protein_tool
70 :     #==============================================================================
71 : efrank 1.1
72 :     sub use_protein_tool {
73 :     my($fig,$cgi,$prot) = @_;
74 :     my($url,$method,@args,$line,$name,$val);
75 :    
76 :     my $seq = $fig->get_translation($prot);
77 :     if (! $seq)
78 :     {
79 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
80 : efrank 1.1 push(@$html,$cgi->h1("Sorry, $prot does not have a translation"));
81 :     return;
82 :     }
83 :     my $protQ = quotemeta $prot;
84 :    
85 :     my $tool = $cgi->param('tool');
86 :     $/ = "\n//\n";
87 :     my @tools = grep { $_ =~ /^$tool\n/ } `cat $FIG_Config::global/LinksToTools`;
88 :     if (@tools == 1)
89 :     {
90 :     chomp $tools[0];
91 :     (undef,undef,$url,$method,@args) = split(/\n/,$tools[0]);
92 :     my $args = [];
93 :     foreach $line (@args)
94 :     {
95 :     ($name,$val) = split(/\t/,$line);
96 :     $val =~ s/FIGID/$prot/;
97 :     $val =~ s/FIGSEQ/$seq/;
98 :     $val =~ s/\\n/\n/g;
99 :     push(@$args,[$name,$val]);
100 :     }
101 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Tool</TITLE>\n";
102 : efrank 1.1 push(@$html,&HTML::get_html($url,$method,$args));
103 :     }
104 :     }
105 :    
106 : overbeek 1.11 #==============================================================================
107 :     # make_assignment
108 :     #==============================================================================
109 :    
110 : efrank 1.1 sub make_assignment {
111 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
112 :     my($userR);
113 :    
114 :     my $function = $cgi->param('func');
115 :     my $user = $cgi->param('user');
116 :    
117 :     if ($function && $user && $prot)
118 :     {
119 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
120 :     {
121 :     $userR = $1;
122 :     $fig->assign_function($prot,"master",$function,"");
123 :     $fig->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");
124 :     }
125 :     else
126 :     {
127 :     $fig->assign_function($prot,$user,$function,"");
128 :     $fig->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");
129 :     }
130 :     }
131 :     $cgi->delete("request");
132 :     $cgi->delete("func");
133 :     &show_initial($fig,$cgi,$html,$prot);
134 :     }
135 :    
136 : overbeek 1.11 #==============================================================================
137 :     # view_annotations
138 :     #==============================================================================
139 :    
140 : efrank 1.1 sub view_annotations {
141 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
142 :    
143 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
144 : efrank 1.1 my $col_hdrs = ["who","when","annotation"];
145 : overbeek 1.9 my $tab = [ map { [$_->[2],$_->[1],"<pre>" . $_->[3] . "<\/pre>"] } $fig->feature_annotations($prot) ];
146 : efrank 1.1 if (@$tab > 0)
147 :     {
148 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Annotations for $prot"));
149 :     }
150 :     else
151 :     {
152 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $prot</h1>\n");
153 :     }
154 :     }
155 :    
156 : overbeek 1.15 sub view_all_annotations {
157 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
158 :     my($ann);
159 :    
160 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Annotations</TITLE>\n";
161 : overbeek 1.15 if ($fig->is_real_feature($peg))
162 :     {
163 :     my $col_hdrs = ["who","when","PEG","genome","annotation"];
164 :     my @related = $fig->related_by_func_sim($peg,$cgi->param('user'));
165 :     push(@related,$peg);
166 :    
167 :     my @annotations = $fig->merged_related_annotations(\@related);
168 :    
169 :     my $tab = [ map { $ann = $_;
170 :     [$ann->[2],$ann->[1],&HTML::fid_link($cgi,$ann->[0]),
171 :     $fig->genus_species(&FIG::genome_of($ann->[0])),
172 :     "<pre>" . $ann->[3] . "</pre>"
173 :     ] } @annotations];
174 :     if (@$tab > 0)
175 :     {
176 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"All Related Annotations for $peg"));
177 :     }
178 :     else
179 :     {
180 :     push(@$html,"<h1>No Annotations for $peg</h1>\n");
181 :     }
182 :     }
183 :     }
184 :    
185 : overbeek 1.11 #==============================================================================
186 :     # show_coupling_evidence
187 :     #==============================================================================
188 :    
189 : efrank 1.1 sub show_coupling_evidence {
190 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
191 :     my($pair,$peg1,$peg2,$link1,$link2);
192 :    
193 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Functional Coupling</TITLE>\n";
194 : efrank 1.1 my $user = $cgi->param('user');
195 :     my $to = $cgi->param('to');
196 : overbeek 1.24 my @coup = grep { $_->[1] eq $to } $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,2,"keep");
197 : efrank 1.1
198 :     if (@coup != 1)
199 :     {
200 :     push(@$html,"<h1>Sorry, no evidence that $peg is coupled to $to</h1>\n");
201 :     }
202 :     else
203 :     {
204 :     my $col_hdrs = ["Peg1","Organism1","Function1","Peg2","Organism2","Function2"];
205 :     my $tab = [];
206 :     foreach $pair (@{$coup[0]->[2]})
207 :     {
208 :     ($peg1,$peg2) = @$pair;
209 :     $link1 = &HTML::fid_link($cgi,$peg1);
210 :     $link2 = &HTML::fid_link($cgi,$peg2);
211 : overbeek 1.11 push( @$tab, [ $link1,
212 :     $fig->org_of($peg1),
213 :     scalar $fig->function_of($peg1,$user),
214 :     $link2,
215 :     $fig->org_of($peg2),
216 :     scalar $fig->function_of($peg2,$user)
217 :     ]
218 :     );
219 : efrank 1.1 }
220 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Evidence that $peg Is Coupled To $to"));
221 :     }
222 :     }
223 :    
224 : overbeek 1.11 #==============================================================================
225 :     # psi_blast_prot_sequence
226 :     #==============================================================================
227 :    
228 : efrank 1.1 sub psi_blast_prot_sequence {
229 :     my($fig,$cgi,$prot_id) = @_;
230 :     }
231 :    
232 : overbeek 1.11 #==============================================================================
233 :     # show_initial
234 :     #==============================================================================
235 :    
236 : efrank 1.1 sub show_initial {
237 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
238 :    
239 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Page</TITLE>\n";
240 : efrank 1.1 my $gs = $fig->org_of($prot);
241 :     push(@$html,"<h1>Protein $prot: $gs</h1>\n");
242 :     if ($prot =~ /^fig\|\d+\.\d+\.peg/)
243 :     {
244 :     my $msg;
245 : overbeek 1.11 my $url = $cgi->self_url();
246 :     if ($cgi->param('translate')) {
247 :     $url =~ s/[;&]translate(=[^;&])?//i or $url =~ s/translate(=[^;&])?[;&]//i;
248 :     $msg = "Turn Off Function Translation";
249 :     }
250 :     else
251 :     {
252 :     $url .= ";translate=1";
253 :     $msg = "Translate Function Assignments";
254 :     }
255 :     push(@$html, "<a href=\"$url\">$msg</a><br>\n");
256 : efrank 1.1
257 :     &display_peg($fig,$cgi,$html,$prot);
258 :     }
259 :     else
260 :     {
261 :     # &display_external($fig,$cgi,$html,$prot);
262 :     }
263 :     }
264 :    
265 : overbeek 1.11 #==============================================================================
266 :     # display_peg
267 :     #==============================================================================
268 :    
269 : efrank 1.1 sub display_peg {
270 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
271 :     my $loc;
272 :    
273 :     my $half_sz = 5000;
274 : overbeek 1.10 my $fc = $cgi->param('fc');
275 :     my @fc_data;
276 :     if ($fc)
277 :     {
278 : overbeek 1.24 @fc_data = $fig->coupling_and_evidence($peg,5000,1.0e-10,2,"keep");
279 : overbeek 1.10 }
280 :     else
281 :     {
282 :     @fc_data = ();
283 :     }
284 : efrank 1.1
285 :     if ($loc = $fig->feature_location($peg))
286 :     {
287 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
288 :     my $min = &FIG::max(0,&FIG::min($beg,$end) - $half_sz);
289 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $half_sz;
290 :     my($feat,$min,$max) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
291 :    
292 :     &print_context($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$min,$max);
293 :     }
294 :    
295 :     &print_assignments($fig,$cgi,$html,$peg);
296 :    
297 :     push(@$html,$cgi->hr);
298 : overbeek 1.15 my $link1 = $cgi->self_url() . "&request=view_annotations";
299 :     my $link2 = $cgi->self_url() . "&request=view_all_annotations";
300 :     push(@$html,"<br><a href=$link1>To View Annotations</a>/<a href=$link2>To View All Related Annotations</a>\n");
301 : efrank 1.1
302 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=aa_sequence";
303 :     push(@$html,"<br><a href=$link>Protein Sequence</a>\n");
304 :    
305 :     $link = $cgi->self_url() . "&request=dna_sequence";
306 :     push(@$html,"<br><a href=$link>DNA Sequence</a>\n");
307 :    
308 :     $link = $cgi->url();
309 :     $link =~ s/protein.cgi/fid_checked.cgi/;
310 :     my $user = $cgi->param('user');
311 :     if (! $user)
312 :     {
313 :     $user = "";
314 :     }
315 :     else
316 :     {
317 :     $link = $link . "?fid=$prot&user=$user&checked=$prot&assign/annotate=assign/annotate";
318 :     push(@$html,"<br><a href=$link target=checked_window>To Make an Annotation</a>\n");
319 :     }
320 :    
321 :     if ((! $fc) && ($fig->feature_location($peg)))
322 :     {
323 :     my $link = $cgi->self_url() . "&fc=1";
324 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Detailed Functional Coupling Data</a>\n");
325 :     }
326 :     elsif ($fc)
327 :     {
328 : overbeek 1.10 &print_fc($fig,$cgi,$html,$peg,\@fc_data);
329 : efrank 1.1 }
330 :    
331 :     my $link = $cgi->self_url() . "&request=fusions";
332 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Get Fusion Data</a>\n");
333 :    
334 :     my $has_translation = $fig->translatable($peg);
335 : overbeek 1.2 if ((! $cgi->param('compare_region')) && $has_translation)
336 :     {
337 :     my $link = $cgi->self_url() . "&compare_region=1";
338 :     push(@$html,"<br><a href=$link>To Compare Region</a>\n");
339 :     }
340 :     elsif ($cgi->param('compare_region'))
341 :     {
342 :     &print_compared_regions($fig,$cgi,$html,$peg);
343 :     }
344 :    
345 : overbeek 1.11 my $sims = $cgi->param('sims');
346 : efrank 1.1 if ((! $sims) && $has_translation)
347 :     {
348 : golsen 1.18 my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 5;
349 :     my $maxN = $cgi->param('maxN') || 50; # Default 50, not 5 (GJO)
350 :     my $maxP = $cgi->param('maxP') || 1.0e-5;
351 :     my $ex_raw = $cgi->param('expand_raw') || 0; # Default 0, not 1 (GJO)
352 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
353 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
354 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
355 :    
356 : overbeek 1.12 push( @$html, $cgi->start_form(-action => "protein.cgi"));
357 :     if ($cgi->param('translate'))
358 :     {
359 :     push(@$html,$cgi->hidden(-name => 'translate', -value => 1));
360 :     }
361 :     push( @$html, $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
362 : overbeek 1.11 $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
363 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
364 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
365 :     $cgi->submit('Similarities'),
366 : golsen 1.18 " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => $maxN, -override => 1),
367 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
368 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
369 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
370 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
371 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
372 : overbeek 1.11 $cgi->end_form
373 :     );
374 : efrank 1.1 }
375 :     elsif ($sims)
376 :     {
377 :     &print_similarities($fig,$cgi,$html,$peg);
378 :     }
379 :    
380 :     if ($has_translation)
381 :     {
382 :     &show_tools($fig,$cgi,$html,$peg);
383 :     }
384 :     }
385 :    
386 :     ################# Table-Driven Show Tools ############################
387 :    
388 :     sub show_tools {
389 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
390 :    
391 :     $cgi->param(-name => "request",
392 :     -value => "use_protein_tool");
393 :     my $url = $cgi->self_url();
394 :    
395 :     if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/LinksToTools"))
396 :     {
397 :     push(@$html,$cgi->hr);
398 :     my $col_hdrs = ["Tool","Description"];
399 :     my $tab = [];
400 :    
401 :     $/ = "\n//\n";
402 :     while (defined($_ = <TMP>))
403 :     {
404 :     my($tool,$desc) = split(/\n/,$_);
405 :     push(@$tab,["<a href=\"$url\&tool=$tool\">$tool</a>",$desc]);
406 :     }
407 :     close(TMP);
408 :     $/ = "\n";
409 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Tools to Analyze Protein Sequences"));
410 :     }
411 :     $cgi->delete('request');
412 :     }
413 :    
414 :     ################# Functional Coupling ############################
415 :    
416 :     sub print_fc {
417 : overbeek 1.10 my($fig,$cgi,$html,$peg,$fc_data) = @_;
418 : efrank 1.1 my($sc,$neigh);
419 :    
420 :     my $user = $cgi->param('user');
421 :     my @tab = map { ($sc,$neigh) = @$_;
422 :     [&ev_link($cgi,$neigh,$sc),$neigh,scalar $fig->function_of($neigh,$user)]
423 :     }
424 : overbeek 1.10 @$fc_data;
425 : efrank 1.1 if (@tab > 0)
426 :     {
427 :     push(@$html,"<hr>\n");
428 :     my $col_hdrs = ["Score","Peg","Function"];
429 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,\@tab,"Functional Coupling"));
430 :     }
431 :     }
432 :    
433 :     sub ev_link {
434 :     my($cgi,$neigh,$sc) = @_;
435 :    
436 :     my $prot = $cgi->param('prot');
437 :     my $link = $cgi->url() . "?request=show_coupling_evidence&prot=$prot&to=$neigh";
438 :     return "<a href=$link>$sc</a>";
439 :     }
440 :    
441 :     ################# Assignments ############################
442 :    
443 :     sub trans_function_of {
444 :     my($cgi,$fig,$peg,$user) = @_;
445 :    
446 :     if (wantarray())
447 :     {
448 :     my $x;
449 :     my @funcs = $fig->function_of($peg);
450 :     if ($cgi->param('translate'))
451 :     {
452 :     @funcs = map { $x = $_; $x->[1] = $fig->translate_function($x->[1]); $x } @funcs;
453 :     }
454 :     return @funcs;
455 :     }
456 :     else
457 :     {
458 :     my $func = $fig->function_of($peg,$user);
459 :     if ($cgi->param('translate'))
460 :     {
461 :     $func = $fig->translate_function($func);
462 :     }
463 :     return $func;
464 :     }
465 :     }
466 :    
467 :     sub print_assignments {
468 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
469 :     my($who,$func,$ec,@ecs,@tmp,$id,$i,$master_func,$user_func,$x);
470 :    
471 :     my $user = $cgi->param('user');
472 :     my @funcs = map { [$peg,@$_] } &trans_function_of($cgi,$fig,$peg);
473 :    
474 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne "master"); $i++) {}
475 :     if ($i < @funcs)
476 :     {
477 :     $master_func = $funcs[$i]->[2];
478 :     }
479 :     else
480 :     {
481 :     $master_func = "";
482 :     }
483 :    
484 :     for ($i=0; ($i < @funcs) && ($funcs[$i]->[1] ne $user); $i++) {}
485 :     if ($i < @funcs)
486 :     {
487 :     $user_func = $funcs[$i]->[2];
488 :     }
489 :     else
490 :     {
491 :     $user_func = $master_func;
492 :     }
493 :     push(@$html,$cgi->h2("Current Assignment: $peg: $user_func"));
494 :     my @maps_to = grep { $_ ne $peg } map { $_->[0] } $fig->mapped_prot_ids($peg);
495 :     @funcs = ();
496 :     foreach $id (@maps_to)
497 :     {
498 :     if (($id ne $peg) && (@tmp = &trans_function_of($cgi,$fig,$id)) && (@tmp > 0))
499 :     {
500 :     push(@funcs, map { $x = $_; [$id,@$_] } @tmp);
501 :     }
502 :     }
503 :     @funcs = map { ($_->[1] eq "master") ? [$_->[0],"",$_->[2]] : $_ } @funcs;
504 :     push(@$html,"<hr>\n");
505 :    
506 :     if ((@funcs == 0) && (! $user_func))
507 :     {
508 :     push(@$html,$cgi->h1("No function has been assigned"));
509 :     }
510 : overbeek 1.25
511 :     my $tab = [ map { ($id,$who,$func) = @$_; [ &HTML::set_prot_links($cgi,$id),$fig->org_of($id),$who,($user ? &assign_link($cgi,$func,$user_func) : ""), &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($peg),$func)] } @funcs ];
512 :     if (@$tab > 0)
513 : efrank 1.1 {
514 :     my $col_hdrs = ["Id","Organism","Who","ASSIGN","Assignment"];
515 :     my $title = "Assignments for Essentially Identical Proteins";
516 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
517 :     }
518 :    
519 : overbeek 1.26
520 : olson 1.28 #
521 :     # Show the subsystems in which this protein participates.
522 :     #
523 :    
524 :     if (my @subsystems = $fig->subsystems_for_peg($peg))
525 :     {
526 :     push(@$html,
527 :     $cgi->hr,
528 :     $cgi->h2("Subsystems in which this peg is present"));
529 :    
530 :     my(@hdrs);
531 :     my(@table);
532 :    
533 :     @hdrs = ("Subsystem", "Role");
534 :    
535 :     for my $ent (@subsystems)
536 :     {
537 :     my($sub, $role) = @$ent;
538 :     my $url = $cgi->a({href => "ssa2.cgi?user=$user&ssa_name=$sub&request=show_ssa"}, $sub);
539 :     push(@table, [$url, $role]);
540 :     }
541 :     push(@$html, &HTML::make_table(\@hdrs, \@table));
542 :     }
543 :    
544 : overbeek 1.26 push(@$html,$cgi->hr);
545 : overbeek 1.31
546 :     my @links = $fig->peg_links($peg);
547 :     if (@links > 0)
548 : overbeek 1.25 {
549 : overbeek 1.31 my $col_hdrs = [1,2,3,4,5];
550 : overbeek 1.25 my $title = "Links to Related Entries in Other Sites";
551 : overbeek 1.31 my $tab = [];
552 :     my ($n,$i);
553 :     for ($i=0; ($i < @links); $i += 5)
554 :     {
555 :     $n = (($i + (5-1)) < @links) ? $i+(5-1) : $i+(@links - $i);
556 :     push(@$tab,[@links[$i..$n]]);
557 :     }
558 : overbeek 1.26 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,$title));
559 : overbeek 1.25 }
560 :    
561 : overbeek 1.26 my $url = &FIG::cgi_url . "/add_links.cgi?peg=$peg";
562 :     push(@$html,"<a href=$url>To Add New Links to this Gene</a>\n");
563 :    
564 : efrank 1.1 # $_ = join("",map { $_->[1] } @funcs);
565 :     # @ecs = ($_ =~ /\d\.\d+\.\d+\.\d+/g);
566 :     # foreach $ec (@ecs)
567 :     # {
568 :     # my $kegg_link = &HTML::kegg_link($ec);
569 :     # push(@$html,"<br>$kegg_link<br>\n");
570 :     # }
571 :     }
572 :    
573 :    
574 :    
575 :     ################# Similarities ############################
576 :    
577 :    
578 :     sub print_similarities {
579 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
580 :     my($maxN,$maxP,$expand_groups,$ex_checked);
581 :    
582 : golsen 1.18 my $user = $cgi->param('user') || "";
583 : efrank 1.1 my $current_func = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
584 :    
585 : golsen 1.18 $maxN = defined( $cgi->param('maxN') ) ? $cgi->param('maxN') : 5;
586 :     $maxP = defined( $cgi->param('maxP') ) ? $cgi->param('maxP') : 1.0e-5;
587 :     $expand_groups = $cgi->param('expand_groups');
588 :     $ex_checked = $expand_groups ? "checked" : "";
589 :    
590 :     my $max_expand = $cgi->param('max_expand') || 0;
591 :     my $just_fig = $cgi->param('just_fig') || 0;
592 : overbeek 1.23 my $show_env = $cgi->param('show_env') || 0;
593 : golsen 1.18 my $hide_alias = $cgi->param('hide_alias') || 0;
594 : efrank 1.1
595 :     push(@$html,"<hr>\n");
596 :    
597 :     push(@$html, $cgi->h1('Similarities'),
598 :     $cgi->start_form(-action => "protein.cgi"),
599 :     $cgi->hidden(-name => 'prot', -value => $peg),
600 :     $cgi->hidden(-name => 'sims', -value => 1),
601 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
602 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
603 :     $cgi->submit('more similarities'),
604 : golsen 1.18 #
605 :     # Do we want to stop automatically doubling the maxN value?
606 :     # It changes the parameters out from under the user if they just
607 :     # want to resubmit with new value of, for example, just_fig. -- GJO
608 :     #
609 :     " MaxN: ", $cgi->textfield(-name => 'maxN', -size => 5, -value => 2 * $maxN, -override => 1),
610 :     " Max expand: ", $cgi->textfield(-name => 'max_expand', -size => 5, -value => $max_expand, -override => 1),
611 :     " MaxP: ", $cgi->textfield(-name => 'maxP', -size => 10, -value => $maxP),
612 :     " Just FIG Ids: ", $cgi->checkbox(-name => 'just_fig', -value => 1, -checked => $just_fig, -override => 1, -label => ""),
613 : overbeek 1.23 " Show Env. samples: ", $cgi->checkbox(-name => 'show_env', -value => 1, -checked => $show_env, -override => 1, -label => ""),
614 : golsen 1.18 " Hide aliases: ", $cgi->checkbox(-name => 'hide_alias', -value => 1, -checked => $hide_alias, -override => 1, -label => ""),
615 : efrank 1.1 $cgi->end_form,
616 :    
617 :     $cgi->hr
618 :     );
619 :    
620 : golsen 1.18 my $select = $just_fig ? "fig" : "all";
621 :     my @sims = $fig->sims( $peg, $maxN, $maxP, $select, $max_expand );
622 : efrank 1.1
623 :     if (@sims)
624 :     {
625 :     my @from = $cgi->radio_group(-name => 'from',
626 :     -nolabels => 1,
627 : efrank 1.8 -override => 1,
628 : efrank 1.1 -values => ["",$peg,map { $_->id2 } @sims]);
629 :    
630 :     my $target = "window$$";
631 : golsen 1.18 push( @$html, $cgi->start_form( -method => 'post',
632 :     -target => $target,
633 :     -action => 'fid_checked.cgi'
634 :     ),
635 :     $cgi->hidden(-name => 'fid', -value => $peg),
636 :     $cgi->hidden(-name => 'user', -value => $user),
637 :     $cgi->br,
638 :     "For Selected (checked) sequences: ",
639 :     $cgi->submit('align'),
640 :     $cgi->submit('view annotations'),
641 :     $cgi->submit('show regions')
642 :     );
643 : overbeek 1.11
644 :     if ($user)
645 : golsen 1.18 { my $help_url = "Html/help_for_assignments_and_rules.html";
646 : overbeek 1.11 push ( @$html, $cgi->br, $cgi->br,
647 :     "<a href=$help_url>Help on Assignments, Rules, and Checkboxes</a>",
648 :     $cgi->br, $cgi->br,
649 :     $cgi->submit('assign/annotate')
650 :     );
651 :    
652 : efrank 1.1 if ($cgi->param('translate'))
653 :     {
654 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->submit('add rules'),
655 :     $cgi->submit('check rules'),
656 :     $cgi->br
657 :     );
658 : efrank 1.1 }
659 :     }
660 :    
661 : overbeek 1.11 push( @$html, $cgi->br,
662 :     $cgi->checkbox( -name => 'checked',
663 :     -value => $peg,
664 :     -override => 1,
665 :     -checked => 1,
666 :     -label => ""
667 :     )
668 :     );
669 :    
670 :     my $col_hdrs;
671 : golsen 1.18 my $color_help = "(<A href=\"Html/similarity_region_colors.html\">colors explained</A>)";
672 : overbeek 1.11 if ($user && $cgi->param('translate'))
673 :     {
674 :     push( @$html, " ASSIGN to/Translate from/SELECT current PEG", $cgi->br,
675 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
676 :     "ASSIGN from/Translate to current PEG: ", shift @from
677 :     );
678 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>Translate from",
679 :     $expand_groups ? "family" : (),
680 :     $expand_groups ? "size" : (),
681 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
682 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
683 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
684 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
685 :     "ASSIGN from<hr>Translate to",
686 : overbeek 1.11 "Function",
687 :     "Organism",
688 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
689 : overbeek 1.11 ];
690 :     }
691 :     elsif ($user)
692 :     {
693 :     push( @$html, " ASSIGN to/SELECT current PEG", $cgi->br,
694 :     "ASSIGN/annotate with form: ", shift @from, $cgi->br,
695 :     "ASSIGN from current PEG: ", shift @from
696 :     );
697 : golsen 1.18 $col_hdrs = [ "ASSIGN to<hr>SELECT",
698 :     $expand_groups ? "family" : (),
699 :     $expand_groups ? "size" : (),
700 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
701 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
702 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
703 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
704 : overbeek 1.11 "ASSIGN from",
705 :     "Function",
706 :     "Organism",
707 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
708 : overbeek 1.11 ];
709 :     }
710 :     else
711 : efrank 1.1 {
712 : overbeek 1.11 push(@$html, " SELECT current PEG", $cgi->br );
713 :     $col_hdrs = [ "SELECT",
714 : golsen 1.18 $expand_groups ? "family" : (),
715 :     $expand_groups ? "size" : (),
716 : overbeek 1.11 "Similar sequence",
717 : overbeek 1.30 "E-val<br>% iden",
718 : golsen 1.18 "region in<br>similar sequence<br>$color_help",
719 :     "region in<br>$peg<br>$color_help",
720 : overbeek 1.11 "Function",
721 :     "Organism",
722 : golsen 1.18 ! $hide_alias ? "Aliases" : ()
723 : overbeek 1.11 ];
724 : efrank 1.1 }
725 :    
726 : golsen 1.18 #
727 :     # Total rewrite of sim table code: cleaner program flow; omitting
728 :     # empty columns; colorizing region-of-similarity cells -- GJO
729 :     #
730 :     # Start the similarity table with "Caption" and header row
731 :    
732 :     my $ncol = @$col_hdrs;
733 :     push( @$html, "<TABLE border cols=$ncol>\n",
734 :     "\t<Caption><h2>Similarities</h2></Caption>\n",
735 :     "\t<TR>\n\t\t<TH>",
736 :     join( "</TH>\n\t\t<TH>", @$col_hdrs ),
737 :     "</TH>\n\t</TR>\n"
738 :     );
739 :    
740 :     # Add the table data, row-by-row
741 : overbeek 1.11
742 : golsen 1.18 my $alia = ! $hide_alias;
743 : overbeek 1.11 my $sim;
744 :     foreach $sim ( @sims )
745 : efrank 1.1 {
746 : golsen 1.18 my $id2 = $sim->id2;
747 : overbeek 1.29 if ((! $show_env) && ($id2 =~ /^fig\|99999/))
748 :     {
749 :     shift @from;
750 :     next;
751 :     }
752 : golsen 1.18 my $cbox = $fig->translatable($id2) ?
753 :     qq(<input type=checkbox name=checked value="$id2">) : "";
754 : overbeek 1.11
755 : golsen 1.18 my( $family, $sz, $funcF, $fam_link );
756 :     if ($expand_groups && ($id2 =~ /^fig\|/) && ($family = $fig->in_family($id2)))
757 : efrank 1.1 {
758 : golsen 1.18 $sz = $fig->sz_family($family);
759 :     $funcF = html_enc( $fig->family_function($family) );
760 :     $fam_link = scalar &HTML::family_link( $family, $user );
761 : efrank 1.1 }
762 :     else
763 :     {
764 : golsen 1.18 $family = $sz = $funcF = $fam_link = "";
765 : efrank 1.1 }
766 :    
767 :     my $id2_link = &HTML::set_prot_links($cgi,$id2);
768 : golsen 1.18 chomp $id2_link;
769 :     my $psc = $sim->psc;
770 : overbeek 1.30 my $iden = $sim->iden;
771 : golsen 1.18 my $ln1 = $sim->ln1;
772 :     my $ln2 = $sim->ln2;
773 :     my $b1 = $sim->b1;
774 :     my $e1 = $sim->e1;
775 :     my $b2 = $sim->b2;
776 :     my $e2 = $sim->e2;
777 :     my $d1 = abs($e1 - $b1) + 1;
778 :     my $d2 = abs($e2 - $b2) + 1;
779 :     my $reg1 = "$b1-$e1 (<b>$d1/$ln1</b>)";
780 :     my $color1 = match_color( $b1, $e1, $ln1 );
781 :     my $reg2 = "$b2-$e2 (<b>$d2/$ln2</b>)";
782 :     my $color2 = match_color( $b2, $e2, $ln2 );
783 :     my $radio = $user ? shift @from : undef;
784 :     my $func2 = html_enc( scalar &trans_function_of( $cgi, $fig, $id2, $user ) );
785 :     if ($funcF && $funcF ne $func2) { $func2 = "$funcF<br>$func2" }
786 :     my $org = html_enc( $fig->org_of( $id2 ) );
787 :     my $aliases = $alia ? html_enc( join( ", ", $fig->feature_aliases($id2) ) )
788 :     : undef;
789 :    
790 :     # Okay, everything is calculated, let's "print" the row datum-by-datum:
791 :    
792 :     push( @$html, "\t<TR>\n",
793 :     "\t\t<TD Align=center>$cbox</TD>\n",
794 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$fam_link</TD>/n" : (),
795 :     $expand_groups ? "\t\t<TD>$sz</TD>\n" : (),
796 :     "\t\t<TD Nowrap>$id2_link</TD>\n",
797 : overbeek 1.30 "\t\t<TD Nowrap>$psc<br>$iden\%</TD>\n",
798 : golsen 1.18 "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color2>$reg2</TD>\n",
799 :     "\t\t<TD Nowrap Bgcolor=$color1>$reg1</TD>\n",
800 :     $user ? "\t\t<TD Align=center>$radio</TD>\n" : (),
801 :     "\t\t<TD>$func2</TD>\n",
802 :     "\t\t<TD>$org</TD>\n",
803 :     $alia ? "\t\t<TD>$aliases</TD>\n" : (),
804 :     "\t</TR>\n"
805 : overbeek 1.11 );
806 : efrank 1.1 }
807 : overbeek 1.11
808 : golsen 1.18 push( @$html, "</TABLE>\n" );
809 :     push( @$html, $cgi->end_form );
810 : efrank 1.1 }
811 :     }
812 :    
813 : golsen 1.18 #
814 :     # Support functions for writing the similarities
815 :     #
816 :     # This is a sufficient set of escaping for text in HTML:
817 :     #
818 :    
819 :     sub html_enc { $_ = $_[0]; s/\&/&amp;/g; s/\>/&gt;/g; s/\</&lt;/g; $_ }
820 :    
821 :     #
822 :     # Make a background color that reflects the position and extent of a
823 :     # matching region.
824 :     #
825 :     # Left side is red; right side is blue.
826 :     # Long match is white or pastel; short match is saturated color.
827 :     #
828 :    
829 :     sub match_color {
830 :     my ( $b, $e, $n ) = @_;
831 :     my ( $l, $r ) = ( $e > $b ) ? ( $b, $e ) : ( $e, $b );
832 :     # my $hue = 3/4 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/24;
833 :     my $hue = 5/6 * 0.5*($l+$r)/$n - 1/12;
834 :     my $cov = ( $r - $l + 1 ) / $n;
835 :     my $sat = 1 - 10 * $cov / 9;
836 :     # my $br = 0.8 + 0.2 * $cov;
837 :     my $br = 1;
838 :     rgb2html( hsb2rgb( $hue, $sat, $br ) );
839 :     }
840 :    
841 :     #
842 :     # Convert HSB to RGB. Hue is taken to be in range 0 - 1 (red to red);
843 :     #
844 :    
845 :     sub hsb2rgb {
846 :     my ( $h, $s, $br ) = @_;
847 :     $h = 6 * ($h - floor($h)); # Hue is made cyclic modulo 1
848 :     if ( $s > 1 ) { $s = 1 } elsif ( $s < 0 ) { $s = 0 }
849 :     if ( $br > 1 ) { $br = 1 } elsif ( $br < 0 ) { $br = 0 }
850 :     my ( $r, $g, $b ) = ( $h <= 3 ) ? ( ( $h <= 1 ) ? ( 1, $h, 0 )
851 :     : ( $h <= 2 ) ? ( 2 - $h, 1, 0 )
852 :     : ( 0, 1, $h - 2 )
853 :     )
854 :     : ( ( $h <= 4 ) ? ( 0, 4 - $h, 1 )
855 :     : ( $h <= 5 ) ? ( $h - 4, 0, 1 )
856 :     : ( 1, 0, 6 - $h )
857 :     );
858 :     ( ( $r * $s + 1 - $s ) * $br,
859 :     ( $g * $s + 1 - $s ) * $br,
860 :     ( $b * $s + 1 - $s ) * $br
861 :     )
862 :     }
863 :    
864 :     #
865 :     # Convert an RGB value to an HTML color string:
866 :     #
867 :    
868 :     sub rgb2html {
869 :     my ( $r, $g, $b ) = @_;
870 :     if ( $r > 1 ) { $r = 1 } elsif ( $r < 0 ) { $r = 0 }
871 :     if ( $g > 1 ) { $g = 1 } elsif ( $g < 0 ) { $g = 0 }
872 :     if ( $b > 1 ) { $b = 1 } elsif ( $b < 0 ) { $b = 0 }
873 :     sprintf("\"#%02x%02x%02x\"", int(255.999*$r), int(255.999*$g), int(255.999*$b) )
874 :     }
875 :    
876 :     #
877 :     # floor could be gotten from POSIX::, but why bother?
878 :     #
879 :    
880 :     sub floor {
881 :     my $x = $_[0];
882 :     defined( $x ) || return undef;
883 :     ( $x >= 0 ) || ( int($x) == $x ) ? int( $x ) : -1 - int( - $x )
884 :     }
885 :    
886 :    
887 : efrank 1.1 ################# Context on the Chromosome ############################
888 :    
889 :     sub print_context {
890 :     my($fig,$cgi,$html,$peg,$feat,$beg,$end) = @_;
891 :     my($contig1,$beg1,$end1,$strand,$max_so_far,$gap,$comment,$fc,$aliases);
892 :     my($why_related,$fid1,$sz,$color,$map,$gg,$n,$link,$in_neighborhood);
893 :    
894 :     $why_related = "";
895 :     my %in_cluster = map { $_ => 1 } $fig->in_cluster_with($peg);;
896 :    
897 :     my $col_hdrs = ["fid","starts","ends","size","","gap","fc","neigh","comment","aliases","Related"];
898 :     my($tab) = [];
899 :     my $genes = [];
900 :    
901 :     my $user = $cgi->param('user');
902 :     my $peg_function = &trans_function_of($cgi,$fig,$peg,$user);
903 :    
904 :     my($role,$role1,%related_roles);
905 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($peg_function))
906 :     {
907 :     foreach $role1 ($fig->neighborhood_of_role($role))
908 :     {
909 :     $related_roles{$role1} = 1;
910 :     }
911 :     }
912 :    
913 :     foreach $fid1 (@$feat)
914 :     {
915 :     $fc = $in_cluster{$fid1} ? &pin_link($cgi,$fid1) : "";
916 :     $aliases = $fig->feature_aliases($fid1);
917 : overbeek 1.6 ($contig1,$beg1,$end1) = $fig->boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid1));;
918 : efrank 1.1 $strand = ($beg1 < $end1) ? "+" : "-";
919 :    
920 :     if ($fid1 eq $peg) { $color = "green" }
921 :     elsif ($fc) { $color = "blue" }
922 :     else { $color = "red" }
923 :    
924 :     if ($fid1 =~ /peg\.(\d+)$/)
925 :     {
926 :     $n = $1;
927 :     $link = $cgi->url() . "?prot=$fid1&user=$user";
928 :     }
929 :     elsif ($fid1 =~ /\.([a-z]+)\.\d+$/)
930 :     {
931 :     $n = uc $1;
932 :     $link = "";
933 :     }
934 :     else
935 :     {
936 :     $n ="";
937 :     $link = "";
938 :     }
939 :    
940 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),&FIG::max($beg1,$end1),($strand eq "+") ? "rightArrow" : "leftArrow", $color,$n,$link]);
941 :     if ($max_so_far)
942 :     {
943 :     $gap = (&FIG::min($beg1,$end1) - $max_so_far) - 1;
944 :     }
945 :     else
946 :     {
947 :     $gap = "";
948 :     }
949 :     $max_so_far = &FIG::max($beg1,$end1);
950 :    
951 :    
952 :     $in_neighborhood = "";
953 :     if (&FIG::ftype($fid1) eq "peg")
954 :     {
955 :     $comment = &trans_function_of($cgi,$fig,$fid1,$user);
956 :     foreach $role (&FIG::roles_of_function($comment))
957 :     {
958 :     if ($related_roles{$role})
959 :     {
960 :     $in_neighborhood = "*";
961 :     }
962 :     }
963 :     }
964 :     else
965 :     {
966 :     $comment = "";
967 :     }
968 :     $comment = &set_map_links($fig,&FIG::genome_of($fid1),$comment);
969 : overbeek 1.17 if ($fid1 eq $peg)
970 :     {
971 : overbeek 1.20 $comment = "\@bgcolor=\"#00FF00\":$comment";
972 : overbeek 1.17 }
973 : efrank 1.1 $sz = abs($end1-$beg1)+1;
974 :    
975 :     push(@$tab,[&HTML::fid_link($cgi,$fid1,"local"),$beg1,$end1,$sz,$strand,$gap,$fc,$in_neighborhood,
976 :     $comment,$aliases,$why_related]);
977 :     }
978 :     $map = ["",$beg,$end,$genes];
979 :     $gg = [$map];
980 : overbeek 1.27 push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"Context on contig $contig1"));
981 : overbeek 1.2 push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,1) });
982 : efrank 1.1 return;
983 :     }
984 :    
985 :     sub assign_link {
986 :     my($cgi,$func,$existing_func) = @_;
987 :     my($assign_url,$assign_link);
988 :    
989 :     if ($func && ((! $existing_func) || ($existing_func ne $func)))
990 :     {
991 :     $cgi->delete('request');
992 :     $assign_url = $cgi->self_url() . "&request=fast_assign&func=$func"; ## must encode
993 :     $assign_link = "<a href=\"$assign_url\">&nbsp;<=&nbsp;</a>";
994 :     }
995 :     else
996 :     {
997 :     $assign_link = "";
998 :     }
999 :     return $assign_link;
1000 :     }
1001 :    
1002 :     sub pin_link {
1003 :     my($cgi,$peg) = @_;
1004 :     my $user = $cgi->param('user');
1005 :     $user = defined($user) ? $user : "";
1006 :    
1007 : golsen 1.18 my $cluster_url = "chromosomal_clusters.cgi?prot=$peg&user=$user";
1008 : efrank 1.1 my $cluster_link = "<a href=\"$cluster_url\">*</a>";
1009 :     return $cluster_link;
1010 :     }
1011 :    
1012 :     sub set_map_links {
1013 :     my($fig,$org,$func) = @_;
1014 :    
1015 :     if ($func =~ /^(.*)(\d+\.\d+\.\d+\.\d+)(.*)$/)
1016 :     {
1017 :     my $before = $1;
1018 :     my $ec = $2;
1019 :     my $after = $3;
1020 :     return &set_map_links($fig,$org,$before) . &set_ec_to_maps($fig,$org,$ec) . &set_map_links($fig,$org,$after);
1021 :     }
1022 :     return $func;
1023 :     }
1024 :    
1025 :     sub set_ec_to_maps {
1026 :     my($fig,$org,$ec) = @_;
1027 :    
1028 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1029 :     if (@maps > 0)
1030 :     {
1031 :     $cgi->delete('request');
1032 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=ec_to_maps&ec=$ec&org=$org";
1033 :     my $link = "<a href=\"$url\">$ec</a>";
1034 :     return $link;
1035 :     }
1036 :     return $ec;
1037 :     }
1038 :    
1039 :     sub show_ec_to_maps {
1040 :     my($fig,$cgi,$html,$ec) = @_;
1041 :    
1042 :     my $ec = $cgi->param('ec');
1043 :     if (! $ec)
1044 :     {
1045 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing EC number"));
1046 :     return;
1047 :     }
1048 :    
1049 :     my @maps = $fig->ec_to_maps($ec);
1050 :     if (@maps > 0)
1051 :     {
1052 :     my $col_hdrs = ["map","metabolic topic"];
1053 :     my $map;
1054 :     my $tab = [map { $map = $_; [&map_link($cgi,$map),$fig->map_name($map)] } @maps];
1055 :     push(@$html,&HTML::make_table($col_hdrs,$tab,"$ec: " . $fig->ec_name($ec)));
1056 :     }
1057 :     }
1058 :    
1059 :     sub map_link {
1060 :     my($cgi,$map) = @_;
1061 :    
1062 :     $cgi->delete('request');
1063 :     my $url = $cgi->self_url() . "&request=link_to_map&map=$map";
1064 :     my $link = "<a href=\"$url\">$map</a>";
1065 :     return $link;
1066 :     }
1067 :    
1068 :     sub link_to_map {
1069 :     my($fig,$cgi,$html) = @_;
1070 :    
1071 :     my $map = $cgi->param('map');
1072 :     if (! $map)
1073 :     {
1074 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Map"));
1075 :     return;
1076 :     }
1077 :    
1078 :     my $org = $cgi->param('org');
1079 :     if (! $org)
1080 :     {
1081 :     push(@$html,$cgi->h1("Missing Org Parameter"));
1082 :     return;
1083 :     }
1084 :     my$user = $cgi->param('user');
1085 :     $user = $user ? $user : "";
1086 :    
1087 :     $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1088 :     $ENV{"QUERY_STRING"} = "user=$user&map=$map&org=$org";
1089 :     my @out = `./show_kegg_map.cgi`;
1090 :     &HTML::trim_output(\@out);
1091 :     push(@$html,@out);
1092 :     }
1093 :    
1094 :     sub aa_sequence {
1095 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1096 :     my($seq,$func,$i);
1097 :    
1098 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Protein Sequence</TITLE>\n";
1099 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->get_translation($prot))
1100 :     {
1101 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1102 :     push(@$html,$cgi->pre,">$prot $func\n");
1103 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1104 :     {
1105 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1106 :     {
1107 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1108 :     }
1109 :     else
1110 :     {
1111 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1112 :     }
1113 :     }
1114 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1115 :     }
1116 :     else
1117 :     {
1118 :     push(@$html,$cgi->h1("No translation available for $prot"));
1119 :     }
1120 :     }
1121 :    
1122 :     sub dna_sequence {
1123 :     my($fig,$cgi,$html,$fid) = @_;
1124 :     my($seq,$func,$i);
1125 :    
1126 : golsen 1.19 unshift @$html, "<TITLE>The SEED: Nucleotide Sequence</TITLE>\n";
1127 : efrank 1.1 if ($seq = $fig->dna_seq($fig->genome_of($fid),scalar $fig->feature_location($fid)))
1128 :     {
1129 :     $func = $fig->function_of($prot,$cgi->param('user'));
1130 :     push(@$html,$cgi->pre,">$fid $func\n");
1131 :     for ($i=0; ($i < length($seq)); $i += 60)
1132 :     {
1133 :     if ($i > (length($seq) - 60))
1134 :     {
1135 :     push(@$html,substr($seq,$i) . "\n");
1136 :     }
1137 :     else
1138 :     {
1139 :     push(@$html,substr($seq,$i,60) . "\n");
1140 :     }
1141 :     }
1142 :     push(@$html,$cgi->end_pre);
1143 :     }
1144 :     else
1145 :     {
1146 :     push(@$html,$cgi->h1("No DNA sequence available for $fid"));
1147 :     }
1148 :     }
1149 :    
1150 :     sub show_fusions {
1151 :     my($fig,$cgi,$html,$prot) = @_;
1152 :    
1153 : overbeek 1.22 my $user = $cgi->param('user');
1154 :     $user = $user ? $user : "";
1155 : efrank 1.1 $ENV{"REQUEST_METHOD"} = "GET";
1156 : overbeek 1.22 $ENV{"QUERY_STRING"} = "peg=$prot&user=$user";
1157 : efrank 1.1 my @out = `./fusions.cgi`;
1158 :     print join("",@out);
1159 :     exit;
1160 : overbeek 1.2 }
1161 :    
1162 :     sub print_compared_regions {
1163 :     my($fig,$cgi,$html,$peg) = @_;
1164 :    
1165 :     my @closest_pegs = &closest_pegs($fig,$peg,5);
1166 :     if (@closest_pegs > 0)
1167 :     {
1168 :     if ($fig->possibly_truncated($peg))
1169 :     {
1170 :     push(@closest_pegs,&possible_extensions($peg,\@closest_pegs));
1171 :     }
1172 : overbeek 1.13 @closest_pegs = $fig->sort_fids_by_taxonomy(@closest_pegs);
1173 : overbeek 1.2 unshift(@closest_pegs,$peg);
1174 :     my @all_pegs = ();
1175 :     my $gg = &build_maps($fig,\@closest_pegs,\@all_pegs);
1176 :     my $color_sets = &cluster_genes(\@all_pegs,$peg);
1177 :     &set_colors_text_and_links($gg,\@all_pegs,$color_sets);
1178 :     push(@$html,@{ &GenoGraphics::render($gg,700,4,0,2) });
1179 :     }
1180 :     }
1181 :    
1182 :     sub closest_pegs {
1183 :     my($fig,$peg,$n) = @_;
1184 :     my($id2,$d,$peg2,$i);
1185 :    
1186 :     my @closest = map { $id2 = $_->id2; ($id2 =~ /^fig\|/) ? $id2 : () } $fig->sims($peg,5,1.0e-20,"all");
1187 :    
1188 :     if (@closest > $n) { $#closest = $n-1 }
1189 :     my %closest = map { $_ => 1 } @closest;
1190 : overbeek 1.3 my @pinned_to = grep { $_ ne $peg} $fig->in_pch_pin_with($peg);
1191 : overbeek 1.2 my $g1 = &FIG::genome_of($peg);
1192 :     @pinned_to =
1193 :     map {$_->[1] }
1194 :     sort { $a->[0] <=> $b->[0] }
1195 :     map { $peg2 = $_; $d = $fig->crude_estimate_of_distance($g1,&FIG::genome_of($peg2)); [$d,$peg2] }
1196 :     @pinned_to;
1197 :    
1198 :     for ($i=0; ($i < @pinned_to) && ($i < $n); $i++)
1199 :     {
1200 :     $closest{$pinned_to[$i]} = 1;
1201 :     }
1202 :     return return keys(%closest);
1203 :     }
1204 :    
1205 :     sub build_maps {
1206 :     my($fig,$pinned_pegs,$all_pegs) = @_;
1207 :     my($gg,$loc,$contig,$beg,$end,$mid,$min,$max,$genes,$feat,$fid);
1208 :     my($contig1,$beg1,$end1,$map,$peg);
1209 :    
1210 :     $gg = [];
1211 :     foreach $peg (@$pinned_pegs)
1212 :     {
1213 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
1214 :     ($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
1215 :     if ($contig && $beg && $end)
1216 :     {
1217 :     $mid = int(($beg + $end) / 2);
1218 :     $min = $mid - 8000;
1219 :     $max = $mid + 8000;
1220 :     $genes = [];
1221 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region(&FIG::genome_of($peg),$contig,$min,$max);
1222 :     foreach $fid (@$feat)
1223 :     {
1224 :     ($contig1,$beg1,$end1) = &FIG::boundaries_of(scalar $fig->feature_location($fid));
1225 :     $beg1 = &in_bounds($min,$max,$beg1);
1226 :     $end1 = &in_bounds($min,$max,$end1);
1227 :     push(@$genes,[&FIG::min($beg1,$end1),
1228 :     &FIG::max($beg1,$end1),
1229 :     ($beg1 < $end1) ? "rightArrow" : "leftArrow",
1230 :     "grey",
1231 :     "",
1232 :     $fid]);
1233 :    
1234 :     if ($fid =~ /peg/)
1235 :     {
1236 :     push(@$all_pegs,$fid);
1237 :     }
1238 :     }
1239 :     $map = [&FIG::abbrev($fig->org_of($peg)),0,$max+1-$min,
1240 :     ($beg < $end) ? &decr_coords($genes,$min) : &flip_map($genes,$min,$max)];
1241 :     push(@$gg,$map);
1242 :     }
1243 :     }
1244 :     return $gg;
1245 :     }
1246 :    
1247 :     sub in {
1248 :     my($x,$xL) = @_;
1249 :     my($i);
1250 :    
1251 :     for ($i=0; ($i < @$xL) && ($x != $xL->[$i]); $i++) {}
1252 :     return ($i < @$xL);
1253 :     }
1254 :    
1255 :     sub in_bounds {
1256 :     my($min,$max,$x) = @_;
1257 :    
1258 :     if ($x < $min) { return $min }
1259 :     elsif ($x > $max) { return $max }
1260 :     else { return $x }
1261 :     }
1262 :    
1263 :     sub decr_coords {
1264 :     my($genes,$min) = @_;
1265 :     my($gene);
1266 :    
1267 :     foreach $gene (@$genes)
1268 :     {
1269 :     $gene->[0] -= $min;
1270 :     $gene->[1] -= $min;
1271 :     }
1272 :     return $genes;
1273 :     }
1274 :    
1275 :     sub flip_map {
1276 :     my($genes,$min,$max) = @_;
1277 :     my($gene);
1278 :    
1279 :     foreach $gene (@$genes)
1280 :     {
1281 :     ($gene->[0],$gene->[1]) = ($max - $gene->[1],$max - $gene->[0]);
1282 :     $gene->[2] = ($gene->[2] eq "rightArrow") ? "leftArrow" : "rightArrow";
1283 :     }
1284 :     return $genes;
1285 :     }
1286 :    
1287 :     sub cluster_genes {
1288 :     my($all_pegs,$peg) = @_;
1289 :     my(%seen,$i,$j,$k,$x,$cluster,$conn,$pegI,$red_set);
1290 :    
1291 :     my @color_sets = ();
1292 :    
1293 :     $conn = &get_connections_by_similarity($all_pegs);
1294 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1295 :     {
1296 :     if ($all_pegs->[$i] eq $peg) { $pegI = $i }
1297 :     if (! $seen{$i})
1298 :     {
1299 :     $cluster = [$i];
1300 :     $seen{$i} = 1;
1301 :     for ($j=0; ($j < @$cluster); $j++)
1302 :     {
1303 :     $x = $conn->{$cluster->[$j]};
1304 :     foreach $k (@$x)
1305 :     {
1306 :     if (! $seen{$k})
1307 :     {
1308 :     push(@$cluster,$k);
1309 :     $seen{$k} = 1;
1310 :     }
1311 :     }
1312 :     }
1313 :    
1314 :     if ((@$cluster > 1) || ($cluster->[0] eq $pegI))
1315 :     {
1316 :     push(@color_sets,$cluster);
1317 :     }
1318 :     }
1319 :     }
1320 :     for ($i=0; ($i < @color_sets) && (! &in($pegI,$color_sets[$i])); $i++) {}
1321 :     $red_set = $color_sets[$i];
1322 :     splice(@color_sets,$i,1);
1323 :     @color_sets = sort { @$b <=> @$a } @color_sets;
1324 :     unshift(@color_sets,$red_set);
1325 :    
1326 :     my $color_sets = {};
1327 :     for ($i=0; ($i < @color_sets); $i++)
1328 :     {
1329 :     foreach $x (@{$color_sets[$i]})
1330 :     {
1331 :     $color_sets->{$all_pegs->[$x]} = $i;
1332 :     }
1333 :     }
1334 :     return $color_sets;
1335 :     }
1336 :    
1337 :     sub get_connections_by_similarity {
1338 :     my($all_pegs) = @_;
1339 : overbeek 1.5 my($i,$tmp,$peg1,%peg2i,%pos_of);
1340 : overbeek 1.2
1341 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1342 :     {
1343 : overbeek 1.5 $tmp = $fig->maps_to_id($all_pegs->[$i]);
1344 :     push(@{$pos_of{$tmp}},$i); # map the representative in nr to subscript in all_pegs
1345 :     if ($tmp ne $all_pegs->[$i])
1346 : overbeek 1.2 {
1347 :     push(@{$pos_of{$all_pegs->[$i]}},$i);
1348 :     }
1349 :     }
1350 :    
1351 :     my($sim,%conn,$x,$y);
1352 :     for ($i=0; ($i < @$all_pegs); $i++)
1353 :     {
1354 :     foreach $sim ($fig->sims($all_pegs->[$i],500,1.0e-5,"raw"))
1355 :     {
1356 :     if (defined($x = $pos_of{$sim->id2}))
1357 :     {
1358 :     foreach $y (@$x)
1359 :     {
1360 :     push(@{$conn{$i}},$y);
1361 :     }
1362 :     }
1363 :     }
1364 :     }
1365 :     return \%conn;
1366 :     }
1367 :    
1368 :     sub set_colors_text_and_links {
1369 :     my($gg,$all_pegs,$color_sets) = @_;
1370 :     my($map,$gene,$peg,$color);
1371 :    
1372 :     foreach $map (@$gg)
1373 :     {
1374 :     foreach $gene (@{$map->[3]})
1375 :     {
1376 :     $peg = $gene->[5];
1377 :     if (defined($color = $color_sets->{$peg}))
1378 :     {
1379 :     $gene->[3] = "color$color";
1380 :     $gene->[4] = $color + 1;
1381 :     }
1382 :     $gene->[5] = &peg_url($cgi,$peg);
1383 :     }
1384 :     }
1385 :     }
1386 :    
1387 :     sub peg_url {
1388 :     my($cgi,$peg) = @_;
1389 :    
1390 :     my $prot = $cgi->param('prot');
1391 :     $cgi->delete('prot');
1392 :     my $url = $cgi->self_url() . "&prot=$peg&compare_region=1";
1393 :     $cgi->delete('prot');
1394 :     $cgi->param(-name => 'prot', -value => $prot);
1395 :    
1396 :     return $url;
1397 :     }
1398 :    
1399 :     sub possible_extensions {
1400 :     my($peg,$closest_pegs) = @_;
1401 :     my($g,$sim,$id2,$peg1,%poss);
1402 :    
1403 :     $g = &FIG::genome_of($peg);
1404 :    
1405 :     foreach $peg1 (@$closest_pegs)
1406 :     {
1407 :     if ($g ne &FIG::genome_of($peg1))
1408 :     {
1409 :     foreach $sim ($fig->sims($peg1,500,1.0e-5,"all"))
1410 :     {
1411 :     $id2 = $sim->id2;
1412 :     if (($id2 ne $peg) && ($id2 =~ /^fig\|$g\./) && $fig->possibly_truncated($id2))
1413 :     {
1414 :     $poss{$id2} = 1;
1415 :     }
1416 :     }
1417 :     }
1418 :     }
1419 :     return keys(%poss);
1420 : efrank 1.1 }

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